gnu: allegro: Update to 5.2.2.0.

* gnu/packages/game-development.scm (allegro): Update to 5.2.2.0.

gnu: allegro: Update source uris.

* gnu/packages/game-development.scm (allegro@5.2, allegro@5.0,
allegro@4.4)[source]: Update source uris.

file-systems: Improve error handling in the iso9660 case - fixes boot problem.

* gnu/build/file-systems.scm (read-iso9660-superblock): Modify.

gnu: freeciv: Update to 2.5.7.

* gnu/packages/games.scm (freeciv): Update to 2.5.7.
[source]: Update uri list.

gnu: Remove old vtk module dependence in image-processing.scm.

* gnu/packages/image-processing.scm: Remove old vtk module dependence.

gnu: wine: Update to 2.9

* gnu/packages/wine.scm (wine): Update to 2.9

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: slop: Update to 6.3.41.

* gnu/packages/xdisorg.scm (slop): Update to 6.3.41.

licenses: Add CC-BY 4.0.

* guix/licenses.scm (cc-by4.0): New variable.

gnu: mcelog: Update to 152.

* gnu/packages/linux.scm (mcelog): Update to 152.

gnu: linux-libre@4.1: Update to 4.1.40.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.1): Update to 4.1.40.

gnu: ruby-test-unit: Update to 3.2.4.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-test-unit): Update to 3.2.4.

gnu: ruby-gem-hadar: Update to 1.9.1.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-gem-hadar): Update to 1.9.1.
[propagated-inputs]: Remove ruby-sdoc, add ruby-yard.
[native-inputs]: Remove bundler.

gnu: ruby-sdoc: Relax dependency requirement versions.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-sdoc)[arguments]: Relax dependency requirement
versions.

gnu: bundler: Update to 1.15.1.

* gnu/packages/ruby.scm (bundler): Update to 1.15.1.

gnu: ruby-minitest-4: Exclude failing tests.

gnu/packages/ruby.scm (ruby-minitest-4): Exclude failing tests.

gnu: ruby-minitest: Update to 5.10.2.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-minitest): Update to 5.10.2.

gnu: ruby-json: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-json): Update to 2.1.0.

gnu: grub: Run tests sequentially.

Reported by Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>
at <http://bugs.gnu.org/26936>.

* gnu/packages/bootloaders.scm (grub)[arguments]: Add #:parallel-tests?.

gnu: sudo: Update to 1.8.20p2.

* gnu/packages/admin.scm (sudo): Update to 1.8.20p2.

gnu: re2: Update to 2017-06-01.

* gnu/packages/regex.scm (re2): Update to 2017-06-01.

.mailmap: Add another alias for ng0.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: neomutt: Update to 20170602.

* gnu/packages/mail.scm (neomutt): Update to 20170602.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

substitute: Do not display the installed size.

* guix/scripts/substitute.scm (process-substitution): Do not show the
installed size in the "Downloading" message.

ui: 'show-what-to-build' warns when we don't have enough disk space.

* guix/ui.scm (check-available-space): New procedure.
(show-what-to-build): Compute 'installed-size' and call
'check-available-space'.

syscalls: Provide 'free-disk-space'.

* guix/build/syscalls.scm (free-disk-space): New procedure.
* guix/scripts/gc.scm (guix-gc)[ensure-free-space]: Use it instead of
'statfs'.

ui: 'show-what-to-build' displays how much will be downloaded.

* guix/ui.scm (show-what-to-build)[download-size]
[display-download-size?]: New variables.
Add cases for when DISPLAY-DOWNLOAD-SIZE? is true.

derivations: 'derivation-prerequisites-to-build' returns <substitutable>.

* guix/derivations.scm (derivation-prerequisites-to-build): Rename
 #:substitutable? to #:substitutable-info.
[derivation-substitutable?]: Rename to...
[derivation-substitutable-info]: ... this.  Return a list of <substitutable>.
Second return value is now a list of <substitutable> instead of a list
of strings.
* guix/ui.scm (show-what-to-build)[substitutable?]: Rename to...
[substitutable-info]: ... this.
Adjust to new 'derivation-prerequisites-to-build' return value type.
* tests/derivations.scm ("derivation-prerequisites-to-build and
substitutes"): Adjust.
("derivation-prerequisites-to-build and substitutes, local build"):
Likewise.

derivations: 'substitution-oracle' returns a <substitutable>.

* guix/derivations.scm (substitution-oracle): Use
'substitution-path-info' instead of 'substitution-paths'.  Turn SUBST
into a vhash from path to <substitutable>.  Change the returned
procedure to provide a <substitutable> instead of a Boolean.
* tests/derivations.scm ("substitution-oracle and #:substitute? #f"):
Mock 'substitutable-path-info' instead of 'substitutable-paths'.

gnu: Move vtk to image-processing.scm.

* gnu/packages/image-processing.scm (vtk): New variable.
* gnu/packages/vtk.scm: Delete file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Remove it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

tests: Remove 't-profile-alt-*-link' files.

Reported by myglc2 <myglc2@gmail.com>
at <https://debbugs.gnu.org/cgi/bugreport.cgi?bug=27137#11>.

* tests/guix-package-net.sh: In the trap, remove $profile_alt-[0-9]*.

gnu: mutt: Update to 1.8.3.

* gnu/packages/mail.scm (mutt): Update to 1.8.3.

gnu: Add archivemount

* gnu/packages/linux.scm (archivemount): New variable.

gnu: Update retroarch to 1.6.0.

* gnu/packages/games.scm (retroarch): Update to 1.6.0.

gnu: Add kaiju.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (kaiju): New variable.

gnu: python-gpg: Use explicit version 1.8.0 instead of GPGME's.

GPGME defines version 1.9.0, which isn't yet available for python-gnupg, whose
latest version is 1.8.0, so we use that explicitly instead.

Fixes <https://bugs.gnu.org/26610>.

* gnu/packages/gnupg.scm (python-gpg, python2-gpg): Use explicit version 1.8.0
instead of GPGME's version.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add uglify-js.

* gnu/packages/lisp.scm (uglify-js): New variable.

gnu: Add sbcl-cl-uglify-js.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-cl-uglify-js): New variable.

gnu: Add sbcl-iterate.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-iterate): New variable.

gnu: Add sbcl-parse-number.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-parse-number): New variable.

gnu: Add sbcl-parse-js.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-parse-js): New variable.

gnu: Add sbcl-cl-ppcre-unicode.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-cl-ppcre-unicode): New variable.

gnu: Add open-adventure.

* gnu/packages/games.scm (open-adventure): New variable.

Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: qt: Update to 5.9.0.

* gnu/packages/qt.scm (qtbase, qtsvg, qtimageformats, qtx11extras,
qtxmlpatterns, qtdeclarative, qtconnectivity, qtwebsockets, qtsensors,
qtmultimedia, qtwayland, qtserialport, qtserialbus, qtwebchannel,
qtlocation, qttools, qtscript, qtquickcontrols, qtquickcontrols2,
qtgraphicaleffects, qtgamepad, qtscxml, qtpurchasing, qtcanvas3d,
qtcharts, qtdatavis3d, qtwebkit): Update to 5.9.0.
(qtbase)[source]: Remove bundled freetype, libpng, libjpeg, pcre2, xcb,
xkbcommon, zlib.
[inputs]: Remove pcre, add pcre2.
[arguments]: Add configure flag to use system pcre, update flag to not
compile examples.
(qtwayland)[source]: Remove examples in a snippet.
(qtlocation)[inputs]: add icu4c, openssl, zlib.

gnu: font-comic-neue: Prevent hidden files from being installed.

* gnu/packages/fonts.scm (font-comic-neue)[arguments]: Add
'delete-macosx-files' phase.

gnu: font-cns11643: Use 'font-build-system'.

* gnu/packages/fonts.scm (font-cns16643): Switch to 'font-build-system'.
[outputs]: Combine all outputs into one.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

gnu: font-cns11643: Update to 98.1.20170524.

* gnu/packages/fonts.scm (font-cns11643): Update to 98.1.20170524.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

gnu: mariadb: Update to 10.1.24.

Release notes: https://mariadb.com/kb/en/mariadb/mariadb-10124-release-notes/

* gnu/packages/databases.scm (mariadb): Update to 10.1.24.

gnu: maim: Update to 5.4.63.

* gnu/packages/xdisorg.scm (maim): Update to 5.4.63.

gnu: slop: Update to 6.3.40.

* gnu/packages/xdisorg.scm (slop): Update to 6.3.40.

gnu: notmuch: Update to 0.24.2.

* gnu/packages/mail.scm (notmuch): Update to 0.24.2.

gnu: font-comic-neue: Add fontconfig alias.

* gnu/packages/fonts.scm (font-comic-neue): Add fontconfig alias for "Comic
Sans MS".
[arguments]: Add new 'install-conf' phase.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

gnu: font-comic-neue: Use 'font-build-system'.

* gnu/packages/fonts.scm (font-comic-neue): Switch to 'font-build-system'.
Re-indent.
[source]: Use url-fetch/zipbomb.
[native-inputs]: Remove dependency on unzip.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

gnu: font-cns11643-swjz: Use 'font-build-system'.

* gnu/packages/fonts.scm (font-cns11643-swjz): Switch to 'font-build-system'.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

gnu: par2cmdline: Update to 0.7.1.

* gnu/packages/backup.scm (par2cmdline): Update to 0.7.1.
[arguments]: Parallel tests work now; reenable them.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

gnu: font-liberation: Use 'font-build-system'.

* gnu/packages/fonts.scm (font-liberation): Switch to 'font-build-system'.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

gnu: font-dejavu: Fix the switch to 'font-build-system'.

This is a follow-up to commit 2e8840194121be6042502f363f143a4faeceb00e.

* gnu/packages/fonts.scm (font-dejavu): Remove 'trivial-build-system' line.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

gnu: font-awesome: Use 'font-build-system'.

* gnu/packages/fonts.scm (font-awesome): Switch to 'font-build-system'.
[source]: The package was updated in place, so hash has changed.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

gnu: sicp: Add the HTML version.

* gnu/packages/scheme.scm (sicp)[arguments]: Copy the HTML directory to the
output.

gnu: emacs-let-alist: Use 'emacs-build-system'.

* gnu/packages/emacs.scm (let-alist): Use 'emacs-build-system'.
[arguments, native-inputs]: Remove.

gnu: emacs-paredit: Use 'emacs-build-system'.

* gnu/packages/emacs.scm (paredit): Use 'emacs-build-system'.
[arguments, native-inputs]: Remove.

gnu: git-modes: Use 'emacs-build-system'.

* gnu/packages/emacs.scm (git-modes): Use 'emacs-build-system'.
[arguments, native-inputs]: Remove.

gnu: Add python-xsge.

* gnu/packages/game-development.scm (python-xsge, python2-xsge): New
variables.

gnu: font-go: Use 'font-build-system'.

* gnu/packages/fonts.scm (font-go): Switch to font-build-system.
Re-indent.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: font-iosevka: Use 'font-build-system'.

Fixes <https://bugs.gnu.org/27172>.

* gnu/packages/fonts.scm (font-iosevka): Switch to font-build-system.
[source]: Use url-fetch/zipbomb.
[native-inputs]: Remove dependency on unzip.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

build: font: Support font collection files.

* guix/build/font-build-system.scm (install): Support TrueType
Collection (TTC) and OpenType Collection (OTC) files.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

file-systems: Improve error reporting.

Suggested by Chris Marusich <cmmarusich@gmail.com>.
Fixes <https://bugs.gnu.org/27143>.

* gnu/build/file-systems.scm (read-iso9660-primary-volume-descriptor):
Improve error reporting.

doc: Fix qemu-system-x86_64 example.

Reported by Fox <firefox@firemail.cc>.
Fixes <https://bugs.gnu.org/27052>.

* doc/guix.texi (Running GuixSD in a VM): Fix qemu-system-x86_64 example.

gnu: build: Improve comments.

* gnu/build/file-systems.scm (iso9660-superblock-volume-name):
Add clarifying comment.

gnu: gnumeric: Update to 1.12.34.

* gnu/packages/gnome.scm (gnumeric): Update to 1.12.34.
[native-inputs]: Add docbook-xml and itstool.

gnu: go@1.8: Update to 1.8.3 [fixes CVE-2017-8932].

* gnu/packages/golang.scm (go-1.8): Update to 1.8.3.

gnu: scons: Update to 2.5.1.

* gnu/packages/python.scm (scons): Update to 2.5.1.

gnu: font-iosevka: Update to 1.12.5.

* gnu/packages/fonts.scm (font-iosevka): Update to 1.12.5.  Re-indent.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: font-go: Update to 20170330-1.f03a046.

* gnu/packages/fonts.scm (font-go): Update to 20170330-1.f03a046.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add mediainfo.

* gnu/packages/video.scm (mediainfo): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add libmediainfo

* gnu/packages/video.scm (libmediainfo): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add libzen.

* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add new file.
* gnu/packages/cpp.scm (libzen): New varible.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

tests: Fix race condition in 'container-excursion*' test.

* tests/containers.scm ("container-excursion*"): Move (namespace pid)
call before (kill pid SIGKILL).

gnu: dovecot: Update to 2.2.30.1.

* gnu/packages/mail.scm (dovecot): Update to 2.2.30.1.

gnu: synfigstudio: Fix crash on opening files.

* gnu/packages/animation.scm (synfigstudio)[arguments]: Add "wrap-program"
phase.

gnu: openldap: Fix CVE-2017-9287.

* gnu/packages/patches/openldap-CVE-2017-9287.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/openldap.scm (openldap)[replacement]: New field.
(openldap/fixed): New variable.

gnu: dovecot: Update to 2.2.30.

* gnu/packages/mail.scm (dovecot): Update to 2.2.30.

gnu: sudo: Unbundle zlib.

* gnu/packages/admin.scm (sudo)[source]: Add 'snippet'.
[inputs]: Add ZLIB.

gnu: Add xsel.

* gnu/packages/xdisorg.scm (xsel): New variable.

gnu: graphicsmagick: Remove bundled libraries from source checkout.

Fixes <https://bugs.gnu.org/27120>.

* gnu/packages/imagemagick.scm (graphicsmagick)[source]: Add a snippet
to delete bundled libraries.
[version]: Bump the package revision counter to 3.

gnu: shotwell: Update to 0.26.1.

* gnu/packages/gnome.scm (shotwell): Update to 0.26.1.
[inputs]: Add libgdata.

gnu: Add libgdata.

* gnu/packages/gnome.scm (libgdata): New variable.
* gnu/packages/patches/libgdata-fix-tests.patch,
gnu/packages/patches/libgdata-glib-duplicate-tests.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.

gnu: Add 'git-remote-gcrypt' package

* gnu/packages/version-control.scm (git-remote-gcrypt): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

daemon: Report hash mismatches in a cleaner way.

Suggested by Hartmut Goebel.

* nix/libstore/build.cc (DerivationGoal::registerOutputs): Report hash
mismatches on 3 lines for clarity.
(SubstitutionGoal::finished): Likewise.

doc: Move the NGinx service configuration documentation together.

* doc/guix.texi (Web Services): Add documentation for
  nginx-upstream-configuration and nginx-location-configuration.
  (VPN Services): Remove documentation for nginx-upstream-configuration and
  nginx-location-configuration.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

activation: Change permissions on /root to #o700.

Reported by Alex Griffin <a@ajgrf.com>.
Fixes <http://bugs.gnu.org/27135>.

* gnu/build/activation.scm (add-user): When UID is zero, add 'chmod'
call.
* gnu/tests/base.scm (run-basic-test)["permissions on /root"]: New test.

git-download: Fix 'git-predicate' to use absolute paths.

git ls-files will return paths relative to the repository directory. This
commit prepends the repository directory to those paths when calling lstat,
such that 'git-predicate' works if the current working directory is not the
repository directory.

* guix/git-download.scm (git-predicate): Prepend repository directory to the
  file path when calling lstat.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: libntlm: Update to 1.4.

* gnu/packages/gsasl.scm (libntlm): Update to 1.4.

gnu: sudo: Update to 1.8.20p1 [fixes CVE-2017-1000367].

* gnu/packages/admin.scm (sudo): Update to 1.8.20p1.

gnu: emacs-debbugs: Install missing file.

This is a followup to commit d879685176d23c111f4fc665698251b25cdf9124.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-debbugs)[arguments]: Include ".wsdl"
along with ".el" and ".info".

doc: htmlxref: Fix link to Emacs-Guix manual.

Reported-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>
This fixes a regression introduced by commit
8ca0c88a894c685b624757e38ee7663534f03460.

* doc/htmlxref.cnf (EMACS_GUIX): Fix the link to 'html_node'.

gnu: classpath-devel: Ensure initial heap size is less than maximum.

Fixes <https://bugs.gnu.org/27142>.

* gnu/packages/java.scm (classpath-devel)[arguments]: Pass Xms option with a
value lower than Xmx.

download: Work around GnuTLS bug with UTF-8 certificate file names.

Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>
at <https://debbugs.gnu.org/cgi/bugreport.cgi?bug=26948#17>.

* guix/build/download.scm (set-certificate-credentials-x509-trust-file!*):
New procedure.
(make-credendials-with-ca-trust-files): Use it instead of
'set-certificate-credentials-x509-trust-file!'.

gnu: asciinema: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/terminals.scm (asciinema): Update to 1.4.0.
[source]: Use pypi-uri.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

gnu: jasper: Update to 2.0.13.

* gnu/packages/image.scm (jasper): Update to 2.0.13.
[source]: Use GitHub URL and set the file-name. Remove
'jasper-CVE-2017-6850.patch'.
* gnu/packages/patches/jasper-CVE-2017-6850.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: cross-base: Turn '%xgcc' into a macro.

Previously:

  ./pre-inst-env guile -c '(use-modules (gnu packages gcc))'

would fail due to circular dependencies.

* gnu/packages/cross-base.scm (%xgcc): Turn into a macro.