gnu: kdelibs4support: Add todo comment for a patch from NixOS.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm(kdelibs4support): Add comment.

gnu: kconfigwidgets: Make QDirIterator follow symlinks.

Transfer the NixOS patch "qdiriterator-follow-symlinks" for kconfigwidgets as
of 2018-02-17.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm(kconfigwidgets)<patch>: New phase.

gnu: kcmutils: Print plugin name when loading fails.

Transfer the NixOS patch "kcmutils-debug-module-loader" for kcmutils as of
2018-02-17.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm(kcmutils)<patch>: Add substitute for
  src/kcmoduleloader.cpp.

gnu: kcmutils: Make QDirIterator follow symlinks.

Transfer the NixOS patch "kcmutils-follow-symlinks" for kcmutils as of
2018-02-17.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm(kcmutils)<patch>: New phase.

gnu: krunner: Blacklist another test failing with 5.49.0.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm(krunner)[#phases]<check-setup>:
  Blacklist 'testMulti'.

gnu: extra-cmake-modules: Fix install-path for plugins.

The respective entry changed for kde-frameworks 5.46.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm(krunner)[#phases]<fix-lib-path>:
  Change substitute for QTPLUGINDIR.

gnu: libsecret: Update to 0.18.7.

* gnu/packages/gnome.scm (libsecret): Update to 0.18.7.

gnu: goffice: Update to 0.10.44.

* gnu/packages/gnome.scm (goffice): Update to 0.10.44.

gnu: guile-gnunet: Update to 0.0-1.d12167a.

* gnu/packages/gnunet.scm (guile-gnunet): Update to 0.0-1.d12167a.
[version]: Use git-version.
[source]: Use git-file-name.

gnu: libmicrohttpd: Update to 0.9.62.

* gnu/packages/gnunet.scm (libmicrohttpd): Update to 0.9.62.

gnu: libextractor: Fix CVE-2018-{20430,20431}.

* gnu/packages/patches/libextractor-CVE-2018-20430.patch,
gnu/packages/patches/libextractor-CVE-2018-20431.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/gnunet.scm (libextractor)[source]: Use them.

gnu: libextractor: Update to 1.8.

* gnu/packages/gnunet.scm (libextractor): Update to 1.8.

gnu: yoshimi: Update to 1.5.10.

* gnu/packages/music.scm (yoshimi): Update to 1.5.10.

gnu: vboot-utils: Fix building on armhf-linux.

* gnu/packages/bootloaders.scm (vboot-utils)[source]: Add patches.
[arguments]: Conditionally add "HOST_ARCH=arm" to #:make-flags.
* gnu/packages/patches/vboot-utils-fix-format-load-address.patch,
gnu/packages/patches/vboot-utils-fix-tests-show-contents.patch,
gnu/packages/patches/vboot-utils-skip-test-workbuf.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.

gnu: gnupg: Update to 2.2.12.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg): Update to 2.2.12.

gnu: vlc: Add protobuf to inputs.

* gnu/packages/video.scm (vlc)[inputs]: Add protobuf.

gnu: vlc: Add libmicrodns to inputs.

* gnu/packages/video.scm (vlc)[inputs]: Add libmicrodns.

gnu: Add libmicrodns.

* gnu/packages/dns.scm (libmicrodns): New package.

gnu: xdisorg.scm: Add missing import.

* gnu/packages/xdisorg.scm: Add missing import.

gnu: bullet: Update to 2.88.

* gnu/packages/game-development.scm (bullet): Update to 2.88.
[source]: Use 'git-fetch'. Add snippet to remove bundled binaries and
libraries.
[arguments]: Add configure-flags to prevent building demos. Add custom
'remove-failing-tests phase to skip tests which fail after removing
bundled code.

gnu: Add wl-clipboard.

* gnu/packages/xdisorg.scm (wl-clipboard): New variable.

gnu: emacs-magit-svn: Fix build.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-magit-svn): Replace ',name' by
'"emacs-magit-svn"'.

import: cran: Default to 'cran repo.

* guix/import/cran.scm (cran-recursive-import): Default to 'cran repo.

import: cran: Abort if no description could be fetched.

* guix/import/cran.scm (cran->guix-package): Only proceed if a valid
description could be fetched.

import: cran: Use HTTPS.

* guix/import/cran.scm (%cran-url): Use HTTPS.

import: cran: Download tarballs only once.

* guix/import/cran.scm (download): New procedure.
(fetch-description, description->package): Use it.

gnu: gnucash: Fix test failure.

Fixes issue #32057 (see: https://issues.guix.info/issue/32057).

* gnu/packages/patches/gnucash-fix-test-transaction-failure.patch: New patch.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.
* gnu/packages/gnucash.scm (gnucash): Use it.

gnu: emacs-hydra: Update to 0.14.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-hydra): Update to 0.14.0.

gnu: emacs-edit-indirect: Update to 0.1.5.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-edit-indirect): Update to 0.1.5.
[source]: Use 'git-fetch'.

gnu: signing-party: Update to 2.7.

* gnu/packages/gnupg.scm (signing-party): Update to 2.7.
[home-page]: Update to new home-page.
[arguments]: All phases end with #t.

gnu: perl-archive-zip: Update to 1.64.

* gnu/packages/comression.scm (perl-archive-zip): Update to 1.64.

gnu: zstd: Update to 1.3.8.

* gnu/packages/compression.scm (zstd): Update to 1.3.8.
[home-page]: Update to new home-page.

gnu: perl-yaml-tiny: Update to 1.73.

* gnu/packages/perl.scm (perl-yaml-tiny): Update to 1.73.

gnu: perl-json-maybexs: Update to 1.004000.

* gnu/packages/perl.scm (perl-json-maybexs): Update to 1.004000.

gnu: perl-cpanel-json-xs: Update to 4.08.

* gnu/packages/perl.scm (perl-cpanel-json-xs): Update to 4.08.

gnu: perl-test-mockmodule: Update to 0.170.0.

* gnu/packages/perl-check.scm (perl-test-mockmodule): Update to 0.170.0.
[source]: Update source uri.
[native-inputs]: Add perl-test-warnings.

gnu: perl-test-simple: Update to 1.302141.

* gnu/packages/perl-check.scm (perl-test-simple): Update to 1.302141.

gnu: qtsyncthingtray: Use 'git-fetch'.

* gnu/packages/sync.scm (qtsyncthingtray)[source]: Use 'git-fetch'.
[arguments]: Update custom 'install phase.

gnu: owncloud-client: Update to 2.5.1.10973.

* gnu/packages/sync.scm (owncloud-client): Update to 2.5.1.10973.
* gnu/packages/patches/owncloud-disable-updatecheck.patch: Update patch.

gnu: qtkeychain: Update to 0.9.1.

* gnu/packages/qt.scm (qtkeychain): Update to 0.9.1.
[source]: Use 'git-fetch'.
[arguments]: Update custom 'set-qt-trans-dir phase.

gnu: jupyter: Add missing dependency.

* gnu/packages/python.scm (jupyter)[propagated-inputs]: Add python-qtconsole.
[home-page]: Use https URL.
[arguments]: Update comment on why tests are disabled.

gnu: python-terminado: Update to 0.8.1.

* gnu/packages/python-web.scm (python-terminado): Update to 0.8.1.

gnu: Add python-qtconsole.

* gnu/packages/python.scm (python-qtconsole): New variable.

gnu: python-notebook: Update to 5.7.4.

* gnu/packages/python.scm (python-notebook): Update to 5.7.4.
[arguments]: Use INVOKE for tests.
[propagated-inputs]: Remove python-ipython; add python-prometheus-client,
python-send2trash, and python-terminado.

gnu: python-jupyter-console: Fix inputs.

* gnu/packages/python.scm (python-jupyter-console)[propagated-inputs]: Remove
python-ipython; replace python-prompt-toolkit with python-prompt-toolkit-1.
[native-inputs]: Add python-nose.

gnu: python-ipython: Remove dependency on python-jupyter-core-minimal.

* gnu/packages/python.scm (python-ipython)[propagated-inputs]: Remove
python-jupyter-core-minimal.

gnu: python-ipywidgets: Enable tests.

* gnu/packages/python.scm (python-ipywidgets)[arguments]: Remove.
[native-inputs]: Add python-nose and python-pytest.
[propagated-inputs]: Remove python-ipykernel.

gnu: python-widgetsnbextension: Update to 3.4.2.

* gnu/packages/python.scm (python-widgetsnbextension): Update to 3.4.2.
[propagated-inputs]: Add python-ipykernel.

gnu: Add python-send2trash.

* gnu/packages/python.scm (python-send2trash, python2-send2trash): New
variables.

gnu: Add python-prometheus-client.

* gnu/packages/python.scm (python-prometheus-client,
python2-prometheus-client): New variables.

gnu: python-jupyter-client: Update to 5.2.4.

* gnu/packages/python.scm (python-jupyter-client): Update to 5.2.4.

gnu: python-ipython: Break dependency on python-ipykernel.

* gnu/packages/python.scm (python-ipython)[propagated-inputs]: Remove
python-ipykernel.
[arguments]: Delete more broken tests.

gnu: python-ipykernel: Update to 5.1.0.

* gnu/packages/python.scm (python-ipykernel): Update to 5.1.0.
[arguments]: Enable tests.
[propagated-inputs]: Add python-ipython.
[native-inputs]: Add python-pytest and python-nose.

gnu: python-ipython: Update to 5.8.0.

* gnu/packages/python.scm (python-ipython): Update to 5.8.0.
[propagated-inputs]: Replace python-prompt-toolkit with
python-prompt-toolkit-1.
[arguments]: Use INVOKE in the "check" phase; return #T from the "fix-tests"
phase.

gnu: Add python-prompt-toolkit-1.

* gnu/packages/python.scm (python-prompt-toolkit-1, python2-prompt-toolkit-1):
New variables.

gnu: python-prompt-toolkit: Update to 2.0.7.

* gnu/packages/python.scm (python-prompt-toolkit): Update to 2.0.7.
[arguments]: Enable tests; add phase "post-install-check" and delete "check"
phase.
[native-inputs]: Add python-pytest.

gnu: python-hy: Use INVOKE.

* gnu/packages/python.scm (python-hy)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: python-clint: Use INVOKE.

* gnu/packages/python.scm (python-clint)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: python-configargparse: Use INVOKE.

* gnu/packages/python.scm (python-configargparse)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: python-docopt: Use INVOKE.

* gnu/packages/python.scm (python-docopt)[arguments]: Use INVOKE.

gnu: ruby: Remove versions 1.8, 2.1 and 2.2.

Remove ruby versions which have reached EOL.

See <https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2018-11/msg00421.html>.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-1.8, ruby-2.1, ruby-2.2): Remove variables.

gnu: breeze-icons: Fix failing tests.

* gnu/packages/kde-frameworks.scm(breeze-icons)[arguments]<#phases>:
  Remove outdated 'disable-failing-test, add 'add-symlinks.

gnu: Syncthing: Update to 1.0.0.

* gnu/packages/syncthing.scm (syncthing): Update to 1.0.0.

gnu: emacs-org-contrib: Update to 9.2.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-org-contrib): Update to 9.2.
[propagated-inputs]: Add missing inputs.

gnu: org: Update to 9.2.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-org): Update to 9.2.

gnu: Add emacs-arduino-mode.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-arduino-mode): New variable.

gnu: emacs-w3m: Fix build.

The previously (unofficial) Git repository mirror is no longer available, so
we fallback to using the official CVS repository.

Fixes issue 33938 (see: https://issues.guix.info/issue/33938).

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-w3m)[origin]: Fetch the sources from the
  official CVS repository.

gnu: linux-libre: Update to 4.20, while retaining 4.19 LTS.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.20.
(%linux-libre-hash): Update hash.
(%linux-libre-4.20-patches): New variable.
(linux-libre): Use %linux-libre-4.20-patches.
(%linux-libre-4.19-version, %linux-libre-4.19-hash)
(%linux-libre-4.19-patches, linux-libre-4.19): New variables.
(linux-libre-arm-generic, linux-libre-arm-omap2plus): Use
%linux-libre-4.20-patches.
(linux-libre-arm-generic-4.19, linux-libre-arm-omap2plus-4.19): New variables.
* gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.20-arm.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.20-arm64.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.20-i686.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/4.20-x86_64.conf: New files.
* Makefile.am (AUX_FILES): Add them.

gnu: linux-libre: Build with GCC-7 on all systems.

* gnu/packages/linux.scm (make-linux-libre)[native-inputs]: Include GCC-7
unconditionally.  Previously it was included only on Intel systems.
Add GMP, MPFR, and MPC.
[arguments]: Add 'work-around-gcc-7-include-path-issue' phase.

gnu: linux-libre: Minor cleanups.

* gnu/packages/linux.scm: Remove comment about armhf-linux kernel configuration.
(%intel-compatible-systems, %linux-compatible-systems): Remove these
variables, inlining their values into the few places where they are used.
(%linux-libre-arm-export-__sync_icache_dcache-patch): New variable.
(%linux-libre-4.19-patches): Use the above variable.

gnu: php-with-bcmath: Deprecate in favour of 'php'.

This is a follow-up to 4629d26755aa06344fb8f515fb0202776e70c429.

* gnu/packages/php.scm (php-with-bcmath): Deprecate in favour of 'php'.
* gnu/tests/monitoring.scm (%zabbix-os): Use this.

gnu: ruby-pg: Update to 1.1.3.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-pg): Update to 1.1.3.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: amule: Use 'git-fetch'.

* gnu/packages/networking.scm (amule)[source]: Use 'git-fetch'.

gnu: amule: Don't run 'bootstrap phase.

* gnu/packages/networking.scm (amule)[arguments]: Delete 'bootstrap
phase.

gnu: libphidget: Update to 2.1.8.20180607.

* gnu/packages/libphidget.scm (libphidget): Update to 2.1.8.20180607.

gnu: libphidget: Update source uri.

* gnu/packages/libphidget.scm (libphidget)[source]: Update source uri.
[home-page]: Use https.

refresh: github: updates for origins using 'git-fetch'.

* guix/import/github.scm (updated-github-url): Respond with the repository url
for the 'git-fetch' fetch method.
(github-package?): Simplify boolean expression.
(github-repository, github-user-slash-repository): Strip trailing ".git" from
project if present.
(latest-release)<origin-github-uri>: Recognize a 'git-reference'.

gnu: emacs-matrix-client: Update to 5d8e959.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-matrix-client): Update to
  5d8e959a63e5de05b628ca8e1dfb974f7f618821.
[propagated-inputs]: Add new inputs.

gnu: Add emacs-frame-purpose.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-frame-purpose): New variable.

gnu: python-lxml: Update to 4.2.5 [fixes CVE-2018-19787].

* gnu/packages/python.scm (python-lxml, python2-lxml): Update to 4.2.5.

gnu: chicken: Update to 5.0.0.

* gnu/packages/scheme.scm (chicken): Update to 5.0.0.

gnu: hop: Update to 3.2.0-pre1.

* gnu/packages/scheme.scm (hop): Update to 3.2.0-pre1.
[arguments]: Add "--hostcc=gcc" to configure flags in the 'configure' phase
and substitute absolute reference to "/bin/rm".

gnu: bigloo: Update to 4.3e1.

* gnu/packages/scheme.scm (bigloo): Update to 4.3e1.

gnu: ffmpeg@2.8: Remove variable.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg@2.8): Remove variable.

gnu: vinagre: Don't build icon-cache.

* gnu/packages/gnome.scm (vinagre)[arguments]: Add custom phase to
remove 'gtk-update-icon-cache'.
[native-inputs]: Remove gtk+-bin.

gnu: vinagre: Update package for newer freerdp.

* gnu/packages/gnome.scm (vinagre)[source]: Update patches.
[arguments]: Add custom  phase to replace 'freerdp' with
'freerdp2'. Remove configure flags.
* gnu/packages/patches/vinagre-revert-1.patch,
gnu/packages/patches/vinagre-revert-2.patch: Remove files.
* gnu/packages/patches/vinagre-newer-freerdp.patch,
gnu/packages/patches/vinagre-newer-rdp-parameters.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register changes.

gnu: freerdp: Enable tests.

* gnu/packages/rdesktop.scm (freerdp)[arguments]: Enable tests. Add
configure-flag to build tests.

gnu: freerdp: Update to 2.0.0-rc4.

* gnu/packages/rdesktop.scm (freerdp): Update to 2.0.0-rc4.
[native-inputs]: Add docbook-xml, glib. Sort alphabetically.
[inputs]: Add libxkbcommon, wayland. Sort alphabetically.
[arguments]: Explicitly disable libsystemd.

gnu: OpenSSL 1.1: Update to 1.1.1a [fixes CVE-2018-{0734,0735}].

* gnu/packages/tls.scm (openssl-next): Update to 1.1.1a.

gnu: gambit-c: Update to 4.9.1.

* gnu/packages/scheme.scm (gambit-c): Update to 4.9.1.
[home-page]: Update URL.

gnu: vlc: Update to 3.0.5.

* gnu/packages/video.scm (vlc): Update to 3.0.5.
[source]: Remove patch.
(%vlc-libx264-compat.patch): Remove variable.

services: gdm: Enable auto-start.

GDM is now reliable enough to run automatically.

* gnu/services/xorg.scm (gdm-shepherd-service): Do not set 'auto-start?'
to '#f'.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

services: gdm: Remove 'allow-root?' option.

This option results in allowing all login attempts without asking for
credentials.  The name is confusing, but rather than rename it, we will
remove it, since it seems like a feature that no one would want.

* gnu/services/xorg.scm (<gdm-configuration>): Remove 'allow-root?'.
(gdm-pam-service): Do not use 'gdm-configuration-allow-root?'.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: gdm: Change locale settings file.

* gnu/packages/gnome.scm (gdm)[arguments]: Set the '--with-lang-file'
configure flag to '/etc/environment'.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: gdm: Pass XDG_DATA_DIRS into session environment.

* gnu/packages/gnome.scm (gdm)[arguments]: Update the pre-configure
phase so that GDM preserves the XDG_DATA_DIRS variable when setting up
the session environment.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: linux-libre: Update to 4.19.13.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.19.13.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.91.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.91.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.148.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.148.

gnu: youtube-dl: Update to 2018.12.17.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2018.12.17.

gnu: vim: Update to 8.1.0644.

* gnu/packages/vim.scm (vim): Update to 8.1.0644.
[native-inputs]: Add libtool.
(xxd)[native-inputs]: New field, empty list.
(vim-full)[native-inputs]: Also inherit native-inputs from vim.