gnu: notmuch: Update to 0.29.1.

* gnu/packages/mail.scm (notmuch): Update to 0.29.1.

gnu: mpd: Update to 0.21.10.

* gnu/packages/mpd.scm (mpd): Update to 0.21.10.

gnu: perl-xml-sax: Update to 1.02.

* gnu/packages/xml.scm (perl-xml-sax): Update to 1.02.

gnu: shadow: Update home page.

* gnu/packages/admin.scm (shadow)[home-page]: Update to new project home.

gnu: shadow: Update to 4.7.

* gnu/packages/admin.scm (shadow): Update to 4.7.

gnu: ansible: Update to 2.8.1.

* gnu/packages/admin.scm (ansible): Update to 2.8.1.

gnu: filezilla: Update to 3.42.1.

* gnu/packages/ftp.scm (filezilla): Update to 3.42.1.

gnu: libfilezilla: Update to 0.16.0.

* gnu/packages/ftp.scm (libfilezilla): Update to 0.16.0.

gnu: Add python-keras.

* gnu/packages/machine-learning.scm (python-keras): New variable.

gnu: Add python-pytest-timeout.

* gnu/packages/check.scm (python-pytest-timeout): New variable.

gnu: Add python-keras-preprocessing.

* gnu/packages/machine-learning.scm (python-keras-preprocessing): New variable.

gnu: Add python-keras-applications.

* gnu/packages/machine-learning.scm (python-keras-applications): New variable.

gnu: python-botocore: Update to 1.12.149.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-botocore): Update to 1.12.149.
[native-inputs]: Add python-urllib3.

gnu: python-s3transfer: Update to 0.2.0.

* gnu/packages/python-web.scm (python-s3transfer): Update to 0.2.0.
[propagated-inputs]: Add python-urllib3.

tests: Fix opensmtpd test.

* gnu/tests/mail.scm (run-opensmtpd-test) <"mail arrived">: Invoke
smtpctl by its full file name.

gnu: linux-libre: Update to 5.1.11.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 5.1.11.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.52.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.52.
(%linux-libre-4.19-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.127.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.127.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.182.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.182.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.182.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.182.

linux-container: Remove networking service when network is shared with host.

* gnu/system/linux-container.scm (dummy-networking-service-type): New
variable.
(containerized-operating-system): If network is shared with host, replace
static-networking-service-type with dummy-networking-service-type.

gnu: python2: Add 'cpe-name' property.

* gnu/packages/python.scm (python2)[properties]: New field.

gnu: linbox: Add version 1.5.2.

* gnu/packages/sagemath.scm (linbox-1.5.2): New variable.

gnu: fflas-ffpack: Add version 2.3.2.

* gnu/packages/sagemath.scm (fflas-ffpack-2.3.2): New variable.

gnu: givaro: Add version 4.0.4.

* gnu/packages/sagemath.scm (givaro-4.0.4): New variable.

gnu: Add linbox.

* gnu/packages/algebra.scm (linbox): New variable.

gnu: Add fflas-ffpack.

* gnu/packages/algebra.scm (fflas-ffpack): New variable.

gnu: Add givaro.

* gnu/packages/algebra.scm (givaro): New variable.

gnu: Remove hydra.

Our copy of hydra hasn't built in years.

* gnu/packages/ci.scm (hydra): Remove variable.

gnu: python-on-guile: Update to 0.1.0-2.058c596.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (python-on-guile): Update to 0.1.0-2.058c596.
[source]: Fetch from fork at git.elephly.net.
[arguments]: Remove phase "use-canonical-directory-for-go-files".

gnu: Add python-iml.

* gnu/packages/machine-learning.scm (python-iml): New variable.

gnu: aircrack-ng: Update to 1.5.2.

* gnu/packages/networking.scm (aircrack-ng): Update to 1.5.2.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-gruvbox-theme

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-gruvbox-theme): New variable

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add python-slurm-magic.

* gnu/packages/parallel.scm (python-slurm-magic): New variable.

doc: Replace invalid uses of @var with @code.

* doc/guix.texi: Replace @var with @code in cases where we refer to a
Scheme variable and not to a metasyntactic variable.

guix build: '--log-file' looks for build logs of equivalent derivations.

Previously, '--log-file' would look for log files only for the current
derivation, and thus wouldn't find log files of equivalent derivations
that produce the same output.

* guix/scripts/build.scm (guix-build) <log-file?>: Replace
'derivation-file-name' by 'derivation->output-path'.

tests: Avoid 'delete-paths' calls for 'derivation-prerequisites-to-build'.

* tests/derivations.scm ("derivation-prerequisites-to-build when outputs
already present"): Insert random text in BUILDER, and remove two calls
to 'delete-paths'.  Use 'derivation->output-path' for INPUT-PATH instead
of an old idiom.

gnu: gemmlowp-for-tensorflow: Use SSE2.

* gnu/packages/machine-learning.scm (gemmlowp-for-tensorflow)[arguments]: Only
enable SSE2, not SSE4.1 on i686 and x86_64 architectures.

gnu: Add python-matplotlib-venn.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-matplotlib-venn): New variable.

gnu: python-ipython: Update to 7.5.0

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-ipython): Do not inherit from
python-ipython.
[outputs]: Remove separate "doc" output.
[native-inputs]: Remove python-sphinx, python-sphinx-rtd-theme, texinfo, and
the texlive-union consisting of texlive-fonts-amsfonts, texlive-fonts-ec,
texlive-generic-ifxetex, texlive-generic-pdftex, texlive-latex-amsfonts,
texlive-latex-capt-of, texlive-latex-cmap, texlive-latex-environ,
texlive-latex-eqparbox, texlive-latex-etoolbox, texlive-latex-expdlist,
texlive-latex-fancyhdr, texlive-latex-fancyvrb, texlive-latex-fncychap,
texlive-latex-float, texlive-latex-framed, texlive-latex-geometry,
texlive-latex-graphics, texlive-latex-hyperref, texlive-latex-mdwtools,
texlive-latex-multirow, texlive-latex-oberdiek, texlive-latex-parskip,
texlive-latex-preview, texlive-latex-tabulary, texlive-latex-threeparttable,
texlive-latex-titlesec, texlive-latex-trimspaces, texlive-latex-ucs,
texlive-latex-upquote, texlive-latex-url, texlive-latex-varwidth, and
texlive-latex-wrapfig.
[arguments]: Remove "install-doc" phase; rename "fix-tests" phase to
"delete-broken-tests" and adjust.
(python-ipython): Update to 7.5.0.
[outputs]: Remove separate "doc" output.
[propagated-inputs]: Add python-backcall and python-jedi; replace
python-prompt-toolkit-1 with python-prompt-toolkit.
[native-inputs]: Remove python-sphinx, python-sphinx-rtd-theme, texinfo, and
the texlive-union consisting of texlive-fonts-amsfonts, texlive-fonts-ec,
texlive-generic-ifxetex, texlive-generic-pdftex, texlive-latex-amsfonts,
texlive-latex-capt-of, texlive-latex-cmap, texlive-latex-environ,
texlive-latex-eqparbox, texlive-latex-etoolbox, texlive-latex-expdlist,
texlive-latex-fancyhdr, texlive-latex-fancyvrb, texlive-latex-fncychap,
texlive-latex-float, texlive-latex-framed, texlive-latex-geometry,
texlive-latex-graphics, texlive-latex-hyperref, texlive-latex-mdwtools,
texlive-latex-multirow, texlive-latex-oberdiek, texlive-latex-parskip,
texlive-latex-preview, texlive-latex-tabulary, texlive-latex-threeparttable,
texlive-latex-titlesec, texlive-latex-trimspaces, texlive-latex-ucs,
texlive-latex-upquote, texlive-latex-url, texlive-latex-varwidth, and
texlive-latex-wrapfig.
[arguments]: Remove "install-doc" phase; simplify "fix-tests" phase.
[properties]: Remove.
(python-ipython-documentation): New variable.

gnu: python-ipykernel: Update to 5.1.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-ipykernel): Update to 5.1.1.

gnu: python2-ipykernel: Split from python-ipykernel.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-ipykernel): Define without
package-with-python2.

gnu: Add python-backcall.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-backcall): New variable.

gnu: stunnel: Update to 5.55.

* gnu/packages/web.scm (stunnel): Update to 5.55.

gnu: gaupol: Update to 1.6.

* gnu/packages/video.scm (gaupol): Update to 1.6.

gnu: eternalterminal: Update to 5.1.10.

* gnu/packages/terminals.scm (eternalterminal): Update to 5.1.10.

gnu: mercurial: Update to 5.0.1.

* gnu/packages/version-control.scm (mercurial): Update to 5.0.1.

gnu: rtv: Update to 1.27.0.

* gnu/packages/syndication.scm (rtv): Update to 1.27.0.

gnu: libnftnl: Update to 1.1.3.

* gnu/packages/linux.scm (libnftnl): Update to 1.1.3.

gnu: gandi.cli: Update to 1.5.

* gnu/packages/networking.scm (gandi.cli): Update to 1.5.

gnu: hcxdumptool: Update to 5.1.5.

* gnu/packages/networking.scm (hcxdumptool): Update to 5.1.5.

gnu: hcxtools: Update to 5.1.6.

* gnu/packages/networking.scm (hcxtools): Update to 5.1.6.

gnu: mpd-mpc: Update to 0.32.

* gnu/packages/mpd.scm (mpd-mpc): Update to 0.32.

gnu: radare2: Update to 3.5.1.

* gnu/packages/engineering.scm (radare2): Update to 3.5.1.

gnu: rust: Update to 1.35.0.

* gnu/packages/rust.scm (rust): Rename to...
(rust-1.34): ...this.
(rust): New variable.

gnu: Add mako.

* gnu/packages/wm.scm (mako): New variable.

gnu: Add libhomfly.

* gnu/packages/sagemath.scm (libhomfly): New variable.

gnu: Add libbraiding.

* gnu/packages/sagemath.scm (libbraiding): New variable.

doc: Fix typo.

* doc/guix.texi (Base Services)[guix-publish-service-type]:
"guix-publish-configuration" instead of "guix-configuration".

gnu: python-flask-script: Fix tests.

* gnu/packages/python-web.scm
(python-flask-script)[arguments]<#:phases>[patch-tests]: New phase.

gnu: python-scikit-learn: Update to 0.20.3.

* gnu/packages/machine-learning.scm (python-scikit-learn): Update to 0.20.3.

gnu: Add tbsp.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (tbsp): New variable.

gnu: Add rw.

* gnu/packages/graph.scm (rw): New variable.

gnu: edge-addition-planarity-suite: Move to the (gnu packages graph) module.

* gnu/packages/maths.scm (edge-addition-planarity-suite): Move from here...
* gnu/packages/maths.scm (edge-addition-planarity-suite): ...to here.

gnu: Fix freeorion build.

* gnu/packages/games.scm (freeorion)[arguments]: Fix font unbundling.

gnu: Add edge-addition-planarity-suite.

* gnu/packages/maths.scm (edge-addition-planarity-suite): New variable.

gnu: python-cypari2: Update to 2.1.1.

* gnu/packages/sagemath.scm (python-cypari2): Update to 2.1.1.

gnu: Add cliquer.

* gnu/packages/sagemath.scm (cliquer): New variable.

gnu: busybox: Don't install to usr.

* gnu/packages/busybox.scm (busybox)[arguments]: Add a custom phase
to prevent installing to %PREFIX/usr.

gnu: waybar: Add optional dependencies.

* gnu/packages/wm.scm(waybar)[inputs]: Add libdbusmenu, libnl,
libmpdclient and pulseaudio.

gnu: python-scipy: Update to 1.2.2.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-scipy): Update to 1.2.2.

gnu: oil-shell: Update to 0.6pre22.

It turns out the currently packaged release fails to build for me.
According to upstream, the 0.6 pre-releases are preferable to
currently packaged 0.5.

gnu/packages/shells.scm (oil-shell): Update to 0.6pre22.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: kakoune: Remove dependency on boost.

kakoune builds without boost since a while already.

* gnu/packages/text-editors.scm (kakoune)[inputs]: Remove boost.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

vm: 'system-docker-image' builds in a UTF-8 locale.

Fixes <https://bugs.gnu.org/36215>.
Reported by Björn Höfling <bjoern.hoefling@bjoernhoefling.de>.

This is a followup to 9c941364bfc0120e3ab5c5c4cc71a9a302d59a2b.

* gnu/system/vm.scm (system-docker-image)[build]: Set GUIX_LOCPATH and
call 'setlocale'.

gnu: open-zwave: Unbundle hidapi.

* gnu/packages/patches/open-zwave-hidapi.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/zwave.scm (open-zwave)[source](patches): New field.
(snippet): Delete 'cpp/hidapi'.
[native-inputs]: Add PKG-CONFIG.
[inputs]: Add HIDAPI.

gnu: gap: Update to 4.10.1.

* gnu/packages/algebra.scm (gap): Update to 4.10.1.
Install headers and library files by hand, since the make targets have
disappeared. Delete the special check phase, since the "make check" target
has appeared. Remove a package that is no longer recommended, and enable
two recommended packages with clarified licenses.

gnu: cmst: Don't install files to usr.

* gnu/packages/connman.scm (cmst)[arguments]: Move custom 'fix-Makefiles
phase before 'build. Add more substitutions.

gnu: cava: Don't install files to usr.

* gnu/packages/audio.scm (cava)[arguments]: In configure-flags change
FONT_DIR to not use 'usr'.

gnu: toybox: Don't install files to usr.

* gnu/packages/busybox.scm (toybox)[arguments]: Add custom phase to
remove any files installed in $PREFIX/usr.

gnu: xpra: Update to 2.5.2.

* gnu/packages/xorg.scm (xpra): Update to 2.5.2.

gnu: Add emacs-extend-smime.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-extend-smime): New variable.

gnu: Upgrade emacs-default-encrypt to 4.4.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-default-encrypt) <version>: Upgrade
to 4.4.
<sha256>: Update accordingly.
<uri, home-page>: Honor changes to upstream's website.

gnu: r-rhisat2: Update to 1.0.3.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rhisat2): Update to 1.0.3.

gnu: r-seurat: Update to 3.0.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-seurat): Update to 3.0.2.

gnu: r-tximport: Update to 1.12.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-tximport): Update to 1.12.1.

gnu: r-systempiper: Update to 1.18.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-systempiper): Update to 1.18.1.

gnu: r-r-utils: Update to 2.9.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-r-utils): Update to 2.9.0.

gnu: r-dt: Update to 0.7.

* gnu/packages/statistics.scm (r-dt): Update to 0.7.

gnu: r-rcpparmadillo: Update to 0.9.500.2.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rcpparmadillo): Update to 0.9.500.2.0.

gnu: r-mime: Update to 0.7.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mime): Update to 0.7.

gnu: r-formatr: Update to 1.7.

* gnu/packages/statistics.scm (r-formatr): Update to 1.7.

gnu: r-ggplot2: Update to 3.2.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-ggplot2): Update to 3.2.0.
[propagated-inputs]: Remove r-plyr.

gnu: r-servr: Update to 0.14.

* gnu/packages/cran.scm (r-servr): Update to 0.14.

gnu: r-polspline: Update to 1.1.15.

* gnu/packages/cran.scm (r-polspline): Update to 1.1.15.

gnu: r-deldir: Update to 0.1-21.

* gnu/packages/cran.scm (r-deldir): Update to 0.1-21.

gnu: r-nor1mix: Update to 1.3-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-nor1mix): Update to 1.3-0.

gnu: r-tractor-base: Update to 3.3.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-tractor-base): Update to 3.3.2.

gnu: r-rspectra: Update to 0.15-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-rspectra): Update to 0.15-0.

gnu: r-emmeans: Update to 1.3.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-emmeans): Update to 1.3.5.

gnu: r-abcrf: Update to 1.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-abcrf): Update to 1.8.
[propagated-inputs]: Add r-doparallel and r-foreach.