packages: Support the deprecated "NAME-VERSION" syntax.

Fixes a typo introduced in 1b846da8c372bee78851439fd9e72b2499115e5a that
would lead to a backtrace when using the deprecated syntax.

* gnu/packages.scm (%find-package): Turn the first argument to
'call-with-values' into a thunk.  Use #:select instead of '@' to select
the right 'package-name->name+version' procedure.

packages: Clarify NAME-VERSION deprecation message.

* gnu/packages.scm (%find-package): Clarify message; remove trailing
period.

guix system: Write the GC root on the target file system.

Fixes <http://bugs.gnu.org/22802>.
Reported by Jookia <166291@gmail.com>.

* guix/scripts/system.scm (install-grub*): Prepend TARGET to GC-ROOT.

emacs: Gracefully handle wrong package names passed to 'guix-edit'.

Fixes <http://bugs.gnu.org/22933>.

* emacs/guix-main.scm (package-location-string): Rewrite to handle the
case where 'packages-by-name' returns the empty list.

Co-authored-by: Mathieu Lirzin <mthl@gnu.org>

gnu: jasper: Add fixes for CVE-2016-1577, CVE-2016-2089, CVE-2016-2116.

* gnu/packages/patches/jasper-CVE-2016-1557.patch,
gnu/packages/patches/jasper-CVE-2016-2089.patch,
gnu/packages/patches/jasper-CVE-2016-2116.patch: New files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/image.scm (jasper)[source]: Add patches.

gnu: libreoffice: Update to 5.0.5.2 [fixes CVE-2016-{0794, 0795}].

* gnu/packages/libreoffice.scm (libreoffice): Update to 5.0.5.2.

gnu: linux-libre: Update to 4.1.19.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Update to 4.1.19.

gnu: linux-libre: Update to 4.4.4.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Update to 4.4.4.

packages: Cache the result of 'input-grafts'.

This reduces the wall-clock time of

  guix environment gnutls --pure -E true

by ~35%.

* guix/packages.scm (%graft-cache): New variable.
(input-graft): Use 'cached' to cache to %GRAFT-CACHE.

packages: Cache the result of 'package->bag'.

This reduces the wall-clock time of

  guix environment gnutls --pure -E true

by ~25%.

* guix/packages.scm (%bag-cache): New variable.
(package->bag): Use 'cached' to cache things to %BAG-CACHE.

packages: Generalize the 'cached' macro.

* guix/packages.scm (cache): Rename to...
  (cache!): ... this.  Add 'cache' parameter, and use it.
  (cached): Add a rule to allow the cache to be specified.

gnu: network-manager: Update to 1.0.10.

* gnu/packages/gnome.scm (network-manager): Update to 1.0.10.
  (network-manager-applet): Likewise.
  (%network-manager-glib-duplicate-test-patch): Remove.

gnu: network-manager: Disable failing tests.

* gnu/packages/gnome.scm (network-manager): Add pre-configure phase.

gnu: elogind: Update to 219.13.

* gnu/packages/freedesktop.scm (elogind): Update to 219.13.  Remove
  build fix that is no longer needed.  Update home page.

gnu: system: Add elogind cgroup mount.

* gnu/system/file-systems.scm (%elogind-file-systems): Add elogind
  cgroup mount.

gnu: Add Blender.

* gnu/packages/graphics.scm (blender): New variable.

gnu: Add gst-python.

* gnu/packages/gstreamer.scm (python-gst, python2-gst): New variables.

gnu: python-pygobject: Propagate glib and libffi.

* gnu/packages/glib.scm (python-pygobject): Move glib and libffi to propagated-inputs.
(python2-pygobject)[inputs]: Remove glib and libffi.

gnu: python-pygobject: Add search path for GI_TYPELIB_PATH.

* gnu/packages/glib.scm (python-pygobject)[native-search-paths]: Use the
same search paths as gobject-introspection.

gnu: orc: Update to 0.4.25.

* gnu/packages/gstreamer.scm (orc): Update to 0.4.25.

services: Use 'packages->manifest' in 'packages->profile-entry'.

This allows using (PACKAGE OUTPUT) in the packages field.
Reported by Jan Nieuwenhuizen <janneke@gnu.org>.

* gnu/services.scm (packages->profile-entry): Use 'packages->manifest'.

services: elogind: Rely on D-Bus activation.

Previously elogind was explicitly spawned by the Shepherd.  Now it is
activated by dbus-daemon on demand.

* gnu/packages/freedesktop.scm (elogind)[arguments]: Add
'fix-service-file' phase.
* gnu/services/desktop.scm (elogind-shepherd-service): Remove.
(elogind-dbus-service): New procedure.
(elogind-service-type): Do not extend SHEPHERD-ROOT-SERVICE-TYPE.  Use
'elogind-dbus-service' for DBUS-ROOT-SERVICE-TYPE.

tests: Disable grafting by default for most tests.

This allows tests to run as expected even in the presence of
replacements among the bootstrap packages, such as Perl (commit
d8173f21f7b4e3cb83541b8fa70621d2b6d4ce1c).

* tests/cpan.scm: Add (%graft? #f).
* tests/derivations.scm: Likewise.
* tests/graph.scm: Likewise.
* tests/monads.scm: Likewise.
* tests/profiles.scm: Likewise.
* tests/gexp.scm: Likewise.
("gexp->derivation vs. grafts"): Explicitly reenable grafting before,
and disable it after, using 'set-grafting'.

import: snix: Use the right 'package-name->name+version'.

Fixes a regression introduced in
1b846da8c372bee78851439fd9e72b2499115e5a.

* guix/import/snix.scm: Use 'package-name->name+version' from (guix
build utils).

gnu: alsa-modular-synth: Insert space to separate linker flags.

* gnu/packages/audio.scm (alsa-modular-synth)[arguments]: Add build
phase to separate linker flags.

gnu: alsa-modular-synth: Drop Qt 4.

* gnu/packages/audio.scm (alsa-modular-synth)[inputs]: Replace "qt-4"
with "qt".
[arguments]: Add configure flag to build with Qt 5.

doc: Explain how to check whether security updates are used.

Based on
<https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2016-03/msg00009.html>.

* doc/guix.texi (Security Updates): Explain how to check whether we're
using a grafted version.

store: 'references/substitutes' correctly handles the order of substitutes.

Before that, 'references/substitutes' would assume that
'substitutable-path-info' would return things in the same order as its
arguments, which is not the case.  Thus, it would sometimes provide
incorrect reference information, occasionally leading to infinite
loop (because dependency information would denote cycles.)

Fixes <http://bugs.gnu.org/22914>.
Reported by Eric Bavier <ericbavier@openmailbox.org>.

* guix/store.scm (references/substitutes): Make ITEMS the first argument
of the loop; match on it.  Use 'any' to find a matching substitute.
(substitutable-path-info): Clarify docstring about ordering.

gnu: vigra: Update to a development snapshot.

* gnu/packages/image.scm (vigra): Update to a git snapshot to fix build
  problems with the current python-numpy.

gnu: Add einstein.

* gnu/packages/games.scm (einstein): New variable.
* gnu/packages/patches/einstein-build.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Register patch.

doc: Typos and small stylistic changes.

* guix.texi: Correct typos and make minor changes.

gnu: jalv: Drop Qt-4 support.

* gnu/packages/audio.scm (jalv)[inputs]: Drop qt-4. It does not receive any
  upstream security updates, and Qt-4 support is marked as experimental in
  the jalv documentation.

tests: Disable tests that would rebuild the world due to grafting.

The Perl replacement added in d8173f2 leads some tests to involve
grafting, which in turn triggers derivation builds that rebuild the
world.  Work around that.

* tests/packages.scm: Add call to '%graft?'.
("package-derivation, direct graft")
("package-cross-derivation, direct graft"): Comment out.

grafts: Memoize intermediate results in 'cumulative-grafts'.

The time for:

  guix build inkscape -n --no-substitutes

goes down by 30% (in the presence of 3 replacements among all the
packages.)

* guix/grafts.scm (cumulative-grafts): Turn into a monadic procedure in
%STATE-MONAD.  Use the current state as a derivation-to-graft cache.
(graft-derivation): Call 'cumulative-grafts' within 'run-with-state'.

packages: The result of 'bag-grafts' does not contain duplicates.

* guix/packages.scm (bag-grafts): Add call to 'delete-duplicates'.

grafts: Use dependency information from substitutes when possible.

This avoids starting derivation builds just for the sake of knowing the
references of their outputs, thereby restoring the expected behavior of
--dry-run when substitutes are available.

* guix/grafts.scm (non-self-references): Remove 'store' parameter, and
add 'references'.  Use it.  Update caller.
(references-oracle): New variable.
(cumulative-grafts): Add 'references' parameter and use it.  Update
callers.
(graft-derivation): Remove 'build-derivations' call.  Add call to
'references-oracle'.

store: Add 'references/substitutes'.

* guix/store.scm (references/substitutes): New procedure.
* tests/store.scm ("references/substitutes missing reference info")
("references/substitutes with substitute info"): New tests.

tests: Narinfos can specify an non-empty reference list.

* guix/tests.scm (derivation-narinfo): Add #:references and honor it.
(call-with-derivation-narinfo, call-with-derivation-substitute):
Likewise.
(with-derivation-narinfo, with-derivation-substitute): Add 'references'
keyword.

guix build: Set the build options early.

This fixes a bug whereby, with grafts leading to builds very early,
build options such as --substitute-urls would not be taken into account
yet.

Reported by Andreas Enge <andreas@enge.fr>.

* guix/scripts/build.scm (guix-build): Move 'opts' to the beginning.
Use 'with-store' instead of 'open-connection'.  Call
'set-build-options-from-command-line' right after 'with-store'.

gnu: letsencrypt, python-acme: Update to 0.4.2.

These packages should be updated together.

* gnu/packages/tls.scm (letsencrypt): Update to 0.4.2.
(python-acme, python2-acme): Update to 0.4.2.

gnu: python-cryptography, python-cryptography-vectors: Update to 1.2.3.

These packages should be updated together.

* gnu/packages/python.scm (python-cryptography): Update to 1.2.3.
(python-cryptography-vectors): Update to 1.2.3.

doc: Mention syslogd configuration.

* gnu/services/base.scm (syslog-service): Add xref to Inetutils in the
docstring.
(%default-syslog.conf): Export.
* doc/guix.texi (Base Services): Update accordingly.

lint: cve: Gracefully handle HTTP errors.

* guix/scripts/lint.scm (current-vulnerabilities*): New procedure.
(package-vulnerabilities): Use it.

gnu: gnome: Sync description and synopsis.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome)[synopsis, description]: Use official
GNU blurb.

gnu: nano: Update to 2.5.3.

* gnu/packages/nano.scm (nano): Update to 2.5.3.

gnu: libgit2: Update to 0.23.4.

* gnu/packages/version-control.scm (libgit2): Update to 0.23.4.

gnu: findnewest: Update to 0.3.

* gnu/packages/version-control.scm (findnewest): Update to 0.3.

emacs: Use '@' to separate package names and version numbers.

This is a followup to commit 1b846da8c372bee78851439fd9e72b2499115e5a.

* emacs/guix-base.el (guix-package-name-specification): Use "@" instead
of "-".
* emacs/guix-main.scm (name+version->full-name): Likewise.
(package-inputs-names): Use 'make-package-specification' instead of
'package-full-name'.
(full-name->name+version): Update the docstring.
* emacs/guix-ui-package.el (guix-packages-by-name): Likewise.

emacs: hydra: Use '-' to separate job names and version numbers.

* emacs/guix-hydra.el (guix-hydra-job-name-specification): New procedure.
* emacs/guix-ui-package.el (guix-package-info-insert-systems)
(guix-package-list-latest-builds): Use it.

gnu: exim: Update to 4.86.2 [fixes CVE-2016-1531].

* gnu/packages/mail.scm (exim): Update to 4.86.2.

gnu: Add byzanz.

* gnu/packages/gnome.scm (byzanz): New variable.

doc: Improve Info categories.

* doc/guix.texi: Change main category to "System administration".  Fix
syntax of subnodes.  Add entries for 'guix pull' and 'guix gc'.  Add
"Emacs" category.

build: Use (guix grafts) as needed.

This is a followup to 7adf9b8.

* build-aux/check-final-inputs-self-contained.scm: Use (guix grafts).
* build-aux/check-available-binaries.scm: Likewise.

gnu: youtube-dl: Update to 2016.03.01.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2016.03.01.

gnu: mpv: Update to 0.16.0.

* gnu/packages/video.scm (mpv): Update to 0.16.0.

gnu: perl: Replace with patched version [fixes CVE-2016-2381].

* gnu/packages/patches/perl-CVE-2016-2381.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/perl.scm (perl)[replacement]: New field.
(perl-fixed): New variable.
* gnu/packages/commencement.scm (perl-boot0)[replacement]: New field.

gnu: irssi: Support proxy, socks, bot.

* gnu/packages/irc.scm (irssi)[arguments]: Add configure flags to
support proxy, socks and bot.

gnu: irssi: Update to 0.8.18.

* gnu/packages/irc.scm (irssi): Update to 0.8.18.
[source]: Update uri.

build: Build (guix import github) only when Guile-JSON is available.

Reported by Justus Winter <justus@gnupg.org>.

* Makefile.am (MODULES): Add guix/import/github.scm only when
HAVE_GUILE_JSON.

po: Drop removed file 'weechat.scm'.

Fixes <http://bugs.gnu.org/22888>.
weechat has been merged into 'irc.scm' in e288f007.

* po/packages/POTFILES.in: Drop removed file 'weechat.scm'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

system: GRUB menu entry says "beta" instead of "alpha"

* gnu/system.scm (kernel->grub-label): Change "alpha" to "beta'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

system: Add rfkill to '%base-packages'.

* gnu/system.scm (%base-packages): Add RFKILL.

gnu: python-pysam: Move cython and setuptools to native inputs.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pysam)[inputs]: Move
"python-cython" and "python-setuptools" from here...
[native-inputs]: ... to here.

gnu: deeptools: Update to 2.1.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (deeptools): Update to 2.1.1.
[inputs]: Add "python2-numpydoc" and "python2-pybigwig".

gnu: deeptools: Change "propagated-inputs" to "inputs".

* gnu/packages/bioinformatics.scm (deeptools)[propagated-inputs]: Move
all inputs from here...
[inputs]: ...to here.

gnu: Add python-pybigwig.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pybigwig, python2-pybigwig):
  New variables.

gnu: python-pysam: Update to 0.8.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pysam): Update to 0.8.4.

gnu: python-pysam, python2-pysam: Move to bioinformatics.scm.

* gnu/packages/python.scm (python-pysam, python2-pysam): Move to...
* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pysam, python2-pysam):
  ...here.

lint: derivation: Disable grafts, but check replacements.

* guix/scripts/lint.scm (check-derivation): Pass #:graft? #f.  When
'package-replacement' exists, compute its derivation.

gnu: Add procmail.

 * gnu/packages/patches/procmail-ambiguous-getline-debian.patch: New file.
 * gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
 * gnu/packages/mail.scm (procmail): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

guix build: -S returns the replacement's source.

Reported by Mark H Weaver.

* guix/scripts/build.scm (options->derivations): When SRC and GRAFT? are
true, use the source of P's replacement.
* tests/guix-build.sh: Add test.

hydra: Completely disable grafting.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (hydra-jobs): Parameterize '%graft?'.
Build package replacements when they are available.

hydra: Improve readability.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (hydra-jobs): Use 'filter-map' instead
of directly 'fold-packages'.

utils: Use '@' for separating package names and version numbers.

This provides the ability to use numbers in package names.

Fixes <http://bugs.gnu.org/19219>.

* guix/utils.scm (package-name->name+version): New procedure.
* gnu/packages.scm (%find-package): Add a FALLBACK? keyword argument.
Use the previous method when no package is found.
(specification->package+output, specification->package): Adapt
documentation to new syntax.
* doc/guix.texi (Invoking guix package, Invoking guix import): Likewise.
* guix/ui.scm (package-specification->name+version+output): Likewise.
* guix/scripts/import/hackage.scm (show-help): Likewise.
* tests/guix-build.sh: Adapt to new syntax.
* tests/guix-lint.sh: Likewise.
* tests/guix-package.sh: Likewise.
* tests/ui.scm ("package-specification->name+version+output"): Likewise.
* tests/utils.scm ("package-name->name+version"): Likewise.
* NEWS: Mention new syntax.

packages: Factorize package specification search.

* gnu/packages.scm (%find-package): New procedure.
(specification->package, specification->package+output): Use it.

gnu: icecat: Update bundled graphite2 to 1.3.6 [unspecified security fixes].

* gnu/packages/patches/icecat-update-graphite2-pt2.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[source]: Add patch.

gnu: nss: Update to 3.21.1.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (nss): Update to 3.21.1.

gnu: graphite2: Replace with 1.3.6 [unspecified security fixes].

See <https://bodhi.fedoraproject.org/updates/FEDORA-2016-dec1faadc5>

* gnu/packages/fontutils.scm (graphite2)[replacement]: New field.
(graphite2-1.3.6): New variable.

gnu: Add password-store.

* gnu/packages/password-utils.scm (password-store): New variable.

Co-authored-by: Andreas Enge <andreas@enge.fr>
Co-authored-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add cppcheck.

* gnu/packages/check.scm (cppcheck): New variable.

tests: Disable grafts by default.

Fixes <http://bugs.gnu.org/22872>.
Reported by myglc2 <myglc2@gmail.com>.

* test-env.in: Define and export 'GUIX_BUILD_OPTIONS'.
* tests/guix-build.sh: When setting 'GUIX_BUILD_OPTIONS', make sure it
contains '--no-grafts'.
* tests/guix-package.sh: Likewise.
* tests/guix-daemon.sh: Add (%graft? #f) in Scheme snippets.

graph: Ignore 'GUIX_BUILD_OPTIONS'.

Previously 'GUIX_BUILD_OPTIONS' would be honored, but 'guix graph' does
not support the common build options.

* guix/scripts/graph.scm (guix-graph): Use 'args-fold*' instead of
'parse-command-line'.

guix build: Move '--no-grafts' to the common build options.

* guix/scripts/build.scm (%options): Move --no-grafts to...
(%standard-build-options): ... here.
(show-help, show-build-options-help): Adjust accordingly.
* guix/scripts/archive.scm (%default-options): Add 'graft?'.
(guix-archive): Parametrize '%graft?'.
* guix/scripts/environment.scm (%default-options): Add 'graft?'.
(guix-environment): Parametrize '%graft?'.
* guix/scripts/package.scm (%default-options): Add 'graft?'.
(guix-package): Parametrize '%graft?'.
* guix/scripts/system.scm (%default-options): Add 'graft?'.
(guix-system): Parametrize 'graft?'.
* doc/guix.texi (Additional Build Options): Move --no-grafts to...
(Common Build Options): ... here.

guix archive: Use 'with-store'.

* guix/scripts/archive.scm (guix-archive): Use 'with-store' instead of
an explicit 'open-connection'.

gnu: openssl: Enable ssl2 at build time to ensure ABI compatible graft.

Fixes <https://debbugs.gnu.org/22876>
Reported by Christopher Allan Webber <cwebber@dustycloud.org>.

* gnu/packages/tls.scm (openssl-1.0.2g)[arguments]: Override the inherited
  'configure' phase to add "enable-ssl2" as an argument to ./config.

gnu: ilmbase: Fix typo in adding a patch.

* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Fix typo.
5e8276dcf4e3a05f69176dca816f00616e7f0593

gnu: xfce: Don't wrap 'startxfce4'.

The necessary environment variables are set by 'etc/profile' now.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce)[build-system]: Use 'trivial-build-system'.
[arguments]: Simplify.

gnu: ilmbase: Add patch to fix build on i686.

Fixes <http://bugs.gnu.org/22049>.

* gnu/packages/patches/ilmbase-fix-tests.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/graphics.scm (ilmbase)[source]: Add patch.

gnu: openssh: Update to 7.2p1.

* gnu/packages/ssh.scm (openssh): Update to 7.2p1.

gnu: libressl: Update to 2.2.6.

* gnu/packages/tls.scm (libressl): Update to 2.2.6.

gnu: parallel: Update to 20160222.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20160222.

gnu: r-go-db: Bioconductor changed URL for data downloads.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-go-db)[source]: Update data URL.

gnu: r-iranges: Update to 2.4.8.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-iranges): Update to 2.4.8.

gnu: r-s4vectors: Update to 0.8.11.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-s4vectors): Update to 0.8.11.

gnu: r-ggplot2: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-ggplot2): Update to 2.0.0.

gnu: openssl: Replace with 1.0.2g [fixes CVE-2016-{0800,0705,0798,0797,0799,0702,0703,0704}].

See <http://openssl.org/news/secadv/20160301.txt>.
Also fixes <http://bugs.gnu.org/22831>.

* gnu/packages/patches/openssl-c-rehash-in.patch: New file.
* gnu/packages/tls.scm (openssl)[replacement]: New field.
(openssl-1.0.2g): New variable.

grafts: Graft recursively.

Fixes <http://bugs.gnu.org/22139>.

* guix/grafts.scm (graft-derivation): Rename to...
(graft-derivation/shallow): ... this.
(graft-origin-file-name, item->deriver, non-self-references)
(cumulative-grafts, graft-derivation): New procedures
* tests/grafts.scm ("graft-derivation, grafted item is a direct
dependency"): Clarify title.  Use 'grafted' instead of 'graft' to refer
to the grafted derivation.
("graft-derivation, grafted item is an indirect dependency")
("graft-derivation, no dependencies on grafted output"): New tests.
* guix/packages.scm (input-graft): Change to take a package instead of
an input.
(input-cross-graft): Likewise.
(fold-bag-dependencies): New procedure.
(bag-grafts): Rewrite in terms of 'fold-bag-dependencies'.
* tests/packages.scm ("package-derivation, indirect grafts"): Comment out.
* doc/guix.texi (Security Updates): Mention run-time dependencies and
recursive grafting.

gnu: tiled: Use 'modify-phases'.

* gnu/packages/game-development.scm (tiled)[arguments]: Use 'modify-phases'.

gnu: tiled: Update to 0.15.1.

* gnu/packages/game-development.scm (tiled): Update to 0.15.1.

gnu: Add PePr.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pepr): New variable.