gnu: linux-libre: Update to 4.13.4.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.13.4.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.52.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.52.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.89.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.89.

gnu: wireshark: Update to 2.4.1.

* gnu/packages/networking.scm (wireshark): Update to 2.4.1.

gnu: r-ddalpha: Update to 1.3.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-ddalpha): Update to 1.3.1.
[propagated-inputs]: Add r-sfsmisc.
[native-inputs]: Add gfortran.

gnu: r-lava: Update to 1.5.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-lava): Update to 1.5.1.

gnu: r-rcpp: Update to 0.12.13.

* gnu/packages/cran.scm (r-rcpp): Update to 0.12.13.

gnu: r-lme4: Update to 1.1-14.

* gnu/packages/statistics.scm (r-lme4): Update to 1.1-14.

gnu: r-doparallel: Update to 1.0.11.

* gnu/packages/statistics.scm (r-doparallel): Update to 1.0.11.

gnu: r-checkmate: Update to 1.8.4.

* gnu/packages/statistics.scm (r-checkmate): Update to 1.8.4.

gnu: r-backports: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-backports): Update to 1.1.1.

services: web: Add try-files for the nginx-service-type.

* gnu/services/web.scm (<nginx-server-configuration>): Add
  nginx-server-configuration-try-files.
(emit-nginx-server-config): Use it.
* doc/guix.texi (Web Services): Document it.

gnu: python-ipython: Update to 5.3.0.

* gnu/packages/python.scm (python-ipython, python2-ipython): Update to 5.3.0.

gnu: python-numpy: Update to 1.13.1.

* gnu/packages/python.scm (python-numpy, python2-numpy): Update to 1.13.1.
[source]: Download the zip release from pypi instead of a git snapshot.
[native-inputs]: Add unzip.
[arguments]: Set SHELL environment variable.

Co-authored by Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add footswitch.

I have tested the built footswitch tool with my foot switch. It works as expected.
Is accessibility.scm the correct location for this tool?

* gnu/packages/accessibility.scm (footswitch): New variable.

gnu: r-minimal: Update to 3.4.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-minimal): Update to 3.4.2.

gnu: Add cadaver.

* gnu/packages/web.scm (cadaver): New variable.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: Add emacs-jinja2-mode.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-jinja2-mode): New variable.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: Add emacs-sr-speedbar.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-sr-speedbar): New variable.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: lirc: Update to 0.10.1.

* gnu/packages/lirc.scm (lirc): Update to 0.10.1.
[arguments]: Use "--enable-devinput" configure flag.

gnu: dunst: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/dunst.scm (dunst): Update to 1.2.0.
[inputs]: Update: remove 'libxext' and 'libxft', add 'gtk' and 'libxrandr'.
[home-page]: Update for the new location.

gnu: emacs-pdf-tools: Update to 0.80.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-pdf-tools): Update to 0.80.
[propagated-inputs]: Add 'emacs-tablist' as it is the new dependency.

gnu: Add emacs-tablist.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-tablist): New variable.

cuirass: Add 'cuirass-jobs.scm' target to compute the Cuirass jobs.

* build-aux/hydra/evaluate.scm: Support "cuirass" command line option.
* Makefile.am (cuirass-jobs.scm): New target.

guix: Revert accidentally committed changes.

This is a follow-up to commit fb1db385476bc4548d3eadea93b5dd6a346839f2.

* guix/scripts/build.scm (lazy-util): Remove procedure.
(options->things-to-build): Remove special case for files with ".json"
extension.

gnu: Add asco.

* gnu/packages/engineering.scm (asco): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: openocd: Update to 0.10.0

* gnu/packages/embedded.scm (openocd): Update to 0.10.0.
[arguments] <configure-flags>: Add "--enable-sysfsgpio" flag.
Remove "--enable-oocd_trace" flag.
[arguments] <phases>: Add phase "change-udev-group".
Add phase "install-udev-rules".
* gnu/packages/patches/openocd-nrf52.patch: Modify to apply on 0.10.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: libjaylink: Update to commit 699b700.

* gnu/packages/embedded.scm (libjaylink): Update to commit 699b700.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: qtmultimedia: Build gstreamer backend.

* gnu/packages/qt.scm (qtmultimedia)[inputs]: Add gstreamer and
gst-plugins-base.
[arguments]: Replace configure phase to pass extra arguments to qmake.

gnu: Add dino.

* gnu/packages/messaging.scm (dino): New variable.

import: Add JSON importer.

* doc/guix.texi (Invoking guix import): Document it.
* guix/scripts/import/json.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.
* guix/scripts/import.scm (importers): Add json importer.

import: Add generic data to package converter.

* guix/import/utils.scm (build-system-modules, lookup-build-system-by-name,
specs->package-lists, source-spec->object, alist->package): New procedures.
* tests/import-utils.scm: Add tests for alist->package.

import: Add package->code.

* guix/import/print.scm: New file.
* tests/print.scm: New file.
* Makefile.am (SCM_TESTS): Add new test file.
(MODULES): Add print.scm.

gnu: libical: Fix libdir install path.

Reported by sadiq on IRC.

* gnu/packages/calendar.scm (libical)[arguments]: Remove configure flag
adding /lib64 to rpath, add flag to force libdir to /lib.

gnu: libgc: Add 'libgc-back-pointers' variant.

* gnu/packages/bdw-gc.scm (libgc/back-pointers): New variable.

gnu: Add font-rachana.

* gnu/packages/fonts.scm (font-rachana): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add gnome-todo.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-todo): New public variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

cuirass: Support subset with list of package[@version].

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (hydra-jobs): Support subset of
packages: ("name[@version" ...).

cuirass: Add gnu-system build spec.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (hydra-jobs): Support subset "hello".
* build-aux/cuirass/gnu-system.scm: New file.
* doc/guix.texi (Continuous Integration): Update example spec.

gnu: Add ocaml-camomile.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-camomile): New variable.

gnu: Add bap.

* gnu/packages/ocaml.scm (bap): New variable.

gnu: Add ocaml-piqi.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-piqi): New variable.

gnu: Add ocaml-graph.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-graph): New variable.
* gnu/packages/patches/ocaml-graph-honor-source-date-epoch.patch: New
file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Add ocaml-uuidm.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-uuidm): New variable.

gnu: Add ocaml-piqilib.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-piqilib): New variable.

gnu: Add ocaml-optcomp.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-optcomp): New variable.

gnu: Add ocaml-easy-format.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-easy-format): New variable.

gnu: Add ocaml-uri.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-uri): New variable.

gnu: Add ocaml-ezjsonm.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ezjsonm): New variable.

gnu: samba: Install manual pages.

* gnu/packages/samba.scm (samba)[arguments]<#:phases>: Add
'locate-docbook-stylesheets' phase.
[native-inputs]: Add DOCBOOK-XSL and LIBXSLT.

gnu: tklib: Fix typo.

This is a follow-up to commit 1966481fe306691d9fad7dda0da6143f93055cae.

* gnu/packages/tcl.scm (tklib)[description]: Fix Texinfo markup.

gnu: potrace: Update to 1.15 [fixes CVE-2017-12067].

* gnu/packages/fontutils.scm (potrace): Update to 1.15.

gnu: e2fsprogs: Update to 1.43.6.

* gnu/packages/linux.scm (e2fsprogs): Update to 1.43.6.

gnu: powertop: Update to 2.9.

* gnu/packages/linux.scm (powertop): Update to 2.9.
[source]: Adjust URI.

gnu: lftp: Update to 4.8.2.

* gnu/packages/ftp.scm (lftp): Update to 4.8.2.

gnu: pulseview: Build with modular Qt.

* gnu/packages/electronics.scm (pulseview)[inputs]: Remove QT.  Add QTBASE and QTSVG.

gnu: tklib: Add missing closing brace.

Fixes <http://bugs.gnu.org/28624>.
Reported by Jelle Licht <wordempire@gmail.com>

* gnu/packages/tcl.scm (tklib): Add closing brace.

gnu: lilypond: Fix fontforge detection.

* gnu/packages/music.scm (lilypond)[arguments]: Adjust fontforge
detection algorithm to allow for SOURCE_DATE_EPOCH in fontforge's build.

gnu: git: Update to 2.14.2.

* gnu/packages/version-control.scm (git): Update to 2.14.2.

gnu: btrfs-progs: Update to 4.13.1.

* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs): Update to 4.13.1.
[inputs]: Add zstd.

build-system: meson: Fix typo in variable name.

* guix/build-system/meson.scm (lower): fix typo in glib-or-gtk?.

gnu: Add tklib.

* gnu/packages/tcl.scm (tklib): New variable.

services: cuirass: Add host option.

* gnu/services/cuirass.scm (<cuirass-configuration>): Add host option.
(cuirass-shepherd-service): Pass host option.
* doc/guix.texi (Continuous Integration): Document it.

gnu: cuirass: Update development snapshot.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to commit 87ad259.

gnu: libunwind: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/libunwind.scm (libunwind): Upate to 1.2.1.
[source]: Remove 'libunwind-CVE-2015-3239.patch'.
* gnu/packages/patches/libunwind-CVE-2015-3239.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: Add uim, uim-gtk and uim-qt.

* gnu/packages/xorg.scm (uim, uim-gtk, uim-qt): New variables.

tests: install: Switch to modifying the gc-root-service-type.

Fixes <https://bugs.gnu.org/28600>.
Fixes a regression introduced in
4e854b1814a9216ae7cc90aef4d82fd989a519c3.
Reported by Christopher Baines <mail@cbaines.net>.

* gnu/tests/install.scm (operating-system-with-gc-roots): Use
'simple-service' to extend GC-ROOT-SERVICE-TYPE instead of instantiating
it.

gnu: Add gpa.

* gnu/packages/gnupg.scm (gpa): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add lxqt-build-tools.

* gnu/packages/lxqt.scm (lxqt-build-tools): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

tests: mcron: Adjust use of 'wait-for-file'.

Fixes a regression introduced in
8bd5231485cdeb02078c4294badb3a1e7caa0fe0, whereby returning #<eof> would
no longer work (since #<eof> would be in the cdr of the result, and thus
it would not get converted to a string.)

* gnu/tests/base.scm (run-mcron-test)["root's job with command"]: Pass
  #:read to 'wait-for-file'.

build: Build (guix import gnome) only when we have Guile-JSON.

* Makefile.am (MODULES): Move guix/import/gnome.scm under "if
HAVE_GUILE_JSON".

http-client: Reset cache TTL upon 304 "Not Modified" responses.

* guix/http-client.scm (http-fetch/cached)[update-cache]: Add call to
'utime' in the 304 case.

gnu: libgtop: Update to 2.38.0.

* gnu/packages/gnome.scm (libgtop): Update to 2.38.0.

upstream: Add new GNOME updater.

Partly fixes <https://bugs.gnu.org/28159>.
Reported by Hartmut Goebel <h.goebel@crazy-compilers.com>.

* guix/import/gnome.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.
* guix/gnu-maintenance.scm (latest-gnome-release)
(%gnome-updater): Remove.

upstream: Add 'url-prefix-predicate'.

* guix/gnu-maintenance.scm (url-prefix-predicate): Move to...
* guix/upstream.scm (url-prefix-predicate): ... here.

gnu: lm-sensors: Add "lib" output.

* gnu/packages/linux.scm (lm-sensors)[outputs]: Add "lib".
[arguments]: Fix up make flags.
(xsensors)[inputs]: Adjust accordingly.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: certbot, python-acme: Update to 0.18.2.

* gnu/packages/tls.scm (certbot, python-acme): Update to 0.18.2.
* gnu/packages/patches/python-acme-dont-use-openssl-rand.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: i3-wm: Update to 4.14.1.

* gnu/packages/wm.scm (i3-wm): Update to 4.14.1.

README: Replace  with https:// where applicable.

gnu: openntpd: Update to 6.2p2.

* gnu/packages/ntp.scm (openntpd): Update to 6.2p2.

gnu: fontforge: Update to 20170731.

* gnu/packages/fontutils.scm (fontforge): Update to 20170731.
[source]: Remove patch, remove snippet.
[arguments]: Enable tests. Remove phase to build showttf.
[inputs]: Use python-wrapper instead of python.
[home-page]: Update to new home page.
* gnu/packages/patches/fontforge-svg-modtime.patch: Remove file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: imagemagick: Update to 6.9.9-15.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.9-15.

gnu: lvm2: Update to 2.02.174.

* gnu/packages/linux.scm (lvm2): Update to 2.02.174.

gnu: Add emacs-olivetti.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-olivetti): New variable.

gnu: python-cython: Update to 0.27.

* gnu/packages/python.scm (python-cython): Update to 0.27.

gnu: ibus-libpinyin: Update to 1.9.2.

* gnu/packages/ibus.scm (ibus-libpinyin): Update to 1.9.2.
[inputs]: Replace "python-2" with "python" and python2-pyxdg with
python-pyxdg.

gnu: python-pyxdg: Disable failing test.

* gnu/packages/freedesktop.scm (python-pyxdg)[arguments]: Disable theme
validation test.

gnu: libpinyin: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/ibus.scm (libpinyin): Update to 2.1.0.

gnu: r-glmnet: Update to 2.0-13.

* gnu/packages/statistics.scm (r-glmnet): Update to 2.0-13.

gnu: r-segmented: Update to 0.5-2.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-segmented): Update to 0.5-2.2.

gnu: r-mgcv: Update to 1.8-22.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mgcv): Update to 1.8-22.

gnu: parallel: Update to 20170922.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20170922.

gnu: Add cl-yale-haskell.

* gnu/packages/haskell.scm (cl-yale-haskell): New variable.

gnu: qtractor: Update to 0.8.4.

* gnu/packages/music.scm (qtractor): Update to 0.8.4.

gnu: Add rsync service.

* doc/guix.texi (Networking Services): Add rsync service documentation.
* gnu/services/rsync.scm (<rsync-configuration>): New file.
* gnu/tests/rsync.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add new files.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: youtube-dl: Update to 2017.09.24.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2017.09.24.

gnu: weechat: Update to 1.9.1 [security fix].

* gnu/packages/irc.scm (weechat): Update to 1.9.1.

gnu: Add gnome-clocks.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-clocks): New public variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add gsound.

* gnu/packages/gnome.scm (gsound): New public variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: libgweather: Enable vala support.

* gnu/packages/gnome.scm (libgweather)[native-inputs]: Add vala.
(libgweather)[arguments]: Install vala bindings into out.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>