gnu: Add r-stm.

* gnu/packages/cran.scm (r-stm): New variable.

gnu: Add r-topicmodels.

* gnu/packages/cran.scm (r-topicmodels): New variable.

gnu: Add r-quanteda.

* gnu/packages/cran.scm (r-quanteda): New variable.

gnu: Add r-snowballc.

* gnu/packages/cran.scm (r-snowballc): New variable.

gnu: Add r-spacyr.

* gnu/packages/cran.scm (r-spacyr): New variable.

gnu: Add r-stopwords.

* gnu/packages/cran.scm (r-stopwords): New variable.

gnu: Add r-isocodes.

* gnu/packages/cran.scm (r-isocodes): New variable.

gnu: Add r-proxyc.

* gnu/packages/cran.scm (r-proxyc): New variable.

gnu: Add r-xmisc.

* gnu/packages/cran.scm (r-xmisc): New variable.

gnu: Add r-forecast.

* gnu/packages/cran.scm (r-forecast): New variable.

gnu: Add r-fracdiff.

* gnu/packages/cran.scm (r-fracdiff): New variable.

gnu: Add emacs-persp-mode.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-persp-mode): New variable.

gnu: qdbm: Fix segfault during tests.

gnu/packages/databses.scm (qdbm): Add "CFLAGS=-fPIC" to make-flags.

etc: Add copyright.

* etc/copyright.el: New file.
* doc/contributing.texi (The Perfect Setup): Document this.

gnu: Add unoconv.

* gnu/packages/libreoffice.scm (unoconv): New public variable.

Signed-off-by: Jakub Kądziołka <kuba@kadziolka.net>

gnu: emacs-gnuplot: Install to site-lisp instead of guix.d.

Fixes <https://bugs.gnu.org/39536>.

This is a followup to 65a7dd2950ca13a8b942b2836260a2192351b271.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-gnuplot)[arguments]: Change ELISP-DIR.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

import: github: Use HTTP "Authorization" header for access tokens.

Fixes <https://bugs.gnu.org/39511>.

The "access_token" query parameter is now deprecated:

  https://developer.github.com/changes/2019-11-05-deprecated-passwords-and-authorizations-api/#authenticating-using-query-parameters

* guix/import/github.scm (fetch-releases-or-tags)[headers]: Add
"Authorization" header when (%github-token) is true.
[decorate]: Remove, and remove callers.

gnu: Add cl-lquery.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-lquery, cl-lquery, ecl-lquery): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-clss.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-clss, sbcl-clss, ecl-clss): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

git-authenticate: Store the sub-key fingerprint of mab.

This is a followup to 76a8dc3ee289ac4f4b984a3d9d2dcb9d89c01eda, signed
with this sub-key.

* build-aux/git-authenticate.scm (%committers): Store the sub-key
fingerprint of mab.

deduplication: Use nix-base32 encoding for link names.

Fixes <https://bugs.gnu.org/39725>.

* guix/store/deduplication.scm (deduplicate): Use
'bytevector->nix-base32-string' instead of 'bytevector->base16-string'.

build: Depend on guile-ssh 0.12.0

This is a followup to 35f35111678e6622301b414f3d464acb71e106bb.

* m4/guix.m4 (GUIX_CHECK_GUILE_SSH): Check for userauth-gssapi!
* doc/guix.texi: Document version requirement

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

tests: Factorize LUKS passphrase.

* gnu/tests/install.scm (%luks-passphrase): New variable.
(%encrypted-root-installation-script): Use it.
(enter-luks-passphrase): Use it.

installer: Log important bits to syslog.

* gnu/installer.scm (installer-program): Log crashes with 'syslog'.
* gnu/installer/parted.scm (luks-format-and-open, luks-close)
(mount-user-partitions, umount-user-partitions): Add 'syslog' calls.
* gnu/installer/steps.scm (run-installer-steps): Log the running step
with 'syslog'.
* gnu/installer/utils.scm (run-shell-command): Add calls to 'syslog'.

installer: Add 'syslog' macro to write to syslog.

* gnu/installer/utils.scm (open-syslog-port, syslog-port): New
procedures.
(syslog): New macro.

marionette: Provide portable US-layout keystrokes for "<" and ">".

* gnu/build/marionette.scm (%qwerty-us-keystrokes): Use shit-comma and
shift-dot for #\< and #\> because the "less" key doesn't work the same
in "US intl." layouts.

marionette: 'wait-for' procedures no longer leak a port.

* gnu/build/marionette.scm (wait-for-tcp-port): Close SOCK upon
success.
(wait-for-unix-socket): Likewise.

gnu: bind: Update to 9.16.0.

* gnu/packages/dns.scm (isc-bind): Update to 9.16.0.
[inputs]: Add libuv.
[native-inputs]: Add pkg-config.  Remove net-tools.
[arguments]: Remove obsolete --with-openssl= from #:configure-flags.

gnu: Use HTTPS for hackage.haskell.org home pages.

* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-network-byte-order)
(ghc-base-compat-batteries, ghc-regex-tdfa-text, ghc-sdl2-image)
(ghc-language-glsl, ghc-sop-core, ghc-libffi, ghc-path, ghc-io-streams)
(ghc-openssl-streams, ghc-haskell-lexer, ghc-prettyclass, ghc-ifelse)
(ghc-sdl2-mixer, ghc-errorcall-eq-instance, ghc-filepath-bytestring)
(ghc-refact, ghc-pointedlist, ghc-string-qq, ghc-tls-session-manager)
(ghc-magic, ghc-exactprint, ghc-inline-c, ghc-infer-license)
(ghc-unagi-chan)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: emacs-recent-addresses: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-recent-addresses)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: ecl-clx: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (ecl-clx)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: java-plexus-utils: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/java.scm (java-plexus-utils)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: ghc-xml: Update home page.

Before code.galois.com vanished, it redirected here.

* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-xml)[home-page]: Use new (HTTPS) URI.

gnu: ruby-thin: Update home page.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-thin)[home-page]: Use new (HTTPS) URI.

gnu: ghc-tagsoup: Update home page.

* gnu/packages/haskell-web.scm (ghc-tagsoup)[home-page]: Use new (HTTPS)
URI

gnu: choqok: Update to 1.7.0.

* gnu/packages/kde-internet.scm (choqok): Update to 1.7.0.
  (inputs): Add purpose, qtnetworkauth.
  (source): Don't apply patch.
* gnu/packages/patches/choqok-Fix-building-under-Qt-5.13.patch: Remove
  (no longer needed).

gnu: Add font-vazir.

* gnu/packages/fonts.scm (font-vazir): New variable.

gnu: gnome-shell-extension-paperwm: Install compiled gschemas.

* gnu/packages/gnome-xyz.scm (gnome-shell-extension-paperwm)[arguments]:
Install compiled gschemas.

Signed-off-by: Alex Griffin <a@ajgrf.com>

gnu: profanity: Update to 0.8.1.

* gnu/packages/messaging.scm (profanity): Update to 0.8.1.

gnu: chroma: Fix description.

* gnu/packages/games.scm (chroma)[descrption]: Add missing space and fix
indentation.

gnu: libfprint, fprintd: Update to 1.90.1.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libfprint): Update to 1.90.1.
[source]: Use GIT-FETCH and GIT-FILE-NAME.
[build-system]: Use Meson.
[arguments]: Adapt #:configure-flags.
[native-inputs]: Add eudev, glib:bin, gobject-introspection,
and gtk-doc.
[inputs]: Replace libusb with gusb.
(fprintd): Update to 1.90.1.
[source]: Use GIT-FETCH and GIT-FILE-NAME.
[build-system]: Use Meson.
[arguments]: Add directory #:configure-flags.
Work around many exciting new Meson features.
[native-inputs]: Replace intltool with gettext-minimal.
Add glib:bin, libxslt, and perl.
[inputs]: Add elogind and polkit, as well as gusb, nss, and pixman.

gnu: Update fprintd home pages.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libfprint, fprintd)[home-page]: Update.

gnu: libreoffice: Fix ‘soffice’ in a pure environment.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libreoffice)[arguments]: Refer to grep
and coreutils by absolute file name in the soffice launcher script.

gnu: containerd: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/docker.scm (containerd)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: openh264: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/video.scm (openh264)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: scons: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/python-xyz.scm (scons)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: python-pycrypto: Update home page.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-pycrypto)[home-page]: Follow
(HTTPS) redirection.

gnu: proj: Update home page.

* gnu/packages/geo.scm (proj)[home-page]: Use new (HTTPS) domain.

gnu: ghc-splitmix: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-splitmix)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: rust-tempfile: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-tempfile)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: python-sympy: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-sympy)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: emacs-rotate-text: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-rotate-text)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: rust-yaml-rust: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-yaml-rust)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: grisbi: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/finance.scm (grisbi)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: calibre: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/ebook.scm (calibre)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: nim: Update to 1.0.6.

* gnu/packages/nim.scm (nim): Update to 1.0.6.

gnu: gnome-shell-extension-paperwm: Recompile schemas.

* gnu/packages/gnome-xyz.scm (gnome-shell-extension-paperwm)
[source]: Remove gschemas.compiled in a snippet.
[arguments]: Add compile-schemas phase.
[native-inputs]: Add glib.

Signed-off-by: Alex Griffin <a@ajgrf.com>

gnu: Add cl-pzmq.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-pzmq, cl-pzmq, ecl-pzmq): New variables.

gnu: highlight: Build perl bindings.

* gnu/packages/pretty-print.scm (highlight)[native-inputs]: Add swig.
[inputs]: Add perl.
[arguments]: Specify lua version for pkg-config command, add
'install-perl-bindings' phase.

gnu: Add vinci.

* gnu/packages/maths.scm (vinci): New variable.

doc: Fix copy-build-system specification.

* doc/guix.texi (Build Systems): Files must match one or more filters, not
  exactly one.

doc: Fix indentation.

This follows up on commit e90e64049ce160d28d1e8b3014badcc2b214627c,
which broke ‘guix pull’.

* doc/guix.texi (Build Systems): Un-indent.

doc: Fix typos.

* doc/guix.texi (Build Systems): Add missing hash to "#:exclude", and a comma
after "e.g.".  Use @file and @var appropriately.

gnu: Add gnome-shell-extension-paperwm.

* gnu/packages/gnome-xyz.scm (gnome-shell-extension-paperwm): New variable.

gnu: gcide: Use the copy-build-system.

* gnu/packages/dictionaries.scm (gcide2)[build-system]: Use the
  copy-build-system.

build-system: Add copy-build-system.

* guix/build-system/copy.scm: New file.
* guix/build/copy-build-system.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add them.
* doc/guix.texi (Build Systems): Document 'copy-build-system'.

gnu: tilda: Update to 1.5.0.

* gnu/packages/terminals.scm (tilda): Update to 1.5.0.

gnu: subversion: Don't build static libraries.

This drops the size of the package by about 27%.

* gnu/packages/version-control.scm (subversion)[arguments]: Add
configure-flag to not build static libraries.

gnu: php: Update to 7.4.3.

* gnu/packages/php.scm (php): Update to 7.4.3.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

services: udev: Do not rely on shepherd inheriting environment variables.

Fixes <https://bugs.gnu.org/39671>.

* gnu/services/base.scm (udev-shepherd-service)[start] Move or copy
environment variables to 'fork+exec-command' instead of 'setenv'.

gnu: corrode: Use git-file-name.

* gnu/packages/haskell-apps.scm (corrode): Use git-file-name.

gnu: libjit: Use git-file-name

* gnu/packages/assembly.scm (libjit): Use git-file-name.

gnu: guile-gcrypt: Use git-file-name

* gnu/packages/gnupg.scm (guile-gcrypt): Use git-file-name.

gnu: ath9k-htc-firmware, b43-tools: Use git-file-name.

* gnu/packages/firmware.scm (ath9k-htc-firmware): Use git-file-name.
  (b43-tools): Likewise.

gnu: fpga.scm: Use git-version and git-file-name where appropriate.

* gnu/packages/fpga.scm (abc): Use git-version. The uri is using an
  autogenerated commit package, it would ideally use git-fetch. The
  canonical repository is now on GitHub, but the old commit ID is not
  present. This means that changing the origin is best done together
  with an update.
  (icestorm): Use git-version, git-file-name.
  (arachne-pnr): Use git-file-name.

gnu: ntk: Use git-file-name.

* gnu/packages/fltk.scm (ntk): Use git-file-name.

gnu: git-annex: Update to 7.20200219.

* gnu/packages/haskell-apps.scm (git-annex): Update to 7.20200219.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: perl-image-exiftool: Update to 11.85.

* gnu/packages/photo.scm (perl-image-exiftool): Update to 11.85.

gnu: RawTherapee: Update to 5.8.

* gnu/packages/photo.scm (rawtherapee): Update to 5.8.

doc: Use two spaces after full stops.

* doc/guix.texi (The Store): Use two spaces after full stops.

ssh: Add Kerberos-support to ssh:// daemon URLs

* guix/ssh.scm (open-ssh-session): Fall back to GSSAPI if public key
authentication does not work

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add Kerberos support to libssh

* gnu/packages/ssh.scm (libssh)[inputs]: Depend on mit-krb5

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

build-self: Show wider backtraces.

* build-aux/build-self.scm (build): Add 'setenv' call for "COLUMNS".

gnu: certbot, python-acme: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/tls.scm (certbot, python-acme): Update to 1.2.0.

gnu: linux-libre: Update to 5.4.21.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.21.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.105.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.105.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: libevent: Split into two outputs.

This removes python and its dependencies from the libevent closure,
reducing it from 180MB to 70MB.

* gnu/packages/libevent.scm (libevent): Add bin output.

gnu: js-selectize: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/javascript.scm (js-selectize)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: python-scikit-image: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/python-science.scm (python-scikit-image)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: transset-df: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/xorg.scm (transset-df)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: munge: Update to 0.5.14.

* gnu/packages/admin.scm (munge): Update to 0.5.14.
[source]: Expand snippet.
[arguments]: Continue installing pkg-config file.
Add new ‘skip-failing-tests’ for the new test suite.

gnu: crypto++: Update to 8.2.0.

* gnu/packages/crypto.scm (crypto++): Update to 8.2.0.

gnu: crypto++: Returt #t from all phases.

* gnu/packages/crypto.scm (crypto++)[arguments]: Return #t from
‘install-pkg-config’.

gnu: crypto++: Build in parallel.

* gnu/packages/crypto.scm (crypto++)[arguments]: Make ‘build-shared’
the main ‘build’ phase.  Respect MAKE-FLAGS and PARALLEL-JOB-COUNT.

gnu: crypto++: Don't hard-code VERSION.

* gnu/packages/crypto.scm (crypto++)[arguments]: Use package VERSION.

gnu: libbytesize: Update to 2.2.

* gnu/packages/c.scm (libbytesize): Update to 2.2.

gnu: r-scran: Update to 1.14.6.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-scran): Update to 1.14.6.

gnu: r-hdf5array: Update to 1.14.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-hdf5array): Update to 1.14.2.

gnu: r-gviz: Update to 1.30.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-gviz): Update to 1.30.3.

gnu: r-rhtslib: Update to 1.18.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rhtslib): Update to 1.18.1.