system: image: Fix image-with-os.

* gnu/system/image.scm (image-with-os): Do not reorder partitions, as we want
them to be created according to definition order.

image: Use grub-efi to install the EFI bootloader.

* gnu/build/image.scm (initialize-efi-partition): Rename bootloader-package
argument to grub-efi.
* gnu/system/image.scm (system-disk-image): Adapt accordingly to pass
grub-efi package.

system: image: Correct genimage configuration file indentation.

* gnu/system/image.scm (system-disk-image): Fix genimage configuration file
indentation.

image: Add bootloader installation support.

* gnu/build/image.scm (initialize-root-partition): Add bootloader-package and
bootloader-installer arguments. Run the bootloader-installer if defined.
* gnu/system/image.scm (system-disk-image): Adapt the partition initializer
call accordingly.

bootloader: grub: Use inheritance to define grub-minimal-bootloader.

* gnu/bootloader/grub.scm (grub-minimal-bootloader): Inherit from
grub-bootloader to avoid field redefinition.

bootloader: grub: Do not run grub-install when creating a disk-image.

* gnu/bootloader/grub.scm (install-grub): When creating a disk-image,
grub-install will fail because it lacks root permissions. In that case, do not
run grub-install and only copy Grub modules to the /boot directory.

bootloader: Add 'disk-image-installer'.

* gnu/bootloader.scm (<bootloader>)[disk-image-installer]: New field,
(bootloader-disk-image-installer): export it.
* gnu/bootloader/grub.scm (install-grub-disk-image): New procedure ...
(grub-bootloader): ... used as "disk-image-installer" here.
(grub-efi-bootloader): set "disk-image-installer" to #f.
* gnu/system/image.scm (root-partition?, find-root-partition): Move to
"Helpers" section.
(root-partition-index): New procedure.
(system-disk-image): Honor disk-image-installer, and
use it to install the bootloader directly on the disk-image, if supported.

gnu: openssh: Update to 8.3p1.

* gnu/packages/ssh.scm (openssh): Update to 8.3p1.

gnu: ruby-hocon: Update to 1.3.1.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-hocon): Update to 1.3.1.

gnu: ruby-fast-gettext: Update to 2.0.3.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-fast-gettext): Update to 2.0.3.

gnu: fldigi: Update to 4.1.13.

* gnu/packages/radio.scm (fldigi): Update to 4.1.13.

gnu: clp: Update to 1.17.6.

* gnu/packages/maths.scm (clp): Update to 1.17.6.

gnu: piper: Include package name in source file name.

* gnu/packages/gnome.scm (piper)[source]: Set FILE-NAME.

gnu: piper: Update to 0.5.

* gnu/packages/gnome.scm (piper): Update to 0.5.

gnu: usbguard: Update to 0.7.8.

* gnu/packages/hardware.scm (usbguard): Update to 0.7.8.

gnu: oil: Update to 0.8.pre5.

* gnu/packages/shells.scm (oil): Update to 0.8.pre5.
[arguments]: Perform ‘patch-compiler-invocation’ phase as part of
'configure.  Remove ‘make-destination’ phase.  Run a basic smoke test.
[synopsis, description]: Update.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: fluidsynth: Update to 2.1.3.

* gnu/packages/audio.scm (fluidsynth): Update to 2.1.3.

gnu: babl: Update to 0.1.76.

* gnu/packages/gimp.scm (babl): Update to 0.1.76.

gnu: font-comic-neue: Update to 2.5.

* gnu/packages/fonts.scm (font-comic-neue): Update to 2.5.

gnu: rust-version-check: Update to 0.9.2.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-version-check-0.9): Update to 0.9.2.

gnu: python-flask-sqlalchemy: Update to 2.4.3.

* gnu/packages/python-web.scm (python-flask-sqlalchemy): Update to 2.4.3.

gnu: Add r-mstate.

* gnu/packages/cran.scm (r-mstate): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add r-brms.

* gnu/packages/cran.scm (r-brms): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add exfatprogs.

* gnu/packages/file-systems.scm (exfatprogs): New public variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add shiru-lv2.

* gnu/packages/music.scm (shiru-lv2): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add compiledb.

* gnu/packages/build-tools.scm (compiledb): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add python-bashlex.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-bashlex): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add guile-jsonld.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-jsonld): New variable.

gnu: Transmission: Fix CVE-2018-10756.

* gnu/packages/patches/transmission-CVE-2018-10756.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/bittorrent.scm (transmission)[source]: Use it.

gnu: python-netcdf4: Update to 1.5.3

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-netcdf4): Update to 1.5.3.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: clang: Build 'clang-tools-extra'.

* gnu/packages/llvm.scm (clang-from-llvm): Add #:tools-extra.
Add 'output' field.  In 'inputs', add TOOLS-EXTRA when it's given.
In 'arguments', add 'add-tools-extra' and 'move-extra-tools' phases when
TOOLS-EXTRA is given.

update-guix-package: Use 'origin-hash'.

* gnu/packages/package-management.scm (main): Use 'origin-hash' instead
of 'origin-sha256'.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: python-flask-sqlalchemy: Update to 2.4.2.

* gnu/packages/python-web.scm (python-flask-sqlalchemy): Update to 2.4.2.

doc: Remove explicit support for mips64el-linux.

It's been a good run, but no one is maintaining the architecture.
So long, and thanks for all the fish.

* doc/guix.texi (GNU Distribution): Change text for mips64el-linux
to denote it is deprecated.
(Daemon Offload Setup): Change occurrences of mips64el-linux to
aarch64-linux and adjust local code snippets.
(Guix Environment)[cross-compilation]: Change mips64el-linux-gnu to
aarch64-linux-gnu.
(GNU Build System)(package-cross-derivation]: Same.
(G-Expressions)[cross compilation]: Same.
(Additional Build Options)[cross-compilation, build logs]: Same.
(qemu-binfmt-service-type): Remove mips64el.
* doc/contributing.texi (Submitting Patches): Same.
* m4/guix.m4: (GUIX_ASSERT_SUPPORTED_SYSTEM): Remove mips64el-linux.

gnu: apfs-fuse: Update to 0.0.0-1.7b89418.

* gnu/packages/file-systems.scm (apfs-fuse): Update to 0.0.0-1.7b89418.
[arguments]: Install the README. Select FUSE 2 in #:configure-flags.

gnu: r-rversions: Update to 2.0.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rversions): Update to 2.0.2.

gnu: cvs-fast-export: Update to 1.55.

* gnu/packages/version-control.scm (cvs-fast-export): Update to 1.55.

gnu: eid-mw: Update to 4.4.27.

* gnu/packages/security-token.scm (eid-mw): Update to 4.4.27.

gnu: mu: Update to 1.4.7.

* gnu/packages/mail.scm (mu): Update to 1.4.7.

gnu: gnome: Add gnome-boxes.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome)[propagated-inputs]: Add gnome-boxes.

gnu: gnome-boxes: Update to 3.36.4.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-boxes): Update to 3.36.4.

gnu: gdb: Add version 9.2.

* gnu/packages/gdb.scm (gdb-9.2): New variable.

maint: Check whether Guile-Gcrypt is recent enough.

Suggested by Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>
in <https://bugs.gnu.org/41494>.

* m4/guix.m4 (GUIX_CHECK_GUILE_GCRYPT): New macro.
* configure.ac: Use it.

system: hurd: Remove custom <manifest> gexp compiler.

This is superseded by <profile>, which was added in
ef674a24c527eaf54801707d34dbf5d12ec139cb.

* gnu/system/hurd.scm (compile-manifest): Remove.
(cross-hurd-image)[system-profile]: Define using 'profile'.

gnu: libnslog: Use latest version of check for tests.

Test failures with latest check were fixed in most recent release.  See bug
report: https://bugs.netsurf-browser.org/mantis/view.php?id=2736

* gnu/packages/web.scm (libnslog)[native-inputs]: Use latest check.

gnu: linux-libre: Update to 5.4.43.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.43.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@5.6: Update to 5.6.15.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.6-version): Update to 5.6.15.
(linux-libre-5.6-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.125.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.125.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.182.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.182.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.225.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9-version): Update to 4.9.225.
(linux-libre-4.9-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.225.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4-version): Update to 4.4.225.
(linux-libre-4.4-pristine-source): Update hash.

doc: Use existing URLs and file names in installation instructions.

Some users are confused that these URLs and file names don't work, so
change them to the most popular architecture, while still mentioning
alternatives.

* doc/guix.texi (USB Stick and DVD Installation, Binary Installation): Use
x86_64-linux URLs by default.

gnu: jucipp: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/text-editors.scm (jucipp): Update to 1.6.0.
[arguments]: Remove obsolete phase.
[inputs]: Add UNIVERSAL-CTAGS.

gnu: Add Universal Ctags.

* gnu/packages/code.scm (universal-ctags): New public variable.

gnu: Add packcc.

* gnu/packages/c.scm (packcc): New public variable.

gnu: code.scm: Sort module imports.

* gnu/packages/code.scm (define-module): Sort imports.

gnu: Add facter.

* gnu/packages/admin.scm (facter): New public variable.

gnu: ruby-thor: Update to 1.0.1.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-thor): Update to 1.0.1.
[source]: Switch to GIT-FETCH.
[arguments]: Remove #:tests?.  Add #:phases.
[native-inputs]: Remove BUNDLER.  Add RUBY-RSPEC and RUBY-SIMPLECOV.

gnu: Add ruby-sys-filesystem.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-sys-filesystem): New public variable.

gnu: Add ruby-mkmf-lite.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-mkmf-lite): New public variable.

gnu: Add ruby-ptools.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-ptools): New public variable.

gnu: hdf4: Provide an absolute reference to libjpeg.

* gnu/packages/maths.scm (hdf4)[arguments]: Add phase
'provide-absolute-libjpeg-reference'.

Revert some Go package updates.

This reverts commit 5f833e0495f00a72f8d34a63e8afbc531afdd22d through
681ac9a66c26d2c739e41f03228f8c63fc0df482.

It's not idiomatic to update Go packages independently of their users.
This reversion was approved by Efraim on #guix:

http://logs.guix.gnu.org/guix/2020-05-26.log

* gnu/packages/golang.scm,
gnu/packages/syncthing.scm,
gnu/packages/tls.scm: Revert.

gnu: emacs-forge: Update to commit 09bf8ad.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-forge): Update to 09bf8ad.
[native-inputs]: Remove emacs-minimal, which is implicitly provided by the
emacs-build-system.

gnu: emacs-transient: Update to commit a6e4cced.

This is necessary to build a recent version of emacs-forge.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-transient): Update to commit a6e4cced.
[build-system]: Switch to the emacs-build-system.
[arguments]: Remove the #:modules, #:imported-modules and #:make-flags
arguments.
[phases]{configure}: Do not delete.
{install}: Do not replace.
{build-info-manual}: New phase.
{enter-lisp-directory}: New phase.
[native-inputs]: Remove emacs-minimal, which is implicitly provided by the
emacs-build-system.

gnu: emacs-evil-magit: Update to commit 253c644.

This resolves tests failures that appeared with the update to emacs-magit.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-evil-magit): Update to commit 253c644.

gnu: emacs-magit: Update to commit d05545e.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-magit): Update to commit
68b5a13fa1b6b122d4a2547b8c415aadff83d8ca.
[origin]: Remove obsoleted patches and snippets.
[build-system]: Switch to the emacs-build-system.
[arguments]: Remove the #:modules and #:imported-modules arguments.  Enable
tests. Remove the #:make-flags and #:test-target argument.  Specify the
\#:test-command argument.
[phases]{patch}: Remove phase.
{build-info-manual, set-magit-version, configure-git}
{disable-tramp-test}: New phases.
{configure}: Do not delete phase.
{patch-exec-paths}: Adapt file names.
* gnu/packages/patches/emacs-magit-log-format-author-margin.patch: Remove file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Unregister it.

gnu: Add emacs-libgit.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-libgit): New variable.
* gnu/packages/patches/emacs-libgit-use-system-libgit2.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register patch.

gnu: Add guile-rdf.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-rdf): New variable.

gnu: knot: Update to 2.9.5.

* gnu/packages/dns.scm (knot): Update to 2.9.5.

gnu: fossil: Update to 2.11.

* gnu/packages/version-control.scm (fossil): Update to 2.11.

gnu: wimlib: Update to 1.13.2.

* gnu/packages/backup.scm (wimlib): Update to 1.13.2.

gnu: nginx-documentation: Update to 1.19.0-2549-c13a55aae487.

* gnu/packages/web.scm (nginx-documentation): Update to 1.19.0-2549-c13a55aae487.

gnu: nginx: Update to 1.19.0.

* gnu/packages/web.scm (nginx): Update to 1.19.0.

gnu: nnn: Update to 3.2.

* gnu/packages/admin.scm (nnn): Update to 3.2.

gnu: yoshimi: Update to 1.7.0.1-0.bfcadc6 to fix build.

* gnu/packages/music.scm (yoshimi): Update to 1.7.0.1-0.bfcadc6.
[source]: Use GIT-FETCH for now.

gnu: nauty: Update to 2.7r1.

* gnu/packages/maths.scm (nauty): Update to 2.7r1.
[arguments]: Prevent using "-march-native".  Install new executable.

gnu: aegis: Update home page.

* gnu/packages/version-control.scm (aegis)[home-page]: Update and use
HTTPS.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: aegis: Fix build failure.

* gnu/packages/version-control.scm (aegis)[arguments]: Add
‘CXXFLAGS=-std=c++03’ to #:configure-flags.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: Add lsp-plugins.

* gnu/packages/music.scm (lsp-plugins): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: java-xerces: Update to 2.12.1.

* gnu/packages/java.scm (java-xerces): Update to 2.12.1.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: xerces-c: Update to 3.2.3.

* gnu/packages/xml.scm (xerces-c): Update to 3.2.3.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: nagios: Update to 4.4.6.

* gnu/packages/monitoring.scm (nagios): Update to 4.4.6.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: gitolite: Update to 3.6.11.

* gnu/packages/version-control.scm (gitolite): Update to 3.6.11.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: unbound: Update to 1.10.1.

* gnu/packages/dns.scm (unbound): Update to 1.10.1.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: ansible: Update to 2.9.9.

* gnu/packages/admin.scm (ansible): Update to 2.9.9.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: radare2: Add more inputs.

* gnu/packages/engineering.scm (radare2)[arguments]:
Add ‘--with-sysxxhash’ to #:configure-flags.
[inputs]: Add libuv.
[propagated-inputs]: Add xxhash.

gnu: radare2: Remove unused gmp input.

* gnu/packages/engineering.scm (radare2)[inputs]: Remove gmp.

gnu: gpm: Use HTTPS URI.

* gnu/packages/linux.scm (gpm)[home-page, source]: Use HTTPS URI.

gnu: gcide: Use HTTPS home page URI.

* gnu/packages/dictionaries.scm (gcide)[home-page]: Use HTTPS URI.

gnu: fasthenry: Use HTTPS home page URI.

* gnu/packages/engineering.scm (fasthenry)[home-page]: Use HTTPS URI.

gnu: fastcap: Use HTTPS home page URI.

* gnu/packages/engineering.scm (fastcap)[home-page]: Use HTTPS URI.

gnu: emacs-ryo-modal: Use HTTPS home page URI.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ryo-modal)[home-page]: Use HTTPS URI.

gnu: emacs-load-relative: Use HTTPS home page URI.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-load-relative)[home-page]: Use HTTPS URI.

gnu: emacs-evil-markdown: Update to 0.0.2-2-685d7fb.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-evil-markdown): Update to 0.0.2-2-685d7fb.

gnu: emacs-evil-markdown: Small fixes.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-evil-markdown)[propagated-inputs]:
Re-order inputs.
[home-page]: Fix URL.

gnu: dvtm: Use HTTPS home page URI.

* gnu/packages/dvtm.scm (dvtm)[home-page]: Use HTTPS URI.

gnu: blast+: Use HTTPS home page URI.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (blast+)[home-page]: Use HTTPS URI.

gnu: catcodec: Use HTTPS home page URI.

* gnu/packages/game-development.scm (catcodec)[home-page]: Use HTTPS URI.

gnu: bbmap: Use HTTPS home page URI.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bbmap)[home-page]: Use HTTPS URI.