gnu: Add java-picard-2.10.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (java-picard-2.10.3): New variable.

gnu: Add java-htsjdk-2.10.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (java-htsjdk-2.10.1): New variable.

gnu: Add java-htsjdk-latest.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (java-htsjdk-latest): New variable.

gnu: Add java-biojava-alignment-4.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (java-biojava-alignment-4.0): New variable.

gnu: Add java-biojava-phylo-4.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (java-biojava-phylo-4.0): New variable.

gnu: Add java-biojava-core-4.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (java-biojava-core-4.0): New variable.

gnu: Add java-biojava-alignment.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (java-biojava-alignment): New variable.

gnu: Add java-biojava-phylo.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (java-biojava-phylo): New variable.

gnu: Add java-forester-1.005.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (java-forester-1.005): New variable.

gnu: Add java-forester.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (java-forester): New variable.

gnu: Add java-openchart2.

* gnu/packages/java.scm (java-openchart2): New variable.

gnu: Add java-biojava-core.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (java-biojava-core): New variable.

gnu: Add java-jdistlib.

* gnu/packages/statistics.scm (java-jdistlib): New variable.

gnu: Add java-jtransforms.

* gnu/packages/algebra.scm (java-jtransforms): New variable.

gnu: Add java-jlargearrays.

* gnu/packages/algebra.scm (java-jlargearrays): New variable.

gnu: Add java-la4j.

* gnu/packages/algebra.scm (java-la4j): New variable.

gnu: Add fastqc.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (fastqc): New variable.

gnu: Add java-cisd-jhdf5.

* gnu/packages/java.scm (java-cisd-jhdf5): New variable.

gnu: Add java-cisd-args4j.

* gnu/packages/java.scm (java-cisd-args4j): New variable.

gnu: Add java-cisd-base.

* gnu/packages/java.scm (java-cisd-base): New variable.

gnu: Add texlive-fonts-iwona.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-fonts-iwona): New variable.

services: messaging: Prosody config supports file-like objects.

* doc/guix.texi (Messaging Services): Update accordingly.
* gnu/services/configuration.scm (serialize-configuration,
serialize-maybe-stem, serialize-package): Return strings or string-valued
gexps (these procedures were only used for their side-effects).
* gnu/services/messaging.scm (serialize-field, serialize-field-list,
enclose-quotes, serialize-raw-content, serialize-ssl-configuration,
serialize-virtualhost-configuration-list,
serialize-int-component-configuration-list,
serialize-ext-component-configuration-list,
serialize-virtualhost-configuration, serialize-int-component-configuration,
serialize-ext-component-configuration, serialize-prosody-configuration):
Return strings or string-valued gexps and stop printing.
(prosody-activation): Use SERIALIZE-PROSODY-CONFIGURATION's return value with
MIXED-TEXT-FILE instead of using its output with PLAIN-FILE.
(serialize-non-negative-integer, serialize-non-negative-integer-list): Convert
numbers to strings.
(file-object?, serialize-file-object, file-object-list?,
serialize-file-object-list): New procedures.
(ssl-configuration)[capath, cafile], (prosody-configuration)[plugin-paths,
groups-file]: Replace FILE-NAME with FILE-OBJECT.
* guix/gexp.scm (file-like?): New exported procedure.

gnu: dictionaries: Add copyright line.

* gnu/packages/dictionaries.scm: Add copyright line.

gnu: wireshark: Update to 2.4.5.

* gnu/packages/networking.scm (wireshark): Update to 2.4.5.

gnu: grammalecte: Update to 0.6.2.

* gnu/packages/dictionaries.scm (grammalecte): Update to 0.6.2.
[arguments]: Remove.

gnu: Add ruby-iruby.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-iruby): New variable.

gnu: Add ruby-mimemagic.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-mimemagic): New variable.

gnu: Add ruby-data_uri.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-data_uri): New variable.

gnu: Add ruby-cztop.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-cztop): New variable.

gnu: Add ruby-czmq-ffi-gen.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-czmq-ffi-gen): New variable.

gnu: Add ruby-bond.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-bond): New variable.

gnu: Add ruby-bacon-bits.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-bacon-bits): New variable.

gnu: Add ruby-mocha-on-bacon.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-mocha-on-bacon): New variable.

gnu: networking: Add czmq.

* gnu/packages/networking.scm (czmq): New variable.

gnu: ghc-refact: Fix typo in description.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-refact)[description]: Fix typo.

gnu: quagga: Update to 1.2.4.

* gnu/packages/networking.scm (quagga): Update to 1.2.4.

gnu: conky: Remove redundant MKDIR-P.

* gnu/packages/conky.scm (conky)[arguments]: Remove redundant MKDIR-P.

gnu: sslh: Update to 1.19c.

* gnu/packages/networking.scm (sslh): Update to 1.19c.

gnu: wv: Edit description.

Wv is still unmaintained – this just makes it more obvious.

* gnu/packages/wv.scm (wv)[description]: Mention the product versions in
addition to internal file format ones.  Align more closely with the
upstream description.

gnu: libseccomp: Update to 2.3.3.

* gnu/packages/linux.scm (libseccomp): Update to 2.3.3.

gnu: hdparm: Update to 9.54.

* gnu/packages/linux.scm (hdparm): Update to 9.54.

gnu: sdl2: Update to 2.0.8.

* gnu/packages/sdl.scm (sdl2): Update to 2.0.8.

gnu: r-httpuv: Update to 1.3.6.2.

* gnu/packages/web.scm (r-httpuv): Update to 1.3.6.2.

gnu: r-dbi: Update to 0.8.

* gnu/packages/statistics.scm (r-dbi): Update to 0.8.

gnu: r-performanceanalytics: Update to 1.5.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-performanceanalytics): Update to 1.5.2.
[propagated-inputs]: Add r-quadprog.
[native-inputs]: Remove gfortran.

linux-initrd: Add virtio modules to '%base-initrd-modules'.

Fixes a regression in installation tests, whereby 'guix system init'
would report that virtio modules are missing for the target devices.
In practice virtio modules were always available since 'base-initrd' was
always called with #:virtio? #t.  This commit simply moves them to
'%base-initrd-modules' so that 'guix system' knows they're available.

Reported by Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org> at
<https://debbugs.gnu.org/cgi/bugreport.cgi?bug=30629#112>.

* gnu/system/linux-initrd.scm (default-initrd-modules): Add virtio
modules.
(base-initrd): Remove #:virtio? and 'virtio-modules'.
* gnu/system/vm.scm (expression->derivation-in-linux-vm)
(system-qemu-image, virtualized-operating-system): Remove uses of
 #:virtio?.
* doc/guix.texi (Initial RAM Disk): Update 'base-initrd' doc.

system: beaglebone-black: Use 'initrd-modules'.

* gnu/system/examples/beaglebone-black.tmpl: Use 'initrd-modules'
instead of 'initrd'.

vm: Add missing modules to the 'expression->derivation-in-linux-vm' initrd.

Fixes a regression introduced in
bc499b113a598c0e7863da9887a4133472985713, whereby the default initrd
used by 'expression->derivation-in-linux-vm' would lack all the usual
modules: virtio, nls_iso8859-1, etc.

* gnu/system/vm.scm (expression->derivation-in-linux-vm): Pass
 #:linux-modules to 'base-initrd'.

linux-initrd: 'file-system-modules' returns the right module list.

Fixes a bug whereby, for an "iso9660" file system, it would return
'("iso9660" "isofs"), i.e., both the key and the value.

Reported by Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>
at <https://debbugs.gnu.org/cgi/bugreport.cgi?bug=30629#115>.

* gnu/system/linux-initrd.scm (lookup-procedure): 'vhash-assoc' returns
a key/value pair; match it.

gnu: cutadapt: Update to 1.16.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (cutadapt): Update to 1.16.
[source]: Fetch via git.
[arguments]: Remove.
[native-inputs]: Replace python-nose with python-pytest.

gnu: python-xopen: Update to 0.3.2.

* gnu/packages/python.scm (python-xopen): Update to 0.3.2.

gnu: Add r-hpar.

* gnu/packages/bioconductor.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: Add r-powerplus.

* gnu/packages/cran.scm (r-powerplus): New variable.

gnu: Add r-np.

* gnu/packages/cran.scm (r-np): New variable.

gnu: Add r-phontools.

* gnu/packages/cran.scm (r-phontools): New variable.

gnu: Add r-complexplus.

* gnu/packages/cran.scm (r-complexplus): New variable.

gnu: Add r-expm.

* gnu/packages/cran.scm (r-expm): New variable.

gnu: Add r-trend.

* gnu/packages/cran.scm (r-trend): New variable.

gnu: Add r-cubature.

* gnu/packages/cran.scm (r-cubature): New variable.

gnu: Add r-urca.

* gnu/packages/cran.scm (r-urca): New variable.

gnu: Add r-fractal.

* gnu/packages/cran.scm (r-fractal): New variable.

gnu: Add r-extradistr.

* gnu/packages/cran.scm (r-extradistr): New variable.

gnu: Add r-tsa.

* gnu/packages/cran.scm (r-tsa): New variable.

gnu: Add r-wmtsa.

* gnu/packages/cran.scm (r-wmtsa): New variable.

gnu: Add r-tseries.

* gnu/packages/cran.scm (r-tseries): New variable.

gnu: Add r-quantmod.

* gnu/packages/cran.scm (r-quantmod): New variable.

gnu: Add r-sapa.

* gnu/packages/cran.scm (r-sapa): New variable.

gnu: Add r-ifultools.

* gnu/packages/cran.scm (r-ifultools): New variable.

gnu: Add r-splus2r.

* gnu/packages/cran.scm (r-splus2r): New variable.

gnu: Add r-leaps.

* gnu/packages/cran.scm (r-leaps): New variable.

gnu: Add r-ttr.

* gnu/packages/cran.scm (r-ttr): New variable.

gnu: Add r-rbiofabric.

* gnu/packages/graph.scm (r-rbiofabric): New variable.

gnu: Add r-sna.

* gnu/packages/cran.scm (r-sna): New variable.

gnu: Add r-statnet-common.

* gnu/packages/cran.scm (r-statnet-common): New variable.

gnu: Add r-network.

* gnu/packages/cran.scm (r-network): New variable.

gnu: nghttp2: Update to 1.31.0.

* gnu/packages/web.scm (nghttp2): Update to 1.31.0.

gnu: libpsl: Update to 0.20.1.

* gnu/packages/web.scm (libpsl): Update to 0.20.1.

gnu: zerofree: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/linux.scm (zerofree): Update to 1.1.1.

gnu: python-webencodings: Fix typo in description.

* gnu/packages/python-web.scm (python-webencodings)[description]: Fix typo.

gnu: delta: Remove redundant code.

* gnu/packages/debug.scm (delta)[arguments]: Remove unneeded MKDIR-P
calls.

gnu: perl-mozilla-ca: Update to 20180117.

* gnu/packages/perl.scm (perl-mozilla-ca): Update to 20180117.

gnu: perl-test-harness: Update to 3.41.

* gnu/packages/perl-check.scm (perl-test-harness): Update to 3.41.

gnu: highlight: Don't hard-code Lua version.

* gnu/packages/pretty-print.scm (highlight)[arguments]: Construct the
Lua prefix programatically instead of hard-coding it.

gnu: highlight: Update to 3.42.

* gnu/packages/pretty-print.scm (highlight): Update to 3.42.

gnu: ghc-abstract-deque: Fix typos in description.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-abstract-deque)[description]: Fix typos.

gnu: qscintilla: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/qt.scm (qscintilla)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: fortify-headers: Update to 0.9.

* gnu/packages/suckless.scm (fortify-headers): Update to 0.9.

gnu: fossil: Update phase style.

* gnu/packages/version-control.scm (fossil)[arguments]: Substitute
INVOKE for SYSTEM* and end phases with #t.

gnu: gnome-mpv: Update to 0.14.

* gnu/packages/video.scm (gnome-mpv): Update to 0.14.

gnu: ath9k-htc-firmware: Use INSTALL-FILE.

* gnu/packages/firmware.scm (ath9k-htc-firmware)[arguments]: Substitute
INSTALL-FILE for COPY-FILE with MKDIR-P.

gnu: ovmf: Update phase style.

* gnu/packages/firmware.scm (ovmf): Substitute INVOKE for SYSTEM* and
end phases with #t.

gnu: ovmf: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/firmware.scm (ovmf)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: b43-tools: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/firmware.scm (b43-tools)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: b43-tools: Update phase style.

* gnu/packages/firmware.scm (b43-tools)[arguments]: Substitute INVOKE
for SYSTEM* and FOR-EACH for EVERY, and end phases with #t.

gnu: b43-tools: Update to 0.0.0-1.27892ef.

* gnu/packages/firmware.scm (b43-tools): Update to 0.0.0-1.27892ef.
[version]: Use our standard versioning scheme.

gnu: Update (gnu packages python-web) phase styles.

* gnu/packages/python-web.scm (python-openid, python-terminado)
(python-geventhttpclient, python-cachecontrol, python-webencodings)
(python-s3transfer)[arguments]: Substitute INVOKE for SYSTEM* and end
phases with #t.

gnu: python-flask-script: Update to 2.0.6.

* gnu/packages/python-web.scm (python-flask-script): Update to 2.0.6.

gnu: python-htmlmin: Update to 0.1.12.

* gnu/packages/python-web.scm (python-htmlmin): Update to 0.1.12.

gnu: python-s3transfer: Update to 0.1.13.

* gnu/packages/python-web.scm (python-s3transfer): Update to 0.1.13.

gnu: python-webtest: Update to 2.0.29.

* gnu/packages/python-web.scm (python-webtest): Update to 2.0.29.