gnu: oath-toolkit: Fix FTBFS with Glibc >= 2.28.

* gnu/packages/patches/oath-toolkit-glibc-compat.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/authentication.scm (oath-toolkit)[source](patches): New field.

gnu: openssl: Update to 1.0.2p.

* gnu/packages/patches/openssl-1.0.2-CVE-2018-0495.patch,
gnu/packages/patches/openssl-1.0.2-CVE-2018-0732.patch: Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.
* gnu/packages/tls.scm (openssl): Update to 1.0.2p.
[source](patches): Remove obsolete.

gnu: curl: Remove graft for 7.61.1.

* gnu/packages/curl.scm (curl): Update to 7.61.1.
(curl-7.61.1): Remove variable.

gnu: ghostscript: Remove graft for 9.24.

* gnu/packages/patches/ghostscript-CVE-2018-10194.patch,
gnu/packages/patches/ghostscript-runpath.patch: Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.
* gnu/packages/ghostscript.scm (ghostscript): Update to 9.24.
(ghostscript/fixed): Remove variable.

Merge branch 'master' into core-updates

gnu: ghostscript: Update replacement to 9.24 [security fixes].

The following CVEs are fixed with this release: CVE-2018-15908,
CVE-2018-15909, CVE-2018-15910, CVE-2018-15911, CVE-2018-16509,
CVE-2018-16510, CVE-2018-16511, CVE-2018-16513, CVE-2018-16539,
CVE-2018-16540, CVE-2018-16541, CVE-2018-16542, CVE-2018-16543.

* gnu/packages/patches/ghostscript-CVE-2018-10194.patch: Delete file.
* gnu/packages/patches/ghostscript-CVE-2018-16509.patch,
gnu/packages/patches/ghostscript-bug-699708.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/ghostscript.scm (ghostscript/fixed): Update to 9.24.
[source](patches): Remove 'ghostscript-CVE-2018-10194.patch' and
'ghostscript-runpath.patch'.  Add 'ghostscript-CVE-2018-16509.patch' and
'ghostscript-bug-699708.patch'.
[arguments]: Add LDFLAGS to #:configure-flags, and a phase to create output
directory.

gnu: jbig2dec: Replace with 0.15 [security fixes].

* gnu/packages/image.scm (jbig2dec-0.15): New public variable.
(jbig2dec)[replacement]: New field.

gnu: OpenBLAS: Update source URI.

* gnu/packages/maths.scm (openblas)[source](uri): Use the more stable
SourceForge mirror.

gnu: openal: Update to 1.19.0.

* gnu/packages/audio.scm (openal): Update to 1.19.0.

gnu: glm: Update to 0.9.9.1.

* gnu/packages/maths.scm (glm): Update to 0.9.9.1.

gnu: msmtp: Remove unneeded input.

* gnu/packages/mail.scm (msmtp)[inputs]: Remove LIBIDN, which is only required
when using OpenSSL (or GnuTLS sans IDN support).

gnu: msmtp: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/mail.scm (msmtp): Update to 1.8.0.

gnu: libsoup: Update to 2.64.0.

* gnu/packages/gnome.scm (libsoup): Update to 2.64.0.
[inputs]: Add LIBPSL.

gnu: mpfr: Update home page.

* gnu/packages/multiprecision.scm (mpfr)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: julia: Update objconv input.

* gnu/packages/julia.scm (julia)[inputs]: Update the hash of "objconv", which
does not have a stable URL.  Add a file name and use HTTPS while at it.

gnu: cloc: Update to 1.78.

* gnu/packages/code.scm (cloc): Update to 1.78.
[source]: Update URI.

gnu: signify: Update to 24.

* gnu/packages/crypto.scm (signify): Update to 24.

gnu: musl: Update to 1.1.20.

* gnu/packages/musl.scm (musl): Update to 1.1.20.

gnu: perl-pegex: Update to 0.67.

* gnu/packages/perl.scm (perl-pegex): Update to 0.67.

gnu: perl-config-autoconf: Update to 0.317.

* gnu/packages/perl.scm (perl-config-autoconf): Update to 0.317.

gnu: perl-extutils-installpaths: Update to 0.012.

* gnu/packages/perl.scm (perl-extutils-installpaths): Update to 0.012.

gnu: perl-extutils-helpers: Update to 0.026.

* gnu/packages/perl.scm (perl-extutils-helpers): Update to 0.026.

gnu: perl-getopt-long-descriptive: Update to 0.103.

* gnu/packages/perl.scm (perl-getopt-long-descriptive): Update to 0.103.

gnu: perl-namespace-clean: Update to 0.27.

* gnu/packages/perl.scm (perl-namespace-clean): Update to 0.27.

gnu: perl-datetime: Update to 1.50.

* gnu/packages/perl.scm (perl-datetime): Update to 1.50.

gnu: perl-params-validate: Update to 1.29.

* gnu/packages/perl.scm (perl-params-validate): Update to 1.29.

gnu: links: Update to 2.17.

* gnu/packages/web-browsers.scm (links): Update to 2.17.

gnu: aircrack-ng: Update to 1.3.

* gnu/packages/networking.scm (aircrack-ng): Update to 1.3.
[native-inputs]: Add autoconf, automake, libtool, and which.
[inputs]: Add libpcap.
[arguments]: Use conventional --options in #:configure-flags.
Restore ‘configure’ phase. Add ‘patch-evalrev’ and customise ‘bootstrap’
phases. Simplify ‘absolutize-tools’ phase.

gnu: aircrack-ng: Use HTTPS.

* gnu/packages/networking.scm (aircrack-ng)[source, home-page]: Use HTTPS.

gnu: perl: Improve description.

Fixes <https://bug.gnu.org/32650>.

* gnu/packages/perl.scm (perl)[description]: Use description from 'perlintro'.

tests: base: Add Guile-Gcrypt & co. to the search path.

Fixes a regression introduced in
ca719424455465fca4b872c371daf2a46de88b33, whereby (gcrypt hash) would
not be found in the system under test, leading to a failure of the
"/run/current-system is a GC root" test.

* gnu/tests/base.scm (run-basic-test)[guix&co]: New variable.
[test]: Add all of GUIX&CO to %LOAD-PATH.

gexp: 'file-union' accepts directory names.

* guix/gexp.scm (file-union): Import (guix build utils).  Make the
parent directories of TARGET.
* tests/gexp.scm ("file-union"): New test.

services: nginx: 'stop' returns #f.

Previously we'd return #t, which the Shepherd would consider a failure
to stop the service.

* gnu/services/web.scm (nginx-shepherd-service): In 'nginx-action',
return #f when stopping the service.

services: nginx: Don't read PID file when passed a custom config file.

Fixes <https://bugs.gnu.org/32665>.

* gnu/services/web.scm (nginx-shepherd-service): Check whether FILE is
true and don't read the PID file if it is; use 'read-pid-file' instead
of a potentially endless loop.

gnu: mes: Update to 0.17.1.

* gnu/packages/patches/mes-nyacc-0.86.0.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/mes.scm (mes): Update to 0.17.1, depend on latest Nyacc 0.86.0.
(nyacc-for-mes): Remove.

gnu: nyacc: Update to 0.86.0.

* gnu/packages/patches/nyacc-binary-literals.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/mes.scm (nyacc): Update to 0.86.0, add patch.

gnu: Add frotz, frotz-dumb-terminal, and frotz-sdl.

* gnu/packages/games.scm (frotz, frotz-dumb-terminal, frotz-sdl): New
variables.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kkebreau@posteo.net>

gnu: linux-libre: Update to 4.18.6.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.18.6.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.68.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.68.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.125.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.125.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.154.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.154.

services: 'instantiate-missing-services' reaches fixed point.

Fixes a bug whereby services indirectly depended on would not be
automatically instantiated.

* gnu/services.scm (instantiate-missing-services): Loop back when the
length of ADJUSTED is greater than that of INSTANCES.
* tests/services.scm ("instantiate-missing-services, indirect"): New test.

gnu: diffoscope: Update to 100.

* gnu/packages/package-management.scm (diffoscope): Update to 100.

gnu: indent: Add version 2.2.12.

* gnu/packages/code.scm (indent-2.2.12): New variable.

gnu: gdb: Update to 8.2.

* gnu/packages/gdb.scm (gdb): Update to 8.2.

gnu: guile-json: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/guile.scm (guile-json): Update to 1.2.0.
[license]: Change to GPL3+.

guix describe: Display information about the current generation.

* guix/scripts/describe.scm (display-profile-info)[number]: Use the
current generation number instead of the last generation number.

guix package: Record package provenance in manifest entries.

* guix/profiles.scm (package->manifest-entry): Add #:properties and
honor it.
* guix/scripts/package.scm (package-provenance)
(package->manifest-entry*): New procedures.
(transaction-upgrade-entry, options->installable): Use
'package->manifest-entry*' instead of 'package->manifest-entry'.

Add 'guix describe'.

* guix/scripts/describe.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.
(SH_TESTS): Add tests/guix-describe.sh.
* po/guix/POTFILES.in: Add it.
* guix/scripts/pull.scm (display-profile-content): Export.
* guix/describe.scm (current-profile, current-profile-entries): Export.
* tests/guix-describe.sh: New file.
* doc/guix.texi (Features): Mention 'guix pull' and provenance tracking.
(Invoking guix pull): Link to 'guix describe'.
(Channels): Likewise.
(Invoking guix describe): New node.

pull: Add '--profile'.

* guix/scripts/pull.scm (show-help, %options): Add '--profile'.
(build-and-install): Change 'config-dir' argument to 'profile'.
(guix-pull): Honor '--profile'.
* doc/guix.texi (Invoking guix pull): Document it.

gnu: Add r-ggformula.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggformula): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add r-mosaiccore.

* gnu/packages/cran.scm (r-mosaiccore): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add r-ggstance.

gnu/packages/cran.scm (r-ggstance): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add r-abctools.

* gnu/packages/cran.scm (r-abctools): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add r-abcrf.

* gnu/packages/cran.scm (r-abcrf): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add r-abcp2.

* gnu/packages/cran.scm (r-abcp2): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-ess: Update to 17.11.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-ess): Update to 17.11
[url]: Use github for https
[snippet]: update julia-mode substitution, only build info doc, bypass failing test
[propagated-inputs]: Add emacs-julia-mode
[description]: Mention that ESS supports Julia and JAGS (which replaces OpenBUGS)
[arguments]: Remove 'set-home' phase.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

vm: Make UUID computation really deterministic.

Fixes <https://bugs.gnu.org/32652>.

* gnu/system/vm.scm (operating-system-uuid)[service-name,
file-system-digest]: New procedures.
Map these over services and file systems and hash the result.
* tests/guix-system.sh: Add test.

gnu: guile: Remove "share/guile/site" from GUILE_LOAD_COMPILED_PATH.

.go files should always go to lib/guile/2.x/site-ccache, and in
practice, we no longer have packages that don't do that.

* gnu/packages/guile.scm (guile-2.2)[native-search-paths]: Remove
"share/guile/site/2.2" from GUILE_LOAD_COMPILED_PATH spec.
(guile-2.0)[native-search-paths]: Likewise.

gnu: knot: Update to 2.7.2.

* gnu/packages/dns.scm (knot): Update to 2.7.2.

gnu: Wireshark: Update to 2.6.3 [fixes CVE-2018-{14994,16056,16057,16058}].

* gnu/packages/networking.scm (wireshark): Update to 2.6.3.

gnu: curl: Update replacement to 7.61.1 [fixes CVE-2018-14618].

* gnu/packages/curl.scm (curl)[replacement]: Update to 7.61.1.
(curl-7.61.0): Replace variable with ...
(curl-7.61.1): ... new variable.

gnu: libgme: Update to 0.6.2.

* gnu/packages/music.scm (libgme): Update to 0.6.2.
[native-inputs]: Add gcc-4.9.

doc: Update hpcguix-web configuration documentation.

* doc/guix.texi (Web Services): Document 'channels' and
'package-list-expiration'.

services: hpcguix-web: Set SSL_CERT_DIR.

Previously Git pulls over HTTPS would fail with:

  guix/git.scm:132:7: In procedure update-cached-checkout:
  Throw to key `git-error' with args `(#<<git-error> code: -17 message: "the SSL certificate is invalid" class: 16>)'.

* gnu/services/web.scm (hpcguix-web-shepherd-service): Pass
"SSL_CERT_DIR=/etc/ssl/certs".
* doc/guix.texi (Web Services): Mention certificates.

build-self: Accomodate upgrades from May 2016 and earlier.

Reported by Paul Garlick <pgarlick@tourbillion-technology.com>.

Fixes a bug whereby "old" Guix instances (before mid-May 2018) would
fail to pull to current master.

Specifically, Paul reported being unable to upgrade from
6f84dc4314cd84550d9fc7e7afa11c495edc45a5 (a commit that predates that
addition of the 'bootstrap' phase on gnu-build-system on 'master' and
that also predates the new 'guix pull'.)

* build-aux/build-self.scm (guile-gcrypt)[arguments]: New field.

gnu: gfortran, gcc-objc, gcc-objc++: Add version 8.

* gnu/packages/gcc.scm (gfortran-8, gcc-objc-8, gcc-objc++-8): New
variables.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

build: Remove -L flag when $LIBGCRYPT_LIBDIR is empty.

Reported by Alex Vong <alexvong1995@gmail.com>.

* config-daemon.ac: Do not add "-L$LIBGCRYPT_LIBDIR" to LIBGCRYPT_LIBS
when "$LIBGCRYPT_LIBDIR" is empty.

gnu: guile-present: Install .go files to libdir.

* gnu/packages/plotutils.scm (guile-present)[source](modules, snippet):
Remove.

gnu: guile-charting: Install .go files to libdir.

* gnu/packages/plotutils.scm (guile-charting)[source](modules, snippet):
Remove.

gnu: hpcguix-web: Update to 9ff40fc.

* gnu/packages/web.scm (hpcguix-web): Update to 9ff40fc.
[arguments]: In 'wrap-program' phase, add guile-gcrypt, guile-git, and
guile-bytestructures to DEPS.

gnu: guile-commonmark: Install .go files to libdir.

* gnu/packages/guile.scm (guile-commonmark)[source](snippet): Change the
"modir = " and "godir = " line separately, allowing .go files to be
installed to $(libdir).

Add missing use-modules clause.

This is a follow-up to commit 5dfe491290b14a1ee7efd70f9cd083969c24e1c2.
Sorry!

* gnu/packages/bioinformatics.scm, gnu/packages/graph.scm: Use (gnu packages
bioconductor).

gnu: ccache: Update to 3.4.3.

* gnu/packages/ccache.scm (ccache): Update to 3.4.3.
[arguments]: Remove obsolete 'munge-failing-test' phase.

gnu: font-fira-code: Update to 1.205.

* gnu/packages/fonts.scm (font-fira-code): Update to 1.205.

gnu: libmpdclient: Update to 2.15.

* gnu/packages/mpd.scm (libmpdclient): Update to 2.15.

git: Don't require users to specifiy "origin/" for branches.

Fixes <https://bugs.gnu.org/32618>.
Reported by Eric Brown <brown@fastmail.com>.

* guix/git.scm (update-cached-checkout): Remove "origin/" from default
REF.  Define CANONICAL-REF and use it instead of REF.
(latest-repository-commit): Remove "origin/" from default REF.
* guix/channels.scm (%default-channels): Remove "origin/" from
'branch'.

channels: Fix external channel builds.

This fixes a regression introduced in
ca719424455465fca4b872c371daf2a46de88b33 whereby external channels would
fail to build due to the lack of (gcrypt …) modules.

* guix/channels.scm (channel-instance-derivations): Add 'guile-gcrypt'.
Pass it along CORE to 'build-channel-instance'.

gnu: pigx-scrnaseq: Use latest version of Pandoc.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-scrnaseq)[inputs]: Replace
"ghc-pandoc-citeproc-with-pandoc-1" with "ghc-pandoc-citeproc", and
"ghc-pandoc-1" with "ghc-pandoc".

gnu: pigx-bsseq: Use latest version of Pandoc.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-bsseq)[inputs]: Replace
"ghc-pandoc-citeproc-with-pandoc-1" with "ghc-pandoc-citeproc", and
"ghc-pandoc-1" with "ghc-pandoc".

gnu: pigx-chipseq: Use latest version of Pandoc.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-chipseq)[inputs]: Replace
"ghc-pandoc-citeproc-with-pandoc-1" with "ghc-pandoc-citeproc", and
"ghc-pandoc-1" with "ghc-pandoc".

gnu: pigx-rnaseq: Use latest version of Pandoc.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-rnaseq)[inputs]: Replace
"ghc-pandoc-citeproc-with-pandoc-1" with "ghc-pandoc-citeproc", and
"ghc-pandoc-1" with "ghc-pandoc".

gnu: r-rcas: Use standard version of ghc-pandoc-citeproc.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rcas)[native-inputs]: Replace
"ghc-pandoc-citeproc-with-pandoc-1" with "ghc-pandoc-citeproc".

gnu: r-modelmetrics: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-modelmetrics): Update to 1.2.0.
[propagated-inputs]: Add r-data-table.

gnu: r-robustbase: Update to 0.93-2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-robustbase): Update to 0.93-2.

gnu: r-rann: Update to 2.6.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rann): Update to 2.6.

gnu: r-ggthemes: Update to 4.0.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-ggthemes): Update to 4.0.1.
[propagated-inputs]: Remove r-assertthat and r-colorspace; add r-purrr,
r-stringr, and r-tibble.

gnu: r-ztable: Update to 0.2.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-ztable): Update to 0.2.0.
[propagated-inputs]: Add r-flextable, r-magrittr, r-moonbook, r-officer,
r-rcolorbrewer, r-scales, and r-stringr.

gnu: r-zoo: Update to 1.8-3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-zoo): Update to 1.8-3.

gnu: r-gtools: Update to 3.8.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-gtools): Update to 3.8.1.

gnu: r-kernlab: Update to 0.9-27.

* gnu/packages/machine-learning.scm (r-kernlab): Update to 0.9-27.

gnu: r-adaptivesparsity: Update to 1.6.

* gnu/packages/machine-learning.scm (r-adaptivesparsity): Update to 1.6.
[propagated-inputs]: Add r-mass and r-matrix.

gnu: r-codedepends: Move from cran to bioconductor.

* gnu/packages/cran.scm (r-codedepends): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-codedepends): ...to here.

gnu: r-graph: Move from bioinformatics to bioconductor.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-graph): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-graph): ...to here.

gnu: r-ggpubr: Update to 0.1.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggpubr): Update to 0.1.8.
[propagated-inputs]: Add r-glue and r-polynom.

gnu: r-codedepends: Update to 0.6.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-codedepends): Update to 0.6.5.
[propagated-inputs]: Add r-graph.

gnu: r-later: Update to 0.7.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-later): Update to 0.7.4.

gnu: r-maptools: Update to 0.9-3.

* gnu/packages/cran.scm (r-maptools): Update to 0.9-3.

gnu: r-fnn: Update to 1.1.2.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-fnn): Update to 1.1.2.1.

gnu: r-heatmaply: Update to 0.15.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-heatmaply): Update to 0.15.2.