Merge branch 'master' into core-updates

Conflicts:
guix/packages.scm

gnu: lapack: Use origin snippet to remove the non-free files.

* gnu/packages/maths.scm (lapack): Add 'snippet' field with contents of
  former 'remove-non-free-files' phase; remove that phase.

packages: Add a 'snippet' field to <origin>.

* guix/packages.scm (<origin>): Add 'snippet', 'modules', and
  'imported-modules' fields.
  (patch-and-repack): Make 'inputs' a keyword parameter.  Add 'snippet',
  'modules', and 'imported-modules' parameters.  Accept SOURCE as a raw
  file name.  Insert SNIPPET in BUILDER.  Pass IMPORTED-MODULES to
  'build-expression->derivation'.
  (package-source-derivation): Pass the extra arguments to
  'patch-and-repack'.
* tests/packages.scm ("package-source-derivation, snippet"): New test.
* doc/guix.texi (Defining Packages): Mention the 'patches' and 'snippet'
  fields.
  (Invoking guix build): Tell that --source has patches and snippets
  applied.
  (Software Freedom): Mention packages that contain non-free code.

doc: Document current security issue with substitutes.

Suggested by Mark H. Weaver <mhw@netris.org>.

* doc/guix.texi (Features): Add note about unauthenticated binaries.

doc: Improve documentation of '--no-substitutes'.

Suggested by Mark H. Weaver <mhw@netris.org>.

* doc/guix.texi (Invoking guix package): Spell out the --no-substitutes
  documentation.
  (Invoking guix build): Use the more complete --no-substitutes
  documentation.
  (Invoking guix-daemon): Explain the interaction with what clients ask
  for.

gnu: Add LAPACK.

* gnu/packages/maths.scm (lapack): New variable.

Add indentation rule for 'origin'.

tests: Fix max-silent-time test.

* tests/derivations.scm ("build-expression->derivation and
  max-silent-time"): Use STORE instead of %STORE.  Change BUILDER to
  succeed by default.  Return #f when no exception is raised.

tests: Add the builder as an input to raw derivations.

* tests/derivations.scm ("build derivation with 1 source",
  "derivation with local file as input",
  "derivation with a fixed-output input",
  "multiple-output derivation",
  "multiple-output derivation, non-alphabetic order",
  "user of multiple-output derivation"): Add %BASH as an input, needed
  in chroot builds.

gnu: mit-krb5: don't assume arguments are evaluated right-to-left.

* gnu/packages/patches/mit-krb5-init-fix.patch: New file.
* gnu/packages/mit-krb5.scm (mit-krb5): Apply patch at the end of the custom
  unpack phase.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add patch.

Add mips64el-linux to the list of supported systems.

* m4/guix.m4 (GUIX_ASSERT_SUPPORTED_SYSTEM): Add mips64el-linux to the list of
  supported systems.

gnu: add bootstrap support for mips64el-linux using the MIPS N32 ABI.

* .gitignore: Add entry for bootstrap/mips64el-linux/guile-2.0.9.tar.xz.

* gnu-system.am (bootstrap_mips64el_linuxdir,
  dist_bootstrap_mips64el_linux_DATA, nodist_bootstrap_mips64el_linux_DATA):
  New variables.
  (DISTCLEANFILES): Add $(nodist_bootstrap_mips64el_linux_DATA).
  (gnu/packages/bootstrap/mips64el-linux/guile-2.0.9.tar.xz): New target.

* build-aux/download.scm (file-name->uri): Adapt to the newer mips64el-linux
  bootstrap tarballs.

* gnu/packages/bootstrap.scm (%bootstrap-guile, %bootstrap-coreutils&co,
  %bootstrap-binutils, %bootstrap-glibc, %bootstrap-gcc): Adapt to the newer
  mips64el-linux bootstrap tarballs.

* gnu/packages/bootstrap/mips64el-linux/bash:
* gnu/packages/bootstrap/mips64el-linux/mkdir:
* gnu/packages/bootstrap/mips64el-linux/tar:
* gnu/packages/bootstrap/mips64el-linux/xz: New files.

gnu: liboop: fix deplibs check method for mips64.

* gnu/packages/patches/liboop-mips64-deplibs-fix.patch: New file.
* gnu/packages/lsh.scm (liboop): Add patch.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add patch.

gnu: gd: fix deplibs check method for mips64.

* gnu/packages/patches/gd-mips64-deplibs-fix.patch: New file.
* gnu/packages/gd.scm (gd): Add patch.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add patch.

gnu: libmad: Fix MIPS assembler code to work with new GCC.

* gnu/packages/patches/libmad-mips-newgcc.patch: New file.
* gnu/packages/mp3.scm (libmad): Add patch.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add patch.

gnu: libtheora: patch ancient config.guess to support mips64.

* gnu/packages/patches/libtheora-config-guess.patch: New file.
* gnu/packages/oggvorbis.scm (libtheora): Add patch.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add patch.

gnu: alsa-lib: fix atomic op declarations for MIPS.

* gnu/packages/patches/alsa-lib-mips-atomic-fix.patch: New file.
* gnu/packages/linux.scm (alsa-lib): Add patch.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add patch.

gnu: gdb: patch-makefile-SHELL for all Makefile.in files.

* gnu/packages/gdb.scm (gdb): patch-makefile-SHELL for all Makefile.in files
  after configure.

gnu: gdb: Fix opcode table for Loongson fused multiply-add.

* gnu/packages/patches/gdb-loongson-madd-fix.patch: New file.
* gnu/packages/gdb.scm (gdb): Add patch.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add patch.

gnu: libffi: fix handling of uint32_t arguments on MIPS N32.

* gnu/packages/patches/libffi-mips-n32-fix.patch: New file.
* gnu/packages/libffi.scm (libffi): Add patch.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add patch.

gnu: libtool: skip a test that fails on MIPS N32.

* gnu/packages/patches/libtool-skip-tests-for-mips.patch: New file.
* gnu/packages/autotools.scm (libtool): Add patch.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add patch.

gnu: binutils: apply fixes and workarounds for Loongson 2F CPUs.

* gnu/packages/patches/binutils-loongson-madd-fix.patch: New file.
* gnu/packages/patches/binutils-loongson-workaround.patch: New file.
* gnu/packages/base.scm (binutils): Add patches.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add patches.

gnu: recutils: Upgrade to 1.6.

* gnu/packages/recutils.scm (recutils): Upgrade to 1.6.  Add cURL and
  libgcrypt as inputs.

ui: Make '--version' output GCS-compliant.

* guix/ui.scm (show-version-and-exit): Display copyright year, license,
  and LACK OF WARRANTY.

gnu: make-bootstrap: Build libc and Guile without a .gnu_debuglink.

* gnu/packages/make-bootstrap.scm (glibc-for-bootstrap, %guile-static):
  Add 'outputs' field.

gnu: make-bootstrap: Allow bit-reproducibility for 'glibc-stripped'.

* gnu/packages/make-bootstrap.scm (%glibc-stripped): Remove '.install'
  and '..install.cmd' files.

gnu: cmake: Bump to 2.8.12

* gnu/packages/cmake.scm: bump to 2.8.12

gnu: make-bootstrap: Add C++ header files to the bootstrap GCC.

* gnu/packages/make-bootstrap.scm (%gcc-stripped): Add $gcc/include/c++.

gnu: cross-gcc: Fix build of 'gcc-cross-sans-libc'.

* gnu/packages/cross-base.scm (cross-gcc): Add "--disable-libatomic".

doc: Document the syntax of the '--remove' argument.

* doc/guix.texi (Invoking guix package): Document the syntax of
  '--remove' patterns.

guix package: Show the output name of what's being removed.

* guix/scripts/package.scm (show-what-to-remove/install): Show the
  output name of packages being removed.

guix package: Fix indentation of "will be removed" messages.

* guix/scripts/package.scm (show-what-to-remove/install): Remove extra
  indentation from the removal sentences.

guix package: Allow removal of a specific package output.

Fixes <http://bugs.gnu.org/15756>.

* guix/profiles.scm (<manifest-pattern>): New record type.
  (remove-manifest-entry): Remove.
  (entry-predicate, manifest-matching-entries): New procedures.
  (manifest-remove): Accept a list of <manifest-pattern>.
  (manifest-installed?): Replace 'name' parameter by 'pattern', a
  <manifest-pattern>.
* guix/scripts/package.scm (options->removable): Return a list of
  <manifest-pattern>.
  (guix-package)[process-action]: Use 'manifest-matching-entries' to
  compute the list of packages to remove.
* tests/profiles.scm: New file.
* Makefile.am (SCM_TESTS): Add it.

guix package: Separate '--remove' option processing.

* guix/scripts/package.scm (options->removable): New procedure.
  (guix-package)[process-actions]: Use it.  Rename 'remove*' to 'remove'
  and 'install*' to 'install'.

ui: Factorize package specification parsing.

* guix/ui.scm (package-specification->name+version+output): New
  procedure.
* guix/scripts/package.scm (specification->package+output): Use it.
* tests/ui.scm ("package-specification->name+version+output"): New test.

Add (guix profiles).

* guix/scripts/package.scm (show-what-to-remove/install): New procedure,
  moved from...
  (guix-package): ... here.
  (<manifest>, make-manifest, <manifest-entry>,
  profile-manifest, manifest->sexp, sexp->manifest, read-manifest,
  write-manifest, remove-manifest-entry, manifest-remove,
  manifest-installed?, manifest=?, profile-regexp, generation-numbers,
  previous-generation-number, profile-derivation, generation-number,
  generation-file-name, generation-time, lower-input): Move to...
* guix/profiles.scm: ... here.  New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.

gnu: Add GCC front ends for Fortran, Go, Objective C, and Objective C++.

* gnu/packages/gcc.scm (custom-gcc, gfortran-4.8, gccgo-4.8)
  (gcc-objc-4.8, gcc-objc++-4.8): New variables.

gnu: ffmpeg: Fix typo in configure flags.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg): Add "d" in "3d" in configure flags.

gnu: Revert to GCC 4.7 as the default compiler.

GCC 4.8 relies on C++ headers (<cstring>, <iosfwd>, etc.) that are
missing from the current bootstrap GCC.

* gnu/packages/base.scm (gcc-boot0, cross-gcc-wrapper, gcc-final): Base
  on GCC-4.7.  This reverts part of commit 9ae7cee.

gnu: Add ffmpeg.

* gnu/packages/video.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add module.

gnu: Switch to GCC 4.8 as the default compiler.

* gnu/packages/base.scm (gcc-boot0, cross-gcc-wrapper, gcc-final): Base
  on GCC-4.8.
* gnu/packages/cross-base.scm (cross-gcc): Likewise.
* gnu/packages/make-bootstrap.scm (package-with-relocatable-glibc,
  %gcc-static, %gcc-stripped): Likewise.

gnu: grep: Update to 2.15.

* gnu/packages/base.scm (grep): Update to 2.15.

Merge branch 'master' into core-updates

gnu: pulseaudio: increase timeout of thread test.

* gnu/packages/patches/pulseaudio-test-timeouts.patch: New file.
* gnu/packages/pulseaudio.scm (pulseaudio): Add patch.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add patch.

union: Do not warn when identical files collide.

* guix/build/union.scm (file=?): New procedure.
  (union-build)[resolve-collision]: Do not warn when identical files
  collide.

gnu: Add bridge-utils.

* gnu/packages/linux.scm (bridge-utils): New variable.

gnu: libmicrohttpd: Update to 0.9.31.

* gnu/packages/gnunet.scm (libmicrohttpd): Update to 0.9.31,
    synchronise the description with GNU SRC.

gnu: Add gst-plugins-base-0.10.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gst-plugins-base-0.10): New variable.

gnu: gstreamer-0.10: Propagate input libxml2.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gstreamer-0.10): Propagate input libxml2.

guix package: Factorize generation file name computation.

* guix/scripts/package.scm (generation-file-name): New procedure.
  Change all occurrences of (format #f "~a-~a-link" profile number) to
  use it.

guix package: Specify inputs for each manifest entry.

* guix/scripts/package.scm (<manifest-entry>): Add 'inputs' field.
  (manifest=?, lower-input): New procedure.
  (profile-derivation)[builder]: Add #:log-port argument to
  'union-build'.
  [ensure-valid-input]: Remove.
  Add each entry's inputs to the input list.
  (options->installable): Return just the list of entries.
  [package->manifest-entry]: Set 'inputs' field.
  [canonicalize-deps]: Rename to...
  [deduplicate]: ... this.  Remove input fiddling.
  (guix-package)[process-actions]: Use 'manifest=?' to compare the new
  and old manifests.  Pass directly PROF-DRV to 'show-what-to-build'.
  Pass #:print-build-trace #f to 'set-build-options'.

union: Make the log port a parameter.

* guix/build/union.scm (union-build): Add 'log-port' keyword parameter;
  use it.

derivations: 'derivation-path->output-path' honors the 'output' parameter.

* guix/derivations.scm (derivation-path->output-path): Pass OUTPUT.
* tests/derivations.scm ("multiple-output derivation,
  derivation-path->output-path"): New test.

guix package: Always use the term "profile", not "user environment".

* guix/scripts/package.scm (%user-environment-directory): Rename to...
  (%user-profile-directory): ... this.  Update users accordingly.
  (profile-derivation): Use the term "profile" instead of "user
  environment", and use "profile" as the derivation name.

guix package: Introduce <manifest> and <manifest-entry> types.

* guix/scripts/package.scm (<manifest>, <manifest-entry>): New record
  types.
  (make-manifest, read-manifest, manifest->sexp, sexp->manifest,
  read-manifest, write-manifest, remove-manifest-entry, manifest-remove,
  manifest-installed?): New procedures.
  (profile-derivation): Take a manifest as the second parameter.  Use
  'manifest->sexp'.  Expect <manifest-entry> objects instead of
  "tuples".  Adjust callers accordingly.
  (search-path-environment-variables): Changes 'packages' parameter to
  'entries'.  Rename 'package-in-manifest->package' to
  'manifest-entry->package'; expect <manifest-entry> objects.
  (display-search-paths): Rename 'packages' to 'entries'.
  (options->installable): Change 'installed' to 'manifest'.  Have
  'canonicalize-deps' return name/path tuples instead of raw packages.
  Rename 'package->tuple' to 'package->manifest-entry'.  Use
  <manifest-entry> objects instead of tuples.
  (guix-package)[process-actions]: Likewise.  Rename 'packages' to
  'entries'.
  [process-query]: Use 'manifest-entries' instead of
  'manifest-packages'.

guix package: Better separate option processing.

* guix/scripts/package.scm (find-package): Rename to...
  (specification->package+output): ... this.  Rename 'name' parmameter
  to 'spec'.  Return a package and output name instead of a tuple.
  (options->installable): New procedure
  (guix-package)[process-actions]: Use it, and remove corresponding
  code.

gnu: Add gstreamer-0.10.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gstreamer-0.10): New variable.
* gnu/packages/patches/gstreamer-0.10-bison3.patch,
  gnu/packages/patches/gstreamer-0.10-silly-test.patch: New files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add patches.

gnu: mit-krb5: Update to 1.11.3.

* gnu/packages/mit-krb5.scm (mit-krb5): Update to 1.11.3.

guix package: Declutter the entry point.

* guix/scripts/package.scm (newest-available-packages,
  find-best-packages-by-name, find-package, upgradeable?): New
  procedures, moved from...
  (guix-package): ... here.

Change indentation rule for 'package' for the common case.

* .dir-locals.el: Change the indentation rule for 'package' to do the right
  thing for packages without an inherit clause.

list-runtime-roots: List files referenced by environment variables.

Inspired by <https://github.com/NixOS/nix/compare/772b70952f75...4ddd077bfa9a>.

* nix/scripts/list-runtime-roots.in (%store-directory): New variable.
  (proc-environ-roots): New procedure.
  (<top-level>): Use it.

doc: Augment the "Porting" section.

Reported by Andreas Enge <andreas@enge.fr>.

* doc/guix.texi (Porting): Document needed changes to (gnu packages
  bootstrap) and (gnu packages linux).

gnu: Add python2-empy.

* gnu/packages/python.scm (python2-empy): New variable.

build-system/{cmake,perl}: Don't use (guix build gnu-build-system).

Previously references to '%standard-phases' in builder-side code would
refer to the wrong one.

* guix/build-system/cmake.scm (cmake-build): Remove (guix build
  gnu-build-system) from the default MODULES value.
* guix/build-system/perl.scm (perl-build): Likewise.

gnu: gcc-4.8: Upgrade to 4.8.2.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-4.8): Upgrade to 4.8.2.

gnu: mesa: Update URI.

* gnu/packages/xorg.scm (mesa): Update URI.

gnu: lzip: Update to 1.15.

* gnu/packages/compression.scm (lzip): Update to 1.15.

gnu: Add libmikmod.

* gnu/packages/sdl.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

Signed-off-by: Andreas Enge <andreas@enge.fr>

gnu: Add Pem.

 * gnu/packages/pem.scm: New file.
 * gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

Signed-off-by: Andreas Enge <andreas@enge.fr>

gnu: Add sharutils.

* gnu/packages/compression.scm (sharutils): New variable.

gnu: rsync: Update to 3.1.0.

* gnu/packages/rsync.scm (rsync): Update to 3.1.0.

gnu: gmp: Update to 5.1.3.

* gnu/packages/multiprecision.scm (gmp): Update to 5.1.3.

gnu: qt: Correct source uri.

* gnu/packages/qt.scm (qt-4): Correct source uri (reported by
    Cyril Roelandt <tipecaml@gmail.com>).

gnu: Add GLPK.

* gnu/packages/maths.scm (glpk): New variable.

gnu: Add GNU Alive.

* gnu/packages/system.scm (alive): New variable.

build: Build the bootstrap-graph.{png,eps,pdf} under $(top_srcdir).

Fixes <http://bugs.gnu.org/15640>.
Reported by Eric Bavier <ericbavier@gmail.com>.

* doc.am (EXTRA_DIST): Add doc/images/bootstrap-graph.pdf to the
  distribution.
  (pdf-local, info-local, ps-local): Prepend $(top_srcdir) to the image
  file names.

gnu: dfc: Add missing input.

* gnu/packages/system.scm (dfc): Add 'native-inputs' field.

gnu: glib: Work around test failure in 'gio/tests/network-address.c'.

* gnu/packages/patches/glib-tests-newnet.patch: New file.
* gnu/packages/glib.scm (glib): Use it.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: evince: Set search path for MIME info.

* gnu/packages/gnome.scm (evince): Add #:phases argument.  Remove "perl"
  and "perl-xml-parser" inputs since they are not directly needed; move
  "intltool" to 'native-inputs'.

gnu: Add shared-mime-info.

* gnu/packages/gnome.scm (shared-mime-info): New variable.

gnu: Add SCons.

* gnu/packages/python.scm (scons): New variable.

doc: Improve the copyright notice.

gnu: make: Update to 4.0, with Guile support.

* gnu/packages/base.scm (gnu-make): Update to 4.0.  Add Guile as an input.
  (gnu-make-boot0): Patch 'build.sh' so it does not attempt to build 'guile.c'.
  (gnu-make-final): New variable.
  (%final-inputs): Use it.
  (glibc): Add 'glibc-make-4.0.patch'.
* gnu/packages/patches/glibc-make-4.0.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: base: Fix circular dependency between %final-outputs and <origin> inputs.

* gnu/packages/base.scm (%final-inputs): Add
  'package-with-bootstrap-guile' to 'finalize'.

utils: 'find-files' always returns a proper list.

Reported at <http://bugs.gnu.org/15608>.

* guix/build/utils.scm (find-files): Change the 'error' procedure to
  return RESULT.  Before we would end up with an improper list.

gnu: readline: Turn 'patches' into a list.

* gnu/packages/readline.scm (readline): Turn 'patches' into a list.

gnu: harfbuzz: Update to 0.9.22.

* gnu/packages/gtk.scm (harfbuzz): Update to 0.9.22; should solve the test
    problems on i686.

Update 'AUTHORS'.

gnu: Add autogen package

* gnu/package/autogen.scm: New file
* gnu-system.am: Add it

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

Remove weirdnesses caused by 'letrec*' behavior of record field initializers.

* gnu/packages/bootstrap.scm (package-from-tarball): Remove '*' from
  parameter names.  Adjust accordingly.
* gnu/packages/linux-initrd.scm (expression->initrd): Use 'name'
  directly, removing the 'name*' alias.
* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-headers, linux-libre): Rename
  'version*' to 'version'.

records: define-record-type*: Field bindings are bound with 'let*'.

* guix/records.scm (define-record-type*): Wrap field bindings in a
  'let*', not in a 'letrec*', which turned out to be pointlessly
  inconvenient.
* tests/records.scm: Adjust test names accordingly.

build: Add 'clean-go' target.

* Makefile.am (clean-go): New phony target.

guix package: '--search' matches against package names.

* guix/scripts/package.scm (find-packages-by-description): Return
  packages whose name matches RX.

Thank Jeffrin and David.

gnu: Add libtheora.

* gnu/packages/oggvorbis.scm (libtheora): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: subversion, cmake: Clean up descriptions.

* gnu/packages/cmake.scm (cmake): Simplify the synopsis.
* gnu/packages/version-control.scm (subversion): Remove "open-source"
  from the description.

gnu: Add libgnome-keyring and Evince.

* gnu/packages/gnome.scm (libgnome-keyring, evince): New variables.

gnu: poppler: Build the poppler-glib bindings.

* gnu/packages/pdf.scm (poppler): Add Cairo and GLib as inputs.

gnu: Add dogtail.

* gnu/packages/python.scm (python2-dogtail): New variable.

pull: Compile modules correctly regardless of the compilation order.

* guix/scripts/pull.scm (unpack)[builder]: Work around
  <http://bugs.gnu.org/15602>.