gnu: libmspack: Update to 0.7.1.

* gnu/packages/compression.scm (libmspack): Update to 0.7.1.

doc: Fix syntax error.

* doc/guix.texi (Networking Services): Escape newline between keyword
arguments.

gnu: qemu: Update to 2.12.1.

* gnu/packages/virtualization.scm (qemu): Update to 2.12.1.

gnu: c-toxcore: Update to 0.2.5.

* gnu/packages/messaging.scm (c-toxcore): Update to 0.2.5.

gnu: Remove go-github-com-davidjpeacock-cli.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-davidjpeacock-cli): Remove variable.

gnu: kurly: Removed unused input.

* gnu/packages/curl.scm (kurly)[inputs]: Remove go-github-com-davidjpeacock-cli.

gnu: Add VBinDiff.

* gnu/packages/patchutils.scm (vbindiff): New variable.

gnu: mrustc: Update to 0.8.0.

* gnu/packages/rust.scm (mrustc): Update to 0.8.0.

gnu: kurly: Update to 1.2.2.

Update both the project home page & the package version in a single
commit because of Go.

From the previous home page[0]:

 “2018-06-12 - THE KURLY PROJECT HAS MOVED HOME!
  kurly can now be found at GitLab [...]”

[0]: https://github.com/davidjpeacock/kurly

* gnu/packages/curl.scm (kurly): Update to 1.2.2.
[source, home-page]: Update URIs.
[arguments]: Likewise.  Adjust location of ‘kurly.man’.
[inputs]: Add go-github-com-urfave-cli.

gnu: java-snappy: Fix description.

* gnu/packages/compression.scm (java-snappy)[description]: Fix typos.

gnu: java-snappy: Update to 1.1.7.2.

* gnu/packages/compression.scm (java-snappy): Update to 1.1.7.2.

gnu: libodfgen: Update to 0.1.7.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libodfgen): Update to 0.1.7.
[source]: Update URI.

gnu: bind: Update to 9.12.2-P1.

* gnu/packages/dns.scm (isc-bind): Update to 9.12.2-P1.

gnu: numactl: Update to 2.0.12.

* gnu/packages/linux.scm (numactl): Update to 2.0.12.

gnu: numactl: Update home page.

From the project mailing list[0]:

 “The old libnuma website hosted at oss.sgi.com is now gone as that
  website no longer exists. Everything for libnuma/numactl is now at
  GitHub [...]”

[0]: https://www.spinics.net/lists/linux-numa/msg01178.html

* gnu/packages/linux.scm (numactl)[source, home-page]: Update URIs.

gnu: libnftnl: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/linux.scm (libnftnl): Update to 1.1.1.

gnu: alpine: Update to 2.21.9999.

* gnu/packages/mail.scm (alpine): Update to 2.21.9999.

gnu: mingw-w64: Update to 5.0.4.

* gnu/packages/mingw.scm (mingw-w64): Update to 5.0.4.

gnu: dovecot: Update to 2.3.2.1.

* gnu/packages/mail.scm (dovecot): Update to 2.3.2.1.

gnu: xlockmore: Update to 5.56.

* gnu/packages/xdisorg.scm (xlockmore): Update to 5.56.

gnu: autogen: Update to 5.18.14.

* gnu/packages/autogen.scm (autogen): Update to 5.18.14.
[inputs]: Move perl from native-inputs to here...
[native-inputs]: ...and which from inputs to here.
[arguments]: Remove unnecessary ‘/usr/bin/tr’ substitution.

gnu: yoshimi: Update to 1.5.8.2.

* gnu/packages/music.scm (yoshimi): Update to 1.5.8.2.

gnu: setbfree: Update to 0.8.7.

* gnu/packages/music.scm (setbfree): Update to 0.8.7.

gnu: setbfree: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/music.scm (setbfree)[source]: Use GIT-FETCH.

gnu: libostree: Update to 2018.7.

* gnu/packages/package-management.scm (libostree): Update to 2018.7.

gnu: youtube-dl: Update to 2018.08.04.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2018.08.04.

gnu: msitools: Update to 0.98.

* gnu/packages/package-management.scm (msitools): Update to 0.98.

gnu: uwsgi: Update to 2.0.17.1.

* gnu/packages/web.scm (uwsgi): Update to 2.0.17.1.

gnu: stunnel: Update to 5.48 [security fix].

No CVE. From the ChangeLog:

 “Security bugfixes: Fixed requesting client certificate when specified
  as a global option.”

* gnu/packages/web.scm (stunnel): Update to 5.48.

gnu: restic: Fix tests.

* gnu/packages/backup.scm (restic)[arguments]: Replace 'check' phase.

gnu: lxc: Fix CVE-2018-6556.

* gnu/packages/patches/lxc-CVE-2018-6556.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/virtualization.scm (lxc)[source]: Use it.

gnu: webkitgtk: Update to 2.20.4 [security fixes].

Fixes CVE-2018-{4246,4261,4262,4263,4264,4265,4266,4267,4270,4272,4273,4278,
4284,12911}.

* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk): Update to 2.20.4.

gnu: Add ubridge.

* gnu/packages/networking.scm (ubridge): New variable.

gnu: FFmpeg: Support video stabilization with vidstab.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg)[inputs]: Add vidstab.
[arguments]: Configure with vidstab.

gnu: Add vidstab.

* gnu/packages/video.scm (vidstab): New variable.

gnu: linux-libre: Update to 4.17.13.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.17.13.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.61.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.61.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.118.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.118.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.146.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.146.

import: cabal, hackage: Avoid error when custom setup section is missing.

Fixes <https://debbugs.gnu.org/32387>.

* guix/import/cabal.scm (eval-cabal): Avoid mis-match when the custom-setup
section cannot be created.
* guix/import/hackage.scm (cabal-custom-setup-dependencies->names): Do not
crash when cabal-package-custom-setup returns #F.

gnu: Remove go-github-com-edsrzf-mmap-go.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-edsrzf-mmap-go): Remove variable.

gnu: mrustc: Update to 0.8-1.ec907f5.

* gnu/packages/rust.scm (mrustc): Update to 0.8-1.ec907f5.
[arguments]<#:phases>[patch-date]: New phase.

gnu: vulkan-headers: Update to 1.1.82.0.

* gnu/packages/vulkan.scm (vulkan-headers): Update to 1.1.82.0.
* gnu/packages/vulkan.scm (vulkan-loader): Update to 1.1.82.0.
* gnu/packages/vulkan.scm (vulkan-tools): Update to 1.1.82.0.

gnu: wireshark: Update to 2.6.2.

* gnu/packages/networking.scm (wireshark): Update to 2.6.2.

gnu: musescore: Update to 2.3.2.

* gnu/packages/music.scm (musescore): Update to 2.3.2.

gnu: gnurl: Update to 7.61.0.

* gnu/packages/gnunet.scm (gnurl): Update to 7.61.0.

gnu: asymptote: Update to 2.47.

* gnu/packages/plotutils.scm (asymptote): Update to 2.47.

gnu: neomutt: Update to 20180716 [fixes CVE-2018-{14349..14363}].

* gnu/packages/mail.scm (neomutt): Update to 20180716.

gnu: Add povray.

* gnu/packages/graphics.scm (povray): New variable.

gnu: Patch duplicity with --ignore-mdc-error.

Modify the package to patch gnu.py with an unreleased upstream change to fix
duplicity working with recent releases of GnuPG. This change make the package
build again.

* gnu/packages/backup.scm (duplicity)[arguments]: Patch gnu.py within the
patch-source phase.

gnu: linux-libre: Update to 4.17.12.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.17.12.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.60.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.60.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.117.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.117.

gnu: python-scipy: Only run default tests.

* gnu/packages/python.scm (python-scipy)[arguments]: Only run the default test
suite.  The full test suite is too expensive and brittle.

gnu: pigx-scrnaseq: Update to 0.0.7.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-scrnaseq): Update to 0.0.7.
[inputs]: Add samtools.

gnu: emacs-exwm: Fix fullscreen issue.

* gnu/packages/patches/emacs-exwm-fix-fullscreen-issue.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.
* gnu/packages/emacs.scm (emacs-exwm)[sources]: Add
emacs-exwm-fix-fullscreen-issue.patch to patches.

gnu: Add imapfilter.

* gnu/packages/mail.scm (imapfilter): New variable.

gnu: Update ruby-net-ssh to 4.2.0.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-net-ssh)[version]: Update to 4.2.0.
[source]: Update hash.

gnu: Add ruby-childprocess@0.6.3.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-childprocess): Modify.
(ruby-childprocess-0.6): New variable.

services: file-system-shepherd-service: Require "udev" service.

Fixes <https://bugs.gnu.org/32313>.
Reported by Brendan Tildesley <brendan.tildesley@openmailbox.org>

* gnu/services/base.scm (file-system-shepherd-service): Require "udev" service.

gnu: minetest: Add console support.

* gnu/packages/games.scm (minetest)[inputs]: Add ncurses.

gnu: games.scm: Arrange modules alphabetically.

* gnu/packages/games.scm: Arrange imported modules alphabetically.

gnu: minetest: Use more system libraries.

* gnu/packages/games.scm (minetest)[source]: Remove bundled libraries in
a snippet.
[arguments]: Add flag to use system jsoncpp.
[inputs]: Add gmp, jsoncpp. Arrange alphabetically.

gnu: irrlicht: Don't use bundled libraries.

* gnu/packages/patches/irrlicht-use-system-libs.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.
* gnu/packages/games.scm (irrlicht)[source]: Add patch. Remove bundled
code and binaries in a snippet.
[native-inputs]: Remove unzip.
[inputs]: Remove glu, add bzip2, libjpeg, libpng, libx11, libxx86vm.
[arguments]: Remove custom 'unpack phase, add custom 'chdir-to-source
phase and adjust 'fix-build-env phase to changes.

gnu: minetest: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/games.scm (minetest)[source]: Download from git
repository.

gnu: minetest-data: Don't use autogenerated tarball.

* gnu/packages/games.scm (minetest-data)[source]: Download from git
repository.
[native-inputs]: Remove gzip, tar.
[arguments]: Adjust custom build accordingly.

gnu: Add net-snmp.

* gnu/packages/networking.scm (net-snmp): New variable.

Co-authored-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>
Co-authored-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: Add cdrkit-libre.

* gnu/packages/cdrom.scm (cdrkit-libre): New variable.

gnu: Add glibc@2.28.

* gnu/packages/base.scm (glibc-2.28): New public variable.

gnu: dmraid: Disable parallel build.

Fixes a race condition as reported by Brendan Tildesley
<brendan.tildesley@openmailbox.org> in <https://bugs.gnu.org/31999#187>.

* gnu/packages/disk.scm (dmraid)[arguments]: Set #:parallel-build #f.

gnu: xdotool: Update to 3.20160805.1.

* gnu/packages/xdisorg.scm (xdotool): Update to 3.20160805.1.
[source](patches): Remove.
[arguments]: Create output directory.
* gnu/packages/patches/xdotool-fix-makefile.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: re2: Update to 2018-08-01.

* gnu/packages/regex.scm (re2): Update to 2018-08-01.

gnu: elfutils: Update to 0.173.

* gnu/packages/elf.scm (elfutils): Update to 0.173.

gnu: freedesktop.scm: Remove unneeded imports.

* gnu/packages/freedesktop.scm: Remove unused imports.

gnu: upower: Add explicit dependency on Glib.

* gnu/packages/gnome.scm (upower)[propagated-inputs]: New field.

gnu: upower: Update to 0.99.8.

* gnu/packages/gnome.scm (upower): Update to 0.99.8.
[source](uri): Change to new download location*.
[arguments]: Remove #:phases.

* https://lists.freedesktop.org/archives/devkit-devel/2018-June/001829.html

gnu: xapian: Update to 1.4.7.

* gnu/packages/search.scm (xapian, python-xapian-bindings): Update to 1.4.7.

gnu: Add emacs-magit-todos.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-magit-todos): New variable.

gnu: Add emacs-pcre2el.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-pcre2el): New variable.

gnu: libreoffice: Update to 6.0.6.2.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libreoffice): Update to 6.0.6.2.

gnu: lvm2: Fix static linking of dmeventd.

Fixes a regression introduced in a3ed69b694eab393129348bbabbed8c59bad3772
where dmeventd.static fails to link against libm and breaks "lvm2-static".

* gnu/packages/patches/lvm2-static-link.patch: Patch make.tmpl.in.

gnu: optipng: Use system libraries.

* gnu/packages/image.scm (optipng)[source]: Add snippet to delete
bundled libraries.
[inputs]: Add libpng.
[arguments]: Add configure-flag to use system libraries.

gnu: python-pyqt: Add qtwebkit.

* gnu/packages/qt.scm (python-pyqt)[inputs]: Add qtwebkit.

gnu: qtwebkit: Update to 5.212.0-alpha2.

* gnu/packages/patches/qtwebkit-pbutils-include.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register the patch.
* gnu/packages/qt.scm (qtwebkit): Update to 5.212.0-alpha2.
[source]: Use new upstream location. Add patch.
[build-system]: Switch to cmake-build-system.
[inputs]: Add glib, gst-plugins-base, qtlocation, qtsensors,
qtwebchannel.
[arguments]: Disable the tests. Add new configure flags. Remove all
custom phases.

gnu: Update udisks to 2.7.7.

* gnu/package/freedesktop.scm (udisks): Update to 2.7.7.
[inputs]: Replace parted with libblockdev.

gnu: Add libblockdev.

* gnu/package/disk.scm (libblockdev): New variable.

gnu: Add dmraid.

* gnu/package/disk.scm (dmraid): New variable.

gnu: lvm2: Add device-mapper-event support.

* GNU/packages/linux.scm (lvm2)[configure-flags]: Build device-mapper-event.

gnu: Add libbytesize.

* gnu/package/c.scm (libbytesize): New variable.

gnu: Add ndctl.

* gnu/package/disk.scm (ndctl): New variable.

gnu: Add volume-key.

* gnu/package/disk.scm (volume-key): New variable.

doc: Fix Cuirass URL.

* doc/guix.texi (Continuous Integration): Fix Cuirass URL.

gnu: minetest: Update to 0.4.17.1.

* gnu/packages/games.scm (minetest): Update to 0.4.17.1.

gnu: retux: Return #t from all phases.

* gnu/packages/games.scm (retux)[arguments]: Return #t from the 'install' phase.

gnu: gnubg: Update to 1.06.001.

* gnu/packages/games.scm (gnubg): Update to 1.06.001.

gnu: golly: Update to 3.2.

* gnu/packages/games.scm (golly): Update to 3.2.

gnu: warzone2100: Update to 3.2.3.

* gnu/packages/games.scm (warzone2100): Update to 3.2.3.
[arguments]: Add "--with-distributor=Guix" to #:configure-flags.  Remove
'remove-reference-to-missing-file' and 'patch-for-qt5.8' phases.  Add
'fix-ivis-linktest' phase.
[native-inputs]: Add gettext-minimal.
[inputs]: Add harfbuzz and remove quesoglc.

gnu: parallel: Update to 20180722.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20180722.

gnu: openssh: Update home-page.

* gnu/packages/ssh.scm (openssh)[home-page]: Update to new home-page.

gnu: tig: Update to 2.4.1.

* gnu/packages/version-control.scm (tig): Update to 2.4.1.
[description]: Fix texinfo markup.