gnu: go-github-com-oschwald-geoip2-golang: Update to 1.3.0.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-oschwald-geoip2-golang):
Update to 1.3.0.

gnu: go-github-com-lib-pq: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-lib-pq): Update to 1.1.1.

gnu: go-github-com-mattn-go-isatty: Update to 0.0.7.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-mattn-go-isatty): Update to 0.0.7.
[propagated-inputs]: Add go-golang-org-x-sys-unix.

gnu: wxmaxima: Update to 19.05.7.

* gnu/packages/maths.scm (wxmaxima): Update to 19.05.7.

gnu: maxima: Update to 5.43.0.

* gnu/packages/maths.scm (maxima): Update to 5.43.0.
[arguments]: Adjust "patch-paths" and "post-install" phases.

gnu: python-beautifulsoup4: Propagate python-soupsieve.

This is a follow-up to commit abb53e6f871cbf79fe24b7052fb41c8aff2f65ac.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-beautifulsoup4)[native-inputs]: Change
to ...
[propagated-inputs]: ... this.

gnu: ghc-conduit-extra: Update to 1.3.1.1.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-conduit-extra): Update to 1.3.1.1.

Signed-off-by: Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net>

gnu: icecat: Update to 60.7.0-guix2.

This includes updates to bundled extensions from the upstream
GNU IceCat 60.7.0-gnu1 release.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (%icecat-version): Update to 60.7.0-guix2.
(icecat-source)[upstream-icecat-base-version]: Update to 60.7.0.
[upstream-icecat-source, gnuzilla-source]: Update hashes.
[origin]: Remove the substitutions that dealt with debian-specific package
code in the makeicecat script, since that code has been removed upstream.
(icecat)[arguments]: Adapt the 'install-desktop-entry' phase to avoid using
the Debian desktop file, which is no longer included in the IceCat sources.
* gnu/packages/patches/icecat-makeicecat.patch: Adapt to upstream changes.

gnu: emacspeak: Update to 50.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacspeak): Update to 50.0.
[arguments]: Simplify "configure" phase and adjust "install" phase.

deprecation: Use the 'warning' procedure for diagnostics.

Until now, (guix deprecation) had its own warning mechanism, which was
inconsistent (it did not use colors, etc.)

* guix/deprecation.scm (deprecation-warning-port): Remove
(source-properties->location-string): Remove.
(warn-about-deprecation): Use 'warning' instead of 'format'.
(define-deprecated, define-deprecated/alias): Adjust docstring.
* guix/channels.scm (build-from-source): Refer to 'guix-warning-port'
instead of 'deprecation-warning-port'.

Add (guix diagnostics).

* guix/ui.scm (warning, info, report-error, leave)
(location->string, guix-warning-port, program-name)
(highlight-argument, %highlight-argument, define-diagnostic)
(%warning-color, %info-color, %error-color)
(print-diagnostic-prefix): Move to...
* guix/diagnostics.scm: ... here.  New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.

services: guix-publish: Allow for multi-compression.

This is a followup to b8fa86adfc01205f1d942af8cb57515eb3726c52.

* guix/deprecation.scm (warn-about-deprecation): Make public.
* gnu/services/base.scm (<guix-publish-configuration>)[compression]: New
field.
[compression-level]: Default to #f.  Add '%' to getter name.
(guix-publish-configuration-compression-level): Define as deprecated.
(default-compression): New procedure.
(guix-publish-shepherd-service)[config->compression-options]: New
procedure.
Use 'match-record' instead of 'match'.
* doc/guix.texi (Base Services): Remove 'compression-level' and document
'compression'.

gnu: gnome-control-center: Set correct file name for the 'passwd' binary.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-control-center): Substitute correct path to
  passwd.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: cracklib: Install password dictionary.

* gnu/packages/password-utils.scm (cracklib): Use `make dict`.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: python-translate-toolkit: Update home page.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-translate-toolkit)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: python-beautifulsoup4: Update to 4.7.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-beautifulsoup4): Update to 4.7.1.
[native-inputs]: Add PYTHON-SOUPSIEVE.

gnu: python-soupsieve: Fix python2 variant.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-soupsieve)[properties]: New field.
(python2-soupsieve): Inherit using STRIP-PYTHON2-VARIANT.
[propagated-inputs]: Inherit from BASE.

gnu: Cython: Update home page.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-cython)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: Django: Update to 1.11.21 [fixes CVE-2019-12308, CVE-2019-11358].

* gnu/packages/django.scm (python-django): Update to 1.11.21.

gnu: OpenSSL@1.1: Update to 1.1.1c.

* gnu/packages/tls.scm (openssl-next): Update to 1.1.1c.

gnu: gphoto2: Update to 2.5.23.

* gnu/packages/photo.scm (gphoto2): Update to 2.5.23.

gnu: libgphoto2: Update to 2.5.23.

* gnu/packages/photo.scm (libgphoto2): Update to 2.5.23.

gnu: re2: Update to 2019-06-01.

* gnu/packages/regex.scm (re2): Update to 2019-06-01.

gnu: xorg-server: Update to 1.20.5.

* gnu/packages/xorg.scm (xorg-server): Update to 1.20.5.
(xorg-server-for-tests): Stay on 1.20.4.

gnu: python-cryptography: Update to 2.7.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-cryptography-vectors,
python-cryptography): Update to 2.7.

gnu: GnuPG: Update to 2.2.16.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg): Update to 2.2.16.

gnu: libsodium: Update to 1.0.18.

* gnu/packages/crypto.scm (libsodium): Update to 1.0.18.

gnu: Remove libevent@2.0.

* gnu/packages/patches/libevent-2.0-CVE-2016-10195.patch,
gnu/packages/patches/libevent-2.0-CVE-2016-10196.patch,
gnu/packages/patches/libevent-2.0-CVE-2016-10197.patch,
gnu/packages/patches/libevent-2.0-evbuffer-add-use-last-with-datap.patch,
gnu/packages/patches/libevent-dns-tests.patch: Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/libevent.scm (libevevent-2.0): Remove variable.

gnu: libevent: Update home page.

* gnu/packages/libevent.scm (libevent)[home-page]: Use HTTPS.

guix: import: simplify recursive import

This simplifies the logic of recursive-import, intending no
major functional changes. The package import function is no
longer called twice per package. Failed imports now make it
to the package stream as '() instead of #f.

* guix/import/utils.scm (recursive-import): Simplify.

Signed-off-by: Oleg Pykhalov <go.wigust@gmail.com>

linux-boot: Fix e2fsck warning.

* gnu/build/linux-boot.scm (boot-system): Fix e2fsck warning.

gnu: guix: Update to 4a54ed7.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 4a54ed7.

gnu: WireGuard: Update to 0.0.20190601.

* gnu/packages/vpn.scm (wireguard): Update to 0.0.20190601.

gnu: emacs-google-translate: Update to 0.11.17.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-google-translate): Update to 0.11.17.
[source]: Use 'git-fetch' method instead of 'url-fetch'.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

import: hackage: Parse braced properties.

This adds partial support for Cabal properties that use curly
braces instead of the layout rule.  See for example
https://hackage.haskell.org/package/cassava/

* guix/import/cabal.scm (read-braced-value): New procedure.
(is-property): Remove.
(is-layout-property, is-braced-property): New variables.
(lex-property): Rename to...
(lex-layout-property): ... this.
(lex-braced-property, lex-property): New procedures.
(lex-token): Add call to 'lex-property'.
* guix/tests/hackage.scm: Test braced description import.
* tests/hackage.scm (test-cabal-multiline-desc): Rename to...
(test-cabal-multiline-layout): ... this.
("hackage->guix-package test multiline desc"): Rename to...
("hackage->guix-package test multiline desc (layout)"): ... this.
(test-cabal-multiline-braced): New variable.
("hackage->guix-package test multiline desc (braced)"): New test.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

tests: hackage: Test multiline cabal description.

* tests/hackage.scm (test-cabal-multiline-desc): New variable.
("hackage->guix-package test multiline desc"): New test.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

tests: Fix hackage tests.

This is a followup to 1cc12357a65e4479c2f4735e915941382ef82d94.

* tests/hackage.scm: ghc-mtl is no longer added as an input.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

substitute: Select the best compression methods.

When a server publishes several URLs with different compression methods,
'guix substitute' can now choose the best one among the compression
methods that it supports.

* guix/scripts/substitute.scm (<narinfo>)[uri]: Replace with...
[uris]: ... this.
[compression]: Replace with...
[compressions]: ... this.
[file-size]: Replace with...
[file-sizes]: ... this.
[file-hash]: Replace with...
[file-hashes]: ... this.
(narinfo-maker): Adjust accordingly.  Ensure 'file-sizes' and
'file-hashes' have the right length.
(assert-valid-signature, valid-narinfo?): Use the first element of
'narinfo-uris' in error messages.
(read-narinfo): Expect "URL", "Compression", "FileSize", and "FileHash"
to occur multiple times.
(display-narinfo-data): Call 'select-uri' to determine the file size.
(%compression-methods): New variable.
(supported-compression?, compresses-better?, select-uri): New
procedures.
(process-substitution): Call 'select-uri' to select the URI and
compression.
* guix/scripts/weather.scm (report-server-coverage): Account for all the
values returned by 'narinfo-file-sizes'.
* tests/substitute.scm ("substitute, narinfo with several URLs"): New
test.

publish: '--compression' can be repeated.

This allows 'guix publish' to compress and advertise multiple
compression methods from which users can choose.

* guix/scripts/publish.scm (actual-compression): Rename to...
(actual-compressions): ... this.  Expect REQUESTED to be a list, and
always return a list.
(%default-options): Remove 'compression.
(store-item->recutils): New procedure.
(narinfo-string): Change #:compression to #:compressions (plural).
Adjust accordingly.
(render-narinfo, render-narinfo/cached): Likewise.
(bake-narinfo+nar): Change #:compression to #:compressions.
[compressed-nar-size]: New procedure.
Call 'compress-nar' for each item returned by 'actual-compressions'.
Create a narinfo for each compression.
(effective-compression): New procedure.
(make-request-handler): Change #:compression to #:compressions.
Use 'effective-compression' to determine the applicable compression.
(guix-publish): Adjust handling of '--compression'.
Print a message for each compression that is enabled.
* tests/publish.scm ("/*.narinfo"): Adjust to new narinfo field
ordering.
("/*.narinfo with properly encoded '+' sign"): Likewise.
("/*.narinfo with lzip + gzip"): New test.
("with cache, lzip + gzip"): New test.
* doc/guix.texi (Invoking guix publish): Document it.

gnu: Add guile-srfi-159.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-srfi-159): New variable.

build-system/guile: Display progress report as expected by (guix status).

* guix/build/guile-build-system.scm (report-build-progress): Use a
format string suitable for (guix status).

build-system/guile: Add #:not-compiled-file-regexp.

* guix/build/guile-build-system.scm (build): Add
 #:not-compiled-file-regexp and honor it.
* guix/build-system/guile.scm (guile-build): Likewise.
(guile-cross-build): Likewise.

build-system/guile: Improve reporting of 'guild compile' failures.

* guix/build/guile-build-system.scm (invoke-each)[processes]: New
variable.
[wait-for-one-process]: Check PROCESSES and update it.
[fork-and-run-command]: Update PROCESSES.

gnu: Add guile-gi.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-gi): New variable.

gnu: faudio: Update to 19.06.

* gnu/packages/audio.scm (faudio): Update to 19.06.

gnu: debootstrap: Update to 114.

* gnu/packages/debian (debootstrap): Update to 114.

gnu: debian-archive-keyring: Update to 2019.01.

* gnu/packages/debian (debian-archive-keyring): Update to 2019.01.

gnu: giac: Update to 1.5.0-57.

* gnu/packages/algebra.scm (giac): Update to 1.5.0-57.

gnu: musescore: Update to 3.1.

* gnu/packages/music.scm (musescore): Update to 3.1.

compile: Adjust for Guile 3.

* guix/build/compile.scm (%default-optimizations): Adjust to the new
names in Guile 2.9.2.

herd: Use the Guile 2.2 'setvbuf' API.

* gnu/services/herd.scm (open-connection): Use 'block for 'setvbuf'.

progress: Provide the proper type for %PROGRESS-INTERVAL.

The (srfi srfi-19) module of Guile 2.9.2 catches the wrong type.

* guix/progress.scm (%progress-interval): Change type to TIME-DURATION.

gnu: Add terminator.

* gnu/packages/gnome.scm (terminator): Add at 1.91

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: ghc-happy: Skip memory-hungry tests.

Tests fail reliably for me on a system with 2GB of available RAM, in
`issue93.a.hs` and `issue93.n.hs`.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-happy): Skip test "issue93".

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: keepassxc: Update to 2.4.2.

* gnu/packages/password-utils.scm (keepassxc): Update to 2.4.2.

gnu: grammalecte: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/dictionaries.scm (grammalecte): Update to 1.1.1.

gnu: r-openssl: Update to 1.4.

* gnu/packages/statistics.scm (r-openssl): Update to 1.4.

gnu: r-biocviews: Update to 1.52.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocviews): Update to 1.52.2.
[propagated-inputs]: Add r-biocmanager.

gnu: Add gash.

* gnu/packages/shells.scm (gash): New variable.

gnu: Add txr.

* gnu/packages/lisp.scm (txr): New variable.
* gnu/packages/patches/txr-shell.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

tests: Indent hackage tests

* tests/hackage.scm: Reindent using etc/indent-code.el.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

tests: hackage: Don't mock hackage-fetch.

* tests/hackage.scm: Pass a string input port to tests instead of
mocking hackage download.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

tests: hackage: Factor out package pattern.

* tests/hackage.scm: Import result pattern matching via helper.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

lzlib: 'make-lzip-input-port' better handles end of decompression.

Suggested by Pierre Neidhardt <mail@ambrevar.xyz>.

* guix/lzlib.scm (lzread!): Call 'lz-decompress-finish' when
'feed-decoder!' returns EOF.  Call 'lz-decompress-finished?' to
determine end of compression.

gnu: linux-libre: Update to 5.1.6.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 5.1.6.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.47.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.47.
(%linux-libre-4.19-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.123.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.123.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.180.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.180.

import: hackage: Update list of ghc-included packages.

Update the list of excepted dependencies for current ghc-8.4, based on the
release notes at
https://downloads.haskell.org/~ghc/8.4.3/docs/html/users_guide/8.4.3-notes.html

Particularly, this adds `text` to the list, which is a dependency of `parsec`
which was already on the list before, causing build failures with updated
versions of the `text` package.

* guix/import/hackage.scm (ghc-standard-libraries): Update list.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: gnucash-docs: Update to 3.5.

* gnu/packages/gnucash.scm (gnucash-docs): Update to 3.5.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kkebreau@posteo.net>

gnu: gnucash: Update to 3.5.

* gnu/packages/gnucash.scm (gnucash): Update to 3.5.
[source]: Remove unneeded patch.
* gnu/packages/patches/gnucash-fix-test-transaction-failure.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove patch.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kkebreau@posteo.net>

gnu: dealii-openmpi: Add hdf5-parallel-openmpi input.

* gnu/packages/maths.scm (dealii-openmpi)[inputs]: Add hdf5-parallel-openmpi.

gnu: slepc: Update to 3.11.1.

* gnu/packages/maths.scm (slepc): Update to 3.11.1.
[native-inputs]: Add petsc:examples.
[arguments]: Add PETSCCONFIGDIR to #:make-flags.

gnu: petsc: Update to 3.11.2.

* gnu/packages/maths.scm (petsc): Update to 3.11.2.

gnu: petsc-complex-mpi: Setup MPI for tests.

* gnu/packages/maths.scm (petsc-complex-mpi)[arguments]: Add 'mpi-setup
phase.

gnu: Add mousepad.

* gnu/packages/xfce.scm (mousepad): New variable.

gnu: Add zbar.

* gnu/packages/aidc.scm (zbar): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

services: Add patchwork.

* gnu/service/web.scm (<patchwork-database-configuration>
<patchwork-settings-module>, <patchwork-configuration>): New record types.
(patchwork-virtualhost): New procedure.
(patchwork-service-type): New variable.
* gnu/tests/web.scm (%test-patchwork): New variable.
* doc/guix.text (Web Services): Document it.

gnu: Add patchwork.

* gnu/packages/patchutils.scm (patchwork): New variable.

services: Add getmail.

Getmail is a mail retriever written in Python, this commit adds a service-type
to run getmail. I'm looking at this, as it's a convinient way of getting
mailing list messages in to Patchwork.

I initially tried putting this in the (gnu services mail) module, but due to
also trying to use the define-configuration pattern, it conflicted with the
dovecot service.

* gnu/services/getmail.scm: New file.
* gnu/local.mk: Add it.
* gnu/tests/mail.scm (%getmail-os, %test-getmail): New variables.
(run-getmail-test): New procedure.

gnu: Go 1.4: Fix typo.

* gnu/packages/golang.scm (go-1.4): Fix typo in comment.

gnu: gtksourceview-2: Fix finding default data.

* gnu/packages/patches/gtksourceview-2-add-default-directory.patch: New
file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/gtk.scm (gtksourceview-2)[source]: Use it.

gnu: php: Update to 7.3.6.

* gnu/packages/php.scm (php): Update to 7.3.6.

gnu: Add r-birta.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-birta): New variable.

gnu: Add r-birewire.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-birewire): New variable.

gnu: r-seriation: Update to 1.2-5.

* gnu/packages/cran.scm (r-seriation): Update to 1.2-5.

gnu: emacs-diff-hl: Update to 1.8.6.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-diff-hl): Update to 1.8.6.
[source]: Fetch from git.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: emacs-helm: Update to 3.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm): Update to 3.2.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: emacs-counsel-tramp: Update to 0.6.3.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-counsel-tramp): Update to 0.6.3.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: emacs-editorconfig: Update to 0.8.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-editorconfig): Update to 0.8.0.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: emacs-exec-path-from-shell: Update to 1.12.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-exec-path-from-shell): Update to 1.12.
[source]: Use git-fetch.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add emacs-reformatter.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-reformatter): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add emacs-ivy-pass.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-ivy-pass): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: kitty: Update to 0.14.1.

* gnu/packages/terminals.scm (kitty): Update to 0.14.1.

gnu: diffoscope: Update to version 115-1.7f3416f.

* gnu/packages/package-management (diffoscope):
  [package] Update to version 115-1.7f3416f.
  [source] Switch to using git-fetch.
  [inputs] Move python-pytest and python-chardet ...
  [native-inputs] ... to here.
  [arguments] Move comment to fit line length.

gnu: r-biocviews: Update to 1.52.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocviews): Update to 1.52.1.

gnu: r-tibble: Update to 2.1.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-tibble): Update to 2.1.2.

gnu: r-dose: Update to 3.10.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-dose): Update to 3.10.1.

gnu: Add gthumb.

* gnu/packages/gnome.scm (gthumb): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>
Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: sddm: Add QtQuick-related dependencies to sddm.

* gnu/packages/display-managers.scm (sddm): add QtQuick related
dependencies to sddm package in order to `sddm-greeter` application
to load user defined themes which are based on QtQuick.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>