gnu: Add llvm-9, clang-9 and clang-toolchain-9.

* gnu/packages/llvm.scm (llvm-9): New variable.
(clang-runtime-9): New variable.
(clang-9): New variable.
(clang-toolchain-9): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: mcron: Update to 1.1.3.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (mcron): Update to 1.1.3.
[arguments]: Add phase to allow building with guile-2.2.
[native-inputs]: Remove autoconf, automake, help2man, texinfo.

gnu: Register python-3.8 patches.

This is a follow-up to af6a9fc27622ea8a342fe18c8604f2fe64a04e68.

* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register
python-3.8-search-paths.patch, python-3.8-fix-tests.patch.

gnu: the-butterfly-effect: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/games.scm (the-butterfly-effect)[source]: Download using
git-fetch.

gnu: laby: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/games.scm (laby)[source]: Download using git-fetch.

gnu: cmark: Update to 0.29.0.

* gnu/packages/markup.scm (cmark): Update to 0.29.0.

gnu: cmark: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/markup.scm (cmark)[source]: Download using git-fetch.

gnu: hoedown: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/markup.scm (hoedown)[source]: Download using git-fetch.

gnu: uefitool: Update to 0.26.0.

* gnu/packages/flashing-tools.scm (uefitool): Update to 0.26.0.

gnu: uefitool: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/flashing-tools.scm (uefitool)[source]: Download using
git-fetch.

gnu: me-cleaner: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/flashing-tools.scm (me-cleaner)[source]: Download using
git-fetch.

gnu: heimdall: Download from new upstream source.

* gnu/packages/flashing-tools.scm (heimdall)[source]: Download from new
upstream source.

gnu: heimdall: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/flashing-tools.scm (heimdall)[source]: Download using
git-fetch.
[home-page]: Use https.

gnu: teensy-loader-cli: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/flashing-tools.scm (teensy-loader-cli)[version]: Use
git-version.
[source]: Download using git-fetch.

gnu: cowsay: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/games.scm (cowsay)[source]: Download using git-fetch.

gnu: Add carla.

* gnu/packages/audio.scm (carla): New variable.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: brlaser: Update to 6.

* gnu/packages/printers.scm (brlaser): Update to 6.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add python-3.8.

* gnu/packages/python.scm (python-3.8): New public variable.
[source]: Add patches to skip four tests.
* gnu/packages/patches/python-3.8-search-paths.patch: New file.
* gnu/packages/patches/python-3.8-fix-tests.patch: New file.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: Add minisat.

* gnu/packages/patches/minisat-friend-declaration.patch: New file.
* gnu/packages/patches/minisat-install.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add both files above.
* gnu/packages/maths.scm (minisat): New exported variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: llvm: Change copyright holder.

* gnu/packages/llvm.scm: Change David Truby to Arm Ltd as copyright holder as
requested here: https://issues.guix.gnu.org/issue/32773#18.

gnu: Add python-mcuboot-imgtool.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-mcuboot-imgtool): New variable.

gnu: Add python-intelhex.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-intelhex): New variable.

doc: Fix typo in example.

* doc/guix.texi (Web Services)[nginx-php-fpm-location]: Fix example to
actually use nginx-php-fpm-location.

gnu: hwloc: Adjust references to 'hwloc'.

This is a followup to 8ec7ca22d363b80b173ce87c5f39d5ca9686d248, which
led to a stack overflow (cyclic graph) when attempting to build HWLOC-2.

* gnu/packages/mpi.scm (hwloc-2): Refer to HWLOC-1 instead of HWLOC.

doc: Fix typo.

* doc/guix.texi (Web Services)[php-fpm-configuration]: Change language
to suggest there are more than two options.

gnu: Add font-dseg.

* gnu/packages/fonts.scm (font-dseg): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-ample-theme.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ample-theme): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: hwloc: Default to 2.x.

* gnu/packages/mpi.scm (hwloc): Rename to...
(hwloc-1): ... this.
(hwloc-2): Adjust 'inherit' clause accordingly.
(hwloc): New variable.

doc: Clarify the "system type" for 'machine-ssh-configuration'.

* doc/guix.texi (Invoking guix deploy): Replace "Nix system type" with
"system type" for consistency.

deploy: Handle "--version".

* guix/scripts/deploy.scm (%options): Add "--version".

pull: Acquire a lock for the target profile.

This is a followup to b1fb663404894268b5ee92c040f12c52c0bee425.

* guix/scripts/pull.scm (guix-pull): Wrap 'run-with-store' call in
'with-file-lock/no-wait'.

gnu: spice-gtk: Build with vala support.

* gnu/packges/spice.scm (spice-gtk)[native-inputs]: Add vala.
[arguments]: Add '--enable-vala' to configure-flags.

gnu: emacs-protobuf-mode: Rename the set-emacs-load-path phase.

This is a follow up commit to e1d31e6457.

* gnu/packages/protobuf.scm (emacs-protobuf-mode): Add the
change-working-directory phase before the add-source-to-load-path phase
instead of before the set-emacs-load-path phase.

gnu: emacs-erlang: Rename the set-emacs-load-path phase.

This is a follow up commit to e1d31e6457.

* gnu/packages/erlang.scm (emacs-erlang): Add the change-working-directory
phase before the add-source-to-load-path phase instead of before the
set-emacs-load-path phase.

gnu: emacs-pdf-tools: Adapt phase name.

Follow up commit to c51d4c7746fe99e60b32d7e9ee0da2b847174253.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-pdf-tools): Add the emacs-install phase
after the emacs-add-source-to-load-path instead of after the
emacs-set-emacs-load-path phase.

Reported-by: Brett Gilio <brettg@posteo.net>

gnu: emacs-scel: Fix build.

This is a follow up commit to e1d31e6457.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-scel): Fix build.

gnu: emacs-realgud: Fix build.

This is a follow up commit to e1d31e6457.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-realgud): Fix build.

gnu: emacs-pdf-tools: Fix build.

This is a follow up commit to e1d31e6457.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-pdf-tools): Fix build.

gnu: emacs-forge: Fix build.

This is a follow up commit to e1d31e6457.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-forge): Fix build.

gnu: tome4: Update to 1.6.1.

* gnu/packages/games.scm (tome4): Update to 1.6.1.

linux-boot: Don't ignore options when mounting root file system.

Fixes <https://bugs.gnu.org/37977>.

* gnu/build/linux-boot.scm (mount-root-file-system): Add the 'options'
  keyword argument and use it when mounting the root file system.
  (boot-system): Pass the root file system options to
  'mount-root-file-system'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

download: Load *.crt certificate bundles when *.pem files are missing.

Fixes <https://bugs.gnu.org/38254>.

* guix/build/download.scm (make-credendials-with-ca-trust-files): Look
for *.crt files under DIRECTORY when *.pem files cannot be found.

gnu: emacs-eshell-z: Update to 0.4.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-eshell-z): Update to 0.4.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: emacs-ccls: Propagate ccls.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ccls)[propagated-inputs]: Add ccls.

gnu: emacs: Adapt the autoloads auxiliary code to use EMACSLOADPATH.

The Elisp directories to scan for autoloads are now taken from EMACSLOADPATH
instead of from the user profile, environment profile or system profile.
Manually adding the Elisp directories to the `load-path' is no longer
necessary, as this is covered by Emacs when they are in EMACSLOADPATH.  The
caching logic is also removed, as this code is not typically run often and the
gain is marginal (loading autoloads files is cheap).

* gnu/packages/aux-files/emacs/guix-emacs.el (guix-emacs-directory)
(guix-emacs-subdirs, guix-emacs-directories): Remove procedures.
(guix-emacs-find-autoloads): Filter the directory entries by passing the
regexp to `directory-files' directly, which is ten times faster.  Remove
deduplication.
(guix-emacs-autoloads-regexp): Remove the group, which used to filter out the
file extension; it no longer works this way due to passing the regexp to the
`directory-files' procedure directly, which doesn't care about groups.
(guix-emacs-autoload-packages): Update doc.  Search package directories from
EMACSLOADPATH.  Do not populate the load-path.  Remove cache.

build-system: emacs: Simplify the SET-EMACS-LOAD-PATH phase.

It is no longer necessary to search for the Elisp libraries manually, as Emacs
now include a search path specification serving that purpose.

* guix/build/emacs-build-system.scm (set-emacs-load-path): Replace by...
(add-source-to-load-path): ...this.
(%standard-phases): Adjust accordingly.

gnu: emacs: Locate Elisp libraries via EMACSLOADPATH.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs): Add a search path specification for
EMACSLOADPATH.

vm: Honor the VOLATILE? parameter when producing a system disk image.

* gnu/system/vm.scm (system-disk-image): Honor the VOLATILE? parameter instead
of hard coding its value to #t.

Reported-by: Jelle Licht <jlicht@fsfe.org>

linux-boot: Fix indentation.

* gnu/build/linux-boot.scm (boot-system): Re-indent.

file-systems: Fix docstring.

* gnu/build/file-systems.scm (mount-file-system): Clean the documentation from
the no longer existing parameters (these are now encapsulated within a
<file-system> record).

tests: install: Fix typo.

* gnu/tests/install.scm (run-install): Fix typo in docstring.

utils: Handle #f file-name.

* guix/utils.scm (current-source-directory): Change dispatch to handle #f
file-name.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

guix build: Handle "guix build /….drv" correctly for non-existent derivations.

This lets the daemon substitute missing derivations, as in the example
at <https://bugs.gnu.org/38226>, instead of failing with ENOENT.

* guix/scripts/build.scm (options->things-to-build): In the
'derivation-path?' case, don't fail when 'read-derivation-from-file'
raises to ENOENT; return the empty list in that case.
(guix-build): Add non-existent '.drv' files to ITEMS.
Pass ITEMS in addition to DRV to 'build-derivations'.
* tests/guix-build.sh: Add test.

tests: Test "guix build /gnu/store/….drv".

* tests/guix-build.sh: Add test for passing "guix build" a .drv.

gnu: gsettings-desktop-schemas: Fix file name of default background.

Reported by Alexandros Theodotou <alex@zrythm.org>
at <https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2019-11/msg00157.html>.

* gnu/packages/gnome.scm (gsettings-desktop-schemas)[arguments]: New
field.
[inputs]: Add GNOME-BACKGROUNDS.

gnu: slurm: Allow builds on 32-bit platforms.

Fixes a regression introduced in
7c96befa52ba127f68a066162258e600afbc73fb whereby ./configure would fail
on 32-bit platforms due to 32-bit support being "deprecated".

* gnu/packages/parallel.scm (slurm)[arguments]: Pass
"--enable-deprecated" configure flag unless 'target-64bit?' returns
true.

gnu: python-hy: Set HOME to /tmp before install

Fixes <https://bugs.gnu.org/38241>.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-hy)[arguments]: Add custom
'set-HOME phase before the 'install phase.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: hedgewars: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/games.scm (hedgewars): Update to 1.0.0.
[arguments]: Remove unnecessary phases.

gnu: Add clang-toolchain.

In the same spirit that gcc-toolchain provides a complete gcc toolchain
suitable for user profile installation, add a make-clang-toolchain function
and use it to create clang-toolchain, clang-toolchain-7 and clang-toolchain-6
packages.

* gnu/packages/llvm.scm (make-clang-toolchain): New method.
(clang-toolchain): New public variable defined using previous method,
(clang-toolchain-7): ditto,
(clang-toolchain-6): ditto.

gnu: clang-from-llvm: Fix libstdc++ header location search.

Make clang use libstdc++ from gcc package. In the future, the build of clang
could be parametrized to build clang with libstdc++ support or with libcxx
support.

* gnu/packages/llvm.scm (clang-from-llvm)[arguments]: Make clang look for
libstdc++ in the right location, which is gcc c++ includes directory.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: librsvg-next: Update to 2.46.3.

* gnu/packages/gnome.scm (librsvg-next): Update to 2.46.3.
[license]: Update to lgpl2.1+.

gnu: librsvg-next: Don't use name variable in source uri.

* gnu/packages/gnome.scm (librsvg-next)[source]: Hardcode name.

gnu: linux-libre: Update deblob scripts.

* gnu/packages/linux.scm (deblob-scripts-5.3): Update to 5.3.11.
(deblob-scripts-5.19): Update to 4.19.84.
(deblob-scripts-4.14): Update to 4.14.154.
(deblob-scripts-4.9): Update to 4.9.201.
(deblob-scripts-4.4): Update to 4.4.201.

gnu: crispy-doom: Update to 5.6.3.

* gnu/packages/games.scm (crispy-doom): Update to 5.6.3.

gnu: elixir: Update to 1.9.4.

* gnu/packages/elixir.scm (elixir): Update to 1.9.4.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: emacs-desktop-environment: Update to 0.3.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-desktop-environment): Update to 0.3.0.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: linux-libre: Remove cross-libc from CROSS_CPATH.

* gnu/packages/linux.scm (make-linux-libre*)[arguments]: Do not unset
CROSS_CPATH completely, instead remove cross-libc from CROSS_CPATH in the same
way that libc is removed from CPATH.

gnu: keepassxc: Update to 2.5.1.

* gnu/packages/password-utils.scm (keepassxc): Update to 2.5.1.

gnu: hyperrogue: Update to 11.2d.

* gnu/packages/games.scm (hyperrogue): Update to 11.2d.

php: Enable more extentions.

* gnu/packages/php.scm (php)[arguments]: Use libzip instead of zip for
the "--with-libzip" argument, enable intl and zip.
[inputs]: Add icu4c, libzip. Remove zip.

gnu: libzip: Add more inputs.

This enables encryption.

* gnu/packages/compression.scm (libzip)[inputs]: Add gnutls, openssl.

gnu: Add redshift-wayland

* gnu/packages/xdisorg.scm (redshift-wayland): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: elixir: Update to 1.9.2.

* gnu/packages/elixir.scm (elixir): Update to 1.9.2.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: openmpi: Silence UCX warnings when running tests.

* gnu/packages/mpi.scm (%openmpi-setup): Set "UCX_LOG_LEVEL".

gnu: ucx: Avoid relying on /sys/class/net.

This fixes test failures of packages that use Open MPI, whereby UCX
would error out due to /sys/class/net being unavailable in the build
chroot that the daemon sets up.

* gnu/packages/patches/ucx-tcp-iface-ioctl.patch: New file.
* gnu/packages/fabric-management.scm (ucx)[source]: Use it.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.202.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9-version): Update to 4.9.202.
(linux-libre-4.9-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.202.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4-version): Update to 4.4.202.
(linux-libre-4.4-pristine-source): Update hash.

news: Fix another 'de' translation typo.

* etc/news.scm: Fix typo.

news: Fix 'de' translation typo.

* etc/news.scm: Fix typo.

time-machine: Honor the standard build options.

* guix/scripts/time-machine.scm (show-help): Call 'show-build-options-help'.
(%options): Add %STANDARD-BUILD-OPTIONS.
(%default-options): New variable.
(parse-args): Pass (list %default-options) to 'parse-command-line' and
remove #:build-options? parameter.
(guix-time-machine): Call 'set-build-options-from-command-line' and wrap
'cached-channel-instance' call in 'with-status-verbosity'.
* doc/guix.texi (Invoking guix time-machine): Mention common build options.

time-machine: Handle 'git-error' exceptions.

* guix/scripts/pull.scm (with-git-error-handling): Export.
* guix/scripts/time-machine.scm (guix-time-machine): Wrap body in
'with-git-error-handling'.

news: Add entry for "guix time-machine".

* etc/news.scm: Add entry for 'guix time-machine'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

inferior: 'cached-channel-instance' takes an open store connection.

* guix/inferior.scm (cached-channel-instance): Take an explicit 'store'
argument.
(inferior-for-channels): Wrap call to 'cached-channel-instance' in
'with-store'.
* guix/time-machine.scm (guix-time-machine): Wrap call to
'cached-channel-instance' in 'with-store'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

Add 'guix time-machine'.

* guix/scripts/time-machine.scm: New file.
* Makefile.am: (MODULES): Add it.
* guix/scripts/pull.scm (channel-list): Export.
* guix/inferior.scm (cached-channel-instance): New procedure.
(inferior-for-channels): Use it.
* doc/guix.texi (Invoking guix time-machine): New section.
(Channels): Cross-reference it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

pull: Remove unused '--verbose' option.

This option had been ignored since commit
0d39a3b98948314e135566b9315717695a9035ea (August 2018).

* guix/scripts/pull.scm (show-help, %options): Remove "--verbose".
(build-and-install): Remove #:verbose?, which was unused.
(guix-pull): Adjust accordingly.

Revert "gnu: openmpi: Pass explicit "--with-*" configure flags."

This reverts commit eaa52b5baa8fbb26a79890561d0c40344d1e1bf3,
which would lead to build failures on systems other than x86_64-linux.

gnu: openmpi: Fix typo.

* gnu/packages/mpi.scm (openmpi)[inputs]: For UCX, check the supported
systems of UCX, not PSM2.

gnu: tomb: Use system's sudo.

* gnu/packages/crypto.scm (tomb)[arguments]: Disallow references to the "sudo"
input.  Remove it's path from the wrapper.

gnu: tomb: Add lsof input for "ps" and "slam".

* gnu/packages/crypto.scm (tomb)[inputs]: Add lsof.
[arguments]: Add it to the wrapper PATH.

gnu: tomb: Update to 2.7.

* gnu/packages/patches/tomb-fix-errors-on-open.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/crypto.scm (tomb): Update to 2.7.
[source]: Use the patch.

gnu: CMake: Add version 3.15.5.

Add CMake version 3.15.5 but do not replace the existing version to avoid
triggering the rebuild of all CMake-based packages.

See <https://issues.guix.gnu.org/issue/38060>.

* gnu/packages/cmake.scm (cmake-3.15.5): Add CMake 3.15.5.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: ungoogled-chromium: Update to 78.0.3904.97-0.acaf163.

* gnu/packages/chromium.scm (%preserved-third-party-files): Adjust for
Chromium 78.
(%chromium-version): Set to 78.0.3904.97.
(%ungoogled-revision): Set to acaf16383f264d8a2f24142ad054c9b4355771d3.
(%debian-revision): Set to e43d74632091324774a5049668782dba7b09cf72.
(%chromium-origin, %ungoogled-origin, %debian-origin): Update hashes.
(gentoo-patches, %auxiliary-patches): Remove variables.
(ungoogled-chromium-source): Adjust Debian patches for 78.  Don't apply
%AUXILIARY-PATCHES.
(libvpx/chromium): New variable.
(ungoogled-chromium)[arguments]: Add substitution for ICU headers.  Adjust
other substitutions for 78.  Remove obsolete workaround.  Increase ulimit in
'build' phase.  Don't install '22x22' icon, which no longer exists.
[inputs]: Change from LIBVPX to LIBVPX/CHROMIUM.
[properties]: Remove HIDDEN?.
(ungoogled-chromium-wayland)[inputs]: Don't remove inherited inputs.
(ungoogled-chromium-is-deprecated, ungoogled-chromium-wayland-is-deprecated):
Remove variables.

gnu: gn: Enable tests.

* gnu/packages/build-tools.scm (gn)[arguments]: Remove #:tests?.  Override
'check' phase.

gnu: gn: Update to 0.0-1666.6e5ba2e.

* gnu/packages/build-tools.scm (gn): Update to 0.0-1666.6e5ba2e.
[arguments]: Do not override LDFLAGS.

gnu: openmpi: Raise the priority of the PSM2 component.

This allows us to get better performance by default on machines with
OmniPath hardware.

* gnu/packages/patches/openmpi-psm2-priority.patch: New file.
* gnu/packages/mpi.scm (openmpi)[source]: Use it.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: psm: Add "debug" output.

* gnu/packages/linux.scm (psm)[outputs]: New field.

gnu: openmpi, slurm: Switch to hwloc 2.x.

* gnu/packages/mpi.scm (openmpi)[inputs]: Switch to HWLOC-2.
* gnu/packages/parallel.scm (slurm)[inputs]: Likewise.

gnu: hwloc: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/mpi.scm (hwloc-2.0): Rename to...
(hwloc-2): ... this.  Update to 2.1.0
(hwloc-2.0): Define as deprecated.
* gnu/packages/opencl.scm (pocl)[inputs]: Adjust accordingly.

gnu: slurm: Build shared libraries only.

* gnu/packages/parallel.scm (slurm)[arguments]: Pass "--disable-static".

gnu: slurm: Update to 19.05.3-2.

* gnu/packages/parallel.scm (slurm): Update to 19.05.3-2.
[source](snippet): Keep "contribs/mpi" and its reference in
'Makefile.am'.
[inputs]: Remove OPENSSL.
[arguments]: Remove "--with-ssl".  Add 'install-libpmi' phase.