gnu: waybar: Fix build.

* gnu/packages/wm.scm (waybar)[inputs]: Replace spdlog with spdlog-1.7.

gnu: Add spdlog@1.7.

Required by waybar.

* gnu/packages/logging.scm (spdlog-1.7): New variable.

gnu: nyxt: Update to 2-pre-release-5.

* gnu/packages/web-browsers.scm (nyxt): Update to 2-pre-release-5.

gnu: Add cl-mustache.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-mustache, ecl-cl-mustache, sbcl-cl-mustache):
  New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: linux-libre 5.4: Update to 5.4.85.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.85.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.9: Update to 5.9.16.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.9-version): Update to 5.9.16.
(linux-libre-5.9-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre: Update to 5.10.2.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.10-version): Update to 5.10.2.
(linux-libre-5.10-pristine-source): Update hash.

gnu: certbot, python-acme: Update to 1.10.1.

* gnu/packages/tls.scm (certbot, python-acme): Update to 1.10.1.

gnu: unbound: Update to 1.13.0.

* gnu/packages/dns.scm (unbound): Update to 1.13.0.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

system: Allow separated /boot and encrypted root.

* gnu/bootloader/grub.scm (grub-configuration-file): New parameter
store-crypto-devices.
[crypto-devices]: New helper function.
[builder]: Use crypto-devices.
* gnu/machine/ssh.scm (roll-back-managed-host): Use
boot-parameters-store-crypto-devices to provide its contents to the
bootloader configuration generation process.
* gnu/tests/install.scm (%encrypted-root-not-boot-os,
%encrypted-root-not-boot-os): New os declaration.
(%encrypted-root-not-boot-installation-script): New script, whose contents
were initially taken from %encrypted-root-installation-script.
(%test-encrypted-root-not-boot-os): New test.
* gnu/system.scm (define-module): Export
operating-system-bootoader-crypto-devices and
boot-parameters-store-crypto-devices.
(<boot-parameters>): Add field store-crypto-devices.
(read-boot-parameters): Parse store-crypto-devices field.
[uuid-sexp->uuid]: New helper function extracted from
device-sexp->device.
(operating-system-bootloader-crypto-devices): New function.
(operating-system-bootcfg): Use
operating-system-bootloader-crypto-devices to provide its contents to
the bootloader configuration generation process.
(operating-system-boot-parameters): Add store-crypto-devices to the
generated boot-parameters.
(operating-system-boot-parameters-file): Likewise to the file with
the serialized structure.
* guix/scripts/system.scm (reinstall-bootloader): Use
boot-parameters-store-crypto-devices to provide its contents to the
bootloader configuration generation process.
* tests/boot-parameters.scm (%default-store-crypto-devices): New
variable.
(%grub-boot-parameters, test-read-boot-parameters): Use
%default-store-crypto-devices.
(tests store-crypto-devices): New tests.

gnu: httpstat: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/networking.scm (httpstat): Update to 1.3.0.
[source]: Changed uri from pypi-uri to git-reference.
[arguments]: Add substitution for changed time units of curl.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: sdcc: Update to 4.0.0.

* gnu/packages/embedded.scm (sdcc): Update to 4.0.0.
[native-inputs]: Add zlib.
[description]: Update to match new version.
* gnu/packages/patches/sdcc-disable-non-free-code.patch: Update to match new
version.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: sdcc: Expand comment regarding GPUTILS and PIC ports.

* gnu/packages/embedded.scm (sdcc)[arguments]: Expand comment to explain why
GPUTILS is not yet available and SDCC's PIC ports are disabled.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: sdcc: Correct name of phase.

* gnu/packages/embedded.scm [arguments]<#:phases>: Rename "patch-makefile"
phase to "patch-makefiles".

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: sdcc: Revise synopsis and description.

* gnu/packages/embedded.scm (sdcc)[synopsis]: State package's use more
clearly.
[description]: Revise for brevity.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: sdcc: Specify complete set of licenses.

* gnu/packages/embedded.scm (sdcc)[license]: Replace with full list of
licenses used by files in the distribution.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: sdcc: Move to embedded.scm.

* gnu/packages/embedded.scm: Add sdcc from sdcc.scm.
* gnu/packages/electronics.scm: Update #:use-module directive.
* gnu/packages/sdcc.scm: Delete file.
* gnu/local.mk: Remove it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: sdcc: Remove bundled μCsim.

* gnu/packages/sdcc.scm (sdcc)[source]: Extend snippet to remove bundled μCsim
source.
[arguments]<#:configure-flags>: Replace "--enable-ucsim" with
"--disable-ucsim".

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add μCsim.

* gnu/packages/embedded.scm (ucsim): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gnome-builder: Disable jedi plugin.

As pointed out in #45272, it is broken.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-builder)[#:configure-flags] Add
-Dplugin_jedi=false.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

tests: Check the effect of '--without-tests' on implicit inputs.

* tests/transformations.scm ("options->transformation, without-tests"):
Ensure TAR has #:tests? #f.

tests: Fix malformed JSON.

Guile-JSON 4.3.2 would parse in spite of these typos, but 4.4.1 is
stricter.

* tests/swh.scm (%directory-entries): Add missing comma.
* tests/cve-sample.json: Likewise.

gnu: guix-build-coordinator: Update to 0-11.9128f96.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-build-coordinator): Update to
0-11.9128f96.

gnu: Add python-locust.

* gnu/packages/benchmark.scm (python-locust): New variable.

gnu: python-geventhttpclient: Update to 1.4.4.

* gnu/packages/python-web.scm (python-geventhttpclient): Update to 1.4.4.

gnu: python2-reno: Remove package.

* gnu/packages/openstack.scm (python2-reno): Remove variable.

gnu: python2-oslo.i18n: Remove package.

* gnu/packages/openstack.scm (python2-oslo.i18n): Remove variable.

gnu: python2-geventhttpclient: Remove package.

* gnu/packages/python-web.scm (python2-geventhttpclient): Remove variable.

gnu: python-greenlet: Update to 0.4.17.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-greenlet): Update to 0.4.17.

gnu: python2-mox3: Remove package.

* gnu/packages/openstack.scm (python2-mox3): Remove variable.

gnu: python2-gdrivefs: Remove package.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-gdrivefs): Remove variable.

gnu: python2-graphene: Remove package.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-graphene): Remove variable.
(python-graphene)[properties]: Remove field.

gnu: python2-pykafka: Remove package.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-pykafka): Remove variable.

gnu: python2-pykka: Remove package.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-pykka): Remove variable.

gnu: python2-gevent: Remove package.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-gevent): Remove variable.
(python-gevent)[properties]: Remove field.

gnu: python-gevent: Update to 20.9.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-gevent): Update to 20.9.0.
[phases]{adjust-tests}: Cleanup the list of ignored tests.  Many tests relying
on networking can be skipped simply by specifying -unone.
{check}: Specify the -unone option, which deselects tests depending on network
and other special resources.
[home-page]: Use HTTPS.
[description]: Please 'guix lint'.

gnu: python2-oslo.context: Remove package.

* gnu/packages/openstack.scm (python2-oslo.context): Remove variable.

gnu: python2-openstackdocstheme: Remove package.

* gnu/packages/openstack.scm (python2-openstackdocstheme): Remove variable.

gnu: python2-graphql-relay: Remove package.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-graphql-relay): Remove variable.

gnu: python2-gpic: Remove package.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-gpic): Remove variable.

gnu: bpython2: Remove package.

* gnu/packages/python-xyz.scm (bpython2): Remove variable.

gnu: python2-eventlet: Remove package.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-eventlet): Remove variable.

gnu: python2-pynvim: Remove package.

* gnu/packages/vim.scm (python2-pynvim): Remove variable.

gnu: python2-greenlet: Remove package.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-greenlet): Remove variable.

gnu: python-werkzeug: Update to 1.0.1.

* gnu/packages/python-web.scm (python-werkzeug): Update to 1.0.1.
[home-page]: Update.

gnu: python2-flask-restful-swagger: Remove package.

* gnu/packages/python-web.scm (python2-flask-restful-swagger): Remove
variable.

gnu: python2-flask-script: Remove package.

* gnu/packages/python-web.scm (python2-flask-script): Remove variable.

gnu: python2-flask-principal: Remove package.

* gnu/packages/python-web.scm (python2-flask-principal): Remove variable.

gnu: python2-flask-httpauth: Remove package.

* gnu/packages/python-web.scm (python2-flask-httpauth): Remove variable.

gnu: python2-pytest-httpbin: Remove package.

* gnu/packages/python-web.scm (python2-pytest-httpbin): Remove variable.

gnu: python2-werkzeug: Remove package.

* gnu/packages/python-web.scm (python2-werkzeug): Remove variable.

gnu: Add python-dpkt.

* gnu/packages/python-web.scm (python-dpkt): New variable.

gnu: python-oslo.config: Fix indentation.

* gnu/packages/openstack.scm: Prettify the section header and fix the
indentation of the package.

gnu: python-oslo.i18n: Fix indentation.

* gnu/packages/openstack.scm (python-oslo.i18n): Fix indentation.

gnu: python-configargparse: Update to 1.2.3.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-configargparse): Update to 1.2.3.

gnu: python2-configargparse: Remove package.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-configargparse): Remove variable.

gnu: emacs-nov-el: Update to 0.3.3.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-nov-el): Update to 0.3.3.

gnu: libffi: Add unreleased patch to fix float128 on powerpc64le.

Fixes <https://bugs.gnu.org/45252>.

* gnu/packages/patches/libffi-float128-powerpc64le.patch: Import patch file
from <https://github.com/libffi/libffi/pull/561.patch>.
* gnu/packages/libffi.scm (libffi)[arguments]: Apply patch conditionally for
powerpc64le-* systems in a phase.
[inputs]: Add patch as input conditionally for powerpc64le-* systems.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add patch file to build system.

Signed-off-by: Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>

gnu: emacs-js2-mode: Update to 20201220.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-js2-mode): Update to 20201220.

gnu: emacs-diff-hl: Update to 1.8.8.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-diff-hl): Update to 1.8.8.

gnu: libaom: Update to 2.0.1.

* gnu/packages/video.scm (libaom): Update to 2.0.1.

gnu: straw-viewer: Move youtube-dl to propagated inputs.

* gnu/packages/video.scm (straw-viewer)[propagated-inputs]: Add youtube-dl.

gnu: bear: Update to 3.0.4.

* gnu/local.mk (bear-disable-preinstall-tests.patch): Add patch.
* gnu/packages/build-tools.scm (bear): Reference patch, and update.

gnu: spdlog: Update to 1.8.2.

* gnu/packages/logging.scm (spdlog): Update to 1.8.2.

gnu: volk: Update to 2.4.1.

* gnu/packages/engineering.scm (volk): Update to 2.4.1.

gnu: p11-kit: Fix source hash.

(Obviously) the tarball wasn't updated in place, and the .sig did check
out, but I forgot to commit it because I'm a bit of an idiot.

* gnu/packages/tls.scm (p11-kit)[source]: Update hash.

gnu: wireshark: Update to 3.4.2.

* gnu/packages/networking.scm (wireshark): Update to 3.4.2.

gnu: sudo: Update to 1.9.4p2.

* gnu/packages/admin.scm (sudo): Update to 1.9.4p2.

gnu: pd: Update to 0.51-3.

* gnu/packages/music.scm (pd): Update to 0.51-3.

gnu: p11-kit: Update to 0.23.22.

* gnu/packages/tls.scm (p11-kit): Update to 0.23.22.

gnu: john-the-ripper-jumbo: Build with OpenSSL 1.1.

* gnu/packages/password-utils.scm (john-the-ripper-jumbo)[inputs]: Change from
OPENSSL-1.0 to OPENSSL.

gnu: rtmpdump: Update to 2.4-0.c5f04a5 [security fixes].

* gnu/packages/networking.scm (rtmpdump): Update to 2.4-0.c5f04a5.
[arguments]: Add phase prefer-gnutls.
[inputs]: Remove OPENSSL-1.0.  Add GNUTLS.

gnu: kentutils: Build with OpenSSL 1.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (kentutils)[inputs]: Change from OPENSSL-1.0
to OPENSSL.

gnu: kentutils: Add a file name for the "samtabix" input.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (kentutils)[native-inputs]: For "samtabix",
add a file name on the origin.

gnu: dtc: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/bootloaders.scm (dtc): Update to 1.6.0.

gnu: cppunit: Update to 1.15.1.

* gnu/packages/check.scm (cppunit): Update to 1.15.1.

gnu: xcb-util-errors: Build with Python 3.

* gnu/packages/xorg.scm (xcb-util-errors)[native-inputs]: Change from PYTHON-2
to PYTHON-WRAPPER.

gnu: kitty: Update to 0.19.3.

* gnu/packages/terminals.scm (kitty): Update to 0.19.3.

gnu: nginx-documentation: Update to 1.19.6-2636-a0824dab33ff.

* gnu/packages/web.scm (nginx-documentation): Update to 1.19.6-2636-a0824dab33ff.

gnu: nginx: Update to 1.19.6.

* gnu/packages/web.scm (nginx): Update to 1.19.6.

gnu: openvpn: Update to 2.4.10.

* gnu/packages/vpn.scm (openvpn): Update to 2.4.10.

gnu: lighttpd: Update to 1.4.57.

* gnu/packages/web.scm (lighttpd): Update to 1.4.57.

gnu: protonvpn-cli: Update to 2.2.6.

* gnu/packages/vpn.scm (protonvpn-cli): Update to 2.2.6.

gnu: straw-viewer: Update to 0.1.2.

* gnu/packages/video.scm (straw-viewer): Update to 0.1.2.

gnu: youtube-viewer: Update to 3.8.0.

* gnu/packages/video.scm (youtube-viewer): Update to 3.8.0.

gnu: youtube-dl: Update to 2020.12.14.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2020.12.14.

gnu: emacs-helm-selector: Update to 0.5.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm-selector): Update to 0.5.

gnu: esbuild: Update to 0.8.24.

* gnu/packages/web.scm (esbuild): Update to 0.8.24.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: vim: Automatically find vim plugins.

* gnu/packages/vim.scm (vim)[arguments]: Add new 'install-guix.vim phase
to install vendor specific vimrc.
* gnu/packages/aux-files/guix.vim: New file.
* Makefile.am (AUX_FILES): Register it.

gnu: komikku: Update to 0.24.0.

* gnu/packages/gnome.scm (komikku): Update to 0.24.0.
[inputs] Replace python-cloudscraper with python-requests.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

scripts: discover: Remove previous cache file.

Partially fixes <https://issues.guix.gnu.org/45302>.

* guix/scripts/discover.scm (guix-discover): Remove previous cache files.

avahi: Remove poll timeout when possible.

Fixes <https://issues.guix.gnu.org/45314>.

* guix/avahi.scm (avahi-browse-service-thread): Change timeout default value
to false when no "stop-loop?" procedure is passed. Adapt "iterate-simple-poll"
call accordingly.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: guix: Update to 4f621a2.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 4f621a2.

maint: Require Guile >= 2.2.6.

* configure.ac: For Guile 2.2, require 2.2.6 or later.
* guix/gexp.scm (define-syntax-parameter-once): Remove.
Use 'define-syntax-parameter' instead.
* guix/mnoads.scm: Likewise.
* guix/inferior.scm (proxy)[select*]: Remove.
* guix/scripts/publish.scm <top level>: Remove replacement for (@@ (web
http) read-header-line).
* guix/store/deduplication.scm (counting-wrapper-port): Remove.
(nar-sha256): Call 'port-position' on PORT to compute SIZE.

daemon: Delegate deduplication to 'guix substitute'.

This removes the main source of latency between subsequent downloads.

* nix/libstore/build.cc (SubstitutionGoal::tryToRun): Add a
"deduplicate" key to ENV.
(SubstitutionGoal::finished): Remove call to 'optimisePath'.
* guix/scripts/substitute.scm (process-substitution)[destination-in-store?]
[dump-file/deduplicate*]: New variables.
Pass #:dump-file to 'restore-file'.
* guix/scripts/substitute.scm (guix-substitute)[deduplicate?]: New
variable.
Pass #:deduplicate? to 'process-substitution'.
* guix/serialization.scm (dump-file): Export and augment 'dump-file'.

tests: Make sure substituted items are deduplicated.

* tests/store.scm ("substitute, deduplication"): New test.

daemon: Do not reset timestamps and permissions on substituted items.

'guix substitute' now takes care of it via 'restore-file'.

* nix/libstore/build.cc (SubstitutionGoal::finished): Remove call to
'canonicalisePathMetaData'.

tests: Check the mtime and permissions of substituted items.

* tests/store.scm ("substitute")
("substitute + build-things with output path")
("substitute + build-things with specific output"): Call 'canonical-file?'.
* tests/substitute.scm ("substitute, authorized key"): Check the mtime
and permissions of "substitute-retrieved".

daemon: Let 'guix substitute' perform hash checks.

This way, the hash of the store item can be computed as it is restored,
thereby avoiding an additional file tree traversal ('hashPath' call)
later on in the daemon.  Consequently, it should reduce latency between
subsequent substitute downloads.

This is a followup to 5ff521452b9ec2aae9ed8e4bb7bdc250a581f203.

* guix/scripts/substitute.scm (narinfo-hash-algorithm+value): New
procedure.
(process-substitution): Wrap INPUT into a hash input port, 'hashed', and
read from it.  Compare the actual and expected hashes, and print a
"hash-mismatch" status line when they differ.  When they match, print
not just "success" but also the nar hash and size.
* nix/libstore/build.cc (class SubstitutionGoal)[expectedHashStr]:
Remove.
(SubstitutionGoal::finished): Tokenize 'status'.  Parse it and handle
"success" and "hash-mismatch" accordingly.  Call 'hashPath' only when
the returned hash is not SHA256.
(SubstitutionGoal::handleChildOutput): Remove 'expectedHashStr'
handling.
* tests/substitute.scm ("substitute, invalid hash"): Rename to...
("substitute, invalid narinfo hash"): ... this.
("substitute, invalid hash"): New test.

tests: Check the build trace for hash mismatches on substitutes.

* tests/store.scm ("substitute, corrupt output hash, build trace"): New
test.