gnu: a2ps: Fix CVE-2015-8107.

* gnu/packages/pretty-print.scm (a2ps)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/a2ps-CVE-2015-8107.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

gnu: mupdf: Update to 1.15.0 [fixes CVE-2018-18662, CVE-2018-19777,
CVE-2018-1988{1,2}, CVE-2019-613{0,1}, CVE-2019-7321].

* gnu/packages/pdf.scm (mupdf): Update to 1.15.0.
[source]: Update source snippet.

gnu: mujs: Update to 1.0.6 [fixes CVE-2019-1141{1,2,3}, CVE-2019-12798].

* gnu/packages/javascript.scm (mujs): Update to 1.0.6.
[source]: Download using url-fetch.
[arguments]: Update 'install-shared-library phase.
[home-page]: Update to new home-page.

gnu: plib: Fix CVE-2011-4620, CVE-2012-4552.

* gnu/packages/game-development.scm (plib)[patches]: Add patches.
* gnu/packages/patches/plib-CVE-2011-4620.patch,
gnu/packages/patches/plib-CVE-2012-4552.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register them.

gnu: python-gnupg: Update to 0.4.4 [fixes CVE-2019-6690].

* gnu/packages/gnupg.scm (python-gnupg): Update to 0.4.4.

gnu: gpgme: Add updater properties.

* gnu/packages/gnupg.scm (gpgme)[properties]: New field. Add ftp-server,
ftp-directory.

gnu: npth: Add updater properties.

* gnu/packages/gnupg.scm (npth)[properties]: New field. Add ftp-server,
ftp-directory.

gnu: gpa: Update to 0.10.0.

* gnu/packages/gnupg.scm (gpa): Update to 0.10.0.

gnu: gpa: Add updater properties.

* gnu/packages/gnupg.scm (gpa)[properties]: New field, add ftp-server,
ftp-directory.

gnu: postgresql@9: Update to 9.6.14 [fixes CVE-2018-1058, CVE-2019-9193]

* gnu/packages/databases.scm (postgresql@9): Update to 9.6.14.

gnu: gnupg: Update to 2.2.17.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg): Update to 2.2.17.

gnu: icecat: Update to 60.8.0-guix1 [security fixes].

Includes fixes for CVE-2019-9811, CVE-2019-11709, CVE-2019-11711,
CVE-2019-11712, CVE-2019-11713, CVE-2019-11715, CVE-2019-11717,
CVE-2019-11719, CVE-2019-11729, and CVE-2019-11730.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (%icecat-version): Update to 60.8.0-guix1.
(icecat-source)[upstream-firefox-source]: Update hash.
(icecat): Refresh some stale comments.

gnu: ungoogled-chromium: Increase build timeout.

* gnu/packages/chromium.scm (ungoogled-chromium)[properties]: Set TIMEOUT to
40 hours.

gnu: iproute2: Update to 5.2.0.

* gnu/packages/linux.scm (iproute): Update to 5.2.0.

gnu: python-internetarchive: Update to 1.8.5.

* gnu/packages/web.scm (python-internetarchive)[version]: Update to 1.8.5.
[source](modules, snippet): New fields.

gnu: wgetpaste: Update to 2.29.

* gnu/packages/wget.scm (wgetpaste): Update to 2.29.
[arguments]: Replace default paste service. Install license file.

gnu: emacs-stumpwm-mode: Update to 0.0.1-1.8fbe071.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-stumpwm-mode): Update to 0.0.1-1.8fbe071.

gnu: r-biocinstaller: Remove entirely.

This follows up on commit 0971f8bd884b6e92b77d9e12030cd58279699183,
which led to ‘r-biocmanager: unbound variable’ errors.  See
<https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2019-07/msg00120.html>.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocinstaller): Remove variable.

gnu: Add anonip.

* gnu/packages/web.scm (anonip): New variable.

gnu: snap: Update to 5.0.1.

* gnu/packages/education.scm (snap): Update to 5.0.1.

gnu: musescore: Update to 3.2.3.

* gnu/packages/music.scm (musescore): Update to 3.2.3.

gnu: libmicrohttpd: Update to 0.9.65.

* gnu/packages/gnunet.scm (libmicrohttpd): Update to 0.9.65.

gnu: grub: Build ‘grub-mount’.

This increases the closure size by a mere 1.8 MiB (0.8%).

* gnu/packages/bootloaders.scm (grub)[inputs]: Add fuse.

gnu: grub: Update to 2.04.

* gnu/packages/bootloaders.scm (grub): Update to 2.04.
[source]: Remove upstreamed patches.
[arguments]: Don't require Python.  Add a ‘disable-pixel-perfect-test’
phase to skip tests that fail with with our newer Unifont.
* gnu/packages/patches/grub-efi-fat-serial-number.patch: Adjust context.
* gnu/packages/patches/grub-binutils-compat.patch,
gnu/packages/patches/grub-check-error-efibootmgr.patch: Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.

guix-install.sh: Don't initialise ~/.gnupg.

* etc/guix-install.sh (chk_gpg_keyring): Call gpg with ‘--dry-run’.

guix-install.sh: Check for PGP key separately.

* etc/guix-install.sh (chk_gpg_keyring): New function to handle the
public key check previously stuffed into chk_require.
(main): Call it.

discovery: Handle edge case in scheme-files when looking at symlinks.

Previously, this code would cause crashes in Guix (running guix package -s for
example) which could be experienced when Emacs creates temporary files in the
gnu/packages/patches directory when a patch file has been edited, but not
saved.

* guix/discovery.scm (scheme-files): Add else clause to cond used when
handling symlinks.

guix-install.sh: Add missing ‘local’ declaration.

* etc/guix-install.sh (chk_require): Make $c local.

guix-install.sh: Treat REQUIRE as the array it is.

Don't flatten it into a string only to split it again later.

* etc/guix-install.sh (chk_require): Iterate over array elements, not
string tokens.
(main): Pass $REQUIRE as an array of arguments.

scripts: environment: Add --no-cwd.

* doc/guix.texi (Invoking guix environment): Add --no-cwd.
* guix/scripts/environment.scm (show-help, %options): Add --no-cwd.
(launch-environment/container): Add 'map-cwd?' param; only add mapping
for cwd if #t.  Only change to cwd within container if #t, otherwise
home.
(guix-environment): Error if --no-cwd without --container.  Provide
'(not no-cwd?)' to launch-environment/container as 'map-cwd?'.
* tests/guix-environment.sh: Add test for no-cwd.

Co-authored-by: Mike Gerwitz <mtg@gnu.org>

scripts: environment: Only rewrite user-specified mappings.

* guix/scripts/environment.scm (launch-environment/container): Only
  apply override-user-mappings to user-mappings and cwd. Do not apply to
  network configuration mapping and inputs.

gnu: Remove r-biocinstaller.

It requires R < 3.6 and is no longer supported.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocinstaller): Define as
deprecated in favour of r-biocmanager.

gnu: r-xbioc: Update to 0.1.16-1.6ff0670.

This is needed to deprecate r-biocinstaller, which is no longer
distributed.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-xbioc): Update to 0.1.16-1.6ff0670.
[propagated-inputs]: Replace deprecated r-biocinstaller with
r-biocmanager.

gnu: cmh: Fix build.

This follows up on commit 1de48e8f8afec23847458c533d2fae0d69d8942a.

* gnu/packages/algebra.scm (fplll-4-cmh): New variable.
(cmh)[inputs]: Use it.

gnu: libomp: Download over HTTPS.

* gnu/packages/llvm.scm (libomp)[source]: Use HTTPS.

gnu: libomp: Fix source hash.

This is a follow-up to commit c5296e205b65a9b53553cf45be2ab223d5e82df5,
which updated llvm.

* gnu/packages/llvm.scm (libomp)[source]: Fix hash.

gnu: r-txdb-mmusculus-ucsc-mm10-knowngene: Update to 3.4.7.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-txdb-mmusculus-ucsc-mm10-knowngene):
Update to 3.4.7.

gnu: Add emacs-polymode-org.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-polymode-org): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-polymode: Update to 0.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-polymode): Update to 0.2.
[source]: Change URL of Git repository to Polymode GitHub project.
[homepage]: Change URL to polymode GitHub project.
[description]: Realign text.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: i3blocks: Update to ec050e7.

* gnu/packages/wm.scm (i3blocks): Update to ec050e7.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: dosfstools: Enable compat symlinks.

Enable compatibility symlinks to provide commands such as `mkfs.vfat`.

* gnu/packages/disk.scm (dosfstools)[arguments]: Pass
"--enable-compat-symlinks" to configure.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: wireservice: New wireservice-package macro.

Replace the parent 'base-package' variable with a 'wireservice-package' macro
that includes all common package fields.

* gnu/packages/wireservice.scm (base-package): Delete.
(wireservice-package): New macro.
(python-leather, python-agate, python-agate-sql, python-agate-dbf,
python-agate-excel): Use wireservice-package.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

channels: Key cached channel derivations by system.

Previously, the channel instance to derivation mapping would be
independent of the system.  Thus, building the same channel instance for
several different systems would always return the derivation that was
first computed.

This is a followup to c3ab921eed2a471022e9863a94ea521508782e53.

* guix/channels.scm (channel-instance-derivations)[instance->derivation]:
Pass the current system as a third argument to 'mcached'.

gnu: gama: Update to 2.06.

* gnu/packages/gps.scm (gama): Update to 2.06.

gnu: diffoscope: Update to 116.

* gnu/packages/package-management (diffoscope): Update to 116.

gnu: Add csvkit.

* gnu/packages/wireservice.scm (csvkit): New variable.
* gnu/packages/patches/csvkit-fix-tests.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-agate-excel.

* gnu/packages/wireservice.scm (python-agate-excel): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-agate-dbf.

* gnu/packages/wireservice.scm (python-agate-dbf): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-agate-sql.

* gnu/packages/wireservice.scm (python-agate-sql): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-agate.

* gnu/packages/wireservice.scm (python-agate): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-leather.

* gnu/packages/wireservice.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-dbfread.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-dbfread): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-crate.

* gnu/packages/databases.scm (python-crate): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-pytimeparse.

* gnu/packages/time.scm (python-pytimeparse): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-slugify.

* gnu/packages/python-web.scm (python-slugify): New variable.
* gnu/packages/patches/python-slugify-depend-on-unidecode.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-moe-theme-el.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-moe-theme-el): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-goto-chg: Update to 1.7.3-1.1829a13.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-goto-chg): Update to 1.7.3-1.1829a13.
[origin]: Use GIT-FETCH and GIT-REFERENCE.
[home-page]: Update.
[inputs]: Add emacs-undo-tree.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-hydra: Update to 0.15.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-hydra): Update to 0.15.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-lpy.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-lpy): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-md4rd: Update to 0.3.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-md4rd): Update to 0.3.1.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-zoutline: Update to 0.2.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-zoutline): Update to 0.2.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-restclient: Update to 0-2.422ee8d.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-restclient): Update to 0-2.422ee8d.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-disk-usage: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-disk-usage)[source]: Use GIT-FETCH and GIT-FILE-NAME.
[home-page] Move to usual location.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-fish-completion: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-fish-completion)[source]: Use GIT-FETCH
  and GIT-FILE-NAME.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-company-restclient: Update to 0.3.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-company-restclient): Update to 0.3.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-skewer-mode: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-skewer-mode): Update to 1.8.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-simple-httpd: Update to 1.5.1.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-simple-httpd): Update to 1.5.1.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-git-timemachine: Update to 4.10.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-git-timemachine): Update to 4.10.
[propagated-inputs] Add emacs-transient.
[source] Use GIT-FETCH and GIT-REFERENCE.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

build: Remove outdated 'release.nix'.

This file had been unmaintained and probably broken since ~2013.

* release.nix: Remove.
* Makefile.am (EXTRA_DIST): Adjust accordingly.

build: Add 'doc/build.scm' to build on-line copies of the manual.

* doc/build.scm: New file.
* Makefile.am (EXTRA_DIST): Add it.

gnu: wine-staging: Update to 4.12.1.

* gnu/packages/wine.scm (wine-staging-patchset-data): Update to 4.12.1.
* gnu/packages/wine.scm (wine-staging): Update to 4.12.1.

gnu: Update lollypop to 1.1.3.1.

* gnu/packages/gnome.scm (lollypop): Update to 1.1.3.1.
[inputs]: Add python-pil.

self: Ship the (gnu machine …) modules.

This is a followup to commit fa9edf09e992db7510c7471486dffc93e1e707e5.

* guix/self.scm (compiled-guix)[*system-modules*]: Explicitly add all of
gnu/machine/*.

gnu: xpad: Build against gtksourceview@3.

* gnu/packages/gnome.scm (xpad)[inputs]: Change GTKSOURCEVIEW to GTKSOURCEVIEW-3.

gnu: jsoncpp: Update to 1.9.0.

* gnu/packages/serialization.scm (jsoncpp): Update to 1.9.0.

gnu: jsoncpp: Fetch sources through git.

* gnu/packages/serialization.scm (jsoncpp)[source]: Switch to GIT-FETCH.

gnu: libraw: Update to 0.19.3.

* gnu/packages/photo.scm (libraw): Update to 0.19.3.

gnu: python-soupsieve: Update to 1.9.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-soupsieve): Update to 1.9.2.

gnu: python-setuptools: Update to 41.0.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-setuptools): Update to 41.0.1.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: python-olefile: Update to 0.46.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-olefile): Update to 0.46.
[source]: Switch to release tarball instead of git snapshot.

Remove references to non-existent 'tests/machine.scm'.

* Makefile.am (SCM_TESTS): Remove 'tests/machine.scm' line.

tests: encrypted-root-os: Increase root partition size.

1.2G had become slightly too small on x86_64.

* gnu/tests/install.scm (%encrypted-root-installation-script): Increase
root partition size to 1.3G.

ci: 'channel-build-system' honors the target system.

Fixes a bug made evident e79281be105b16153c375af5506db31fd1e32698: the
x86_64-linux derivation of 'current-guix' would be cached and reused for
i686-linux, leading to test
failures.

Namely, /run/current-system/profile/bin/guix would have an x86_64
binary in its shebang, and thus it would end up being interpreted by
/bin/sh, which would fail like this:

  + guix --version
  /run/current-system/profile/bin/guix: line 2: !#: command not found
  /run/current-system/profile/bin/guix: line 3: syntax error near unexpected token `set!'
  /run/current-system/profile/bin/guix: line 3: `(begin (set! %load-path …

See <https://ci.guix.gnu.org/build/1431119/details>.

* gnu/ci.scm (channel-build-system)[build]: Pass #:system to
'run-with-store'.

channels: Simplify 'channel-instances->manifest'.

* guix/channels.scm (channel-instances->manifest)[instance->entry]:
Change to take two arguments instead of a tuple.  Turn into a
non-monadic procedure.
Call it via 'map' instead of 'mapm'.

gnu: wine-staging: Update to 4.12.

* gnu/packages/wine.scm (wine-staging-patchset-data): Update to 4.12.
* gnu/packages/wine.scm (wine-staging): Update to 4.12.

linux-container: Mount a new /dev/pts instance in the container.

Fixes <https://bugs.gnu.org/36463>.
Reported by Steffen Rytter Postas <nc@scalehost.eu>.

* gnu/build/linux-container.scm (mount-file-systems): When /dev/ptmx
exists on the host, explicitly mount a new instance of devpts and make
/dev/ptmx a symlink to /dev/pts/ptmx.

gnu: grammalecte: Update to 1.2.

* gnu/packages/dictionaries.scm (grammalecte): Update to 1.2.

doc: Add section for 'guix deploy'.

* doc/guix.texi: Add section "Invoking guix deploy".

Add 'guix deploy'.

* guix/scripts/deploy.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.

gnu: Add machine type for deployment specifications.

* gnu/machine.scm: New file.
* gnu/machine/ssh.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

ssh: Add 'identity' keyword to 'open-ssh-session'.

* guix/ssh.scm (open-ssh-session): Add 'identity' keyword argument.

Revert "gnu: Add sbcl-cl-xmlspam."

The sbcl-cl-xmlspam package currently has no license information, which
makes it non-free.

Furthermore, the invalid 'license' field prevents evaluation from
completing.

This reverts commit ec982546941b59fdd14e0b08f023baf2e75d71a3.

Revert "gnu: Add sbcl-dbus."

Remove sbcl-dbus because it depends on sbcl-cl-xmlspam, which is
currently non-free.

This reverts commit 7af213fefe3608a80c9f0a7e91f0c79051aff16f.

gnu: emacsy: Remove big 'texlive' dependency.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (emacsy)[inputs]: Replace TEXLIVE by a
'texlive-union' call.

gnu: hugin: Build against Exiv2 0.26.

* gnu/packages/image.scm (exiv2-0.26): New variable.
* gnu/packages/photo.scm (hugin)[inputs]: Use it instead of EXIV2.

gnu: nanopolish: Update to 0.11.1-1.6331dc4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (nanopolish): Update to 0.11.1-1.6331dc4.

gnu: Add sbcl-dbus.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-dbus): New variable.

gnu: Add sbcl-cl-xmlspam.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-cl-xmlspam): New variable.

gnu: sbcl-trivia.trivial: Resolve Lisp type dynamically.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-trivia.trivial)[arguments]: Use %lisp-type
instead of hard-coding "sbcl".

gnu: Add sbcl-cxml.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-cxml): New variable.