gnu: linux-libre 4.9: Update to 4.9.266.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9-version): Update to 4.9.266.
(linux-libre-4.9-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.14: Update to 4.14.230.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.230.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.19: Update to 4.19.186.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.186.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.4: Update to 5.4.111.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.111.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.10: Update to 5.10.29.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.10-version): Update to 5.10.29.
(linux-libre-5.10-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre: Update to 5.11.13.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.11-version): Update to 5.11.13.
(linux-libre-5.11-pristine-source): Update hash.

gnu: xnotify: Update to 0.8.1.

* gnu/packages/wm.scm (xnotify): Update to 0.8.1.

gnu: xclickroot: Update to 1.3.

* gnu/packages/wm.scm (xclickroot): Update to 1.3.

gnu: meson@0.57: Update to 0.57.2.

* gnu/packages/build-tools.scm (meson-next): Update to 0.57.2.

gnu: lldpd: Update to 1.0.10.

* gnu/packages/networking.scm (lldpd): Update to 1.0.10.

gnu: glfw: Update to 3.3.4.

* gnu/packages/gl.scm (glfw): Update to 3.3.4.

gnu: freetds: Update to 1.2.19.

* gnu/packages/databases.scm (freetds): Update to 1.2.19.

gnu: gmic: Update to 2.9.7.

* gnu/packages/image-processing.scm (gmic): Update to 2.9.7.

gnu: Add wlogout.

* gnu/packages/wm.scm (wlogout): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

git: Update cached checkout to the remote HEAD by default.

Fixes <https://bugs.gnu.org/45187>.
Reported by Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>.

update-cached-checkout hard codes "master" as the default branch, leading to a
failure when the clone doesn't have a "master" branch.  Instead use the remote
HEAD symref as an indicator of what the primary branch is.

* guix/git.scm (resolve-reference): Support resolving symrefs.
(update-cached-checkout, latest-repository-commit): Change the default for REF
to the empty list and translate it to the remote HEAD symref.
(<git-checkout>): Change branch field's default to #f.
(git-checkout-compiler): When branch and commit fields are both #f, call
latest-repository-commit* with the empty list as the ref.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Remove clang-runtime-3.6 and clang-3.6.

* gnu/packages/llvm.scm (clang-runtime-3.6, clang-3.6): Remove variables.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Remove unused module imports.

* gnu/packages/chromium.scm: Don't import (guix store) and (guix monads).

gnu: ungoogled-chromium: Update to 89.0.4389.114-1.

* gnu/packages/chromium.scm (%ungoogled-revision): Set to 89.0.4389.114-1.
(%ungoogled-origin, ungoogled-chromium): Update hashes.

gnu: Add cl-coalton.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-coalton, cl-coalton, ecl-coalton):
  New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-abstract-classes.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-abstract-classes, cl-abstract-classes,
  ecl-abstract-classes): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: raptor2: Use HTTPS home page and source URI.

* gnu/packages/rdf.scm (raptor2)[home-page]: Use HTTPS URI.
[source]: Use HTTPS URI.

gnu: ddcutil: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/hardware.scm (ddcutil): Update to 1.1.0.

gnu: faudio: Update to 21.04.

* gnu/packages/audio.scm (faudio): Update to 21.04.
[arguments]: Replace FFMPEG=ON configure flag with GSTREAMER=ON.
[inputs]: Likewise replace ffmpeg with gstreamer & gst-plugins-base.
[license]: Update licence list.

gnu: aws-c-common: Update to 0.5.3.

* gnu/packages/c.scm (aws-c-common): Update to 0.5.3.

gnu: guile-eris: Fix typo in description.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-eris)[description]: Fix typo.

gnu: bindfs: Fix typo in description.

* gnu/packages/file-systems.scm (bindfs)[description]: Fix typo.

gnu: go-go-uber-org-multierr: Fix typo in synopsis.

* gnu/packages/golang.scm (go-go-uber-org-multierr)[synopsis]: Fix typo.

gnu: r-gagedata: Fix typo in synopsis.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-gagedata)[synopsis]: Fix typo and add
article.

gnu: libglvnd: Fix typo in description.

* gnu/packages/gl.scm (libglvnd)[description]: Fix typo.

gnu: julia-mbedtls: Fix typo in description.

* gnu/packages/julia-xyz.scm (julia-mbedtls)[description]: Fix typo.

gnu: python-pypeg2: Fix typo in synopsis.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pypeg2)[synopsis]: Fix typo.

gnu: go-github-com-go-sql-driver-mysql: Fix typo in description.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-go-sql-driver-mysql)
[description]: Fix typo.

gnu: python-scour: Fix typo in description.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-scour)[description]: Fix typo.

gnu: python-nestedtext: Fix typo in description.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-nestedtext)
[description]: Fix typo.

gnu: gpart: Fix typo in description.

* gnu/packages/disk.scm (gpart)[description]: Fix my own typo.

bootloader: grub: Fix typo in docstring.

* gnu/bootloader/grub.scm (install-grub-efi-netboot): Fix typo.

gnu: rust-hmac-sha1: Fix description.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-hmac-sha1-0.1)
[description]: Fix typo & use @acronym{}.

gnu: r-chromstar: Fix typo in description.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-chromstar)[description]: Fix typo.

gnu: nordic-theme: Fix typo in synopsis & description.

* gnu/packages/gnome-xyz.scm (nordic-theme)
[synopsis, description]: Fix typo.

gnu: itcl: Fix typo in description.

* gnu/packages/tcl.scm (itcl)[description]: Fix typo.

gnu: ghc-wai-cors: Fix typo in description.

* gnu/packages/haskell-web.scm (ghc-wai-cors)[description]: Fix typo.

gnu: bluez-alsa: Fix typo in description.

* gnu/packages/audio.scm (bluez-alsa)[description]: Fix typo.

gnu: bsd-games: Fix typo in description.

* gnu/packages/games.scm (bsd-games)[description]: Fix typo, and delete
stray comma.

gnu: config: Fix typo in synopsis.

* gnu/packages/autotools.scm (config)[synopsis]: Fix typo.

gnu: rust-scratch: Fix typo in description.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-scratch-1)[description]: Fix typo.

gnu: sbcl-cl-slug: Fix typos in synopsis & description.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cl-slug)
[synopsis, description]: Fix typos.

gnu: lv2-speech-denoiser: Fix typo in description.

* gnu/packages/audio.scm (lv2-speech-denoiser)[description]: Fix typo.

gnu: kmail: Fix typo in description.

* gnu/packages/kde-pim.scm (kmail)[description]: Fix typo.

doc: Fix typos.

* doc/guix.texi (SELinux Support): Fix typo.
(Build Systems): Likewise.
(DNS Services): Likewise.
(Networking Services): Likewise.
(Guix Services): Likewise.
(Reduced Binary Seed Bootstrap): Likewise.
(Documentation): Likewise.

gnu: r-physicalactivity: Fix typos in description.

* gnu/packages/cran.scm (r-physicalactivity)[description]: Fix typos.

gnu: erofs-utils: Fix typo in synopsis & description.

* gnu/packages/linux.scm (erofs-utils)[synopsis, description]: Fix typo.

gnu: geda-gaf: Fix typo in description.

* gnu/packages/engineering.scm (geda-gaf)[description]: Fix typo.

gnu: tl-parser: Fix typo in description.

* gnu/packages/telegram.scm (tl-parser)[description]: Fix typo.

gnu: emacs-webpaste: Fix typo in description.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-webpaste)[description]: Fix typo.

gnu: r-msmstests: Fix typos in description.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-msmstests)[description]: Fix typos.

gnu: r-ggforce: Fix typo in description.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggforce)[description]: Fix typo.

gnu: Fix typo in (gnu packages gtk).

* gnu/packages/gtk.scm: Fix typo in copyright header.

gnu: go-github-com-charmbracelet-glamour: Fix typo in description.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-charmbracelet-glamour)
[description]: Fix typo.

gnu: nimf: Fix typo in description.

* gnu/packages/language.scm (nimf)[description]: Fix typo.

gnu: sbcl-claw-utils: Fix typo in description.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-claw-utils)[description]: Fix typo.

gnu: guile-eris: Fix typo in description.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-eris)[description]: Fix typo.

gnu: libime: Fix typo in description.

* gnu/packages/fcitx5.scm (libime)[description]: Fix typo.

gnu: python-dpath: Fix typo in synopsis & description.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-dpath)
[synopsis, description]: Fix typo.

gnu: popt: Fix typo in description.

* gnu/packages/popt.scm (popt)[description]: Fix typo.

gnu: rust-filesize: Fix typo in description.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-filesize-0.2)[description]: Fix typo.

gnu: camlboot: Fix typo in synopsis.

* gnu/packages/ocaml.scm (camlboot)[synopsis]: Fix typo.

gnu: sortmerna: Mark up description.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (sortmerna)[description]: Use @acronym{}.

gnu: tmsu: Fix typo in synopsis & description.

* gnu/packages/file-systems.scm (tmsu)[synopsis, description]: Fix typo.

tests: nfs: Fix typo in description.

* gnu/tests/nfs.scm (%test-nfs-root-fs)[description]: Fix typo.

services: git-daemon: Fix typo in docstring.

* gnu/services/version-control.scm (git-daemon-service): Fix docstring
typo.

gnu: davfs2: Fix typo in description.

* gnu/packages/file-systems.scm (davfs2)[description]: Fix typo.

gnu: erfa: Mark up description.

* gnu/packages/astronomy.scm (erfa)[description]: Add all the @acronym{}s.

gnu: erfa: Update to 1.7.3.

* gnu/packages/astronomy.scm (erfa): Update to 1.7.3.

gnu: airspyhf: Fix udev rules.

* gnu/packages/radio.scm (airspyhf)[arguments]: Add 'fix-udev-rules' phase.

gnu: gnuradio-osmosdr: Add Airspy HF+ support.

* gnu/packages/radio.scm (gnuradio-osmosdr)[inputs]: Add airspyhf.

gnu: Add airspyhf.

* gnu/packages/radio.scm (airspyhf): New variable.

gnu: jami-qt: Remove the custom wrap phase.

Commit 06eb21856f made it necessary, since it is now handled by the Qt build
system itself.

* gnu/packages/jami.scm (jami-qt)[phases]{wrap}: Remove phase.

build-system/qt: Fix wrapping with QTWEBENGINEPROCESS_PATH.

This is a follow up commit to 06eb21856f, which added QTWEBENGINEPROCESS_PATH
to the list of wrapped variables.  Unfortunately it wouldn't be set, as its
value is a plain file rather than a directory, and the code only checked for
directories.

* guix/build/qt-build-system.scm (variables-for-wrapping): Define a file type
entry for each variable definition, and use it to determine if we should look
for directories versus plain files.

gnu: Fix build of python2-feedparser.

This is a followup to commit 506eb97de7041f6bcb6e841201c01e88bedfc9d9.

Feedparser dropped support for Python 2 in version 6.0.0. The latest
release that works with Python 2 is 5.2.1.

* gnu/packages/web.scm (python2-feedparser): Revert back to version 5.2.1.

import: go: Append version to symbol name in the pinned version mode.

This allows importing packages with complicated version specific dependency
chains without the package symbol names colliding.

* doc/guix.texi (Invoking guix import): Document the --pin-versions option.
Mention that a specific version can be imported.  Remove the experimental
warning.
* guix/import/go.scm (go-module->guix-package-name)[version]: Add optional
argument.  Rewrite the character translation in terms of string-map.
(go-module->guix-package): Conditionally use dependencies whose symbol include
their version, based no the value of the PIN-VERSIONS? argument.
* guix/import/utils.scm (package->definition): Add a new case where the full
version string is appended to the package symbol.
* guix/scripts/import.scm (guix-import): Correctly print forms starting
with '(define-public [...]'.
* guix/scripts/import/go.scm (guix-import-go): Conditionally include the
version in the package symbols defined.

import: go: Add an option to use pinned versions.

The ability to pin versions is handy when having to deal to packages that
bootstrap themselves through a chain of former versions.  Not using pinned
versions in these case could introduce dependency cycles.

* guix/build-system/go.scm (guix)
(%go-version-rx): Rename to...
(%go-pseudo-version-rx): ... this.  Simplify the regular expression, which in
turns makes it more robust.
* guix/build-system/go.scm (go-version->git-ref): Adjust following the above
rename.
(go-pseudo-version?): New predicate.
(go-module-latest-version): Rename to ...
(go-module-version-string): ... this.  Rename goproxy-url argument to just
goproxy.  Add a VERSION keyword argument, update docstring and adjust to have
it used.
(go-module-available-versions): New procedure.
(%go.mod-require-directive-rx): Document regexp.
(parse-go.mod): Harmonize the way dependencies are recorded to a list of lists
rather than a list of pairs, as done for other importers.  Rewrite to directly pass
multiple values rather than a record object.  Filter the replaced modules in a
functional style.
(go-module->guix-package): Add docstring.
[version, pin-versions?]: New arguments.  Rename the GOPROXY-URL argument to
GOPROXY.  Adjust to the new returned value of fetch-go.mod, which is a string.
Fail when the provided version doesn't exist.  Return a list dependencies and
their versions when in pinned versions mode, else just the dependencies.
(go-module-recursive-import)[version, pin-versions?]: New arguments.
Honor the new arguments and guard against network errors.
* guix/scripts/import/go.scm (%default-options): Register a default value for
the goproxy argument.
(show-help): Document that a version can be specified.  Remove the --version
argument and add a --pin-versions argument.
(%options)[version]: Remove option.
[pin-versions]: Add option.
(guix-import-go): Adjust so the version provided from the module name is
honored, along the new pin-versions? argument.
* tests/go.scm: Adjust and add new tests.

import: go: Improve synopsis and description parsing.

* guix/import/go.scm (%strict-tokenizer?): Set parameter to #t.
(go-path-escape): Redefine to prevent inlining.
(http-get*): Replace by ...
(http-fetch*): this ...
(json-fetch*): New procedure.
(go.pkg.dev-info): Use http-fetch*.
(go-package-licenses): Rewrite in terms of go.pkg.dev-info.
(go-package-description): Likewise.
(go-package-synopsis): Likewise.
(fetch-go.mod): Use the memoized http-fetch*.
(parse-go.mod): Adjust to receive content as a string.
(fetch-module-meta-data): Adjust to use http-fetch*.
(go-module->guix-package): Adjust to the modified fetch-go.mod return value.
[inputs]: Use propagated inputs, which is the most common situations for Go
libraries.
[description]: Beautify description.
[licenses]: Do no check for #f.  The result of the license parsing is always a
list.
* tests/go.scm: Adjust following above changes.

import: utils: Refactor maybe-inputs and add maybe-propagated-inputs.

* guix/import/utils.scm (maybe-inputs)[type]: New argument.  Update docstring.
The argument is used to derive the input field name to use.
(maybe-native-inputs): Adjust to use the above.
(maybe-propagated-inputs): New procedure.

doc: Quote a URL to avoid misinterpretation by the shell.

Otherwise, the shell tries to perform pattern-matching based on the "?"
character.

Reported by nij in #guix.

* doc/guix.texi (Binary Installation): Add quotes around OPENPGP-SIGNING-KEY-URL.

gnu: python2-sip: Remove package.

* gnu/packages/qt.scm (python2-sip): Delete variable.

gnu: Remove python2-pyqt.

* gnu/packages/qt.scm (python2-pyqt): Remove variable.

gnu: Remove python2-pyqtwebengine.

* gnu/packages/qt.scm (python2-pyqtwebengine): Remove variable.

gnu: calibre: Update to 5.14.0.

* gnu/packages/ebook.scm (calibre): Update to 5.14.0.
[source]: Adjust the snippet to preserve some files used by the HTML reader.
[native-inputs]: Add python-pyqt-builder. Replace python2-flake8 with
python-flake8.
[inputs]: Remove chmlib, js-mathjax, python-chardet, and python-sip.  Add
python-cchardet, python-speechd, python-zeroconf, python-py7zr, python-pychm,
python-pycryptodome, libjpeg, and libjxr.  Replace all Python 2 dependencies
with their Python 3 equivalents.
[arguments]: Build with the default Python and adjust custom phases accordingly.
Adjust the 'configure' phase to changes in how Calibre uses SIP, and patch
lookup paths for libjpeg and libjxr.
Rename the 'build-extra' phase to 'install-rapydscript', and run it after the
'install' phase. Adjust it for Calibre 5.14.0.
* gnu/packages/patches/calibre-no-updates-dialog.patch,
gnu/packages/patches/calibre-remove-test-sqlite.patch,
gnu/packages/patches/calibre-remove-test-unrar.patch: Adjust patches for Calibre
5.14.0.

gnu: python-html5lib: Depend on python-chardet.

* gnu/packages/python-web.scm (python-html5lib)[propagated-inputs]: Add
python-chardet.

gnu: Add python-cchardet.

* gnu/packages/freedesktop.scm (python-cchardet): New variable.

gnu: Add python-pychm.

* gnu/packages/ebook.scm (python-pychm): New variable.

gnu: python-feedparser: Update to 6.0.2.

* gnu/packages/web.scm (python-feedparser): Update to 6.0.2.

gnu: python-markdown: Update to 3.3.4.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-markdown): Update to 3.3.4.

gnu: Add python-py7zr.

* gnu/packages/python-compression.scm (python-py7zr): New variable.

gnu: Add python-bcj-cffi.

* gnu/packages/python-compression.scm (python-bcj-cffi): New variable.

gnu: Add python-pyzstd

* gnu/packages/python-compression.scm (python-pyzstd): New variable.

gnu: python-zstandard: Update to 0.15.2.

* gnu/packages/python-compression.scm (python-zstandard): Update to 0.15.2.

gnu: Add python-ppmd-cffi.

* gnu/packages/python-compression.scm (python-ppmd-cffi): New variable.

gnu: Add python-multivolumefile.

* gnu/packages/python-compression.scm (python-multivolumefile): New
variable.

gnu: Add python-pyannotate.

* gnu/packages/python-check.scm (python-pyannotate): New variable.