gnu: xonsh: Update to 0.9.20.

* gnu/packages/shells.scm (xonsh): Update to 0.9.20.

gnu: emacs-haskell-mode: Delete test failing on Emacs 27.1.

*
gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-haskell-mode)[arguments]<delete-failing-tests>:
Add "haskell-indent-tests.el" to list of deleted tests as it currently fails
on Emacs 27.1

https://github.com/haskell/haskell-mode/issues/1714

gnu: libde265: Update to 1.0.6.

* gnu/packages/video.scm (libde265): Update to 1.0.6.

gnu: osinfo-db: Update to 20200813.

* gnu/packages/virtualization.scm (osinfo-db): Update to 20200813.

gnu: straw-viewer: Update to 0.0.7.

* gnu/packages/video.scm (straw-viewer): Update to 0.0.7.

gnu: vapoursynth: Update to 52.

* gnu/packages/video.scm (vapoursynth): Update to 52.

gnu: wireguard-tools: Update to 1.0.20200827.

* gnu/packages/vpn.scm (wireguard-tools): Update to 1.0.20200827.

gnu: scrypt: Update to 1.3.1.

* gnu/packages/crypto.scm (scrypt): Update to 1.3.1.
[arguments]: Patch configure to respect $PATH.

gnu: scrypt: Install licence file with documentation.

* gnu/packages/crypto.scm (scrypt)[arguments]: Add a
#:license-file-regexp and install the documentation to the same
standard location.

gnu: fdupes: Update to 2.1.2.

* gnu/packages/admin.scm (fdupes): Update to 2.1.2.
[source]: Use bootstrapped release tarball.
[arguments]: Delete field.
[inputs]: Add ncurses and pcre2.

gnu: htop: Update to 3.0.0.

* gnu/packages/admin.scm (htop): Update to 3.0.0.
[source]: Switch to new upstream.  Use GIT-FETCH and GIT-FILE-NAME.
[native-inputs]: Add autoconf and automake.
[home-page]: Switch to new upstream.

gnu: alpine: Update to 2.23.2.

* gnu/packages/mail.scm (alpine): Update to 2.23.2.
[source]: Use new git tag.

gnu: fetchmail: Update to 6.4.10.

* gnu/packages/mail.scm (fetchmail): Update to 6.4.10.

gnu: emacs-clojure-mode: Fix build.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm
(emacs-clojure-mode)[#:phases]: Add "fix-tests" phase.

gnu: Add p2c.

* gnu/packages/pascal.scm (p2c): New variable.

gnu: Add emacs-org-webring.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-webring): New variable.

gnu: Add fpc.

* gnu/packages/pascal.scm: New file.
* gnu/packages/patches/fpc-reproducibility.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add pascal.scm.
(dist_patch_DATA): Register patch.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: reuse: Update to 0.11.1.

* gnu/packages/license.scm (reuse): Update to 0.11.1.
[native-inputs]: added python-setuptools-scm.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add libhandy-0.0.

As of 355761c2d27fe80ae73b872b8026cb15d8487fd0, packages built against libhandy
fail to either build or to run since they require the 0.0.x API.

* gnu/packages/gnome.scm (libhandy-0.0): New variable.
(gnome-tweaks, geary)[inputs]: Use libhandy-0.0 instead of libhandy.
* gnu/packages/gnome.scm (chatty)[inputs]: Likewise.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add hdt-cpp.

* gnu/packages/rdf.scm (hdt-cpp): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: dash: Update to 0.5.11.2.

* gnu/packages/shells.scm (dash): Update to 0.5.11.2.

gnu: libedit: Update to 20191231-3.1.

* gnu/packages/libedit.scm (libedit): Update to 20191231-3.1.

gnu: tracker-miners: Update to 2.3.4.

* gnu/packages/gnome.scm (tracker-miners): Update to 2.3.4.

gnu: tracker: Update to 2.3.5.

* gnu/packages/gnome.scm (tracker): Update to 2.3.5.

gnu: libdatrie: Update to 0.2.12.

* gnu/packages/gtk.scm (libdatrie): Update to 0.2.12.

gnu: hexedit: Update to 1.5.

* gnu/packages/hexedit.scm (hexedit): Update to 1.5.

gnu: idris: Fix for Haskell build system changes.

See also 9e5496e0ae0ee8f638ca93949ecca314fdb9251e and
718dc7d4a5e5d26cac80c79d78535677e0379dc8.

* gnu/packages/idris.scm (idris)[arguments]: Add a phase that sets
'LD_LIBRARY_PATH', and one that restores the 'libidris_rts.a'
library back to the default output.

copy, offload: Explicitly close SSH channels and sessions.

Fixes <https://bugs.gnu.org/42740>.

* guix/scripts/copy.scm (send-to-remote-host): Keep the result of
'connect-to-remote-daemon' in scope, and explicitly close it after the
call to 'send-files'.
(retrieve-from-remote-host): Explicitly close REMOTE and disconnect
SESSION.
* guix/scripts/offload.scm (transfer-and-offload): Explicitly close
STORE and disconnect SESSION upon completion.

build: Remove references to the 'nix-hash' program.

* configure.ac: Remove check for 'nix-hash'.
* tests/base32.scm (%nix-hash, %have-nix-hash?): Remove.
("sha256 & bytevector->nix-base32-string"): Remove test.
* build-aux/pre-inst-env.in: Do not set 'NIX_HASH' environment
variable.

build: Remove check for Guile 2.2.1 bug.

This check is unnecessary since
e688c2df3924423b67892cc9939ca099c729d1cb.

* m4/guix.m4 (GUIX_ASSERT_SYNTAX_OBJECT_EQUAL): Remove.
* configure.ac: Remove user.

Revert "gnu: emacs: Strip double wrap."

This reverts commit 0ec6b8afd7e7a6c288fbf48c5779f2e0bdaffb55 that prevents the
load of Emacs packages.

gnu: emacs: Strip double wrap.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs)[#:phases]: Add 'strip-double-wrap.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: grilo-plugins: Update to 0.3.11.

* gnu/packages/gnome.scm (grilo-plugins): Update to 0.3.11.

gnu: gnome-mines: Update to 3.36.1.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-mines): Update to 3.36.1.

gnu: debianutils: Update to 4.11.1.

* gnu/packages/debian.scm (debianutils): Update to 4.11.1.

gnu: ndctl: Update to 69.

* gnu/packages/disk.scm (ndctl): Update to 69.

gnu: lesspipe: Update to 1.85.

* gnu/packages/less.scm (lesspipe): Update to 1.85.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: komikku: Build desktop file.

* gnu/packages/gnome.scm (komikku)[native-inputs]: Add desktop-file-utils
and gettext.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: guile-ssh: Update to 0.13.1.

* gnu/packages/ssh.scm (guile-ssh): Update to 0.13.1.

derivations: Avoid uses of 'write' in 'write-derivation'.

This leads a 4% improvement on the wall-clock time of:

  guix build -e '(@@ (gnu packages libreoffice) libreoffice)' --no-grafts -d

* guix/derivations.scm (escaped-string): New procedure.
(write-derivation)[write-escaped-string]: New procedure.
[write-string-list, write-output, write-env-var]: Use it.

derivations: Avoid uses of 'display' in 'write-derivation'.

This yields a 4% improvement on the wall-clock time of:

  guix build -e '(@@ (gnu packages libreoffice) libreoffice)' --no-grafts -d

* guix/derivations.scm (write-sequence, write-list, write-tuple): Use
'put-char' instead of 'display'.
(write-derivation): Use 'put-string' and 'put-char', and remove unused
'format' binding.

gnu: chez-srfi: Fix tests.

* gnu/packages/chez.scm (chez-srfi)[arguments]: Add 'CHEZ' and
'chezversion' to #:make-flags.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

store: 'with-store' returns as many values as its body.

Fixes <https://bugs.gnu.org/42912>.
Reported by Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>.

* guix/store.scm (call-with-store)[thunk]: Wrap call to PROC in
'call-with-values'.
* tests/store.scm ("with-store, multiple values"): New test.

doc: Document the 'description' and 'default-value' of <service-type>.

* doc/guix.texi (Service Reference): Document the 'description' and
'default-value' fields of <service-type>.

system: Remove extra line from 'lightweight-desktop.tmpl'.

This is a followup to c7af96871737ffa0e2be879e200573bc60603c8c.

* gnu/system/examples/lightweight-desktop.tmpl: Remove extra
'use-package-modules' line.

gnu: emacs-git-auto-commit-mode: Update to 4.7.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-git-auto-commit-mode): Update to 4.7.0.

gnu: icedove: Update to 68.12.0.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icedove): Update to 68.12.0.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: pluma: Update to 1.24.1.

* gnu/packages/mate.scm (pluma): Update to 1.24.1.

gnu: ncmpc: Update to 0.39.

* gnu/packages/mpd.scm (ncmpc): Update to 0.39.

gnu: evisum: Update to 0.5.4.

* gnu/packages/enlightenment.scm (evisum): Update to 0.5.4.

gnu: odamex: Update to 0.8.3.

* gnu/packages/games.scm (odamex): Update to 0.8.3.

gnu: mame: Update to 0.224.

* gnu/packages/emulators.scm (mame): Update to 0.224.

gnu: gcab: Update to 1.4.

* gnu/packages/package-management.scm (gcab): Update to 1.4.

gnu: fdroidserver: Update to 1.1.9.

* gnu/packages/android.scm (fdroidserver): Update to 1.1.9.

gnu: fdroidserver: Have the package compile with current inputs.

* gnu/packages/android.scm (fdroidserver)[arguments]: Accept higher versions
of python-docker-py as required in setup.py.

gnu: python-apache-libcloud: Update to 3.1.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-apache-libcloud): Update to 3.1.0.
[arguments]: Drop test patching, apparently corrected upstream.

gnu: python-requests-mock: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/python-web.scm (python-requests-mock): Update to 1.8.0.
[native-inputs]: Add python-purl and python-pytest and remove python-testtools.

gnu: Add python-purl.

* gnu/packages/python-web.scm (python-purl): New variable.

gnu: Remove python-requests@2.7.

This variable has no dependents anymore.

* gnu/packages/python-web.scm (python-requests-2.7): Remove variable.

gnu: crypto++: Add missing newline to generated file.

* gnu/packages/crypto.scm (crypto++)[arguments]
<#:phases>['install-pkg-config]: Add newline after "Description" in generated .pc file.

gnu: ruby-rubocop-ast: Update to 0.3.0.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-rubocop-ast): Update to 0.3.0.

gnu: gnupg: Update to 2.2.22.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg): Update to 2.2.22.

gnu: rottlog: Do not refer to the canonical coreutils.

* gnu/packages/admin.scm (rottlog)[inputs]: Add "coreutils",
[arguments]: and use it in the 'tweak-rc-weekly phase.

gnu: emacs: Update to 27.1.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs): Update to 27.1.
[source]: In snippet, use 'find-files' to find 'eshell/esh-groups.el'
if it exists, but gracefully handle its absence.
[arguments]: Add "--with-cairo" to configure-flags.  Add 'restore-emacs-pdmp'
and 'make-compressed-files-writable' phases.  Explicitly return #t from
'install-site-start' phase.
[inputs]: Add cairo, pango, harfbuzz, jansson, and gmp.  Remove imagemagick.
(emacs-next): Remove variable.
(emacs-minimal, emacs-xwidgets): Use 'package/inherit'.
[arguments]: Remove 'restore-emacs-pdmp' phase.
(emacs-no-x): Use 'package/inherit'.
[arguments]: Remove "--with-cairo" from configure-flags.  Remove
'restore-emacs-pdmp' phase.
[inputs]: Remove cairo, pango, and harfbuzz.
(emacs-no-x-toolkit): Use 'package/inherit'.
[arguments]: Remove 'restore-emacs-pdmp' phase.  Remove superfluous
quasiquote+unquote-splicing pair.
(emacs-wide-int): Use 'package/inherit'.
(guile-emacs): Use 'package/inherit'.
[arguments]: Remove "--with-cairo" from configure-flags.  Remove
'restore-emacs-pdmp' phase.
* gnu/packages/patches/emacs-ignore-empty-xim-styles.patch,
gnu/packages/patches/emacs-source-date-epoch.patch: Adapt to
apply cleanly to emacs-27.1.
* gnu/packages/patches/emacs-exec-path.patch: Replace with the previous
contents of 'emacs27-exec-path.patch', but remove the superfluous comment
about it being "like emacs-exec-path.patch, but for Emacs 27".
* gnu/packages/patches/emacs27-exec-path.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove 'emacs27-exec-path.patch'.

gnu: notmuch: Update to 0.30-0.31rc1.

Note: This actually updates to 0.31~rc1, but here we instead use the version
number 0.30-0.31rc1 so that Guix will consider it older than version 0.31.
The rationale for updating to a release candidate is that earlier versions do
not work with Emacs 27.

* gnu/packages/mail.scm (notmuch): Update to 0.30-0.31rc1.
[source]: In the 'uri' field, avoid using the 'version' variable,
which doesn't match the upstream file name.  Add a 'file-name' field
to work around the fact that Guix does not allow tildes ("~").
[arguments]: Add 'disable-failing-tests' phase.

gnu: gpgme: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/gnupg.scm (gpgme): Update to 1.14.0.
[arguments]: Remove field, which included only a 'disable-failing-test' phase
that is no longer needed.

gnu: git-lfs: Make usage text available.

* gnu/packages/version-control.scm (git-lfs)[arguments]: Add phase
'man-gen to make usage text available for embedding for the 'build
phase.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: radicale: Update to 3.0.4.

* gnu/packages/dav.scm (radicale): Update to 3.0.4.
[source]: Use git-fetch.
[arguments]: Run the test suite.
[native-inputs]: Add python-pytest, python-pytest-cov, python-pytest-flake8,
python-pytest-isort, python-pytest-runner, python-waitress.
[propagated-inputs]: Remove python-requests. Add python-dateutil,
python-defusedxml, python-passlib, python-vobject.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add xandikos.

* gnu/packages/dav.scm (xandikos): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: linux-libre: Update to 5.8.5.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.8-version): Update to 5.8.5.
(linux-libre-5.8-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@5.7: Update to 5.7.19.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.7-version): Update to 5.7.19.
(linux-libre-5.7-pristine-source): Update hash.

doc: Improve the instructions regarding `guix git authenticate`.

* doc/contributing.texi (Building from Git): Instruct the user to fetch
the 'keyring' branch. Fix a typo.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

pack: fakechroot: Honor $LD_LIBRARY_PATH.

Until now, when using the "fakechroot" engine, $LD_LIBRARY_PATH would
always be ignored.  However, it's useful in some cases to allow users to
specify LD_LIBRARY_PATH, so honor it.

* gnu/packages/aux-files/run-in-namespace.c (concat_paths): New function.
(exec_with_loader): Concatenante $LD_LIBRARY_PATH to the relocated
AUDIT_LIBRARY_PATH.

gnu: sssd: Pass '--localstatedir=/var' and '--sysconfdir=/etc'.

This ensures notably that libnss_sss looks for the mmap cache files in
the right place, /var/lib/sss/mc, rather than in the store.

* gnu/packages/patches/sssd-system-directories.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/sssd.scm (sssd)[source]: Use it.
[arguments]: Pass "--localstatedir" and "--sysconfdir".

pull: Avoid "Migrating profile" message on the first run.

* guix/scripts/pull.scm (ensure-default-profile): Do not call
'migrate-generations' when
%USER-PROFILE-DIRECTORY (~/.config/guix/current) does not exist.  This
avoids a confusing "Migrating profile" message when the user runs 'guix
pull' for the first time.

gnu: Add python-safety.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-safety): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python-dparse.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-dparse): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: bitcoin-unlimited: Update to 1.9.0.0.

* gnu/packages/finance.scm (bitcoin-unlimited): Update to 1.9.0.0.

gnu: Add libflame.

* gnu/packages/maths.scm (libflame): New variable.

gnu: vcflib: Install pkgconfig file.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (vcflib)[arguments]: Adjust custom
'install phase to add vcflib.pc.

gnu: vcflib: Use shared libraries.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (vcflib)[source]: Add patch. Add
snippet to adjust files for new locations.
[inputs]: Add fastahack, smithwaterman, tabixpp, xz.
[native-inputs]: Add pkg-config. Remove the package-source of fastahack,
fsom, smithwaterman, tabixpp.
[arguments]: Remove make-flags. Add custom phase to add the output lib
directory to the rpath. Adjust custom 'unpack-submodule-sources for the
change in native-inputs. Adjust custom 'install phase to also install
libraries and headers.
* gnu/packages/patches/vcflib-use-shared-libraries.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

gnu: fastahack: Install pkgconfig file.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (fastahack)[arguments]: Adjust custom
'install phase to add fastahack.pc.

gnu: fastahack: Build and install shared library and headers.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (fastahack)[arguments]: Add phase to
build PIE objects. Add custom phase to build dynamic library. Adjust
custom 'install phase to install shared library and headers.

gnu: smithwaterman: Install pkgconfig file.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (smithwaterman)[arguments]: Adjust
custom 'install phase to add smithwaterman.pc file.

gnu: smithwaterman: Build and install shared library and headers.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (smithwaterman)[arguments]: Add custom
phase to build PIE objects. Add custom 'build-dynamic phase to build
dynamic library. Adjust custom 'install phase to install shared library
and headers.

gnu: tabixpp: Install pkgconfig file.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (tabixpp)[arguments]: Adjust custom
'install phase to add tabixpp.pc file.

gnu: tabixpp: Build and install shared library and headers.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (tabixpp)[arguments]: Adjust custom
'build phase to build shared library. Adjust custom 'install phase to
install libraries and header.

Revert "gnu: inetutils: Do not refer to canonical coreutils."

This reverts commit 61560d4bef05711db86320794437e1b261f4b5aa because it
triggers too many rebuilds.

gnu: inetutils: Do not refer to canonical coreutils.

Make sure not to retain a reference to the canonical coreutils package.  The
Guix System closure size would otherwise be increased by including references
to both canonical and non-canonical version of those packages.

* gnu/packages/admin.scm (inetutils)[inputs]: Add "coreutils",
[arguments]: and point to it with PATHDEF_CP variable.

gnu: isc-dhcp: Do not refer to canonical coreutils.

Make sure not to retain a reference to the canonical coreutils and sed
packages.  The Guix System closure size would otherwise be increased by
including references to both canonical and non-canonical version of those
packages.

* gnu/packages/admin.scm (isc-dhcp)[inputs]: Add "coreutils" and "sed",
[arguments]: and use them, instead of their canonical counterpart.

gnu: emacs-modus-vivendi-theme: Update to 0.12.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-modus-vivendi-theme): Update to 0.12.0.

gnu: emacs-modus-operandi-theme: Update to 0.12.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-modus-operandi-theme): Update to 0.12.0.

gnu: Add emacs-auth-source-xoauth2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-auth-source-xoauth2): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: lrslib: Update to 7.1.

* gnu/packages/maths.scm (lrslib): Update to 7.1.

gnu: Add komikku.

* gnu/packages/gnome.scm (komikku): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: libhandy: Update to 0.90.0.

* gnu/packages/gnome.scm (libhandy): Update to 0.90.0.
[source]<url>: Use GNOME gitlab.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: Add python-cloudscraper.

* gnu/packages/python-web.scm (python-cloudscraper): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: Add python-requests-toolbelt-0.9.1.

* gnu/packages/python-web.scm (python-requests-toolbelt-0.9.1): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: Add python-dateparser.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-dateparser): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: Add python-pyparsing-2.4.7.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pyparsing-2.4.7): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>