gnu: ffmpeg-2.2: Update to 2.2.11

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg-2.2): Update to version 2.2.11.

gnu: gp2c: Update to 0.0.9pl2.

* gnu/packages/algebra.scm (gp2c): Update to 0.0.9pl2.

gnu: pari-gp: Update to 2.7.2.

* gnu/packages/algebra.scm (pari-gp): Update to 2.7.2.

derivations: Use a set for 'substitution-oracle'.

* guix/derivations.scm (substitution-oracle): Use sets instead of lists.

derivations: Use sets for 'derivations-prerequisites'.

This yields a 46% improvement in 'derivation-prerequisites' invocations
on the Emacs derivation.

* guix/derivations.scm (derivation-prerequisites): Add 'input-set'
  variable, and use it in iterations.

Add (guix sets).

* guix/sets.scm, tests/sets.scm: New files.sets
* Makefile.am (MODULES, SCM_TESTS): Add them.

gnu: qt: Add more inputs.

* gnu/packages/qt.scm (qt): Add expat, pciutils, libxcomposite, libxcursor,
  libxfixes, libxinerama, libxml2, libxrandr, libxslt, libxtst, mtdev, nss,
  pcre, sqlite, eudev to 'inputs'.
  Add bison, flex, gperf, ninja, python-2, ruby, which to 'native-inputs'.

gnu: qt: Update to 5.4.0.

* gnu/packages/qt.scm (qt): Update to 5.4.0.
  [origin]: Add snippet.

gnu: Add ninja.

* gnu/packages/ninja.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: Add nss.

* gnu/packages/patches/nss-pkgconfig.patch: New file.
* gnu-system.scm (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/gnuzilla.scm (nss): New variable.

gnu: Move mozjs and nspr to (gnu packages gnuzilla).

* gnu/packages/polkit.scm (mozjs, nspr): Move to...
* gnu/packages/gnuzilla.scm (mozjs, nspr): ... here. New variables.

gnu: linux-libre: Update to 3.18.2

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Update to version 3.18.2.

derivations: Add 'substitution-oracle' and use it.

This makes 'guix environment PACKAGE' significantly faster when
substitutes are enabled.  Before that, it would lead to many invocations
of 'guix substitute-binary', one per 'derivation-prerequisites-to-build'
call.  Now, all these are replaced by a single invocation.

* guix/derivations.scm (derivation-output-paths, substitution-oracle):
  New procedures.
  (derivation-prerequisites-to-build): Replace #:use-substitutes? with
  #:substitutable?.  Remove the local 'derivation-output-paths' and
  'substitutable?'.
* guix/ui.scm (show-what-to-build): Add 'substitutable?'.  Pass it to
  'derivation-prerequisites-to-build'.
  [built-or-substitutable?]: Use it instead of 'has-substitutes?'.
* tests/derivations.scm ("derivation-prerequisites-to-build and
  substitutes"): Use #:substitutable? instead of #:use-substitutes?.

derivations: Add 'derivation-output-names'.

* guix/derivations.scm (derivation-output-names): New procedure.
  (derivation-prerequisites-to-build): Use it for #:outputs.
  (map-derivation): Likewise.
* tests/derivations.scm ("derivation-output-names"): New test.

nls: Update 'eo' translation.

import: Add CPAN importer.

* guix/import/cpan.scm, guix/scripts/import/cpan.scm, tests/cpan.scm:
  New files.
* Makefile.am (MODULE)[HAVE_GUILE_JSON]: Add them.
* guix/scripts/import.scm (importers): Add cpan.
* doc/guix.texi (Requirements): Mention `guix import cpan` as a user
  of guile-json.
  (Invoking guix import): Document new `guix import cpan` command.

tests: import: Factorize utility function.

* tests/pypi.scm (mock): Move this...
* guix/tests.scm: to here.

import: Factorize utility functions.

* guix/import/pypi.scm (hash-table->alist, flatten, assoc-ref*,
  url-fetch, json-fetch): Pull procedures from here into...
* guix/import/utils.scm: Here and...
* guix/import/json.scm: Here.  New file.
* Makefile.am (MODULE)[HAVE_GUILE_JSON]: Add it.
* guix/import/gnu.scm (file-sha256): Move from here to...
* guix/hash.scm: Here.
* tests/pypi.scm (pypi->guix-package): Update mock module reference.

import: gnu: Propagate the key-download argument.

* guix/import/gnu.scm (gnu->guix-package): Pass the key-download
  argument on to gnu-package->sexp.

gnu: poppler: build with openjpeg and lcms

* gnu/packages/pdf.scm (poppler): build poppler with openjpeg 1.5 and lcms.

gnu: openjpeg: Update to 2.0.1.

* gnu/packages/image.scm (openjpeg): Update to 2.0.1.

gnu: Add openjpeg-1.

* gnu/packages/image.scm (openjpeg-1): New variable.

gnu: openjpeg: update home page URL.

* gnu/packages/image.scm (openjpeg)[home-page]: Update URL.

substitute-binary: Micro-optimize 'narinfo-sha256'.

* guix/scripts/substitute-binary.scm (narinfo-signature->canonical-sexp):
  Change "~a" to "~s" in error message.
  (%signature-line-rx): Remove.
  (narinfo-sha256): Use 'string-contains' instead of 'regexp-exec', and
  'string-take' instead of 'match:substring'.

records: Optimize 'recutils->alist' by avoiding regexps.

* guix/records.scm (%recutils-field-rx, %recutils-comment-rx,
  %recutils-plus-rx): Remove.
  (%recutils-field-charset): New variable.
  (recutils->alist): Adjust to use tests (string-ref line 0) instead of
  regexps.

base64: Inline arithmetic operations.

* guix/base64.scm (define-alias): New macro.
  (fxbit-field, fxarithmetic-shift, fxarithmetic-shift-left, fxand,
  fxior, fxxor): New aliases.

tests: Add missing copyright line.

* tests/lint.scm: Add missing copyright line for commit 907c98ac and
  others.

gnu: automake: Update to 1.15.

* gnu/packages/autotools.scm (automake): Update to 1.15.

gnu: git-manpages: Install under $out/share/man, not $out/share.

* gnu/packages/version-control.scm (git-manpages)[argument]: Install
  under $out/share/man, not $out/share.

gnu: Add git-manpages.

* gnu/packages/version-control.scm (git-manpages): New variable.

gnu: git: Update to 2.2.1.

* gnu/packages/version-control.scm (git): Update to 2.2.1.

gnu: libtool-2.4.4: Disable tests on MIPS.

* gnu/packages/autotools.scm (libtool-2.4.4)[arguments]: New field.

linux-boot: Make /etc/mtab a symlink to /proc/self/mounts.

Fixes <http://bugs.gnu.org/19491>.

* gnu/build/linux-boot.scm (mount-root-file-system): Make /root/etc/mtab
  a symlink to /proc/self/mounts.
* gnu/build/file-systems.scm (mount-file-system): Don't update /etc/mtab.
* guix/build/syscalls.scm (mount, umount): Have #:update-mtab? default to
  #f.

doc: guix-daemon now automatically creates '…/profiles/per-user'.

Fixes <http://bugs.gnu.org/19315>.
Reported by rekado <rekado@elephly.net>.

* doc/guix.texi (Invoking guix package): Adjust text to new guix-daemon
  behavior introduced in commit 15ddeff.

build: Check for <tr1/unordered_set>, now used by the daemon.

* config-daemon.ac: Check for <tr1/unordered_set>.

Merge commit a1dd396cc02922372314c35c8035a38bfeea08df of branch 'nix'.

pk-crypto: Improve docstring of signature-related procedures.

* guix/pk-crypto.scm (bytevector->hash-data, sign): Augment docstring.

gnu: gcc-4.9: Fix build on MIPS.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-4.9): Add 'join-two-line-dynamic-linker-defns
  phase.

gnu: Search for patches under $GUIX_PACKAGE_PATH.

Fixes <http://bugs.gnu.org/19364>.
Reported by Tomáš Čech <sleep_walker@suse.cz>
and Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* gnu/packages.scm (%patch-path): Move after definition of
  %package-module-path'.  Append "/gnu/packages/patches" only to
  %DISTRO-ROOT-DIRECTORY.
* tests/guix-package.sh: Add 'emacs-foo-bar-patched' test.

gnu: libtool: Add 2.4.4.

* gnu/packages/patches/libtool-2.4-skip-tests.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/autotools.scm (libtool-2.4.4): New variable.

gnu: minetest: Update to 0.4.11.

* gnu/packages/patches/minetest-subgame-env-var.patch: Delete.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove patch.
* gnu/packages/games.scm (minetest, minetest-data): Update to 0.4.11.

gnu: icon-naming-utils: Wrap with PERL5LIB to find XML::Simple.

Fixes <http://bugs.gnu.org/19367>.

* gnu/packages/gnome.scm (icon-naming-utils)[arguments]: New field.

gnu: perl-xml-simple: Propagate XML::Parser.

* gnu/packages/xml.scm (perl-xml-simple): Move XML::Parser from 'inputs'
  to 'propagated-inputs'.

gnu: mesa: Fix build on non-intel systems.

* gnu/packages/gl.scm (mesa): On non-intel systems, pass
  "--with-dri-drivers=" configure flag with i915 and i965 removed.

gnu: libdrm: Remove old version 2.4.33.

* gnu/packages/xdisorg.scm (libdrm-2.4.33): Remove, as it is no longer needed.

gnu: mutt: Add fix for CVE-2014-9116.

* gnu/packages/patches/mutt-CVE-2014-9116.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/mail.scm (mutt): Add patch.

gnu: Import (gnu packages) into (gnu packages zip).

Should have been included in: e5da2f38c3ca8d4626c1b87e045d00d28c1bf4d0.

* gnu/packages/zip.scm: Import (gnu packages).

gnu: unzip: Add fixes for CVE-2014-{8139,8140,8141}.

* gnu/packages/patches/unzip-CVE-2014-8139.patch,
  gnu/packages/patches/unzip-CVE-2014-8140.patch,
  gnu/packages/patches/unzip-CVE-2014-8141.patch: New files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/zip.scm (unzip): Add patches.

gnu: cpio: Add fixes for CVE-2014-9112.

* gnu/packages/patches/cpio-CVE-2014-9112-pt1.patch,
  gnu/packages/patches/cpio-CVE-2014-9112-pt2.patch,
  gnu/packages/patches/cpio-CVE-2014-9112-pt3.patch,
  gnu/packages/patches/cpio-CVE-2014-9112-pt4.patch,
  gnu/packages/patches/cpio-CVE-2014-9112-pt5.patch: New files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/cpio.scm (cpio): Add patches.  Add 'autoconf' to
  native-inputs.

list-packages: Expand 'mirror://' URIs for patches.

* build-aux/list-packages.scm (package->sxml)[patches](patch-url): Use
  'maybe-expand-mirrors' to get the real URL.

download: Export 'maybe-expand-mirrors'.

* guix/build/download.scm (uri-vicinity, maybe-expand-mirrors): New
  procedures.
  (url-fetch): Remove them from here.

tests: Make the 'lint' tests slightly more concise.

* tests/lint.scm (with-warnings): New macro.
  Replace all uses of 'call-with-warnings' with the corresponding
  'with-warnings' form.

tests: Factorize the 'dummy-package' macro.

* guix/tests.scm (dummy-package): New macro.
* tests/lint.scm (dummy-package): Remove.
* tests/packages.scm (dummy-package): Remove.

lint: Add tests for the 'home-page' checker.

Suggested by Cyril Roelandt <tipecaml@gmail.com>.

* tests/lint.scm (%http-server-port, %http-server-socket, %local-url,
  stub-http-server): New variables.
  (http-write, call-with-http-server): New procedures.
  (with-http-server): New macro.
  ("home-page: wrong home-page", "home-page: invalid URI", "home-page:
  host not found", "home-page: Connection refused", "home-page: 200",
  "home-page: 404"): New tests.
* guix/scripts/lint.scm (check-home-page): Export.

gnu: Fix misuses of 'x11-style' licenses.

* gnu/packages/xorg.scm (libevdev)[license]: Actually call
  'license:x11-style'.
  (libxshmfence): Likewise.

lint: Report on the package being checked.

* guix/scripts/lint.scm (run-checkers): Check
  whether (current-error-port) is a tty, and print the package being
  checked and the checker currently running when it is.

gnu: Fix or update a number of 'home-page' fields.

* gnu/packages/fltk.scm (fltk): Fix 'home-page'.
* gnu/packages/fonts.scm (font-bitstream-vera): Likewise, and fix
  license URL.
* gnu/packages/games.scm (gnubg, cmatrix, chess): Fix 'home-page'.
* gnu/packages/kde.scm (attica): Likewise.
* gnu/packages/mail.scm (fetchmail): Likewise.
* gnu/packages/popt.scm (popt): Likewise.
* gnu/packages/python.scm (python-mock): Likewise.
* gnu/packages/stalonetray.scm (stalonetray): Likewise.

lint: Add 'home-page' checker.

* guix/build/download.scm (open-connection-for-uri): Export.
* guix/scripts/lint.scm (probe-uri, check-home-page): New procedures.
  (%checkers): Add 'home-page' checker.

Merge branch 'xorg-updates'

gnu: vtk: Fix build with mesa-10.

* gnu/packages/patches/vtk-mesa-10.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/vtk.scm (vtk): Add patch.  Add glu to inputs.

gnu: gmsh: Add glu to inputs.

* gnu/packages/maths.scm (gmsh): Add glu to inputs.

nls: Add French translation for packages.

gnu: Add pysam.

* gnu/packages/python.scm (python-pysam, python2-pysam): New variables.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add fastjar.

* gnu/packages/compression.scm (fastjar): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: irrlicht: Fix build with mesa-10.

* gnu/packages/patches/irrlicht-mesa-10.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/games.scm (irrlicht): Add patch.  Add glu to inputs.

Merge branch 'master' into xorg-updates

gnu: qemu: Update to 2.2.0.

* gnu/packages/qemu.scm (qemu): Update to 2.2.0.

gnu: pingus: Add glu to inputs.

* gnu/packages/games.scm (pingus): Add glu to inputs.

gnu: gnubik: Add glu to inputs.

* gnu/packages/games.scm (gnubik): Add glu to inputs.

gnu: gnubg: Add glu to inputs.

* gnu/packages/games.scm (gnubg): Add glu to inputs.

gnu: sdl: Fix incompatibility with libx11-1.6.

* gnu/packages/patches/sdl-libx11-1.6.patch: New file
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/sdl.scm (sdl): Add patch.

gnu: gtkglext: Add glu to inputs.

* gnu/packages/gnome.scm (gtkglext): Add glu to inputs.

gnu: ntp: Update to 4.2.8.

* gnu/packages/ntp.scm (ntp): Update to 4.2.8.  Add openssl to inputs.
  Add pkg-config to native-inputs.  Change source URI to archive.ntp.org.

gnu: ntp: Update to 4.2.8.

* gnu/packages/ntp.scm (ntp): Update to 4.2.8.  Add openssl to inputs.
  Add pkg-config to native-inputs.  Change source URI to archive.ntp.org.

Merge branch 'master' into xorg-updates

Revert "gnu: matplotlib: Comment out python2-matplotlib."

This reverts commit afc720d34c43a2fcf0b5871226c15ad6c5f73697.

build-system/python: Fix 'package-with-explicit-python'.

Reported by Federico Beffa <beffa@ieee.org>
and Eric Bavier <ericbavier@gmail.com>.

* guix/build-system/python.scm (package-with-explicit-python): Do
  nothing when P's build system is not PYTHON-BUILD-SYSTEM.

gnu: matplotlib: Comment out python2-matplotlib.

* gnu/packages/python.scm (python2-matplotlib, python2-scipy, python2-numpy):
  Comment out python2-matplotlib and the packages making use of it as the
  generation of the derivation of these packages takes very long.

Optimize package-transitive-supported-systems.

* guix/packages.scm (first-value): Remove.
  (define-memoized/v): New macro.
  (package-transitive-supported-systems): Rewrite.

packages: Sort Scheme file lists used by 'fold-packages'.

* gnu/packages.scm (scheme-files): Call 'sort' on result.

Merge branch 'master' into xorg-updates

Really remove the 'nix-upstream' submodule.

* nix-upstream: Remove subproject.

gnu: Add xfce4-terminal.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce4-terminal): New variable.

gnu: Add vte.

* gnu/packages/gnome.scm (vte, vte/gtk+-2): New variables.

gnu: Consistently use modular xorg source URIs in xorg.scm.

* gnu/packages/xorg.scm (bigreqsproto, compositeproto, damageproto)
  (dmxproto, encodings, font-adobe100dpi, font-adobe75dpi, font-alias)
  (font-arabic-misc, font-cronyx-cyrillic, font-dec-misc, font-isas-misc)
  (font-micro-misc, font-misc-cyrillic, font-misc-ethiopic, font-misc-misc)
  (font-mutt-misc, font-schumacher-misc, font-screen-cyrillic, font-sony-misc)
  (font-sun-misc, font-util, font-winitzki-cyrillic, font-xfree86-type1)
  (libpthread-stubs, libwindowswm, libxdmcp, libxkbfile, libxscrnsaver)
  (luit, recordproto, renderproto, resourceproto, scrnsaverproto, setxkbmap)
  (smproxy, windowswmproto, x11perf, xcb-proto, xcmiscproto, xcmsdb, xdriinfo)
  (xf86-input-void, xf86-video-newport, xf86bigfontproto, xf86dgaproto)
  (xf86driproto, xf86vidmodeproto, xgamma, xineramaproto, xkbevd, xlsatoms)
  (xorg-sgml-doctools, xpr, xwud, fixesproto, mkfontdir, libxcb, xcb-util)
  (xcb-util-image, xcb-util-keysyms, xcb-util-renderutil, kbproto, xbitmaps):
  Use source URIs with prefix mirror://xorg/individual/ for consistency.
  (dri3proto, presentproto, printproto): Remove comments about them not
  being part of X11R7.7.

gnu: xorg-server: Update to 1.16.2.901, with many security fixes.

Includes fixes for CVE-2014-8091, CVE-2014-8092, CVE-2014-8093, CVE-2014-8094,
CVE-2014-8095, CVE-2014-8096, CVE-2014-8097, CVE-2014-8098, CVE-2014-8099,
CVE-2014-8100, CVE-2014-8101, CVE-2014-8102, and CVE-2014-8103.

See <http://www.x.org/wiki/Development/Security/Advisory-2014-12-09/>

* gnu/packages/xorg.scm (xorg-server): Update to 1.16.2.901.  Move mesa,
  resourceproto, scrnsaverproto, and xf86driproto from inputs to
  propagated-inputs.  Add dri3proto and presentproto to propagated-inputs.
  Add eudev and libxshmfence to inputs.  Add a 'pre-configure' phase instead
  of modifying the 'configure' phase.  Adapt substitution that avoids trying
  to 'mkdir /var' to build system changes.

* gnu/services/xorg.scm (xserver.conf): Add xf86-input-evdev ModulePath line.

gnu: xf86-video-voodoo: Update to 1.2.5.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-voodoo): Update to 1.2.5.

gnu: xf86-video-vmware: Update to 13.0.2.

* gnu/packages/patches/xf86-video-vmware-glibc-2.20.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-vmware): Update to 13.0.2.
  Add patch.  Add mesa to inputs.

gnu: xf86-video-vesa: Update to 2.3.3.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-vesa): Update to 2.3.3.

gnu: xf86-video-trident: Update to 1.3.6.

* gnu/packages/patches/xf86-video-trident-remove-mibstore.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-trident): Update to 1.3.6.  Add patch.

gnu: xf86-video-tga: Update to 1.2.2.

* gnu/packages/patches/xf86-video-tga-remove-mibstore.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-tga): Update to 1.2.2.  Add patch.

gnu: xf86-video-tdfx: Update to 1.4.5.

* gnu/packages/patches/xf86-video-tdfx-remove-mibstore.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-tdfx): Update to 1.4.5.  Add patch.

gnu: xf86-video-sunffb: Update to 1.2.2.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-sunffb): Update to 1.2.2.

gnu: xf86-video-suncg6: Update to 1.1.2.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-suncg6): Update to 1.1.2.

gnu: xf86-video-modesetting: Now uses the same libdrm as mesa.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-modesetting): Remove a comment stating
  that the libdrm used in this driver is incompatible with the one in mesa,
  because it is no longer true.
* gnu/services/xorg.scm (xserver.conf): Uncomment 'xf86-video-modesetting'
  ModulePath and remove associated comment.

gnu: xf86-video-sis: Update to 0.10.7.

* gnu/packages/patches/xf86-video-sis-update-api.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-sis): Update to 0.10.7.  Add patch.

gnu: xf86-video-siliconmotion: Update to 1.7.7.

* gnu/packages/patches/xf86-video-siliconmotion-remove-mibstore.patch:
  New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-siliconmotion): Update to 1.7.7.
  Add patch.

gnu: xf86-video-savage: Update to 2.3.7.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-savage): Update to 2.3.7.

gnu: xf86-video-r128: Update to 6.9.2.

* gnu/packages/patches/xf86-video-r128-glibc-2.20.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-r128): Update to 6.9.2.  Add patch.

gnu: xf86-video-openchrome: Update to 0.3.3.

* gnu/packages/patches/xf86-video-openchrome-includes.patch: Remove.
* gnu/packages/patches/xf86-video-openchrome-glibc-2.20.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it and remove the other.
* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-openchrome): Update to 0.3.3.
  Add one patch and remove the other.