gnu: python-bottle: Update to 0.12.19.

* gnu/packages/python-web.scm (python-bottle): Update to 0.12.19.

gnu: rr: Update to 5.4.0.

* gnu/packages/debug.scm (rr): Update to 5.4.0.
[arguments]: Add capnproto to the RUNPATH.

gnu: rr: Fix typo.

* gnu/packages/debug.scm (rr)[inputs]: Fix ‘cpanproto’ typo.

gnu: vim-guix-vim: Update to 0.1.1.

* gnu/packages/vim.scm (vim-guix-vim): Update to 0.1.1.

gnu: emacs-helm-sly: Update to 0.5.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm-sly): Update to 0.5.0.
[description]: Fix typos.

gnu: python-matplotlib: Fix rounding errors on x86 CPUs.

Fixes <https://issues.guix.gnu.org/40406>.

Signed-off-by: Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>

gnu: qemu: Remove left-over debugging statement.

This follows up on 1b0cda6b442dd79324eaeb5b552cbc32faca3726.  Sigh.

* gnu/packages/virtualization.scm (qemu)[arguments]: Remove the FAIL.

gnu: python-pycryptodomex: Inherit from python-pycryptodome.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-pycryptodomex): Inherit from
python-pycryptodome.
[build-system, home-page, synopsis, license]: Remove redundant fields.

gnu: python-pycryptodome: Update to 3.9.9.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-pycryptodome): Update to 3.9.9.

gnu: highlight: Update to 3.59.

* gnu/packages/pretty-print.scm (highlight): Update to 3.59.

gnu: superlu: Update to 5.2.2.

* gnu/packages/maths.scm (superlu): Update to 5.2.2.

gnu: opendoas: Update to 6.8.

* gnu/packages/admin.scm (opendoas): Update to 6.8.
[arguments]: Adjust makefile name.

gnu: multipath-tools: Update to 0.8.5.

* gnu/packages/linux.scm (multipath-tools): Update to 0.8.5.
[source]: Remove patch.
[arguments]: Add a ‘skip-failing-tests’ phase.
* gnu/packages/patches/multipath-tools-sans-systemd.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: msmtp: Update to 1.8.13.

* gnu/packages/mail.scm (msmtp): Update to 1.8.13.

gnu: ogre: Update to 1.12.9.

The imgui submodule has been removed upstream.

* gnu/packages/graphics.scm (ogre): Update to 1.12.9.
[source]: Don't clone recursively.
[native-inputs]: Add dear-imgui-source.
[arguments]: Add an ‘unpack-dear-imgui’ phase.
Add IMGUI_DIR to #:configure-flags.

gnu: Add dear-imgui.

* gnu/packages/graphics.scm (dear-imgui): New public variable.

gnu: Update stb to b42009b3b9d4ca35bc703f5310eedc74f584be58.

* gnu/packages/stb.scm (stb): Update to commit b42009b3b9d4ca35bc703f5310eedc74f584be58..
(stb-image): Update version number to 2.26.
(stb-image-write): Update version number to 1.15.
(stb-sprintf): Update version number to 1.09.
(stb-truetype): Update version number to 1.24.

gnu: Add stb-rect-pack.

* gnu/packages/stb.scm (stb-rect-pack): New public variable.

gnu: perl-lwp-protocol-https: Update to 6.09.

* gnu/packages/web.scm (perl-lwp-protocol-https): Update to 6.09.

gnu: qemu: Extend I/O test time-outs.

* gnu/packages/virtualization.scm (qemu)[arguments]: Add an
‘extend-test-time-outs’ phase.

gnu: python-podcastparser: Update to 0.6.6.

* gnu/packages/gpodder.scm (python-podcastparser): Update to 0.6.6.
[native-inputs, arguments]: Substitute python-pytest for python-coverage
& python-nose.

gnu: fio: Update to 3.24.

* gnu/packages/benchmark.scm (fio): Update to 3.24.

gnu: perl-www-curl: Fix build with curl@7.69.1.

* gnu/packages/web.scm (perl-www-curl)[source]:
Add perl-www-curl-fix-struct-void.patch.
* gnu/packages/patches/perl-www-curl-remove-symbol.patch: Update.
* gnu/packages/patches/perl-www-curl-fix-struct-void.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

doc: Remove superfluous comma.

* doc/guix.texi (Managing Software the Guix Way): Remove comma.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: cqfd: Update to 5.2.1.

* gnu/packages/docker.scm (cqfd): Update to 5.2.1.

gnu: python-numba: Update to 0.51.2.

Fixes <https://issues.guix.gnu.org/43546>.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-numba): Update to 0.51.2.
[arguments]: Remove #:modules.
[phases]{check}: Use add-installed-pythonpath instead of some ad-hoc
solution.  Set HOME.
{remove-failing-tests}: Remove.
[inputs]: Move to...
[native-inputs]: ...here.

gnu: python-llvmlite: Update to 0.34.0.

This is in preparation of updating the broken python-numba package.

* gnu/packages/llvm.scm (python-llvmlite): Update to 0.34.0.
[arguments]: Enable tests.
[phases]{patch-reference-to-llvmlite, skip-failing-tests}
{set-compiler/linker-flags}: New phases.
[inputs]: Update custom LLVM input and associated patches.
[home-page]: Use HTTPS.

gnu: llvm-9: Standardize patch level.

Having a non-standard (different than 1) patch level requirement means the
patches cannot be composed easily from different origins.  The following
command was used to remove one level from the llvm-9 patches:

  sed -e 's|^--- a/|--- |' -e 's|^+++ b/|+++ |' \
      gnu/packages/patches/llvm-9* -i

* gnu/packages/llvm.scm (llvm-9)[source]: Drop the patch-flags field.
Re-indent list of patches.
* gnu/packages/patches/llvm-9-fix-bitcast-miscompilation.patch: Strip one level.
* gnu/packages/patches/llvm-9-fix-lpad-miscompilation.patch: Likewise.
* gnu/packages/patches/llvm-9-fix-scev-miscompilation.patch: Likewise.

gnu: Add kristall.

* gnu/packages/web-browsers.scm (kristall): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: gmnisrv: Update to 0-1.d484ba0.

* gnu/packages/web.scm (gmnisrv): Update to 0-1.d484ba0.
[arguments]: Remove the install-config phase.
[propagated-inputs]: Add mailcap.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

services: gmnisrv: Export procedures and service type.

* gnu/services/web.scm: Export gmnisrv-configuration, gmnisrv-configuration?,
gmnisrv-configuration-package, gmnisrv-configuration-config-file,
gmnisrv-service-type.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: Add mailcap.

* gnu/packages/mail.scm (mailcap): New variable.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: emacs-evil-collection: Update to 20201113.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-evil-collection): Update to 20201113.

doc: Document hg-fetch.

* doc/guix.texi (origin Reference): Add documentation for hg-fetch.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

guix: hg-download: Add hg-predicate.

`hg-predicate' acts for mercurial repositories as `git-predicate' acts
for git-repositories.

* guix/hg-download.scm (hg-predicate): New procedure.

Signed-off-by: Christopher Baines <mail@cbaines.net>

gnu: emacs-helm-system-packages: Update to 1.10.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-helm-system-packages): Update to 1.10.2.

doc: Fix Guix Build Coordinator agent configuration defaults.

* doc/guix.texi (Guix Build Coordinator): Fix some
guix-build-coordinator-agent-configuration defaults.

gnu: Add sx.

* gnu/packages/xdisorg.scm (sx): New variable.

gnu: python-pykeepass: Update to 3.2.1.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-pykeepass): Update to 3.2.1.
[propagated-inputs]: Substitute python-pycryptodomex for
python-pycryptodome.

gnu: python-pycryptodome: Note public-domain legacy.

* gnu/packages/python-pycryptodome.scm (python-pycryptodome)[license]:
Add public-domain.

gnu: python-pycryptodome: Expand description.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-pycryptodome)[synopsis, description]:
Copy higher-level description from python-pycryptodomex.

gnu: Add python-pycryptodomex.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-pycryptodomex): New public
variable.

gnu: lua-resty-lrucache: Update to 0.10.

* gnu/packages/lua.scm (lua-resty-lrucache): Update to 0.10.

gnu: lua-resty-core: Update to 0.1.18.

* gnu/packages/lua.scm (lua-resty-core): Update to 0.1.18.

gnu: nginx-lua-module: Update to 0.10.16.

* gnu/packages/web.scm (nginx-lua-module): Update to 0.10.16.

gnu: libgda: Update to 5.2.10.

* gnu/packages/gnome.scm (libgda): Update to 5.2.10.
[source]: Generate git tag from version number.
[native-inputs]: Add autoconf-archive.

gnu: python-duniterpy: Update to 0.60.1.

* gnu/packages/finance.scm (python-duniterpy): Update to 0.60.1.

gnu: inxi-minimal: Update to 3.1.09-1.

* gnu/packages/admin.scm (inxi-minimal): Update to 3.1.09-1.

gnu: inspekt3d: Build with Guile 3.

* gnu/packages/engineering.scm (inspekt3d)
[source]: Add snippet to allow building with Guile 3.0.
[inputs]: Replace guile-2.2 with guile-3.0.
[propagated-inputs]: Replace guile-opengl with guile3.0-opengl.

gnu: libfive: Update to 0-4.8ca1b86.

* gnu/packages/engineering.scm (libfive): Update to 0-4.8ca1b86.
[inputs]: Replace guile-2.2 with guile-3.0.

gnu: julia: Update to 1.5.3.

* gnu/packages/julia.scm (julia): Update to 1.5.3.
(libuv-julia): Update to 1fcc6d66f9df74189c74d3d390f02202bb7db953.
(julia-patch): Update version.  No change to patches.

gnu: libwhich: Compile natively, too.

This follows up on commit 12424b3ecfdf401c72804ddfa4b2fa2d8b1b68e5.

* gnu/packages/julia.scm (libwhich)[arguments]: Fix non-cross
compilation.

gnu: Fix build for python-pysam.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pysam): Use htslib-1.9,
  samtools-1.9, and bcftools-1.9.

gnu: Add bcftools-1.9.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bcftools-1.9): New variable.

gnu: dino: Update to 0.2.0

Update of the recently released Dino 0.2.0 version.

Thanks!

From 0b764d48996f3851ee2596a25f1fd42a8d3f4063 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Ekaitz Zarraga <ekaitz@elenq.tech>
Date: Fri, 13 Nov 2020 12:18:11 +0100
Subject: [PATCH] gnu: dino: Update to 0.2.0

    * gnu/packages/messaging.scm (dino): Update to 0.2.0

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: libwhich: Cross-compile.

* gnu/packages/julia.scm (libwhich)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET.
Look for zlib in NATIVE-INPUTS.

gnu: bedtools: Use samtools-1.9.

The build for bedtools with samtools 1.11 triggers a testsuite
failure which is reported here:
https://github.com/arq5x/bedtools2/issues/814

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bedtools): Use samtools-1.9.

gnu: Add samtools-1.9.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (samtools-1.9): New variable.

gnu: Add htslib-1.9.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (htslib-1.9): New variable.

gnu: vim: Update to 8.2.1980.

* gnu/packages/vim.scm (vim): Update to 8.2.1980.

gnu: criu: Support nftables.

* gnu/packages/virtualization.scm (criu)[inputs]: Add nftables.

gnu: criu: Update to 3.15.

* gnu/packages/virtualization.scm (criu): Update to 3.15.

gnu: youtube-dl: Update to 2020.11.12.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2020.11.12.

gnu: knot: Update to 3.0.2.

* gnu/packages/dns.scm (knot): Update to 3.0.2.

gnu: muchsync: Update to 6.

* gnu/packages/mail.scm (muchsync): Update to 6.

gnu: gpxsee: Update to 7.36.

* gnu/packages/gps.scm (gpxsee): Update to 7.36.

gnu: alot: Update to 0.9.1.

* gnu/packages/mail.scm (alot): Update to 0.9.1.
[arguments]: Fix some tests and disable some others.
[native-inputs]: Add procps.
[inputs]: Remove python2-magic, python2-configobj, python2-twisted,
python2-urwid, python2-urwidtrees, python2-pygpgme and python2-notmuch.
Add gnupg, python-magic, python-configobj, python-twisted,
python-service-identity, python-urwid, python-urwidtrees,
python-gpg and python-notmuch.
[synopsis]: Update synopsis.
[description]: Update description.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: afew: Update to 3.0.1.

* gnu/packages/mail.scm (afew): Update to 3.0.1.
[inputs]: Add notmuch and python-dkimpy.
[native-inputs]: Add python-freezegun.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: ungoogled-chromium: Update to 86.0.4240.198-0.b68e17f [security fixes].

This fixes CVE-2020-16013 and CVE-2020-16017.

* gnu/packages/chromium.scm (%chromium-version): Set to 86.0.4240.198.
(ungoogled-chromium): Update hash.

gnu: tor: Update to 0.4.4.6 [fixes TROVE-2020-005].

* gnu/packages/tor.scm (tor): Update to 0.4.4.6.

gnu: emacs-lispy: Update to 20201109.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-lispy): Update to 20201109.
[native-inputs]: Add which.
[arguments]: Fix test command to not use straight.el and disable
failing test related to Clojure.

Merge branch 'version-1.2.0'

nls: Update string translations.

nls: Update translations of the manual.

nls: Update translations of the manual.

nls: Update 'ta' translation.

lint: patch-file-names: Simplify 'search-patch' error handling.

* guix/lint.scm (check-patch-file-names): Remove 'message-condition?'
guard, which is useless since d51bfe242fbe6f3f8f71d723e8fe0c7bbe711ba1.
Remove call to 'format' in the 'formatted-message?' case.

gnu: sbcl-cffi-libffi: Fix building on ARM hardware.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cffi-libffi-bootstrap)[arguments]: Add
phase to adapt code to changes in libffi.

gnu: sbcl-cffi-grovel: End all phases with #t.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cffi-grovel)[arguments]: End custom
'install-headers phase with #t.

gnu: python-matplotlib: Remove unused input.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-matplotlib)[inputs]: Remove IMAGEMAGICK.

gnu: i3lock-fancy: Fix defunct substitution.

* gnu/packages/wm.scm (i3lock-fancy)[arguments]: Fix faulty regular expression.

gnu: i3lock-fancy: Inputs are not native.

* gnu/packages/wm.scm (i3lock-fancy)[native-inputs]: Move everything ...
[inputs]: ... here.

gnu: a2ps: Remove unused input.

* gnu/packages/pretty-print.scm (a2ps)[inputs]: Remove IMAGEMAGICK.

gnu: fbida: Remove unused input.

* gnu/packages/pdf.scm (fbida)[inputs]: Remove IMAGEMAGICK.

gnu: caja-extensions: Remove unused input.

* gnu/packages/mate.scm (caja-extensions)[inputs]: Remove IMAGEMAGICK.

gnu: mgba: Remove unused input.

* gnu/packages/emulators.scm (mgba)[inputs]: Remove IMAGEMAGICK.

gnu: networking.scm: Remove unused module import.

* gnu/packages/networking.scm: Don't import (gnu packages version-control).

gnu: emacs.scm: Remove unused module import.

* gnu/packages/emacs.scm: Don't import (gnu packages imagemagick).

gnu: python-libtmux: Update to 0.8.5.

* gnu/packages/tmux.scm (python-libtmux): Update to 0.8.5.
[arguments]: Set LANG to make the test suite pass.

gnu: evisum: Update to 0.5.7.

* gnu/packages/enlightenment.scm (evisum): Update to 0.5.7.

gnu: xfce4-screensaver: Update to 0.1.11.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce4-screensaver): Update to 0.1.11.

gnu: xfce4-weather-plugin: Update to 0.10.2.

* gnu/packages/xfce.scm (xfce4-weather-plugin): Update to 0.10.2.

gnu: linux-libre 4.4: Update to 4.4.243.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4-version): Update to 4.4.243.
(linux-libre-4.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.9: Update to 4.9.243.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9-version): Update to 4.9.243.
(linux-libre-4.9-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.14: Update to 4.14.206.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.206.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.19: Update to 4.19.157.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.157.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.4: Update to 5.4.77.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.77.
(deblob-scripts-5.4, linux-libre-5.4-pristine-source): Update hashes.

gnu: linux-libre: Update to 5.9.8.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.9-version): Update to 5.9.8.
(deblob-scripts-5.9, linux-libre-5.9-pristine-source): Update hashes.

gnu: eid-mw: Don't try to bootstrap twice.

* gnu/packages/security-token.scm (eid-mw)[arguments]: Replace the
build system's ‘bootstrap’ phase instead of creating another one.

gnu: eid-mw: Update to 5.0.8.

* gnu/packages/security-token.scm (eid-mw): Update to 5.0.8.
[arguments]: Add a ‘remove-failing-test’ phase.
[inputs]: Add autoconf-archive and libassuan.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>