gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.133.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.133.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.
(linux-libre-4.19-source): Remove %linux-libre-fix-atheros-9271-patch.

guix-install.sh: Make sure /etc/profile is sourced.

New users regularly report missing newly-installed programmes and icons.

* etc/guix-install.scm (main): Tell users to log out & back in.

guix-install.sh: Suggest running gpg as root.

The original example regularly prevented new users from installing Guix
at all.

* etc/guix-install.scm (chk_gpg_keyring): Suggest ‘sudo -i gpg’.

gnu: kyotocabinet: Use HTTPS.

* gnu/packages/databases.scm (kyotocabinet)[source, home-page]:
Use HTTPS.

gnu: java-xmlunit: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/java.scm (java-xmlunit)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: libyaml: Use HTTPS.

* gnu/packages/web.scm (libyaml)[source, home-page]: Use HTTPS.

gnu: Use HTTPS for mdc-berlin.de home pages.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomation, r-genomationdata, pigx-rnaseq)
(pigx-chipseq, pigx-bsseq, pigx-scrnaseq, pigx)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: Use HTTPS for biojava.org home pages.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (java-biojava-core)
(java-biojava-phylo, java-biojava-alignment, java-biojava-phylo-4.0)
(java-biojava-alignment-4.0)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: jack@0.125.0: Update URIs.

gnu/packages/audio.scm (jack-1)[source]: Use a working mirror.
[home-page]: Use HTTPS.

gnu: Use HTTPS for igraph.org.

* gnu/packages/graph.scm (igraph, r-igraph)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: ghc-pandoc-types: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-pandoc-types)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: Use HTTPS for www.yesodweb.com.

* gnu/packages/haskell-web.scm (ghc-css-text, ghc-yesod-persistent)
[home-page]: Use HTTPS.

gnu: Use HTTPS for github.com (and subdomains) home pages.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-qvalue)[home-page]: Use HTTPS and
follow permanent redirection.
* gnu/packages/check.scm (python-codecov, python-nosexcover)
[home-page]: Likewise.
* gnu/packages/cran.scm (r-ffbase, r-ggrepel, r-valr)
[home-page]: Likewise.
* gnu/packages/crates-io.scm (rust-block-0.1, rust-dispatch-0.1)
(rust-objc-0.2, rust-objc-exception-0.1)
(rust-objc-foundation-0.1, rust-objc-id-0.1, rust-objc-test-utils-0.0)
(rust-onig-5.0, rust-onig-sys-69.2, rust-vergen-3.1)
[home-page]: Likewise.
* gnu/packages/finance.scm (ledger-agent, keepkey-agent)
[home-page]: Likewise.
* gnu/packages/haskell-check.scm (ghc-tasty-expected-failure)
[home-page]: Likewise.
* gnu/packages/haskell-web.scm (ghc-bsb-http-chunked, ghc-warp)
(ghc-warp-tls)[home-page]: Likewise.
* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-configurator, ghc-hasktags)
(ghc-linear, ghc-newtype-generics, ghc-retry, ghc-xdg-basedir)
(ghc-pretty-show)[home-page]: Likewise.
* gnu/packages/java.scm (java-javax-inject)[home-page]: Likewise.
* gnu/packages/libffi.scm (ruby-ffi)[home-page]: Likewise.
* gnu/packages/linux.scm (procenv)[home-page]: Likewise.
* gnu/packages/python-web.scm (python-aiodns, python-flask-htpasswd)
(python-pycares)[home-page]: Likewise.
* gnu/packages/python-xyz.scm (python-progressbar33, python-whatever)
(python-funcy)[home-page]: Likewise.
* gnu/packages/ruby.scm (ruby-rubyzip, ruby-spinach, ruby-gherkin-ruby)
(ruby-code-statistics, ruby-colorize, ruby-wwtd)[home-page]: Likewise.

gnu: Update Haskell Wiki URIs.

* gnu/packages/haskell-web.scm (ghc-hxt-regex-xmlschema)[home-page]:
Use HTTPS and follow permanent redirection.
* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-alsa-core, ghc-base-unicode-symbols)
(ghc-colour, ghc-data-accessor, ghc-data-accessor-transformers)
(ghc-gluraw, ghc-glut, ghc-gnuplot, ghc-haddock-test, ghc-opengl)
(ghc-openglraw, ghc-storablevector)[home-page]: Likewise.

gnu: bombadillo: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/web-browsers.scm (bombadillo)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: lsof: Use HTTPS home page.

* gnu/packages/lsof.scm (lsof)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: lirc: Use HTTPS home page.

Also add a missing copyright line for an obvious nckx phase.

* gnu/packages/lirc.scm (lirc)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: lv2: Use HTTPS.

* gnu/packages/audio.scm (lv2)[source, home-page]: Use HTTPS.

gnu: Add cl-opticl.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-opticl, cl-opticl): New variables.

gnu: Add cl-pngload.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-pngload, cl-pngload, ecl-pngload): New
  variables.

gnu: Add cl-zpb-exif.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-zpb-exif, cl-zpb-exif, ecl-zpb-exif): New
  variables.

gnu: Add cl-3bz.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-3bz, cl-3bz, ecl-3bz): New variables.

gnu: Add cl-mmap.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-mmap, cl-mmap, ecl-mmap): New variables.

gnu: Add cl-retrospectiff.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-retrospectiff, cl-retrospectiff,
  ecl-retrospectiff): New variables.

gnu: Add cl-opticl-core.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-opticl-core, cl-opticl-core,
  ecl-opticl-core): New variables.

gnu: Add cl-freetype2.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-freetype2, cl-freetype2, ecl-freetype2): New
  variables.

gnu: Add cl-skippy.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-skippy, cl-skippy, ecl-skippy): New
  variables.

gnu: Add cl-deflate.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-deflate, cl-deflate, ecl-deflate): New
  variables.

gnu: Add cl-com.gigamonkeys.binary-data.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-com.gigamonkeys.binary-data,
  cl-com.gigamonkeys.binary-data, ecl-com.gigamonkeys.binary-data): New
  variables.

gnu: Add cl-tga.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-tga, cl-tga, ecl-tga): New variables.

gnu: r-quantreg: Update to 5.61.

* gnu/packages/statistics.scm (r-quantreg): Update to 5.61.
[propagated-inputs]: Add r-conquer.

gnu: r-r-rsp: Update to 0.44.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-r-rsp): Update to 0.44.0.

gnu: r-tibble: Update to 3.0.3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-tibble): Update to 3.0.3.

gnu: r-rlang: Update to 0.4.7.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rlang): Update to 0.4.7.

gnu: r-brms: Update to 2.13.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-brms): Update to 2.13.3.

gnu: r-gamlss: Update to 5.1-7.

* gnu/packages/cran.scm (r-gamlss): Update to 5.1-7.

gnu: r-gamlss-dist: Update to 5.1-7.

* gnu/packages/cran.scm (r-gamlss-dist): Update to 5.1-7.

gnu: r-pillar: Update to 1.4.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-pillar): Update to 1.4.6.
[propagated-inputs]: Add r-ellipsis and r-lifecycle.

gnu: r-mice: Update to 3.10.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-mice): Update to 3.10.0.
[propagated-inputs]: Add r-generics.

gnu: r-broom: Update to 0.7.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-broom): Update to 0.7.0.
[propagated-inputs]: Remove r-nlme and r-reshape2; add r-ellipsis, r-glue, and
r-rlang.

gnu: r-rhdf5lib: Update to 1.10.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rhdf5lib): Update to 1.10.1.

gnu: r-qtl2: Update to 0.22-11.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-qtl2): Update to 0.22-11.

gnu: r-genomicfeatures: Update to 1.40.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicfeatures): Update to 1.40.1.

gnu: r-summarizedexperiment: Update to 1.18.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-summarizedexperiment): Update to 1.18.2.

gnu: r-activepathways: Update to 1.0.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-activepathways): Update to 1.0.2.
[propagated-inputs]: Remove r-metap.

gnu: r-rsubread: Update to 2.2.4.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rsubread): Update to 2.2.4.

gnu: Add r-conquer.

* gnu/packages/cran.scm (r-conquer): New variable.

gnu: r-cairo: Update to 1.5-12.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-cairo): Update to 1.5-12.2.

gnu: r-gplots: Update to 3.0.4.

* gnu/packages/statistics.scm (r-gplots): Update to 3.0.4.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-xml: Update to 3.99-0.4.

* gnu/packages/statistics.scm (r-xml): Update to 3.99-0.4.

gnu: r-tibble: Update to 3.0.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-tibble): Update to 3.0.2.

gnu: r-svglite: Update to 1.2.3.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-svglite): Update to 1.2.3.2.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-rstan: Update to 2.21.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-rstan): Update to 2.21.1.
[propagated-inputs]: Add r-rcppparallel and r-v8.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-loo: Update to 2.3.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-loo): Update to 2.3.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-rstantools: Update to 2.1.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-rstantools): Update to 2.1.1.
[propagated-inputs]: Add r-rcppparallel.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-iheatmapr: Update to 0.5.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-iheatmapr): Update to 0.5.0.
[propagated-inputs]: Remove r-plyr and r-s4vectors.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-quanteda: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-quanteda): Update to 2.1.0.
[propagated-inputs]: Add r-digest.

gnu: r-nonnest2: Update to 0.5-5.

* gnu/packages/cran.scm (r-nonnest2): Update to 0.5-5.

gnu: r-future: Update to 1.18.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-future): Update to 1.18.0.

gnu: r-doby: Update to 4.6.7.

* gnu/packages/cran.scm (r-doby): Update to 4.6.7.
[propagated-inputs]: Add r-dplyr and r-ggplot2.

gnu: r-cubature: Update to 2.0.4.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-cubature): Update to 2.0.4.1.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-getoptlong: Update to 1.0.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-getoptlong): Update to 1.0.2.

gnu: r-rcpp: Update to 1.0.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-rcpp): Update to 1.0.5.

gnu: r-delayedmatrixstats: Update to 1.10.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-delayedmatrixstats): Update to 1.10.1.

gnu: r-rhdf5: Update to 2.32.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rhdf5): Update to 2.32.2.

gnu: r-variancepartition: Update to 1.18.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-variancepartition): Update to 1.18.2.

gnu: Add tao.

* gnu/packages/patches/tao-add-missing-headers.patch,
gnu/packages/patches/tao-fix-parser-types.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/audio.scm (tao): New variable.

Revert "gnu: rust: Add SSL native search paths."

This reverts commit ba1e4ce2560d51c8ba935e5b5667ba3a0133c694.

gnu: Transmission: Update to 3.0.0.

* gnu/packages/bittorrent.scm (transmission): Update to 3.0.0.
[source]: Remove obsolete patch.
* gnu/packages/patches/transmission-CVE-2018-10756.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

tests: zabbix: Fix typo in comment.

* gnu/tests/monitoring.scm (run-zabbix-server-test)[test]: Fix typo in
comment.

gnu: zabbix-agentd: Update to 5.0.1.

* gnu/packages/monitoring.scm (zabbix-agentd): Update to 5.0.1.
(arguments)[#:phases]<install-front-end>: Update front-end path.

gnu: bind: Update to 9.16.5.

* gnu/packages/dns.scm (isc-bind): Update to 9.16.5.

gnu: python-tinycss2: Fix test failure.

Fixes <https://bugs.gnu.org/42372>.
Reported by Michael Rohleder <mike@rohleder.de>.

* gnu/packages/patches/python-tinycss2-flake8-compat.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/python-web.scm (python-tinycss2)[source](patches): New field.

gnu: python-shiboken-2, python-pyside-2: Update to 5.14.2.3.

* gnu/packages/patches/qtbase-absolute-runpath.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/qt.scm (qtbase/next): New variable.
* gnu/packages/qt.scm (python-shiboken-2): Update to 5.14.2.3.
[source](uri): Adjust for tarball rename.
[inputs]: Use the default CLANG-TOOLCHAIN.
(python-pyside-2)[inputs]: Likewise.
(python-pyside-2-tools)[inputs]: Change from QTBASE to QTBASE/NEXT.

gnu: gparted: Use the Glib-or-GTK build system.

Fixes <https://issues.guix.gnu.org/38544>.

* gnu/packages/disk.scm (gparted)[build-system]: Use
glib-or-gtk-build-system.

gnu: protobuf: Update to 3.12.3.

* gnu/packages/protobuf.scm (protobuf): Update to 3.12.3.

gnu: rust: Add SSL native search paths.

* gnu/packages/rust.scm (rust-1.19)[native-search-paths]: Add entries
for SSL_CERT_DIR and SSL_CERT_FILE.

Reported by Kimapr[m] in #guix.

gnu: Consistently use license: prefix in (gnu packages mail).

* gnu/packages/mail.scm: Don't #:select arbitrary variables from
(guix licenses).
(anubis, mailutils, nullmailer, fetchmail, mutt, neomutt, gmime)
(bogofilter, offlineimap, emacs-mew, mu, alot, notifymuch, notmuch)
(python-notmuch, muchsync, getmail, libetpan, compface, claws-mail)
(msmtp, exim, dovecot, dovecot-trees, dovecot-libsodium-plugin, isync)
(perl-email-abstract, perl-email-address, perl-email-address-xs)
(perl-email-date-format, perl-email-messageid, perl-email-mime)
(perl-email-mime-contenttype, perl-email-mime-encodings)
(perl-email-sender, perl-email-simple, libesmtp, esmtp, fdm, procmail)
(khard, perl-mail-spf, perl-mail-authenticationresults, perl-mail-dkim)
(dkimproxy, mb2md, mpop, mhonarc, sendmail, opensmtpd, opensmtpd-extras)
(python-mailmanclient, python2-django-mailman3, postorius, swaks, alpine)
(balsa, afew, pan, urlscan, tnef, mumi, ytnef, public-inbox, sylpheed)
[licenses]: Use a license: prefix instead.

gnu: opensmtpd-extras: Update to 6.7.1.

* gnu/packages/mail.scm (opensmtpd-extras): Update to 6.7.1.
[native-inputs]: Remove bison, groff, automake, and autoconf.
[inputs]: Remove libasr, perl, lua, and linux-pam.  Add mysql.
[arguments]: Remove obsolete or ineffective options.
[license]: Update.

gnu: opensmtpd-extras: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/mail.scm (opensmtpd-extras)[source]: Hard-code NAME.

system: 'operating-system-root-file-system' raises upon missing root.

* gnu/system.scm (operating-system-root-file-system): Raise when 'find'
returns #f.

system: Add 'location' field to <operating-system>.

This allows error messages to include source location info.

* gnu/system.scm (<operating-system>)[location]: New field.

ui: 'with-error-handling' does not unwind the stack.

Since a07d5e558b5403dad0a59776b950b6b02169c249, we've been getting
useless backtraces upon unhandled errors, like this:

  Backtrace:
     1 (primitive-load "/home/…/bin/guix")
  In guix/ui.scm:
    1953:12  0 (run-guix-command _ . _)

  guix/ui.scm:1953:12: In procedure run-guix-command:
  In procedure struct-vtable: Wrong type argument in position 1 (expecting struct): #f

This change finally gives us real backtraces back.

* guix/ui.scm (guard*): New macro.
(call-with-error-handling): Use it instead of 'guard'.

news: Add ‘fr’ translation.

* etc/news.scm: Add ‘fr’ translation.

services: Add 'system-provenance' procedure.

* gnu/services.scm (sexp->channel, system-provenance): New procedures.
* guix/scripts/system.scm (sexp->channel): Remove.
(display-system-generation): Use 'system-provenance' instead of parsing
the "provenance" file right here.

gnu: Remove python2-pywavelets.

This package no longer supports Python 2 since the update in
501d89d707a64335731f54e0e28dbf252b31afc7 and has no dependents.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python2-pywavelets): Remove variable.

gnu: python-pynacl: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-pynacl): Update to 1.4.0.
[source](snippet): Adjust to fix spurious build requirement.
[arguments]: Add #:modules.  Replace check phase with custom pytest invocation.

gnu: python-simplejson: Update to 3.17.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-simplejson): Update to 3.17.0.

gnu: python-paramiko: Update to 2.7.1.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-paramiko): Update to 2.7.1.

gnu: python-bitarray: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-bitarray): Update to 1.4.0.

gnu: python-pycurl: Update to 7.43.0.5.

* gnu/packages/python-web.scm (python-pycurl): Update to 7.43.0.5.

gnu: python-bottle: Update to 0.12.18.

* gnu/packages/python-web.scm (python-bottle): Update to 0.12.18.

gnu: virt-manager: Remove unused input.

* gnu/packages/virtualization.scm (virt-manager)[inputs]: Remove PYTHON-IPADDRESS.

gnu: python-txtorcon: Remove unused input.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-txtorcon)[propagated-inputs]: Remove
PYTHON-IPADDRESS.

gnu: silkaj: Remove unused input.

* gnu/packages/finance.scm (silkaj)[inputs]: Remove PYTHON-IPADDRESS.

gnu: python-docker-py: Remove unused input.

* gnu/packages/docker.scm (python-docker-py)[inputs]: Remove PYTHON-IPADDRESS.

gnu: rust-xdg-2.2: Fix typo and indentation.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-xdg-2.2): Fix indentation.
[description]: Add missing final dot.

gnu: flightgear: Update to 2018.3.5.

* gnu/packages/games.scm (flightgear):
(simgear): Update to 2018.3.5.

etc: Enable mount unit only if it exists.

* etc/guix-install.sh (sys_enable_guix_daemon): Enable gnu-store.mount only
if it was actually installed.

Reported by peanutbutterandc on #guix.

gnu: ppsspp: Name git checkouts.

* gnu/packages/emulators.scm (ppsspp)[inputs]: Use GIT-FILE-NAME for
in-line git origins.