gnu: Add libucl.

* gnu/packages/wm.scm (libucl): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Use autoconf instead of autoconf-wrapper when possible.

This should reduce confusion on when to use the "autoconf"
package and when to use "autoconf-wrapper" instead in
package definitions.

Fixes <https://bugs.gnu.org/46564>.

* gnu/packages/autotools.scm (autoconf-wrapper):
  advise to use the "autoconf" package instead where
  possible.
* gnu/packages/game-development.scm (tsukundere)[native-inputs]:
  use "autoconf" instead of "autoconf-wrapper".
* gnu/packages/gimp.scm
  (glimpse)[native-inputs]: likewise.
  (gimp-resynthesizer)[native-inputs]: add comment on why
  "autoconf-wrapper" is used.
* gnu/packages/gnunet.scm (gnunet)[native-inputs]:
  use "autoconf" instead of "autoconf-wrapper".
* gnu/packages/gnupg.scm (signing-party)[native-inputs]:
  add comment on why "autoconf-wrapper" is used.
* gnu/packages/guile-xyz.scm
  (guile-bash,guile-filesystem,guile-ics,guile-udev)[native-inputs]:
  use "autoconf" instead of "autoconf-wrapper".
* gnu/packages/libevent.scm (libuv)[native-inputs]: indicates
  "autoconf-wrapper" needs to be replaced with "autoconf"
  on core-updates.
* gnu/packages/logging.scm (glog)[native-inputs]: use "autoconf"
  instead of "autoconf-wrapper".
* gnu/packages/mail.scm (libetpan)[native-inputs]: likewise.
* gnu/packages/mate.scm
  (mate-icon-theme-faenza)[native-inputs]: add comment on why
  "autoconf-wrapper" is used.
  (mate-screensaver)[native-inputs]: use "autoconf" instead of
  "autoconf-wrapper".
* gnu/packages/package-management.scm (guix)[native-inputs]: likewise.
* gnu/packages/sawfish.scm (librep)[native-inputs]: likewise.
* gnu/packages/video.scm (motion)[native-inputs]: likewise.
* gnu/packages/zile.scm (zile)[native-inputs]: likewise.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Tweak "Invoking guix refresh" node.

* doc/guix.texi (Invoking guix refresh): Update output in '--recursive'
example.  Use @xref, not @ref, at the beginning of a sentence.

import: gnome: Silence URL redirect messages.

* guix/import/gnome.scm (latest-gnome-release): Pass #:log-port to
'http-fetch/cached'.

http-client: 'http-fetch' and 'http-fetch/cached' accept #:log-port.

* guix/http-client.scm (http-fetch, http-fetch/cached): Add #:log-port
and honor it.

import: gnome: Exclude version numbers that do not start with a digit.

Fixes a bug whereby NetworkManager would be updated to version "rc2".

* guix/import/gnome.scm (latest-gnome-release)[even-minor-version?]:
Change catch-all case to return #f when the first part is not a digit.

scripts: weather: Provide more representative request statistics.

Previously, the "seconds per request" and "requests per second" statistics
really reported (cache lookups + requests) per second.  By looking at the
actual number of requests made within lookup-narinfos, a more representative
value can be reported.

* guix/scripts/weather.scm (let/time): Allow for multiple return values.
(report-server-coverage): Alter the reporting of request statistics.

substitutes: lookup-narinfos: Return the number of requests made.

As an additional value, in addition to the narinfos.  This value is useful in
the weather script for reporting how many requests to the substitute server
were made.

* guix/substitutes.scm (lookup-narinfos): Additionally return the number of
requests made.

scripts: substitute: Tweak error reporting in process-substitution.

The call-with-connection-error-handling was added in
20c08a8a45d0f137ead7c05e720456b2aea44402, but that error handling was
previously inside of open-connection-for-uri/maybe, which is related
to (call-)with-cached-connection which was used in process-substitution, but
only actually used with call-with-cached-connection when used in
fetch-narinfos.

There's some handling for similar errors within with-networking, which is used
within process-substitution.

* guix/scripts/substitute.scm (process-substitution): Remove
call-with-connection-error-handling call.

scripts: substitute: Add back some error handling.

In f50f5751fff4cfc6d5abba9681054569694b7a5c, the way fetch was called within
process-substitution was changed.  As call-with-cached-connection actually
includes important error handling for the opening of a HTTP request, this
change removed some error handling.  This commit adds that back.

Fixes <https://bugs.gnu.org/47157>.

* guix/scripts/substitute.scm (call-with-cached-connection): New procedure.
(with-cached-connection): New syntax rule.
(process-substitution): Retry once for some errors when making HTTP requests
to fetch substitutes.

gnu: scdoc: Cross-compile.

* gnu/packages/man.scm (scdoc)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET.

gnu: scdoc: Don't use unstable tarball.

The autogenerated tarball was modified upstream.

* gnu/packages/man.scm (scdoc)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: libtirpc/hurd: Fix package source.

Amend the changes in 1a265842e634656411bc7304c4648273f174f65e to properly
access the origin patches from libtirpc.

I noticed this as guix weather didn't work for this package.

* gnu/packages/onc-rpc.scm (libtirpc/hurd)[source]: Call origin-patches
on (package-source libtirpc) rather than the libtirpc package.

gnu: lua.scm: Sort package module imports alphabetically.

* gnu/packages/lua.scm: Sort package module imports alphabetically.

gnu: python-pygments: Update to 2.7.4 [fixes CVE-2021-27291].

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pygments/fixed): New variable.
(python-pygments)[replacement]: Graft.

gnu: Add emacs-kotlin-mode.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-kotlin-mode): New variable.

gnu: emacs-marginalia: Update to 0.4.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-marginalia): Update to 0.4.

gnu: komikku: Update to 0.27.0.

* gnu/packages/gnome.scm (komikku): Update to 0.27.0.
[inputs]: Add python-brotli and webkitgtk.

gnu: Move lolcode to esolangs.

* gnu/packages/lolcode.scm (lci): Move from here...
* gnu/packages/esolangs.scm (lolcode-lci): ... to here.
* gnu/packages/lolcode.scm: Delete file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Adjust accordingly.

news: Add 'fr' translation.

* etc/news.scm: Add missing French translations.

gnu: tig: Update to 2.5.3.

* gnu/packages/version-control.scm (tig): Update to 2.5.3.

Co-authored-by: jgart <jgart@dismail.de>
Co-authored-by: donotshake <donotshake:matrix.org>
Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu-maintenance: Add a timeout on FTP connection establishment.

* guix/gnu-maintenance.scm (latest-ftp-release): Pass #:timeout to
'ftp-open'.

gnu-maintenance: Remove unused parameters of 'latest-ftp-release'.

* guix/gnu-maintenance.scm (latest-ftp-release): Remove #:ftp-open, #:ftp-close,
and #:keep-file?.

gnu: hwloc: Add 'release-monitoring-url' property.

* gnu/packages/mpi.scm (hwloc-1)[properties]: New field.

gnu-maintenance: Add 'generic-html' updater.

This brings total updater coverage, as reported by 'guix refresh
--list-updaters', from 78% to 88.3%.  Among many other things, it covers
freedesktop.org packages.

* guix/gnu-maintenance.scm (html-updatable-package?)
(latest-html-updatable-release): New procedures.
(%generic-html-updater): New variable.
* doc/guix.texi (Invoking guix refresh): Document it.

gnu-maintenance: 'latest-html-release' better computes version number.

* guix/gnu-maintenance.scm (latest-html-release): Use 'tarball->version'
rather than 'package-name->name+version' to extract the version number.
This fixes problems with packages like 'netsurf' and 'libdom' that have
"-src" in their tarball name, where "src" would be taken as the new
version number.

gnu-maintenance: 'latest-html-release' can determine signature file name.

* guix/gnu-maintenance.scm (latest-html-release): #:file->signature
defaults to #f.
[file->signature/guess]: New procedure.
[url->release]: Use it when FILE->SIGNATURE is #f.
Introduce 'links' variable.
(url-prefix-rewrite): Check whether URL is true before calling
'string-prefix?'.
(latest-savannah-release): Adjust comment about detached signatures.

gnu-maintenance: 'release-file?' rejects checksum files.

* guix/gnu-maintenance.scm (release-file?): Reject ".md5sum",
".sha1sum", and ".sha256sum".

gnu-maintenance: 'latest-html-release' considers non-relative URLs.

* guix/gnu-maintenance.scm (latest-html-release): Allow for URL to be an
arbitrary URL rather than a relative URL reference.

gnu-maintenance: Use (htmlprag) for 'latest-html-release'.

* guix/gnu-maintenance.scm (html->sxml): Remove.  Autoload (htmlprag)
instead.
* doc/guix.texi (Requirements): Mention 'guix refresh' for the Guile-Lib
dependency.

maint: Check whether Guile-zlib is recent enough.

This is a followup to a04aef2430645357d7796969d4b6453478ff8a3f.

* m4/guix.m4 (GUIX_CHECK_GUILE_ZLIB): New macro.
* configure.ac: Use it when checking for Guile-zlib.

doc: Define the term "profile".

Fixes <https://bugs.gnu.org/46803>.
Reported by Luis Felipe <luis.felipe.la@protonmail.com>.

* doc/guix.texi (Getting Started): Introduce the term "profile".
(Invoking guix package): Likewise.

daemon: Correctly handle '--discover' with no value.

Previously, we'd get:

  $ guix-daemon --discover
  error: basic_string::_M_construct null not valid

* nix/nix-daemon/guix-daemon.cc (parse_opt): Change second argument to
'settings.set' to properly handle case where ARG is NULL.

gnu: gnome-autoar: Update to 0.3.1 [fixes CVE-2021-28650].

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-autoar): Update to 0.3.1.

gnu: pzstd: Update to 1.4.9 [fixes CVE-2021-24032].

* gnu/packages/compression.scm (pzstd): Use 'package/inherit' over zstd so any
graft applied to zstd cascades onto pzstd which is built from the same
source.

gnu: Use PACKAGE/INHERIT in more places.

* gnu/packages/algebra.scm (fftwf, fftw-openmpi),
gnu/packages/audio.scm (ztoolkit-rsvg),
gnu/packages/bioinformatics.scm (python2-dendropy),
gnu/packages/boost.scm (boost-with-python2),
gnu/packages/check.scm (python2-mock, python2-pytest-mock),
gnu/packages/cups.scm (hplip-minimal),
gnu/packages/freedesktop.scm (libinput-minimal),
gnu/packages/gettext.scm (gnu-gettext),
gnu/packages/glib.scm (python2-pygobject),
gnu/packages/gnome.scm (gdl-minimal, libsoup-minimal, python2-pyatspi),
gnu/packages/groff.scm (groff-minimal),
gnu/packages/jami.scm (ffmpeg-jami),
gnu/packages/libcanberra.scm (libcanberra/gtk+-2),
gnu/packages/lirc.scm (python2-lirc),
gnu/packages/llvm.scm (clang-runtime-3.5),
gnu/packages/mpi.scm (java-openmpi, openmpi-thread-multiple),
gnu/packages/node.scm (libnode),
gnu/packages/onc-rpc.scm (libtirpc/hurd),
gnu/packages/python-compression.scm (bitshuffle-for-snappy),
gnu/packages/python-crypto.scm (python2-pycrypto, python2-cryptography)
(python2-cryptography, python2-m2crypto),
gnu/packages/python-web.scm (python2-html2text, python2-tornado)
(python2-terminado, python2-ndg-httpsclient, python2-websocket-client)
(python2-rauth, python2-url, python2-s3transfer),
gnu/packages/python-xyz.scm (python2-psutil, python2-serpent)
(python2-humanfriendly, python2-empy, python2-parse-type, python2-polib)
(python2-jsonschema, python2-pystache, python2-cython, python2-numpydoc)
(python2-ipyparallel, python2-traitlets, python2-dbus)
(python2-beautifulsoup4, python2-pep517, python2-flake8, python2-llfuse)
(python2-tlsh, python-file, python2-notebook, python-jupyter-console-minimal)
(python2-contextlib2, python2-promise, python2-anyjson, python2-amqp)
(python2-kombu, python2-billiard, python2-celery, python2-whoosh)
(python2-jellyfish, python-rope, ptpython-2, python2-binaryornot)
(python2-setproctitle, python2-argcomplete, python2-xopen, python2-isort)
(python2-radon, python2-rfc6555, python2-activepapers, python2-send2trash)
(python2-cloudpickle, python2-reparser),
gnu/packages/python.scm (python2-called-python),
gnu/packages/qt.scm (python2-sip, python-pyqt-without-qtwebkit, python2-pyqt)
(python-qscintilla, python-pyqt+qscintilla),
gnu/packages/scanner.scm (sane-backends),
gnu/packages/sdl.scm (guile3.0-sdl2),
gnu/packages/selinux.scm (checkpolicy, libselinux, libsemanage, secilc)
(python-sepolgen, policycoreutils),
gnu/packages/serialization.scm (lua5.1-libmpack, lua5.2-libmpack),
gnu/packages/simulation.scm (fenics),
gnu/packages/statistics.scm (python2-statsmodels),
gnu/packages/texinfo.scm (info-reader),
gnu/packages/wxwidgets.scm (wxwidgets-gtk2, wxwidgets-gtk2-3.1),
gnu/packages/xml.scm (xmlsec-nss),
gnu/packages/xorg.scm (uim-gtk, uim-qt),
guix/build-system/python.scm (package-with-explicit-python)
(strip-python2-variant): Use PACKAGE/INHERIT.

gnu: gvfs: Add 'lint-hidden-cve' property.

* gnu/packages/gnome.scm (gvfs)[properties]: New field, marking
CVE-2019-12447, CVE-2019-12448, and CVE-2019-12449 as fixed.

gnu: gnome-shell: Add 'lint-hidden-cve' property.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-shell)[properties]: New field, marking
CVE-2019-3820 as fixed.

gnu: qemu: Enable reproducible builds.

Fixes <https://issues.guix.gnu.org/47176>.  The solution was suggested by
bonzini on OFTC's #qemu channel.

* gnu/packages/virtualization.scm (qemu)[snippet]: Delete bundled meson copy.
[native-inputs]: Add meson-next.

gnu: Add meson-next.

* gnu/packages/build-tools.scm (meson-next): New variable.

gnu: mpg321: Fix CVE-2019-14247.

* gnu/packages/patches/mpg321-CVE-2019-14247.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.
* gnu/packages/mp3.scm (mpg321)[source]: Apply it.

Signed-off-by: Léo Le Bouter <lle-bout@zaclys.net>
Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: varnish-modules: Update to 0.17.1 [fixes CVE-2021-28543].

* gnu/packages/web.scm (varnish-modules): Update to 0.17.1.

news: Add ‘de’ translation.

gnu: tor: Update to 0.4.5.7 [security fixes].

* gnu/packages/tor.scm (tor): Update to 0.4.5.7.

gnu: snakemake: Add missing inputs.

* gnu/packages/python-xyz.scm (snakemake)[propagated-inputs]: Add
python-nbformat, python-pulp, and python-toposort.

gnu: Add python-toposort.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-toposort): New variable.

gnu: Add python-pulp.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pulp): New variable.

gnu: Add python-amply.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-amply): New variable.

gnu: emacs-easy-kill: Update to 0.9.4.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-easy-kill): Update to 0.9.4.

gnu: emacs-leaf: Update to 4.4.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-leaf): Update to 4.4.0.

gnu: python-pikepdf: Update to 2.9.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pikepdf): Update to 2.9.0.

gnu: asymptote: Update to 2.70.

* gnu/packages/plotutils.scm (asymptote): Update to 2.70.

gnu: b4: Fix setup.py version incompatibility.

* gnu/packages/version-control.scm (b4)[source]: Add snippet to not
require too specific of a version.

Reported-by: Kyle Meyer <kyle@kyleam.com>

gnu: libmemcached: Disable test suite.

* gnu/packages/databases.scm (libmemcached): Disable test suite.  Removing
trailing #t.
[phases]{fix-configure}: Remove useless group in pattern.
{disable-failing-tests}: Remove phase.
{build-and-install-html-doc}: Order after the build phase.
[home-page]: Please 'guix lint'.

Reported-by: Simon Tournier <zimon.toutoune@gmail.com>

gnu: hisat2: Update to 2.2.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (hisat2): Update to 2.2.1.
[source]: Fetch from git repository on Github.
[arguments]: Add phase to build manual; remove trailing #t from other phases.
[native-inputs]: Remove unzip.
[home-page]: Update.
[inputs]: Add python-wrapper.

gnu: Remove MongoDB.

mongodb 3.4.10 has unpatched CVEs and mongodb 3.4.24 has some files in the
release tarball under the SSPL, therefore we cannot provide mongodb while
upholding to good security standards.

It turns out feff80cec3c97a3df2c20d300be12d67f79d4f22 was right since while
the main license file wasnt altered to SSPL, some files in the tree contain
SSPL headers.

* gnu/packages/databases.scm (go-gopkg.in-mgo.v2): Remove.
* gnu/packages/databases.scm (mongo-tools): Remove.
* doc/guix.texi (mongodb-service-type): Remove.
* gnu/tests/databases.scm (%test-mongodb, %mongodb-os, run-mongodb-test):
Remove.
* gnu/services/databases.scm (mongodb-configuration, mongodb-configuration?,
mongodb-configuration-mongodb, mongodb-configuration-config-file,
mongodb-configuration-data-directory, mongodb-service-type,
%default-mongodb-configuration-file, %mongodb-accounts, mongodb-activation,
mongodb-shepherd-service): Remove.
* gnu/packages/databases.scm (mongodb): Remove.

gnu: git: Fix git-manpages native input's hash.

This is a follow-up to commit ab9629b7c91ff7d6392a03512cfe442823267777.

* gnu/packages/version-control.scm (git)[native-inputs]: Fix git-manpages's
hash.

gnu: git: Update to 2.31.0.

* gnu/packages/version-control.scm (git): Update to 2.31.0.

gnu: python2-urllib3: Update to 1.26.4 [fixes CVE-2021-28363].

* gnu/packages/python-web.scm (python2-urllib3)[base]: Base off of
python-urllib3/fixed.

gnu: python-urllib3: Update to 1.26.4 [fixes CVE-2021-28363].

* gnu/packages/python-web.scm (python-urllib3/fixed): New variable.
(python-urllib3)[replacement]: Graft.

gnu: tmsu: Improve installation.

* gnu/packages/file-systems.scm (tmsu)[arguments]: Don't install go
source files. Install binary as tmsu instead of TMSU.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: glances: Update to 3.1.6.

* gnu/packages/python-xyz.scm (glances): Update to 3.1.6.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

syscalls: mounts: Fix a matching bug.

On some systems, the columns in /proc/self/mountinfo look like this:

23 28 0:21 / /proc rw,nosuid,nodev,noexec,relatime shared:11 - proc proc rw

Before this change, the mounts procedure was written with the assumption that
the type and source could always be found in columns 8 and 9, respectively.
However, the proc(5) man page explains that there can be zero or more optional
fields starting at column 7 (e.g., "shared:11" above), so this assumption is
false in some situations.

* guix/build/syscalls.scm (mounts): Update the match pattern to use ellipsis
to match zero or more optional fields followed by a single hyphen.  Remove the
trailing ellipsis, since multiple ellipses are not allowed in the same level.
The proc(5) man page indicates that there are no additional columns, so it is
probably OK to match an exact number of columns at the end like this.

Revert some commits that caused `guix pull` to fail.

This reverts commits 821e6439212f8e94580674eaaff2ce6752cd3b18 through
8f9fd9b70c7bf166d96a4b1dc8b427f8cdf040b5.

Specifically, these commits caused the build failure of
guix-package-cache.drv like this:

------
(repl-version 0 1 1)
Generating package cache for '/gnu/store/vyz7q26kxxd4z70m24rkkqqhaizdla7g-profile'...
(exception unbound-variable (value #f) (value "Unbound variable: ~S") (value (r-biobase)) (value #f))

gnu: r-biocparallel: Build reproducibly.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocparallel)[arguments]: Add phase
"make-reproducible".

gnu: r-delayedarray: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-delayedarray): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-delayedarray): ...to here.

gnu: r-rsamtools: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rsamtools): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rsamtools): ...to here.

gnu: r-biostrings: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biostrings): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biostrings): ...to here.

gnu: r-biocparallel: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocparallel): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biocparallel): ...to here.

gnu: r-biomart: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biomart): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biomart): ...to here.

gnu: r-annotationdbi: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-annotationdbi): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-annotationdbi): ...to here.

gnu: r-biobase: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biobase): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biobase): ...to here.

gnu: r-genomicranges: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicranges): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-genomicranges): ...to here.

gnu: r-xvector: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-xvector): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-xvector): ...to here.

gnu: r-limma: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-limma): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-limma): ...to here.

gnu: dbus-c++: Fix command name in description.

* gnu/packages/glib.scm (dbus-c++)[description]: Fix command prefix in
description, and mention the second command installed as well.

news: Add news entry about changes to the QEMU binfmt service.

* etc/news.scm: Add entry.

gnu: qemu: Update to 5.2.0.

* gnu/packages/virtualization.scm (qemu): Update to 5.2.0.
[source]: Re-indent and break long lines, to appease 'guix lint'.
[arguments]{disable-unusable-tests}: Adjust for the new Meson build
system.  Remove patching for a test workaround that has been resolved in
5.2.0.
{patch-test-shebangs, patch-/bin/sh-references}: Combine into...
{patch-embedded-shebangs}: ... this new phase.  Patch the SHELL variable in
the Makefile.
{fix-optionrom-makefile}: New phase.
{install-user-static}: Adjust as the binaries are now symbolic links pointing to their
actual build path.
[native-inputs]: Add ninja.
* gnu/packages/patches/qemu-build-info-manual.patch: Update patch.

Co-authored-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>
Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

services/qemu-binfmt: Use the F flag and the static output of QEMU.

Fixes <https://issues.guix.gnu.org/36117>.

Before this change, the 'binfmt_misc' entries registered for QEMU would not be
usable in container contexts outside of guix-daemon (without manually bind
mounting file names).

For example:

$ docker run --rm arm32v7/debian true
standard_init_linux.go:207: exec user process caused "no such file or directory"

After this change, any container can make use of the QEMU binfmt_misc
registrations, as their corresponding QEMU static binaries are fully
pre-loaded by the kernel.

* gnu/services/virtualization.scm (<qemu-platform>): Define using
'define-record-type*'.
[flags]: New field, which defaults to "F" (fix binary).
(%i386, %i486, %alpha, %arm, %armeb, %sparc, %sparc32plus, %ppc, %ppc64)
(%ppc64le, %m68k, %mips, %mipsel, %mipsn32, %mipsn32el, %mips64, %mips64el)
(%riscv32, %riscv64, %sh4, %sh4eb, %s390x, %aarch64, %hppa): Adjust.
(qemu-binfmt-guix-chroot): Remove variable.
(qemu-binfmt-service-type): Remove the qemu-binfmt-guix-chroot extension.
* gnu/services/qemu-binfmt (qemu-platform->binfmt):  Use the static output of
QEMU.
* doc/contributing.texi (Submitting Patches): Update doc.
* doc/guix.texi (Virtualization Services): Update doc.

gnu: qemu: Add a static output.

The static output is equivalent to what other distributions commonly package
as 'qemu-user-static'.

* gnu/packages/virtualization.scm (qemu)[outputs]: Add a static output.
[phases]{configure}: Configure the main build as an out-of-source build.  Move
all configure flags to ...
[configure-flags]: ... here.  The options explicitly enabling optional
features are removed; the configure script does a good job at enabling all the
features available based on the inputs present and this allows reusing the
flags in variant packages such as qemu-minimal.
{configure-user-static, build-user-static, install-user-static}: New phases.
{patch-test-shebangs}: New phase, extracted from the configure phase.
[native-inputs]: Add glib-static, pcre:static and zlib:static.
(qemu-minimal)[arguments]: Reuse the configure-flags argument.  Rewrite to use
match instead of cond.

gnu: Add glib-static.

* gnu/packages/glib.scm (glib-static): New variable.

gnu: qemu: Fix indentation and remove trailing #t.

* gnu/packages/virtualization.scm (qemu): Fix indentation and remove
trailing #t, appeasing 'guix lint'.

gnu: r-seurat: Fix build.

This is a follow-up to commit e4d4046999304a3693da80cf0fdfe5fd5753b2b7

* gnu/packages/cran.scm (r-seurat)[arguments]: Patch NAMESPACE file.

gnu: xterm: Fix uxterm in pure environments.

* gnu/packages/xorg.scm (xterm)[arguments]: Add a 'patch-file-names
phase.

gnu: sudo: Update to 1.9.6p1.

* gnu/packages/admin.scm (sudo): Update to 1.9.6p1.

gnu: ibus-libpinyin: Update to 1.12.0.

* gnu/packages/ibus.scm (ibus-libpinyin): Update to 1.12.0.
[arguments]: Enable opencc; include setup files on PYTHONPATH; override
PYTHONPATH instead of prefixing.
[inputs]: Add opencc; remove python-pyxdg.
[license]: Change to GPLv3+.

gnu: libpinyin: Update to 2.6.0.

* gnu/packages/ibus.scm (libpinyin): Update to 2.6.0.

gnu: r-genomicfeatures: Update to 1.42.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicfeatures): Update to 1.42.2.

gnu: r-delayedarray: Update to 0.16.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-delayedarray): Update to 0.16.2.

gnu: r-scater: Update to 1.18.6.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-scater): Update to 1.18.6.

gnu: r-cytoml: Update to 2.2.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-cytoml): Update to 2.2.2.
[inputs]: Add zlib.

gnu: r-diffbind: Update to 3.0.14.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-diffbind): Update to 3.0.14.

gnu: r-reportingtools: Update to 2.30.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-reportingtools): Update to 2.30.2.

gnu: r-genomeinfodb: Update to 1.26.4.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-genomeinfodb): Update to 1.26.4.

gnu: r-deseq2: Update to 1.30.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-deseq2): Update to 1.30.1.

gnu: alacritty: Use more packaged rust libraries.

* gnu/packages/terminals.scm (alacritty)[arguments]: Move
rust-bitflags-1, rust-dirs-2, rust-libc-0.2, rust-unicode-width-0.1,
rust-winapi-0.3 from cargo-inputs ...
[inputs]: ... to here.

gnu: rust-dirs-2: Adapt for new build system.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-dirs-2)[inputs]: Add rust-cfg-if-0.1,
rust-dirs-sys-0.3.

gnu: rust-dirs-sys-0.3: Adapt for new build system.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-dirs-sys-0.3)[inputs]: Add
rust-cfg-if-0.1, rust-libc-0.2, rust-redox-users-0.3, rust-winapi-0.3.

gnu: rust-lazy-static-1: Adapt for new build system.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-lazy-static-1)[inputs]: Add
rust-spin-0.5.

gnu: alacritty: Use packaged rust-wayland-client.

* gnu/packages/terminals.scm (alacritty)[arguments]: Remove
rust-wayland-client-0.28 from cargo-inputs. In custom
'add-absolute-library-references remove substitutions for
rust-wayland-client.
[inputs]: Add rust-wayland-client-0.28.