import: go: Improve synopsis and description parsing.

* guix/import/go.scm (%strict-tokenizer?): Set parameter to #t.
(go-path-escape): Redefine to prevent inlining.
(http-get*): Replace by ...
(http-fetch*): this ...
(json-fetch*): New procedure.
(go.pkg.dev-info): Use http-fetch*.
(go-package-licenses): Rewrite in terms of go.pkg.dev-info.
(go-package-description): Likewise.
(go-package-synopsis): Likewise.
(fetch-go.mod): Use the memoized http-fetch*.
(parse-go.mod): Adjust to receive content as a string.
(fetch-module-meta-data): Adjust to use http-fetch*.
(go-module->guix-package): Adjust to the modified fetch-go.mod return value.
[inputs]: Use propagated inputs, which is the most common situations for Go
libraries.
[description]: Beautify description.
[licenses]: Do no check for #f.  The result of the license parsing is always a
list.
* tests/go.scm: Adjust following above changes.

import: utils: Refactor maybe-inputs and add maybe-propagated-inputs.

* guix/import/utils.scm (maybe-inputs)[type]: New argument.  Update docstring.
The argument is used to derive the input field name to use.
(maybe-native-inputs): Adjust to use the above.
(maybe-propagated-inputs): New procedure.

doc: Quote a URL to avoid misinterpretation by the shell.

Otherwise, the shell tries to perform pattern-matching based on the "?"
character.

Reported by nij in #guix.

* doc/guix.texi (Binary Installation): Add quotes around OPENPGP-SIGNING-KEY-URL.

gnu: python2-sip: Remove package.

* gnu/packages/qt.scm (python2-sip): Delete variable.

gnu: Remove python2-pyqt.

* gnu/packages/qt.scm (python2-pyqt): Remove variable.

gnu: Remove python2-pyqtwebengine.

* gnu/packages/qt.scm (python2-pyqtwebengine): Remove variable.

gnu: calibre: Update to 5.14.0.

* gnu/packages/ebook.scm (calibre): Update to 5.14.0.
[source]: Adjust the snippet to preserve some files used by the HTML reader.
[native-inputs]: Add python-pyqt-builder. Replace python2-flake8 with
python-flake8.
[inputs]: Remove chmlib, js-mathjax, python-chardet, and python-sip.  Add
python-cchardet, python-speechd, python-zeroconf, python-py7zr, python-pychm,
python-pycryptodome, libjpeg, and libjxr.  Replace all Python 2 dependencies
with their Python 3 equivalents.
[arguments]: Build with the default Python and adjust custom phases accordingly.
Adjust the 'configure' phase to changes in how Calibre uses SIP, and patch
lookup paths for libjpeg and libjxr.
Rename the 'build-extra' phase to 'install-rapydscript', and run it after the
'install' phase. Adjust it for Calibre 5.14.0.
* gnu/packages/patches/calibre-no-updates-dialog.patch,
gnu/packages/patches/calibre-remove-test-sqlite.patch,
gnu/packages/patches/calibre-remove-test-unrar.patch: Adjust patches for Calibre
5.14.0.

gnu: python-html5lib: Depend on python-chardet.

* gnu/packages/python-web.scm (python-html5lib)[propagated-inputs]: Add
python-chardet.

gnu: Add python-cchardet.

* gnu/packages/freedesktop.scm (python-cchardet): New variable.

gnu: Add python-pychm.

* gnu/packages/ebook.scm (python-pychm): New variable.

gnu: python-feedparser: Update to 6.0.2.

* gnu/packages/web.scm (python-feedparser): Update to 6.0.2.

gnu: python-markdown: Update to 3.3.4.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-markdown): Update to 3.3.4.

gnu: Add python-py7zr.

* gnu/packages/python-compression.scm (python-py7zr): New variable.

gnu: Add python-bcj-cffi.

* gnu/packages/python-compression.scm (python-bcj-cffi): New variable.

gnu: Add python-pyzstd

* gnu/packages/python-compression.scm (python-pyzstd): New variable.

gnu: python-zstandard: Update to 0.15.2.

* gnu/packages/python-compression.scm (python-zstandard): Update to 0.15.2.

gnu: Add python-ppmd-cffi.

* gnu/packages/python-compression.scm (python-ppmd-cffi): New variable.

gnu: Add python-multivolumefile.

* gnu/packages/python-compression.scm (python-multivolumefile): New
variable.

gnu: Add python-pyannotate.

* gnu/packages/python-check.scm (python-pyannotate): New variable.

gnu: Add python-zeroconf.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-zeroconf): New variable.

gnu: Add python-ifaddr.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-ifaddr): New variable.

gnu: python-pyqt: Fix build for new python-sip.

* gnu/packages/qt.scm (python-pyqt)
[source]: Remove pyqt-public-sip.patch.
[propagated-inputs]: Add python-pyqt5-sip.
* gnu/packages/patches/pyqt-public-sip.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: Add python-pyqt5-sip.

* gnu/packages/qt.scm (python-pyqt5-sip): New variable.

gnu: Add python-pyqt-builder.

* gnu/packages/qt.scm (python-pyqt-builder): New variable.

gnu: python-sip: Update to 5.5.0. Add python-sip-4

* gnu/packages/qt.scm (python-sip): Update to 5.5.0.
(python-sip-4): New variable. Rename the old python-sip to python-sip-4.
(python2-sip): Inherit from python-sip-4.
* gnu/packages/maths.scm (veusz)[native-inputs]: Use python-sip-4.
* gnu/packages/pdf.scm (python-poppler-qt5): Use python-sip-4.
* gnu/packages/geo.scm (qgis)[arguments]: Fix build for python-sip@5.

Revert ".guix-authorizations: Remove biscuolo due to inactivity."

The original commit was made mistakenly; I forgot to look at all of our
Git repos, including maintenance.git, when checking for recent activity.

This reverts commit 94521669ed23096f930be68efc691ccb793cc76f.

gnu: freeciv: Update to 2.6.4.

* gnu/packages/games.scm (freeciv): Update to 2.6.4.

gnu: pidgin: Update to 2.14.3.

* gnu/packages/messaging.scm (pidgin): Update to 2.14.3.
[arguments]: Add an 'eat-leftovers phase.

gnu: stellarium: Update to 0.21.0.

* gnu/packages/astronomy.scm (stellarium): Update to 0.21.0.

gnu: ruby-rexml: Update to 3.2.5.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-rexml): Update to 3.2.5.

gnu: libmwaw: Update to 0.3.18.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libmwaw): Update to 0.3.18.

gnu: python-yamllint: Update to 1.26.1.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-yamllint): Update to 1.26.1.

gnu: guix: Update to 2d73086.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 2d73086.

daemon: 'guix substitute' replies on FD 4.

This avoids the situation where error messages would unintentionally go
to stderr and be wrongfully interpreted as a reply by the daemon.

Fixes <https://bugs.gnu.org/46362>.
This is a followup to ee3226e9d54891c7e696912245e4904435be191c.

* guix/scripts/substitute.scm (display-narinfo-data): Add 'port'
parameter and honor it.
(process-query): Likewise.
(process-substitution): Likewise.
(%error-to-file-descriptor-4?, with-redirected-error-port): Remove.
(%reply-file-descriptor): New variable.
(guix-substitute): Remove use of 'with-redirected-error-port'.  Define
'reply-port' and pass it to 'process-query' and 'process-substitution'.
* nix/libstore/build.cc (SubstitutionGoal::handleChildOutput): Swap
'builderOut' and 'fromAgent'.
* nix/libstore/local-store.cc (LocalStore::getLineFromSubstituter):
Likewise.
* tests/substitute.scm <top level>: Set '%reply-file-descriptor'
rather than '%error-to-file-descriptor-4?'.

gnu: Add boost-mpi.

* gnu/packages/boost.scm (boost-mpi): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: guile-cv: Use guile2.2 version of guile-lib.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-cv)[propagated-inputs]: Change from
guile-lib to guile2.2-lib.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: speedtest-cli: Update to 2.1.3.

* gnu/packages/networking.scm (speedtest-cli): Update to 2.1.3.

gnu: clamav: Update to 0.103.2.

* gnu/packages/antivirus.scm (clamav): Update to 0.103.2.

gnu: xsimd: Update to 7.4.10.

* gnu/packages/cpp.scm (xsimd): Update to 7.4.10.

gnu: dnsmasq: Update to 2.85 [fixes CVE-2021-3448].

* gnu/packages/dns.scm (dnsmasq): Update to 2.85.

gnu: Add texlive-cabin.

* gnu/packages/tex.scm: New variable.

gnu: cuirass: Disable tests on aarch64.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass)[arguments]: Disable tests on aarch64.

gnu: gcc-10: Update to 10.3.0.

* gnu/packages/gcc.scm (gcc-10): Update to 10.3.0.

gnu: cuirass: Update to 1.0.0-9.d601fe0.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to 1.0.0-9.d601fe0.

services: Add Laminar.

* gnu/services/ci.scm: New file.
* gnu/tests/ci.scm: New file.
* doc/guix.texi (Laminar): Document the Laminar service.

gnu: Add laminar.

* gnu/packages/ci.scm (laminar): New variable.

gnu: guix-build-coordinator: Update to 0-24.6fb5eaf.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-build-coordinator): Update to
0-24.6fb5eaf.

gnu: guix-data-service: Update to 0.0.1-27.df2a0a7.

* gnu/packages/web.scm (guix-data-service): Update to 0.0.1-27.df2a0a7.

gnu: guix-build-coordinator: Update to 0-23.44d0006.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-build-coordinator): Update to
0-23.44d0006.
[arguments]: Fix missing guile-fibers when not building for the hurd.

gnu: ardour: Update to 6.6.

* gnu/packages/audio.scm (ardour): Update to 6.6.
[origin]: Use git protocol, https isn't available anymore.  Adapt snippet.
[arguments]: Add "--optimize" flags.  Switch to python3.
[inputs]: Add dbus, libwebsockets, openssl, pulseaudio and soundtouch.

gnu: libwebsockets: Update to 4.1.6.

* gnu/packages/web.scm (libwebsockets): Update to 4.1.6.

gnu: cuirass: Update to 1.0.0-8.7542d62.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to 1.0.0-8.7542d62.

gnu: rust-rav1e-0.4.0: Fix build.

Fixes <https://bugs.gnu.org/47667>.

* gnu/packages/crates-graphics.scm (rust-rav1e-0.4)[arguments]: Add
rust-assert-cmd-1, rust-criterion-0.3, and rust-pretty-assertions-0.6
to #:cargo-inputs.

gnu: Add galera.

* gnu/packages/databases.scm (galera): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

build-system/qt: Wrappers set 'QTWEBENGINEPROCESS_PATH' if needed.

Suggested by Maxim Cournoyer <maxim.cournoyer@gmail.com>.

* guix/build/qt-build-system.scm (variables-for-wrapping): Add
"QTWEBENGINEPROCESS_PATH".

build-system/qt: Wrappers only include relevant directories to XDG_DATA_DIRS.

Fixes <https://bugs.gnu.org/47569>.

Previously the wrapper's XDG_DATA_DIRS would contain any input that had
a /share sub-directory, which is usually all build-time inputs.

* guix/build/qt-build-system.scm (variables-for-wrapping)[collect-sub-dirs]:
Add 'selectors' parameter and honor it.  Change caller to handle
selectors.  Add selectors for /share.

gnu-maintenance: 'sourceforge' updater reuses the same connection.

* guix/gnu-maintenance.scm (latest-sourceforge-release): Call
'open-socket-for-uri' upfront.  Pass #:port and #:keep-alive? to
'http-head'.  Wrap body in 'dynamic-wind' and call 'close-port' upon
exit.

gnu: emacs-emms: Update to 7.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-emms): Update to 7.0.

gnu: guix-build-coordinator: Update to 0-22.44d0006.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-build-coordinator): Update to
0-22.44d0006.

gnu: linux-libre 4.4: Update to 4.4.265.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4-version): Update to 4.4.265.
(linux-libre-4.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.9: Update to 4.9.265.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9-version): Update to 4.9.265.
(linux-libre-4.9-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.14: Update to 4.14.229.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.229.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 4.19: Update to 4.19.185.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.185.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.4: Update to 5.4.110.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.110.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre 5.10: Update to 5.10.28.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.10-version): Update to 5.10.28.
(linux-libre-5.10-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre: Update to 5.11.12.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.11-version): Update to 5.11.12.
(linux-libre-5.11-pristine-source): Update hash.

system: vm: Set a larger value for the msize option of the 9p file system.

Fixes <https://issues.guix.gnu.org/47225>.

* gnu/system/vm.scm (%default-msize-value): New variable.
(%linux-vm-file-systems): Use it as the value of the msize option.
(mapping->file-system): Likewise.

Reported-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

etc/committer: Disable diff colors.

Reported by: morgansmith on IRC.

* etc/committer.scm.in (diff-info): Invoke "git diff" with "--no-color".

ci: Introduce new subsets.

Introduce 'images, 'system-tests and 'tarball subsets.

* gnu/ci.scm (cuirass-jobs): Break the 'all subset into smaller subsets.

ci: Remove the job period argument.

Cuirass now deals with periodicity directly on specifications.

* gnu/ci.scm (derivation->job): Remove the period argument.
(image-jobs, system-test-jobs, tarball-jobs): Adapt them.

gnu: r-genomicfeatures: Update to 1.42.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicfeatures): Update to 1.42.3.

gnu: r-gviz: Update to 1.34.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-gviz): Update to 1.34.1.

gnu: r-universalmotif: Update to 1.8.4.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-universalmotif): Update to 1.8.4.

gnu: r-rsubread: Update to 2.4.3.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rsubread): Update to 2.4.3.

gnu: r-chippeakanno: Update to 3.24.2.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-chippeakanno): Update to 3.24.2.
[propagated-inputs]: Add r-dplyr.

gnu: r-diffbind: Update to 3.0.15.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-diffbind): Update to 3.0.15.

gnu: r-genomeinfodb: Update to 1.26.6.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-genomeinfodb): Update to 1.26.6.

gnu: r-delayedarray: Update to 0.16.3.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-delayedarray): Update to 0.16.3.

gnu: Add texlive-mweights.

* gnu/packages/tex.scm: New variable.

gnu: axoloti-runtime: Simplify build.

* gnu/packages/axoloti.scm (axoloti-runtime)[arguments]: Remove
unnecessary environment variable assignments in custom 'build phase.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: gcc-arm-none-eabi: Fix C++ header location.

Previously the C++ headers where installed in the include folder, overwriting
some C headers.

* gnu/packages/embedded.scm (gcc-arm-none-eabi-4.9)
[native-search-paths]: Add C++ header locations.
(gcc-arm-none-eabi-7-2018-q2-update)[native-search-paths]: Add C++
header locations.
(make-libstdc++-arm-none-eabi)[arguments]: Change C++ header install
location to include/c++.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

etc/committer: Recompute hunks before processing changes.

* etc/committer.scm.in (main): Re-evaluate diff-info after processing
insertions.

etc/committer: Record minimal context for hunks to avoid problems.

With zero context new definitions would be applied to the wrong location in
the file.  More context lines lead to larger hunks, though, so we use just one
line of context.

* etc/committer.scm.in (diff-info): Invoke "git diff" with one line of
context.
[info]: Merge line break and first line.
(lines-to-first-change): New procedure.
(old-sexp, new-sexp): Use it.

etc/committer: Define delay duration as a variable.

* etc/committer.scm.in (%delay): New variable.
(main): Use it.

etc/committer: Handle package additions.

* etc/committer.scm.in (<hunk>)[diff]: Rename this field...
[diff-lines]: ...to this.
[definition?]: New field.
(hunk->patch): Join diff lines.
(diff-info): Do not join diff lines; record whether a hunk is a new
definition.
(commit-message): Rename this procedure...
(change-commit-message): ...to this.
(add-commit-message): New procedure.
(main): Handle new package definitions before changes.

gnu: r-sn: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-sn): Update to 2.0.0.

gnu: r-sfsmisc: Update to 1.1-10.

* gnu/packages/statistics.scm (r-sfsmisc): Update to 1.1-10.

gnu: r-e1071: Update to 1.7-6.

* gnu/packages/statistics.scm (r-e1071): Update to 1.7-6.
[propagated-inputs]: Add r-proxy.

gnu: r-xml: Update to 3.99-0.6.

* gnu/packages/statistics.scm (r-xml): Update to 3.99-0.6.

gnu: r-rsqlite: Update to 2.2.5.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rsqlite): Update to 2.2.5.

gnu: r-catools: Update to 1.18.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-catools): Update to 1.18.2.

gnu: r-dbplyr: Update to 2.1.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-dbplyr): Update to 2.1.1.

gnu: r-survival: Update to 3.2-10.

* gnu/packages/statistics.scm (r-survival): Update to 3.2-10.

gnu: r-stars: Update to 0.5-2.

* gnu/packages/cran.scm (r-stars): Update to 0.5-2.

gnu: r-lwgeom: Update to 0.2-6.

* gnu/packages/cran.scm (r-lwgeom): Update to 0.2-6.
[inputs]: Add zlib.

gnu: r-ragg: Update to 1.1.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-ragg): Update to 1.1.2.

gnu: r-textshaping: Update to 0.3.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-textshaping): Update to 0.3.3.

gnu: r-bbotk: Update to 0.3.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-bbotk): Update to 0.3.2.

gnu: r-mlr3learners: Update to 0.4.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-mlr3learners): Update to 0.4.5.

gnu: r-mlr3misc: Update to 0.8.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-mlr3misc): Update to 0.8.0.