gnu: guix: Update development snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to 4420940.
(guix): Set to GUIX-DEVEL.

gnu: guix: Update to 0.11.0.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-0.10.0): Rename to...
(guix-0.11.0): ... this.  Adjust users.
(guix): Set to GUIX-0.11.0.

Update NEWS.

mapped-devices: raid-device-mapping: Avoid non-top-level 'use-modules'.

Fixes <http://bugs.gnu.org/24135>.
Reported by myglc2 <myglc2@gmail.com>.

* gnu/system/mapped-devices.scm (open-raid-device): Avoid non-top-level
'use-modules' form.

guix system: Fix the Shepherd error handling fix.

This is a followup to aa1e73a996ad170fecac848f203528aeb3d2173e.

* guix/scripts/system.scm (with-shepherd-error-handling): Return two
values when an exception is caught.

build: Add missing procps patch to the distribution.

The patch was added to gnu/local.mk in
d46123aade7bc5226004eb46ee1084dc84f2b30a and inadvertently removed in a
subsequent merge.

* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add procps-non-linux.patch.

guix system: Properly report Shepherd errors when upgrading services.

Fixes regression introduced in 8bf92e3904cb656d4c2160fc8befebaf21a65492.
Reported by myglc2 <myglc2@gmail.com> in <http://bugs.gnu.org/24135>.

* guix/scripts/system.scm (with-shepherd-error-handling): Rename 'body'
to 'mbody'.  Expand to a monadic procedure that runs MBODY.

doc: Clarify distinction between "service" and "Shepherd service".

* doc/guix.texi (Services): Distinguish "service" and "Shepherd
service".  Add xref to "Shepherd Services".

doc: Fix typo.

* doc/guix.texi (Locales): Add missing 'of'.

gnu: python-atomicwrites: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/python.scm (python-atomicwrites, python2-atomicwrites):
Update to 1.1.0.

gnu: Add Seren.

* gnu/packages/telephony.scm (seren): New variable.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: Add Elixir.

* gnu/packages/elixir.scm: New file.
* gnu/packages/patches/elixir-disable-failing-tests.patch: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add module.
(dist_patch_DATA): Add patch.

Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: libressl: Update to 2.4.2.

* gnu/packages/tls.scm (libressl): Update to 2.4.2.

system: Define 'GUIX_LOCPATH' to work around 'glibc' package defect.

Our 'glibc' package currently ignores /run/current-system/locale,
although the intent is to look for locales in that directory.

* gnu/packages/base.scm (glibc/linux): Add comment about
/run/current-system/locale being ignored.
* gnu/system.scm (operating-system-environment-variables): Add
'GUIX_LOCPATH'.
* gnu/tests/base.scm (run-basic-test): Add "locale" test.

tests: Make sure threads use separate output ports.

* tests/publish.scm (with-separate-output-ports): New macro.
<top level>: Use it when spawning new thread.
("/*.narinfo with compression"): Likewise.

tests: Work around Guile bug with unbuffered custom binary input ports.

Reported by Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>
at <http://debbugs.gnu.org/cgi/bugreport.cgi?bug=24060#19>

* tests/publish.scm (http-get-port): Remove 'setvbuf' call for the
response port.

gnu: Add perl-log-any-adapter-log4perl.

* gnu/packages/perl.scm (perl-log-any-adapter-log4perl): New variable.

gnu: Add perl-log-log4perl.

* gnu/packages/perl.scm (perl-log-log4perl): New variable.

gnu: Add perl-log-any.

* gnu/packages/perl.scm (perl-log-any): New variable.

gnu: Add emacs-visual-fill-column.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-visual-fill-column): New variable.

gnu: ccl: Update to 1.11.

* gnu/packages/lisp.scm (ccl): Update to 1.11.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@gmail.com>

gnu: r-variantannotation: Update to 1.18.6.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-variantannotation): Update to 1.18.6.

gnu: r-genomationdata: Update to 1.4.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomationdata): Update to 1.4.2.

gnu: kde-frameworks: Fix version numbers.

Fixes a regression introduced in
d26e2b9f306a1170d46f7c860c81840d9d600161.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (kwindowsystem, oxygen-icons): Set to
"5.21.0".

gnu: extra-cmake-modules: Add proper 'version'.

Fixes a regression introduced in
d26e2b9f306a1170d46f7c860c81840d9d600161.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm (extra-cmake-modules)[version]: Set to
"5.21.0".

doc: Add "Installing GuixSD in a VM" node.

* doc/guix.texi (Installing GuixSD in a VM): New node.
(USB Stick Installation): Refer to it.
(System Installation): Mention "GuixSD".

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

mapped-devices: Bail out when RAID sources don't show up.

* gnu/system/mapped-devices.scm (open-raid-device): Bail out after 20
loop iterations.

mapped-devices: Make RAID device opening message clearer.

* gnu/system/mapped-devices.scm (open-raid-device): Rename 'source' to
'sources'.  Make 'waiting' message more informative.
(close-raid-device): Rename 'source' to 'sources'.

mapped-devices: Do not always use (gnu build file-systems).

Fixes <http://bugs.gnu.org/24129>.
Reported by myglc2 <myglc2@gmail.com>.

* gnu/system/mapped-devices.scm (device-mapping-service-type): Remove
'modules' field from 'shepherd-service' form.
(open-luks-device): Add 'use-modules' form.

gnu: kde-frameworks: Remove kde-frameworks-version.

* gnu/packages/kde-frameworks (kde-frameworks-version): Delete variable.
  (kwindowsystem)[version]: Replace kde-frameworks-version with version string.
  (oxygen-icons)[version]: Replace kde-frameworks-version with version string.

lint: 'inputs-should-be-native' checks for extra-cmake-modules and qttools.

* guix/scripts/lint.scm (check-inputs-should-be-native): Warn when
  extra-cmake-modules or qttools isn't a native-input.

gnu-maintenance: Add KDE updater.

* guix/gnu-maintenance.scm (kde-package?, latest-kde-release): New private
  functions.
  (%kde-updater): New public variable.
* guix/scripts/refresh.scm (list-updaters): Add %kde-updater.
* doc/guix.texi (Invoking guix refresh): Mention the new updater.

download: Add KDE mirrors.

* guix/download.scm (%mirrors)[kde]: Add kde mirrors.

gnu: network-manager: Propagate GLIB.

* gnu/packages/gnome.scm (network-manager)[propagated-inputs]: Add glib.

gnu: powwow: Use HTTPS download.

* gnu/packages/games.scm (powwow)[source]: Use HTTPS URL.

gnu: vdirsyncer: Update to 0.11.3.

* gnu/packages/dav.scm (vdirsyncer): Update to 0.11.3.

gnu: Add supertux.

* gnu/packages/games.scm (supertux): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: htop: Update to 2.0.2.

* gnu/packages/admin.scm (htop): Update to 2.0.2.

Merge branch 'core-updates'

gnu: openssh: Update to 7.3p1.

* gnu/packages/ssh.scm (openssh): Update to 7.3p1.
[source]: Remove patches.
* gnu/packages/patches/openssh-CVE-2015-8325.patch,
gnu/packages/patches/openssh-CVE-2016-6210-1.patch,
gnu/packages/patches/openssh-CVE-2016-6210-2.patch,
gnu/packages/patches/openssh-CVE-2016-6210-3.patch: Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.

gnu: red-eclipse: Replace string with version number variable.

* gnu/packages/games.scm (red-eclipse)[phases]: Replace it.

publish: Do not compress already-compressed files.

* guix/scripts/publish.scm (narinfo-string): Force %NO-COMPRESSION when
STORE-PATH matches 'compressed-file?'.
* guix/utils.scm (compressed-file?): New procedure.
* tests/publish.scm ("/*.narinfo for a compressed file"): New test.

gnu: red-eclipse: Add example server configuration file to config
directory.

* gnu/packages/games.scm (red-eclipse)[phases]: Add server configuration
file.

gnu: red-eclipse: Update to 1.5.5.

* gnu/packages/games.scm (red-eclipse): Update to 1.5.5.
[arguments]: Adjust phases.
[inputs]: Use sdl2.

gnu: dmidecode: Update to 3.0.

* gnu/packages/admin.scm (dmidecode): Update to 3.0.
[arguments]: Use ’modify-phases’ instead of ‘alist-delete’.

gnu: Add trio.

* gnu/packages/code.scm (trio): New variable.

gnu: ruby-ffi: Update to 1.9.14.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-ffi): Update to 1.9.14.

gnu: ruby-nokogiri: Update to 1.6.8.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-nokogiri): Update to 1.6.8.
[arguments]: Remove 'update-dependency' phase.  Add 'patch-extconf' phase.
[native-inputs]: Remove ruby-rake-compiler.
[propagated-inputs]: Add ruby-pkg-config.

gnu: Add ruby-pkg-config.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-pkg-config): New variable.

gnu: openssh: Add dependency on xauth.

Partly fixes <http://bugs.gnu.org/23317>.
Reported by Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>.

* gnu/packages/ssh.scm (openssh)[inputs]: Add XAUTH.

gnu: linux-libre@4.1: Update to 4.1.29.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.1): Update to 4.1.29.

gnu: Add libgnomekbd.

* gnu/packages/gnome.scm (libgnomekbd): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add s6-linux-utils.

* gnu/packages/skarnet.scm (s6-linux-utils): New variable.

Signed-off-by: Eric Le Bihan <eric.le.bihan.dev@free.fr>
Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add s6-portable-utils.

* gnu/packages/skarnet.scm (s6-portable-utils): New variable.

Signed-off-by: Eric Le Bihan <eric.le.bihan.dev@free.fr>
Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add s6-rc.

* gnu/packages/skarnet.scm (s6-rc): New variable.

Signed-off-by: Eric Le Bihan <eric.le.bihan.dev@free.fr>
Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: units: Update to 2.13.

* gnu/packages/maths.scm (units): Update to 2.13.

gnu: Add Go 1.6.

* gnu/packages/golang.scm (go-1.6): New variable.

Co-authored-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>
Co-authored-by: Andy Wingo <wingo@igalia.com>
Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: imagemagick: Update to 6.9.5-4 [fixes CVE-2016-6491].

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.5-4.

gnu: openttd: Update to 1.6.1.

* gnu/packages/games.scm (openttd): Update to 1.6.1 and expand the
package description.

Signed-off-by: Andreas Enge <andreas@enge.fr>

gnu: mutt: Update to 1.6.2.

* gnu/packages/mail.scm(mutt): Update to 1.6.2.

gnu: Add python-pygame.

* gnu/packages/game-development.scm (python-pygame): New variable.

gnu: Add libsmpeg.

* gnu/packages/video.scm (libsmpeg): New variable.

emacs: Disable grafts when dry-run is enabled.

* emacs/guix-main.scm (process-package-actions): Set grafting according
to 'dry-run?'.
* guix/scripts.scm (build-package): Disable grafts when 'dry-run?' is #t.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: stellarium: Improve description.

Suggested by Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>.

* gnu/packages/education.scm (stellarium)[description]: Mention telescope
tracking.

gnu: diamond: Update to 0.8.17.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (diamond): Update to 0.8.17.

gnu: gnunet-gtk: Configure with gnunet path.

* gnun/packages/gnunet.scm (gnunet-gtk)[arguments]: Add '--with-gnunet'
to #:configure-flags.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@gmail.com>

gnu: Add tuxpaint-config.

* gnu/packages/games.scm (tuxpaint-config): New variable.

gnu: Add tuxpaint-stamps.

* gnu/packages/games.scm (tuxpaint-stamps): New variable.

gnu: Add Tux Paint.

* gnu/packages/games.scm (tuxpaint): New variable.
* gnu/packages/patches/tuxpaint-stamps-path.patch: New patch.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: beets: Update to 1.3.19.

* gnu/packages/music.scm (beets): Update to 1.3.19.
[source]: Remove patch to skip failing tests.
* gnu/packages/patches/beets-image-test-failure.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: python-protobuf: Update to 3.0.0.

* gnu/packages/protobuf.scm (python-protobuf, python2-protobuf):
Update to 3.0.0.

gnu: btrfs-progs: Update to 4.6.1

* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs): Update to 4.6.1.
[native-inputs]: Add WHICH.

gnu: gd: Add fix for gd2_read test.

* gnu/packages/patches/gd-fix-gd2-read-test.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/gd.scm (gd)[source]: Add patch.

gnu: protobuf: Update to 2.6.1.

* gnu/packages/protobuf.scm (protobuf): Update to 2.6.1.
[source]: Update to new upstream URL.

size: Fix corner case with multiple items on the command line.

Fixes 'guix size foo bar' when 'foo' is in the local store and 'bar'
isn't, which could lead to an incomplete requisite list.

* guix/scripts/size.scm (requisites*): Partition ITEMS according to
'valid-path?'.  Use 'substitutable-requisites' only on invalid items.

Revert "gnu: gd: Add fix for gd2_read test."

This reverts commit ce290354ec4e97003be5f56042e55b36831818c1.

gnu: gd: Add fix for gd2_read test.

* gnu/packages/patches/gd-fix-gd2-read-test.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/gd.scm (gd)[source]: Add patch.

gnu: wireshark: Update to 2.0.5.

* gnu/packages/networking.scm (wireshark): Update to 2.0.5.

gnu: perl-dbd-mysql: Update to 4.035 [fixes CVE-2015-8949].

* gnu/packages/databases.scm (perl-dbd-mysql): Update to 4.035.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.16.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.16.

gnu: gd: Update to 2.2.3 [fixes CVE-2016-6207].

* gnu/packages/patches/gd-CVE-2016-5766.patch,
gnu/packages/patches/gd-CVE-2016-6128.patch,
gnu/packages/patches/gd-CVE-2016-6132.patch,
gnu/packages/patches/gd-CVE-2016-6214.patch,
gnu/packages/patches/gd-fix-test-on-i686.patch: Delete files.
* gnu/packages/patches/gd-fix-tests-on-i686.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Update accordingly.
* gnu/packages/gd.scm (gd): Update to 2.2.3.
[source]: Update patches field accordingly.

gnu: virt-viewer: Remove SPICE-PROTOCOL from inputs.

This is a followup to ba9e2ee64a566d3bdaa93423a56d1fd613cef5f3.

* gnu/packages/spice.scm (virt-viewer)[inputs]: Remove SPICE-PROTOCOL.

gnu: spice-gtk: Remove LIBUSB from inputs.

This is a followup to 0d05a739d2c78e85bf358c4abdc719ebb3550f5a.

* gnu/packages/spice.scm (spice-gtk)[inputs]: Remove LIBUSB.

gnu: Order module imports in (gnu packages qemu) alphabetically.

* gnu/packages/qemu.scm: Order module imports alphabetically.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add xf86-video-qxl.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-qxl): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add libinput-minimal.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libinput-minimal): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Remove trailing periods from synopsis.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-smart-mode-line): Update synopsis.
* gnu/packages/gnustep.scm (wmfire): Update synopsis.
* gnu/packages/haskell.scm (ghc-socks): Update synopsis.
* gnu/packages/kde-frameworks.scm (oxygen-icons): Update synopsis.
* gnu/packages/openstack.scm (python-bandit): Update synopsis.
* gnu/packages/perl.scm (perl-test-trap): Update synopsis.
* gnu/packages/python.scm (python-backports-abc): Update synopsis.
* gnu/packages/ruby.scm (python-cryptography-vectors): Update synopsis.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Use define-public to export packages.

* gnu/packages/bison.scm (bison): Define public.
* gnu/packages/flex.scm (flex): Define public.
* gnu/packages/pulseaudio.scm (libsndfile, libsamplerate, pulseaudio): Define
public.
* gnu/packages/sdl.scm (sdl, sdl2, libmikmod, sdl-gfx, sdl-image, sdl-mixer,
sdl-net, sdl-ttf): Define public.
* gnu/packages/search.scm (xapian): Remove unnecessary #:export.
* gnu/packages/swig.scm (swig): Define public.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: iptables: Mention "firewall".

Suggested by ng0 <ng0@we.make.ritual.n0.is>.

* gnu/packages/linux.scm (iptables)[description]: Mention "firewall".

gnu: Add s6-networking.

* gnu/packages/skarnet.scm (s6-networking): New variable.

Signed-off-by: Eric Le Bihan <eric.le.bihan.dev@free.fr>
Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add s6-dns.

* gnu/packages/skarnet.scm (s6-dns): New variable.

Signed-off-by: Eric Le Bihan <eric.le.bihan.dev@free.fr>
Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add s6.

* gnu/packages/skarnet.scm (s6): New variable.

Signed-off-by: Eric Le Bihan <eric.le.bihan.dev@free.fr>
Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: execline: Update to 2.1.5.0.

* gnu/packages/skarnet.scm (execline): Update to 2.1.5.0.

Signed-off-by: Eric Le Bihan <eric.le.bihan.dev@free.fr>
Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: skalibs: Update to 2.3.10.0.

* gnu/packages/skarnet.scm (skalibs): Update to 2.3.10.0.

Signed-off-by: Eric Le Bihan <eric.le.bihan.dev@free.fr>
Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add stellarium.

* gnu/local.mk: Include gnu/packages/education.scm .
* gnu/packages/education.scm: Add new file.
* gnu/packages/education.scm (stellarium): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: spice-gtk: Propagate SPICE-PROTOCOL.

* gnu/packages/spice.scm (spice-gtk)[inputs]: Move SPICE-PROTOCOL to...
[propagated-inputs]: ... here.

gnu: usbredir: Propagate LIBUSB.

* gnu/packages/spice.scm (usbredir)[inputs]: Replace field with ...
[propagated-inputs]: ... new field.

gnu: guix: Add dependency on zlib.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-0.10.0)[inputs]: Add ZLIB.

tests: Improve synchronization in 'tests/guix-register.sh'.

* tests/guix-register.sh: When launching guix-daemon, add retry loop
around 'open-connection'.  This fixes test failures that could occur
under heavy load where the daemon's socket file wouldn't be ready yet
when the client connects.

gnu: password-store: Wrap PATH.

* gnu/packages/password-utils.scm (password-store)
[arguments]: Wrap PATH more thoroughly.
[native-inputs]: Move getopt to inputs.
[inputs]: Add sed.

Signed-off-by: Mathieu Lirzin <mthl@gnu.org>