gnu: Add dovecot.

* gnu/packages/mail.scm (dovecot): New variable.

gnu: acpica: Update to 20150410.

* gnu/packages/admin.scm (acpica): Update to 20150410.

gnu: wpa-supplicant: Update to 2.4.

* gnu/packages/admin.scm (wpa-supplicant): Update to 2.4.

gnu: parallel: Update to 20150422.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20150422.

gnu: help2man: Update to 1.46.6.

* gnu/packages/man.scm (help2man): Update to 1.46.6.

gnu: dejagnu: Update to 1.5.3.

* gnu/packages/dejagnu.scm (dejagnu): Update to 1.5.3.

gnu: Add libwpd.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libwpd): New variable.

gnu: Add librevenge.

* gnu/packages/libreoffice.scm (librevenge): New variable.

Co-authored-by: John Darrington <jmd@gnu.org>

gnu: cppunit: Explicitly link with libdl.

* gnu/packages/check.scm (cppunit)[arguments]: Add #:make-flags.

guix: build: Add transitive source building.

* guix/scripts/build.scm (%options, options->derivations): Add --sources
  option.
* doc/guix.texi (Invoking guix build): Document --sources option.
* tests/guix-build.sh: Add tests.

guix: packages: Add package-direct-sources and package-transitive-sources.

* guix/tests.scm (dummy-origin): New syntax.
* guix/packages.scm (package-direct-sources)
  (package-transitive-sources): New procedures.
* tests/packages.scm ("package-direct-sources, no source")
  ("package-direct-sources, #f source")
  ("package-direct-sources, not input source", "package-direct-sources")
  ("package-transitive-sources"): Test them.

install: Add bash-completion to the packages.

* gnu/system/install.scm (installation-os)[packages]: Add
  BASH-COMPLETION.

profiles: Store search paths in manifests.

Discussed in <http://bugs.gnu.org/20255>.

* guix/packages.scm (sexp->search-path-specification): New variable.
* guix/profiles.scm (<manifest-entry>)[search-paths]: New field.
  (package->manifest-entry): Initialize it.
  (manifest->gexp): Match it.  Wrap #$deps in (propagated-inputs ...).
  Emit (search-paths ...).  Increment version.
  (find-package): New procedure.
  (sexp->manifest)[infer-search-paths]: New procedure.
  Use it to initialize the 'search-paths' field for versions 0 and 1.
  Add case for version 2.
* guix/scripts/package.scm (search-path-environment-variables)[manifest-entry->package]:
  Remove.
  Use 'manifest-entry-search-paths' instead of 'manifest-entry->package'
  plus 'package-native-search-paths'.
* tests/profiles.scm ("profile-manifest, search-paths"): New test.

Merge branch 'core-updates'

hydra: Update Guix job set.

* build-aux/hydra/guix.scm (tarball-package): Remove 'nix-checkout'
  parameter.  Remove 'arguments', 'native-inputs', and 'location'
  fields.  Adjust caller accordingly.
  (hydra-jobs): Remove 'nix-checkout'.

build-system/gnu: 'dist-package' preserves the package's native inputs.

* guix/build-system/gnu.scm (dist-package)[native-inputs]: Preserve P's
  native-inputs.

build-system/gnu: Adjust to removal of a "bin" output for Libtool.

* guix/build-system/gnu.scm (dist-package): Change libtool:bin input to
  just libtool.

gnu: gcj: Remove broken symlink and conflicting files.

* gnu/packages/gcc.scm (gcj)[arguments]: Add a build phase to remove a broken
  symlink and generic stump binaries.

gnu: mesa: Update to 10.5.4.

* gnu/packages/gl.scm (mesa): Update version to 10.5.4.  Add libxvmc to
  inputs.  Remove python, gettext, flex, and bison from native-inputs.  Remove
  hack that was necessary to prevent rebuilding parts of the build system.

gnu: mesa: Add libva input.

There is a circular dependency between Mesa and libVA, so we use a
libva-no-mesa package that builds libVA without GLX and EGL support, and use
that for building Mesa.

* gnu/packages/gl.scm (libva-for-mesa): New variable.
(mesa): Add as input.

gnu: linux-libre: Update to 4.0.1.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Update to 4.0.1.

gnu: ebook: Drop circular inclusion of the module into itself.

* gnu/packages/ebook.scm: Do not import (gnu packages ebook).

services: Add console-keymap service.

* gnu/services/base.scm (console-keymap-service): New procedure.
* doc/guix.texi (Base Services): Document it.

Co-authored-by: 宋文武 <iyzsong@gmail.com>

bash completion: Complete long options with no short variant.

* etc/completion/bash/guix (_guix_complete_option): Change grep regexp
  to match options that don't have a short option name.

gnu: polkit-qt: Add $libdir to RUNPATH.

* gnu/packages/polkit.scm (polkit-qt)[arguments]: Add
  #:configure-flags.

check-available-binaries: Use %HYDRA-SUPPORTED-SYSTEMS.

* build-aux/check-available-binaries.scm: Use %HYDRA-SUPPORTED-SYSTEMS
  instead of %SUPPORTED-SYSTEMS.

gnu: mariadb: Remove now unneeded workaround.

This has been redundant since 21e583d.

* gnu/packages/databases.scm (mariadb)[arguments]: Remove LDFLAGS
  definition.

list-packages: Add status link only for systems supported on Hydra.

* build-aux/list-packages.scm (package->sxml)[status]:
  Intersect (package-transitive-supported-systems package) with
  %HYDRA-SUPPORTED-SYSTEMS.

packages: Add '%hydra-supported-systems'.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (%hydra-supported-systems): Remove.
* guix/packages.scm (%hydra-supported-systems): New variable.

gnu: ganv: Set the RUNPATH of binaries to $libdir.

* gnu/packages/gtk.scm (ganv)[arguments]: Add 'set-ldflags' phase.

Merge branch 'master' into core-updates

serialization: Adjust the permissive UTF-8 decoder to Guile 2.0.12ish.

* guix/serialization.scm (read-maybe-utf8-string): Use
  'set-port-encoding!' and 'set-port-conversion-strategy!' instead of
  setting '%default-port-encoding' and
  '%default-port-conversion-strategy'.  This accounts for Guile commit
  d574d96, which changes bytevector input ports to use ISO-8859-1.

substitute: Fix file descriptor leak in 'http-multiple-get'.

In practice we would not leak much since we reconnect after ~100
requests (with nginx running on hydra.gnu.org.)

* guix/scripts/substitute.scm (http-multiple-get): Call 'close-port'
  before 'connect'.

gnu: qt: Add patch for i686 build problem.

See <https://bugreports.qt.io/browse/QTBUG-45205>.

* gnu/packages/patches/qt5-conflicting-typedefs.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/qt.scm (qt): Add the patch.

Thank Joshua.

download: Honor the 'http_proxy' and 'https_proxy' env. vars.

Fixes <http://bugs.gnu.org/20402>.
Reported by Joshua Randall <jcrandall@alum.mit.edu>.

* guix/download.scm (url-fetch): Pass #:leaked-env-vars to
  'gexp->derivation'.

derivations: Add #:leaked-env-vars parameter.

Suggested by Joshua Randall <jcrandall@alum.mit.edu>
in <http://bugs.gnu.org/20402>.

* guix/derivations.scm (derivation): Add #:leaked-env-vars parameter.
  [user+system-env-vars]: Honor it.
* guix/gexp.scm (gexp->derivation): Add #:leaked-env-vars and pass it to
  'raw-derivation'.
* doc/guix.texi (Derivations, G-Expressions): Adjust accordingly.

download: Simplify 'open-connection-for-uri' to support HTTP proxies.

Partly fixes <http://bugs.gnu.org/20402>.
Reported by Joshua Randall <jcrandall@alum.mit.edu>.

* guix/build/download.scm (open-connection-for-uri): Rewrite to be a
  small wrapper around 'open-socket-for-uri'.  This procedure was
  initially introduced in d14ecda to work around the lack of NSS modules
  during bootstrap but that has become unnecessary since 0621349, which
  introduced a bootstrap Guile that uses static NSS modules (from commit
  d3b5972.)
  On Guile >= 2.0.10, this allows the 'http_proxy' environment variable
  to be used.

gnu: Add orcus.

* gnu/packages/libreoffice.scm (orcus): New variable.

gnu: lilv: Set rpath via LDFLAGS.

Fixes <http://bugs.gnu.org/20040>.

* gnu/packages/audio.scm (lilv): Add a pre-configure phase setting $LDFLAGS to
  set the rpath to $out/lib.

gnu: sord: Set rpath via LDFLAGS.

Fixes <http://bugs.gnu.org/20044>.

* gnu/packages/rdf.scm (sord): Add a pre-configure phase setting $LDFLAGS to
  set the rpath to $out/lib.

gnu: serd: Set rpath via LDFLAGS.

Fixes <http://bugs.gnu.org/20051>.

* gnu/packages/rdf.scm (serd): Add a pre-configure phase setting $LDFLAGS to
  set the rpath to $out/lib.

gnu: wxwidgets: Set rpath in LDFLAGS.

Fixes <http://bugs.gnu.org/20049>.

* gnu/packages/wxwidgets.scm (wxwidgets): Add a make flag to set rpath to
  $out/lib via LDFLAGS.

gnu: gcc: Add link to upstream bug report.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-4.8): Add link to bug report in comment.

gnu: gcc: Add $libdir to the RUNPATH of libvtv.so.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-4.9): Inherit from GCC-4.8.
  [source]: Add 'gcc-libvtv-runpath.patch'.
  (gcc-5.1): Inherit from GCC-4.9.
  [source]: Use patches from GCC-4.9.
* gnu/packages/patches/gcc-libvtv-runpath.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: libva: Patch a dlopen call, set drivers path.

* gnu/packages/video.scm (libva): Patch the reference to libva-x11.so (passed
  to dlopen()) to use an absolute path.  Add --with-drivers-path= to
  #:configure-flags with a value pointing to mesa's $prefix/lib/dri.

install: Make /var/lock.

Reported by 宋文武 <iyzsong@gmail.com>.

* gnu/build/install.scm (directives): Add /var/lock.

gnu: jack2: Add $libdir to the RUNPATH of all the binaries.

* gnu/packages/audio.scm (jack2)[arguments]: Add #:phases.

gnu: Remove gstreamer-0.10 and gst-plugins-base-0.10.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gstreamer-0.10, gst-plugins-base-0.10):
  Remove variables.
* gnu/packages/patches/gstreamer-0.10-bison3.patch,
  gnu/packages/patches/gstreamer-0.10-silly-test.patch: Remove files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove them.

gnu: Add xmp.

* gnu/packages/audio.scm (xmp): New variable.

gnu: Add libxmp.

* gnu/packages/audio.scm (libxmp): New variable.

gnu: Add libmodplug.

* gnu/packages/audio.scm (libmodplug): New variable.

gnu: Add python-tornado.

* gnu/packages/python.scm (python-tornado, python2-tornado): New variables.

gnu: Add python2-backport-ssl-match-hostname.

* gnu/packages/python.scm (python2-backport-ssl-match-hostname): New variable.

gnu: Add icedtea7.

* gnu/packages/java.scm (icedtea7): New variable.

gnu: cmake: Disable parallel tests.

* gnu/packages/cmake.scm (cmake)[arguments]: Add #:parallel-tests?.
  Set 'CTEST_OUTPUT_ON_FAILURE' to 'TRUE' in 'set-paths phase.

gnu: cmake: Update to 3.2.2.

* gnu/packages/cmake.scm (cmake): Update to 3.2.2.
* gnu/packages/patches/cmake-fix-tests.patch: Skip test for BundleUtilities.

gnu: Add ixion.

* gnu/packages/libreoffice.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

Co-authored-by: John Darrington <jmd@gnu.org>

gnu: Add extremetuxracer.

* gnu/packages/games.scm (extremetuxracer): New variable.

gnu: imlib2: Update to 1.4.7.

* gnu/packages/image.scm (imlib2): Update to 1.4.7.

gnu: icedtea6: Split test fixing phases.

* gnu/packages/java.scm (icedtea6)[arguments]: Split phase 'fix-tests into
  three phases 'fix-test-framework, 'fix-hotspot-tests, and 'fix-jdk-tests.

gnu: flexbar: Enable tests.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (flexbar): Enable tests.

gnu: tbb: Set rpath in LDFLAGS.

* gnu/packages/tbb.scm (tbb)[arguments]: Set rpath to "/lib" output directory
  in LDFLAGS.

gnu: Add sfml.

* gnu/packages/game-development.scm (sfml): New variable.

gnu: mpv: Update to 0.9.0.

* gnu/packages/video.scm (mpv): Update to 0.9.0.

gnu: ffmpeg: Don't use patchelf.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg)[inputs]: Remove patchelf.
  [arguments]: Remove #:modules, #:imported-modules and 'add-lib-to-runpath
  phase.  Pass '--extra-ldflags=-Wl,-rpath=$libdir' to `configure'.

gnu: ffmpeg: Update to 2.6.2.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg): Update to 2.6.2.

gnu: Add guile-minikanren.

* gnu/packages/guile.scm (guile-minikanren): New variable.

Merge branch 'master' into core-updates.

gnu: evas-generic-loaders: Update to 1.13.2.

* gnu/packages/enlightenment.scm (evas-generic-loaders): Update to 1.13.2.
  Use https for the URL to avoid a redirection.

gnu: gpgme: Update to 1.5.4.

* gnu/packages/gnupg.scm (gpgme): Update to 1.5.4.

Merge branch 'wip-glib' into master.

Conflicts:
gnu/packages/package-management.scm

gnu: Add calf plugins.

* gnu/packages/audio.scm (calf): New variable.

gnu: Add fluidsynth.

* gnu/packages/audio.scm (fluidsynth): New variable.

gnu: Add mdds.

* gnu/packages/boost.scm (mdds): New variable.

gnu: Add gitolite.

* gnu/packages/version-control.scm (gitolite): New variable.
* gnu/packages/patches/gitolite-openssh-6.8-compat.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: nginx: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/web.scm (nginx): Update to 1.8.0.

gnu: wpa-supplicant: Add fix for CVE-2015-1863.

* gnu/packages/patches/wpa-supplicant-CVE-2015-1863.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/admin.scm (wpa-supplicant): Add patch.

build-system/{cmake,glib-or-gtk}: Add #:validate-runpath? parameter.

* guix/build-system/cmake.scm (cmake-build): Add #:validate-runpath?
  parameter and pass it to BUILDER.
* guix/build-system/glib-or-gtk.scm (glib-or-gtk-build): Likewise.

build-system/gnu: #:validate-runpath? now defaults to #t.

* guix/build/gnu-build-system.scm (validate-runpath): Change default
  value of VALIDATE-RUNPATH? to #t.

build-system/gnu: Gracefully handle dangling symlinks.

Fixes <http://bugs.gnu.org/20081>.
Reported by Tomáš Čech <tcech@suse.cz>.

* guix/build/gnu-build-system.scm (patch-source-shebangs): Remove files
  that don't pass 'file-exists?'.
  (patch-generated-file-shebangs): Likewise.

gremlin: Add support for the expansion of $ORIGIN in RUNPATH.

* guix/build/gremlin.scm (expand-variable, expand-origin): New
  procedures.
  (validate-needed-in-runpath): Map 'expand-origin' to the RUNPATH field
  of DYNINFO.
* tests/gremlin.scm ("expand-origin"): New test.

gnu: r: Update to 3.2.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r): Update to 3.2.0.

gnu: r: Set library rpath.

* gnu/packages/statistics.scm (r)[arguments]: Add the rpath for lib directory
  of output to LDFLAGS.

gnu: postgresql: Update to 9.3.6.

* gnu/packages/databases.scm (postgresql): Update to 9.3.6.  Use .bz2 tarball.

gnu: notmuch: Update to 0.19; add man pages and bash completion.

* gnu/packages/mail.scm (notmuch)[source]: Update to 0.19.
  [arguments]: In 'configure' phase, set CC environment variable.  Arrange to
  use rst2man.py instead of rst2man.
  [native-inputs]: Add python-2, python2-docutils, and bash-completion.

gnu: Add gcc-5.1.0 and gcc-toolchain-5.1.0.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-5.1): New variable.
* gnu/packages/commencement.scm (gcc-toolchain-5.1): New variable.

gnu: Add missing (gnu packages gettext) module import.

This is a followup to 6162b95d21a7b75fe3753c22c7755c5d12a8302f.

* gnu/packages/base.scm: Import (gnu packages gettext).

gnu: xfce4-settings: Add more inputs.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce4-settings)[inputs]: Add libxklavier,
  upower and xf86-input-libinput.

gnu: libinput: Update to 0.14.1.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libinput): Update to 0.14.1.

gnu: Add xf86-input-libinput.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-input-libinput): New variable.

gnu: guix: Update development snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update to fc34dee.

gnu: gcc: Do not always disable RUNPATH validation.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-4.7)[arguments]: Remove explicit
  #:validate-runpath? #f.
* gnu/packages/commencement.scm (gcc-boot0)[arguments]: Remove case for
  #:validate-runpath?.
  (gcc-final)[arguments]: Add literal #:validate-runpath? #f.
* gnu/packages/cross-base.scm (cross-gcc-arguments): Remove case for
  #:validate-runpath?.

gnu: gcc: Add a RUNPATH to libstdc++.so so that it finds libgcc_s.so.

Fixes <http://bugs.gnu.org/20358>.
Reported by 宋文武 <iyzsong@gmail.com>.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-4.7)[arguments]: Add 'substitute*' form for
  "libstdc++-v3/src/Makefile.in".

gnu: commencement: Remove unneeded configure flag for bootstrap gettext.

* gnu/packages/commencement.scm (gettext-boot0): Remove unneeded
  --disable-threads.

packages: Add armhf-linux to %supported-systems.

* guix/packages.scm (%supported-systems): Add "armhf-linux".

hydra: Add %hydra-supported-systems variable and use it.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm (%hydra-supported-systems): New variable.
  (hydra-jobs): Use %hydra-supported-systems instead of %supported-systems.

tests: Select appropriate bootstrap guile version for current system.

* tests/packages.scm ("package-source-derivation, snippet"): Select appropriate
  guile-2.0.x.tar.xz tarball based on the value of (%current-system).

gnu: perl: Fix Module::Pluggable for symlink forests.

* gnu/packages/patches/perl-module-pluggable-search.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/perl.scm (perl)[source]: Add patch.

gnu: ccl: Add default 'match' cases for unsupported platforms.

* gnu/packages/lisp.scm (ccl)[arguments]: Add default 'match' cases for
  unsupported platforms.