gnu: parallel: Update to 20171222.

* gnu/packages/parallel.scm (parallel): Update to 20171222.

gnu: Fix copyright symbol.

* gnu/packages/maths.scm: Fix copyright line for Dave Love.

gnu: scmutils: Update to 20160827.

* gnu/packages/scheme.scm (scmutils): Update to 20160827.
[arguments]: Fix indentation.

gnu: pdsh: Update to 2.33.

pdsh was located on Google Code, which shut down recently.
Four other distros switched to the new URL introduced in
this commit.

* gnu/packages/ssh.scm (pdsh): Update to 2.33.
[source]: Use new upstream URL.
(arguments)[phases]: Add new files to substitute in 'patch-/bin/sh' phase.
Add new 'patch-tests' phase to make test 't6036-long-output-lines' pass.
[native-inputs]: Add 'which'.
[home-page]: Use new upstream URL.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kkebreau@posteo.net>

gnu: python-cbor: Mark up description.

* gnu/packages/serialization.scm (python-cbor)[description]: Use @dfn{}.

gnu: ecl-flexi-streams: Update to 1.0.16.

* gnu/packages/lisp.scm (ecl-flexi-streams): Update to 1.0.16

gnu: python-ruamel.yaml: Update to 0.15.35.

* gnu/packages/serialization.scm (python-ruamel.yaml): Update to 0.15.35

gnu: dotherside: Update to 0.6.3.

* gnu/packages/qt.scm (dotherside): Update to 0.6.3

gnu: ruby-json-pure: Fix build failure.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-json-pure)[native-inputs]: Add ragel.

gnu: ruby-simplecov-html: Update to 0.10.2.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-simplecov-html): Update to 0.10.2

gnu: ruby-pry: Update to 0.11.3.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-pry): Update to 0.11.3

gnu: ruby-hoe: Update to 3.16.2.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-hoe): Update to 3.16.2

gnu: ruby-daemons: Update to 1.2.5.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-daemons): Update to 1.2.5

gnu: ruby-crass: Update to 1.0.3.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-crass): Update to 1.0.3

gnu: cmark: Mark up description.

* gnu/packages/markup.scm (cmark)[description]: Use @dfn{}.

gnu: cmark: Update to 0.28.3.

* gnu/packages/markup.scm (cmark): Update to 0.28.3

gnu: pulsemixer: Update to 1.4.0.

* gnu/packages/pulseaudio.scm (pulsemixer): Update to 1.4.0

gnu: python-reportlab: Use HTTPS for home page.

* gnu/packages/pdf.scm (python-reportlab)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: python-reportlab: Update to 3.4.0.

* gnu/packages/pdf.scm (python-reportlab): Update to 3.4.0

gnu: r-xts: Update to 0.10-1.

* gnu/packages/cran.scm (r-xts): Update to 0.10-1

gnu, doc: Use HTTPS for cran.r-project.org home pages.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-sparql, r-acsnminer, r-gkmsvm)
(r-maldiquant, r-gprofiler)[home-page]: Use HTTPS.
* gnu/packages/cran.scm (r-colorspace, r-auc, r-calibrate, r-shape)
(r-compare, r-proxy, r-sp, r-rmtstat, r-lmtest, r-inline, r-bbmle)
(r-lpsolve, r-energy, r-suppdists, r-ksamples, r-cvst, r-drr, r-prodlim)
(r-ddalpha, r-rcpproll, r-ipred, r-psych, r-truncnorm, r-rsolnp, r-laeken)
(r-vcd, r-ica, r-scatterplot3d)[home-page]: Likewise.
* gnu/packages/machine-learning.scm (r-adaptivesparsity, r-kernlab)
[home-page]: Likewise.
* gnu/packages/maths.scm (r-quadprog, r-pracma)[home-page]: Likewise.
* gnu/packages/statistics.scm (r-boot, r-cluster, r-codetools, r-foreign)
(r-kernsmooth, r-nlme, r-mgcv, r-rpart, r-dichromat, r-estimability)
(r-pheatmap, r-labeling, r-magrittr, r-munsell, r-rcolorbrewer, r-sendmailr)
(r-gdtools, r-acepack, r-formula, r-locfit, r-chron, r-coda, r-backports)
(r-brew, r-commonmark, r-rstudioapi, r-plotrix, r-gridbase, r-bitops)
(r-catools, r-xnomial, r-lambda-r, r-whoreadsthis, r-futile-options)
(r-futile-logger, r-segmented, r-snow, r-iterators, r-foreach, r-doparallel)
(r-domc, r-irlba, r-registry, r-e1071, r-bigmemory-sri, r-r-methodss3)
(r-tidyselect, r-base64, r-runit, r-sfsmisc, r-gtools, r-gdata, r-gplots)
(r-ztable, r-vipor, r-sourcetools, r-statmod, r-compquadform, r-mixtools)
(r-fastica, r-diptest, r-modeltools, r-flexmix, r-deoptimr, r-pcapp)
(r-rrcov, r-fit-models, r-robust, r-trimcluster, r-fpc, r-fnn)
(r-modelmetrics, r-nloptr, r-lme4, r-tclust, r-lubridate)[home-page]:
Likewise.
* gnu/packages/web.scm (r-htmltools, r-hwriter, r-rjson, r-rook)[home-page]:
Likewise.
* doc/guix.texi (Invoking guix import, Invoking guix refresh): Likewise.

services: messaging: Use HTTPS for prosody.im URLs.

* gnu/services/messaging.scm (prosody-configuration): Use HTTPS whenever
referring to prosody.im URLs in documentation.
* doc/guix.texi (Messaging Services): Likewise.

gnu: Add wine64-staging.

* gnu/packages/wine.scm (wine64-staging): New variable.

gnu: gambit-c: Update to 4.8.8.

* gnu/packages/scheme.scm (gambit-c): Update to 4.8.8.

gnu: wine: Add missing copyright line.

gnu: wine-staging: Add gtk+, libva inputs.

* gnu/packages/wine.scm (wine-staging)[inputs]: Add gtk+ and libva.

gnu: Add wine-staging.

* gnu/packages/wine.scm (wine-staging): New variable.

Signed-off-by: Rutger Helling <rhelling@mykolab.com>

gnu: xpra: Update to 2.2.1.

* gnu/packages/xorg.scm (xpra): Update to 2.2.1.

gnu: racket: Update to 6.11.

* gnu/packages/scheme.scm (racket): Update to 6.11.

gnu: openstack: Update ‘permanently moved’ home pages.

In practice, this switches all of them to HTTPS.

* gnu/packages/openstack.scm (python-debtcollector, python-mox3)
(python-os-client-config, python-oslo.context, python-oslo.i18n)
(python-oslo.log, python-oslo.serialization, python-oslosphinx)
(python-oslotest, python-oslo.utils, python-keystoneclient)
(python-swiftclient, python-git-review)[home-page]: Update.

gnu: python, python-web: Update ‘permanently moved’ home pages.

In practice, this switches all of them to HTTPS.

* gnu/packages/python.scm (python-six, python-spectra, python-scipy)
(python-beautifulsoup4, python-termcolor, python-rsa, python-anyjson)
(python-whoosh, python2-pathlib2, python-pbkdf2, python-ansi2html)
(python-rfc3987, python-validate-email, python-swagger-spec-validator)
[home-page]: Update.
* gnu/packages/python-web.scm (python-sockjs-tornado, python-webob)
(python-zope-event, python-zope-testing, python-zope-testrunner)
(python-zope-i18nmessageid, python-zope-schema, python-zope-configuration)
(python-zope-proxy, python-zope-location, python-zope-security)
(python-oauth2client, python-flask-script, python-flask-migrate)
(python-flask-httpauth)[home-page]: Update.

gnu: suckless: Use HTTPS URLs.

All suckless.org-hosted URLs are now permanent redirects to HTTPS.

* gnu/packages/suckless.scm (blind, dwm, dmenu, slock, st, surf, sent)
[source, home-page]: Use HTTPS.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: beets: Update to 1.4.6.

* gnu/packages/music.scm (beets): Update to 1.4.6

gnu: you-get: Explicitly invoke input ffmpeg.

The ‘ffmpeg’ input was never actually used.

* gnu/packages/video.scm (you-get)[arguments]: Add ‘qualify-input-references’
phase.

gnu: you-get: Fix typo in synopsis.

* gnu/packages/video.scm (you-get)[synopsis]: Fix typo.

gnu: you-get: Update to 0.4.1011.

* gnu/packages/video.scm (you-get): Update to 0.4.1011.

gnu: fmt: Update to 4.1.0.

* gnu/packages/pretty-print.scm (fmt): Update to 4.1.0
[arguments]: Set ‘CMAKE_INSTALL_LIBDIR’ in #:configure-flags.

gnu: ruby-highline: Update to 1.7.10.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-highline): Update to 1.7.10

gnu: perl-io-socket-ip: Update to 0.38.

* gnu/packages/web.scm (perl-io-socket-ip): Update to 0.38.

gnu: perl-pod-simple: Mark up description.

* gnu/packages/perl.scm (perl-pod-simple)[description]: Use @code and @dfn.

gnu: perl-pod-simple: Update to 3.35.

* gnu/packages/perl.scm (perl-pod-simple): Update to 3.35.

gnu: perl-mojolicious: Update to 7.59.

* gnu/packages/perl-web.scm (perl-mojolicious): Update to 7.59.

gnu: Add perl-net-dns-native.

* gnu/packages/perl.scm (perl-net-dns-native): New public variable.

gnu: youtube-dl: Update to 2017.12.23.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2017.12.23.

gnu: Add python2-numpy-1.8.

* gnu/packages/python.scm (python2-numpy-1.8): New variable.

gnu: python-numpy: Reorganize patches.

* gnu/packages/python.scm (python-numpy)[arguments]<phases>: Delete phase
"set-environment-variables".
Add phase "configure-blas-lapack". Move phase "check" after phase "install".

gnu: Add yamagi-quake2.

* gnu/packages/games.scm (yamagi-quake2): New variable.

gnu: open-adventure: Fix comment about linenoise.

* gnu/packages/games.scm (open-adventure): Fix comment.

gnu: ruby: Use new home page.

The certificate for ruby-lang.org is only valid for lists.ruby-lang.org,
the home page has moved to www.ruby-lang.org with its own certificate.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby)[home-page]: Use 'www.ruby-lang.org'.

gnu: java-xz: Adjust home page.

* gnu/packages/java.scm (java-xz)[home-page]: Adjust home-page. The http part of it
is a permanent redirect to https.

gnu: xdelta: Change to new home page.

The previous used http://xdelta.com is linking to a parked/squatted domain.

* gnu/packages/compression.scm (xdelta)[home-page]: Use http://xdelta.org as
new home page.

gnu: xz: Adjust the home page.

Its http URL permanently redirects to the https one,
throwing off some basic external linters.

* gnu/packages/compression.scm (xz)[home-page]: Adjust home page.

gnu: openblas: Build with LAPACK.

* gnu/packages/maths.scm (openblas)[arguments]: Don't disable LAPACK;
add set-extralib phase.
[inputs]: Add fortran-lib.

Signed-off-by: Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>

gnu: weechat: Disable tests on non-Intel architectures.

* gnu/packages/irc.scm (weechat)[arguments]: Disable tests on non-Intel
architectures.

gnu: par2cmdline: Update to 0.8.0.

* gnu/packages/backup.scm (par2cmdline): Update to 0.8.0.

doc: Properly escape brackets.

This fixes a build failure reported by Catonano <catonano@gmail.com>.

* doc/guix.texi (Mail Services): Escape ‘{’ and ‘}’ everywhere.

gnu: chicken: Update to 4.13.0.

* gnu/packages/scheme.scm (chicken): Update to 4.13.0.
[source]: Remove obsolete patches.
* gnu/packages/patches/chicken-CVE-2017-6949.patch,
gnu/packages/patches/chicken-CVE-2017-11343.patch: Delete files.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove them.

gnu: dovecot: Update to 2.3.0.

* gnu/packages/mail.scm (dovecot): Update to 2.3.0.
* gnu/services/mail.scm (dovecot-configuration)[director-doveadm-port]
[ssl-parameters-regenerate]: Delete fields.
[ssl-protocols]: Rename to...
[ssl-min-protocol]: ...this.
[mail-log-prefix, mdbox-rotate-size, ssl-cipher-list, imap-logout-format]:
Update default values.
* doc/guix.texi (Mail Services): Reflect the above changes to the service.

gnu: ruby: Use HTTPS for home pages.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-hoe, bundler, ruby-rjb, ruby-libxml)
(ruby-permutation, ruby-gettext, ruby-test-unit, ruby-pry, ruby-tzinfo)
(ruby-tzinfo-data, ruby-term-ansicolor, ruby-pstree, ruby-json, ruby-rack)
(ruby-yard, ruby-ansi, ruby-rubytest, ruby-brass, ruby-qed, ruby-ae)
(ruby-lemon, ruby-rubytest-cli, ruby-hashery)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: ruby-tzinfo-data: Update to 1.2017.3.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-tzinfo-data): Update to 1.2017.3

gnu: ruby-tzinfo: Update to 1.2.4.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-tzinfo): Update to 1.2.4

gnu: ocaml-utop: Update to 2.0.2.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-utop): Update to 2.0.2

gnu: ocaml-jbuilder: Update to 1.0+beta16.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-jbuilder): Update to 1.0+beta16

gnu: ocaml-ssl: Expand description.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ssl)[description]: Expand based on Debian's.

gnu: ocaml-ssl: Update to 0.5.5.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-ssl): Update to 0.5.5

gnu: ocaml-bitstring: Update to 2.1.1.

* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml-bitstring): Update to 2.1.1

gnu: fish: Mark up description.

* gnu/packages/shells.scm (fish)[description]: Use @command{}.

gnu: protobuf: Update to 3.5.1.

* gnu/packages/protobuf.scm (protobuf): Update to 3.5.1.

gnu: windowmaker: Enable xinerama support.

* gnu/packages/gnustep.scm (windowmaker)[inputs]: Add libxinerama.

doc: Add "/guix" after LOCALSTATEDIR.

Fixes <https://bugs.gnu.org/29813>.
Reported by Martin Castillo <castilma@uni-bremen.de>.

* doc/guix.texi (Invoking guix-daemon, Invoking guix package): Add
missing "/guix" after LOCALSTATEDIR.

guix build: Support '--with-source=PACKAGE@VERSION=URI'.

* guix/scripts/build.scm (numeric-extension?, tarball-base-name): New
procedures, formerly in 'package-with-source'.
(transform-package-source)[new-sources]: Look for '=' in URI.  Each
element of the list of now a (PKG VERSION SOURCE) tuple.
Pass VERSION to 'package-with-source'.
(package-with-source): Add 'version' parameter and honor it.
* tests/scripts-build.scm ("options->transformation, with-source, PKG=URI")
("options->transformation, with-source, PKG@VER=URI"): New tests.
* doc/guix.texi (Package Transformation Options): Document the new
forms.

gnu: lilypond: Update to 2.19.80.

* gnu/packages/music.scm (lilypond): Update to 2.19.80.

gnu: Build wiredtiger with snappy support.

This is probably necessary to get the MongoDB package in Guix to successfully
use the Guix wiredtiger package, as MongoDB it uses wiredtiger with snappy by
default.

* gnu/packages/databases.scm (wiredtiger)[arguments]: Add --enable-snappy to
  #:configure-flags.
  [inputs]: Add snappy.

gnu: fish: Update to 2.7.1.

* gnu/packages/shells.scm (fish): Update to 2.7.1.

gnu: python-pillow: Update to 4.3.0.

* gnu/packages/python.scm (python-pillow): Update to 4.3.0.
[propagated-inputs]: Add python-olefile.
* gnu/packages/patches/python-pillow-freetype-2.7-test-failure.patch:
Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kkebreau@posteo.net>

gnu: Add python-olefile.

* gnu/packages/python.scm (python-olefile, python2-olefile): New variables.

gnu: mariadb: Update to 10.1.29.

* gnu/packages/databases.scm (mariadb): Update to 10.1.29.

file-systems: Move %control-groups from %base-file-systems to
%elogind-file-systems.

* gnu/system/file-systems.scm (%base-file-systems): Move %control-groups from
here, to ...
(%elogind-file-systems): ... here.

file-systems: Do not mount hugetlb cgroup filesystem.

On ARM32 without LPAE support, hugetlb control group is not supported.
As it is not needed by elogind, remove it for all platforms.

* gnu/system/file-systems.scm (%control-groups): Remove hugetlb from control
  groups platforms.

gnu: Update r-mutationalpatterns to 1.4.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-mutationalpatterns): Update to 1.4.2.

gnu: mutter: Add xorg-xserver-xwayland input.

* gnu/packages/gnome.scm (mutter)[inputs]: Add xorg-server-xwayland.
[arguments]: Add '--with-xwayland-path' to #:configure-flags.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

guix system: Check mapped devices upon 'init' and 'reconfigure'.

* guix/scripts/system.scm (check-mapped-devices): New procedure.
(perform-action): Add call to 'check-mapped-devices'.

mapped-devices: 'luks-device-mapping' checks its source device.

* gnu/system/mapped-devices.scm (check-luks-device): New procedure.
(luks-device-mapping)[check]: New field.

mapped-devices: Add 'location' and 'check' fields.

* gnu/system/mapped-devices.scm (<mapped-device>)[location]: New field.
(<mapped-device-type>)[check]: New field.

gnu: Add python-activepapers.

* gnu/packages/python.scm (python-activepapers, python2-activepapers):
New variables.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludovic.courtes@inria.fr>

services: urandom-seed: Depend on udev.

Suggested by Leo Famulari <leo@famulari.name>.

* gnu/services/base.scm (urandom-seed-shepherd-service): Add 'udev' to
'requirement'.

services: urandom-seed: Deprecate the 'urandom-seed-service' procedure.

* gnu/services/base.scm (urandom-seed-service-type)[default-value]: New
field.
(urandom-seed-service): Mark as deprecated.
(%base-services): Use URANDOM-SEED-SERVICE-TYPE directly.
* gnu/services/base.scm (%base-services):
* doc/guix.texi (Base Services): Document 'urandom-seed-service-type'
instead of 'urandom-seed-service'.

services: urandom-seed: Become a dependency of 'user-processes'.

This ensures that 'urandom-seed' is started before programs that rely on
sources of randomness.

Fixes <https://bugs.gnu.org/29773>.
Reported by Leo Famulari <leo@famulari.name>.

* gnu/services/base.scm (urandom-seed-shepherd-service): Change
'requirement' to (file-systems).
(urandom-seed-service-type): Extend USER-PROCESSES-SERVICE-TYPE.

services: 'user-processes-service-type' can now be extended.

* gnu/services/base.scm (user-processes-shepherd-service): New
procedure, taken from former 'user-processes-service-type'.  Add
REQUIREMENTS argument; remove GRACE-DELAY argument.
(user-processes-service-type): Redefine in terms of 'service-type'.
(user-processes-service): Remove.
(file-system-service-type): Extend USER-PROCESSES-SERVICE-TYPE.
* gnu/system.scm (essential-services): Use USER-PROCESSES-SERVICE-TYPE
directly.

doc: Document fixed-output derivations.

* doc/guix.texi (Derivations): Add paragraph on fixed-output
derivations.

system: examples: Add missing initrd to beaglebone-black.tmpl.

* gnu/system/examples/beaglebone-black.tmpl (operating-system): Add the
  initrd with "omap_hsmmc" as an extra-module.

gnu: Add meandmyshadow.

* gnu/packages/games.scm (meandmyshadow): New variable.

gnu: emacs-ivy: Install documentation.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-ivy)[arguments]: Add phase "install-doc".
[native-inputs]: Add texinfo.

gnu: emacs-ivy: Update to 0.10.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-ivy): Update to 0.10.0.

gnu: Add plzip.

* gnu/packages/compression.scm (plzip): New public variable.

gnu: Add lzlib.

* gnu/packages/compression.scm (lzlib): New public variable.

gnu: Add clzip.

* gnu/packages/compression.scm (clzip): New public variable.

gnu: Add lunzip.

* gnu/packages/compression.scm (lunzip): New public variable.

gnu: Add hungrycat.

* gnu/packages/admin.scm (hungrycat): New public variable.

gnu: zstd: Use default ‘check’ target.

* gnu/packages/compression.scm (zstd)[arguments]: Don't set #:test-target.