gnu: Move python2-ansible to (gnu packages admin).

    * gnu/packages/python.scm (python2-ansible): Move to ...
    * gnu/packages/admin.scm (ansible): ... here.

gnu: ratpoison: Fix ratpoison.desktop URI.

* gnu/packages/ratpoison.scm (ratpoison.desktop): Change URI to use https.

gnu: texlive: Update to 2015.

* gnu/packages/texlive.scm (texlive-extra-src, texlive-texmf-src,
  texlive-bin, texlive-texmf, texlive): Update to 2015.
  (texlive-bin): Add inputs gmp and mpfr. Add configure flags to use
  system gmp and mpfr.
  (texlive-texmf)[arguments]: Add tlpkg directory to PERL5LIB path during
  the 'texmf-config phase.

gnu: Add emacs-ob-ipython.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-ob-ipython): New variable.

gnu: python-ipython: Update to 3.2.1.

* gnu/packages/python.scm (python-ipython, python2-ipython): Update to 3.2.1.
  Add optional dependencies required for notebooks.
  (python-ipython): Fix and enable tests (1 still failing).

gnu: Add python-terminado.

* gnu/packages/python.scm (python-terminado, python2-terminado): New
  variables.

gnu: Add python-ptyprocess.

* gnu/packages/python.scm (python-ptyprocess, python2-ptyprocess): New
  variables.

gnu: Add python-mistune.

* gnu/packages/python.scm (python-mistune, python2-mistune): New variables.

gnu: Add emacs-f.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-f): New variable.

build: emacs: Fix bug and improvement robustness.

* guix/build/emacs-build-system.scm (emacs-inputs): Fix matching pattern.
  (patch-el-files): Improve regexp pattern.

gnu: Add emacs-s.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-s): New variable.

gnu: Add emacs-dash.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-dash): New variable.

import: elpa: Improve error message reporting.

* guix/import/elpa.scm (filter-dependencies): Fix bug.
  (call-with-downloaded-file): Add optional parameter 'error-thunk'.
  (fetch-package-description): Use it.

gnu: Add fasthenry.

* gnu/packages/engineering.scm (fasthenry): New variable.
* gnu/packages/patches/fasthenry-spAllocate.patch,
  gnu/packages/patches/fasthenry-spBuild.patch,
  gnu/packages/patches/fasthenry-spFactor.patch,
  gnu/packages/patches/fasthenry-spSolve.patch,
  gnu/packages/patches/fasthenry-spUtils.patch: New files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add them.

gnu: Add fastcap.

* gnu/packages/engineering.scm (fastcap): New variable.
  (broken-tarball-fetch): New function.  Suggested by Ludovic Courtès
  <ludo@gnu.org>.
* gnu/packages/patches/fastcap-mulGlobal.patch,
  gnu/packages/patches/fastcap-mulSetup.patch: New files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add them.

gnu: cross-base: Disable libcilkrts in cross-gcc.

* gnu/packages/cross-base.scm (cross-gcc-arguments): Add "--disable-libcilkrts".

gnu: Add graphios.

* gnu/packages/admin.scm (graphios): New variable.

gnu: Add python2-ansible.

* gnu/packages/python.scm (python2-ansible): New variable.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: Add python-passlib.

* gnu/packages/python.scm (python-passlib, python2-passlib): New variables.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: Add python-py-bcrypt.

* gnu/packages/python.scm (python-py-bcrypt, python2-py-bcrypt): New variables.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: Add python-paramiko.

* gnu/packages/python.scm (python-paramiko, python2-paramiko): New variables.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: Add python-httplib2.

* gnu/packages/python.scm (python-httplib2, python-httplib2): New variables.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: Add python-ecdsa.

* gnu/packages/python.scm (python-ecdsa, python2-ecdsa): New variables.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: Add python-ccm.

* gnu/packages/python.scm (python-ccm, python2-ccm): New variables.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: Add python2-pycrypto.

* gnu/packages/python.scm (python2-pycrypto): New variable.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: expat: Add fix for CVE-2015-1283.

* gnu/packages/patches/expat-CVE-2015-1283.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/xml.scm (expat)[source]: Add patch.

gnu: Add Klick.

* gnu/packages/music.scm (klick): New variable.

gnu: qemu: Add fixes for CVE-2015-5154 and CVE-2015-5158.

* gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-5154-pt1.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-5154-pt2.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-5154-pt3.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-5158.patch: New files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/qemu.scm (qemu-headless)[source]: Add patches.

gnu: Move markdown to (gnu packages markdown).

* gnu/packages/textutils.scm (markdown): Move to ...
* gnu/packages/markdown.scm (markdown): ... here.

gnu: liblxqt: Fix build with Qt 5.5.

* gnu/packages/patches/liblxqt-include.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Register patch.
* gnu/packages/lxqt.scm (liblxqt)[source]: Use patch.

gnu: libqtxdg: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/lxqt.scm (libqtxdg)[source]: Update to 1.2.0.
  [arguments]: Enable test builds.

gnu: Add newt.

* gnu/packages/slang.scm (newt): New variable.

gnu: Add ethtool.

* gnu/packages/networking.scm (ethtool): New variable.

gnu: Add libndp.

* gnu/packages/networking.scm (libndp): New variable.

gnu: Add GVFS.

* gnu/packages/gnome.scm (gvfs): New variable.

gnu: libmtp: Propagate inputs.

* gnu/packages/libusb.scm (libmtp): Propagate inputs libgcrypt and libusb.

gnu: ghostscript: Add fix for CVE-2015-3228.

* gnu/packages/patches/ghostscript-CVE-2015-3228.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/ghostscript.scm (ghostscript)[source]: Add patch.

gnu: icedtea7: Update to 2.6.1.

* gnu/packages/java.scm (icedtea7): Update to 2.6.1.

gnu: qt: Update to 5.5.0.

* gnu/packages/qt.scm (qt): Update to 5.5.0. Update download location.
  Drop patch and snippet.
  [arguments]: Add configure flag to drop qtwebengine module bundling
  chromium.
  [native-inputs]: Drop ninja, needed only for qtwebengine.
  [inputs]: Add harfbuzz to avoid use of bundled copy.
  (qt-4)[inputs]: Remove inherited harfbuzz again.
* gnu/packages/patches/qt5-conflicting-typedefs.patch: Delete file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Unregister patch.
* gnu/packages/patches/qt5-runpath.patch: Adapt patch.

gnu: Add pelican.

* gnu/packages/python.scm (pelican): New variable.

gnu: Add python-blinker.

* gnu/packages/python.scm (python-blinker, python2-blinker): New variables.

gnu: ntk: Add missing license import.

* gnu/packages/fltk.scm: Import lgpl2.0+ license.

gnu: portaudio: Build with jack-1.

* gnu/packages/audio.scm (portaudio)[inputs]: Replace "jack-2" with "jack-1".

gnu: jack-1: Propagate "bdb".

* gnu/packages/audio.scm (jack-1)[inputs]: Move "bdb" from here...
   [propagated-inputs]: ...to here.

gnu: Add Non Sequencer.

* gnu/packages/music.scm (non-sequencer): New variable.

gnu: Add NTK.

* gnu/packages/fltk.scm (ntk): New variable.

gnu: avidemux: Install libraries to lib.

* gnu/packages/video.scm (avidemux)[source]: Add patch to install to lib
  directory instead of lib64 or lib32 depending on the architecture.
  [arguments]: Use the lib instead of the lib64 directory for flags in the
  build phase, so that these flags should now also work on i686.
* gnu/packages/patches/avidemux-install-to-lib.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Register it.

gnu: magit: Update to 1.4.2.

* gnu/packages/emacs.scm (magit): Update to 1.4.2.

gnu: openssl: Add reference to upstream GCC bug in comment.

This is a followup to commit e12027179f136766609fb8dbc920f5705d62fc95.

* gnu/packages/tls.scm (openssl)[arguments]: Add reference to upstream
  GCC bug in comment.

gnu: Add udisks.

* gnu/packages/freedesktop.scm (udisks): New variable.

gnu: Add libatasmart.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libatasmart): New variable.

gnu: colord: Propagate inputs.

* gnu/packages/gnome.scm (colord): Propagate inputs glib, eudev and lcms.

gnu: Prefer libgudev as GUDEV (GObject bindings for libudev) provider.

* gnu/packages/gnome.scm (upower, gnome-settings-daemon, rhythmbox)
  gnu/packages/xfce.scm (thunar, thunar-volman): Switch to libgudev as
  GUDEV provider.

gnu: Add libgudev.

* gnu/packages/gnome.scm (libgudev): New variable.

gnu: perl-data-stag: Fix typo in description.

Reported by Anders Jonsson <anders.jonsson@norsjovallen.se>.

* gnu/packages/perl.scm (perl-data-stag)[description]: Fix typo.

vm: Make the list of partitions to build a parameter.

* gnu/build/vm.scm (<partition>): New record type.
  (fold2): New procedure.
  (initialize-partition-table): Remove #:bootable? and
  'partition-size' parameters.  Add 'partitions' parameter.  Invoke 'parted'
  with '--script'.
  (initialize-root-partition): Remove.
  (initialize-partition, root-partition-initializer): New procedures.
  (initialize-hard-disk): Remove #:system-directory, #:disk-image-size,
  #:file-system-type, #:file-system-label, #:closures, #:copy-closures?,
  #:bootable?, and #:register-closures? parameters.  Add #:partitions.
  Rewrite to use 'initialize-partition' for each item of PARTITIONS.
* gnu/system/vm.scm (expression->derivation-in-linux-vm): Add (guix records)
  to #:modules default value.
  (qemu-image): Adjust accordingly.

system: Add 'ping6' to %SETUID-PROGRAMS.

* gnu/system.scm (%setuid-programs): Add 'ping6'.

gnu: bedtools: Add patch to fix compilation on 32 bit systems.

* gnu/packages/patches/bedtools-32bit-compilation.patch: New file.
* gnu/packages/bioinformatics.scm (bedtools)[source]: Add patch.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Register patch.

Signed-off-by: Andreas Enge <andreas@enge.fr>

gnu: vlc: Update input Qt to version 5.

* gnu/packages/video.scm (vlc)[inputs]: Switch from Qt version 4 to 5.

gnu: vlc: Update to 2.2.1.

* gnu/packages/video.scm (vlc): Update to 2.2.1.

syscalls: Add 'network-interfaces', which wraps libc's 'getifaddrs'.

Based on discussions with Rohan Prinja <rohan.prinja@gmail.com>.

* guix/build/syscalls.scm (<interface>): New record type.
  (write-interface, values->interface, unfold-interface-list,
  network-interfaces, free-ifaddrs): New procedures.
  (ifaddrs): New C struct.
  (%struct-ifaddrs-type, %sizeof-ifaddrs): New macros.
* tests/syscalls.scm ("network-interfaces returns one or more interfaces",
  "network-interfaces returns \"lo\""): New tests.

syscalls: 'define-c-struct' properly align reads.

* guix/build/syscalls.scm (alignof*, align): New macros.
  (write-types, read-types): Use 'align' to compute the actual offset to
  read/write a value of TYPE0.

syscalls: 'read-socket-address' gracefully handles unsupported families.

* guix/build/syscalls.scm (PF_PACKET, AF_PACKET): New variables.
  (read-socket-address): Make 'index' optional.  Return (vector FAMILY) when
  FAMILY is neither AF_INET nor AF_INET6.

syscalls: 'define-c-struct' distinguishes pointers from integers.

* guix/build/syscalls.scm (read-type): Add special-case for when TYPE is '*.

syscalls: Rename 'network-interfaces' and 'all-network-interfaces'.

* guix/build/syscalls.scm (network-interfaces): Rename to...
  (network-interface-names): ... this.
  (all-network-interfaces): Rename to...
  (all-network-interface-names): ... this.
* gnu/services/networking.scm (dhcp-client-service): Adjust accordingly.
* tests/syscalls.scm ("all-network-interfaces"): Rename to...
  ("all-network-interface-names"): ... this, and adjust accordingly.
  ("network-interfaces"): Rename to...
  ("network-interface-names"): ... this, and adjust accordingly.

doc: Make "Application Setup" more prominent.

* doc/guix.texi (Binary Installation): Add reference to "Application Setup".

gnu: bedtools: Update to 2.24.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bedtools): Update to 2.24.0.

gnu: e2fsprogs: Update to 1.42.13.

* gnu/packages/linux.scm (e2fsprogs): Update to 1.42.13.  Change the source
  URI to use the .tar.xz file from kernel.org.

gnu: Add liblxqt.

* gnu/packages/lxqt.scm (liblxqt): New variable.

gnu: Add kwindowsystem.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (kwindowsystem): New variable.

gnu: Add extra-cmake-modules.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Register it.

gnu: ripperX: Update to 2.8.0.

* gnu/packages/mp3.scm (ripperx): Update to 2.8.0. Drop one patch and
  add another one.
* gnu/packages/patches/ripperx-libm.patch: Remove file.
* gnu/packages/patches/ripperx-missing-file.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Register one patch and unregister the
  other.

gnu: Add cm.

* gnu/packages/algebra.scm (cm): New variable.

gnu: algebra: Prefix imported licenses.

* gnu/packages/algebra.scm (mpfrcx, fplll, pari-gp, gp2c, flint, arb,
  bc, fftw, eigen)[license]: Prefix imported licenses.

gnu: mpfrcx: Propagate inputs.

* gnu/packages/algebra.scm (mpfrcx): Propagate inputs gmp, mpfr and mpc.

gnu: clang: Disable distro detection and remove FHS assumptions.

* gnu/packages/patches/clang-libc-search-path.patch: Disable distro detection
  and remove hard-coded FHS file names, both of which would lead to breakage
  on non-GuixSD systems.

doc: Fix name of GNU FreeFont package.

Fixes <http://bugs.gnu.org/21121>.
Reported by Malcolm Cook <MEC@stowers.org>.

* doc/guix.texi (Application Setup): Fix name of GNU FreeFont package.

vm: Use the 'umount' procedure instead of util-linux's 'umount' command.

* gnu/build/vm.scm (initialize-root-partition, initialize-hard-disk): Use the
  'umount' procedure instead of invoking the 'umount' command.
* gnu/system/vm.scm (qemu-image): Remove UTIL-LINUX from INPUTS.

doc: Clarify that tar timestamp warnings affect tar <= 1.26.

* doc/guix.texi (Binary Installation): Explain that warnings were triggered by
  tar <= 1.26.

gnu: guile-static: Add 'umount' procedure.

* gnu/packages/patches/guile-linux-syscalls.patch: Add 'umount' subr.

gnu: Add extundelete.

* gnu/packages/linux.scm (extundelete): New variable.

gnu: gp2c: Update to 0.0.9pl3.

* gnu/packages/algebra.scm (gp2c): Update to 0.0.9pl3.

gnu: arb: Update to 2.7.0.

* gnu/packages/algebra.scm (arb): Update to 2.7.0.

gnu: parallel: Update to 20150722.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20150722.

gnu: ucommon: Update to 6.3.6.

* gnu/packages/telephony.scm (ucommon): Update to 6.3.6.

gnu: ffmpeg: Update to 2.7.2.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg): Update to 2.7.2.

gnu: retroarch: Update to 1.2.2.

* gnu/packages/games.scm (retroarch): Update to 1.2.2.

Thank Anders.

Fix typos in translatable strings.

Reported by Anders Jonsson <anders.jonsson@norsjovallen.se>.

* gnu/packages/backup.scm, gnu/packages/databases.scm,
  gnu/packages/linux.scm, gnu/packages/perl.scm,
  gnu/packages/web.scm, guix/scripts/lint.scm,
  guix/scripts/publish.scm: Fix typos in translatable strings.

doc: Fix typos in "Setuid Programs".

* doc/guix.texi (Setuid Programs): Fix typos.

gnu: tor: Update to 0.2.6.10.

* gnu/packages/tor.scm (tor): Update to 0.2.6.10.

Thank Malcolm.

doc: Suggest unpacking with --warning=no-timestamp.

Suggested by Malcolm Cook <MEC@stowers.org>.

* doc/guix.texi (Binary Installation): Suggest --warning=no-timestamp.

gnu: linux-libre: Update to 4.1.3 and 4.0.9.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Update to 4.1.3.
  (linux-libre-4.0): Update to 4.0.9.

Thank Dave.

doc: Mention zeroed mtimes in the binary tarball.

Fixes <http://bugs.gnu.org/21111>.
Reported by Dave Love <fx@gnu.org>.

* doc/guix.texi (Binary Installation): Add paragraph about "implausibly old
  time stamps" warning from tar.

size: Add '--substitute-urls' option.

* guix/scripts/size.scm (show-help, %options): Add --substitute-urls.
  (%default-options): Add 'substitute-urls'.
  (guix-size): Honor it.
* doc/guix.texi (Invoking guix size): Document it.

derivations: Improve docstring of 'substitution-oracle'.

* guix/derivations.scm (substitution-oracle): Improve docstring.

derivations: Improve complexity of 'substitution-oracle'.

* guix/derivations.scm (substitution-oracle): Use a final 'concatenate'
  instead of repeated 'append's.

doc: Mention initial passwords in "System Installation".

Suggested by remo_ on IRC.

* doc/guix.texi (System Installation): Explicitly mention user account
  passwords.
  (User Accounts): Add 'user-account-password' anchor.