gnu: Add texlive-generic-ulem.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-generic-ulem): New variable.

gnu: Add texlive-latex-eukdate.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-eukdate): New variable.

gnu: Add texlive-latex-needspace.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-needspace): New variable.

gnu: Add texlive-latex-ms.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-ms): New variable.

gnu: youtube-dl: Update to 2018.10.05.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2018.10.05.

system: Rename .zlogin to .zprofile.

Reported by Meiyo Peng <meiyo.peng@gmail.com>.

* gnu/system/shadow.scm (default-skeletons): Rename zlogin to zprofile.

gnu: vulkan-headers: Update to 1.1.85.0.

* gnu/packages/vulkan.scm (vulkan-headers): Update to 1.1.85.0.
* gnu/packages/vulkan.scm (vulkan-loader): Update hash.
* gnu/packages/vulkan.scm (vulkan-tools): Update hash.

gnu: Use pypi.org.

<pypi.io> redirects to <pypi.org>.

* guix/build-system/python.scm (pypi-uri): Replace pypi.io with pypi.org.
* guix/import/pypi.scm (pypi-url?): Likewise.
* tests/pypi.scm: Likewise.

gnu: libssh: Update to 0.7.6 [fixes CVE-2018-10933].

* gnu/packages/ssh.scm (libssh): Update to 0.7.6.
* gnu/packages/patches/libssh-hostname-parser-bug.patch: Adjust patch.

gnu: linux-libre: Update to 4.18.15.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.18.15.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.77.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.77.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.134.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.134.

gnu: libgit2: Update to 0.26.7.

* gnu/packages/version-control.scm (libgit2): Update to 0.26.7.

gnu: tmux: Update to 2.8.

* gnu/packages/tmux.scm (tmux): Update to 2.8.

gnu: notmuch: Update to 0.28.

* gnu/packages/mail.scm (notmuch): Update to 0.28.

services: WPA Supplicant: Fix syntax error.

This is a followup to commit acce0a474c1493ab18912bc46285248e4ccb0314.  No
idea how these disappeared.. :-/

* gnu/services/networking.scm (wpa-supplicant-shepherd-service): Add missing
parens.

gnu: linux-libre: Enable SHPC PCI Hotplug driver on ARM64.

Fixes <https://bugs.gnu.org/32840> on ARM64.

* gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.18-arm64.conf: Add
CONFIG_HOTPLUG_PCI_SHPC=y.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: grub-efi: Fix an uninitialized variable issue.

* gnu/packages/patches/grub-check-error-efibootmgr.patch: Add hunk to
correct uninitialized variable.

gnu: javacc: Bootstrap from javacc-4 instead of bootstrap binary.

* gnu/packages/java.scm (javacc)[source](snippet): Delete bootstrap binary.
[arguments]: Set 'bootstrap-jar' path.
[native-inputs]: Add 'javacc-4'.

gnu: javacc: Use snippet to delete bundled jars.

* gnu/packages/java.scm (javacc-4)[source](snippet, modules): New fields.
[arguments]: Remove 'delete-bundled-libs' phase and add 'delete-tests'
phase.
* gnu/packages/java.scm (javacc)[source](snippet, modules): New fields.
[arguments]: Remove 'delete-bundled-libs' phase.

gnu: javacc: 'javacc' now inherits from 'javacc-4'.

* gnu/packages/java.scm (javacc, javacc-4): 'javacc' now inherits from
'javacc-4' instead of the opposite around.

services: dhcp-client: Deprecate 'dhcp-client-service' procedure.

* gnu/services/networking.scm (dhcp-client-service-type): Add default
value.
* gnu/system/examples/bare-bones.tmpl: Use (service
dhcp-client-service-type) instead of (dhcp-client-service).
* gnu/system/examples/beaglebone-black.tmpl: Likewise.
* gnu/tests/base.scm (%avahi-os): Likewise.
* gnu/tests/databases.scm (%memcached-os): Likewise.
(%mongodb-os): Likewise.
* gnu/tests/dict.scm (%dicod-os): Likewise.
* gnu/tests/mail.scm (%opensmtpd-os): Likewise.
(%exim-os): Likewise.
(%dovecot-os): Likewise.
* gnu/tests/messaging.scm (run-xmpp-test): Likewise.
(run-bitlbee-test): Likewise.
* gnu/tests/monitoring.scm (%prometheus-node-exporter-os): Likewise.
* gnu/tests/networking.scm (%inetd-os): Likewise.
(run-iptables-test): Likewise.
* gnu/tests/nfs.scm (%base-os): Likewise.
* gnu/tests/rsync.scm (%rsync-os): Likewise.
* gnu/tests/ssh.scm (run-ssh-test): Likewise.
* gnu/tests/version-control.scm (%cgit-os): Likewise.
(%git-http-os): Likewise.
(%gitolite-os): Likewise.
* gnu/tests/virtualization.scm (%libvirt-os): Likewise.
* gnu/tests/web.scm (%httpd-os): Likewise.
(%nginx-os): Likewise.
(%varnish-os): Likewise.
(%php-fpm-os): Likewise.
(%hpcguix-web-os): Likewise.
(%tailon-os): Likewise.
* tests/guix-system.sh: Likewise.
* doc/guix.texi (Networking Services): Document
'dhcp-client-service-type' and remove 'dhcp-client-service'.

doc: Document 'guix-service-type'.

* doc/guix.texi (Base Services): Document 'guix-service-type'.  Remove
'guix-service'.

gnu: retux: Update to 1.3.6.

* gnu/packages/games.scm (retux): Update to 1.3.6.

gnu: wesnoth: Update to 1.14.5.

* gnu/packages/games.scm (wesnoth): Update to 1.14.5.

services: wpa-supplicant: Extend to support configuration parameters.

This allows using WPA Supplicant "standalone" without an additional
network manager.  The default configuration is unchanged.

* gnu/services/networking.scm (<wpa-supplicant-configuration>): New record type.
(wpa-supplicant-shepherd-service): Pass configuration records to the daemon.
(wpa-supplicant-service-type): Adjust accordingly.
* doc/guix.texi (Networking Services): Document the new service type.

gnu: python2: Add upstream security fixes.

This addresses CVE-2018-{1060,1061,14647,1000802}.

* gnu/packages/patches/python2-CVE-2018-1000802.patch,
gnu/packages/patches/python2-CVE-2018-1060.patch,
gnu/packages/patches/python2-CVE-2018-1061.patch,
gnu/packages/patches/python2-CVE-2018-14647.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.
* gnu/packages/python.scm (python-2/fixed): New variable.
(python-2.7)[replacement]: New field.
(python2-minimal): Use PACKAGE/INHERIT.

gnu: python: Fix CVE-2018-14647.

* gnu/packages/patches/python-CVE-2018-14647.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.
* gnu/packages/python.scm (python-3/fixed): New variable.
(python-3.6)[replacement]: New field.
(python-minimal, python-debug, wrap-python3): Use PACKAGE/INHERIT instead of
standard inheritance.

gnu: strace: Check before enabling personalities.

* gnu/packages/linux.scm (strace)[arguments]: Add configure flag to
check for personality support.

gnu: hyperrogue: Update to 10.4t.

* gnu/packages/games.scm (hyperrogue): Update to 10.4t.
[arguments]: Modify 'make-flags'. Modify 'configure' and 'install' phases.

import cran: Document "recursive" option.

* guix/scripts/import/cran.scm: (show-help): Document "recursive" option.

gnu: emacs-helm-system-packages: Add recutils to inputs.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-helm-system-packages)[inputs]: Use recutils.

gnu: streamlink: Update to 0.14.2.

* gnu/packages/video.scm (streamlink): Update to 0.14.2.
[source]: Download from pypi.

gnu: emacs-nodejs-repl: Update to 0.2.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-nodejs-repl): Update to 0.2.0.

ui: Fix port-buffering with guile@2.0.

* guix/status.scm (build-event-output-port)[guile@2.0]: Do not call 'setvbuf'
on custom binary port.
* tests/status.scm (current-build-output-port, UTF-8 + garbage)[guile@2.0]:
Use "?" in place of REPLACEMENT CHARACTER.

gnu: Add guix-minimal.

* gnu/packages/guile.scm (guile-2.0.13): New variable.
* gnu/packages/package-management.scm (guix)[arguments]: Adjust 'wrap-program'
phase to handle "missing" inputs.
(guix-minimal): New variable.

gnu: guile2.0-guix: Fix build.

* gnu/packages/gnupg.scm (guile2.0-gcrypt): New variable.
* gnu/packages/guile.scm (guile2.0-sqlite3): New variable.
* gnu/packages/package-management.scm (guile2.0-guix)[propagated-inputs]: Use
them.

import: json: Handle the error case.

* guix/import/json.scm (json-fetch-alist): Handle the error case.

gnu: GStreamer plugins: Update MP3 features for GStreamer 1.14.

GStreamer moved all MPEG-1 audio (mp1, mp2, and mp3) decoders and encoders to
the group of "good" plugins in GStreamer 1.14.0. See the 'NEWS' file for more
information.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gst-plugins-ugly)[inputs]: Remove lame, mpg123,
and twolame.
(gst-plugins-bad): Remove mpg123.
(gst-plugins-good): Add lame, mpg123, and twolame.

gnu: xpra: Update to 2.4.

* gnu/packages/xorg.scm (xpra): Update to 2.4.

gnu: emacs-exwm: Update to 0.20.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-exwm): Update to 0.20.
[source]: Remove emacs-exwm-fix-fullscreen-issue.patch.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove patch.
* gnu/packages/patches/emacs-exwm-fix-fullscreen-issue.patch: Remove patch.

gnu: emacs-xelb: Update to 0.16.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-xelb): Update to 0.16.

gnu: guix: Update to f9a8fce.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to f9a8fce.

status: Build upon multiplexed build output.

This allows for more accurate status tracking and parsing of extended
build traces.

* guix/status.scm (multiplexed-output-supported?): New procedure.
(print-build-event): Don't print \r when PRINT-LOG? is true.
Adjust 'build-log' handling for when 'multiplexed-output-supported?'
returns true.
(bytevector-index, split-lines): New procedures.
(build-event-output-port)[%build-output-pid, %build-output]
[%build-output-left]: New variables.
[process-line]: Handle "@ build-output" traces.
[process-build-output]: New procedure.
[write!]: Add case for when %BUILD-OUTPUT-PID is true.  Use
'bytevector-index' rather than 'string-index'.
(compute-status): Add #:derivation-path->output-path.  Use it.
* tests/status.scm ("compute-status, multiplexed build output"):
New test.
("build-output-port, UTF-8")
("current-build-output-port, UTF-8 + garbage"): Adjust to new
'build-log' output.
* guix/scripts/build.scm (set-build-options-from-command-line):
Pass #:multiplexed-build-output?.
(%default-options): Add 'multiplexed-build-output?'.
* guix/scripts/environment.scm (%default-options): Likewise.
* guix/scripts/pack.scm (%default-options): Likewise.
* guix/scripts/package.scm (%default-options): Likewise.
* guix/scripts/pull.scm (%default-options): Likewise.
* guix/scripts/system.scm (%default-options): Likewise.

daemon: Support multiplexed build output.

This allows clients to tell whether output comes from the daemon or, if
it comes from a builder, from which builder it comes.  The latter is
particularly useful when MAX-BUILD-JOBS > 1.

* nix/libstore/build.cc (DerivationGoal::tryBuildHook)
(DerivationGoal::startBuilder): Print the child's PID in "@ build-started"
traces.
(DerivationGoal::handleChildOutput): Define 'prefix', pass it to
'writeToStderr'.
* nix/libstore/globals.cc (Settings:Settings): Initialize
'multiplexedBuildOutput'.
(Settings::update): Likewise.
* nix/libstore/globals.hh (Settings)[multiplexedBuildOutput]: New field.
Update 'printBuildTrace' documentation.
* nix/libstore/worker-protocol.hh (PROTOCOL_VERSION): Bump to 0.163.
* nix/nix-daemon/nix-daemon.cc (performOp) <wopSetOptions>: Special-case
"multiplexed-build-output" and remove "use-ssh-substituter".
* guix/store.scm (set-build-options): Add #:multiplexed-build-output?
and honor it.
(%protocol-version): Bump to #x163.
* tests/store.scm ("multiplexed-build-output"): New test.

fixlet

gnu: go@1.4: Add support for aarch64-linux.

* gnu/packages/golang.scm (go@1.4)[arguments]: Build for armhf-linux
when building for aarch64-linux.
[supported-systems]: Add aarch64-linux.

gnu: wine-staging: Update to 3.18.

* gnu/packages/wine.scm (wine-staging-patchset-data): Update to 3.18.
* gnu/packages/wine.scm (wine-staging): Update to 3.18.

gnu: x265: Fix building on armhf-linux and aarch64-linux.

* gnu/packages/video.scm (x265)[source]: Update list of patches.
[arguments]: Change configure flag to ensure PIC for all architectures.
* gnu/packages/patches/x265-arm-asm-primitives.patch: Remove file.
* gnu/packages/patches/x265-detect512-all-arches.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Update patch registry.

gnu: audacity: Update home page.

* gnu/packages/audio.scm (audacity)[home-page]: Update.

gnu: hexchat: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/messaging.scm (hexchat)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: haveged: Teach the controversy.

* gnu/packages/linux.scm (haveged)[description]: Suggest adding
additional entropy sources.

gnu: x265: Update to 2.9.

* gnu/packages/video.scm (x265): Update to 2.9.
[source]: Remove x265-fix-ppc64le-build.patch.
* gnu/packages/patches/x265-fix-ppc64le-build.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: opensm: Update to 3.3.21.

* gnu/packages/fabric-management.scm (opensm): Update to 3.3.21.
[source]: Update tarball URI.
[native-inputs]: Add autoconf, automake, and libtool.
[arguments]: Rename 'doc' phase to 'install-doc'.
Omit AUTHORS and ChangeLog files. They are more than a decade old.

gnu: restic: Update to 0.9.3.

* gnu/packages/backup.scm (restic): Update to 0.9.3.
[arguments]: Disable 'restic self-update'.

gnu: perl-xml-feed: Update to 0.55.

* gnu/packages/xml.scm (perl-xml-feed): Update to 0.55.

gnu: Add python-falcon-cors.

* gnu/packages/python-web.scm (python-falcon-cors): New variable.

gnu: Add python-falcon.

* gnu/packages/python-web.scm (python-falcon): New variable.

gnu: python-mimeparse: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/python.scm (python-mimeparse): Update to 1.6.0.
[phases]: Enable tests with a custom check phase.

gnu: linux-libre: Update to 4.18.14.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.18.14.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.76.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.76.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.133.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.133.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.161.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.161.

status: Avoid "sucessfully built" messages when in quiet mode.

* guix/status.scm (print-build-event): Print "successfully built"
messages only when PRINT-LOG? is true, like we do for
'substituter-started' events.

guix-install.sh: Recognize armhf-linux.

* etc/guix-install.sh (chk_sys_arch): Add "armv7l" case.

describe: Canonicalize the profile.

Fixes a regression introduced in
795d430d90e41eb172315bfccf79c9f13fc0ebfa whereby 'guix describe' would
no longer display the generation number of ~/.config/guix/current.

* guix/scripts/describe.scm (guix-describe): Call 'canonicalize-profile'.

gnu: icecat: Build with rust-1.24.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[native-inputs]: Use the oldest
compatable rust over newer releases when building icecat.

gnu: csound: Update to 6.11.0.

* gnu/packages/audio.scm (csound): Update to 6.11.0.
[home-page]: Change to "https://csound.com/".

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: python-configargparse: Use pypi-uri.

* gnu/packages/python.scm (python-configargparse,
python2-configargparse)[source]: Use pypi-uri.

gnu: khal: Update to 0.9.10.

* gnu/packages/calendar.scm (khal): Update to 0.9.10.

gnu: python-icalendar: Update to 4.0.2.

* gnu/packages/python.scm (python-icalendar: Update to 4.0.2.

gnu: ImageMagick: Update to 6.9.10-12.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.10-12.

gnu: Wireshark: Update to 2.6.4 [fixes CVE-2018-{12086,18225,18226,18227}].

* gnu/packages/networking.scm (wireshark): Update to 2.6.4.

pull: Fix target of /var/guix/profiles/per-user/USER/current-guix.

This is a followup to 8155a209071f981fbf359975f463be4bcf8fa23e.

* guix/scripts/pull.scm (migrate-generations): Compute the right target
for /var/guix/profiles/per-user/USER/current-guix.  Previously we'd
return "current-N-link" instead of "current-guix-N-link'.

gnu: Add libpd.

* gnu/packages/music.scm (libpd): New variable.

pull: Don't use rename(2) across potentially different devices.

Reported by Formbi on #guix.

* guix/scripts/pull.scm (migrate-generations): Use 'symlink' and
'delete-file' instead of 'rename-file'.  The latter could lead to EXDEV
when $HOME and /var were different partitions.

build: Fine-tune the forbidden M4 patterns.

* configure.ac: Forbid "^GUILE_P", allow "^GUILE_PKG_ERRORS".

build: Remove obsolete reference to 'GUIX_ASSERT_LIBGCRYPT_USABLE'.

Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.
Fixes <https://bugs.gnu.org/33023>.

* configure.ac: Remove use of 'GUIX_ASSERT_LIBGCRYPT_USABLE'.
Add "^GUIX_" to the forbidden M4 patterns.

gnu: Remove duplicate ruby-yard package definition.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-yard): Remove one of the two package
definitions, and update the other to the latest release.

gnu: Remove duplicate ruby-concurrent package definition.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-concurrent): Remove one of the two definitions
for this variable.

profiles: 'user-friendly-profile' now recognizes ~/.config/guix/current.

* guix/profiles.scm (%known-shorthand-profiles): New variable.
(user-friendly-profile): Use it.

pull: Create /var/guix/profiles/per-user/USER/current-guix.

Previously the migration code would fail to create that file, so
~/.config/guix/current would be dangling.

* guix/scripts/pull.scm (migrate-generations): Create
/var/guix/profiles/per-user/USER/current-guix.

gnu: u-boot: Update to 2018.09.

* gnu/packages/bootloaders.scm (u-boot): Update to 2018.09.
(u-boot-tools)[arguments]: Substitute "coverage" for "python-coverage". Update
workaround for only 99% test coverage.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: godot: Update to 3.0.6.

* gnu/packages/game-development.scm (godot): Update to 3.0.6.

gnu: Krita: Update to 4.1.5.

* gnu/packages/kde.scm (krita): Update to 4.1.5.

gnu: guix-daemon: Run 'guix' from /var/guix/profiles/per-user/root.

Fixes <https://bugs.gnu.org/32183>.
Reported by Pjotr Prins <pjotr.public12@thebird.nl>
and Konrad Hinsen <konrad.hinsen@fastmail.net>.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-daemon)[arguments]: Execute
/var/guix/profiles/per-user/root/current-guix/bin/guix instead of ~root/….

pull: Turn ~/.config/guix/current into a symlink to /var/guix/profiles.

This is more consistent with what 'guix package' does, more pleasant for
users (we no longer clobber ~/.config/guix), and more
cluster-friendly (since /var/guix/profiles is usually an NFS share
already.)

* guix/scripts/pull.scm (%current-profile, %user-profile-directory): New
variables.
(migrate-generations, ensure-default-profile): New procedures.
(guix-pull): Use %CURRENT-PROFILE by default.  Call
'ensure-default-profile'.
* doc/guix.texi (Invoking guix pull): Adjust 'guix package -p
~/.config/guix/current' example.
* guix/scripts.scm (warn-about-old-distro): Check %PROFILE-DIRECTORY
"/current-guix".

profiles: Generalize 'canonicalize-profile'.

* guix/profiles.scm (canonicalize-profile): Rewrite to work with any
profile that lives under %PROFILE-DIRECTORY.

profiles: Add 'ensure-profile-directory'.

* guix/scripts/package.scm (ensure-default-profile): Move
/var/guix/profiles/per-user handling to...
* guix/profiles.scm (ensure-profile-directory): ... here.  New
procedure.
* po/guix/POTFILES.in: Add 'guix/profiles.scm'.

gnu: kallisto: Update to 0.44.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (kallisto): Update to 0.44.0.
[source]: Fetch from git.
[arguments]: Add build phase to use htslib from Guix.
[inputs]: Add htslib.

gnu: Add python-cvxopt.

* gnu/packages/maths.scm (python-cvxopt, python2-cvxopt): New variables.

gnu: linux-libre: Update to 4.18.13.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.18.13.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.75.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.75.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.132.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.132.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.160.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.160.

gnu: hexchat: Update to 2.14.2.

* gnu/packages/messaging.scm (hexchat): Update to 2.14.2.

gnu: tlp: Return #t from phases.

* gnu/packages/linux.scm (tlp)[argument]: Return #t all from phases.

gnu: hdparm: Update to 9.56.

* gnu/packages/linux.scm (hdparm): Update to 9.56.

gnu: perftest: Update to 4.4-0.4.

* gnu/packages/linux.scm (perftest): Update to 4.4-0.4.

gnu: haveged: Mark up description.

* gnu/packages/linux.scm (haveged)[description]: Use @dfn{} and
split into two paragraphs.

gnu: haveged: Update to 1.9.4.

* gnu/packages/linux.scm (haveged): Update to 1.9.4.
[source]: Use GIT-FETCH and GIT-FILE-NAME from new (development) home.