gnu: java-fasterxml-jackson-dataformat-xml: Update to 2.9.2.

* gnu/packages/java.scm (java-fasterxml-jackson-dataformat-xml): Update to
2.9.2.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: java-fasterxml-jackson-dataformat-yaml: Update to 2.9.2.

* gnu/packages/java.scm (java-fasterxml-jackson-dataformat-yaml): Update to
2.9.2.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: java-fasterxml-jackson-modules-base-jaxb: Update to 2.9.2.

* gnu/packages/java.scm (java-fasterxml-jackson-modules-base-jaxb): Update to
2.9.2.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: java-fasterxml-jackson-databind: Update to 2.9.2.

* gnu/packages/java.scm (java-fasterxml-jackson-databind): Update to 2.9.2.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: java-fasterxml-jackson-core: Update to 2.9.2.

* gnu/packages/java.scm (java-fasterxml-jackson-core): Update to 2.9.2.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: java-fasterxml-jackson-annotations: Update to 2.9.2.

* gnu/packages/java.scm (java-fasterxml-jackson-annotations): Update to
2.9.2.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: php: Update to 7.1.12.

* gnu/packages/php.scm (php): Update to 7.1.12.

gnu: gcl: Update snapshot.

* gnu/packages/lisp.scm (gcl): Update to 2.6.12-1.5956140.
[arguments]: Remove CFLAGS from and add GCL_CC and CC to make-flags; adjust
pre-conf phase.

This update includes small upstream bug fixes and optimizations.

gnu: python-pytz, python-pytzdata: Update to 2017.3.x.

* gnu/packages/time.scm (python-pytz): Update to 2017.3.
(python-pytzdata): Update to 2017.3.1.

gnu: knot: Update to 2.6.3.

* gnu/packages/dns.scm (knot): Update to 2.6.3.

gnu: emacs-org-contrib: Fix typo in description.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-org-contrib)[description]: Fix typo.

doc: Fix typo.

* doc/guix.texi (Bootloader Configuration): Fix ‘choosen’ typo.

gnu: system->defconfig: Fix typo.

* gnu/packages/linux.scm (system->defconfig): Fix typo.

gnu-maintenance: Relax recursion cutoff in 'latest-ftp-release'.

Fixes <https://bugs.gnu.org/25020>.
Reported by Hartmut Goebel <h.goebel@crazy-compilers.com>.

* guix/gnu-maintenance.scm (latest-ftp-release)[contains-digit?]: Remove.
Relax test as to whether to recurse into subdirectories.

gnu: coq-interval: Fix source URL for 3.3.0.

This is a followup to 6efc99967800183daa74ba2ebff6185dfcf1b33d.
Fixes <https://bugs.gnu.org/29284>.
Reported by Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>.

* gnu/packages/ocaml.scm (coq-interval): Adjust URL.

ui: 'known-variable-definition' protects against module cycles.

Fixes <https://bugs.gnu.org/29358>.
Reported by Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>.

* guix/ui.scm (known-variable-definition): Add 'visited' set to guard
against cycles on 2.0.

gnu: parallel: Update to 20171122.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20171122.

gnu: qt: Update to 5.9.3.

* gnu/packages/qt.scm (qtbase, qtsvg, qtimageformats, qtx11extras,
qtxmlpatterns, qtdeclarative, qtconnectivity, qtwebsockets,
qtsensors, qtmultimedia, qtwayland, qtserialport, qtserialbus,
qtwebchannel, qtlocation, qttools, qtscript, qtquickcontrols,
qtquickcontrols2, qtgraphicaleffects, qtgamepad, qtscxml,
qtpurchasing, qtcanvas3d, qtcharts, qtdatavis3d, qtnetworkauth,
qtremoteobjects, qtspeech): Update to 5.9.3.

gnu: qt@5: Update to 5.9.3.

* gnu/packages/qt.scm (qt@5): Update to 5.9.3.

gnu: utox: Update to 0.16.1.

* gnu/packages/messaging.scm (utox): Update to 0.16.1.
[inputs]: Add check and gtk+.
[native-inputs]: Add pkg-config.
[arguments]: Remove 'fix-freetype-include' and 'patch-cmake-find-utox' phases.
Add 'patch-absolute-filename-libgtk-3' and 'wrap-program' phases.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add MASSCAN.

* gnu/packages/admin.scm (masscan): New variable.

gnu: supertuxkart: Update to 0.9.3.

* gnu/packages/games.scm (supertuxkart): Update to 0.9.3.
[arguments] <#:configure-flags>: Pass -DBUILD_RECORDER=0.
* gnu/packages/patches/supertuxkart-angelscript-ftbfs.patch: Remove.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: higan: Update to 106.

* gnu/packages/games.scm (higan): Update to 106.
* gnu/packages/patches/higan-remove-march-native-flag.patch: Adjust.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: pcmanfm: Fix CVE-2017-8934.

* gnu/packages/patches/pcmanfm-CVE-2017-8934.patch: New file.  This patch was
imported from Arch Linux.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/lxde.scm (pcmanfm)[source]: Use it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: pcmanfm: Add missing inputs. Remove comment.

* gnu/packages/lxde.scm (pcmanfm)[inputs]: Add GVFS.
[propagated-inputs]: Add LXMENU-DATA.
Remove comment suggesting to use --sysconfdir.  Inspection of the configure
script shows that <output>/etc is used for configuration by default anyway,
so such a flag is not needed.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Update package count.

* doc/guix.texi (Limitations): Update package count.

bootloader: extlinux: Fix device tree path.

* gnu/bootloader/extlinux.scm (extlinux-configuration-file): Use kernel
  directory to format device tree file path.

linux-libre: Adapt some arm options to match intel conf.

* gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.14-arm.conf: GuixSD base-initrd expects
  ext4 and fat filesystem to be built-in. Adapt configuration
  accordingly. Also set devtmpfs_mount to yes.

gnu: fish: Update to 2.7.0.

* gnu/packages/shell.scm (fish): Update to 2.7.0.
[source]: Add alternative source.

gnu: knot: Update to 2.6.2.

* gnu/packages/dns.scm (knot): Update to 2.6.2.

gnu: subread: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (subread): Update to 1.6.0.

gnu: emacs-org: Update to 9.1.3.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-org): Update to 20171116 a.k.a. Org 9.1.3.

services: dicod: Run in a container.

* gnu/services/dict.scm (dicod-shepherd-service): Add
'with-imported-modules' form and 'modules' field.  Use
'make-forkexec-constructor/container' instead of
'make-forkexec-constructor'.

shepherd: Include /etc/group in service containers.

* gnu/build/shepherd.scm (default-mounts)[passwd]: Rename to...
[accounts]: ... this.  Add /etc/group.

gnu: gnumeric: Update to 1.12.36.

* gnu/packages/gnome.scm (gnumeric): Update to 1.12.36.

gnu: goffice: Update to 0.10.36.

* gnu/packages/gnome.scm (goffice): Update to 0.10.36.

gnu: libzip: Update to 1.3.2.

* gnu/packages/compression.scm (libzip): Update to 1.3.2.

gnu: libzip: Use new libzip.org home page.

* gnu/packages/compression.scm (libzip)[home-page]: Update.

gnu: vlc: Update to 2.2.8 [fixes CVE-2017-9300, CVE-2017-10699].

* gnu/packages/video.scm (vlc): Update to 2.2.8.

gnu: emacs-magit-popup: Update for the new source.

'magit-popup' is not a part of 'magit' anymore.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-magit-popup): Update to 2.12.0.
[source]: Update origin URL and file-name.
[home-page]: Update to the new home.
[native-inputs]: Add 'texinfo' to build the info manual.
[arguments]: Add 'make-info' phase.

gnu: emacs-hl-todo: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-hl-todo): Update to 1.8.0.

doc: Split the "Substitutes" section into subsections.

* doc/guix.texi (Substitutes): Move information into sections, and create one
  new subsection regarding substitution failure.
  (Top): In the detailed listing, add entries for the new subsections.
  (Official Substitute Server): Move info about hydra here.  Add information
  that explains when substitutes are enabled by default.
  (Substitute Server Authorization): Move information about how to enable or
  disable substitutes here.
  (Substitute Authentication): Move information about how Guix authenticates
  substitutes here.
  (Proxy Settings): Move information about how to download substitutes via
  proxy here.
  (Substitution Failure): New section.  Add information about how Guix handles
  substitution failure.  Be extra clear about behavior concerning --fallback.
  (On Trusting Binaries): Move information about trusting binaries here.
  (Invoking guix-daemon): Remove an incorrect statement about when substitutes
  are enabled by default.
  (Common Build Options): Add cross-references for the --fallback option.

Co-authored-by: George Clemmer <myglc2@gmail.com>

gnu: procmail: Fix CVE-2017-16844.

* gnu/packages/patches/procmail-CVE-2017-16844.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/mail.scm (procmail)[source]: Use it.

gnu: linux-libre: Update to 4.14.1.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.14.1.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.64.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.64.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.100.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.100.

gnu: lmms: Fix build.

* gnu/packages/music.scm (lmms)[arguments]: Add phases "remove-Werror" and
"make-manpages-writable".

Revert "Add (guix self) and use it when pulling."

This reverts commit 5f93d97005897c2d859f0be1bdff34c88467ec61.

'guix pull' would fail because (guix self) needs 'scheme-files'
from (guix discovery), which was not exported until now.

gnu: idr: Update to 2.0.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (idr): Update to 2.0.3.
[source]: Add snippet to remove generated code.

gnu: idr: Correct license.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (idr)[license]: Change to GPLv2+.

hydra: Add jobs for the modular Guix.

* build-aux/hydra/guix-modular.scm: New file.
* Makefile.am (EXTRA_DIST): Add it.

hydra: 'evaluate' passes an alist to the entry point.

* build-aux/hydra/evaluate.scm (%top-srcdir): New variable.
<top level>: Pass it to 'hydra-jobs'.

Add (guix self) and use it when pulling.

This mitigates <https://bugs.gnu.org/27284>.

* guix/self.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.
* build-aux/build-self.scm (libgcrypt, zlib, gzip, bzip2, xz)
(false-if-wrong-guile, package-for-current-guile, guile-json)
(guile-ssh, guile-git, guile-bytestructures): Remove.
(build): Rewrite to simply delegate to 'compiled-guix'.
* gnu/packages.scm (%distro-root-directory): Rewrite to try different
directories.
* guix/discovery.scm (guix): Export 'scheme-files'.
* guix/scripts/pull.scm (build-and-install): Split into...
(install-latest): ... this.  New procedure.  And...
(build-and-install): ... this, which now takes a monadic value argument.
(indirect-root-added): Remove.
(guix-pull): Call 'add-indirect-root'.  Call 'build-from-source' and
pass the result to 'build-and-install'.

git: Do not add '.git' to the store.

This makes 'latest-repository-commit' significantly more efficient and
reduces disk usage in the store.

* guix/git.scm (copy-to-store)[dot-git?]: New procedure.
Pass it as the #:select? argument to 'add-to-store'.

pull: Trim import list.

* guix/scripts/pull.scm: Remove useless imports.

gexp: 'directory-union' has a #:quiet? parameter.

* guix/gexp.scm (directory-union): Add #:quiet? and honor it.

union: Parametrize the symlink procedure .

* guix/gexp.scm (directory-union): Add #:hard-links and honor it.
* guix/build/union.scm (union-build): Add #:symlink parameter.

gnu: guix: Update snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 953c2de.

tests: Disable test for freed disk space that fails on Btrfs.

This is a follow-up to commit 40e89f5be609045bc2666cc16a4ef80bb7f84095.

* tests/store.scm ("dead path can be explicitly collected"): Don't check
that (> freed 0).
* gnu/packages/package-management.scm (guix)[arguments]<#:phases>: Remove
workaround for the same problem.

gnu: taglib: Update to 1.11.1 and fix home page.

* gnu/packages/mp3.scm (taglib)[version]: Update to 1.11.1.
[arguments]: Configure with -DBUILD_SHARED_LIBS=ON.
[home-page]: Change to http://taglib.org.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: retroarch: Update to 1.6.9.

* gnu/packages/games.scm (retroarch): Update to 1.6.9.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: gnupg: Update to 2.2.3.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg): Update to 2.2.3.

gnu: orc: Update to 0.4.28.

* gnu/packages/gstreamer.scm (orc): Update to 0.4.28.

gnu: samba: Update to 4.7.3 [fixes CVE-2017-14746 and CVE-2017-15275].

* gnu/packages/samba.scm (samba): Update to 4.7.3.

gnu: signify: Update to 23.

* gnu/packages/crypto.scm (signify): Update to 23.

gnu: guix: Disable test that fails on Btrfs.

Works around <https://bugs.gnu.org/29363>.
Reported by Rutger Helling <rhelling@mykolab.com>.

* gnu/packages/package-management.scm (guix)[arguments]: Rename
'disable-container-tests' phase to 'disable-failing-tests' and add
substitution to disable test for freed disk space.

gnu: retroarch: Update to 1.6.8.

* gnu/packages/games.scm (retroarch): Update to 1.6.8.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: cdogs-sdl: Update to 0.6.6.

* gnu/packages/games.scm (cdogs-sdl): Update to 0.6.6.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: procenv: Update to 0.50.

* gnu/packages/linux.scm (procenv): Update to 0.50.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: you-get: Update to 0.4.964.

* gnu/packages/video.scm (you-get): Update to 0.4.964.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Patch path to locale in gnome-desktop.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-desktop)[arguments]: Add 'patch-path phase to
  get libgnome-desktop to use the full path to the locale binary.

gnu: knot: Update licence information.

* gnu/packages/dns.scm (knot)[license]: Add PUBLIC-DOMAIN. Expand comments.

gnu: knot: Support dnstap query logging.

* gnu/packages/dns.scm (knot)[source]: No longer delete dnstap.  It appears
that dnstap is intended to be bundled and modified.
[inputs]: Add fstrm and protobuf-c.
[arguments]: Add ‘--with-module-dnstap=yes’ to #:configure-flags.

gnu: Use ‘license:’ prefix in (gnu packages protobuf).

* gnu/packages/protobuf.scm (fstrm, protobuf, protobuf-2, protobuf-c)
(python-protobuf, python2-protobuf): Use ‘license:’ prefix.

gnu: Add fstrm.

* gnu/packages/protobuf.scm (fstrim): New public variable.

gnu: protobuf: Add ‘static’ output.

* gnu/packages/protobuf.scm (protobuf)[outputs]: New field.
[arguments]: Add new ‘move-static-libraries’ phase.

gnu: perl-devel-stacktrace: Update to 2.03.

* gnu/packages/perl.scm (perl-devel-stacktrace): Update to 2.03.

gnu: btrfs-progs: Update to 4.14.

* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs): Update to 4.14.

gnu: nss: Mark up description.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (nss)[description]: Use @dfn.

gnu: eid-mw: Update to 4.3.4.

* gnu/packages/security-token.scm (eid-mw): Update to 4.3.4.
Fix up indentation.

gnu: musl: Update to 1.1.18.

* gnu/packages/musl.scm (musl): Update to 1.1.18.

compile: Put an upper bound on the number of workers.

* guix/build/compile.scm (compile-files): Don't use more than 8 workers.

gnu: Add python-pyodbc.

* gnu/packages/databases.scm (python-pyodbc, python2-pyodbc): New variables.

Add semicolon in commands that set GUIX_PROFILE.

Fixes <https://bugs.gnu.org/28223>.
Reported by Rosebud Uplink <Uplink.Introversion@outlook.com>.

* doc/guix.texi (Binary Installation): Add missing semicolon after
'GUIX_PROFILE=' line.
(Invoking guix package): Likewise.
* gnu/system.scm (operating-system-etc-service)[profile]: Likewise.
* guix/build/profiles.scm (build-etc/profile): Likewise.

gnu: wget2: Switch to official URL.

* gnu/packages/wget.scm (wget2): Switch to official URL.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: scribus: Fix No module named _sysconfigdata_nd.

* gnu/packages/scribus.scm (scribus): Wrap PATH with expected Python around
  executable.

Fixes <https://bugs.gnu.org/25035>.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.63.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.63.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.99.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.99.

gnu: Add python-clf.

* gnu/packages/web.scm (python-clf): New variable.

gnu: kodi: Update snapshot.

* gnu/packages/kodi.scm (kodi): Update to 18.0_alpha-67fd70f.

gnu: gcc@6: Respect SOURCE_DATE_EPOCH in __DATE__ and __TIME__ macros.

* gnu/packages/patches/gcc-6-source-date-epoch-1.patch,
gnu/packages/patches/gcc-6-source-date-epoch-2.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register them.
* gnu/packages/gcc.scm (gcc-6)[source]: Use them.

gnu: guix: Update snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 0b4c385.

gnu: gajim: Add python2-axolotl to inputs.

* gnu/packages/messaging.scm (gajim)[inputs]: Add python2-axolotl.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: qtox: Add filteraudio to inputs.

* gnu/packages/messaging.scm (qtox)[inputs]: Add filteraudio.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: c-toxcore: Update to 0.1.10.

* gnu/packages/messaging.scm (c-toxcore): Update to 0.1.10.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

zlib: Fix race condition when closing gzip ports.

Fixes <https://bugs.gnu.org/29335>.

* guix/zlib.scm (close-procedure): Remove.
(make-gzip-input-port): Do (dup (fileno port)) to get a file descriptor
for 'gzdopen'.  Close PORT before returning.  Use 'gzclose' as the
'close' procedure of the returned port.
(make-gzip-output-port): Likewise.

ssh: Use (guix i18n).

* guix/ssh.scm: Use (guix i18n) instead of (guix ui).

gnu: audacity: Fix building on non-Intel systems.

* gnu/packages/audio.scm (audacity)[arguments]: On non-Intel systems add
a configure-flag to disable SSE optimizations.

gnu: nss, nss-certs: Update to 3.34.

* gnu/packages/certs.scm (nss-certs): Update to 3.34.
* gnu/packages/gnuzilla.scm (nss): Update to 3.34.

gnu: bitcoin: Update to 0.15.1.

* gnu/packages/finance.scm (bitcoin-core): Update to 0.15.1.