gnu: sdl-pango: Shorten file name of patch.

* gnu/packages/patches/sdl-pango-fix-explicit-SDLPango_CopyFTBitmapTo.patch:
Rename to...
* gnu/packages/patches/sdl-pango-header-guard.patch: ... this.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/sdl.scm (sdl-pango):
Likewise.

gnu: akonadi: Shorten file name of patch.

This ensures we stay below the POSIX tar file name length limit.

* gnu/packages/patches/akonadi-Revert-Make-installation-properly-relo.patch:
Rename to...
* gnu/packages/patches/akonadi-not-relocatable.patch: ... this.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/kde-pim.scm (akonadi): Likewise.

gnu: binutils: Shorten file names of MinGW patches.

This ensures we stay below the POSIX tar file name length limit.

* gnu/packages/patches/binutils-mingw-w64-reproducible-import-libraries.patch:
Rename to...
* gnu/packages/patches/binutils-mingw-w64-deterministic.patch: ... this.
* gnu/packages/patches/binutils-mingw-w64-specify-timestamp.patch:
Rename to...
* gnu/packages/patches/binutils-mingw-w64-timestamp.patch: ... this.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/cross-base.scm (cross-binutils): Likewise.

gnu: installer: Fix issue with "Esperanto" locale.

According to glibc manual, locale are under the following form:
          language[_territory[.codeset]][@modifier]

The esperanto locale "epo" does not have a territory. Modify run-command to
take this into account.

Reported by Alex Sassmannshausen here:
https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2020-04/msg00192.html.

* gnu/installer/utils.scm (run-command): Handle locale without territory such
as "epo".

gnu: gnuradio: Fix gnuradio-companion GUI not showing.

* gnu/packages/ham-radio.scm (gnuradio)[arguments]: Add 'wrap-glib-or-gtk' and
  'wrap-with-GI_TYPELIB_PATH' phases.

gnu: xorriso: Build gui frontend.

* gnu/packages/cdrom.scm (xorriso)[outputs]: Add gui.
[arguments]: Add custom phase to install gui files to separate output
and wrap the binary.
[inputs]: Add tk.

Add missing services/linux.scm to gnu/local.mk.

* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add linux.scm.

gnu: emacs-orgalist: Update to 1.12.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-orgalist): Update to 1.12.
[description]: Fix wording.

gnu: xfce: Fix typo.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce)[inputs]: Re-spell ‘tumlber’.

services: gnome: Fix ‘gnome’ field name.

To match its own documentation & other similar services.

* gnu/services/desktop.scm (gnome-desktop-configuration)[gnome-package]:
Rename to…
[gnome]: …this.

vm: Transparently compress iso9660 images.

* gnu/build/vm.scm (make-iso9660-image): Use the ‘--zisofs’ xorriso
filter at the highest compression settings for supported directories.

lint: Check for inappropriate inputs in propagated-inputs too.

* guix/lint.scm (check-inputs-should-be-native): Also check the
propagated inputs of the package.

gnu: libssh: Update to 0.9.4 [fixes CVE-2020-1730].

* gnu/packages/ssh.scm (libssh): Update to 0.9.4.

gnu: python-titlecase: Nose is a native input.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-titlecase)[propagated-inputs]: Rename to ...
[native-inputs]: ... this.

gnu: Add gqrx.

* gnu/packages/ham-radio.scm (gqrx): New variable.

Co-authored-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add gnuradio-iqbalance.

* gnu/packages/ham-radio.scm (gnuradio-iqbalance): New variable.

gnu: Add libosmo-dsp.

* gnu/packages/ham-radio.scm (libosmo-dsp): New variable.

gnu: Add gnuradio-osmosdr.

* gnu/packages/ham-radio.scm (gnuradio-osmosdr): New variable.

gnu: Add gnuradio.

* gnu/packages/ham-radio.scm (gnuradio): New variable.

Co-authored-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>
Co-authored-by: Charlie Ritter <chewzerita@posteo.net>

gnu: Add codec2.

* gnu/packages/audio.scm (codec2): New variable.

gnu: Add python-click-plugins.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-click-plugins): New variable.

gnu: Add python-titlecase.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-titlecase): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add xfe.

* gnu/packages/disk.scm (xfe): New variable.

gnu: Add fox.

* gnu/packages/graphics.scm (fox): New variable.

gnu: nano: Update to 4.9.2.

* gnu/packages/nano.scm (nano): Update to 4.9.2.

gnu: Remove python2-scikit-image.

Some of the packages that this depends upon no longer supports Python 2.

* gnu/packages/python-science.scm (python2-scikit-image): Remove variable.

gnu: python-serpent: Declare python2 variant.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-serpent)[properties]: New field.
(python2-serpent): New public variable.

gnu: python-dask: Update to 2.14.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-dask): Update to 2.14.0.

gnu: python-cloudpickle: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-cloudpickle): Update to 1.3.0.
[arguments]: Remove #:tests?.  Add #:phases.
[native-inputs]: Add PYTHON-PSUTIL.  Remove PYTHON-MOCK.
[properties]: New field.
(python2-cloudpickle)[native-inputs]: New field.  Preserve PYTHON2-MOCK.
[propagated-inputs]: Add PYTHON2-FUTURES.

gnu: python-datrie: Update to 0.8.2

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-datrie): Update to 0.8.2.

gnu: minimap2: Fix cond expression for Guile 3 compatibility.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (minimap2)[arguments]: Make the last COND
test the symbol else instead of _.

gnu: shellcheck: Update homepage.

* gnu/packages/haskell-apps.scm (shellcheck)[homepage]: Update URL.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: mcomix: Update to 20200402.

* gnu/packages/image-viewers.scm (mcomix): Update to 20200402.

installer: Include empty variant in keyboard layout selection.

Previously for Azerbaijani, no Latin layout but only the Cyrillic variant
could be selected.

* gnu/installer/newt/keymap.scm (add-empty-variant): New procedure.
(run-keymap-page): Use it to insert an empty variant.

installer: Allow Alt+Shift toggle from non-Latin keyboard layouts.

Fixes <https://bugs.gnu.org/40493>.

* gnu/installer/newt/keymap.scm (%non-latin-layouts): New variable.
(%non-latin-variants): New variable.
(%latin-layout+variants): New variable.
(toggleable-latin-layout): New procedure to compute combined layouts.
(run-keymap-page): Use it.
(keyboard-layout->configuration): Apply it in config.scm.
(run-layout-page): Mention Alt+Shift.
* gnu/installer/keymap.scm (kmscon-update-keymap): Pass on XKB options.
* gnu/installer/record.scm (<installer>): Adjust code comments.
* gnu/installer.scm (apply-keymap): Pass on XKB options.
(installer-steps): Adjust code comments.
* gnu/packages/patches/kmscon-runtime-keymap-switch.patch: Apply XKB options.

services/web: Fix ordering of default-nginx-config.

Fixes an error message '"load_module" directive is specified too late'.

* gnu/services/web.scm (default-nginx-config): Emit load_module before
global directives.

gnu: cataclysm-dda: Update to 0.E.

* gnu/packages/games.scm (cataclysm-dda): Update to 0.E.

gnu: linux-libre: Update to 5.4.31.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.31.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@5.6: Update to 5.6.3.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.6-version): Update to 5.6.3.
(linux-libre-5.6-pristine-source): Update hash.

news: Add ‘de’ translation.

* etc/news.scm: Add a ‘de’ translation.

download: Use correct system and guile in 'url-fetch/tarbomb' and 'url-fetch/zipbomb'.

Fixes <https://bugs.gnu.org/40115>.

Previously the result of `guix build -s $system $package' would depend on the
system Guix was built for if $package or one of its dependencies used
'url-fetch/tarbomb' or 'url-fetch/zipbomb' as the origin method of its
source (e.g. `guix build -s i686-linux ffmpeg' on i686-linux would build a
different derivation than on x86_64-linux).

This patch fixes this by explicitly passing the correct system and guile to
'gexp->derivation'.

* guix/download.scm (url-fetch/tarbomb): Pass #:system system and
  #:guile-for-build guile to 'gexp->derivation', where guile is the derivation
  of guile for system.
  (url-fetch/zipbomb): Likewise.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: openntpd: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/ntp.scm (openntpd)[source]: Hard-code NAME.

gnu: et: Update home page.

* gnu/packages/ssh.scm (et)[home-page]: Update.

gnu: mosh: Tweak description.

* gnu/packages/ssh.scm (mosh)[description]: Use full sentences and note
that only the client may roam.

gnu: Add chrony.

* gnu/packages/ntp.scm (chrony): New public variable.

doc: Mention HTTP/HTTPS proxy in the system installation instructions.

* doc/guix.texi (Keyboard Layout and Networking and Partitioning):
Mention 'herd set-http-proxy guix-daemon'.

tests: Mark VM images as non-substitutable.

* gnu/tests/install.scm (run-install): Pass #:substitutable? to
'system-disk-image' and to 'gexp->derivation'.

vm: Allow images to be marked as non-substitutable.

* gnu/system/vm.scm (expression->derivation-in-linux-vm): Add
 #:substitutable? parameter.  Pass it to 'gexp->derivation'.
(qemu-image): Add #:substitutable? and pass it to
'expression->derivation-in-linux-vm'.
(system-disk-image): Add #:substitutable? and pass it to 'qemu-image'.

gnu: genimage: Update to 11.

* gnu/packages/genimage.scm (genimage): Update to 11,
[arguments]: add a new test dump file to the patched ones
because of missing /etc/passwd in build environment.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

installer: Add proxy support.

* gnu/installer/proxy.scm: New file.
* gnu/local.mk (INSTALLER_MODULES): Add it.
* po/guix/POTFILES.in: Add it.
* gnu/installer/newt/parameters.scm (run-proxy-page): New procedure,
(run-parameters-page): add the previous procedure to the parameters menu.

installer: Turn help menu into parameters menu.

* gnu/local.mk (INSTALLER_MODULES): Rename help.scm into parameters.scm.
* po/guix/POTFILES.in: Ditto.
* gnu/installer/record.scm (<installer>): Rename help-menu into parameter-menu
and help-page into parameters-page.
* gnu/installer/newt/parameters.scm: Renamed from help.scm. Update information
messages.
* gnu/installer/newt.scm: Update accordingly.
* gnu/installer/newt/keymap.scm: Ditto.

gnu: higan: Update description.

* gnu/packages/emulators.scm (higan)[synopsis, description]: Update
description.

gnu: higan: Update to 110.

* gnu/packages/emulators.scm (higan): Update to 110.
[source]: Switch to new repository.
[inputs]: Add libxrandr, replace sdl with sdl2.
[home-page]: Use new URL.
[license]: Switch license.
* gnu/packages/patches/higan-remove-march-native-flag.patch: Delete file.
* gnu/local.mk: Reflect patch removal.

gnu: Syncthing: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/syncthing.scm (syncthing): Update to 1.4.1.

gnu: Add go-github-com-calmh-murmur3.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-calmh-murmur3): New variable.
(go-github-com-willf-bloom)[propagated-inputs]: Replace
go-github-com-spaolacci-murmur3 with it.
[arguments]: Patch the murmur3 import path in a new 'patch-import-path' phase.

gnu: Go: Update to 1.13.9.

* gnu/packages/golang.scm (go-1.13): Update to 1.13.9.

maint: Cross-build GUILE-2.2/FIXED.

* etc/release-manifest.scm (%packages-to-cross-build): Replace
"guile@2.2" with GUILE-2.2/FIXED.

records: Have ABI check work well for cross-compilation.

Reported by Jan (janneke) Nieuwenhuizen <janneke@gnu.org>.

* guix/records.scm (define-record-type*): Use
'target-most-positive-fixnum' on Guile 3 instead of 'most-positive-fixnum'.

compile: Run the load phase within 'with-target'.

* guix/build/compile.scm (compile-files)[build]: Remove 'with-target'.
Wrap body in 'with-target'.

reconfigure: Correctly re-throw SRFI-34 exceptions on Guile 3.

Previously, we'd just print an ugly backtrace when running on Guile 3
because the '%exception throw would not be caught anywhere.

Reported by Arne Babenhauserheide <arne_bab@web.de>
in <https://bugs.gnu.org/40496>.

* guix/scripts/system/reconfigure.scm (install-bootloader-program): In
'catch' handler, match '%exception and use 'raise-exception' instead of
'throw' to rethrow in that case.

Revert "Allow double-click select of URL in status"

As discussed on #guix, this should wait until 1.1.0 is branched off to avoid
having to update translations.

This reverts commit 9f1b787120b1b81abffaf0fa13fdbdf4cca39f2d.

Allow double-click select of URL in status

Various places while downloading or compiling guix prints
the source URL. This change makes the URL easier to use by
placing a space between the URL and the trailing dots.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: gnurl: Update to 7.69.1.

* gnu/packages/gnunet.scm (gnurl): Update to 7.69.1.
[source](uri): Switch to ".tar.gz" archive.

gnu: Add tap-lv2.

* gnu/packages/music.scm (tap-lv2): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: icecat: Update to 68.7.0-guix0-preview1 [security fixes].

Includes fixes for CVE-2020-6821, CVE-2020-6822, CVE-2020-6825,
CVE-2020-6827, and CVE-2020-6828.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (%icecat-version, %icecat-build-id): Update.
(icecat-source): Update gnuzilla commit, base version, and hashes.
* gnu/packages/patches/icecat-makeicecat.patch: Adapt to new version.

gnu: emacs-beancount: Do not inherit inputs from beancount.

* gnu/packages/finance.scm (emacs-beancount)[inputs, native-inputs]: New fields.

gnu: beancount: pytest is a native input.

* gnu/packages/finance.scm (beancount)[inputs]: Move PYTHON-PYTEST ...
[native-inputs]: ... here.

gnu: beancount: Do not propagate inputs.

* gnu/packages/finance.scm (beancount)[propagated-inputs]: Move everything
from here ...
[inputs]: ... to here.

gnu: emacs-beancount: Move to (gnu packages finance).

This is a fixup for commit abcac7a52932bdf66c333659679b0a5e6169e34c, as
inheritance across modules is not safe.  Fixes <https://bugs.gnu.org/40488>.
Reported by Christopher Baines <mail@cbaines.net>.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-beancount): Move from here ...
* gnu/packages/finance.scm: ... to here.

gnu: Add python-ipython-cluster-helper.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-ipython-cluster-helper): New variable.

gnu: Add python-ipyparallel.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-ipyparallel): New variable.

lint: 'm4' is a native input.

* guix/lint.scm (check-inputs-should-be-native): Add "m4".

gnu: python-coveralls: Update to 1.11.1.

* gnu/packages/python-check.scm (python-coveralls): Update to 1.11.1.
[source]: Change to GIT-FETCH.
[arguments]: New field.
[propagated-inputs]: Remove PYTHON-SH and PYTHON-URLLIB3.

gnu: julia: Upgrade to 1.3.1.

* gnu/packages/julia.scm (libuv-julia): Upgrade to 2.0.0-1.35b1504.
(libunwind-julia): New variable.
(llvm-patch): Rename to ...
(julia-patch): ... this. Update to 1.3.1.
(llvm-julia): Adjust patch-set based on above change. Adjust indent.
(julia): Update to 1.3.1.
[source]: Add patch.
[arguments]: Adjust custom 'prepare-deps (llvm-patch): Rename to ...
(julia-patch): ... this. Update to 1.3.1.
(llvm-julia): Adjust patch-set based on above change.
(julia): Upgrade to 1.3.1.
[arguments]: Adjust custom 'prepare-deps phase based on changed inputs.
Remove most of 'hardcode-soname-map. Adjust 'fix-include-and-link-paths.
Add new 'fix-precompile phase. Adjust custom 'disable-broken-tests
phase. Add new 'make-wrapper phase. Adjust make-flags.
[inputs]: Add p7zip, mbedtls-apache, curl libssh2.
Remove openspecfun, fftw, fftwf, python2-virtualenv, rmath.
Replace libunwind with libunwind-julia, custom suitesparse with system
suitesparse, custom dsfmt with system dsfmt.
[native-search-paths]: Add JULIA_DEPOT_PATH.
* gnu/packages/patches/julia-SOURCE_DATE_EPOCH-mtime.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: julia.scm: Fix indentaion.

* gnu/packages/julia.scm: Re-indent file.

gnu: libgit2: Upgrade to 1.0.0.

* gnu/packages/version-control.scm (libgit2): Upgrade to 1.0.0.
[source]: Download using url-fetch.
[arguments]: Remove 'fix-pcre2-reference, 'make-git-checkout-writable
custom phases.
[home-page]: Update home-page.

gnu: sssd: Upgrade to 1.16.5.

* gnu/packages/sssd.scm (sssd): Upgrade to 1.16.5.
[source]: Use https.

gnu: libgit2: Use system http-parser.

* gnu/packages/version-control.scm (libgit2)[source]: Update snippet.
[arguments]: Add configure-flag to use system http-parser.
[inputs]: Add http-parser.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: http-parser: Add support for RFC 3986.

Fixes parsing of colon followed by empty port, allowed by RFC 3986
specifications.  Fedora is applying it to system http-parser too.

* gnu/packages/web.scm (http-parser)[source]: Add patch from Fedora.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: Add dsfmt.

* gnu/packages/maths.scm (dsfmt): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: mumi: Update to 0.0.0-15.c85015d.

* gnu/packages/mail.scm (mumi): Update to 0.0.0-15.c85015d.

gnu: Add perl-authen-dechpwd.

* gnu/packages/perl.scm (perl-authen-dechpwd): New variable.

gnu: Add perl-data-integer.

* gnu/packages/perl.scm (perl-data-integer): New variable.

gnu: Add perl-digest-crc.

* gnu/packages/perl.scm (perl-digest-crc): New variable.

gnu: Add perl-scalar-string.

* gnu/packages/perl.scm (perl-scalar-string): New variable.

gnu: mumi: Update to 0.0.0-14.ab53797.

* gnu/packages/mail.scm (mumi): Update to 0.0.0-14.ab53797.

gnu: libxfce4util: Update to 4.15.0.

* gnu/packages/xfce.scm (libxfce4util): Update to 4.15.0.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: gp2c: Update to 0.0.11pl3.

* gnu/packages/algebra.scm (gp2c): Update to 0.0.11pl3.

gnu: pari-gp: Update to 2.11.3.

* gnu/packages/algebra.scm (pari-gp): Update to 2.11.3.

gnu: mame: Update to 0.220.

* gnu/packages/emulators.scm (mame): Update to 0.220.

services: guix: Add 'set-http-proxy' action.

Fixes <https://bugs.gnu.org/25569>.
Reported by Divan Santana <divan@santanas.co.za>.

* gnu/services/base.scm (shepherd-set-http-proxy-action): New procedure.
(guix-shepherd-service): Add 'actions' field.  Change 'start' to a
lambda; check the value of the "http_proxy" environment variable and
add "http_proxy" and "https_proxy" to #:environment-variables as a
function of that.
* gnu/tests/base.scm (run-basic-test)["guix-daemon set-http-proxy
action", "guix-daemon set-http-proxy action, clear"]: New tests.
* doc/guix.texi (Base Services): Document it.

maint: Remove GCC from the packages to cross-build.

* etc/release-manifest.scm (%packages-to-cross-build): Remove GCC.

installer: Reduce height of the help window.

* gnu/installer/newt/help.scm (run-help-page): Pass #:listbox-height.

ci: Remove "mips64el-linux-gnuabi64" from '%cross-targets'.

The N64 ABI has always been a niche, it seems.

* gnu/ci.scm (%cross-targets): Remove "mips64el-linux-gnuabi64".

gnu: thinkfan: Update to 1.1.

* gnu/packages/linux.scm (thinkfan): Update to 1.1.

gnu: emacs-org-superstar: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-superstar): Update to 1.1.0.

gnu: Add emacs-ctrlf.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ctrlf): New variable.

gnu: emacs-prescient: Update to 4.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-prescient): Update to 4.1.
[propagated-inputs]: Add emacs-selectrum.
[license]: Fix field.

gnu: Add emacs-selectrum.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-selectrum): New variable.

gnu: sbcl: Update to 2.0.3.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl): Update to 2.0.3.