gnu: jbig2dec: Fix CVE-2016-9601.

* gnu/packages/patches/jbig2dec-CVE-2016-9601.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/image.scm (jbig2dec)[source]: Use it.

Merge branch 'core-updates'

gnu: guile-git: Install .go files to /site-ccache.

* gnu/packages/guile.scm (guile-git)[arguments] <bootstrap>: Change
"/ccache" to "/site-ccache" in Makefile.am.

gnu: sddm: Build without greenisland.

This Wayland compositor is currently abandonware and has known problems.

* gnu/packages/display-managers.scm (sddm)[inputs]: Remove GREENISLAND.

gnu: guitarix: Update to 0.35.3.

* gnu/packages/audio.scm (guitarix): Update to 0.35.3.

guix: Compress and decompress xz archives in parallel.

* guix/scripts/pack.scm (%compressors): Add flag '-T0' when calling "xz".
* guix/utils.scm (decompressed-port, compressed-port,
compressed-output-port): Same.

gnu: notmuch: Update to 0.24.1.

* gnu/packages/mail.scm (notmuch, python-notmuch, python2-notmuch): Update to
0.24.1.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: khmer: Build with gcc-4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (khmer)[inputs]: Add gcc-4.9.

gnu: ruby: Replace with ruby-2.3.4.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby)[replacement]: New field.
(ruby-2.3.4): New variable.

gnu: ruby-2.2: Update to 2.2.7.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-2.2): Update to 2.2.7.

gnu: tuxguitar: Update to 1.4.

* gnu/packages/music.scm (tuxguitar): Update to 1.4.
[arguments]: Replace build phase "build-editor-utils" with "build-libraries";
install resources to the expected locations.

gnu: pd: Run autogen.sh script.

* gnu/packages/music.scm (pd)[arguments]: Run autogen.sh instead of
plain autoreconf.

gnu: pd: Fix indentation of phases.

* gnu/packages/music.scm (pd)[arguments]: Fix indentation.

gnu: pd: Update to 0.47-1.

* gnu/packages/music.scm (pd): Update to 0.47-1.

gnu: tuxguitar: Update home page URL.

* gnu/packages/music.scm (tuxguitar)[home-page]: Update URL.

gnu: setbfree: Update to 0.8.4

* gnu/packages/music.scm (setbfree): Update to 0.8.4.

gnu: amsynth: Build with LASH support.

* gnu/packages/music.scm (amsynth)[inputs]: Add lash.

gnu: amsynth: Update to 1.7.1.

* gnu/packages/music.scm (amsynth): Update to 1.7.1.
[native-inputs]: Add intltool.

gnu: samplv1: Update to 0.8.1.

* gnu/packages/music.scm (samplv1): Update to 0.8.1.

gnu: drumkv1: Update to 0.8.1.

* gnu/packages/music.scm (drumkv1): Update to 0.8.1.

gnu: synthv1: Update to 0.8.1.

* gnu/packages/music.scm (synthv1): Update to 0.8.1.

gnu: non-sequencer, non-session-manager: Update to 1.9.5-3.10c31e5.

* gnu/packages/music.scm (non-sequencer, non-session-manager): Update to
1.9.5-3.10c31e5.

gnu: lilypond: Update to 2.19.58.

* gnu/packages/music.scm (lilypond): Update to 2.19.58.

gnu: extempore: Update home page.

* gnu/packages/music.scm (extempore)[home-page]: Use new home page.

gnu: aria-maestosa: Update to 1.4.13.

* gnu/packages/music.scm (aria-maestosa): Update to 1.4.13.

gnu: btrfs-progs: Update to 4.10.2.

* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs): Update to 4.10.2.

services: dovecot: Fix passwd and userdb 'args' types.

* gnu/services/mail.scm (passwd-configuration)[args]
(userdb-configuration)[args]: Change type from 'free-form-args' to
'space-separated-string-list'.
* doc/guix.texi (Mail Services): Document it.

gnu: yoshimi: Update to 1.5.1.

* gnu/packages/music.scm (yoshimi): Update to 1.5.1.

doc: Fix typos.

* doc/guix.texi (Build Systems)[ocaml-build-system]: Fix typo.
(Log Rotation)[periodic-rotations]: ditto.
(Database Services)[redis-service-type]: ditto.
(OpenSMTPD Service)[opensmtpd-configuration]: ditto.
(VPN Services)[OpenVPN]: ditto.
(Power management Services)[tlp-configuration]: ditto.
(Git daemon service)[git-daemon-service]: ditto.
(Running GuixSD in a VM): ditto.
* gnu/services/pm.scm (tlp-configuration)[runtime-pm-blacklist]: Fix typo.
* gnu/services/vpn.scm (openvpn-client-configuration)[status]: ditto.

tests: Add GNU dicod test.

* gnu/tests/dict.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

tests: Introduce 'simple-operating-system' and use it.

* gnu/tests.scm (%simple-os): New macro.
(simple-operating-system): New macro.
* gnu/tests/base.scm (%simple-os): Define using 'simple-operating-system'.
(%mcron-os): Use 'simple-operating-system'.
* gnu/tests/mail.scm (%opensmtpd-os): Likewise.
* gnu/tests/messaging.scm (%base-os, os-with-service): Remove.
(run-xmpp-test): Use 'simple-operating-system'.
* gnu/tests/networking.scm (%inetd-os): Likewise.
* gnu/tests/ssh.scm (%base-os, os-with-service): Remove.
(run-ssh-test): Use 'simple-operating-system'.
* gnu/tests/web.scm (%nginx-os): Likewise.

services: dicod: Allow the configuration of "handlers".

* gnu/services/dict.scm (<dicod-configuration>)[handlers]: New field.
(<dicod-handler>): New record type.
(<dicod-database>): Add fields.
(dicod-configuration-file): Support convert handlers and enhanced databases.
configuration to config file.
* doc/guix.texi (Miscellaneous Services): Update accordingly.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: linux-libre: Update to 4.10.8 [fixes CVE-2017-7184].

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.10.8.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.20 [fixes CVE-2017-7184].

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.20.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.59 [fixes CVE-2017-7184].

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.59.

gnu: guile-opengl: Build with Guile 2.2.

* gnu/packages/gl.scm (guile-opengl): Build with Guile 2.2.

gnu: libtermkey: Update to 0.20.

gnu/packages/terminals.scm (libtermkey): Update to 0.20.

substitute: Send ‘User-Agent’ header.

* guix/scripts/substitute.scm (narinfo-request): Pass ‘User-Agent’ #:headers
to ‘build-request’.

gnu: xonsh: Update to 0.5.9.

* gnu/packages/shells.scm (xonsh): Update to 0.5.9.

gnu: parallel: Update to 20170322.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20170322.

gnu: tiled: Update to 0.18.2.

* gnu/packages/game-development.scm (tiled): Update to 0.18.2.

gnu: nano: Update to 2.8.0.

* gnu/packages/nano.scm (nano): Update to 2.8.0.

gnu: hdparm: Use ‘modify-phases’ syntax.

* gnu/packages/linux.scm (hdparm): Use ‘modify-phases’.

gnu: hdparm: Expand synopsis and description.

* gnu/packages/linux.scm (hdparm)[synopsis, description]: Add some more
common uses, more examples, and more objective information.

gnu: hdparm: Update to 9.51.

* gnu/packages/linux.scm (hdparm): Update to 9.51.

gnu: goffice: Update to 0.10.34.

* gnu/packages/gnome.scm (goffice): Update to 0.10.34.

gnu: gmime: Update to 2.6.23.

* gnu/packages/mail.scm (gmime): Update to 2.6.23.

gnu: rapidjson: Fix building on aarch64.

* gnu/packages/web.scm (rapidjson)[arguments]: Add custom phase for
aarch64 to fix -march detection.

gnu: freedoom: Update to 0.11.2.

* gnu/packages/games.scm (freedoom): Update to 0.11.2.

hydra: Don't build deprecated packages.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (hydra-jobs): When iterating over the
packages, exclude those that match 'package-superseded'.

gnu: mlocate: Update URLs.

* gnu/packages/search.scm (mlocate)[source, home-page]: Change URLs to
pagure.{org,io}.

gnu: ruby-concurrent: Work around test failure on ARM.

* gnu/packages/patches/ruby-concurrent-test-arm.patch: New file.
* gnu/packages/ruby.scm (ruby-concurrent)[source](patches): Add it.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: guix: Include the aarch64 bootstrap Guile.

* gnu/packages/package-management.scm (boot-guile-uri): Add case for aarch64.
(guix-0.12.0)[arguments] <copy-bootstrap-guile>: Handle aarch64.
[inputs]: Add "boot-guile/aarch64".

gnu: sysstat: Update to 11.4.3.

* gnu/packages/linux.scm (sysstat): Update to 11.4.3.

Merge branch 'master' into core-updates

Most conflicts are from 6fd52309b8f52c9bb59fccffac53e029ce94b698.

gnu: linux-libre: Update to 4.10.7.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.10.7.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.19.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.19.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.58.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.58.

gnu: chez-scheme: Fix build failure in 'reset-gzip-timestamps' phase.

* gnu/packages/chez.scm (chez-scheme)[arguments]: Add 'make-manpages-writable'
phase.

gnu: kodi: Update to 18.0_alpha-1-ec5d53d.

* gnu/packages/kodi.scm (kodi): Update to 18.0_alpha-1-ec5d53d.
[inputs]: Replace LIBYAJL with RAPIDJSON.

gnu: kodi: Remove silly wrapper script.

* gnu/packages/kodi.scm (kodi)[arguments]: Add SYSTEM_LDFLAGS in
configure-flags. Remove 'wrap' phase. Enable previously failing tests.

gnu: kodi: Embed full path to tzdata.

* gnu/packages/kodi.scm (kodi)[arguments]: Add substitution for tzdata in
'patch-stuff' phase.
[inputs]: Add TZDATA.

gnu: ceph: Update to 12.0.1.

* gnu/packages/storage.scm (ceph): Update to 12.0.1.
[arguments]: Disable one new test.
* gnu/packages/patches/ceph-disable-cpu-optimizations.patch: Adjust context.

gnu: xcb-util-cursor: Update to 0.1.3.

* gnu/packages/xorg.scm (xcb-util-cursor): Update to 0.1.3.
[source]: Change to bz2 archive.

gnu: libevdev: Update to 1.5.6.

* gnu/packages/xorg.scm (libevdev): Update to 1.5.6.

gnu: libinput: Update to 1.7.0.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libinput, libinput-minimal): Update to 1.7.0.

gnu: exempi: Update to 2.4.2.

* gnu/packages/freedesktop.scm (exempi): Update to 2.4.2.

gnu: mbedtls-apache: Update to 2.4.2 [fixes CVE-2017-2784, SLOTH and others].

See 'ChangeLog' in the source code distribution for more information about
security-related bug fixes.

* gnu/packages/tls.scm (mbedtls-apache): Update to 2.4.2.

gnu: propeller-binutils: Use flex 2.6.1.

* gnu/packages/embedded.scm (propeller-binutils)[native-inputs]: Replace
"flex" with "flex-2.6.1".

gnu: milkytracker: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/music.scm (milkytracker): Update to 1.0.0.
[source]: Change uri; add file-name; add snippet to remove non-FSDG
compliant data.
[build-system]: Change from gnu-build-system to cmake-build-system.
[arguments]: Remove #:make-flags; disable tests (which are no longer
present).
[inputs]: Change sdl to sdl2.

gnu: guix: Update development snapshot.

The previous snapshot lacked the FTP download fix from commit
6dfd683dc742ebb80983137f80a457af38ca7d8d.  Thus, the daemon's "download"
built-in would fail to download over FTP.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to aabece2.

gnu: guile-git, guile-bytestructures: Switch to Guile 2.2.

* gnu/packages/guile.scm (guile-bytestructures)[inputs]: Replace
GUILE-2.0 with GUILE-2.2.
(guile-git)[inputs]: Likewise.

gnu: guile-git: Update to latest Git snapshot.

* gnu/packages/guile.scm (guile-git): Update to 96dfb3b.
[arguments]: Remove #:parallel-tests?.

gnu: ccl: Forcibly set CCL_DEFAULT_DIRECTORY.

* gnu/packages/lisp.scm (ccl)[arguments]: Unconditionally set the
CCL_DEFAULT_DIRECTORY environment variable in the wrapper script.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: ccl: Install included libraries.

* gnu/packages/lisp.scm (ccl)[arguments]: Add 'srfi-26' to '#:modules', and
copy the included libraries to the output in the 'install' phase.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-linum-relative.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-linum-relative): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-highlight-sexp.

* gnu/packages/emacs (emacs-highlight-sexp): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-ox-twbs.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-ox-twbs): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-idle-highlight.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-idle-highlight): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

hydra: Include the localstatedir in the binary tarball.

This is a followup to 6b63c43e0661406bf9e8c4c54f517744fc2ffdb3.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (tarball-jobs): Pass #:localstatedir? #t
to 'self-contained-tarball'.

gnu: discrover: Add missing includes.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (discrover)[arguments]: Add build phase
"add-missing-includes" to include "random" headers.

gnu: stringtie: Remove typedef conflict.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (stringtie)[arguments]: Remove conflicting
typedef in a new build phase "remove-duplicate-typedef".

gnu: powertabeditor: Link with pthread.

* gnu/packages/music.scm (powertabeditor)[arguments]: Link with "-lpthread" to
fix build with GCC 5.

gnu: hugs: Build with GCC 4.9.

* gnu/packages/hugs.scm (hugs)[native-inputs]: Add "gcc-4.9".

gnu: dash: Update to 0.5.9.1.

* gnu/packages/shells.scm (dash): Update to 0.5.9.1.
[source]: Use git-fetch.
[native-inputs]: Add autoconf and automake.
[arguments]: Add 'bootstrap' phase.

gnu: qutebrowser: Upgrade to 0.10.1.

* gnu/packages/web.scm (qutebrowser): Upgrade to 0.10.1.

gnu: thefuck: Upgrade to 3.15 and enable tests.

* gnu/packages/patches/thefuck-test-environ.patch: New patch.
* gnu/packages/admin.scm (thefuck): Upgrade to 3.15.
[source]: Use patch.
[arguments]: Remove '#:tests? #f'.  Move 'check' phase after 'install'.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add patch.

gnu: Use HTTPS for almost all gnu.org HOME-PAGEs.

All HTTP gnu.org (and supported subdomain) HOME-PAGEs changed to HTTPS.

gnu: orc: Update home page.

* gnu/packages/gstreamer.scm (orc)[home-page]: Update.

gnu: icecat: Add fixes from mozilla-esr45; use skia by default.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[source][patches]: Add fixes from
the upstream mozilla-esr45 repository.
[arguments]: Add 'use-skia-by-default' phase.

gnu: wordnet: Build with the default GCC.

* gnu/packages/wordnet.scm (wordnet)[native-inputs]: Remove.

packages: Remove "mips64el-linux" from '%hydra-supported-systems'.

* guix/packages.scm (%hydra-supported-systems): Remove "mips64el-linux".

gnu: python-enum34: Update to 1.1.6.

* gnu/packages/python.scm (python-enum34, python2-enum34): Update to 1.1.6.
[arguments]: Remove custom test phase.

gnu: guile-reader: Build with gperf 3.0.

* gnu/packages/guile.scm (guile-reader)[native-inputs]: Use GPERF-3.0
instead of GPERF.

gnu: schismtracker: Update to 20160913.

* gnu/packages/music.scm (schismtracker): Update to 20160913.
[source]: Update snippet for version 20160913.

gnu: games: Don't MKDIR before INSTALL-FILE.

* gnu/packages/games.scm (glkterm, glulxe, grue-hunter)[arguments]:
Remove spurious MKDIRs.

gnu: retroarch: Don't use %OUTPUT.

* gnu/packages/games.scm (retroarch)[arguments]: Accept an OUTPUTS key
in the configure phase.  Add a comment about the script.  Use LET*.

gnu: games: Use ‘modify-phases’.

* gnu/packages/games.scm (pingus, cmatrix, freedink-data, xboing, irrlicht,
glkterm, glulx, retroarch)[arguments]: Use ‘modify-phases’ syntax.

gnu: glulxe: Fix typo.

* gnu/packages/games.scm (glulxe)[description]: Fix typo.

gnu: glkterm: Use @code in description.

* gnu/packages/games.scm (glkterm)[description]: Use @code.