gnu: Convert all rust crates to new format.

* gnu/packages/crates-io.scm: Rename all packages to contain version
string.
[source]: Rename all downloaded files to use '.crate'.
[arguments]: Remove all cargo-inputs and cargo-development-inputs.
Comment out all custom phases to link to external libraries.
[native-inputs, inputs]: Comment out all inputs.
[properties]: Mark all packages hidden.

gnu: meld: Wrap with Glib or Gtk path variables.

Fixes the example given at <https://issues.guix.gnu.org/issue/37942>.

* gnu/packages/gnome.scm (meld)[inputs]: Add gsettings-desktop-schemas.
[arguments]: Add (guix build glib-or-gtk-build-system) to #:modules
and #:imported-modules.  Use its ‘glib-or-gtk-wrap’ phase.

gnu: Add pam-u2f.

* gnu/packages/security-token.scm (pam-u2f): New variable.

gnu: keepassxc: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/password-utils.scm (keepassxc)[source]: Hard-code NAME.

gnu: mpg123: Update to 1.25.13.

* gnu/packages/mp3.scm (mpg123): Update to 1.25.13.

gnu: mpv: Update to 0.30.0.

* gnu/packages/video.scm (mpv): Update to 0.30.0.
[arguments]: Remove obsolete #:configure-flags.

gnu: git-annex: Build with S3 support.

* gnu/packages/haskell-apps.scm (git-annex)[arguments]: Enable S3 in
configure-flags.
[inputs]: Add ghc-aws.

gnu: gramps: Update to 5.1.1.

* gnu/packages/genealogy.scm (gramps): Update to 5.1.1.
[inputs]: Add cairo.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: meld: Fix startup.

* /gnu/packages/patchutils.scm: (meld)[inputs]: Replace gtksourceview with
gtksourceview-3.
[arguments]<#:phases>[wrap-typelib]: New phase.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: nginx: Update to 1.17.5.

* gnu/packages/web.scm (nginx): Update to 1.17.5.

gnu: dav1d: Update to 0.5.1.

* gnu/packages/patches/dav1d-aarch64-symbol-alignment.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/video.scm (dav1d): Update to 0.5.1.
[source](patches): Remove.

gnu: keepassxc: Update to 2.5.0.

* gnu/packages/password-utils.scm (keepassxc): Update to 2.5.0.
[arguments]: Enable all extra features, except for update checking.
[inputs]: Add libyubikey, quazip, readline, yubikey-personalization.
Remove curl.
[license]: Update comment.

gnu: r-car: Update to 3.0-4.

* gnu/packages/statistics.scm (r-car): Update to 3.0-4.

gnu: r-rlang: Update to 0.4.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rlang): Update to 0.4.1.

gnu: r-digest: Update to 0.6.22.

* gnu/packages/statistics.scm (r-digest): Update to 0.6.22.

gnu: r-mgcv: Update to 1.8-30.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mgcv): Update to 1.8-30.

gnu: r-jpeg: Update to 0.1-8.1.

* gnu/packages/image.scm (r-jpeg): Update to 0.1-8.1.

gnu: r-dalex: Update to 0.4.9.

* gnu/packages/cran.scm (r-dalex): Update to 0.4.9.

gnu: r-ggvis: Update to 0.4.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggvis): Update to 0.4.5.

gnu: r-partitions: Update to 1.9-22.

* gnu/packages/cran.scm (r-partitions): Update to 1.9-22.
[propagated-inputs]: Add r-sets.

gnu: r-compositions: Update to 1.40-3.

* gnu/packages/cran.scm (r-compositions): Update to 1.40-3.
[propagated-inputs]: Remove r-energy.

gnu: r-spam: Update to 2.3-0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-spam): Update to 2.3-0.1.

gnu: r-biocmanager: Update to 1.30.9.

* gnu/packages/cran.scm (r-biocmanager): Update to 1.30.9.

gnu: r-ncdf4: Update to 1.17.

* gnu/packages/cran.scm (r-ncdf4): Update to 1.17.

gnu: r-performance: Update to 0.4.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-performance): Update to 0.4.0.

gnu: r-bayestestr: Update to 0.4.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-bayestestr): Update to 0.4.0.

gnu: r-emmeans: Update to 1.4.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-emmeans): Update to 1.4.2.

gnu: r-slam: Update to 0.1-46.

* gnu/packages/cran.scm (r-slam): Update to 0.1-46.

gnu: r-doby: Update to 4.6-3.

* gnu/packages/cran.scm (r-doby): Update to 4.6-3.
[propagated-inputs]: Add r-broom, r-deriv, r-pbkrtest, and r-tibble.

gnu: r-jomo: Update to 2.6-10.

* gnu/packages/cran.scm (r-jomo): Update to 2.6-10.

gnu: r-ddalpha: Update to 1.3.10.

* gnu/packages/cran.scm (r-ddalpha): Update to 1.3.10.

gnu: Add r-sets.

* gnu/packages/cran.scm (r-sets): New variable.

gnu: Add r-deriv.

* gnu/packages/cran.scm (r-deriv): New variable.

gnu: Add libu2f-server.

* gnu/packages/security-token.scm (libu2f-server): New variable.

gnu: po4a: Update to 0.57.

* gnu/packages/gettext.scm (po4a): Update to 0.57.

gnu: libssh: Update to 0.9.1.

* gnu/packages/ssh.scm (libssh): Update to 0.9.1.

gnu: wireguard: Update to 0.0.20191012.

* gnu/packages/vpn.scm (wireguard): Update to 0.0.20191012.

gnu: lollypop: Wrap with required path variables.

Fixes <https://issues.guix.info/issue/37937>.

* gnu/packages/gnome.scm (lollypop)[arguments]: Rename ‘wrap’ phase to
‘wrap-python’ and add ‘wrap-glib-or-gtk’ phase.
[inputs]: Add gsettings-desktop-schemas.

gnu: opensmtpd-next: Update to 6.6.0p1.

* gnu/packages/mail.scm (opensmtpd-next): Update to 6.6.0p1.
[inputs]: Replace openssl with libressl.

gnu: libressl: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/tls.scm (libressl)[source]: Hard-code NAME.

gnu: icecat: Update to 68.2.0-guix0-preview1 [security fixes].

Fixes CVE-2019-11757, CVE-2019-11759, CVE-2019-11760, CVE-2019-11761,
CVE-2019-11762, CVE-2019-11763, CVE-2019-11764, and CVE-2019-15903.

Note: IceCat 68 has not yet been released by the IceCat project.  This is a
      work-in-progress, and does not currently meet the privacy-respecting
      standards of the IceCat project.

* gnu/packages/patches/icecat-default-search-ddg.patch,
gnu/packages/patches/icecat-disable-sync.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/gnuzilla.scm (%icecat-version): Update.
(mozilla-compare-locales, all-mozilla-locales): New variables.
(mozilla-locale): New procedure.
(mozilla-locales): New macro.
(icecat-source): Add code to populate the l10n directory.  Remove the code
that copied the l10n directory from an older IceCat source tarball.
(icecat)[inputs]: Remove hunspell.
[native-inputs]: Comment out previous Guix-specific patches for now.  Use the
newest rust, cargo, llvm, and clang.  Add rust-cbindgen, node, nasm, python 3,
icecat-default-search-ddg.patch and icecat-disable-sync.patch.
[arguments]: In configure flags: remove "--disable-maintenance-service" and
"--enable-system-hunspell", and comment out flags to use system libraries
instead of bundled libraries for libevent, libogg, libvorbis, libvpx,
harfbuzz, graphite2, and sqlite.  Add srfi-34 and srfi-35 to modules.  Delete
fewer bundled libraries.  Adapt the 'patch-source-shebangs' phase.  Add a
custom 'build' phase that tries the standard 'build' phase up to 5 times.
In the 'wrap-program' phase, set MOZ_LEGACY_PROFILES=1 in the environment,
and add 'pulseaudio' to the front of LD_LIBRARY_PATH.
[description]: Add a warning that this is only a preview release.
* gnu/packages/patches/icecat-makeicecat.patch: Adapt.

services: gdm: Add 'debug?' configuration field.

* gnu/services/xorg.scm (<gdm-configuration>)[debug?]: New field.
(gdm-configuration-file): Use it.
* doc/guix.texi: Document it.

gnu: sbcl: Update to 1.5.8.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl): Update to 1.5.8.

gnu: git-annex: Update to 7.20191024.

* gnu/packages/haskell-apps.scm (git-annex): Update to 7.20191024.

gnu: man-db: Update to 2.9.0.

* gnu/packages/man.scm (man-db): Update to 2.9.0.

gnu: retroarch: Update to 1.7.9.2.

* gnu/packages/emulators.scm (retroarch): Update to 1.7.9.2.

gnu: neomutt: Update to 20191025.

* gnu/packages/mail.scm (neomutt): Update to 20191025.
[inputs]: Use libidn2 instead of libidn.
[arguments]: Adjust #:configure-flags accordingly.
Enable tests.  Remove ‘fix-sasl-test’ phase.

gnu: neomutt: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/mail.scm (neomutt)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.

gnu: varnish: Update to 6.3.1 [security fixes].

Fixes <https://varnish-cache.org/security/VSV00004.html>.

* gnu/packages/web.scm (varnish): Update to 6.3.1.

gnu: perl-net-dns-native: Update to 0.21.

* gnu/packages/perl.scm (perl-net-dns-native): Update to 0.21.

gnu: qbittorrent: Update to 4.1.8.

* gnu/packages/bittorrent.scm (qbittorrent): Update to 4.1.8.

gnu: rss-bridge: Update to 2019-09-12.

* gnu/packages/web.scm (rss-bridge): Update to 2019-09-12.

gnu: profanity: Correct indentation.

* gnu/packages/messaging.scm (profanity): Correct indentation.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: profanity: Update to 0.7.1.

* gnu/packages/messaging.scm (profanity): Update to 0.7.1,
[uri]: update source URL to the one provided on the website.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: Add ddcci-driver-linux.

* gnu/packages/linux.scm (ddcci-driver-linux): Add variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: Add ruby-wayback-machine-downloader.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-wayback-machine-downloader): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: cookbook: Use "@lisp" for Scheme snippets.

* doc/guix-cookbook.texi: Use @lisp for Scheme snippets instead of
"@example scheme".  This allows for syntax highlighting of the HTML
output.

guix build: Remove obsolete TODO.

* guix/scripts/build.scm (set-build-options-from-command-line): Remove
obsolete TODO comment.

guix build: Warn when '--keep-failed' is passed to a remote daemon.

* guix/scripts/build.scm (set-build-options-from-command-line): When
OPTS has 'keep-failed?' set, check whether STORE is connected over
AF_UNIX and warn when it's not.

gnu: guile-studio: Update to 0.0.1-3.98fbbbd.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-studio): Update to 0.0.1-3.98fbbbd.
[arguments]: Add make-flags; remove custom build phase.
[native-inputs]: Add texinfo.

gnu: git-annex: Update to 7.20191017.

* gnu/packages/haskell-apps.scm (git-annex): Update to 7.20191017.

gnu: youtube-dl: Update to 2019.10.22.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2019.10.22.

gnu: asunder: Update to 2.9.5.

* gnu/packages/cdrom.scm (asunder): Update to 2.9.5.

gnu: giac: Update to 1.5.0-69.

* gnu/packages/algebra.scm (giac): Update to 1.5.0-69.

gnu: packagekit: Update to 1.1.12.

* gnu/packages/freedesktop.scm (packagekit): Update to 1.1.12.

gnu: libblockdev: Update to 2.23.

* gnu/packages/disk.scm (libblockdev): Update to 2.23.

gnu: psmisc: Update source URI.

* gnu/packages/linux.scm (psmisc)[source]: Update URI.

gnu: btrfs-progs: Update to 5.3.

* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs): Update to 5.3.

gnu: util-linux: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/linux.scm (util-linux)[source]: Hard-code NAME.

gnu: tome4: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/games.scm (tome4): Update to 1.6.0.

gnu: php: Update to 7.3.11.

* gnu/packages/php.scm (php): Update to 7.3.11.

gnu: psmisc: Update hash.

Apart from translation (po/*) updates, the following code changes were
made in-place: <https://issues.guix.gnu.org/issue/37905>.

* gnu/packages/linux.scm (psmisc)[source]: Update hash.

gnu: emacs-ag: Update to 0.48.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ag): Update to 0.48.

doc: Add "Guix Profiles in Practice" to the cookbook.

* doc/guix-cookbook.texi (Advanced package management): New chapter.
* doc/guix-cookbook.texi (Guix Profiles in Practice): New section.

gnu: lynx: Ignore CVE-2016-9179.

This was fixed in a dev release two years prior to our packaged version.

* gnu/packages/web-browsers.scm (lynx)[properties]: New field.

gnu: python-ipykernel: Update to 5.1.3.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-ipykernel): Update to 5.1.3.
[native-inputs]: Add python-flaky.

gnu: perl-test-mockmodule: Update to 0.171.0.

* gnu/packages/perl-check.scm (perl-test-mockmodule): Update to 0.171.0.

gnu: simple-scan: Update to 3.34.1.

* gnu/packages/gnome.scm (simple-scan): Update to 3.34.1.
[build-system]: Switch to Meson.
[arguments]: Remove custom #:configure-flags and #:phases.
Use #:glib-or-gtk.
[description]: Adapt to new upstream name and blurb.

gnu: simple-scan: Make colord input non-native.

* gnu/packages/gnome.scm (simple-scan)[inputs]: Move colord here…
[native-inputs]: …from here.

gnu: colord: Install vapi files.

* gnu/packages/gnome.scm (colord)[arguments]: Enable vapi.
[native-inputs]: Add vala.

gnu: colord: Clean up.

* gnu/packages/gnome.scm (colord)[arguments]: Remove unnecessary
configure flag (and outdated colord-gtk comment).
[native-inputs, propagated-inputs, inputs]: Order alphabetically.

Revert "guix: svn: Allow dropping externals."

This reverts commit 51395c84fdbf8daed6392951a973ad750cf3eefa,
fixing <https://debbugs.gnu.org/cgi/bugreport.cgi?bug=37896>.

Reported by <o.rojon@posteo.net>.

gnu: colord: Update to 1.4.4.

* gnu/packages/gnome.scm (colord): Update to 1.4.4.

gnu: colord: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/gnome.scm (colord)[source]: Hard-code NAME.

guix: svn: Allow dropping externals.

* guix/build/svn.scm (svn-fetch): Allow to ignore externals.
* guix/svn-download.scm (svn-reference, svn-multi-reference): Add
recursive? field.

services: cuirass: Create /var/log/cuirass during activation.

* gnu/services/cuirass.scm (cuirass-activation): Create "/var/log/cuirass".

gnu: cuirass: Pass "--localstatedir=/var".

* gnu/packages/ci.scm (cuirass)[arguments]: Add #:configure-flags.

gnu: avahi: Don't use package/inherit.

Thanks to Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* gnu/packages/avahi.scm (avahi): Use (package (inherit …)) instead of
package/inherit.

gnu: avahi: Fix CVE-2018-1000845 and duplicate CVE-2017-6519.

* gnu/packages/avahi.scm (avahi/fixed): New variable.
(avahi)[replacement]: Use it.
* gnu/packages/patches/avahi-CVE-2018-1000845.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: simple-scan: Update home page.

* gnu/packages/gnome.scm (simple-scan)[home-page]: Update.

gnu: wine-staging: Update to 4.18.

* gnu/packages/wine.scm (wine-staging-patchset-data): Update to 4.18.
(wine-staging): Update hash.

gnu: cuirass: Update to 80b6e89.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to 80b6e89.

lint: Re-enable CVE checker.

This reverts d7fcd9c565812919109ae88049f5d8bf4c56f9bd.

* guix/lint.scm (%network-dependent-checkers): Re-enable 'cve checker.

cve: Rewrite to read the JSON feed instead of the XML feed.

The XML feed was discontinued on Oct. 16th, 2019:

  <https://nvd.nist.gov/General/News/XML-Vulnerability-Feed-Retirement-Phase-3>

* guix/cve.scm (string->date*): New procedure.
(<cve-item>, <cve>, <cve-reference>): New record types.
(cpe-match->cve-configuration, configuration-data->cve-configurations)
(json->cve-items, version-matches?): New procedures.
(yearly-feed-uri): Change URL to refer to JSON feed.
(cpe->product-alist, %parse-vulnerability-feed)
(xml->vulnerabilities): Remove.
(cve-configuration->package-list, merge-package-lists)
(cve-item->vulnerability, json->vulnerabilities): New procedures.
(write-cache): Use 'json->vulnerabilities' instead of
'xml->vulnerabilities', and remove 'parameterize'.
(vulnerabilities->lookup-proc): Use 'version-matches?' when VERSION is
true.
* tests/cve.scm (%sample): Use 'tests/cve-sample.json'.
(%expected-vulnerabilities): Rewrite accordingly.
("json->cve-items", "cve-item-published-date")
("json->vulnerabilities"): New tests.
("xml->vulnerabilities"): Remove.
("vulnerabilities->lookup-proc"): Adjust to new vulnerabilities.
* tests/cve-sample.json: New file.
* tests/cve-sample.xml: Remove.
* Makefile.am (EXTRA_DIST): Adjust accordingly.
* doc/guix.texi (Invoking guix lint): Update nist.gov URLs.

gnu: enlightenment: Hardcode 'bc' location.

* gnu/packages/enlightenment.scm (enlightenment)[arguments]: In custom
'set-system-actions phase hardcode location of 'bc' binary.
[inputs]: Add bc.

gnu: Add weasyprint.

Now includs the patch file missed in
73f0ed8dbfde97341716fd8b156907e4ef800873.

* gnu/packages/pdf.scm (weasyprint): New variable.
* gnu/packages/patches/weasyprint-library-paths.patch: New file.
* gnu/local.mk: Add it.

gnu: Add rust-cbindgen.

* gnu/packages/rust-cbindgen.scm (rust-cbindgen): New variable.

gnu: Add rust-winapi-0.3.

* gnu/packages/rust-cbindgen.scm (rust-winapi-0.3): New hidden variable.

gnu: Add rust-winapi-x86-64-pc-windows-gnu-0.4.

* gnu/packages/rust-cbindgen.scm (rust-winapi-x86-64-pc-windows-gnu-0.4):
New hidden variable.

gnu: Add rust-winapi-i686-pc-windows-gnu-0.4.

* gnu/packages/rust-cbindgen.scm (rust-winapi-i686-pc-windows-gnu-0.4):
New hidden variable.