syscalls: clone: Define syscall-id for aarch64.

* guix/build/syscalls.scm (clone): Define syscall-id for aarch64 machines.

lint: Remove extra newline.

* guix/scripts/lint.scm (check-for-updates): Remove trailing "~%".

gnu: network-manager-openvpn: Update to 1.8.10.

* gnu/packages/gnome.scm (network-manager-openvpn): Update to 1.8.10.

gnu: network-manager: Update to 1.8.4.

* gnu/packages/gnome.scm (network-manager): Update to 1.8.4.
(network-manager-applet): Likewise.

gnu: qemu: Add sysconfdir to configure-flags.

* gnu/packages/virtualization.scm (qemu): Add sysconfdir to configure-flags.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-org2web.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-org2web): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add emacs-el2org.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-el2org): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add emacs-mustache.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-mustache): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: no-more-secrets: Update to 0.3.3.

* gnu/packages/games.scm (no-more-secrets): Update to 0.3.3.

gnu: meson: Update to 0.42.1.

* gnu/packages/build-tools.scm (meson, meson-for-build): Update to 0.42.1.

gnu: smartmontools: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/admin.scm (smartmontools)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: mit-krb5: Replace with 1.15.2 [fixes CVE-2017-{11368,11462}].

* gnu/packages/kerberos.scm (mit-krb5)[replacement]: New field.
(mit-krb5-1.15.2): New variable.

guix: lint: Add checker for new upstream versions.

* guix/scripts/lint.scm (check-for-updates): New procedure.
(%checkers): Add it.
* guix/scripts/refresh.scm (importer-modules, %updaters): Move
from here ...
* guix/upstream.scm: ... to here.

gnu: gnurl: Let the testsuite run test1026.

* gnu/packages/gnunet.scm (gnurl)[argument]: Remove
'(delete-file "tests/data/test1026")' and the comments related to it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: gnurl: Update to 7.56.0.

* gnu/packages/gnunet.scm (gnurl): Update to 7.56.0.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add guile-colorized.

* gnu/packages/guile.scm (guile-colorized): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

activation: Do not create setuid binaries in the store [security fix].

Fixes <https://bugs.gnu.org/28751>.

* gnu/build/activation.scm (activate-setuid-programs)[link-or-copy]: Remove.
Use 'copy-file' instead.

gnu: borg: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/backup.scm (borg): Update to 1.1.0.
[native-inputs]: Replace python-sphinx-rtd-theme with
python-guzzle-sphinx-theme.

gnu: Add python-guzzle-sphinx-theme.

* gnu/packages/python.scm (python-guzzle-sphinx-theme,
python2-guzzle-sphinx-theme): New variables.

Co-authored-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: kdevelop: Do not hardcode user profile locations in wrapper.

* gnu/packages/kde.scm (kdevelop): [arguments]: Do not add
  ${HOME}/.guix-profile/{share,lib/plugins} to XDG_DATA_DIRS and
  QT_PLUGIN_PATH when wrapping the executable.

tests: databases: Add a simple test for MySQL.

Previously, the activation phase for this service caused some systems using it
to not boot. This test checks that it's possible to boot a system using it,
and at least start the service.

* gnu/tests/databases.scm (%mysql-os, %test-mysql): New variables.
  (run-mysql-test): New procedure.

linux-initrd: Ensure that the guile used in the initrd is referenced.

By referencing guile from the initrd output explicitly, it will be present in
the store when this initrd is used. If the exact guile used within the initrd
isn't present in the store, then after root is switched during the boot
process, loading modules (such as (ice-9 popen)) won't work.

This fixes guix-patches bug #28399, "Fix mysql activation, and add a basic
test".

* gnu/system/linux-initrd.scm (expression->initrd)[builder]: Write out a file
  called references in to the initrd output, which includes the store path for
  guile.

gnu: youtube-dl: Update to 2017.10.07.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2017.10.07.

gnu: offlineimap: Update to 7.1.3.

* gnu/packages/mail.scm (offlineimap): Update to 7.1.3.

services: Remove unneeded imported.

This caused a circular dependency.
Reported by Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>
at <https://lists.gnu.org/archive/html/help-guix/2017-10/msg00021.html>.

* gnu/services/networking.scm: Remove unneeded import of (gnu system
base).

gnu: gnome-calendar: Update to 3.26.2.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-calendar): Update to 3.26.2.

gnu: par2cmdline: Update to 0.7.4.

* gnu/packages/backup.scm (par2cmdline): Update to 0.7.4.

gnu: munge: Update to 0.5.13.

* gnu/packages/admin.scm (munge): Update to 0.5.13.

gnu: aisleriot: Update to 3.22.3.

* gnu/packages/gnome.scm (aisleriot): Update to 3.22.3.
[inputs]: Use guile-2.2 instead of guile-2.0.

gnu: Add missing mongodb patch to local.mk.

* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add the
  mongodb-support-unknown-linux-distributions.patch.

web: Add nginx-documentation.

* gnu/packages/web.scm (nginx): Add comment about updating the documentation.
  (nginx-xslscript): New variable.
  (nginx-documentation): New variable.

perl: Add perl-parse-recdescent.

* gnu/packages/perl.scm (perl-parse-recdescent): New variable.

gnu: Add missing input to python-py3status and fix call path.

file is used to determine configuration file encoding and py3status fails to
start when this tool is missing.

* gnu/packages/python.scm (python-py3status)[inputs]: Add file.
  [arguments]: Modify phases to patch py3status to call file with an absolute
  path.

pull: Add GUIX_PULL_URL environment variable.

* guix/scripts/pull.scm (%repository-url): Add GUIX_PULL_URL environment
  variable.
* doc/guix.texi (Invoking guix pull): Mention GUIX_PULL_URL.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: sdl: Add debug output.

* gnu/packages/sdl.scm (sdl, sdl-gfx, sdl-image, sdl-mixer, sdl-net, sdl-ttf):
  Add debug output.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: getmail: Update to 5.4.

* gnu/packages/mail.scm (getmail): Update to 5.4.

gnu: khal: Update to 0.9.8.

* gnu/packages/calendar.scm (khal): Update to 0.9.8.
[arguments]: Make sure to stop building if the documentation fails to
build.  Skip some failing tests.

pull: Honor 'parallel-job-count'.

* guix/build/pull.scm (build-guix): Use 'n-par-for-each' and honor
'parallel-job-count'.

store: Add missing import.

* guix/store.scm: Use (ice-9 format).

gnu: zile: Update to 2.4.14.

* gnu/packages/zile.scm (zile): Update to 2.4.14.

guix package: '--upgrade' no longer reverses package order.

Reported by Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>
at <https://lists.gnu.org/archive/html/help-guix/2017-10/msg00000.html>.

* guix/scripts/package.scm (options->installable)[upgraded]: Use
'fold-right' instead of 'fold'.

gnu: vsearch: Update to 2.5.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (vsearch): Update to 2.5.0.

gnu: linux-libre: Update to 4.13.5.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.13.5.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.53.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.53.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.90.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.90.

system: Really filter out Linux device names for the store.

This is a followup to db4e8fd5d4a07d3be8ce68fb96722ef7077c0eee.
Fixes <https://bugs.gnu.org/28445>.
Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* gnu/system.scm (ensure-not-/dev): New procedure.
(read-boot-parameters)[ensure-not-/dev]: Remove.
(operating-system-boot-parameters): Use it.

services: Add MongoDB.

* gnu/services/databases.scm (%default-mongodb-configuration-file,
  %mongodb-accounts, mongodb-service-type): New variables.
  (<mongodb-configuration>): New record type.
  (mongodb-activation, mongodb-shepherd-service): New procedures.
* gnu/tests/databases.scm (%test-mongodb): New variable.
* doc/guix.texi (Database Services): Add MongoDB documentation.

gnu: Add mongodb.

* gnu/packages/databases.scm (mongodb): New variable.

gnu: btrfs-progs: Update to 4.13.2.

* gnu/packages/linux.scm (btrfs-progs): Update to 4.13.2.

gnu: glibc-locales: Use 'modify-phases' syntax.

* gnu/packages/base.scm (glibc-locales)[arguments]: Use 'modify-phases'
syntax.

gnu: guix: Update development snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 8b920d7.

import: Use a 'file://' URL in 'alist->package' test.

* tests/import-utils.scm ("alist->package with simple source"): Use a
'file://' URL.

uuid: Fix typo in 'uuid=?' test.

* tests/uuid.scm ("uuid=?"): Change to 'test-assert'.

gnu: dconf: Update to 0.26.1.

* gnu/packages/gnome.scm (dconf): Update to 0.26.1.

gnu: glade: Update to 3.20.1.

* gnu/packages/gnome.scm (glade): Update to 3.20.1.

gnu: tor: Enable directory protocol compression.

* gnu/packages/tor.scm (tor)[native-inputs]: Add pkg-config.
[inputs]: Add xz and zstd.

gnu: tor: Fix typo.

* gnu/packages/tor.scm (tor)[inputs]: Move unquote to its operand.

gnu: octave: Reference makeinfo with absolute path.

* gnu/packages/maths.scm (octave)[arguments]: Add configure-makeinfo phase.
[inputs]: Add texinfo.
[native-inputs]: Remove texinfo.

publish: Cache uncompressed nars as well.

Fixes <https://bugs.gnu.org/28664>.
Reported by Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>.

* guix/scripts/publish.scm (bake-narinfo+nar): When COMPRESSION is
'none, write NAR instead of doing nothing.
(make-request-handler): Use 'render-nar/cached' for /nar URLs with no
compression.
* tests/publish.scm ("with cache", "with cache, uncompressed"): Adjust
expected result accordingly.

gnu: vte-ng: Update to 0.50.1.a.

* gnu/packages/gnome.scm (vte-ng): Update to 0.50.1.a.

gnu: openjpeg: Update to 2.3.0.

* gnu/packages/patches/openjpeg-CVE-2017-12982.patch,
gnu/packages/patches/openjpeg-CVE-2017-14040.patch,
gnu/packages/patches/openjpeg-CVE-2017-14041.patch,
gnu/packages/patches/openjpeg-CVE-2017-14151.patch,
gnu/packages/patches/openjpeg-CVE-2017-14152.patch,
gnu/packages/patches/openjpeg-CVE-2017-14164.patch: Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.
* gnu/packages/image.scm (openjpeg): Update to 2.3.0.
[source](patches): Remove.
* gnu/packages/gstreamer.scm (gst-plugins-bad)[arguments]: Adjust openjpeg
substitution.

gnu: imagemagick: Update to 6.9.9-18.

Fixes <https://bugs.gnu.org/28692>.
Reported by Diego Nicola Barbato <dnbarbato@posteo.de>.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.9-18.

gnu: libpng@1.2: Update to 1.2.59.

* gnu/packages/image.scm (libpng-1.2): Update to 1.2.59.

gnu: certbot, python-acme: Update to 0.19.0.

* gnu/packages/tls.scm (certbot, python-acme): Update to 0.19.0.

gnu: lightning: Update to 2.1.2.

* gnu/packages/assembly.scm (lightning): Update to 2.1.2.

gnu: Add pdsh.

* gnu/packages/ssh.scm (pdsh): New variable.

gnu: Add imb-openmpi.

* gnu/packages/benchmark.scm (imb): New procedure.
(imb-openmpi): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

guix system: Error out when passed a wrong file system UUID/label.

* guix/scripts/system.scm (check-file-system-availability): New
procedure.
(perform-action): Use it.

file-systems: Add a 'location' field to <file-system>.

* gnu/system/file-systems.scm (<file-system>)[location]: New field.

uuid: Add 'uuid=?' and use it.

* gnu/system/uuid.scm (uuid=?): New procedure.
* tests/uuid.scm ("uuid=?"): New test.
* gnu/build/file-systems.scm (partition-uuid-predicate)
(luks-partition-uuid-predicate): Use it instead of 'bytevector=?'.

gnu: Add python-numpy-next.

* gnu/packages/python.scm (python-numpy-next, python2-numpy-next): New
variables.

Revert "gnu: python-numpy: Update to 1.13.1."

This reverts commit 025b196d9b739418dd9d305864fdb1fb1d0d5af2.

This is necessary as neither the current release nor the latest development
version of python-pandas can be build with numpy 1.13.x.

gnu: curl: Update replacement to 7.56.0 [security fixes].

Fixes CVE-2017-1000254.
See <https://curl.haxx.se/docs/adv_20171004.html> for details.

* gnu/packages/curl.scm (curl)[replacement]: Update to 7.56.0.
(curl-7.55.0): Rename to ...
(curl-7.56.0): ... this.
[arguments]: Remove 'fix-Makefile' phase.
[source]: Remove patch.
* gnu/packages/patches/curl-bounds-check.patch: Delete it.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: go: update to 1.9.1 [security fixes].

See the release announcement and bug reports for more details about the
security issues fixed in this release:

https://groups.google.com/forum/m/#!topic/golang-nuts/sHfMg4gZNps
https://golang.org/issue/22125
https://golang.org/issue/22134

* gnu/packages/golang.scm (go-1.9): Update to 1.9.1.

gnu: xorg-server: Update to 1.19.4 [fixes CVE-2017-13721, CVE-2017-13723].

The GPG signature for the bz2 tarball is bad, but the checksum matches the
signed release announcement, and contents are identical to the good .gz.

* gnu/packages/xorg.scm (xorg-server): Update to 1.19.4.
[source]: Remove obsolete patches.
* gnu/packages/patches/xorg-server-CVE-2017-10971.patch,
gnu/packages/patches/xorg-server-CVE-2017-10972.patch: Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.

gnu: mutt: Update to 1.9.1.

* gnu/packages/mail.scm (mutt): Update to 1.9.1.

gnu: isync: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/mail.scm (isync): Update to 1.3.0.
[native-inputs]: Add perl.

gnu: Add python-parameterized.

* gnu/packages/check.scm (python-parameterized, python2-parameterized): New
variables.

gnu: python-numexpr: Update to 2.6.4.

* gnu/packages/python.scm (python-numexpr): Update to 2.6.4.

gnu: python-numpy: Give sh store location instead of setting $SHELL.

* gnu/packages/python.scm (python-numpy): [arguments] Don't set $SHELL in the
  environment, but embed the store location of bash-minimal as a default
  shell.  Otherwise, we have to set $SHELL for every package which uses
  numpy's distutils.

gnu: virtuoso-ose: Limit to 64-bit platforms.

* gnu/packages/databases.scm (virtuoso-ose)[supported-systems]: New field.

gnu: emacs-pyim: Fix error input name

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-pyim): Fix error input name.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: emacs-slime: Update to 2.20.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-slime): Update to 2.20.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: clisp: Update to 2.49-60.

* gnu/packages/lisp.scm (clisp): Update to 2.49-60.
[source]: Download mercurial repository, apply patch.
[inputs]: Replace readline@6.2 with readline, add ncurses.
[arguments]: Add multiple configure flags. Remove build phase to build
in "src" directory. Remove more uses of a timestamp.

gnu: Standardise indentation of finance module imports.

* gnu/packages/finance.scm (define-module): Use 2 space indentation.

vm: Add disk-image-size to <virtual-machine>.

* gnu/system/vm.scm (<virtual-machine>): Add disk-image-size.
  (port-forwardings->qemu-options): Use disk-image-size from
  <virtual-machine>.

vm: Add a minimum root size.

* gnu/system/vm.scm (qemu-image): When guessing the root-size, use a lower
  bound of 20 MiB, otherwise the root file system size is sometimes 0 MiB in
  size.

gnu: Add snd.

* gnu/packages/audio.scm (snd): New variable.

gnu: awscli: Update to 1.11.164.

* gnu/packages/python.scm (awscli): Update to 1.11.164.

gnu: openssh: Update to 7.6p1.

* gnu/packages/ssh.scm (openssh): Update to 7.6p1.

gnu: vte-ng: Update to 0.50.0.a.

* gnu/packages/gnome.scm (vte-ng): Update to 0.50.0.a.

gnu: qemu: Update to 2.10.1.

* gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-13711.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2017-14167.patch: Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.
* gnu/packages/virtualization.scm (qemu): Update to 2.10.1.
[source](patches): Remove.

gnu: imagemagick: Update to 6.9.9-17.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.9-17.

gnu: p11-kit: Update to 0.23.9.

* gnu/packages/tls.scm (p11-kit): Update to 0.23.9.

gnu: libsodium: Update to 1.0.15.

* gnu/packages/crypto.scm (libsodium): Update to 1.0.15.

gnu: python-nose-timer: Add missing patch.

* gnu/packages/patches/python-nose-timer-drop-ordereddict.patch: New file.
* gnu/local.mk: Add it.

gnu: Add heimdall.

* gnu/packages/flashing-tools.scm (heimdall): New variable.

Co-Authored-By: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: Add java-osgi-service-packageadmin.

* gnu/packages/java.scm (java-osgi-service-packageadmin): New variable.

gnu: Add java-osgi-service-cm.

* gnu/packages/java.scm (java-osgi-service-cm): New variable.

gnu: Add java-osgi-util-tracker.

* gnu/packages/java.scm (java-osgi-util-tracker): New variable.