gnu: Add r-shades.

* gnu/packages/cran.scm (r-shades): New variable.

gnu: Add r-rnifti.

* gnu/packages/cran.scm (r-rnifti): New variable.

gnu: Add r-tfmpvalue.

* gnu/packages/cran.scm (r-tfmpvalue): New variable.

gnu: Add r-splitstackshape.

* gnu/packages/cran.scm (r-splitstackshape): New variable.

gnu: Add r-lassopv.

* gnu/packages/cran.scm (r-lassopv): New variable.

gnu: Add r-flare.

* gnu/packages/cran.scm (r-flare): New variable.

gnu: Add r-vbsr.

* gnu/packages/cran.scm (r-vbsr): New variable.

gnu: Add r-rpostgresql.

* gnu/packages/cran.scm (r-rpostgresql): New variable.

gnu: Add r-rspectra.

* gnu/packages/cran.scm (r-rspectra): New variable.

build-system/asdf: 'package-with-build-system' accesses inputs lazily.

Fixes a bug whereby we would, at the top-level (while evaluation
lisp.scm package definitions), attempt to access package inputs.
Because of circular dependencies, this could lead to unbound variables
as reported by Arun Isaac <arunisaac@systemreboot.net> at
<https://debbugs.gnu.org/cgi/bugreport.cgi?bug=33801#56>.

* guix/build-system/asdf.scm (package-with-build-system)[transform]
(new-propagated-inputs): Turn into a procedure.
Adjust user accordingly.

self: Drop support for Guix < 0.15 on Guile 2.0.

* guix/self.scm (false-if-wrong-guile, package-for-guile): Remove.
(specification->package): Remove "guile2.0-" variants.
(compiled-guix): #:guile-for-build defaults to (default-guile).
Use 'specification->package' instead of 'package-for-guile'.
(guile-for-build): Remove.
(guix-derivation): Use 'default-guile' instead of 'guile-for-build'.
Check whether we're running on Guile 2.0 with PULL-VERSION < 1.

Remove most uses of the _IO*F constants.

These constants, for use with 'setvbuf', were deprecated in Guile 2.2
and disappeared in Guile 3.0.  Here we keep these constants in
build-side code where removing them is not feasible.

* guix/build/download-nar.scm (download-nar): Adjust 'setvbuf' calls to
the Guile 2.2+ API.
* guix/build/download.scm (open-socket-for-uri): Likewise.
(open-connection-for-uri, url-fetch): Likewise.
* guix/build/make-bootstrap.scm (make-stripped-libc): Likewise.
* guix/build/union.scm (setvbuf) [guile-2.0]: New conditional wrapper.
(union-build): Adjust to new API.
* guix/ftp-client.scm (ftp-open, ftp-list, ftp-retr): Likewise.
* guix/http-client.scm (http-fetch): Likewise.
* guix/inferior.scm (proxy): Likewise.
* guix/scripts/substitute.scm (fetch, http-multiple-get): Likewise.
* guix/self.scm (compiled-modules): Likewise.
* guix/ssh.scm (remote-daemon-channel, store-import-channel)
(store-export-channel): Likewise.
* guix/ui.scm (initialize-guix): Likewise.
* tests/publish.scm (http-get-port): Likewise.
* guix/store.scm (%newlines): Adjust comment.

download: Remove Guile 2.0 workaround.

* guix/build/download.scm: Remove Guile 2.0 workaround.

maint: Remove 'cond-expand' forms for Guile 2.0.

Note: Leave 'cond-expand' forms used in the build-side modules that can
run on %BOOTSTRAP-GUILE, which is currently Guile 2.0.

* guix/build/compile.scm: Move 'use-modules' clause from 'cond-expand'
to 'define-module' form.
(%default-optimizations): Remove 'cond-expand'.
* guix/build/download.scm (tls-wrap): Remove 'cond-expand'.
* guix/build/syscalls.scm: Remove 'cond-expand' form around
'%set-automatic-finalization-enabled?!' and
'without-automatic-finalization'.
* guix/inferior.scm (port->inferior): Remove 'cond-expand'.
* guix/scripts/pack.scm (wrapped-package)[build]: Remove 'cond-expand'.
* guix/status.scm (build-event-output-port): Remove 'cond-expand'.
* guix/store.scm (open-inet-socket): Remove 'cond-expand'.
* guix/ui.scm (install-locale): Remove 'cond-expand'.
* tests/status.scm ("current-build-output-port, UTF-8 + garbage"):
Remove 'cond-expand'.
* tests/store.scm ("current-build-output-port, UTF-8 + garbage"):
Remove 'cond-expand'.

build: Require Guile 2.2.

* configure.ac: Require Guile 2.2.
* README: Adjust accordingly.
* doc/guix.texi (Requirements): Likewise.
* gnu/packages/package-management.scm (guile2.0-guix): Deprecate.
(guix-minimal): Inherit from GUIX, not from GUILE2.0-GUIX.

doc: Recommend using the installer script.

* doc/guix.texi (Installation): Make it clear that the installer script is the
recommended, easy way to install Guix.

pull: Document '--system'.

Fixes <https://bugs.gnu.org/34010>.
Reported by Alex Kost <alezost@gmail.com>.

This is a followup to 5923102f7b58f0a0120926ec5b81ed48b26a188e.

* guix/scripts/pull.scm (show-help): Add '--system'.

self: Compress Info files.

Fixes <https://bugs.gnu.org/33993>.
Reported by Adonay Felipe Nogueira <adfeno@hyperbola.info>.

* guix/self.scm (info-manual): Compress Info files.

build-self: Spin only on TTYs.

* build-aux/build-self.scm (build-program): Spin only when 'isatty?'
returns true.

gnu: dvdisaster: Run regression tests.

* gnu/packages/cdrom.scm (dvdisaster)[arguments]: Remove #:tests? argument.
Add 'check' phase.

gnu: dvdisaster: Install desktop file.

* gnu/packages/cdrom.scm (dvdisaster)[arguments]: Add 'install-desktop phase.

gnu: prosody: Update to 0.11.1.

* gnu/packages/messaging.scm (prosody): Update to 0.11.1.
[arguments]: Replace "Makefile" with "GNUmakefile".  Change "5.1" to "5.2".
Explain why there are no tests.
[inputs]: Replace lua-5.1, lua5.1-bitop, lua5.1-expat, lua5.1-socket,
lua5.1-filesystem, lua5.1-sec with lua-5.2, lua5.2-bitop, lua5.2-expat,
lua5.2-socket, lua5.2-filesystem, lua5.2-sec.

gnu: Add lua5.2-sec.

* gnu/packages/lua.scm (lua5.2-sec): New variable.
(make-lua-sec): New procedure.
(lua5.1-sec, lua5.2-sec): Call it.

gnu: Add lua-filesystem and lua5.2-filesystem.

* gnu/packages/lua.scm (lua-filesystem, lua5.2-filesystem): New variables.
(make-lua-filesystem): New procedure.
(lua-filesystem, lua5.1-filesystem, lua5.2-filesystem): Call it.

gnu: Add lua5.2-socket.

* gnu/packages/lua.scm (lua5.2-socket): New variable.
(make-lua-socket): New procedure.
(lua5.1-socket, lua5.2-socket): Call it.

gnu: Add lua5.2-expat.

* gnu/packages/lua.scm (lua5.2-expat): New variable.
(make-lua-expat): New procedure.
(lua5.1-expat, lua5.2-expat): Call it.

gnu: criu: Update to 3.11.

* gnu/packages/virtualization.scm (criu): Update to 3.11.
[arguments]: Add custom phase to patch python calls.

gnu: criu: Fix building on armhf-linux.

* gnu/packages/virtualization.scm (criu)[arguments]: Hardcode the arm
version in the Makefile.

gnu: gajim-omemo: Update to 2.6.26.

* gnu/packages/messaging.scm (gajim-omemo): Update to 2.6.26.

gnu: gajim: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/messaging.scm (gajim): Update to 1.1.1.
[arguments]: Replace #:test-target with a 'check' phase.

gnu: tor: Update to 0.3.4.10.

* gnu/packages/tor.scm (tor): Update to 0.3.4.10.

gnu: privoxy: Update to 3.0.28.

* gnu/packages/tor.scm (privoxy): Update to 3.0.28.

gexp: 'gexp->script' does not emit load-path expression when unnecessary.

This removes two elements from %LOAD-PATH and %LOAD-COMPILED-PATH of the
'guix' command and thus further reduces the number of 'stat' calls it
makes.

* guix/gexp.scm (load-path-expression): Return #f when MODULES and
EXTENSIONS are both empty.
(gexp->script): Don't emit anything when SET-LOAD-PATH is #f.

self: Move all modules into a single directory.

This halves the number of elements in %LOAD-PATH and %LOAD-COMPILED-PATH
and halves the number of 'stat' calls as reported by:

  env -i $(type -P guix) build -e '(@ (gnu packages base) coreutils)' -nd

* guix/self.scm (node-source+compiled, guile-module-union): New
procedures.
(guix-command): Remove 'compiled-modules' parameter.  Remove
'source-directories' and 'object-directories' variables and add
'module-directory'.  Change command so that it adds nothing but
MODULE-DIRECTORY to %LOAD-PATH and %LOAD-COMPILED-PATH.
(whole-package): Remove #:compiled-modules.  Assume MODULES contains
'share/guile/site' and 'lib/guile' and adjust code accordingly.
(compiled-guix): When PULL-VERSION is 1, use 'node-source+compiled'
only.  Remove #:compiled-modules argument to 'whole-package'.
* guix/channels.scm (whole-package-for-legacy): Add 'module+compiled'
and pass it to 'whole-package'.

gnu: libnet: Update to 1.2-rc3.

* gnu/packages/networking.scm (libnet): Update to 1.2-rc3.
[source]: Use git-fetch.

import: opam: Parse comments.

* guix/import/opam.scm: Add comment support in parser.

gnu: ocaml-graph: Add upstream-name.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-graph)[properties]: Add upstream-name.

import: opam: Add updater.

* guix/import/opam.scm (%opam-updater): New variable.

import: opam: Add recursive option.

* guix/script/import/opam.scm: Add recursive option.
* guix/import/opam.scm (opam->guix-package): return two values.
(opam-recursive-import): New variable.

gnu: Move coq packages from ocaml to coq.

* gnu/packages/ocaml.scm (coq, proof-general, coq-flocq, coq-gappa, coq-mathcomp)
(coq-coquelicot, coq-bignums, coq-interval): Move from here...
* gnu/packages/coq.scm: ... to here.  New file.

gnu: emacs-guix: Update to 0.5.1.1.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-guix): Update to 0.5.1.1.

gnu: containerd: Update synopsis.

* gnu/packages/docker.scm (containerd)[synopsis]: Modify.

gnu: containerd: Enable tests.

* gnu/packages/docker.scm (containerd)[arguments]: Remove #:tests?.

gnu: Add missing use-module clause.

This is a follow-up to 4e5b8f7215b8e0ae864b954cd511404098fd2840.

* gnu/packages/docker.scm: Add missing use-module clause.

gnu: Add r-corpcor.

* gnu/packages/cran.scm (r-corpcor): New variable.

gnu: Add r-ddrtree.

* gnu/packages/cran.scm (r-ddrtree): New variable.

gnu: Add r-qlcmatrix.

* gnu/packages/cran.scm (r-qlcmatrix): New variable.

gnu: Add r-combinat.

* gnu/packages/cran.scm (r-combinat): New variable.

gnu: Add r-densityclust.

* gnu/packages/cran.scm (r-densityclust): New variable.

gnu: Add r-sparsesvd.

* gnu/packages/cran.scm (r-sparsesvd): New variable.

gnu: Add r-docopt.

* gnu/packages/cran.scm (r-docopt): New variable.

gnu: Add r-rvcheck.

* gnu/packages/cran.scm (r-rvcheck): New variable.

gnu: Add r-tidytree.

* gnu/packages/cran.scm (r-tidytree): New variable.

gnu: Add r-colorramps.

* gnu/packages/cran.scm (r-colorramps): New variable.

gnu: Add r-wordcloud.

* gnu/packages/cran.scm (r-wordcloud): New variable.

gnu: Add r-waveslim.

* gnu/packages/cran.scm (r-waveslim): New variable.

gnu: Add r-tiff.

* gnu/packages/cran.scm (r-tiff): New variable.

gnu: Add r-fftwtools.

* gnu/packages/cran.scm (r-fftwtools): New variable.

gnu: Add r-softimpute.

* gnu/packages/cran.scm (r-softimpute): New variable.

gnu: Add r-adgoftest.

* gnu/packages/cran.scm (r-adgoftest): New variable.

gnu: Add r-gsl.

* gnu/packages/cran.scm (r-gsl): New variable.

gnu: Add r-stabledist.

* gnu/packages/cran.scm (r-stabledist): New variable.

gnu: perl-lingua-translit: Update to 0.28.

* gnu/packages/perl.scm (perl-lingua-translit): Update to 0.28.

gnu: Add containerd.

* gnu/packages/docker.scm (containerd): New variable.

gnu: Add dummy linker for arm-elf.

* gnu/packages/bootstrap.scm (glibc-dynamic-linker): Add case for arm-elf.

gnu: Move R packages from geo.scm to cran.scm.

* gnu/packages/geo.scm (r-maps, r-mapproj, r-rgooglemaps, r-geosphere,
r-ggmap): Move from here...
* gnu/packages/cran.scm: ...to here.

gnu: emacs-ess: Move to (gnu packages statistics).

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-ess): Move from here...
* gnu/packages/statistics.scm (emacs-ess): ...to here.

gnu: python-rpy2: Move to (gnu packages statistics).

* gnu/packages/python.scm (python-rpy2): Move from here...
* gnu/packages/statistics.scm (python-rpy2): ...to here.

gnu: Remove reference to (gnu packages statistics).

* gnu/packages/web.scm: Remove obsolete use-module clause.

gnu: r-rmysql: Move from databases.scm to cran.scm

* gnu/packages/databases.scm (r-rmysql): Move from here...
* gnu/packages/cran.scm (r-rmysql): ...to here.

gnu: biber: Update to 2.12.

* gnu/packages/tex.scm (biber): Update to 2.12.
[source]: Use 'git-fetch'. Add patch.
[inputs]: Add perl-file-slurper. Remove perl-file-slurp.
* gnu/packages/patches/biber-fix-encoding-write.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: r-feather: Move from serialization.scm to cran.scm.

* gnu/packages/serialization.scm (r-feather): Move from here...
* gnu/packages/cran.scm (r-feather): ...to here.

gnu: Fix top-level circular references between emacs.scm and llvm.scm.

Previously, loading either of these two modules could fail somewhat
non-deterministically because each top-level was referencing a variable
defined by the other module's top-level.

* gnu/packages/emacs.scm (package-elisp-from-package): Move to...
* gnu/packages/llvm.scm (package-elisp-from-package): Here.  Keep
private.

gnu: perl-file-slurper: Update to 0.012.

* gnu/packages/perl.scm (perl-file-slurper): Update to 0.012.
[native-inputs]: Add perl-test-warnings.

gnu: Move R packages from web.scm to cran.scm.

* gnu/packages/web.scm (r-httpuv, r-jsonlite, r-servr, r-htmltools,
r-htmlwidgets, r-htmltable, r-curl, r-hwriter, r-rjson, r-shiny,
r-shinydashboard, r-shinyfiles, r-crosstalk, r-rook, r-miniui): Move these
from here...
* gnu/packages/cran.scm: ...to here.

Revert "gnu: Use package-elisp-from-package for clangs emacs lisp files"

This reverts commit 5bc2e14add6433adbade3ccdf28c60e57334c20a.

gnu: mantis: Limit to x86_64-linux.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (mantis)[supported-systems]: New field.

gnu: package-elisp-from-package: Clarify docstring.

* gnu/packages/emacs.scm (package-elisp-from-package)[docstring]: Clarify.

gnu: Use package-elisp-from-package for clangs emacs lisp files

Use package-elisp-from-package for emacs-clang-format and emacs-clang-rename.
Also remove package-from-clang-elisp-file as it is not needed anymore.

* gnu/packages/llvm.scm (emacs-clang-format): Use package-elisp-from-package
* gnu/packages/llvm.scm (emacs-clang-rename): Use package-elisp-from-package
* gnu/packages/llvm.scm (package-from-clang-elisp-file): Remove function

gnu: Add package-elisp-from-package

Add a function to generate package definitions that packages single elisp
files from other packages.

* gnu/packages/emacs.scm (package-elisp-from-package): New function

gnu: python2-fastlmm: Move to machine-learning.scm.

This is a step towards removing OCaml modules from the closure
of (gnu packages python).

* gnu/packages/python.scm (python2-fastlmm): Move to...
* gnu/packages/machine-learning.scm (python2-fastlmm): ... here.

gnu: Remove unnecessary build-side module imports.

* gnu/packages/batik.scm, gnu/packages/boost.scm,
gnu/packages/calendar.scm, gnu/packages/gl.scm,
gnu/packages/lua.scm, gnu/packages/qt.scm, gnu/packages/simulation.scm,
gnu/packages/terminals.scm: Remove unnecessary import of (guix build
utils).
* gnu/packages/emacs.scm: Remove unnecessary imports of (guix ...).
* gnu/packages/libcanberra.scm: Use (srfi srfi-1) instead of (guix build
utils) for 'alist-delete'.
* gnu/packages/wxwidgets.scm: Likewise.

gnu: Move Emacs modes for Dedukti to ocaml.scm.

This removes OCaml-related modules from the closure of (gnu packages
emacs).

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-dedukti-mode, emacs-flycheck-dedukti):
Move to ...
* gnu/packages/ocaml.scm: ... here.

gnu: Move OCaml packages away from maths.scm.

This removes (gnu packages ocaml) and related build system modules from
the closure of (gnu packages maths).

* gnu/packages/maths.scm (ocaml-gsl, ocaml4.01-gsl, cubicle): Move to...
* gnu/packages/ocaml.scm: ... here.

lint: Avoid 'dirname' call at the top level.

* guix/scripts/lint.scm (%distro-directory): Wrap in 'mlambda'.
(check-patch-file-names): Adjust accordingly.

Remove (guix build pull).

This module had been unused since commit
5f93d97005897c2d859f0be1bdff34c88467ec61 (Oct. 2017).

* guix/build/pull.scm: Delete.
* Makefile.am (MODULES): Remove.

gnu: Add rmlint.

* gnu/packages/disk.scm (rmlint): New variable.

gnu: Add prosody-http-upload.

* gnu/packages/messaging.scm (prosody-http-upload): New variable.

gnu: Add mantis.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (mantis): New variable.

gnu: Add sdsl-lite.

* gnu/packages/datastructures.scm (sdsl-lite): New variable.

gnu: autoconf-archive: Update to 2019.01.06.

* gnu/packages/autotools.scm (autoconf-archive): Update to 2019.01.06.

gnu: Add jose.

* gnu/packages/jose.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

gnu: Add slurp.

* gnu/packages/image.scm (slurp): New variable.

gnu: libarchive: Replace with libarchive 3.3.3 and fix CVE-2018-{1000877,1000878,1000880}.

* gnu/packages/backup.scm (libarchive)[source, home-page]: Use HTTPS.
[replacement]: New field.
(libarchive-3.3.3): New variable.
* gnu/packages/patches/libarchive-CVE-2018-1000877.patch,
gnu/packages/patches/libarchive-CVE-2018-1000878.patch,
gnu/packages/patches/libarchive-CVE-2018-1000880.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.

gnu: Add kitty.

* gnu/packages/terminals.scm (kitty): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

hydra: Compute jobs in an inferior.

Previously we would rely on auto-compilation of all the Guix modules.
The complete evaluation would take ~15mn on berlin.guixsd.org and
require lots of RAM.  This approach should be faster since potentially
only part of the modules are rebuilt.  Furthermore, as a side-effect, it
builds the derivations that 'guix pull' uses.

* build-aux/hydra/gnu-system.scm: Remove 'eval-when' form.
(hydra-jobs): New procedure.
* gnu/ci.scm (package->alist, qemu-jobs, system-test-jobs)
(tarball-jobs): Return strings for the 'license' field.
* guix/self.scm (compiled-guix)[*cli-modules*]: Add (gnu ci).

hydra: evaluate: Add the checkout to the store.

* build-aux/hydra/evaluate.scm <top level>: Add call to 'add-to-store'.
Use that as the 'file-name' attribute.  Call 'primitive-load' in a
directory excursion to SOURCE.

hydra: Move job definitions to (gnu ci).

* build-aux/hydra/gnu-system.scm: Move code to...
* gnu/ci.scm: ... here.  New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

build-self: Don't clobber the output port.

The newline is meant to follow the spinner's traces so it must go to the
error port as well.

* build-aux/build-self.scm (build): Send newline to the error port.

gnu: gama: Update to 2.02.

* gnu/packages/gps.scm (gama): Update to 2.02.