gnu: evince: Update to 3.36.1.

* gnu/packages/gnome.scm (evince): Update to 3.36.1.

gnu: mtpaint: Update to 3.49.27.

* gnu/packages/image.scm (mtpaint): Update to 3.49.27.

gnu: mtpaint: Fix version numbering.

* gnu/packages/image.scm (mtpaint): Remove let binding.
[version]: Don't use GIT-VERSION.
[source]: Specify the matching COMMIT directly.

gnu: gpxsee: Update to 7.30.

* gnu/packages/gps.scm (gpxsee): Update to 7.30.

gnu: fortune-mod: Update to 2.28.0.

* gnu/packages/games.scm (fortune-mod): Update to 2.28.0.

gnu: python-backports-csv: Update to 1.0.7.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-backports-csv): Update to 1.0.7.

gnu: emacs-general: Update to a0b17d2.

Fixes <https://bugs.gnu.org/41655>.
Reported by bdju <bdju@tilde.team>.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-general): Update to a0b17d2.
[arguments]: Remove unnecessary phase.  Update #:test-command.

git-authenticate: Add tests.

* guix/tests/git.scm (call-with-environment-variables)
(with-environment-variables): Remove.
* guix/tests/git.scm (populate-git-repository): Add clauses for signed
commits and signed merges.
* guix/tests/gnupg.scm: New file.
* tests/git-authenticate.scm: New file.
* tests/ed25519bis.key, tests/ed25519bis.sec: New files.
* Makefile.am (dist_noinst_DATA): Add 'guix/tests/gnupg.scm'.
(SCM_TESTS): Add 'tests/git-authenticate.scm'.
(EXTRA_DIST): Add tests/ed25519bis.{key,sec}.

git-authenticate: Raise proper SRFI-35 conditions.

* guix/git-authenticate.scm (&git-authentication-error)
(&unsigned-commit-error, &unauthorized-commit-error)
(&signature-verification-error, &missing-key-error): New condition
types.
(commit-signing-key, authenticate-commit): Raise them.

git-authenticate: Don't hard-code "origin/" for keyring reference.

* guix/git-authenticate.scm (load-keyring-from-reference): Remove
hard-coded "origin/".  Use BRANCH-ALL instead of BRANCH-REMOTE.

Add (guix git-authenticate).

* build-aux/git-authenticate.scm (commit-signing-key)
(read-authorizations, commit-authorized-keys, authenticate-commit)
(load-keyring-from-blob, load-keyring-from-reference)
(authenticate-commits, authenticated-commit-cache-file)
(previously-authenticated-commits, cache-authenticated-commit): Remove.
* build-aux/git-authenticate.scm (git-authenticate): Pass
 #:default-authorizations to 'authenticate-commits'.
* guix/git-authenticate.scm: New file, with code taken from
'build-aux/git-authenticate.scm'.  Remove references to
'%historical-authorized-signing-keys' and add #:default-authorizations
parameter instead.
* Makefile.am (MODULES): Add it.
(authenticate): Depend on guix/git-authenticate.go.

gnu: boost-signals2: Update hash.

Reported by pkill9 on #guix.

* gnu/packages/boost.scm (boost-signals2)[source]: Fix the hash.

gnu: diffoscope: Update to 146.

* gnu/packages/diffoscope.scm (diffoscope): Update to 146.

gnu: diffoscope: Remove redundant let binding.

* gnu/packages/diffoscope.scm (diffoscope): Unbind VERSION.

gnu: docker, docker-cli: Update to 19.03.9.

* gnu/packages/docker.scm (%docker-version): Update to 19.03.9.
(docker, docker-cli): Update hashes.

gnu: websocketpp: Update to 0.8.2.

* gnu/packages/web.scm (websocketpp): Update to 0.8.2.
[source]: Replace patch.
* gnu/packages/patches/websocketpp-fix-for-boost-1.70.patch: Delete file.
* gnu/packages/patches/websocketpp-fix-for-cmake-3.15.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: strace: Update to 5.7.

* gnu/packages/linux.scm (strace): Update to 5.7.
[arguments]: Disable three failing tests.

gnu: singular: Update to 4.1.3p1.

* gnu/packages/algebra.scm (singular): Update to 4.1.3p1.

gnu: iproute2: Update to 5.7.0.

* gnu/packages/linux.scm (iproute): Update to 5.7.0.

gnu: man-db: Update to 2.9.2.

* gnu/packages/man.scm (man-db): Update to 2.9.2.

gnu: fetchmail: Update to 6.4.6.

* gnu/packages/mail.scm (fetchmail): Update to 6.4.6.

gnu: synapse: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/matrix.scm (synapse): Update to 1.14.0.

gnu: guix: Update to ea924134f8.

Update Guix to include ea924134f819eef072ba7df9080d39de97fd73e6, that fixes a
test failure that can occur when running from a file-system without user_xattr
support.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 1.1.0-6.ea92413.

tests: syscall: Support file-systems without extended attributes.

* tests/syscalls.scm (setxattr): Catch ENOTSUP that can be raised if the
file-system does not support extended user attributes.

gnu: Add cl-1am.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-1am, cl-1am, ecl-1am): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-sxql.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-sxql, cl-sxql, ecl-sxql): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-exponential-backoff.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-exponential-backoff, cl-exponential-backoff,
  ecl-exponential-backoff): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-rove.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-rove, cl-rove, ecl-rove): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-dissect.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-dissect, cl-dissect, ecl-dissect):
  New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-uuid.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-uuid, cl-uuid, ecl-uuid): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-prometheus.pushgateway.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-prometheus.pushgateway,
  cl-prometheus.pushgateway, ecl-prometheus.pushgateway): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-prometheus.exposers.hunchentoot.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-prometheus.exposers.hunchentoot,
  cl-prometheus.exposers.hunchentoot): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-prometheus.formats.text.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-prometheus.formats.text,
  cl-prometheus.formats.text, ecl-prometheus.formats.text): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-prometheus.collectors.process.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-prometheus.collectors.process,
  cl-prometheus.collectors.process, ecl-prometheus.collectors.process): New
  variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-prometheus.collectors.sbcl.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-prometheus.collectors.sbcl,
  cl-prometheus.collectors.sbcl): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add cl-prometheus.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-prometheus, cl-prometheus, ecl-prometheus):
  New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: Add quantile-estimator.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-quantile-estimator, ecl-quantile-estimator,
  cl-quantile-estimator): New variables.

Signed-off-by: Guillaume Le Vaillant <glv@posteo.net>

gnu: txr: Update to 239.

* gnu/packages/lisp.scm (txr): Update to 239.
  [arguments]: Use cc-for-target.

gnu: guix: Update to 7730f41afd.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 1.1.0-5.7730f41.

installer: final: Add some extra logging.

* gnu/installer/final.scm (kill-cow-users): Log the killed process name,
(umount-cow-store): inform that we are umounting the cow-store.

gnu: rosegarden: Update to 20.06.

* gnu/packages/music.scm (rosegarden): Update to 20.06.

gnu: guile-rsvg: Use 'git-fetch' instead of a generated archive.

* gnu/packages/gtk.scm (guile-rsvg)[source]: Switch to GIT-FETCH.

bash completion: Complete sub-commands after 'guix time-machine'.

* etc/completion/bash/guix (_guix_complete_subcommand): New function.
(_guix_complete): Use it.  For "time-machine", call
'_guix_complete_subcommand' by default.

bash completion: Complete file names after '-p' and '-C'.

* etc/completion/bash/guix (_guix_is_dash_C, _guix_is_dash_p): New functions.
(_guix_complete): Honor them for "install", "remove", "upgrade", "pull",
and "time-machine".

gnu: emacs-modus-operandi-theme: Update to 0.9.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-modus-operandi-theme): Update to 0.9.0.

gnu: emacs-modus-vivendi-theme: Update to 0.9.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-modus-vivendi-theme): Update to 0.9.0.

gnu: Add emacs-meson-mode.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-meson-mode): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: autorandr: Fix typo.

* gnu/packages/xdisorg.scm (autorandr)[arguments]<phases>: Fix typo in
bash completion directory.

gnu: emacs-treemacs: Update to 2.8.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-treemacs): Update to 2.8.
[arguments]: Do not prepare dependencies before testing.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-slack: Update to a6d9f49.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-slack): Update to a6d9f49.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: network-manager-applet: Propagate 'libnma'.

Fixes <https://issues.guix.info/41653>.

* gnu/packages/gnome.scm (network-manager-applet)[inputs]: Move 'libnma'
to …
[propagated-inputs]: … here.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: emacs-nov-el: Add comment about upstream not tagging releases.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-nov-el): Add a comment.  Fix indentation.

gnu: emacs-elpher: Update to 2.7.9.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-elpher): Update to 2.7.9.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-nov-el: Update to 0.3.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-nov-el): Update to 0.3.0.
[home-page, source]: Use new upstream URIs.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-glsl-mode.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-glsl-mode): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

doc: cookbook: Add entry about getting substitutes through Tor.

* doc/guix-cookbook.texi (Getting substitutes from Tor): New section.

xorg: honor xorg-configuration-server in xorg-configuration->file

Fixes <https://bugs.gnu.org/40806>.

Previously the xorg-server package specified in the configuration was ignored
entirely in xorg-configuration->file.  This had the effect that while the X
program of the configured package would be executed, the modules of the
configured package would be ignored in favor of the default xorg-server
package's modules.  This fixes that.

* gnu/services/xorg.scm (xorg-configuration->file): honor
  xorg-configuration-server.

gnu: python-pypairix: Update to 0.3.7 and build programs.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pypairix): Update to 0.3.7.
[source]: Fetch from github.
[arguments]: Add phases "build-programs" and "install-programs".

gnu: sameboy: Update to 0.13.1 [security fix].

* gnu/packages/emulators.scm (sameboy): Update to 0.13.1.

gnu: linux-libre: Update to 5.4.44.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.44.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@5.6: Update to 5.6.16.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.6-version): Update to 5.6.16.
(linux-libre-5.6-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.126.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.126.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.183.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.183.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.226.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9-version): Update to 4.9.226.
(linux-libre-4.9-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.226.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4-version): Update to 4.4.226.
(linux-libre-4.4-pristine-source): Update hash.

gnu: mpg123: Update to 1.26.1.

* gnu/packages/mp3.scm (mpg123): Update to 1.26.1.

gnu: ncdu: Update to 1.15.

* gnu/packages/ncdu.scm (ncdu): Update to 1.15.

gnu: lsp-plugins: Update to 1.1.22.

* gnu/packages/music.scm (lsp-plugins): Update to 1.1.22.

gnu: perl-net-dns: Update to 1.24.

* gnu/packages/networking.scm (perl-net-dns): Update to 1.24.

gnu: ocaml-extlib: Update to 1.7.7.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-extlib): Update to 1.7.7.
[source]: Update TLD.

gnu: hcxdumptool: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/networking.scm (hcxdumptool)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET.

gnu: hcxdumptool: Update to 6.0.6.

* gnu/packages/networking.scm (hcxdumptool): Update to 6.0.6.
[inputs]: Add openssl.

gnu: Add mergerfs-tools.

* gnu/packages/storage.scm (mergerfs-tools): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add mergerfs.

* gnu/packages/storage.scm (mergerfs): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add Polish hunspell dictionary.

* gnu/packages/libreoffice.scm (hunspell-dict-pl): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: java-openjfx-build: Fix indentation.

* gnu/packages/java.scm (java-openjfx-build)[source]: Change the indentation
  of the uri dirictive.

Signed-off-by: Alexey Abramov <levenson@mmer.org>
Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: java-openjfx-build: Add helpful patch.

* gnu/packages/java.scm (java-openjfx-build)[source]: Use it.
* gnu/packages/patches/java-openjfx-build-jdk_version.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Signed-off-by: Alexey Abramov <levenson@mmer.org>
Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

doc: Mention Btrfs compression.

Suggested by Pierre Neidhardt <mail@ambrevar.xyz>.

* doc/guix.texi (Keyboard Layout and Networking and Partitioning):
Mention Btrfs compression.

gnu: shepherd: Update to 0.8.1.

* gnu/packages/admin.scm (shepherd): Update to 0.8.1.

gnu: python-can: Update to 3.3.3.

This fixes the build of python-can, which is very exacting w.r.t. to its
dependencies.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-can): Update to 3.3.3.
[phases]{relax-version-requirements}: New phase.
[native-inputs]: Add python-coverage.
[license]: Correct the license to lgpl3+.

gnu: services: docker: Add a debug? parameter.

* gnu/services/docker.scm (docker-configuration): Add a debug? field.
(containerd-shepherd-service): Pass the "--log-level=debug" argument when
DEBUG? is true.
(docker-shepherd-service): Pass the "--debug" and "--log-level=debug"
arguments when DEBUG? is true.
* doc/guix.texi (Miscellaneous Services): Update doc.

gnu: Add python-pairtools.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pairtools): New variable.

gnu: Remove bedtools-2.26.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bedtools-2.26): Remove variable.

gnu: python-pybedtools: Disable unreliable test.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pybedtools)[arguments]: Disable
test_intron_exon_reads test; run tests verbosely.

test_intron_exon_reads

gnu: librdkafka: Update to 1.4.2.

* gnu/packages/networking.scm (librdkafka): Update to 1.4.2.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: global: Don't build static libraries.

* gnu/packages/code.scm (global)[arguments]: Add configure-flag to
disable static libraries.

gnu: global: Move vim plugins to correct directory.

* gnu/packages/code.scm (global)[arguments]: Adjust 'post-install phase
to install vim plugin files to the expected directory.

gnu: emacs-auctex: Update to 12.2.3.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-auctex): Update to 12.2.3.

gnu: fmt: Update to 6.2.1.

* gnu/packages/pretty-print.scm (fmt): Update to 6.2.1.

gnu: camlp5: Update to 7.12.

* gnu/packages/ocaml.scm (camlp5): Update to 7.12.

gnu: re2: Update to 2020-06-01.

* gnu/packages/regex.scm (re2): Update to 2020-06-01.

gnu: nix: Update to 2.3.5.

* gnu/packages/package-management.scm (nix): Update to 2.3.5.

gnu: intel-vaapi-driver: Update to 2.4.1.

* gnu/packages/video.scm (intel-vaapi-driver): Update to 2.4.1.
[source]: Use GIT-FETCH and GIT-FILE-NAME.
[native-inputs]: Add autoconf, automake, and libtool.

gnu: osinfo-db: Update to 20200529.

* gnu/packages/virtualization.scm (osinfo-db): Update to 20200529.

gnu: osinfo-db-tools: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/virtualization.scm (osinfo-db-tools): Update to 1.8.0.

gnu: qutebrowser: Update to 1.12.0.

* gnu/packages/web-browsers.scm (qutebrowser): Update to 1.12.0.

gnu: bs1770gain: Deduplicate home page URLs.

* gnu/packages/audio.scm (bs1770gain)[source]: Re-use the HOME-PAGE
field in the snippet.

gnu: bs1770gain: Update to 0.7.0.

* gnu/packages/audio.scm (bs1770gain): Update to 0.7.0.

gnu: iw: Use CC-FOR-TARGET.

* gnu/packages/linux.scm (iw)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET.

gnu: net-tools: Fix cross-compilation.

* gnu/packages/linux.scm (net-tools)[arguments]: Use CC-FOR-TARGET.