nar: Read archive signatures as Latin-1 strings.

Fixes <http://bugs.gnu.org/19610>.
Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* guix/nar.scm (restore-one-item): Use 'read-latin1-string' to read the
  signature.

serialization: Read Latin-1 strings with 'get-bytevector-n'.

* guix/serialization.scm (read-latin1-string): Use 'get-bytevector-n'
  instead of 'get-string-n'.  Use 'list->string' etc. to convert the
  bytevector to a string.

store: Change 'store-lower' to preserve the original procedure's documentation.

* guix/store.scm (preserve-documentation): New procedure.
  (store-lift, store-lower): Use it.

doc: Document '%state-monad' and update '%store-monad' description.

* doc/guix.texi (The Store Monad): Document '%state-monad' and related
  procedures.  Describe '%store-monad' as an alias for '%state-monad'.
* guix/monads.scm: Update commentary.

store: Make '%store-monad' an alias for '%state-monad'.

* guix/store.scm (define-alias): New macro.
  (%store-monad, store-return, store-bind): Define as aliases of the
  corresponding %STATE-MONAD part.
  (store-lift, text-file, interned-file): Return STORE as a second
  value.
  (run-with-store): Use 'run-with-state'.
* guix/packages.scm (set-guile-for-build, package-file): Return STORE as
  a second value.
* guix/monads.scm: Remove part of the module commentary.

monads: Add the state monad.

* guix/monads.scm (state-return, state-bind, run-with-state,
  current-state, set-current-state, state-push, state-pop): New
  procedures.
  (%state-monad): New variable.
* tests/monads.scm (%monads): Add %STATE-MONAD.
  (%monad-run): Add 'run-with-state'.
  (values->list): New macro.
  ("set-current-state", "state-push etc."): New tests.

gnu: linux-libre: Update to 3.18.3

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Update to version 3.18.3.

gnu: rasqal: Update to 0.9.33.

* gnu/packages/rdf.scm (rasqal): Update to 0.9.33.

gnu: raptor2: Update to 2.0.15.

* gnu/packages/rdf.scm (raptor2): Update to 2.0.15.

guix archive: Add -r/--recursive.

* guix/scripts/archive.scm (show-help, %options): Add -r/--recursive.
  (export-from-store): Pass #:recursive? to 'export-paths'.
* doc/guix.texi (Invoking guix archive): Add -r in Emacs example.  Add
  example with ~/.guix-profile.  Document -r/--recursive.

guix archive: Remove unused -r/--root option.

* guix/scripts/archive.scm (%options): Remove -r/--root.

store: Remove unused variable.

* guix/store.scm (export-paths): Remove unused variable 's'.

store: Add #:recursive? parameter to 'export-paths'.

* guix/store.scm (export-paths): Add #:recursive? parameter and honor
  it.
* tests/store.scm ("export/import incomplete", "export/import
  recursive"): New tests.

doc: Mention generation of ECDSA/Ed25519 keys when supported.

* doc/guix.texi (Invoking guix archive): Mention ECDSA/Ed25519 as the
  default type of keys for libgcrypt >= 1.6.0.

gnu: Add fvwm.

* gnu/packages/fvwm.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: fontconfig: Propagate expat and freetype.

* gnu/packages/fontutils.scm (fontconfig)[inputs]: Move expat and freetype ...
  [propagated-inputs]: ... to here.

gnu: ffmpeg: Augment rpath of libraries.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg)[arguments]<phases>[add-lib-to-run-path]:
  Add $out/lib to the RUNPATH of libraries.

gnu: fontconfig: Update to 2.11.92.

* gnu/packages/fontutils.scm (fontconfig): Update to 2.11.92.

emacs: In 'run-with-store' call, specify the guile-for-build.

This fixes a regression introduced in commit e87f059.

* emacs/guix-main.scm (process-package-actions): Add call to
  'set-guile-for-build' in monadic expression.

gnu: e2fsck-static: Use really statically-linked executables.

* gnu/packages/linux.scm (e2fsprogs/static): New variable.
  (e2fsck/static): Use it in 'inputs'.

gnu: Add CGAL.

* gnu/packages/graphics.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

system: Add "en_US.UTF-8" to the default locales, for backward compatibility.

* gnu/system/locale.scm (%default-locale-definitions): Add
  "en_US.UTF-8".

gnu: Add Eigen.

* gnu/packages/algebra.scm (eigen): New variable.

gnu: Add IPython.

* gnu/packages/python.scm (python-ipython, python2-ipython): New variable.

gnu: icecat: Add fixes for CVE-2014-{8634,8638,8639,8641}.

* gnu/packages/patches/icecat-CVE-2014-8634-pt1.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2014-8634-pt2.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2014-8638-pt1.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2014-8638-pt2.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2014-8639.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2014-8641.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-armhf-xpcom.patch: New files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[source]: Add patches.

Merge branch 'core-updates'

Conflicts:
gnu/packages/bootstrap.scm

gnu: add RetroArch.

* gnu/packages/games.scm (retroarch): New variable.

gnu: gd: Update to 2.1.1.

* gnu/packages/patches/gd-mips64-deplibs-fix.patch: Remove file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove it.
* gnu/packages/gd.scm (gd): Update to 2.1.1.  Update source URI.  Remove
  patch.  Remove 'chdir' phase.  Add pkg-config to native-inputs.

gnu: gdb: Update to 7.8.2.

* gnu/packages/gdb.scm (gdb): Update to 7.8.2.

gnu: nix: Update to 1.8.

* gnu/packages/package-management.scm (nix): Update to 1.8.

gnu: plotutils: Do not propagate libXaw.

* gnu/packages/plotutils.scm (plotutils): Move LIBXAW from
  'propagated-inputs' to 'inputs'.  Add 'snippet'.

gnu: mercurial: Update to 3.2.4.

* gnu/packages/version-control.scm (mercurial): Update to 3.2.4.

gnu: teckit: Add alternate source URL.

Fixes <http://bugs.gnu.org/19600>.

* gnu/packages/fontutils.scm (teckit)[source]: Add Fedora mirror.

gnu: ninja: Disable testcase SubprocessTest.InterruptChild.

* gnu/packages/patches/ninja-tests.patch: New file.
* gnu/packages/ninja.scm (ninja): Add the patch.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: cross-base: Don't build the cross-compilers with target = host.

* gnu/packages/cross-base.scm (xgcc-mips64el)[supported-systems]: Delete
  "mips64el-linux".
  (xgcc-armhf)[supported-systems]: Delete "armhf-linux".

gnu: Don't build the mips64el-linux-gnuabi64 cross-compiler on i686.

Fixes <http://bugs.gnu.org/19598>.
Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* gnu/packages/cross-base.scm (xgcc-mips64el): Remove "i686-linux" from
  'supported-systems'.

check-available-binaries: Use 'substitution-oracle'.

* build-aux/check-available-binaries.scm: Use 'substitution-oracle'.
  Changer caller and 'warn' accordingly.

check-available-binaries: Use 'with-store'.

* build-aux/check-available-binaries.scm: Use 'with-store' instead of an
  explicit 'open-connection'.

build: Use the canonical list of supported systems in 'assert-*'.

* build-aux/check-available-binaries.scm (%supported-systems): Remove.
* build-aux/check-final-inputs-self-contained.scm (%supported-systems):
  Remove.

packages: Convert source derivations to monadic style.

* guix/packages.scm (origin->derivation): Take body from
  'package-source-derivation', and change it to monadic style.  Expect
  METHOD to a monadic procedure.
  (package-source-derivation): Define in terms of 'origin->derivation'.
* guix/download.scm (url-fetch): Remove 'store' argument.  Remove
  'guile-for-build' variable.  Turn into a monadic procedure.
* guix/git-download.scm (git-fetch): Likewise.
* guix/svn-download.scm (svn-fetch): Likewise.
* tests/builders.scm (url-fetch*): New procedure.
  Change tests to call 'url-fetch*' instead of 'url-fetch'.
* tests/packages.scm ("package-source-derivation, snippet"): Remove
  'store' parameter of 'fetch' and change it to use 'interned-file'
  instead of 'add-to-store'.
* gnu/packages/bootstrap.scm (bootstrap-origin)[boot]: Remove 'store'
  parameter.

gnu: tre: Build a locale for the tests.

* gnu/packages/tre.scm (tre)[arguments]: Add 'install-locales' phase.

store: Add 'store-lower'.

* guix/store.scm (store-lower): New procedure.
* tests/store.scm ("store-lower"): New test.

monads: Move '%store-monad' and related procedures where they belong.

This turns (guix monads) into a generic module for monads, and moves the
store monad and related monadic procedures in their corresponding
module.

* guix/monads.scm (store-return, store-bind, %store-monad, store-lift,
  text-file, interned-file, package-file, package->derivation,
  package->cross-derivation, origin->derivation, imported-modules,
  compiled, modules, built-derivations, run-with-store): Move to...
* guix/store.scm (store-return, store-bind, %store-monad, store-lift,
  text-file, interned-file): ... here.
  (%guile-for-build): New variable.
  (run-with-store): Moved from monads.scm.  Remove default value for
  #:guile-for-build.
* guix/packages.scm (default-guile): Export.
  (set-guile-for-build): New procedure.
  (package-file, package->derivation, package->cross-derivation,
  origin->derivation): Moved from monads.scm.
* guix/derivations.scm (%guile-for-build): Remove.
  (imported-modules): Rename to...
  (%imported-modules): ... this.
  (compiled-modules): Rename to...
  (%compiled-modules): ... this.
  (built-derivations, imported-modules, compiled-modules): New
  procedures.
* gnu/services/avahi.scm, gnu/services/base.scm, gnu/services/dbus.scm,
  gnu/services/dmd.scm, gnu/services/networking.scm,
  gnu/services/ssh.scm, gnu/services/xorg.scm, gnu/system/install.scm,
  gnu/system/linux-initrd.scm, gnu/system/shadow.scm, guix/download.scm,
  guix/gexp.scm, guix/git-download.scm, guix/profiles.scm,
  guix/svn-download.scm, tests/monads.scm: Adjust imports accordingly.
* guix/monad-repl.scm (default-guile-derivation): New procedure.
  (store-monad-language, run-in-store): Use it.
* build-aux/hydra/gnu-system.scm (qemu-jobs): Add explicit
  'set-guile-for-build' call.
* guix/scripts/archive.scm (derivation-from-expression): Likewise.
* guix/scripts/build.scm (options/resolve-packages): Likewise.
* guix/scripts/environment.scm (guix-environment): Likewise.
* guix/scripts/system.scm (guix-system): Likewise.
* doc/guix.texi (The Store Monad): Adjust module names accordingly.

doc: Move 'text-file*' to the gexp section.

This is a follow-up to commit 462a3fa.

* doc/guix.texi (The Store Monad): Move 'text-file*'...
  (G-Expressions): ... to here.

gnu: guile-ncurses: Build a UTF-8 locale for the tests.

* gnu/packages/guile.scm (guile-ncurses)[arguments]: Add 'install-locales'
  phase.

gnu: Add zerofree.

* gnu/packages/linux.scm (zerofree): New variable.

gnu: e2fsprogs: Install libext2fs.

* gnu/packages/linux.scm (e2fsprogs)[source]: Add 'snippet'.
  [arguments]: Add --enable-elf-shlibs to #:configure-flags.
  Add #:make-flags.

gnu: gnutls: Update to 3.2.21.

* gnu/packages/gnutls.scm (gnutls): Update to 3.2.21.

gnu: openssl: Update to 1.0.1k.

* gnu/packages/openssl.scm (openssl): Update to 1.0.1k.

gnu: Add GLEW.

* gnu/packages/gl.scm (glew): New variable.

services: user-processes: Really honor the grace delay.

* gnu/services/base.scm (user-processes-service): Change #:grace-delay
  default value to 4.  Define 'sleep*' and use it.

system: Add iw to '%base-packages'.

* gnu/system.scm (%base-packages): Add IW.

gnu: wireless-tools: Describe it as deprecated.

* gnu/packages/linux.scm (wireless-tools)[description]: Explain that it
  is deprecated in favor of 'iw'.

gnu: guix: Update snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-devel): Update snapshot.
  Remove now-unneeded sub-module stuff in the 'bootstrap' phase.

Merge branch 'master' into core-updates

gnu: xorg-server: Update to 1.16.3.

* gnu/packages/xorg.scm (xorg-server): Update to 1.16.3.

gnu: Add QPDF.

* gnu/packages/pdf.scm (qpdf): New variable.

tests: Properly synchronize threads in the 'home-page' lint tests.

* tests/lint.scm (%http-server-lock, %http-server-ready): New
  variables.
  (http-open): New procedure.
  (stub-http-server): Use it.
  (call-with-http-server): Wrap body in 'with-mutex'.  Call
  'wait-condition-variable' after 'make-thread'.

doc: Change some occurrences of "the GNU system" to "Guixotic".

* doc/guix.texi (GNU Distribution): Explain what "Guixotic" is.
  (System Installation): Replace "the GNU system" by "Guixotic".
  (System Configuration): Likewise.
  (Invoking guix system): Likewise.

build/glib-or-gtk-build-system: Fix 'generate-icon-cache'.

Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>

* guix/build/glib-or-gtk-build-system.scm (generate-icon-cache): Add check for
  existence of icons directory.

gnu: Add iw.

* gnu/packages/linux.scm (iw): New variable.

gnu: libnl: Update to 3.2.25.

* gnu/packages/linux.scm (libnl): Update to 3.2.25.

gnu: libpng: Update to 1.5.21.

* gnu/packages/image.scm (libpng): Update to 1.5.21.

monads: Remove 'derivation-expression'.

* guix/monads.scm (lower-inputs, derivation-expression): Remove.
* tests/monads.scm (derivation-expression, "mlet* +
  derivation-expression"): Remove.

monads: Rewrite 'text-file*' using gexps.

* guix/monads.scm (text-file*): Move to...
* guix/gexp.scm (text-file*): ... here.  Rewrite using gexps.
* tests/monads.scm ("text-file*"): Move to...
* tests/gexp.scm ("text-file*"): ... here.

services: user-processes: Write debugging messages to the output port.

* gnu/services/base.scm (user-processes-service): Write "sending all
  processes..." message to the current output port, not to /dev/console.

gnu: Move xlockmore to (gnu packages xdisorg).

* gnu/packages/xlockmore.scm: Remove.
* gnu/packages/xdisorg.scm (xlockmore): New variable, from
  xlockmore.scm.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Remove xlockmore.scm.

gnu: xlockmore: Update to 5.45.

* gnu/packages/xlockmore.scm (xlockmore): Update to 5.45.
  [arguments]: Add #:configure-flags.

gnu: evince: Add inputs.

* gnu/packages/gnome.scm (evince): Add 'dconf' and 'libcanberra' inputs.
  Remove custom phase 'set-mime-search-path which is now handled by
  glib-or-gtk-build-system.

gnu: libcanberra: Add default sounds support.

* gnu/packages/libcanberra.scm (libcanberra): Add input
  'sound-theme-freedesktop'.  Add "libcanberra-sound-theme-freedesktop.patch"
  and related phase 'patch-default-sounds-directory to patch the default
  sounds directory.

gnu: dconf: Add dconf.

* gnu/packages/gnome.scm (dconf): New variable.

guix: build/glib-or-gtk-build-system: Add support for GIO and XDG theming.

* guix/build/glib-or-gtk-build-system.scm (data-directories): Rename
  'schemas-directories' to 'data-directories' and add support for XDG theming
  data.

* guix/build/glib-or-gtk-build-system.scm (gio-module-directories): New
  function.

* guix/build/glib-or-gtk-build-system.scm (wrap-all-programs): Update names to
  reflect that we are dealing with more types of data and not only with
  schemas.  Add handling of GIO modules.

* guix/build-system/glib-or-gtk.scm (lower): Import the 'bin' output of GLib
  instead of 'out'.  This was an error since we need the program
  'glib-compile-schemas'.  Update the description.

gnu: ffmpeg: Update to 2.5.3

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg): Update to version 2.5.3.

gnu: ffmpeg-2.2: Update to 2.2.11

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg-2.2): Update to version 2.2.11.

gnu: gp2c: Update to 0.0.9pl2.

* gnu/packages/algebra.scm (gp2c): Update to 0.0.9pl2.

gnu: pari-gp: Update to 2.7.2.

* gnu/packages/algebra.scm (pari-gp): Update to 2.7.2.

derivations: Use a set for 'substitution-oracle'.

* guix/derivations.scm (substitution-oracle): Use sets instead of lists.

derivations: Use sets for 'derivations-prerequisites'.

This yields a 46% improvement in 'derivation-prerequisites' invocations
on the Emacs derivation.

* guix/derivations.scm (derivation-prerequisites): Add 'input-set'
  variable, and use it in iterations.

Add (guix sets).

* guix/sets.scm, tests/sets.scm: New files.sets
* Makefile.am (MODULES, SCM_TESTS): Add them.

gnu: sqlite: Update to 3.8.7.4.

* gnu/packages/patches/sqlite-large-page-size-fix.patch: Remove file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove it.
* gnu/packages/databases.scm (sqlite): Update to 3.8.7.4.  Remove patch.

gnu: curl: Update to 7.40.0.

* gnu/packages/patches/curl-gss-api-fix.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/curl.scm (curl): Update to 7.40.0.  Add patch.

Merge branch 'master' into core-updates

gnu: qt: Add more inputs.

* gnu/packages/qt.scm (qt): Add expat, pciutils, libxcomposite, libxcursor,
  libxfixes, libxinerama, libxml2, libxrandr, libxslt, libxtst, mtdev, nss,
  pcre, sqlite, eudev to 'inputs'.
  Add bison, flex, gperf, ninja, python-2, ruby, which to 'native-inputs'.

gnu: qt: Update to 5.4.0.

* gnu/packages/qt.scm (qt): Update to 5.4.0.
  [origin]: Add snippet.

gnu: Add ninja.

* gnu/packages/ninja.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: Add nss.

* gnu/packages/patches/nss-pkgconfig.patch: New file.
* gnu-system.scm (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/gnuzilla.scm (nss): New variable.

gnu: Move mozjs and nspr to (gnu packages gnuzilla).

* gnu/packages/polkit.scm (mozjs, nspr): Move to...
* gnu/packages/gnuzilla.scm (mozjs, nspr): ... here. New variables.

gnu: libtool: Add m4 to propagated-inputs.

* gnu/packages/autotools.scm (libtool)[propagated-inputs]: Add m4.

gnu: file: Update to 5.22.

* gnu/packages/file.scm (file): Update to 5.22.

gnu: linux-libre: Update to 3.18.2

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Update to version 3.18.2.

derivations: Add 'substitution-oracle' and use it.

This makes 'guix environment PACKAGE' significantly faster when
substitutes are enabled.  Before that, it would lead to many invocations
of 'guix substitute-binary', one per 'derivation-prerequisites-to-build'
call.  Now, all these are replaced by a single invocation.

* guix/derivations.scm (derivation-output-paths, substitution-oracle):
  New procedures.
  (derivation-prerequisites-to-build): Replace #:use-substitutes? with
  #:substitutable?.  Remove the local 'derivation-output-paths' and
  'substitutable?'.
* guix/ui.scm (show-what-to-build): Add 'substitutable?'.  Pass it to
  'derivation-prerequisites-to-build'.
  [built-or-substitutable?]: Use it instead of 'has-substitutes?'.
* tests/derivations.scm ("derivation-prerequisites-to-build and
  substitutes"): Use #:substitutable? instead of #:use-substitutes?.

derivations: Add 'derivation-output-names'.

* guix/derivations.scm (derivation-output-names): New procedure.
  (derivation-prerequisites-to-build): Use it for #:outputs.
  (map-derivation): Likewise.
* tests/derivations.scm ("derivation-output-names"): New test.

nls: Update 'eo' translation.

build-system/gnu: Patch /usr/bin/file in all 'configure' files.

* guix/build/utils.scm (patch-/usr/bin/file): New procedure.
* guix/build/gnu-build-system.scm (patch-usr-bin-file): Rewrite using
  it.  Patch all the files returned by 'find-files' that are executable.
* gnu/packages/gawk.scm (gawk)[arguments]: Remove use of 'substitute*'
  for 'extension/configure'.

import: Add CPAN importer.

* guix/import/cpan.scm, guix/scripts/import/cpan.scm, tests/cpan.scm:
  New files.
* Makefile.am (MODULE)[HAVE_GUILE_JSON]: Add them.
* guix/scripts/import.scm (importers): Add cpan.
* doc/guix.texi (Requirements): Mention `guix import cpan` as a user
  of guile-json.
  (Invoking guix import): Document new `guix import cpan` command.

tests: import: Factorize utility function.

* tests/pypi.scm (mock): Move this...
* guix/tests.scm: to here.

import: Factorize utility functions.

* guix/import/pypi.scm (hash-table->alist, flatten, assoc-ref*,
  url-fetch, json-fetch): Pull procedures from here into...
* guix/import/utils.scm: Here and...
* guix/import/json.scm: Here.  New file.
* Makefile.am (MODULE)[HAVE_GUILE_JSON]: Add it.
* guix/import/gnu.scm (file-sha256): Move from here to...
* guix/hash.scm: Here.
* tests/pypi.scm (pypi->guix-package): Update mock module reference.

import: gnu: Propagate the key-download argument.

* guix/import/gnu.scm (gnu->guix-package): Pass the key-download
  argument on to gnu-package->sexp.

gnu: poppler: build with openjpeg and lcms

* gnu/packages/pdf.scm (poppler): build poppler with openjpeg 1.5 and lcms.

gnu: openjpeg: Update to 2.0.1.

* gnu/packages/image.scm (openjpeg): Update to 2.0.1.