gnu: python-geventhttpclient: Disable test that fails with Python 3.8.

* gnu/packages/python-web.scm (python-geventhttpclient)[arguments]: In the
check phase, add pytest flag to filter broken test.  While at it, don't
reorder the phase, as it now runs after install by default.

gnu: python-aiohttp: Disable tests that fail with Python 3.8.

* gnu/packages/python-web.scm (python-aiohttp)[arguments]: Delete failing tests.

gnu: font-gnu-freefont: Build with an older version of FontForge.

Fixes <https://bugs.gnu.org/40819>.
Reported by Jack Hill <jackhill@jackhill.us>.

* gnu/packages/fontutils.scm (fontforge-20190801): New public variable.
* gnu/packages/fonts.scm (font-gnu-freefont)[native-inputs]: Change from
inherited FontForge variant to FONTFORGE-20190801.

gnu: emacs-guix: Add support for Guile 3.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-guix)[source](modules, snippet): New fields.

Merge branch 'master' into core-updates

gnu: guix: Update to 7dd0539.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 1.1.0-1.7dd0539.

doc: Ensure guix-daemon is built before creating guix-daemon.1.

* doc/local.mk ($(srcdir)/%D%/guix-daemon.1): Depend on guix-daemon$(EXEEXT)
instead of its source code.

gnu: biber: Downgrade to 2.11.

Biber 2.12 is incompatible with biblatex 3.11, which is what's currently
packaged.  This is a followup to 41a010875ba4108e666f11fc111cf5bb5dcf5464.

* gnu/packages/tex.scm (biber): Downgrade to 2.11.

gnu: biber: Address test failures.

* gnu/packages/patches/biber-sortinithash.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/tex.scm (biber)[source]: Use it.

pack: 'guix pack -R' wrapper correctly reports exit code.

Fixes <https://bugs.gnu.org/40816>.
Reported by Jan (janneke) Nieuwenhuizen <janneke@gnu.org>.

* gnu/packages/aux-files/run-in-namespace.c (main): In the 'default'
case, check 'WIFEXITED (status)' and exit with the corresponding code in
that case.  Exit with 255 in other cases.
* tests/guix-pack-relocatable.sh: Add test.

gnu: llvm: Add 10.0.0.

* gnu/packages/llvm.scm (llvm-10, clang-runtime-10, clang-10)
(clang-toolchain-10, llvm-9, clang-runtime-9, clang-9)
(clang-toolchain-9): New variables.
(llvm, clang, clang-runtime, clang-toolchain): Redefine as aliases to
the '-9' bindings.
* gnu/packages/patches/clang-10.0-libc-search-path.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Add r-rxnat.

* gnu/packages/cran.scm (r-rxnat): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add r-rcdd.

* gnu/packages/cran.scm (r-rcdd): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add r-dcv.

* gnu/packages/cran.scm (r-dcv): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: r-tea: Fix typo.

* gnu/packages/cran.scm (r-tea)[description]: Fix typo.

gnu: Add r-stam.

* gnu/packages/cran.scm (r-stam): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add r-grouped.

* gnu/packages/cran.scm (r-grouped): New variable.

gnu: Add r-sgloptim.

* gnu/packages/cran.scm (r-sgloptim): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add r-aws.

* gnu/packages/cran.scm (r-aws): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add r-awsmethods.

* gnu/packages/cran.scm (r-awsmethods): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add r-tea.

* gnu/packages/cran.scm (r-tea): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add texlive-csquotes.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-csquotes): New variable.

guix package: Export 'search-path-environment-variables'.

...because Emacs-Guix uses it.

* guix/scripts/package.scm (search-path-environment-variables): Export.

gnu: datamash: Update to 1.7.

* gnu/packages/datamash.scm (datamash): Update to 1.7.

gnu: java-eclipse-jetty-test-helper: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/web.scm (java-eclipse-jetty-test-helper)[source]: Download
using git-fetch.

Revert "licenses: Export license record."

This reverts commit f0779922ff260df2404c90504986aa59553154fb. We do not want
to export the license record, see:
https://lists.gnu.org/archive/html/guix-commits/2020-04/msg01923.html.

gnu: linux-libre: Update to 5.4.35.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.35.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@5.6: Update to 5.6.7.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.6-version): Update to 5.6.7.
(linux-libre-5.6-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.118.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.118.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

news: Add entry for the glibc 2.31 upgrade.

* etc/news.scm: Add entry for a33eac038a811603c8b9ed106ae405a5f80a0e9d.

gnu: Remove obsolete glibc-locales packages.

* gnu/packages/base.scm (glibc-utf8-locales-2.27, glibc-locales-2.27): Remove
variables.

gnu: Update glibc locale compatibility packages for 2.29.

* gnu/packages/base.scm (glibc-locales-2.28, glibc-utf8-locales-2.28): Rename
to ...
(glibc-locales-2.29, glibc-utf8-locales-2.29): ... this.  Update to 2.29.

gnu: Add wsjtx.

* gnu/packages/radio.scm (wsjtx-hamlib): New variable.
  (wsjtx): New variable.

gnu: fldigi: Add hamlib support.

* gnu/packages/radio.scm (fldigi)[inputs]: Add hamlib and libusb.

gnu: Add hamlib.

* gnu/packages/radio.scm (hamlib): New package.

gnu: Add wolf-spectrum.

* gnu/packages/music.scm (wolf-spectrum): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add wolf-shaper.

* gnu/packages/music.scm (wolf-shaper): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

build: Don't build man pages when cross-compiling.

* configure.ac: Define 'CROSS_COMPILING' Automake conditional.
* doc/local.mk (dist_man1_MANS): Wrap in "if !CROSS_COMPILING".

doc: Build more man pages.

* doc/local.mk (sub_commands_mans): Add guix-deploy.1,
guix-time-machine.1, and guix-weather.1.

compile: Pre-load the compiler outside 'with-target'.

* guix/build/compile.scm (compile-files): Move call to 'compile' before
'with-target'.  Failing to do that, if the target has a different word
size than the host, the first call to 'compile-file' fails with:

  ice-9/eval.scm:293:34: In procedure load-thunk-from-memory: ELF file does not have native word size

while attempting loading 'language/spec.go'.

gnu: GCC@8: Remove obsolete patch.

This is no longer required since the update to 8.4.0 in 60ce496ad8.

* gnu/packages/patches/gcc-8-libsanitizer-mode-size.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/gcc.scm (gcc-8)[source](patches): Remove it.

gnu: Squid: Update to 4.11 [fixes CVE-2020-{11945,12519,12521}].

* gnu/packages/networking.scm (squid): Update to 4.11.

gnu: grammalecte: Update to 1.9.0.

* gnu/packages/dictionaries.scm (grammalecte): Update to 1.9.0.

gnu: liburcu: Update to 0.12.1.

* gnu/packages/datastructures.scm (liburcu): Update to 0.12.1.

gnu: GNU FreeFont: Add a deprecated alias for "font-gnu-freefont-ttf".

This is a followup to commit 5483a2d0a913fe533744699e9ef5757c6e3f6983.

* gnu/packages/fonts.scm (font-gnu-freefont-ttf): New variable.

licenses: Export license record.

* guix/licenses.scm (<license>): Export it.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <m.othacehe@gmail.com>

gnu: shepherd: Remove obsolete patch.

* gnu/packages/patches/shepherd-hurd.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.
* gnu/packages/admin.scm (shepherd)[source](patches): Remove.

gnu: Add texlive-marginnote.

* gnu/packages/tex.scm (texlive-marginnote): New variable.

git-version: Raise a condition instead of an error.

* guix/git-download.scm (git-version): Replace ERROR with RAISE
  and CONDITION.

This is a follow-up to commit bbf6bc1acc9bbdebf7ee7b68c0fa091733a5f6e1.

Merge branch 'master' into core-updates

 Conflicts:
etc/news.scm
gnu/local.mk
gnu/packages/bootloaders.scm
gnu/packages/linphone.scm
gnu/packages/linux.scm
gnu/packages/tls.scm
gnu/system.scm

Revert "gnu: u-boot: Update to 2020.04."

This reverts commit be0ecfb1787b9e6954bf745bceeb1b9d2669d51a.

gnu: emacs-4clojure: Fix license.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-4clojure)[license]: Use GPL3+.

git-version: Handle invalid arguments gracefully

* guix/git-download.scm (git-version): Add a check for commit ID length.

gnu: texinfo: Cross-build fix.

* gnu/packages/texinfo.scm (texinfo)[inputs]: Add perl.  This makes the host
texi2any (makeinfo) refer to the correct perl.  To avoid triggering a rebuild,
do this while cross-compiling only.

gnu: automake: Support cross-build.

Automake does not cross-built properly: it lacks the concept of
<tool>-for-build.  It runs the host `autoconf' during build.

* gnu/packages/autotools.scm (automake)[inputs]: Add autoconf, bash-minimal
and perl.  To avoid triggering a rebuild, do this while cross-compiling only.
[arguments]: When cross-building, add `patch-non-shebang-references' phase to
substitute autoconf and perl.

gnu: autoconf: Support cross-build.

Autoconf does not cross-built properly: it lacks the concept of
<tool>-for-build.  It runs the host `autom4te' (a perl script) during build.

* gnu/packages/autotools.scm (autoconf)[inputs]: Add bash-minimal, perl, and
m4.  To avoid triggering a rebuild, do this while cross-compiling only.
[arguments]: When cross-building, add `patch-non-shebang-references' phase to
substitute the host bash, m4 and perl.

gnu: Add visidata.

* gnu/packages/visidata.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: Add pyzo.

* gnu/packages/python-xyz.scm (pyzo): New variable.

gnu: Add piper.

* gnu/packages/gnome.scm (piper): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add libratbag.

* gnu/packages/gnome.scm (libratbag): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add python-evdev.

* gnu/packages/linux.scm (python-evdev): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add udevil.

* gnu/packages/disk.scm (udevil): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-4clojure: Fix typos in description.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-4clojure)[description]: Fix typos.

gnu: emacs-4clojure: Fix version.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-4clojure)[version]: Use `git-version' as
there is no proper release.

gnu: Add emacs-4clojure.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-4clojure): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: font-gnu-freefont: Add otf and woff font types.

* gnu/packages/fonts.scm (font-gnu-freefont): Add otf and woff font types.
* gnu/packages/genealogy.scm (gramps)[inputs]: Replace font-gnu-freefont-tff
with font-gnu-freefont.
* doc/guix.texi: Adjust a reference to the package.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: clipmenu: Fix hash.

* gnu/packages/xdisorg.scm (clipmenu):[origin] Update hash.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add emacs-xclip.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-xclip): New variable.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

system: Automatically adjust linux-module packages to use the
operating-system's kernel.

* gnu/system.scm (package-for-kernel): New procedure.
(operating-system-directory-base-entries): Use it.
* gnu/tests/linux-module.scm: Test it.

gnu: wget2: Add support for gnu updater.

* gnu/packages/wget.scm (wget2)[properties]: New field. Add
ftp-directory.

gnu: commoncpp: Add support for gnu updater.

* gnu/packages/telephony.scm (commoncpp)[properties]: New field. Add
ftp-directory, upstream-name.

gnu: osip: Update to 5.1.1.

* gnu/packages/telephony.scm (osip): Update to 5.1.1.

gnu: osip: Add support for gnu updater.

* gnu/packages/telephony.scm (osip)[properties]: New field. Add
upstream-name, ftp-directory.

gnu: gama: Update to 2.08.

* gnu/packages/gps.scm (gama): Update to 2.08.

gnu: parallel: Update to 20200422.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20200422.

gnu: guile-8sync: Add support for gnu updater.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-8sync)[properties]: New field. Add
upstream-name.

doc: cookbook: Explain how to use bind mounts.

* doc/guix-cookbook.texi (Setting up a bind mount): Add example.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

doc: Adjust @var vs. @code.

* doc/guix.texi (Base Services): Adjust @var vs. @code.  Use 'cons'
instead of 'cons*' in example.

services: Add udev-rules-service helper.

* doc/guix.texi (Base services): Add documentation for
'udev-rules-service'. Replace examples of 'udev-service-type' extension
with 'udev-rules-service'.
* gnu/services/base.scm (udev-rules-service): New procedure.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: maths: dune-*: Update to version 2.7

* gnu/packages/maths.scm (dune-*): Update to version 2.7.
(dune-uggrid)[source] Download from Git, as no release tarball for
version 2.7 exists.
(dune-alugrid,dune-subgrid,dune-pdelab)[source] Use commit hashes as no
tags for version 2.7 exist (yet?).
(dune-istl)[source](patches) Add patch required to build version 2.7
without openmpi.
* gnu/packages/patches/dune-istl-2.7-fix-non-mpi-tests.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

system: Split %BASE-PACKAGES in smaller parts.

* gnu/system.scm: (%base-packages-interactive, %base-packages-linux,
%base-packages-networking, %base-packages-utils): New variables.
(%base-packages): Use those new variables.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add blueman.

* gnu/packages/networking.scm (blueman): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

profiles: Add #:name parameter to 'profile-derivation'.

* guix/profiles.scm (profile-derivation): Add #:name and pass it to
'gexp->derivation'.

system: 'operating-system-boot-parameters-file' uses 'scheme-file'.

* gnu/system.scm (operating-system-boot-parameters-file): Use
'scheme-file' instead of 'gexp->file'.
(operating-system-directory-base-entries): Adjust accordingly.

gexp: Add 'load-path?' field to <scheme-file>.

* guix/gexp.scm (<scheme-file>)[load-path?]: New field.
(scheme-file): Add #:set-load-path? and honor it.
(scheme-file-compiler): Pass #:set-load-path? to 'gexp->file'.
* doc/guix.texi (G-Expressions): Document it.

gnu: pari-gp: Update to 2.11.4.

* gnu/packages/algebra.scm (pari-gp): Update to 2.11.4.

gnu: ungoogled-chromium: Update to 81.0.4044.122-0.31d6e60 [security fixes].

This fixes CVE-2020-6459, CVE-2020-6460, and CVE-2020-6458.

* gnu/packages/chromium.scm (%chromium-version): Set to 81.0.4044.122.
(%ungoogled-revision): Set to 31d6e60c96481599b42072b4489e4468280198e3.
(%chromium-origin, %ungoogled-origin): Update hashes.

gnu: qt@4: Update source URI.

* gnu/packages/qt.scm (qt-4)[source](uri): Adjust to current.

gnu: Remove mumimu.

* gnu/packages/mail.scm (mumimu): Remove variable.

gnu: mumi: Update to 0.0.0-16.9175199.

* gnu/packages/mail.scm (mumi): Update to 0.0.0-16.9175199.
[inputs]: Add guile-xapian; remove mumimu.

gnu: Add w-scan.

* gnu/packages/video.scm (w-scan): New variable.

gnu: Add font-meera-inimai.

* gnu/packages/fonts.scm (font-meera-inimai): New variable.

gnu: Add python-google-brotli.

* gnu/packages/compression.scm (python-google-brotli): New variable.

gnu: linux-libre: Update to 5.4.34.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.4-version): Update to 5.4.34.
(linux-libre-5.4-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@5.6: Update to 5.6.6.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.6-version): Update to 5.6.6.
(linux-libre-5.6-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.19: Update to 4.19.117.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.19-version): Update to 4.19.117.
(linux-libre-4.19-pristine-source): Update hash.

gnu: qt@4: Hide the default GCC from CPLUS_INCLUDE_PATH.

* gnu/packages/qt.scm (qt-4)[native-inputs]: Distinguish GCC-5.
[arguments]: Add phase to hide the default GCC from CPLUS_INCLUDE_PATH to fix
conflicting headers.

gnu: python-jedi: Fix test failure with Python 3.8.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-jedi)[arguments]: Add phase
'adjust-test-for-python-3.8'.

gnu: python-pyrsistent: Fix build with Pytest 5.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pyrsistent)[arguments]: New field.

gnu: GNOME: Only include Eye of GNOME on x86_64-linux.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome)[propagated-inputs]: Conditionally add EOG.