gnu: python-language-server: Update to 0.32.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-language-server): Update to 0.32.0,
[propagated-inputs]: Remove PYTHON-JEDI-0.15. Add PYTHON-JEDI.
(python-jedi-0.15, python-parso-0.5): Remove variables.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add emacs-icomplete-vertical.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-icomplete-vertical): New variable.

gnu: emacs-org-re-reveal: Update to 2.12.2.

[[PGP Signed Part:No public key for 7C7AFFBEFEF2CB25 created at 2020-05-14T11:15:53+0200 using RSA]]
To test this, I made a presentation about guix git workflow in emacs:
https://www.rohleder.de/~mike/guix-workflow/

maybe, its useful for someone.

From 528ccdab63cf399012582450491be6df3d8cc431 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Michael Rohleder <mike@rohleder.de>
Date: Thu, 14 May 2020 08:16:49 +0000
Subject: [PATCH] gnu: emacs-org-re-reveal: Update to 2.12.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-re-reveal): Update to 2.12.2.

gnu: gcc-arm-none-eabi@7-2018-q2-update: Fix conflicting GCC headers.

This is a follow-up of 7f6d3f395023ff430cf8b7a981d4780698e9d132 and merely
a copy-and-paste of Marius Bakke's fix.

* gnu/packages/embedded.scm (gcc-arm-none-eabi-7-2018-q2-update)[arguments]:
Add phase to remove the default compiler from CPLUS_INCLUDE_PATH.
[native-inputs]: Distinguish GCC-5.

gnu: libblockdev: Set default configuration directory.

Fix error from 'udisks': “Failed to get contents of the config
dir (/etc/libblockdev/conf.d/)Error opening directory
"/etc/libblockdev/conf.d/": No such file or directory.”

* gnu/packages/disk.scm (libblockdev)[arguments]: Add phase
'patch-configuration-directory'.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: libblockdev: Appease guix lint.

* gnu/packages/disk.scm (libblockdev)[inputs]: Move
gobject-introspection to ...
[native-inputs]: ... here.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: udisks: Appease guix lint.

The line is too long and HTML docs are build fine without it.

* gnu/packages/freedesktop.scm (udisks)[arguments]: Remove configure
flag '--enable-gtk-doc'.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: udisks: Update to 2.8.4.

* gnu/packages/freedesktop.scm (udisks): Update to 2.8.4.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

syscalls: Add 'getxattr'.

* guix/build/syscalls.scm (getxattr): New procedure.
* tests/syscalls.scm ("getxattr, setxattr"): Test it, together with setxattr.

gnu: freehdl: Fix build failure.

Fixes <https://bugs.gnu.org/41246>.
Reported by  tsmish <tsymsh@gmail.com>.

* gnu/packages/engineering.scm (freehdl)[source](patches): New field.
[native-inputs]: Remove GCC-5.

compile: Reduce optimization levels for gnu/services and gnu/packages.

* guix/build/compile.scm (optimization-options)[strip-option]
[override-option]: New procedures.
Add case for "gnu/services".  Change "gnu/packages" to
'-O0 -Opartial-eval'.

services: Add missing import.

* gnu/services/audio.scm: Import (ice-9 format).

syscalls: Add 'setxattr'.

* guix/build/syscalls.scm (setxattr): New procedure.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add libqglviewer.

* gnu/packages/qt.scm (libqglviewer): New variable.

gnu: hstr: Update to 2.2.

* gnu/packages/shellutils.scm (hstr): Update to 2.2.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: gcc-arm-none-eabi: Fix conflicting GCC headers.

Fixes <https://bugs.gnu.org/41210>.
Reported by Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>.

* gnu/packages/embedded.scm (gcc-arm-none-eabi-4.9)[arguments]: Add phase to
remove the default compiler from CPLUS_INCLUDE_PATH.
[native-inputs]: Distinguish GCC-5.

gnu: avr-gcc: Fix conflicting GCC headers.

Fixes <https://bugs.gnu.org/41209>.
Reported by Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>.

* gnu/packages/avr.scm (avr-gcc-4.9)[arguments]: Add phase to hide the default
GCC from CPLUS_INCLUDE_PATH.
[native-inputs]: Distinguish GCC-5.

gnu: bitcoin-core: Reformat the package definition.

Change the indentation to match what Emacs does.

* gnu/packages/finance.scm (bitcoin-core): Change indentation of many lines.

gnu: Add ruby-2.7.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-2.7): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: ruby-2.5: Update to 2.5.8.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-2.5): Update to 2.5.8.

gnu: ruby-2.4: Update to 2.4.10.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-2.4): Update to 2.4.10.
[source]: Remove a now redundant patch
* gnu/packages/patches/ruby-rubygems-276-for-ruby24.patch: Delete file.
* gnu/local.mk: Remove deleted patch.

gnu: ruby: Remove ruby-2.3.

No packages in Guix depend on Ruby 2.3, and it was declared as end-of-life on
2019-03-31 by the upstream project.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-2.3): Remove variable.

gnu: font-gnu-freefont: Rename the ‘woff’ subdirectory.

* gnu/packages/fonts.scm (font-gnu-freefont)[arguments]: Install WOFFs
into ‘share/fonts/webfonts’.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: font-gnu-freefont: Revert fonts' subdirectory names.

* gnu/packages/fonts.scm (font-gnu-freefont)[arguments]<#:phases>:
Change ‘share/fonts’ subdirectories from ‘ttf’ and ‘otf’ back to
‘truetype’ and ‘opentype’, respectively.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: Promote libyaml@0.2 to the default 'libyaml' variable.

* gnu/packages/web.scm (libyaml): Update to 0.2.4.
(libyaml-0.2): Remove variable.
* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-libyaml)[inputs]: Change from LIBYAML-0.2
to LIBYAML.

gnu: libyaml@0.2: Update to 0.2.4.

* gnu/packages/web.scm (libyaml-0.2): Update to 0.2.4.

gnu: libyaml: Fix variable name for libyaml@0.2.

* gnu/packages/web.scm (libyaml-2.1): Rename to ...
(libyaml-0.2): ... this.
* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-libyaml)[inputs]: Adjust accordingly.

gnu: appstream-glib: Remove unused input.

* gnu/packages/glib.scm (appstream-glib)[inputs]: Remove LIBYAML.

gnu: tbb: Update to 2020.2.

* gnu/packages/tbb.scm (tbb): Update to 2020.2.

gnu: Add ecm.

* gnu/packages/compression.scm (ecm): New variable.

gnu: mumi: Update to 0.0.1-2.5a57832.

* gnu/packages/mail.scm (mumi): Update to 0.0.1-2.5a57832.
[inputs]: Remove guile-sqlite3; add guile-fibers.

guix: cran: Add missing default R package.

* guix/import/cran.scm (default-r-packages): Add "datasets" to the list of
default R packages.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: kdevelop: Update to 5.5.1.

* gnu/packages/kde.scm (kdevelop): Update to 5.5.1.

gnu: kdevelop-pg-qt: Update to 2.2.1.

* gnu/packages/kde.scm (kdevelop-pg-qt): Update to 2.2.1.
[source]: Download using git-fetch.

gnu: wireguard-tools: Fix wg-quick.

* gnu/packages/vpn.scm (wireguard-tools)[arguments]: Add phase
'wrap-wg-quick'.
[inputs]: Add 'openresolv', 'iproute' and 'iptables'.

gnu: Add openresolv.

* gnu/packages/dns.scm (openresolv): New variable.

doc: Mention guix-daemon's 'https_proxy' environment variable.

* doc/guix.texi (Proxy Settings, Derivations): Mention 'https_proxy'.

gnu: Add python-websockets.

* gnu/packages/python-web.scm (python-websockets): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: darcs: Adjust comment, URL disappeared.

* gnu/packages/haskell-apps.scm (darcs): The irc log this URL pointed
to disappeared. It was never archived, and in retrospective it is
better to point only to the manual of darcs itself.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

mailmap: Update entries for Nikita.

* .mailmap: change email and name for Nikita.
* Makefile.am, doc/guix.texi, etc/completion/fish/guix.fish,
gnu/packages/accessibility.scm, gnu/packages/admin.scm,
gnu/packages/audio.scm, gnu/packages/autotools.scm, gnu/packages/cdrom.scm,
gnu/packages/check.scm, gnu/packages/cinnamon.scm,
gnu/packages/compression.scm, gnu/packages/crypto.scm,
gnu/packages/databases.scm, gnu/packages/django.scm, gnu/packages/dns.scm,
gnu/packages/elixir.scm, gnu/packages/emacs-xyz.scm, gnu/packages/emacs.scm,
gnu/packages/enlightenment.scm, gnu/packages/erlang.scm,
gnu/packages/fonts.scm, gnu/packages/fontutils.scm, gnu/packages/forth.scm,
gnu/packages/fvwm.scm, gnu/packages/games.scm, gnu/packages/gl.scm,
gnu/packages/gnome.scm, gnu/packages/gnunet.scm, gnu/packages/gnupg.scm,
gnu/packages/gtk.scm, gnu/packages/guile-wm.scm, gnu/packages/guile-xyz.scm,
gnu/packages/haskell-apps.scm, gnu/packages/haskell-check.scm,
gnu/packages/haskell-crypto.scm, gnu/packages/haskell-xyz.scm,
gnu/packages/haskell.scm, gnu/packages/image-viewers.scm,
gnu/packages/image.scm, gnu/packages/irc.scm, gnu/packages/language.scm,
gnu/packages/libcanberra.scm, gnu/packages/linux.scm,
gnu/packages/lisp-xyz.scm, gnu/packages/lisp.scm, gnu/packages/lolcode.scm,
gnu/packages/lxde.scm, gnu/packages/lxqt.scm, gnu/packages/mail.scm,
gnu/packages/markup.scm, gnu/packages/mate.scm, gnu/packages/maths.scm,
gnu/packages/mc.scm, gnu/packages/messaging.scm, gnu/packages/music.scm,
gnu/packages/ncurses.scm, gnu/packages/networking.scm,
gnu/packages/nickle.scm, gnu/packages/openbox.scm, gnu/packages/pdf.scm,
gnu/packages/perl-check.scm, gnu/packages/perl.scm,
gnu/packages/python-compression.scm, gnu/packages/python-crypto.scm,
gnu/packages/python-web.scm, gnu/packages/python-xyz.scm,
gnu/packages/python.scm, gnu/packages/qt.scm, gnu/packages/ruby.scm,
gnu/packages/rust.scm, gnu/packages/scheme.scm,
gnu/packages/serialization.scm, gnu/packages/shells.scm,
gnu/packages/ssh.scm, gnu/packages/suckless.scm, gnu/packages/tbb.scm,
gnu/packages/telephony.scm, gnu/packages/text-editors.scm,
gnu/packages/textutils.scm, gnu/packages/time.scm, gnu/packages/tls.scm,
gnu/packages/tor.scm, gnu/packages/version-control.scm,
gnu/packages/video.scm, gnu/packages/vim.scm, gnu/packages/web.scm,
gnu/packages/wm.scm, gnu/packages/xdisorg.scm, gnu/packages/xfce.scm,
gnu/packages/xml.scm, gnu/packages/xorg.scm, gnu/services/certbot.scm,
gnu/services/desktop.scm, gnu/services/version-control.scm,
gnu/services/web.scm, guix/import/hackage.scm, guix/licenses.scm: Likewise.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: glm: Update to 0.9.9.8.

* gnu/packages/patches/glm-restore-install-target.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/maths.scm (glm): Update to 0.9.9.8.
[arguments]: New field.

gnu: python-gevent: Update to 20.5.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-gevent): Update to 20.5.0.

gnu: libupnp: Do not build static libraries.

* gnu/packages/upnp.scm (libupnp)[arguments]: Add "--disable-static" in
 #:configure-flags.  Also remove "--enable-ipv6" as it is the default.

gnu: libupnp: Update to 1.12.1.

* gnu/packages/upnp.scm (libupnp): Update to 1.12.1.
[source]: Change to URL-FETCH with bootstrapped tarball.
[native-inputs]: Remove AUTOCONF, AUTOMAKE, and LIBTOOL.

gnu: jami: Remove obsolete wrapper.

* gnu/packages/jami.scm (jami)[inputs]: Change from
SQLITE-WITH-COLUMN-METADATA to SQLITE.
[arguments]: Remove 'wrap' phase.

news: Add ‘de’ translation.

* etc/news.scm: Add a ‘de’ translation.

gnu: samba: Update to 4.12.2.

* gnu/packages/samba.scm (samba): Update to 4.12.2.
[source]: Remove bundled python-iso8601 in a snippet.
[native-inputs]: Add perl-parse-yapp, python-iso8601, and
docbook-xml-4.2.  Move perl and python…
[inputs]: …to their proper home and remove libaio.

gnu: samba: Remove obsolete iniparser input.

* gnu/packages/samba.scm (samba)[inputs]: Remove iniparser.

gnu: fsarchiver: Edit synopsis & description.

* gnu/packages/file-systems.scm (fsarchiver)[synopsis, description]:
Fix spelling (file system, lose, …).  Edit for grammar and style (‘…allows you
to…’).  Provide more information about the package.

gnu: fsarchiver: Move to (gnu packages file-systems).

* gnu/packages/disk.scm (fsarchiver): Move this variable…
* gnu/packages/file-systems.scm (fsarchiver): …here.

gnu: simple-scan: Update to 3.36.2.1.

* gnu/packages/gnome.scm (simple-scan): Update to 3.36.2.1.

gnu: sudo: Support Python plug-ins.

* gnu/packages/admin.scm (sudo)[arguments]: Add ‘--enable-python’ to
CONFIGURE-FLAGS.
[inputs]: Add python and order alphabetically.

gnu: sudo: Use a versioned $(docdir).

* gnu/packages/admin.scm (sudo)[arguments]: Add versioned --docdir to
CONFIGURE-FLAGS.

gnu: sudo: Update to 1.9.0.

* gnu/packages/admin.scm (sudo): Update to 1.9.0.
[arguments]: Install example configuration to the right place
Move comments to where they don't confuse me.

doc: Specify the branch name in the title of a patch.

* doc/contributing.texi (Submitting Patches): Add branch name in the
title of a patch if different than master.

gnu: emacs-lsp-mode: Update to 6.3.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-lsp-mode): Update to 6.3.1.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-relint: Update to 1.17.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-relint): Update to 1.17.

gnu: r-mnormt: Update to 1.5-7.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mnormt): Update to 1.5-7.

gnu: r-zoo: Update to 1.8-8.

* gnu/packages/statistics.scm (r-zoo): Update to 1.8-8.

gnu: r-rocr: Update to 1.0-11.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rocr): Update to 1.0-11.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-sfsmisc: Update to 1.1-7.

* gnu/packages/statistics.scm (r-sfsmisc): Update to 1.1-7.

gnu: r-tidyr: Update to 1.0.3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-tidyr): Update to 1.0.3.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-tidyselect: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-tidyselect): Update to 1.1.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-git2r: Update to 0.27.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-git2r): Update to 0.27.1.

gnu: r-rlang: Update to 0.4.6.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rlang): Update to 0.4.6.

gnu: r-tam: Update to 3.5-19.

* gnu/packages/cran.scm (r-tam): Update to 3.5-19.

gnu: r-rpf: Update to 1.0.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-rpf): Update to 1.0.4.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-rsvg: Update to 2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-rsvg): Update to 2.0.

gnu: r-imager: Update to 0.42.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-imager): Update to 0.42.3.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-mda: Update to 0.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-mda): Update to 0.5.

gnu: r-showtext: Update to 0.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-showtext): Update to 0.8.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-sysfonts: Update to 0.8.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-sysfonts): Update to 0.8.1.

gnu: r-tidygraph: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-tidygraph): Update to 1.2.0.

gnu: r-polspline: Update to 1.1.18.

* gnu/packages/cran.scm (r-polspline): Update to 1.1.18.

gnu: r-adegenet: Update to 2.1.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-adegenet): Update to 2.1.3.

gnu: r-sf: Update to 0.9-3.

* gnu/packages/cran.scm (r-sf): Update to 0.9-3.

gnu: r-rematch2: Update to 2.1.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-rematch2): Update to 2.1.2.

gnu: r-valr: Update to 0.6.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-valr): Update to 0.6.1.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-protviz: Update to 0.6.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-protviz): Update to 0.6.8.

gnu: r-bigrquery: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-bigrquery): Update to 1.3.0.

gnu: r-gargle: Update to 0.5.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-gargle): Update to 0.5.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-rcppparallel: Update to 5.0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-rcppparallel): Update to 5.0.1.

gnu: r-npsurv: Update to 0.4-0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-npsurv): Update to 0.4-0.1.

gnu: r-lsei: Update to 1.2-0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-lsei): Update to 1.2-0.1.

gnu: r-performance: Update to 0.4.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-performance): Update to 0.4.6.

gnu: r-sjstats: Update to 0.18.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-sjstats): Update to 0.18.0.

gnu: r-writexl: Update to 1.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-writexl): Update to 1.3.

gnu: r-sjlabelled: Update to 1.1.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-sjlabelled): Update to 1.1.4.
[propagated-inputs]: Remove r-haven.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-officer: Update to 0.3.9.

* gnu/packages/cran.scm (r-officer): Update to 0.3.9.

gnu: r-ggpubr: Update to 0.3.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggpubr): Update to 0.3.0.
[propagated-inputs]: Add r-rstatix and r-tibble.

gnu: Add r-rstatix.

* gnu/packages/cran.scm (r-rstatix): New variable.

gnu: r-renv: Update to 0.10.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-renv): Update to 0.10.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-openxlsx: Update to 4.1.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-openxlsx): Update to 4.1.5.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-vim: Update to 6.0.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-vim): Update to 6.0.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-pillar: Update to 1.4.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-pillar): Update to 1.4.4.

gnu: r-vctrs: Update to 0.3.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-vctrs): Update to 0.3.0.

gnu: r-recipes: Update to 0.1.12.

* gnu/packages/cran.scm (r-recipes): Update to 0.1.12.

gnu: r-extremes: Update to 2.0-12.

* gnu/packages/cran.scm (r-extremes): Update to 2.0-12.

gnu: r-circlize: Update to 0.4.9.

* gnu/packages/cran.scm (r-circlize): Update to 0.4.9.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-pkgbuild: Update to 1.0.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-pkgbuild): Update to 1.0.8.