file-systems: Spawn a Bournish REPL upon fsck failure.

Fixes <http://bugs.gnu.org/22588>.
Reported by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* gnu/build/file-systems.scm (check-file-system): Pass
%BOURNISH-LANGUAGE as the argument to 'start-repl'.
* gnu/services.scm (activation-script): Add (guix build bournish).
* gnu/services/base.scm (file-system-shepherd-service)[imported-modules]:
Likewise.
* gnu/system/linux-container.scm (container-script): Likewise.
* gnu/system/vm.scm (expression->derivation-in-linux-vm): Likewise.

Add (guix build bournish) and use it in the initrd.

* guix/build/bournish.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.
* gnu/system/linux-initrd.scm (base-initrd): Add (guix build bournish)
and use it.

gnu: add lispf4

* gnu/packages/lisp.scm (lispf4): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: dbus: Use https source URL.

* gnu/packages/glib.scm (dbus)[source]: Use https URL.

gnu: Add nautilus.

* gnu/packages/gnome.scm (nautilus): New variable.

Co-authored-by: 宋文武 <iyzsong@gmail.com>

gnu: python-pillow: Update to 3.1.1 [fixes CVE-2016-{0740, 0775}].

* gnu/packages/python.scm (python-pillow, python2-pillow): Update to 3.1.1.

gnu: Add assword.

* gnu/packages/password-utils.scm (assword): New variable.

gnu: Add python2-xdo.

* gnu/packages/python.scm (python2-xdo): New variable.

gnu: python-matplotlib: Define 'python2-variant'.

* gnu/packages/python.scm (python2-numpy): Take the result of
'package-with-python2' directly.
(python2-scipy): Likewise.
(python-matplotlib)[properties]: New field.
(python2-matplotlib): Call 'strip-python2-variant'.

gnu: python-cython: Define 'python2-variant'.

* gnu/packages/python.scm (python-cython)[properties]: New field.
(python2-cython): Use 'strip-python2-variant'.

gnu: python-pycairo: Define 'python2-variant'.

* gnu/packages/gtk.scm (python-pycairo)[properties]: New field.
(python2-pycairo): Use 'strip-python2-variant'.

gnu: python-pygobject: Define 'python2-variant'.

* gnu/packages/glib.scm (python-pygobject)[properties]: New field.
(python2-pygobject): Use 'strip-python2-variant'.

build-system/python: Honor the 'python2-variant' property of packages.

Fixes <http://bugs.gnu.org/22437>.
Reported by Leo Famulari <leo@famulari.name> and others.

* guix/build-system/python.scm (package-with-explicit-python): Add
  #:variant-property and honor it.
(strip-python2-variant): New procedure.

gnu: upower: Install man pages.

* gnu/packages/gnome.scm (upower)[native-inputs]: Add LIBXML2, LIBXSLT,
and DOCBOOK-XSL.

gnu: keepassx: Update to 2.0.2.

* gnu/packages/password-utils.scm (keepassx): Update to 2.0.2.

gnu: Add libcanberra-gtk2.

* gnu/packages/libcanberra.scm (libcanberra/gtk+-2): New variable.

gnu: python2-pysqlite: Update to 2.8.1.

* gnu/packages/python.scm (python2-pysqlite): Update to 2.8.1.
[source]: Change to `pypi uri` syntax.
[home-page]: Update to new homepage.

gnu: python2-backport-ssl-match-hostname: Update to 3.5.0.1.

* gnu/packages/python.scm (python2-backport-ssl-match-hostname):
Update to 3.5.0.1.
[arguments]: Skip tests.
[synopsis]: Update for python version 3.5.x.

gnu: python-cryptography: Update to 1.2.2.

* gnu/packages/python.scm (python-cryptography): Update to 1.2.2.
[source]: Change to `pypi uri` syntax.
[native-inputs]: Add python-pyasn1, python-pyasn1-modules,
python-hypothesis.
(python2-cryptography)[propagated-inputs]: Add
python2-backport-ssl-match-hostname

gnu: python-cryptography-vectors: Update to 1.2.2.

* gnu/packages/python.scm (python-cryptography-vectors): Update to 1.2.2.

gnu: python-pip: Update to 8.0.2.

* gnu/packages/python.scm (python-pip): Update to 8.0.2.
[source]: Change to `pypi uri` syntax.

gnu: python-gnupg: Update to 0.3.8.

* gnu/packages/gnupg.scm (python-gnupg): Update to 0.3.8.
[source]: Change to 'pypi uri` syntax.

doc: Document 'guix-edit' Emacs command.

* doc/emacs.texi (Emacs Commands): Document "M-x guix-edit".
* doc/guix.texi (Invoking guix edit): Mention it.

system: Fix EMACSLOADPATH.

After commit 13fe4891fa247d306e203ee14c6886513bd86b52, Emacs package
includes "site-start.el", and it has a priority over
"/etc/emacs/site-start.el" on GuixSD because "/etc/emacs" is added to
the end of 'load-path'.

* gnu/system.scm (operating-system-environment-variables): Change
  EMACSLOADPATH to prepend "/etc/emacs" to 'load-path' instead of
  appending.

emacs: Find Emacs packages in a system profile.

Fixes <http://bugs.gnu.org/22550>.
Reported by myglc2 <myglc2@gmail.com>.

* emacs/guix-emacs.el (guix-emacs-autoload-packages): Autoload Emacs
  packages installed in a system profile.

emacs: Move the code to load Emacs packages after installing.

This code should belong to "guix-backend" as it is run after a REPL
operation to check if new Emacs packages have been installed and to
autoload them if needed.

* emacs/guix-emacs.el (guix-emacs-activate-after-operation)
(guix-emacs-load-autoloads-maybe): Move and rename to...
* emacs/guix-backend.el (guix-emacs-activate-after-operation)
(guix-repl-autoload-emacs-packages-maybe): ... this.
(guix-after-repl-operation-hook): Adjust for the renaming.

emacs: Factorize searching for Emacs packages.

* emacs/guix-emacs.el: (guix-emacs-directories): New procedure.
(guix-emacs-find-autoloads-in-directory): Rename to...
(guix-emacs-find-autoloads): ... this.
(guix-emacs-load-autoloads): Remove.  Replace with...
(guix-emacs-autoload-packages): ... this.  New procedure.  At first,
find a list of directories with Emacs packages, then add them to
'load-path' and finally, load autoloads.
* doc/emacs.texi (Emacs Initial Setup): Adjust accordingly.

gnu: curl: Use 'https' URL.

Reported by marusich on #guix.

* gnu/packages/curl.scm (curl)[source]: Use 'https' URL.

gnu: xdotools: Update to 3.20150503.1

* gnu/packages/xdisorg.scm (xdotools): Upgrade to 3.20150503.1.
* gnu/packages/patches/xdotool-fix-makefile.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: guile-next: Update to 2.1.2.

* gnu/packages/guile.scm (guile-next): Update to 2.1.2.  Add 'snippet'.

gnu: Add Texinfo 6.1.

* gnu/packages/texinfo.scm (texinfo-6.1): New variable.
* gnu/packages/emacs.scm (emacs): Add comment about 'info.info'.

gnu: Add python-pygpgme

* gnu/packages/gnupg.scm (python-pygpgme, python2-pygpgme): New variables.
* gnu/packages/patches/pygpgme-disable-problematic-tests.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: icecat: Re-enable the Ephemeral Diffie-Hellman cipher suites.

* gnu/packages/patches/icecat-re-enable-DHE-cipher-suites.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[source]: Add patch.

services: elogind: Extend PAM to use 'pam_elogind.so'.

Thanks to Andy Wingo <wingo@igalia.com> for explaining this at
<https://lists.gnu.org/archive/html/guix-devel/2015-08/msg00439.html>.

* gnu/services/desktop.scm (pam-extension-procedure): New procedure.
(elogind-service-type): Extend PAM-ROOT-SERVICE-TYPE.

system: pam: 'pam-root-service-type' can be extended with transformations.

* gnu/system/pam.scm (<pam-configuration>): New record type.
(/etc-entry): Change 'services' parameter' to 'config'.  Honor the
'transform' field of CONFIG.
(extend-configuration): New procedure.
(pam-root-service-type): Use EXTEND-CONFIGURATION as the 'extend'
field.
(pam-root-service): Add #:transform parameter.  Service value is a
<pam-configuration>.

system: pam: Export accessors.

* gnu/system/pam.scm: Export <pam-service> and <pam-entry> accessors.

gnu: Add murrine.

* gnu/packages/gtk.scm (murrine): New variable.

gnu: Add gtk-engines.

* gnu/packages/gtk.scm (gtk-engines): New variable.

gnu: r: Drop input lapack.

* gnu/packages/statistics.scm (r)[inputs]: Drop lapack, which is
  recommended by the manual.
  [arguments]: Adapt configure flags.

services: elogind: Add elogind to the global profile.

* gnu/services/desktop.scm (elogind-service-type): Extend
PROFILE-SERVICE-TYPE.

services: upower: Add upower to the global profile.

* gnu/services/desktop.scm (upower-service-type): Extend
PROFILE-SERVICE-TYPE.

gnu: vpnc: Make sure 'vpnc-script' finds the commands it needs.

* gnu/packages/vpn.scm (vpnc)[inputs]: Add NET-TOOLS and IPROUTE.
[arguments]: Use 'modify-phases'.  Wrap 'vpnc-script'.

gnu: icecat: Update to 38.6.0-gnu1.

* gnu/packages/patches/icecat-bug-1146335-pt1.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-bug-1146335-pt2.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-limit-max-buffers-size-for-ANGLE.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2016-1930-pt01.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2016-1930-pt02.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2016-1930-pt03.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2016-1930-pt04.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2016-1930-pt05.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2016-1930-pt06.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2016-1930-pt07.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2016-1930-pt08.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2016-1930-pt09.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2016-1930-pt10.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2016-1930-pt11.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2016-1930-pt12.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2016-1930-pt13.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2016-1930-pt14.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2016-1930-pt15.patch,
  gnu/packages/patches/icecat-CVE-2016-1935.patch: Delete files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove them.
* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat): Update to 38.6.0-gnu1.
  [source]: Remove patches.

gnu: r: Drop input openblas.

* gnu/packages/statistics.scm (r)[inputs]: Drop openblas.
  [arguments]: Adapt configure flags. This makes the build succeed
  on armhf-linux.

gnu: glibmm: Update to 2.46.3.

* gnu/packages/glib.scm (glibmm): Update to 2.46.3.

gnu: gedit: Update to 3.18.3.

* gnu/packages/gnome.scm (gedit): Update to 3.18.3.

gnu: gtksourceview: Update to 3.18.2.

* gnu/packages/gtk.scm (gtksourceview): Update to 3.18.2.

gnu: atkmm: Update to 2.24.2.

* gnu/packages/gtk.scm (atkmm): Update to 2.24.2.

gnu: libxml++: Update to 3.0.0.

* gnu/packages/gnome.scm (libxml++): Update to 3.0.0.

gnu: ffmpeg: Update to 2.8.6.

* gnu/packages/video.scm (ffmpeg): Update to 2.8.6.

gnu: vte: Update to 0.42.3.

* gnu/packages/gnome.scm (vte): Update to 0.42.3.

gnu: libbluray: Drop unused inputs.

* gnu/packages/video.scm (libbluray)[inputs]: Remove doxygen, perl and
  texlive. The first one is checked during the configure phase, but no
  documentation is actually built anyway.

service: shepherd: All of the config file is in 'call-with-error-handling'.

* gnu/services/shepherd.scm (shepherd-configuration-file)[config]: Wrap
all the body in 'call-with-error-handling'.

service: shepherd: Guard against exceptions raised by 'start'.

Fixes <http://bugs.gnu.org/22548>.
Reported by Albin <albin@fripost.org>, Mark H Weaver, and Alex Kost.

* gnu/services/shepherd.scm (shepherd-configuration-file)[config]: Guard
against 'service-error?'.

guix system: Simply warn if we cannot talk to the shepherd.

Before that 'open-connection' would return #f, and thus
'current-services' would return a single #f value when its continuation
expects two.

Reported by calher on #guix.

* gnu/services/herd.scm (open-connection): Rethrow system-error
exceptions.
(with-shepherd): Expect CONNECTION to always be true; remove useless
'dynamic-wind'.
* guix/scripts/system.scm (warn-on-system-error): New macro.
(upgrade-shepherd-services): Wrap body in 'warn-on-system-error'.

gnu: net-tools: Update URLs.

Reported by Jookia <166291@gmail.com> and Leo Famulari <leo@famulari.name>.

* gnu/packages/linux.scm (net-tools)[home-page]: Switch to SourceForge.
[source]: Add SourceForge and ibiblio.org URLs.

gnu: Add sdparm.

* gnu/packages/disk.scm (sdparm): New variable.

gnu: mplayer: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/video.scm (mplayer): Update to 1.2.1.

licenses: Add the fdl1.1+.

* guix/licenses.scm (fdl1.1+): New variable.

gnu: jasper: Add fixes for several security flaws.

* gnu/packages/patches/jasper-CVE-2007-2721.patch,
gnu/packages/patches/jasper-CVE-2008-3520.patch,
gnu/packages/patches/jasper-CVE-2011-4516-and-CVE-2011-4517.patch,
gnu/packages/patches/jasper-CVE-2014-8137.patch,
gnu/packages/patches/jasper-CVE-2014-8138.patch,
gnu/packages/patches/jasper-CVE-2014-8157.patch,
gnu/packages/patches/jasper-CVE-2014-8158.patch,
gnu/packages/patches/jasper-CVE-2014-9029.patch,
gnu/packages/patches/jasper-CVE-2016-1867.patch: New files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/image.scm (jasper)[source]: Add patches.

emacs: Add missing (require 'guix-profiles).

Reported by Christopher Allan Webber <cwebber@dustycloud.org> on #guix.

Several modules use the code from 'guix-profiles' without requiring it.  It
was never noticed before commits e4e2154644ecf76ea02a50304c1405c00c9ffdd1
and 13fe4891fa247d306e203ee14c6886513bd86b52, because 'guix-emacs' required
this module.  But now, when 'site-start.el' loads 'guix-emacs',
'guix-profiles' may not exist yet, so it may not be required.  This will
lead to an error when some of "M-x guix-..." commands will be used.  See
<https://gnunet.org/bot/log/guix/2016-02-03#T898859>.

* emacs/guix-base.el: Require 'guix-profiles'.
* emacs/guix-ui.el: Likewise.
* emacs/guix-ui-generation.el: Likewise.
* emacs/guix-ui-package.el: Likewise.

doc: Mention 'tzselect'.

* doc/guix.texi (operating-system Reference): Mention 'tzselect' and
invalid timezone strings.

install: Add glibc to the global profile.

Suggested by petter on #guix.

* gnu/system/install.scm (installation-os)[packages]: Add glibc.

gnu: harfbuzz: Update to 1.0.6 [fixes CVE-2016-2052].

* gnu/packages/gtk.scm (harfbuzz): Update to 1.0.6.

gnu: perl-io-socket-ssl: Add workaround for OpenSSL-1.0.2f.

* gnu/packages/patches/perl-io-socket-ssl-openssl-1.0.2f-fix.patch: New file.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/web.scm (perl-io-socket-ssl)[source]: Add patch.

gnu: openssl: Update to 1.0.2f [fixes CVE-2015-3197 and CVE-2016-0701].

* gnu/packages/tls.scm (openssl): Update to 1.0.2f.
  [arguments]: Remove the 'fix-broken-symlinks' phase.

gnu: curl: Update to 7.47.0 [fixes CVE-2016-0755].

* gnu/packages/curl.scm (curl): Update to 7.47.0.

linux-initrd: Add serpent_generic and wp512 to the default set of modules.

Adds modules needed for encrypted root partitions using the Serpent cipher or
Whirlpool digest algorithms.

* gnu/system/linux-initrd.scm (base-initrd)[linux-modules]: Add
  "serpent_generic" and "wp512".

linux-initrd: Add hid-generic and hid-apple to the default set of modules.

Fixes keyboard of MacBook2,1 during early boot, e.g. for typing a password to
mount an encrypted root partition.

* gnu/system/linux-initrd.scm (base-initrd)[linux-modules]: Add "hid-generic"
  and "hid-apple".

services: 'file-union' makes sure each source file exists.

Before that, specifying an invalid timezone in 'operating-system' would
lead to a dangling symlink in the 'etc' directory, which in turn would
lead to a kernel panic at boot time.

Reported by pizzaiolo on #guix.

* gnu/services.scm (file-union): Add 'stat' call for SOURCE.

guix system: 'reconfigure' loads and starts new services.

Partly fixes <http://bugs.gnu.org/22039>.

* gnu/services/herd.scm: New file.
* gnu-system.am (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.
* gnu/services/shepherd.scm (shepherd-service-canonical-name): New
procedure.
(shepherd-service-file): Export.
* guix/scripts/system.scm (upgrade-shepherd-services): New procedure.
(switch-to-system): Use it.
* guix/ui.scm (info): New procedure.
* doc/guix.texi (Invoking guix system): Mention system services.

gnu: libdvdcss: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/video.scm (libdvdcss): Update to 1.4.0.
[source]: Change source url.

gnu: youtube-dl: Update to 2016.02.01.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2016.02.01.

gnu: enlightenment: Update to 0.20.5.

* gnu/packages/enlightenment.scm (enlightenment): Update to 0.20.5.

gnu: emotion-generic-players: Update to 1.17.0.

* gnu/packages/enlightenment.scm (emotion-generic-players): Update to 1.17.0.

gnu: evas-generic-loaders: Update to 1.17.0.

* gnu/packages/enlightenment.scm (evas-generic-loaders): Update to 1.17.0.

gnu: elementary: Update to 1.17.0.

* gnu/packages/enlightenment.scm (elementary): Update to 1.17.0.

gnu: efl: Update to 1.17.0.

* gnu/package/enlightenment.scm (efl): Update to 1.17.0.

gnu: hwloc: Build without numactl support on armhf.

* gnu/packages/mpi.scm (hwloc)[inputs]: Drop numactl on armhf, where the
  package is not available.

gnu: numactl: Remove unsupported system armhf-linux.

* gnu/packages/linux.scm (numactl)[supported-systems]: Remove armhf.

gnu: Remove linux-libre-4.2.5.

This series is no longer supported upstream.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.2.5): Remove variable.

gnu: pius: Update to 2.2.2.

* gnu/packages/gnupg.scm (pius): Update to 2.2.2.

gnu: gnupg: Update to 2.1.11.

* gnu/packages/gnupg.scm (gnupg): Update to 2.1.11.

gnu: ao: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/xiph.scm (ao): Update to 1.2.0.

syscalls: 'all-network-interface-names' accepts non-alphanumeric characters.

This fixes interfaces with a dash or other characters being ignored.
Suggested by Jookia <166291@gmail.com>.

* guix/build/syscalls.scm (%interface-line): Use [[:graph:]] instead
of [[:alnum:]].

system: /etc/profile reads /etc/environment for the sake of lshd.

Fixes <http://bugs.gnu.org/22175>.

* gnu/system.scm (operating-system-etc-service)[profile]: Add hack to
define variables from /etc/environment.

gnu: Add Italian Aspell dictionary.

* gnu/packages/aspell.scm (aspell-dict-it): New variable.

gnu: sbcl: Generate and install documentation.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl): Add 'doc' output.
  [arguments]: Add 'build-doc' and 'install-doc' phases.
  [native-inputs]: Add 'texlive' and 'texinfo'.

gnu: sbcl: Convert to the 'modify-phases' syntax.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl): Do it.

gnu: Add emacs-slime.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-slime): New variable.

gnu: mit-scheme: Generate and install documentation.

* gnu/packages/scheme.scm (mit-scheme): Add 'doc' output.
  [arguments]: Add phases 'configure-doc, 'build-doc and 'install-doc.
  [native-inputs]: Add 'texlive'. Move 'texinfo' and 'm4' from inputs.

gnu: mit-scheme: Convert to the 'modify-phases' syntax.

* gnu/packages/scheme.scm (mit-scheme): Do it.

gnu: Add emacs-constants.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-constants): New variable.
* gnu/packages/patches/emacs-constants-lisp-like.patch: New patch.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Add emacs-mit-scheme-doc.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-mit-scheme-doc): New variable.

gnu: scmutils: Generate 'scmutils-autoloads.el' file.

* gnu/packages/scheme.scm (scmutils): Do it.

gnu: Add emacs-scheme-complete.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-scheme-complete): New variable.
* gnu/packages/patches/emacs-scheme-complete-scheme-r5rs-info.patch: New patch.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Add the new patch.

gnu: qemu: Update to 2.5.0; add fixes for security flaws.

* gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-6855.patch: Delete file.
* gnu/packages/patches/qemu-virtio-9p-use-accessor-to-get-thread-pool.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-8558.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-8567.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-8613.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-8701.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2015-8743.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2016-1568.patch,
  gnu/packages/patches/qemu-CVE-2016-1922.patch: New files.
* gnu-system.am (dist_patch_DATA): Remove 'qemu-CVE-2015-6855.patch'; add the
  new patches.
* gnu/packages/qemu.scm (qemu): Update to 2.5.0.
  [source]: Remove old patches and add new ones.
  [arguments]: Add 'disable-test-qga' phase.
  (%glib-memory-vtable-patch, %glib-duplicate-test-patch): Remove variables.

gnu: openssl: When computing URI, use 'string-trim-right' not 'string-take'.

* gnu/packages/tls.scm (openssl)[source]: When computing URI, use
  'string-trim-right' instead of 'string-take'.

gnu: yelp: Update to 3.18.1.

* gnu/packages/gnome.scm (yelp): Update to 3.18.1.

gnu: webkitgtk: Update to 2.10.7.

* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk): Update to 2.10.7.