gnu: emacs: Strip double wrap.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs)[#:phases]: Add 'strip-double-wrap.
(emacs-minimal emacs-xwidgets emacs-no-x)
(emacs-no-x-toolkit guile-emacs)[#:phases]: Delete 'strip-double-wrap.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: racket-minimal: Fix hash for version 7.8.

* gnu/packages/scheme.scm (racket-minimal): Fix hash.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: feh: Enable inotify support.

* gnu/packages/image-viewers.scm (feh)[arguments]: Add ‘inotify=1’
to #:make-flags.

gnu: feh: Update to 3.5.

* gnu/packages/image-viewers.scm (feh): Update to 3.5.

gnu: phodav: Update to 2.5.

* gnu/packages/gnome.scm (phodav): Update to 2.5.
[arguments]: Work around a test failure.
[native-inputs]: Add docbook-xml-4.3.

gnu: facter: Update to 4.0.35.

* gnu/packages/admin.scm (facter): Update to 4.0.35.

environment: Set USER and LOGNAME in container

* guix/scripts/environment.scm (launch-environment/container): Set
  username environment variables.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: r-tidyr: Update to 1.1.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-tidyr): Update to 1.1.2.

gnu: r-r-utils: Update to 2.10.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-r-utils): Update to 2.10.1.

gnu: r-r-oo: Update to 1.24.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-r-oo): Update to 1.24.0.

gnu: r-r-methodss3: Update to 1.8.1.

* gnu/packages/statistics.scm (r-r-methodss3): Update to 1.8.1.

gnu: r-backports: Update to 1.1.9.

* gnu/packages/statistics.scm (r-backports): Update to 1.1.9.

gnu: r-bit64: Update to 4.0.5.

* gnu/packages/statistics.scm (r-bit64): Update to 4.0.5.

gnu: r-mgcv: Update to 1.8-33.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mgcv): Update to 1.8-33.

gnu: r-nlme: Update to 3.1-149.

* gnu/packages/statistics.scm (r-nlme): Update to 3.1-149.

gnu: r-conquer: Update to 1.0.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-conquer): Update to 1.0.2.

gnu: r-bdgraph: Update to 2.63.

* gnu/packages/cran.scm (r-bdgraph): Update to 2.63.

gnu: r-openmx: Update to 2.18.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-openmx): Update to 2.18.1.
[propagated-inputs]: Add r-lifecycle.

gnu: r-kableextra: Update to 1.2.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-kableextra): Update to 1.2.1.
[propagated-inputs]: Remove r-readr.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-haplo-stats: Update to 1.8.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-haplo-stats): Update to 1.8.5.

gnu: r-rnifti: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-rnifti): Update to 1.2.0.

gnu: r-deriv: Update to 4.0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-deriv): Update to 4.0.1.

gnu: r-writexl: Update to 1.3.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-writexl): Update to 1.3.1.

gnu: r-insight: Update to 0.9.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-insight): Update to 0.9.1.

gnu: r-officer: Update to 0.3.13.

* gnu/packages/cran.scm (r-officer): Update to 0.3.13.

gnu: r-renv: Update to 0.12.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-renv): Update to 0.12.0.

gnu: r-maptools: Update to 1.0-2.

* gnu/packages/cran.scm (r-maptools): Update to 1.0-2.

gnu: r-zip: Update to 2.1.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-zip): Update to 2.1.1.

gnu: r-heatmaply: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-heatmaply): Update to 1.1.1.

gnu: r-ttr: Update to 0.24.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-ttr): Update to 0.24.1.

gnu: r-vctrs: Update to 0.3.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-vctrs): Update to 0.3.4.

gnu: r-squarem: Update to 2020.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-squarem): Update to 2020.4.

gnu: r-ffbase: Update to 0.13.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-ffbase): Update to 0.13.1.

gnu: r-dendextend: Update to 1.14.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-dendextend): Update to 1.14.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-glue: Update to 1.4.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-glue): Update to 1.4.2.

gnu: r-gprofiler2: Update to 0.2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-gprofiler2): Update to 0.2.0.

gnu: r-rticles: Update to 0.15.

* gnu/packages/cran.scm (r-rticles): Update to 0.15.

gnu: rust-bytemuck-1: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-bytemuck-1): Update to 1.4.0.
[arguments]: Add rust-bytemuck-derive-1 to cargo-inputs.

gnu: Add rust-bytemuck-derive-1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-bytemuck-derive-1): New variable.

gnu: delly: Update to 0.8.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (delly): Update to 0.8.3.
[inputs]: Order alphabetically.

gnu: libreoffice: Update to 6.4.6.2.

* gnu/packages/libreoffice.scm (libreoffice): Update to 6.4.6.2. Fix
indentation.

gnu: Remove linux-libre 5.7.

The 5.7 kernel series is no longer supported upstream.

* gnu/packages/linux.scm (deblob-scripts-5.7, linux-libre-5.7-version,
linux-libre-5.7-pristine-source, linux-libre-5.7-source,
linux-libre-headers-5.7, linux-libre-5.7) Remove variables.
* gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.7-arm.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.7-arm64.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.7-i686.conf,
gnu/packages/aux-files/linux-libre/5.7-x86_64.conf: Delete files.
* Makefile.am (AUX_FILES): Remove them.

gnu: emacs-tramp: Update to 2.4.4.2.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-tramp): Update to 2.4.4.2.

gnu: sdsl-lite: Fix build.

* gnu/packages/datastructures.scm (sdsl-lite)[arguments]: Fix typo in
custom 'install-pkgconfig-file phase.

gnu: guile-studio: Update to 0.0.3-1.5c05b03.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-studio): Update to 0.0.3-1.5c05b03.
[inputs]: Add emacs-flycheck-guile.

gnu: synthing-gtk: Add missing input.

* gnu/packages/syncthing.scm (syncthin-gtk)[inputs]: Add librsvg.

gnu: sdsl-lite: Install pkgconfig file.

* gnu/packages/datastructures.scm (sdsl-lite)[arguments]: Add custom
'install-pkgconfig-file phase to install sdsl-lite.pc.

gnu: vowpal-wabbit: Install more headers.

* gnu/packages/machine-learning.scm (vowpal-wabbit)[arguments]: Add
'install-more-headers phase to install more headers.

gnu: emacs-js2-mode: Update to 20190219-1.40aab27.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-js2-mode): Update to to
20190219-1.40aab27.

gnu: squid: Update to 4.13.

* gnu/packages/networking.scm (squid): Update to 4.13.

gnu: python-authres: Edit description.

* gnu/packages/mail.scm (python-authres)[synopsis, description]: Edit.
Or, one typo fix run amok.

gnu: xonsh: Update to 0.9.20.

* gnu/packages/shells.scm (xonsh): Update to 0.9.20.

gnu: emacs-haskell-mode: Delete test failing on Emacs 27.1.

*
gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-haskell-mode)[arguments]<delete-failing-tests>:
Add "haskell-indent-tests.el" to list of deleted tests as it currently fails
on Emacs 27.1

https://github.com/haskell/haskell-mode/issues/1714

gnu: libde265: Update to 1.0.6.

* gnu/packages/video.scm (libde265): Update to 1.0.6.

gnu: osinfo-db: Update to 20200813.

* gnu/packages/virtualization.scm (osinfo-db): Update to 20200813.

gnu: straw-viewer: Update to 0.0.7.

* gnu/packages/video.scm (straw-viewer): Update to 0.0.7.

gnu: vapoursynth: Update to 52.

* gnu/packages/video.scm (vapoursynth): Update to 52.

gnu: wireguard-tools: Update to 1.0.20200827.

* gnu/packages/vpn.scm (wireguard-tools): Update to 1.0.20200827.

gnu: scrypt: Update to 1.3.1.

* gnu/packages/crypto.scm (scrypt): Update to 1.3.1.
[arguments]: Patch configure to respect $PATH.

gnu: scrypt: Install licence file with documentation.

* gnu/packages/crypto.scm (scrypt)[arguments]: Add a
#:license-file-regexp and install the documentation to the same
standard location.

gnu: fdupes: Update to 2.1.2.

* gnu/packages/admin.scm (fdupes): Update to 2.1.2.
[source]: Use bootstrapped release tarball.
[arguments]: Delete field.
[inputs]: Add ncurses and pcre2.

gnu: htop: Update to 3.0.0.

* gnu/packages/admin.scm (htop): Update to 3.0.0.
[source]: Switch to new upstream.  Use GIT-FETCH and GIT-FILE-NAME.
[native-inputs]: Add autoconf and automake.
[home-page]: Switch to new upstream.

gnu: alpine: Update to 2.23.2.

* gnu/packages/mail.scm (alpine): Update to 2.23.2.
[source]: Use new git tag.

gnu: fetchmail: Update to 6.4.10.

* gnu/packages/mail.scm (fetchmail): Update to 6.4.10.

gnu: emacs-clojure-mode: Fix build.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm
(emacs-clojure-mode)[#:phases]: Add "fix-tests" phase.

gnu: Add p2c.

* gnu/packages/pascal.scm (p2c): New variable.

gnu: Add emacs-org-webring.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org-webring): New variable.

gnu: Add fpc.

* gnu/packages/pascal.scm: New file.
* gnu/packages/patches/fpc-reproducibility.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add pascal.scm.
(dist_patch_DATA): Register patch.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: reuse: Update to 0.11.1.

* gnu/packages/license.scm (reuse): Update to 0.11.1.
[native-inputs]: added python-setuptools-scm.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add libhandy-0.0.

As of 355761c2d27fe80ae73b872b8026cb15d8487fd0, packages built against libhandy
fail to either build or to run since they require the 0.0.x API.

* gnu/packages/gnome.scm (libhandy-0.0): New variable.
(gnome-tweaks, geary)[inputs]: Use libhandy-0.0 instead of libhandy.
* gnu/packages/gnome.scm (chatty)[inputs]: Likewise.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: Add hdt-cpp.

* gnu/packages/rdf.scm (hdt-cpp): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: dash: Update to 0.5.11.2.

* gnu/packages/shells.scm (dash): Update to 0.5.11.2.

gnu: libedit: Update to 20191231-3.1.

* gnu/packages/libedit.scm (libedit): Update to 20191231-3.1.

gnu: tracker-miners: Update to 2.3.4.

* gnu/packages/gnome.scm (tracker-miners): Update to 2.3.4.

gnu: tracker: Update to 2.3.5.

* gnu/packages/gnome.scm (tracker): Update to 2.3.5.

gnu: libdatrie: Update to 0.2.12.

* gnu/packages/gtk.scm (libdatrie): Update to 0.2.12.

gnu: hexedit: Update to 1.5.

* gnu/packages/hexedit.scm (hexedit): Update to 1.5.

gnu: idris: Fix for Haskell build system changes.

See also 9e5496e0ae0ee8f638ca93949ecca314fdb9251e and
718dc7d4a5e5d26cac80c79d78535677e0379dc8.

* gnu/packages/idris.scm (idris)[arguments]: Add a phase that sets
'LD_LIBRARY_PATH', and one that restores the 'libidris_rts.a'
library back to the default output.

copy, offload: Explicitly close SSH channels and sessions.

Fixes <https://bugs.gnu.org/42740>.

* guix/scripts/copy.scm (send-to-remote-host): Keep the result of
'connect-to-remote-daemon' in scope, and explicitly close it after the
call to 'send-files'.
(retrieve-from-remote-host): Explicitly close REMOTE and disconnect
SESSION.
* guix/scripts/offload.scm (transfer-and-offload): Explicitly close
STORE and disconnect SESSION upon completion.

build: Remove references to the 'nix-hash' program.

* configure.ac: Remove check for 'nix-hash'.
* tests/base32.scm (%nix-hash, %have-nix-hash?): Remove.
("sha256 & bytevector->nix-base32-string"): Remove test.
* build-aux/pre-inst-env.in: Do not set 'NIX_HASH' environment
variable.

build: Remove check for Guile 2.2.1 bug.

This check is unnecessary since
e688c2df3924423b67892cc9939ca099c729d1cb.

* m4/guix.m4 (GUIX_ASSERT_SYNTAX_OBJECT_EQUAL): Remove.
* configure.ac: Remove user.

Revert "gnu: emacs: Strip double wrap."

This reverts commit 0ec6b8afd7e7a6c288fbf48c5779f2e0bdaffb55 that prevents the
load of Emacs packages.

gnu: emacs: Strip double wrap.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs)[#:phases]: Add 'strip-double-wrap.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: grilo-plugins: Update to 0.3.11.

* gnu/packages/gnome.scm (grilo-plugins): Update to 0.3.11.

gnu: gnome-mines: Update to 3.36.1.

* gnu/packages/gnome.scm (gnome-mines): Update to 3.36.1.

gnu: debianutils: Update to 4.11.1.

* gnu/packages/debian.scm (debianutils): Update to 4.11.1.

gnu: ndctl: Update to 69.

* gnu/packages/disk.scm (ndctl): Update to 69.

gnu: lesspipe: Update to 1.85.

* gnu/packages/less.scm (lesspipe): Update to 1.85.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: komikku: Build desktop file.

* gnu/packages/gnome.scm (komikku)[native-inputs]: Add desktop-file-utils
and gettext.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: guile-ssh: Update to 0.13.1.

* gnu/packages/ssh.scm (guile-ssh): Update to 0.13.1.

derivations: Avoid uses of 'write' in 'write-derivation'.

This leads a 4% improvement on the wall-clock time of:

  guix build -e '(@@ (gnu packages libreoffice) libreoffice)' --no-grafts -d

* guix/derivations.scm (escaped-string): New procedure.
(write-derivation)[write-escaped-string]: New procedure.
[write-string-list, write-output, write-env-var]: Use it.

derivations: Avoid uses of 'display' in 'write-derivation'.

This yields a 4% improvement on the wall-clock time of:

  guix build -e '(@@ (gnu packages libreoffice) libreoffice)' --no-grafts -d

* guix/derivations.scm (write-sequence, write-list, write-tuple): Use
'put-char' instead of 'display'.
(write-derivation): Use 'put-string' and 'put-char', and remove unused
'format' binding.

gnu: chez-srfi: Fix tests.

* gnu/packages/chez.scm (chez-srfi)[arguments]: Add 'CHEZ' and
'chezversion' to #:make-flags.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

store: 'with-store' returns as many values as its body.

Fixes <https://bugs.gnu.org/42912>.
Reported by Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>.

* guix/store.scm (call-with-store)[thunk]: Wrap call to PROC in
'call-with-values'.
* tests/store.scm ("with-store, multiple values"): New test.

doc: Document the 'description' and 'default-value' of <service-type>.

* doc/guix.texi (Service Reference): Document the 'description' and
'default-value' fields of <service-type>.

system: Remove extra line from 'lightweight-desktop.tmpl'.

This is a followup to c7af96871737ffa0e2be879e200573bc60603c8c.

* gnu/system/examples/lightweight-desktop.tmpl: Remove extra
'use-package-modules' line.

gnu: emacs-git-auto-commit-mode: Update to 4.7.0.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-git-auto-commit-mode): Update to 4.7.0.

gnu: icedove: Update to 68.12.0.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icedove): Update to 68.12.0.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: pluma: Update to 1.24.1.

* gnu/packages/mate.scm (pluma): Update to 1.24.1.

gnu: ncmpc: Update to 0.39.

* gnu/packages/mpd.scm (ncmpc): Update to 0.39.