gnu: Add r-txdb-hsapiens-ucsc-hg38-knowngene.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-txdb-hsapiens-ucsc-hg38-knowngene): New variable.

gnu: ungoogled-chromium: Update to 75.0.3770.80-0.5d8abc3.

* gnu/packages/chromium.scm (%preserved-third-party-files): Update for 75.
(%chromium-version): Update to 75.0.3770.80.
(%ungoogled-revision): Update to 5d8abc38b43a62f379615a0dc972b29d9aebb4b4.
(%debian-revision): Update to debian/75.0.3770.80-1.
(%chromium-origin, %ungoogled-origin, %debian-origin): Update hashes.
(ungoogled-chromium-source): Include Debians GCC6 patches.
(ungoogled-chromium)[arguments]: Add "enable_vr=false" to #:configure-flags.

gnu: chromium: Move origins into separate variables.

* gnu/packages/chromium.scm (%chromium-origin, %ungoogled-origin,
%debian-origin): New variables.
(ungoogled-chromium-source): Adjust accordingly.

gnu: pigx-rnaseq: Update to 0.0.6.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-rnaseq): Update to 0.0.6.
[inputs]: Remove bedtools.

gnu: wget.scm: List inputs alphabetically.

* gnu/packages/wget.scm: List inputs alphabetically.

gnu: wget: Change default paste site.

* gnu/packages/wget.scm (wgetpaste)[arguments]: Change default paste
site in custom 'remove-dead-paste-site phase.

gnu: wgetpaste: Add xclip to wrapper program list.

* gnu/packages/wget.scm (wgetpaste)[arguments]: Add xclip to list of
wrapper programs in custom 'wrap-program phase.
[inputs]: Add xclip.

gnu: Add r-annotatr.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-annotatr): New variable.

gnu: crate: Add proc-macro2 and quote.

* gnu/packages/crates-io.scm: (rust-proc-macro2): New variable.
(rust-quote): New variable.

Signed-off-by: Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>

gnu: crate: Add unicode-xid.

* gnu/local.mk: (GNU_SYSTEM_MODULES): Add packages/crates-io.scm.
* gnu/packages/crates-io.scm: New file, containing unicode-xid.

Signed-off-by: Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>

import: crate: Define dependencies as arguments.

* guix/import/crate.scm:
(crate-fetch)[input-crates]: Rename to dev-crates.
[native-input-crates]: Rename to dev-dep-crates.
[inputs]: Rename to cargo-inputs.
[native-inputs]: Rename to cargo-development-inputs.
(maybe-cargo-inputs, maybe-cargo-development-inputs, maybe-arguments): Add
them.
(make-crate-sexp)[inputs]: Rename to cargo-inputs.
[native-inputs]: Rename to cargo-development-inputs.
[maybe-native-inputs, maybe-inputs]: Replace with maybe-arguments.
* guix/import/utils.scm: (package-names->package-inputs): Make public.  Add
docstring.
* tests/crate.scm (crate->guix-package): Update the match pattern.

Signed-off-by: Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>

doc: Update cargo-build-system parameter docs.

* doc/guix.texi: (Build Systems)[cargo-build-system]: Add references to
the #:rust, #:cargo-inputs, and #:cargo-development-inputs parameters.
Remove reference to installing crate sources.

Signed-off-by: Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>

build-system/cargo: Don't copy source as an output.

* guix/build-system/cargo.scm: (cargo-build)[build-expression->derivation]:
Don't add "src" output.
* guix/build/cargo-build-system.scm: (install-source): Delete it.
(%standard-phases): Delete 'install-source.

Signed-off-by: Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>

build-system/cargo: Use sources from package sources.

* guix/build/cargo-build-system.scm (crate-src?): New procedure.
(configure): Use the new procedure to expand crate tarballs in the vendor
directory.

Signed-off-by: Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>

build-system/cargo: Expand transitive crate sources.

* guix/build/cargo: (package-cargo-inputs): Add it.
(package-cargo-development-inputs): Add it.
(crate-closure): Add it.
(expand-crate-sources): Add it.
(lower)[private-keywords]: Add #:cargo-inputs and
[bag]: Use expand-crate-sources to augment build-inputs.

Signed-off-by: Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>

gnu: Add emacs-shroud.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-shroud): New variable.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

services: Add SRFI-26 to Nix activation gexp.

Fix the following fatal error on ‘guix system reconfigure’:

Backtrace:
          18 (primitive-load "/home/nckx/.config/guix/current/bin/guix")
In guix/ui.scm:
  1620:12 17 (run-guix-command _ . _)
In ice-9/boot-9.scm:
    829:9 16 (catch _ _ #<procedure 7a7caa2d4c80 at guix/ui.scm:587:2 (key c)> _)
    829:9 15 (catch _ _ #<procedure 7a7caa2d4c98 at guix/ui.scm:710:6 (key proc format-string format-args . …> …)
In guix/scripts/system.scm:
   1325:8 14 (_)
In guix/status.scm:
    768:4 13 (call-with-status-report _ _)
In guix/scripts/system.scm:
   1181:4 12 (process-action _ _ _)
In guix/store.scm:
   623:10 11 (call-with-store _)
  1800:24 10 (run-with-store _ _ #:guile-for-build _ #:system _ #:target _)
In guix/scripts/system.scm:
   920:13  9 (_ _)
    409:8  8 (_ _)
In unknown file:
           7 (primitive-load "/gnu/store/dha7j9gcz3vgb8cy7vfvvaswwsywrrzj-activate")
In ice-9/boot-9.scm:
   260:13  6 (for-each #<procedure primitive-load (_)> _)
In unknown file:
           5 (primitive-load "/gnu/store/ql1xjxrssxm51z2bn2v6l3mlrncij84h-activate-service")
In ice-9/eval.scm:
    619:8  4 (_ #f)
   196:35  3 (_ #f)
   196:27  2 (_ #f)
   223:20  1 (proc #<directory (guile-user) 1fa4140>)
In unknown file:
           0 (%resolve-variable (7 . cut) #<directory (guile-user) 1fa4140>)

ERROR: In procedure %resolve-variable:
error: cut: unbound variable

Reported-by: Alex McGrath on #guix.
* gnu/services/nix.scm (nix-activation): Import and use (srfi srfi-26).

gnu: racket: Update to 7.3.

* gnu/packages/scheme.scm (racket): Update to 7.3.
* gnu/packages/patches/racket-store-checksum-override.patch: Update for Racket
  7.3.

gnu: Add r-psiplot.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-psiplot): New variable.

gnu: tbb: Update to 2019_U8.

* gnu/packages/tbb.scm (tbb): Update to 2019_U8.

gnu: offlineimap: Update to 7.2.4.

* gnu/packages/mail.scm (offlineimap): Update to 7.2.4.

gnu: wine-staging: Update to 4.10.

* gnu/packages/wine.scm (wine-staging-patchset-data): Update to 4.10.
* gnu/packages/wine.scm (wine-staging): Update to 4.10.

gnu: faudio: Update to 19.06.07.

* gnu/packages/audio.scm (faudio): Update to 19.06.07.

gnu: kitty: Update to 0.14.2.

* gnu/packages/terminals.scm (kitty): Update to 0.14.2.

gnu: grim: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/image.scm (grim): Update to 1.2.0.

gnu: slurp: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/image.scm (slurp): Update to 1.2.0.

pack: Fix 'guix pack -f docker'.

Regression introduced in a0f352b30f4869a7af7017b8a5011ac7602dd115.

* guix/scripts/pack.scm (docker-image): Check whether ENTRY-POINT is
true before returning (string-append #$profile ...).

services: slim: Update SLiM theme to 1.x.

* gnu/services/xorg.scm (%default-slim-theme-name): Change to "1.x".

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

artwork: Update snapshot to 2f2fe74.

* gnu/artwork.scm (%artwork-repository): Update to 2f2fe74.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

store: 'build-things' accepts derivation/output pairs.

This allows callers to request the substitution of a single derivation
output.

* guix/store.scm (build-things): Accept derivation/output pairs among
THINGS.
* guix/derivations.scm (build-derivations): Likewise.
* tests/store.scm ("substitute + build-things with specific output"):
New test.
* tests/derivations.scm ("build-derivations with specific output"):
New test.
* doc/guix.texi (The Store): Adjust accordingly.

ssh: Add missing import.

* guix/ssh.scm: Use (ice-9 format).

download: Update list of content-addressed mirrors.

* guix/download.scm (%content-addressed-mirrors): Change
"berlin.guixsd.org" to "ci.guix.gnu.org" and move it first.

doc: Work around a po4a bug.

* doc/guix.texi: Work around a po4a bug that prevents `guix pull` from
completing.

Revert "nls: Update 'de' translation of the manual."

This reverts commit 78b0f9419fdac88d7b84314868bab1b1e8173602.

gnu-maintenance: Switch to ftp.mirrorservice.org for KDE updater.

mirrors.mit.edu seems no longer available over FTP.

* guix/gnu-maintenance.scm (latest-kde-release): Change from mirrors.mit.edu
to ftp.mirrorservice.org.

gnu: Add r-biosigner.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-biosigner): New variable.

gnu: Add r-ropls.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-ropls): New variable.

services: guix-publish: Configure log rotation.

* gnu/services/base.scm (%guix-publish-log-rotations): New variable.
(guix-publish-service-type): Extend the rottlog-service-type.

services: guix-publish: Log to a file.

This makes it easier to read the output, as it's recorded in a file.

* gnu/services/base.scm (guix-publish-shepherd-service): Add #:log-file to
make-forkexec-constructor.

services: Add 'nix-service-type'.

* gnu/services/nix.scm: New file.
* gnu/local.mk: Add this.
* doc/guix.texi (Miscellaneous Services): Document this.

gnu: linux-libre: Update to 5.1.8.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 5.1.8.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.49.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.49.
(%linux-libre-4.19-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.15: Remove package.

This release series is no longer supported upstream.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.15-version)
(%linux-libre-4.15-hash, linux-libre-4.15)
(linux-libre-headers-4.15): Remove variables.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.124.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.124.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: emacs-idris-mode: Use recent git checkout.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-idris-mode)[source]: Use git-fetch.
[version]: Include revision and commit.

gnu: recutils: Remove emacs-minimal native input.

* gnu/packages/databases.scm (recutils)[native-inputs]: Remove emacs-minimal.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: Add emacs-recutils.

* gnu/packages/databases.scm (emacs-recutils): New variable.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

gnu: Restore allegro-mesa-18.2.5-and-later.patch.

Dropped in 49405aaf5c2c9cfc713c7efdccaf6d48d3c714a3, it's still in use
by the (leaf) allegro-5.0 package.

* gnu/packages/patches/allegro-mesa-18.2.5-and-later.patch: Newish file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Re-add it.

gnu: mobile-broadband-provider-info: Update to 20190116.

* gnu/packages/gnome.scm (mobile-broadband-provider-info): Update to 20190116.

gnu: gnumeric: Update to 1.12.45.

* gnu/packages/gnome.scm (gnumeric): Update to 1.12.45.

gnu: virtualgl: Update to 2.6.2.

* gnu/packages/gl.scm (virtualgl): Update to 2.6.2.

gnu: cfitsio: Update to 3.47.

* gnu/packages/astronomy.scm (cfitsio): Update to 3.47.

gnu: radeontop: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/linux.scm (radeontop)[source]: Use GIT-FETCH and
GIT-FILE-NAME.
[home-page]: Move down to its conventional spot.

gnu: radeontop: Update to 1.2.

* gnu/packages/linux.scm (radeontop): Update to 1.2.

doc: Fix typos.

* doc/guix.texi (Version Control Services): Fix typos & edit surrounding
text.

gnu: r-rhisat2: Update to 1.0.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rhisat2): Update to 1.0.2.

gnu: r-aucell: Update to 1.6.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-aucell): Update to 1.6.1.

gnu: r-msnbase: Update to 2.10.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-msnbase): Update to 2.10.1.

gnu: r-iranges: Update to 2.18.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-iranges): Update to 2.18.1.

gnu: r-numderiv: Update to 2016.8-1.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-numderiv): Update to 2016.8-1.1.

gnu: r-quantreg: Update to 5.40.

* gnu/packages/statistics.scm (r-quantreg): Update to 5.40.

gnu: r-fpc: Update to 2.2-2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-fpc): Update to 2.2-2.

gnu: r-prabclus: Update to 2.3-1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-prabclus): Update to 2.3-1.

gnu: r-e1071: Update to 1.7-2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-e1071): Update to 1.7-2.

gnu: r-xml: Update to 3.98-1.20.

* gnu/packages/statistics.scm (r-xml): Update to 3.98-1.20.

gnu: r-dbplyr: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-dbplyr): Update to 1.4.1.

gnu: r-tibble: Update to 2.1.3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-tibble): Update to 2.1.3.

gnu: r-markdown: Update to 1.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-markdown): Update to 1.0.

gnu: r-rsvd: Update to 1.0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-rsvd): Update to 1.0.1.

gnu: r-iso: Update to 0.0-18.

* gnu/packages/cran.scm (r-iso): Update to 0.0-18.

gnu: r-performance: Update to 0.2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-performance): Update to 0.2.0.

gnu: r-sjstats: Update to 0.17.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-sjstats): Update to 0.17.5.
[propagated-inputs]: Add r-bayestestr and r-performance; remove r-matrix.

gnu: r-proc: Update to 1.15.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-proc): Update to 1.15.0.

gnu: r-sjlabelled: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-sjlabelled): Update to 1.1.0.
[propagated-inputs]: Remove r-dplyr; add r-tidyselect.

gnu: r-tseries: Update to 0.10-47.

* gnu/packages/cran.scm (r-tseries): Update to 0.10-47.

gnu: r-statnet-common: Update to 4.3.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-statnet-common): Update to 4.3.0.

gnu: r-seriation: Update to 1.2-7.

* gnu/packages/cran.scm (r-seriation): Update to 1.2-7.

gnu: r-stringdist: Update to 0.9.5.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-stringdist): Update to 0.9.5.2.

gnu: git: Update to 2.22.0.

* gnu/packages/version-control.scm (git): Update to 2.22.0.

gnu: notmuch: Update to 0.29.

* gnu/packages/mail.scm (notmuch): Update to 0.29.
[source]: Change to ".xz" tarball.

gnu: po4a: Update to 0.56.

* gnu/packages/gettext.scm (po4a): Update to 0.56.

gnu: ceph: Update to 13.2.6.

* gnu/packages/storage.scm (ceph): Update to 13.2.6.

gnu: jalv-select: Update to 1.3.

* gnu/packages/music.scm (jalv-select): Update to 1.3.
[arguments]: Do not patch jalv.select.h.

gnu: gtkwave: Update to 3.3.101.

* gnu/packages/fpga.scm (gtkwave): Update to 3.3.101.

gnu: newt: Update to 0.52.21.

* gnu/packages/slang.scm (newt): Update to 0.52.21.

gnu: v4l-utils: Update to 1.16.6.

* gnu/packages/video.scm (v4l-utils): Update to 1.16.6.

gnu: livemedia-utils: Update to 2019.05.29.

* gnu/packages/video.scm (livemedia-utils): Update to 2019.05.29.

installer: Fix typo.

* gnu/installer/newt/network.scm (run-technology-page): Fix plural typo.

gnu: allegro: Update to 5.2.5.0.

* gnu/packages/game-development.scm (allegro): Update to 5.2.5.0.
[source]: Remove patch.
* gnu/packages/patches/allegro-mesa-18.2.5-and-later.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: newt: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/slang.scm (newt)[source]: Hard-code NAME.

gnu: babl: Update to 0.1.64.

* gnu/packages/gimp.scm (babl): Update to 0.1.64.

gnu: font-gnu-unifont: Update to 12.1.02.

* gnu/packages/fonts.scm (font-gnu-unifont): Update to 12.1.02.

gnu: font-gnu-unifont: Add Unifoundry source URL.

* gnu/packages/fonts.scm (font-gnu-unifont)[source]: Add unifoundry.com.

gnu: tmux-xpanes: Update to 4.1.1.

* gnu/packages/tmux.scm (tmux-xpanes): Update to 4.1.1.

import: utils: 'specs->package-lists' correctly matches "out".

* guix/import/utils.scm (specs->package-lists): Match "out", not ("out").

import: print: Honor the outputs of inputs (!).

Fixes <http://bugs.gnu.org/35893>.
Reported by Jesse Gibbons <jgibbons2357@gmail.com>.

* guix/import/print.scm (package->code)[package-lists->code]: Preserve
OUT in the result.
* tests/print.scm (define-with-source): New macro.
(pkg): Use it.
(pkg-source): New variable.
(pkg-with-inputs, pkg-with-inputs-source): New variables.
("simple package"): Refer to 'pkg-source'.
("package with inputs"): New test.

installer: Install xterm alongside ratpoison.

* gnu/installer/services.scm (%system-services) <"ratpoison">: Add
xterm.

installer: Install companion packages alongside i3.

Fixes <http://bugs.gnu.org/36008>.
Suggested by Giovanni Biscuolo <g@xelera.eu>.

* gnu/installer/services.scm (%system-services) <"i3">: Add i3status,
dmenu, and st.

nls: Update 'de' translation of the manual.

gnu: glibc-locales: Install symlinks using the normalized codeset.

Fixes <https://bugs.gnu.org/36076>.
Reported by Jack Hill <jackhill@jackhill.us>
and Giovanni Biscuolo <g@xelera.eu>

* gnu/build/locale.scm (locale->name+codeset): New file.
* gnu/packages/base.scm (make-glibc-locales): Add #:modules
and #:imported-modules.  Add a 'symlink-normalized-codesets' phase.