Revert "gnu: maxima: Ensure gcc is available at runtime."

This reverts commit f2fa86cc82b5941bde63b666337eea59aa609e55.
Commit 5ea8dbf0c906d51779ba0cf775ec9967f5f42382 fixes the underlying
issue in GNU Common Lisp.

gnu: gcl: Ensure gcc and binutils are available at runtime.

* gnu/packages/lisp.scm (gcl)[arguments]: Add -fgnu89-inline to CFLAGS.
Add GCC path to make-flags. Modify 'pre-conf' phase. Add 'wrap' phase.

gnu: webkitgtk: Update to 2.16.6 [security fixes].

Includes fixes for CVE-2017-7039, CVE-2017-7018, CVE-2017-7030, CVE-2017-7037,
CVE-2017-7034, CVE-2017-7055, CVE-2017-7056, CVE-2017-7064, CVE-2017-7061,
CVE-2017-7048, and CVE-2017-7046.

* gnu/packages/webkit.scm (webkitgtk): Update to 2.16.6.

system: Add a default '.guile' skeleton.

* gnu/system/shadow.scm (default-skeletons): Add ".guile".

Add 'guix weather'.

* guix/scripts/weather.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.
* doc/guix.texi (Substitutes, Invoking guix publish): Mention "guix
weather".
(Invoking guix weather): New node.

Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: xterm: Update to 330.

* gnu/packages/xorg.scm (xterm): Update to 330.

gnu: dialog: Update to 1.3-20170509.

* gnu/packages/ncurses.scm (dialog): Update to 1.3-20170509.

gnu: opus: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/xiph.scm (opus): Update to 1.2.1.
[source]: Use new source URL.

gnu: gnome: Add deja-dup.

* gnu/packages/gnome.scm (deja-dup): New variable.
* gnu/packages/patches/deja-dup-use-ref-keyword-for-iter.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add patch file entry.

import: cpan: Updater returns a list of URLs.

* guix/import/cpan.scm (latest-release): Return a list in the 'urls'
field of 'upstream-source'.

gnu: guix: Update snapshot.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to f1ddfe4.

gnu: python-flaky: Fix Texinfo markup in description.

* gnu/packages/python.scm (python-flaky)[description]: Escape "@".

gnu: isc-dhcp: Update bundled bind to 9.9.10-P3.

This fixes a regression introduced in the fix for CVE-2017-3142, in BIND
9.9.10-P2, commit ecb232bdfcb2718de5944bcf4d9c4e288ec41519.

See 'CHANGELOG' in the source distribution for more information.

* gnu/packages/admin.scm (isc-dhcp): Update bundled bind to 9.9.10-P3.

gnu: bind: Update to 9.11.1-P3.

This fixes a regression introduced in the fix for CVE-2017-3142, in BIND
9.11.1-P2, commit faa1369e3cb72bda4ba8b63029d0ad780df9cf78.

See 'CHANGELOG' in the source distribution for more information.

* gnu/packages/dns.scm (isc-bind): Update to 9.11.1-P3.

gnu: ncurses/gpm: Move to (gnu packages ncurses).

This is needed to avoid compilation problems caused by the cyclic dependency
between (gnu packages ncurses) and (gnu packages linux).

* gnu/packages/linux.scm (ncurses/gpm): Move to ...
* gnu/packages/ncurses.scm (ncurses/gpm): ... here.  Fix misleading
indentation.  Add (gnu packages linux) to the module imports.

gnu: Add support for aarch64's compiled kernel.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre)[arguments]: Add to the regex to
find and install the aarch64-linux kernel.
* gnu/system.scm (system-linux-image-file-name): Add entry for aarch64.

gnu: Add xf86-video-freedreno.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-freedreno): New variable.

gnu: Add u-boot-odroid-c2.

* gnu/packages/bootloaders.scm (u-boot-odroid-c2): New variable.

gnu: u-boot: Update to 2017.07.

* gnu/packages/bootloaders.scm (u-boot): Update to 2017.07.

gnu: tevent: Update to 0.9.33.

* gnu/packages/samba.scm (tevent): Update to 0.9.33.

gnu: talloc: Update to 2.1.10.

* gnu/packages/samba.scm (talloc): Update to 2.1.10.

gnu: ldb: Update to 1.1.31.

* gnu/packages/samba.scm (ldb): Update to 1.1.31.
[native-inputs]: Add CMOCKA.

gnu: cmocka: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/check.scm (cmocka): Update to 1.1.1.

gnu: tdb: Update to 1.3.14.

* gnu/packages/databases.scm (tdb): Update to 1.3.14.

gnu: python-scipy: Update to 0.19.1.

* gnu/packages/python.scm (python-scipy): Update to 0.19.1.
[source]: Use 'pypi-uri'.

gnu: python-matplotlib: Update to 2.0.2.

* gnu/packages/python.scm (python-matplotlib): Update to 2.0.2.
[source]: Use 'pypi-uri'.

gnu: python-pyparsing: Update to 2.2.0.

* gnu/packages/python.scm (python-pyparsing, python2-pyparsing): Update to
2.2.0.

gnu: python-pyparsing: Use 'modify-phases' syntax.

* gnu/packages/python.scm (python-pyparsing)[arguments]<#:phases>: Use
'modify-phases'.

gnu: Add xmobar.

gnu/packages/wm.scm (xmobar): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: bash-completion: Update to 2.7.

* gnu/packages/bash.scm (bash-completion): Update to 2.7.

gnu: getmail: Update to 5.1.

* gnu/packages/mail.scm (getmail): Update to 5.1.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: metabat: Update to 2.11.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (metabat): Update to 2.11.1.
[source]: Add patch to fix compilation.
[arguments]: Adjust regular expressions modifying 'SConstruct'.
* gnu/packages/patches/metabat-fix-compilation.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: python-plastid: Update to 0.4.8.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-plastid): Update to 0.4.8.

gnu: bcftools: Update to 1.5.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bcftools): Update to 1.5.
[origin]: Remove fix-makefile patch.
[arguments]: Add configure flags, add LIBS make flag.  Do not delete
configure phase.
* gnu/packages/patches/bcftools-fix-makefile.patch: Remove file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: samtools: Update to 1.5.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (samtools): Update to 1.5.

gnu: htslib: Update to 1.5.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (htslib): Update to 1.5.

gnu: python-pysam: Update to 0.11.2.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (python-pysam): Update to 0.11.2.2.

gnu: bamm: Use htslib-1.3.

* gnu/packages/bioinformatics (htslib-1.3): New variable.
(bamm)[inputs]: Replace htslib with htslib-1.3.

gnu: bcftools: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bcftools): Update to 1.4.1.
[arguments]: Move Makefile modifications from here ...
[source]: ... to added patch.  Adjust patch for update to 1.4.
* gnu/packages/patches/bcftools-fix-makefile.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

gnu: samtools: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (samtools): Update to 1.4.1.
[arguments]: Add '--with-htslib=system' configure flag.
[inputs]: Add htslib.

gnu: htslib: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (htslib): Update to 1.4.1.
[inputs]: Add curl, openssl.

gnu: samtools: Use "modify-phases" syntax.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (samtools)[arguments]: Use "modify-phases"
syntax.

gnu: bspwm: Update to 0.9.3.

* gnu/packages/wm.scm (bspwm): Update to 0.9.3.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add oksh.

* gnu/packages/shells.scm (oksh): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: quassel: Enable TLS.

* gnu/packages/patches/quassel-fix-tls-check.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/irc.scm (quassel)[source]: Use it.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: youtube-dl: Update to 2017.07.23.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2017.07.23.

gnu: mosh: Update to 1.3.2.

* gnu/packages/ssh.scm (mosh): Update to 1.3.2.

gnu: Add openmolar.

* gnu/packages/medical.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

Co-authored-by: Quiliro <quiliro@fsfla.org>

gnu: Add python-pyqt+qscintilla.

* gnu/packages/qt.scm (python-pyqt+qscintilla): New variable.

gnu: Add python-qscintilla.

* gnu/packages/qt.scm (python-qscintilla): New variable.

Co-authored-by: Quiliro <quiliro@fsfla.org>

gnu: Add qscintilla.

* gnu/packages/qt.scm (qscintilla): New variable.

Co-authored-by: Quiliro <quiliro@fsfla.org>

gnu: Add cran module.

* gnu/packages/cran.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.
* gnu/packages/statistics.scm (r-colorspace): Move to cran.scm.

gnu: linux-libre: Update to 4.12.3.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.12.3.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.39.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.39.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.78.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.78.

gnu: r-s4vectors: Update to 0.14.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-s4vectors): Update to 0.14.3.

gnu: r-genomicranges: Update to 1.28.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicranges): Update to 1.28.4.

gnu: Remove python-fake-factory leftovers.

This is a followup to c799eb2eb8b1a820147af96988eddaa9f752994b.

* gnu/packages/patches/python-fake-factory-fix-build-32bit.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: Remove python-fake-factory.

Superseded by python-faker since ce7911ddae5d30ba73c8c9552b7d4e71268e5db3.

* gnu/packages/python.scm (python-fake-factory, python2-fake-factory):
Remove variables.

gnu: python-pyopenssl: Update to 17.2.0.

* gnu/packages/patches/python-pyopenssl-17.1.0-test-overflow.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.
* gnu/packages/python.scm (python-pyopenssl, python2-pyopenssl): Update to 17.2.0.
[native-inputs]: Add PYTHON-FLAKY.
[source](patches): Remove.

gnu: Add python-flaky.

* gnu/packages/python.scm (python-flaky, python2-flaky): New variables.

gnu: maim: Update to 5.4.64.

* gnu/packages/xdisorg.scm (maim): Update to 5.4.64.

gnu: slop: Update to 6.3.47.

* gnu/packages/xdisorg.scm (slop): Update to 6.3.47.
[inputs]: Add GLEW.

gnu: parallel: Update to 20170722.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20170722.

gnu: font-gnu-unifont: Update to 10.0.05.

* gnu/packages/fonts.scm (font-gnu-unifont): Update to 10.0.05.

gnu: nano: Update to 2.8.6.

* gnu/packages/nano.scm (nano): Update to 2.8.6.

gnu: acct: Update to 6.6.4.

* gnu/packages/acct.scm (acct): Update to 6.6.4.

gnu: Add conda.

* gnu/packages/package-management.scm (conda): New variable.

Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add python-conda.

* gnu/packages/package-management.scm (python-conda, python2-conda): New
variables.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add python-anaconda-client.

* gnu/packages/package-management.scm (python-anaconda-client,
python2-anaconda-client): New variables.

Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add python-clyent.

* gnu/packages/python.scm (python-clyent, python2-clyent): New variables.

gnu: Update python-pytz to 2017.2.

* gnu/packages/python.scm (python-pytz, python2-pytz): Update to 2017.2.

Co-authored-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: man-pages: Update to 4.12.

* gnu/packages/man.scm (man-pages): Update to 4.12.

gnu: tint2: Update to 0.14.6.

* gnu/packages/xdisorg.scm (tint2): Update to 0.14.6.

gnu: icedtea@3: Update to 3.5.0 [security fixes].

Fixes CVE-2017-{10053,10067,10074,10074,10078,10081,10087,10089,10090,10096,
10101,10102,10107,10108,10109,10110,10111,10115,10116,10118,10135,10176,10193,
10198}.

* gnu/packages/java.scm (icedtea-8): Update to 3.5.0.

services: cuirass: Add fallback parameter.

* gnu/services/cuirass.scm (<cuirass-configuration>)[fallback?]: New field.
(cuirass-shepherd-service): Take it into account.
* doc/guix.texi (Continuous Integration): Document it.

gnu: vim: Update to 8.0.0727 [fixes CVE-2017-11109].

* gnu/packages/vim.scm (vim): Update to 8.0.0727.
(vim-full)[source]: Add field and hold back at version 8.0.0600.

gnu: mysql: Update to 5.7.19.

* gnu/packages/databases.scm (mysql): Update to 5.7.19.

publish: Make the cache eviction policy less aggressive.

Suggested by Mark H Weaver <mhw@netris.org>.

* guix/scripts/publish.scm (nar-expiration-time): New procedure.
(render-narinfo/cached): Use it as the #:entry-expiration passed to
'maybe-remove-expired-cache-entries'.

publish: Avoid 'valid-path?' RPC for non-existent items.

* guix/scripts/publish.scm (render-narinfo/cached): Call 'file-exists?'
before calling 'valid-path?'.  This makes the 404 path slightly faster.

store: Rewrite 'store-path-hash-part' to not use regexps.

* guix/store.scm (store-path-hash-part): Rewrite without using a
regexp.  This speeds up 'guix substitute'.

publish: Remove 'regexp-exec' call from the hot path.

* guix/scripts/publish.scm (extract-narinfo-hash): Rewrite without
resorting to regexps.

base32: Export the base32 charsets.

* guix/base32.scm (%nix-base32-charset, %rfc4648-base32-charset): New
variables.

substitute: Avoid repeated calls to 'length'.

* guix/scripts/substitute.scm (fetch-narinfos)[update-progress!]: Move
'length' call outside of lambda.

substitute: Optimize hash-part-to-path conversion on non-200 responses.

Previously this operation was linear in the number of requests and
involved costly calls to 'string-contains'.

* guix/scripts/substitute.scm (fetch-narinfos)[hash-part->path]: New
procedure.
[handle-narinfo-response]: Use it for caching when CODE is not 200.

gnu: libpsl: Update to 0.18.0.

* gnu/packages/web.scm (libpsl): Update to 0.18.0.
[native-inputs]: Add pkg-config.
[inputs]: Replace icu4c with libidn2; add libunistring.

gnu: borg: Update to 1.0.11.

* gnu/packages/backup.scm (borg): Update to 1.0.11.

gnu: bitcoin-core: Actually build the graphical client.

* gnu/packages/finance.scm (bitcoin-core)[inputs]: Replace qtbase with qt.

gnu: heimdal: Fix CVE-2017-{6594,11103}.

* gnu/packages/patches/heimdal-CVE-2017-6594.patch,
gnu/packages/patches/heimdal-CVE-2017-11103.patch: New files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/kerberos.scm (heimdal)[source]: Use them.

gnu: Add bmon.

* gnu/packages/networking.scm (bmon): New variable.

doc: Show the "git clone" command.

Suggested by Joshua Branson <jbranso91@gmail.com>.

* doc/contributing.texi (Building from Git): Add "git clone" command.

gexp: Slightly improve error reporting for 'local-file'.

Reported by Ricardo Wurmus.

* guix/gexp.scm (local-file): Define using 'syntax-case' instead of
'syntax-rules'.  Explicitly handle the zero-argument case and the
use-as-an-identifier case.

gnu: texlive-latex-mdwtools: Fix syntax error in description.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-mdwtools)[description]: Fix texinfo
syntax error.

gnu: texlive-latex-environ: Fix invalid texinfo markup.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-latex-environ)[description]: Fix texinfo
syntax errors.

gnu: Add mksh.

* gnu/packages/shells.scm (mksh): New variable.

licenses: Add MirOS license.

* guix/licenses.scm (miros): New variable.

guix package: '-l' correctly handles zero-generation profiles.

* guix/scripts/package.scm (process-query) <'list-generations>: Properly
handle the case where 'profile-generations' returns the empty list.

guix package: Trim trailing slashes from the profile name.

Fixes <https://bugs.gnu.org/25762>.
Reported by Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>.

* guix/scripts/package.scm (canonicalize-profile): Trim trailing slashes
from PROFILE.

doc: Discuss when to run a GC.

* doc/guix.texi (Invoking guix gc): Add a paragraph on when to run a GC.

gnu: Remove a left-over patch.

This is a followup to commit 426b0b898f70a58133d80779980f163a5761686e.

* gnu/packages/patches/pcre-CVE-2017-7186.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.