gnu: x265: Update to 3.2.

* gnu/packages/video.scm (x265): Update to 3.2.

derivation: Remove memoization invalidation for 'derivation->bytevector'.

This is a followup to d727a9343d861cf775645df8be5bfefd43d6c6f0, which
broke 'hydra-jobs' from (gnu ci).

* guix/derivations.scm (invalidate-derivation-caches!): Remove call to
'invalidate-memoization!' for 'derivation->bytevector'.

gnu: xorriso: Update to 1.5.2.

* gnu/packages/cdrom.scm (xorriso): Update to 1.5.2.
[source]: Remove patches.
* gnu/packages/patches/xorriso-no-partition-table-in-inner-efi.patch,
* gnu/packages/patches/xorriso-no-mbr-in-inner-efi.patch: Remove files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.

gnu: dunst: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/dunst.scm (dunst): Update to 1.4.1.

gnu: evince: Update to 3.34.1.

* gnu/packages/gnome.scm (evince): Update to 3.34.1.

gnu: profanity: Enable pgp support.

* gnu/packages/messaging.scm (profanity)[arguments]<#configure-flags>:
Add --enable-pgp.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: profanity: Add configure flags so that build fails if libs are missing.

* gnu/packages/messaging.scm (profanity)[arguments]<#configure-flags>:
Add --enable-c-plugins and --enable-otr.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: profanity: Update home-page URL.

* gnu/packages/messaging.scm (profanity)[home-page]: Update URL.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: profanity: Add configure flags for better defaults.

* gnu/packages/messaging.scm (profanity)[arguments]<#configure-flags>:
Add --enable-omemo, --enable-notifications and --enable-icon,
[native-inputs]: add libnotify and libsignal-protocol-c.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

doc: Link to SICP Info page in "A Scheme Crash Course".

* doc/guix-cookbook.texi (Scheme tutorials): Replace Emacs Info reader hint
  with more useful interactive link to SICP Info page.

doc: Finish importing the "Packaging Tutorial".

* doc/guix-cookbook.texi (Packaging Tutorial): Import all sections after the
  Scheme crash course.

doc: Fix some typos in "Guix Profiles in Practice".

* doc/guix-cookbook.texi (Guix Profiles in Practice): Fix typos.

gnu: weasyprint: Add note to patch.

* gnu/packages/patches/weasyprint-library-paths.patch: Add note.

gnu: wireshark: Update to 3.0.6.

* gnu/packages/networking.scm (wireshark): Update to 3.0.6.

gnu: btrfs-progs: Update to 5.3.1.

* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs): Update to 5.3.1.

gnu: ghc-xmonad-contrib: Update to 0.16.

* gnu/packages/wm.scm (ghc-xmonad-contrib): Update to 0.16.

gnu: python-ipython: Update to 7.9.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-ipython): Update to 7.9.0.

gnu: bitcoin-core: Update to 0.18.1.

* gnu/packages/finance.scm (bitcoin-core): Update to 0.18.1.

gnu: fetchmail: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/mail.scm (fetchmail)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: fetchmail: Update to 6.4.1.

* gnu/packages/mail.scm (fetchmail): Update to 6.4.1.
[source]: Parameterize URI.
[arguments]: Add ‘create-test-environment’ phase.

gnu: telepathy-mission-control: Update to 5.16.5.

* gnu/packages/freedesktop.scm (telepathy-mission-control): Update to 5.16.5.

gnu: telepathy-mission-control: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/freedesktop.scm (telepathy-mission-control)[source]: Hard-code NAME.

news: Add entry for /etc/guix/channels.scm.

* etc/news.scm: Add entry to /etc/guix/channels.scm.

pull: Honor '/etc/guix/channels.scm'.

* guix/scripts/pull.scm (channel-list)[global-file]: New variable.
[channels]: Honor it.
* doc/guix.texi (Invoking guix pull): Document it.

channels: Refer to 'guile-json-3'.

Fixes a regression introduced in 84af1e74029fd4c43636f7d8d3e6f82ddab9ce82.

* guix/channels.scm (whole-package-for-legacy): Refer to GUILE-JSON-3,
not GUILE-JSON.

gnu: bootstrap: Cache the 'bootstrap-executable' origins.

This reduces the number of lookups in the 'add-data-to-store' cache from
2705 to 2685 (hit rate: 10% to 9%) when running:

  GUIX_PROFILING=add-data-to-store-cache guix build libreoffice -nd

* gnu/packages/bootstrap.scm (raw-build)[->store]: Use 'lower-object'
instead of 'origin->derivation'.  This allows the origin-to-derivation
mapping to be cached.

gnu: bootstrap: 'bootstrap-origin' preserves eq?-ness when no changes are made.

This reduces the number of lookups in the 'add-data-to-store' cache from
2743 to 2705 (hit rate: 11% to 10%) when running

  GUIX_PROFILING=add-data-to-store-cache guix build libreoffice -nd

The execution time of "guix build libreoffice -nd" goes from 1.80s to 1.78s.

* gnu/packages/bootstrap.scm (bootstrap-origin): Return SOURCE unchanged
when its has no patches and no snippet.

derivations: Don't memoize 'derivation->bytevector'.

Its hit rate was only 8%.  Removing it reduces heap size of "guix build
libreoffice -nd" from 69MiB to 61MiB and the wall-clock time is unchanged.

* guix/derivations.scm (derivation->bytevector): Change from 'mlambda'
to 'lambda'.

gexp: Cache the module to derivation mappings.

This reduces the number of 'add-data-to-store' cache lookups from 3329
to 2743 (hit rate: 27% to 11%) when running:

  GUIX_PROFILING=add-data-to-store-cache guix build libreoffice -nd

Execution time of "guix build libreoffice -nd" goes from 1.86s to 1.80s.

* guix/gexp.scm (imported+compiled-modules): Wrap body in 'mcached'.

store: Allow objects in the cache to be inserted and search for with 'equal?'.

* guix/store.scm (cache-object-mapping): Add #:vhash-cons parameter and
honor it.
(lookup-cached-object): Add #:vhash-fold* parameter and honor it.
(%mcached): Add #:vhash-fold* and #:vhash-cons and honor them.
(mcached): Add clauses with 'eq?' and 'equal?' as the first argument.

gexp: Add 'imported+compiled-modules'.

* guix/gexp.scm (imported+compiled-modules): New procedure.
(lower-gexp): Use it instead of separate calls to 'imported-modules' and
'compiled-modules'.

derivations: 'build-expression->derivation' caches its module derivations.

This reduces the number of lookups in the 'add-data-to-store' cache from
7505 to 3329 (hit rate from 68% to 27%) when running:

  GUIX_PROFILING=add-data-to-store-cache guix build libreoffice -nd

The execution time of "guix build libreoffice -nd" goes from 2.12s to 1.87s.

* guix/derivations.scm (%module-cache): New variable.
(imported+compiled-modules)[key]: New variable.
Lookup KEY in %MODULE-CACHE and populate %MODULE-CACHE upon cache miss.

derivations: Introduce 'imported+compiled-modules'.

* guix/derivations.scm (imported+compiled-modules): New procedure.
(build-expression->derivation): Use it instead of separate calls to
'%imported-modules' and '%compiled-modules'.

gnu: postgis: Update to 2.4.8.

* gnu/packages/geo.scm (postgis): Update to 2.4.8.

gnu: python-cftime: Update to 1.0.4.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-cftime): Update to 1.0.4.2.

gnu: libmicrohttpd: Update to 0.9.68.

* gnu/packages/gnunet.scm (libmicrohttpd): Update to 0.9.68.

gnu: retroarch: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/emulators.scm (retroarch): Update to 1.8.0.

gnu: unbound: Update to 1.9.4.

* gnu/packages/dns.scm (unbound): Update to 1.9.4.

gnu: libasr: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/dns.scm (libasr)[source]: Hard-code NAME.

gnu: python-pathpy: Update to 11.5.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pathpy): Update to 11.5.1.

gnu: perl-io-captureoutput: Update to 1.1105.

* gnu/packages/perl.scm (perl-io-captureoutput): Update to 1.1105.

gnu: Merge all crates into (gnu packages crates-io).

* gnu/packages/rust-cbindgen.scm: Move all crates ...
* gnu/packages/crates-io.scm: ... to here.

gnu: Convert all rust crates to new format.

* gnu/packages/crates-io.scm: Rename all packages to contain version
string.
[source]: Rename all downloaded files to use '.crate'.
[arguments]: Remove all cargo-inputs and cargo-development-inputs.
Comment out all custom phases to link to external libraries.
[native-inputs, inputs]: Comment out all inputs.
[properties]: Mark all packages hidden.

gnu: meld: Wrap with Glib or Gtk path variables.

Fixes the example given at <https://issues.guix.gnu.org/issue/37942>.

* gnu/packages/gnome.scm (meld)[inputs]: Add gsettings-desktop-schemas.
[arguments]: Add (guix build glib-or-gtk-build-system) to #:modules
and #:imported-modules.  Use its ‘glib-or-gtk-wrap’ phase.

gnu: Add pam-u2f.

* gnu/packages/security-token.scm (pam-u2f): New variable.

gnu: keepassxc: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/password-utils.scm (keepassxc)[source]: Hard-code NAME.

gnu: mpg123: Update to 1.25.13.

* gnu/packages/mp3.scm (mpg123): Update to 1.25.13.

gnu: mpv: Update to 0.30.0.

* gnu/packages/video.scm (mpv): Update to 0.30.0.
[arguments]: Remove obsolete #:configure-flags.

gnu: git-annex: Build with S3 support.

* gnu/packages/haskell-apps.scm (git-annex)[arguments]: Enable S3 in
configure-flags.
[inputs]: Add ghc-aws.

gnu: gramps: Update to 5.1.1.

* gnu/packages/genealogy.scm (gramps): Update to 5.1.1.
[inputs]: Add cairo.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: meld: Fix startup.

* /gnu/packages/patchutils.scm: (meld)[inputs]: Replace gtksourceview with
gtksourceview-3.
[arguments]<#:phases>[wrap-typelib]: New phase.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: nginx: Update to 1.17.5.

* gnu/packages/web.scm (nginx): Update to 1.17.5.

gnu: dav1d: Update to 0.5.1.

* gnu/packages/patches/dav1d-aarch64-symbol-alignment.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/video.scm (dav1d): Update to 0.5.1.
[source](patches): Remove.

gnu: keepassxc: Update to 2.5.0.

* gnu/packages/password-utils.scm (keepassxc): Update to 2.5.0.
[arguments]: Enable all extra features, except for update checking.
[inputs]: Add libyubikey, quazip, readline, yubikey-personalization.
Remove curl.
[license]: Update comment.

gnu: r-car: Update to 3.0-4.

* gnu/packages/statistics.scm (r-car): Update to 3.0-4.

gnu: r-rlang: Update to 0.4.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rlang): Update to 0.4.1.

gnu: r-digest: Update to 0.6.22.

* gnu/packages/statistics.scm (r-digest): Update to 0.6.22.

gnu: r-mgcv: Update to 1.8-30.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mgcv): Update to 1.8-30.

gnu: r-jpeg: Update to 0.1-8.1.

* gnu/packages/image.scm (r-jpeg): Update to 0.1-8.1.

gnu: r-dalex: Update to 0.4.9.

* gnu/packages/cran.scm (r-dalex): Update to 0.4.9.

gnu: r-ggvis: Update to 0.4.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggvis): Update to 0.4.5.

gnu: r-partitions: Update to 1.9-22.

* gnu/packages/cran.scm (r-partitions): Update to 1.9-22.
[propagated-inputs]: Add r-sets.

gnu: r-compositions: Update to 1.40-3.

* gnu/packages/cran.scm (r-compositions): Update to 1.40-3.
[propagated-inputs]: Remove r-energy.

gnu: r-spam: Update to 2.3-0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-spam): Update to 2.3-0.1.

gnu: r-biocmanager: Update to 1.30.9.

* gnu/packages/cran.scm (r-biocmanager): Update to 1.30.9.

gnu: r-ncdf4: Update to 1.17.

* gnu/packages/cran.scm (r-ncdf4): Update to 1.17.

gnu: r-performance: Update to 0.4.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-performance): Update to 0.4.0.

gnu: r-bayestestr: Update to 0.4.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-bayestestr): Update to 0.4.0.

gnu: r-emmeans: Update to 1.4.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-emmeans): Update to 1.4.2.

gnu: r-slam: Update to 0.1-46.

* gnu/packages/cran.scm (r-slam): Update to 0.1-46.

gnu: r-doby: Update to 4.6-3.

* gnu/packages/cran.scm (r-doby): Update to 4.6-3.
[propagated-inputs]: Add r-broom, r-deriv, r-pbkrtest, and r-tibble.

gnu: r-jomo: Update to 2.6-10.

* gnu/packages/cran.scm (r-jomo): Update to 2.6-10.

gnu: r-ddalpha: Update to 1.3.10.

* gnu/packages/cran.scm (r-ddalpha): Update to 1.3.10.

gnu: Add r-sets.

* gnu/packages/cran.scm (r-sets): New variable.

gnu: Add r-deriv.

* gnu/packages/cran.scm (r-deriv): New variable.

gnu: Add libu2f-server.

* gnu/packages/security-token.scm (libu2f-server): New variable.

gnu: po4a: Update to 0.57.

* gnu/packages/gettext.scm (po4a): Update to 0.57.

gnu: libssh: Update to 0.9.1.

* gnu/packages/ssh.scm (libssh): Update to 0.9.1.

gnu: wireguard: Update to 0.0.20191012.

* gnu/packages/vpn.scm (wireguard): Update to 0.0.20191012.

gnu: lollypop: Wrap with required path variables.

Fixes <https://issues.guix.info/issue/37937>.

* gnu/packages/gnome.scm (lollypop)[arguments]: Rename ‘wrap’ phase to
‘wrap-python’ and add ‘wrap-glib-or-gtk’ phase.
[inputs]: Add gsettings-desktop-schemas.

gnu: opensmtpd-next: Update to 6.6.0p1.

* gnu/packages/mail.scm (opensmtpd-next): Update to 6.6.0p1.
[inputs]: Replace openssl with libressl.

gnu: libressl: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/tls.scm (libressl)[source]: Hard-code NAME.

gnu: icecat: Update to 68.2.0-guix0-preview1 [security fixes].

Fixes CVE-2019-11757, CVE-2019-11759, CVE-2019-11760, CVE-2019-11761,
CVE-2019-11762, CVE-2019-11763, CVE-2019-11764, and CVE-2019-15903.

Note: IceCat 68 has not yet been released by the IceCat project.  This is a
      work-in-progress, and does not currently meet the privacy-respecting
      standards of the IceCat project.

* gnu/packages/patches/icecat-default-search-ddg.patch,
gnu/packages/patches/icecat-disable-sync.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/gnuzilla.scm (%icecat-version): Update.
(mozilla-compare-locales, all-mozilla-locales): New variables.
(mozilla-locale): New procedure.
(mozilla-locales): New macro.
(icecat-source): Add code to populate the l10n directory.  Remove the code
that copied the l10n directory from an older IceCat source tarball.
(icecat)[inputs]: Remove hunspell.
[native-inputs]: Comment out previous Guix-specific patches for now.  Use the
newest rust, cargo, llvm, and clang.  Add rust-cbindgen, node, nasm, python 3,
icecat-default-search-ddg.patch and icecat-disable-sync.patch.
[arguments]: In configure flags: remove "--disable-maintenance-service" and
"--enable-system-hunspell", and comment out flags to use system libraries
instead of bundled libraries for libevent, libogg, libvorbis, libvpx,
harfbuzz, graphite2, and sqlite.  Add srfi-34 and srfi-35 to modules.  Delete
fewer bundled libraries.  Adapt the 'patch-source-shebangs' phase.  Add a
custom 'build' phase that tries the standard 'build' phase up to 5 times.
In the 'wrap-program' phase, set MOZ_LEGACY_PROFILES=1 in the environment,
and add 'pulseaudio' to the front of LD_LIBRARY_PATH.
[description]: Add a warning that this is only a preview release.
* gnu/packages/patches/icecat-makeicecat.patch: Adapt.

services: gdm: Add 'debug?' configuration field.

* gnu/services/xorg.scm (<gdm-configuration>)[debug?]: New field.
(gdm-configuration-file): Use it.
* doc/guix.texi: Document it.

gnu: sbcl: Update to 1.5.8.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl): Update to 1.5.8.

gnu: git-annex: Update to 7.20191024.

* gnu/packages/haskell-apps.scm (git-annex): Update to 7.20191024.

gnu: man-db: Update to 2.9.0.

* gnu/packages/man.scm (man-db): Update to 2.9.0.

gnu: retroarch: Update to 1.7.9.2.

* gnu/packages/emulators.scm (retroarch): Update to 1.7.9.2.

gnu: neomutt: Update to 20191025.

* gnu/packages/mail.scm (neomutt): Update to 20191025.
[inputs]: Use libidn2 instead of libidn.
[arguments]: Adjust #:configure-flags accordingly.
Enable tests.  Remove ‘fix-sasl-test’ phase.

gnu: neomutt: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/mail.scm (neomutt)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: varnish: Update to 6.3.1 [security fixes].

Fixes <https://varnish-cache.org/security/VSV00004.html>.

* gnu/packages/web.scm (varnish): Update to 6.3.1.

gnu: perl-net-dns-native: Update to 0.21.

* gnu/packages/perl.scm (perl-net-dns-native): Update to 0.21.

gnu: qbittorrent: Update to 4.1.8.

* gnu/packages/bittorrent.scm (qbittorrent): Update to 4.1.8.

gnu: rss-bridge: Update to 2019-09-12.

* gnu/packages/web.scm (rss-bridge): Update to 2019-09-12.

gnu: profanity: Correct indentation.

* gnu/packages/messaging.scm (profanity): Correct indentation.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: profanity: Update to 0.7.1.

* gnu/packages/messaging.scm (profanity): Update to 0.7.1,
[uri]: update source URL to the one provided on the website.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: Add ddcci-driver-linux.

* gnu/packages/linux.scm (ddcci-driver-linux): Add variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: Add ruby-wayback-machine-downloader.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-wayback-machine-downloader): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: cookbook: Use "@lisp" for Scheme snippets.

* doc/guix-cookbook.texi: Use @lisp for Scheme snippets instead of
"@example scheme".  This allows for syntax highlighting of the HTML
output.

guix build: Remove obsolete TODO.

* guix/scripts/build.scm (set-build-options-from-command-line): Remove
obsolete TODO comment.