download: Don't report the progress too fast.

* guix/utils.scm (<progress-reporter>): New record type.
(call-with-progress-reporter): New procedure.
* guix/build/download.scm (dump-port*, rate-limited, progress-reporter/file):
New procedures.
(ftp-fetch, http-fetch): Use 'dump-port*'.
(progress-proc): Remove procedure.
* guix/scripts/substitute.scm (progress-report-port): Rewrite in terms of
<progress-reporter>.
(process-substitution): Adjust accordingly.

cve: Disable position recording while reading the CVE list.

* guix/cve.scm (fetch-vulnerabilities)[read*]: New procedure.
Use it in lieu of 'read'.

doc: Mention 'mkfs.fat' for the ESP.

Suggested by Hartmut Goebel <h.goebel@crazy-compilers.com>.

* doc/guix.texi (Preparing for Installation): Mention 'mkfs.fat'.

gnu: emacs-skewer-mode: Include html and js files.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-skewer-mode): Include html and js files.

Signed-off-by: Alex Kost <alezost@gmail.com>

gnu: efl: Update to 1.20.4.

* gnu/packages/enlightenment.scm (efl): Update to 1.20.4.

doc: Add a note about closing bug threads.

* doc/contributing.texi (Submitting Patches): Add a note about closing bug
threads by mailing to NNN-done@debbugs.gnu.org.

Suggested-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

doc: Add "Sending a Patch Series" subsection.

Searching for `git send-email' took you to the end of `Submitting Patches'
section which said

   You may use your email client or the ‘git send-email’ command.

without further warning or remark.

* doc/contributing.texi (Sending a Patch Series): Move information about
debbugs bug 15361 to subsection.  Add git-send-email index entries.
(Submitting Patches): Reference it.

system: Create "/etc/hostname".

* gnu/system.scm (operating-system-etc-service): Add a plain-file with the
  operating-system-host-name.

gnu: cuirass: Update development snapshot.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to commit 87ad259.

http-client: 'http-client/cached' uses 'If-Modified-Since'.

* guix/http-client.scm (http-fetch/cached)[update-cache]: Add
'cache-port' parameter.  Check its mtime and compute 'if-modified-since'
header accordingly.  Guard 'http-get-error?' and honor 304.
Adjust callers of 'update-cache'.
* guix/gnu-maintenance.scm (ftp.gnu.org-files): Set #:ttl to 15m.

utils: 'current-source-directory' gracefully deals with lack of location info.

* guix/utils.scm (current-source-directory): Adjust for when
'syntax-source' returns #f.

gnu: qutebrowser: Update to 0.11.0.

* gnu/packages/web-browsers.scm (qutebrowser): Update to 0.11.0.

gnu: gstreamer: Update to 1.12.3.

* gnu/packages/gstreamer.scm (gstreamer, gst-plugins-base, gst-plugins-good,
gst-plugins-bad, gst-plugins-ugly, gst-libav, python-gst): Update to 1.12.3.

gnu: gdk-pixbuf: Replace with 2.36.10.

Fixes CVE-2017-2862, CVE-2017-2870 and CVE-2017-6311.

* gnu/packages/gtk.scm (gdk-pixbuf, gdk-pixbuf+svg)[replacement]: New field.
(gdk-pixbuf-2.36.10, gdk-pixbuf+svg-2.36.10): New variables.

gnu: freexl: Update to 1.0.4 [fixes CVE-2017-2923 and CVE-2017-2924].

* gnu/packages/xml.scm (freexl): Update to 1.0.4.

gnu: newsbeuter: Fix CVE-2017-14500.

* gnu/packages/syndication.scm (newsbeuter)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/newsbeuter-CVE-2017-14500.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

gnu: tor: Update to 0.3.0.11 [fixes CVE-2017-0380].

* gnu/packages/tor.scm (tor): Update to 0.3.0.11.

gnu: youtube-dl: Update to 2017.09.15.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2017.09.15.

gnu: httpd: Patch "options bleed" [fixes CVE-2017-9798].

* gnu/packages/patches/httpd-CVE-2017-9798.patch: New file.
* gnu/packages/web.scm (httpd)[source]: Use it.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

system: Define 'DICPATH' in /etc/profile.

* gnu/system.scm (operating-system-etc-service) <profile>: Define
'DICPATH'.

gnu: r-rcas: Add missing inputs.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rcas)[propagated-inputs]: Add r-pbapply.

gnu: r-energy: Update to 1.7-2.

* gnu/packages/cran.scm (r-energy): Update to 1.7-2.

gnu: r-glmnet: Update to 2.0-12.

* gnu/packages/statistics.scm (r-glmnet): Update to 2.0-12.

gnu: r-lambda-r: Update to 1.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-lambda-r): Update to 1.2.

gnu: r-gridextra: Update to 2.3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-gridextra): Update to 2.3.

gnu: r-dplyr: Update to 0.7.3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-dplyr): Update to 0.7.3.

gnu: r-crayon: Update to 1.3.4.

* gnu/packages/statistics.scm (r-crayon): Update to 1.3.4.

gnu: r-svglite: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-svglite): Update to 1.2.1.

gnu: r-mgcv: Update to 1.8-21.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mgcv): Update to 1.8-21.

substitute: Close the download port after substitution finished.

* guix/scripts/substitute.scm (progress-substitution): Call 'close-port'
after 'restore-file'.

gnu: r-rcas: Update to 1.3.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rcas): Update to 1.3.4.

gnu: r-caret: Update to 6.0-77.

* gnu/packages/statistics.scm (r-caret): Update to 6.0-77.
[propagated-inputs]: Remove r-car; add r-recipes and r-withr.

gnu: r-rstudioapi: Update to 0.7.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rstudioapi): Update to 0.7.

gnu: r-openssl: Update to 0.9.7.

* gnu/packages/statistics.scm (r-openssl): Update to 0.9.7.
[inputs]: Replace openssl with libressl.

gnu: Add r-recipes.

* gnu/packages/cran.scm (r-recipes): New variable.

gnu: Add r-ipred.

* gnu/packages/cran.scm (r-ipred): New variable.

gnu: Add r-rcpproll.

* gnu/packages/cran.scm (r-rcpproll): New variable.

gnu: Add r-gower.

* gnu/packages/cran.scm (r-gower): New variable.

gnu: Add r-ddalpha.

* gnu/packages/cran.scm (r-ddalpha): New variable.

gnu: Add r-timedate.

* gnu/packages/cran.scm (r-timedate): New variable.

gnu: Add r-dimred.

* gnu/packages/cran.scm (r-dimred): New variable.

gnu: Add r-prodlim.

* gnu/packages/cran.scm (r-prodlim): New variable.

gnu: Add r-drr.

* gnu/packages/cran.scm (r-drr): New variable.

gnu: Add r-lava.

* gnu/packages/cran.scm (r-lava): New variable.

gnu: Add r-cvst.

* gnu/packages/cran.scm (r-cvst): New variable.

gnu: hicolor-icon-theme: Update to 0.17.

* gnu/packages/gnome.scm (hicolor-icon-theme): Update to 0.17.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: blender: Update to 2.79.

* gnu/packages/graphics.scm (blender): Update to 2.79.
[source]: Use https.
[home-page]: Same.

gnu: emacs-org: Update to 20170917.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-org): Update to 20170917, aka Org 9.1.1.

gnu: binutils: Fix security issues.

* gnu/packages/base.scm (binutils)[replacement]: New field.
(binutils/fixed): New variable.
* gnu/packages/commencement.scm (binutils-boot0, binutils-final): Use
'package/inherit' to correctly use replacement binutils.

gnu: certbot: Fix build with python-pyopenssl >= 17.3.0.

* gnu/packages/patches/python-acme-dont-use-openssl-rand.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.
* gnu/packages/tls.scm (python-acme)[source]: Use it.

gnu: python-pyopenssl: Update to 17.3.0.

* gnu/packages/python.scm (python-pyopenssl): Update to 17.3.0.

gnu: lftp: Update to 4.8.1.

* gnu/packages/ftp.scm (lftp): Update to 4.8.1.

gnu: jasper: Update to 2.0.14.

* gnu/packages/image.scm (jasper): Update to 2.0.14.

gnu: xf86-video-ati: Update to 7.10.0.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-ati): Update to 7.10.0.

gnu: xf86-input-libinput: Update to 0.26.0.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-input-libinput): Update to 0.26.0.

gnu: strace: Update to 4.19.

* gnu/packages/linux.scm (strace): Update to 4.19.

gnu: ruby-2.2: Update to 2.2.8.  Fix CVE-2017-{0898,10784,14033,14064}.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-2.2): Update to 2.2.8.
[source]: Remove patch.
* gnu/packages/patches/ruby-2.2.7-rubygems-2613-ruby22.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: ruby-2.3: Update to 2.3.5.  Fix CVE-2017-{0898,10784,14033,14064}.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-2.3): Update to 2.3.5.
[source]: Remove patch.
* gnu/packages/patches/ruby-2.3.4-rubygems-2613-ruby23.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

ruby: Update replacement to 2.4.2.  Fix CVE-2017-{0898,10784,14033,14064}.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby): Update replacement to 2.4.2.
(ruby-2.4.1): Rename to ...
(ruby-2.4.2): ... this.
[source]: Remove patches.
* gnu/packages/patches/ruby-rubygems-2612-ruby24.patch,
gnu/packages/patches/ruby-rubygems-2613-ruby24.patch: Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.

gnu: efl: Hardcode libcurl path.

* gnu/packages/enlightenment.scm (efl)[arguments]: Hardcode the location
of libcurl.so.

gnu: openfoam: Fix typo.

* gnu/packages/simulation.scm (openfoam)[description]: Add a period to
the end of the sentence.

gnu: owncloud-client: Update to 2.3.3.

* gnu/packages/sync.scm (owncloud-client): Update to 2.3.3.

gnu: bluefish: Update to 2.2.10.

* gnu/packages/gnome.scm (bluefish): Update to 2.2.10.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: python-orator: Move to (gnu packages databases).

* gnu/packages/python.scm: Remove (gnu packages time) import.
(python-orator, python2-orator): Move from here ...
* gnu/packages/databases.scm: ... to here.

gnu: python-orator: Update to 0.9.7.

* gnu/packages/python.scm (python-orator, python2-orator): Update to 0.9.7.
[arguments]: Enable tests.  Loosen dependency requirements.
[propagated-inputs]: Remove python-arrow.  Add python-backpack,
python-pendulum, python-pygments, python-six.
(python2-orator)[propagated-inputs]: Also remove python2-ipaddress.

gnu: python-pygments: Update to 2.2.0.

* gnu/packages/databases.scm (python-pygments): Update to 2.2.0.

gnu: python-cleo: Update to 0.6.1.

* gnu/packages/databases.scm (python-cleo): Update to 0.6.1.
[native-inputs]: Add python-pytest-mock.
[propagated-inputs]: Add python-backpack, python-pastel.  Remove
python-psutil.

gnu: Add python-pastel.

* gnu/packages/graphics.scm (python-pastel): New variable.

gnu: python-pyaml: Update to 17.7.2.

* gnu/packages/databases.scm (python-pyaml): Update to 17.7.2.

gnu: Add python-pendulum.

* gnu/packages/time.scm (python-pendulum): New variable.

gnu: Add python-pytzdata.

* gnu/packages/time.scm (python-pytzdata): New variable.

gnu: Add python-backpack.

* gnu/packages/python.scm (python-backpack): New variable.

gnu: Add hunspell-dict-fr{,moderne,reforme1990,toutesvariantes}.

* gnu/packages/libreoffice.scm (dicollecte-french-dictionary): New
procedure.
(define-french-dictionary): New macro.
(hunspell-dict-fr-classique)
(hunspell-dict-fr-moderne)
(hunspell-dict-fr-réforme-1990)
(hunspell-dict-fr-toutes-variantes): New variables.

gnu: hunspell: Specify 'DICPATH' variable.

* gnu/packages/libreoffice.scm (hunspell)[native-search-paths]: New
variable.

gnu: man-pages: Update to 4.13.

* gnu/packages/man.scm (man-pages): Update to 4.13.

build-system: Add 'meson-build-system'.

* Makefile.am (MODULES): Add 'guix/build-system/meson.scm' and
'guix/build/meson-build-system.scm'.
* guix/build-system/meson.scm: New file.
* guix/build/meson-build-system.scm: New file.
* doc/guix.texi (Build Systems): Add 'meson-build-system'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

services: networking: Add descriptions.

* gnu/services/networking.scm (static-networking-service-type)
(ntp-service-type, inetd-service-type, tor-service-type)
(tor-hidden-service-type, bitlbee-service-type)
(wicd-service-type, network-manager-service-type)
(connman-service-type, openvswitch-service-type): Add 'description'
field.
* po/packages/POTFILES.in: Add gnu/services/networking.scm.

services: base: Add descriptions.

* gnu/services/base.scm (fstab-service-type)
(file-system-service-type, urandom-seed-service-type)
(session-environment-service-type)
(console-font-service-type)
(login-service-type, agetty-service-type)
(mingetty-service-type, nscd-service-type)
(pam-limits-service-type, guix-service-type)
(guix-publish-service-type, udev-service-type)
(gpm-service-type): Add 'description' field.
* po/packages/POTFILES.in: Add gnu/services/base.scm.

guix system: Add 'search' command.

* guix/scripts/system.scm (resolve-subcommand): New procedure.
(process-command): Handle 'search'.
(guix-system): Likewise.
(show-help): Augment.
* guix/scripts/system/search.scm: New file.
* po/guix/POTFILES.in: Add it.
* Makefile.am (MODULES): Add it.
* guix/ui.scm (%text-width): Export.
* doc/guix.texi (Invoking guix system): Document it.
(Service Types and Services): Mention 'guix system search'.
* tests/guix-system.sh: Test it.

services: Add 'fold-service-types'.

* gnu/services.scm (%distro-root-directory, %service-type-path): New
variables.
(fold-service-types): New procedure.

services: Add a description and location for each service type.

* gnu/services.scm (<service-type>)[description, location]: New field.
* doc/guix.texi (Service Types and Services): Document 'description'.

ui: Generalize relevance computation.

* guix/ui.scm (relevance, package-relevance): New procedures.
(%package-metrics): New variable.
* guix/scripts/package.scm (find-packages-by-description)[score]
[package-score]: Remove.  Use 'package-relevance' instead.

gnu: Add meson-for-build.

* gnu/packages/build-tools.scm (meson-for-build): New variable.
* gnu/packages/patches/meson-for-build-rpath.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: meson: Update to 0.42.0.

* gnu/packages/build-tools.scm (meson): Update to 0.42.0.
  [propagated-inputs]: Add python.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-markdown-mode: Update to 2.3.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-markdown-mode): Update to 2.3.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: webkitgtk: Update to 2.18.0.

* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk): Update to 2.18.0.
[arguments]: Add -DUSE_GSTREAMER_GL=OFF to configure-flags.
[inputs]: Add libtasn1.

gnu: Add openfoam.

*gnu/packages/patches/openfoam-4.1-cleanup.patch: New file
*gnu/packages/simulation.scm: New file
*gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add module.
(dist_patch_DATA): Add patch.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-emms: Fix metadata retrieval for MP3 and FLAC files.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-emms): Reference find, mpg321 and metaflac by
their complete file path.
[inputs]: Add flac.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-schedule.

* gnu/packages/python.scm (python-schedule, python2-schedule): New variables.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add pydf.

* gnu/packages/disk.scm (pydf): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: libzip: Fix building on 32-bit architectures.

* gnu/packages/compression.scm (libzip)[arguments]: New field, add phase
to skip tests which are known to have issues on 32-bit architectures.

gnu: linux-libre: Update to 4.13.2.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.13.2.
(%linux-libre-hash): Update hash.
(linux-libre, linux-libre-arm-generic): Remove patch.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.50.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.50.  Remove patch.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.88.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.88.  Remove patch.

gnu: Add gnucobol.

* gnu/packages/cobol.scm (gnucobol): New variable.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: Update default gcc-objc and gcc-objc++.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-objc, gcc-objc++): Update default to 5.

gnu: Add gcc-objc++@7.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-objc++@7): New variable.

gnu: Add gcc-objc@7.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-objc@7): New variable.

gnu: Add gcc-objc++@6.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-objc++@6): New variable.

gnu: Add gcc-objc@6.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-objc@6): New variable.