gnu: surgescript: Update to 0.5.4.4.

* gnu/packages/game-development.scm (surgescript): Update to 0.5.4.4.

gnu: waylandpp: Update to 0.2.8.

* gnu/packages/freedesktop.scm (waylandpp): Update to 0.2.8.

gnu: homebank: Update to 5.4.3.

* gnu/packages/finance.scm (homebank): Update to 5.4.3.

gnu: dico: Update to 2.10.

* gnu/packages/dico.scm (dico): Update to 2.10.

gnu: python-pbkdf2: Fix typo in description.

* gnu/packages/python-xyz.scm (python-pbkdf2)[description]: Fix typo.

gnu: dump: Fix typo in description.

* gnu/packages/backup.scm (dump)[description]: Fix typo.

gnu: cryptsetup: Update to 2.3.4.

* gnu/packages/cryptsetup.scm (cryptsetup): Update to 2.3.4.

gnu: Add gtranslator.

* gnu/packages/gnome.scm (gtranslator): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add libgda.

* gnu/packages/gnome.scm (libgda): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: jack-2: Update to 1.9.14.

* gnu/packages/audio.scm (jack-2): Update to 1.9.14.
[arguments]: Add environment variable to phase 'set-linkflags.

Signed-off-by: Andreas Enge <andreas@enge.fr>

gnu: guix: Update to 1c21468.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 1c21468.

gnu: fio: Update to 3.23.

* gnu/packages/benchmark.scm (fio): Update to 3.23.

gnu: htop: Update to 3.0.2.

* gnu/packages/admin.scm (htop): Update to 3.0.2.
[native-inputs]: Remove python-wrapper.

import: cpan: Export cpan-release-module.

* guix/import/cpan.scm: Fix typo.

gnu: Add goxel.

* gnu/packages/graphics.scm (goxel): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

authenticate: Encode strings as ISO-8859-1.

Fixes <https://bugs.gnu.org/43421>.

* guix/scripts/authenticate.scm (read-command): Decode strings as
ISO-8859-1, not UTF-8.
(guix-authenticate)[send-reply]: Encode strings as ISO-8859-1, not
UTF-8.
* tests/guix-authenticate.sh: Add test.

services: bitlbee: Support libpurple plugins.

* gnu/services/messaging.scm (bitlbee-shepherd-service): Pass
PURPLE_PLUGIN_PATH as #:environment-variables.

gnu: sbcl-trivial-clipboard: Update to 20200904.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-trivial-clipboard): Update to 20200904.

gnu: waybar: Fix build.

Reported by bdju.

* gnu/packages/pretty-print.scm (fmt-6): New variable.
* gnu/packages/wm.scm (waybar)[inputs]: Replace fmt with fmt-6.

gnu: emacs-org: Update to 9.4.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-org): Update to 9.4.
(emacs-org-contrib): Update to 20200914.

gnu: roffit: Adjust install phase.

* gnu/packages/groff.scm (roffit)[arguments]: Remove make-flags. Remove
custom 'pre-install phase. Replace 'install phase to also install
manpage.

gnu: roffit: Wrap binary.

Fixes <https://debbugs.gnu.org/43306>.

* gnu/packages/groff.scm (roffit)[arguments]: Add 'wrap-binary phase to
help find perl libraries.

gnu: bsequencer: Update to 1.8.0.

* gnu/packages/music.scm (bsequencer): Update to 1.8.0.

services: docker: Fix service definition.

This commit follows a404716d411cf7cd49ff02e3100f0bbf6622d6d5.

* gnu/services/docker.scm
(docker-configuration)[docker-cli]: New record field.
(docker-service-type): Use this.
* doc/guix.texi (Miscellaneous Services)[Docker Service]: Document this.

gnu: kdenlive: Change source URL to follow permanent redirection.

* gnu/packages/kde.scm (kdenlive)[source]: Change url to follow
permanent redirection.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: kde: kdenlive: Make breeze theme available at runtime.

* gnu/packages/kde.scm (kdenlive):
[inputs]: Add breeze.
[arguments]: In wrap-program phase, add XDG_DATA_DIRS to include
the 'share' sub-directory of the package breeze.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add ripmime.

* gnu/packages/mail.scm (ripmime): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: guix: Update to 846403e.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 846403e.

services: docker: Fix service definition.

This is a follow-up to 8422a67dc16af4dd5eb82180463aa7a0b362d5b9.

* gnu/services/docker.scm (docker-service-type): Use a composed list for
packages in profile-service-type.

gnu: maven-compiler-plugin: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/maven.scm (maven-compiler-plugin)[source]: Download using
git-fetch.

gnu: maven-resources-plugin: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/maven.scm (maven-resources-plugin)[source]: Download
using git-fetch.

gnu: maven-jar-plugin: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/maven.scm (maven-jar-plugin)[source]: Download using
git-fetch.

gnu: java-hdrhistogram: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/java.scm (java-hdrhistogram)[source]: Download using
git-fetch.
[arguments]: Add phase to make source writable.

gnu: r-wgcna: Move to (gnu packages bioconductor).

This is a follow-up to commit 6e0ab26f31cd2bb7e5d88719d3d458df68c1963e.

* gnu/packages/cran.scm (r-wgcna): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-wgcna): ...to here.

gnu: r-fithic: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-fithic): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-fithic): ...to here.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: r-hitc: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-hitc): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-hitc): ...to here.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: r-hdf5array: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-hdf5array): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-hdf5array): ...to here.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: r-rhdf5lib: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rhdf5lib): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rhdf5lib): ...to here.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: r-beachmat: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-beachmat): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-beachmat): ...to here.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: r-singlecellexperiment: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-singlecellexperiment): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-singlecellexperiment): ...to here.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: r-scater: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-scater): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-scater): ...to here.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: r-scran: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-scran): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-scran): ...to here.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: r-delayedmatrixstats: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-delayedmatrixstats): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-delayedmatrixstats): ...to here.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: r-rgraphviz: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/graph.scm (r-rgraphviz): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-rgraphviz): ...to here.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: r-preprocesscore: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/statistics.scm (r-preprocesscore): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-preprocesscore): ...to here.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: r-fourcseq: Move to (gnu packages bioconductor).

* gnu/packages/cran.scm (r-fourcseq): Move from here...
* gnu/packages/bioconductor.scm (r-fourcseq): ...to here.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: r-rgraphviz: Build reproducibly.

Fixes <https://bugs.gnu.org/43398>.

* gnu/packages/graph.scm (r-rgraphviz)[arguments]: Add phase
"make-reproducible".

gnu: r-quantreg: Update to 5.67.

* gnu/packages/statistics.scm (r-quantreg): Update to 5.67.

gnu: r-cowplot: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-cowplot): Update to 1.1.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-rcpparmadillo: Update to 0.9.900.3.0.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rcpparmadillo): Update to 0.9.900.3.0.

gnu: r-ggdendro: Update to 0.1.22.

* gnu/packages/statistics.scm (r-ggdendro): Update to 0.1.22.

gnu: r-stringi: Update to 1.5.3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-stringi): Update to 1.5.3.

gnu: r-mass: Update to 7.3-53.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mass): Update to 7.3-53.

gnu: r-diversitree: Update to 0.9-14.

* gnu/packages/cran.scm (r-diversitree): Update to 0.9-14.

gnu: r-seurat: Update to 3.2.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-seurat): Update to 3.2.1.
[propagated-inputs]: Remove r-ape; add r-matrixstats.

gnu: r-rfast: Update to 2.0.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-rfast): Update to 2.0.1.

gnu: r-scatterpie: Update to 0.1.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-scatterpie): Update to 0.1.5.

gnu: r-forecast: Update to 8.13.

* gnu/packages/cran.scm (r-forecast): Update to 8.13.

gnu: r-gamlss: Update to 5.2-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-gamlss): Update to 5.2-0.

gnu: r-parameters: Update to 0.8.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-parameters): Update to 0.8.5.

gnu: r-systemfonts: Update to 0.3.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-systemfonts): Update to 0.3.1.

gnu: r-dalex: Update to 2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-dalex): Update to 2.0.

gnu: r-sf: Update to 0.9-6.

* gnu/packages/cran.scm (r-sf): Update to 0.9-6.

gnu: r-deldir: Update to 0.1-29.

* gnu/packages/cran.scm (r-deldir): Update to 0.1-29.

gnu: r-shinyjs: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-shinyjs): Update to 2.0.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-etm: Update to 1.1.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-etm): Update to 1.1.1.

gnu: r-fields: Update to 11.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-fields): Update to 11.4.

gnu: r-rnifti: Update to 1.2.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-rnifti): Update to 1.2.2.

gnu: r-misc3d: Update to 0.9-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-misc3d): Update to 0.9-0.

gnu: r-rcpphnsw: Update to 0.3.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-rcpphnsw): Update to 0.3.0.

gnu: r-ggeffects: Update to 0.16.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggeffects): Update to 0.16.0.

gnu: r-performance: Update to 0.5.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-performance): Update to 0.5.0.

gnu: r-mosaicdata: Update to 0.20.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-mosaicdata): Update to 0.20.1.

gnu: r-mosaiccore: Update to 0.8.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-mosaiccore): Update to 0.8.0.
[propagated-inputs]: Remove r-lazyeval.

gnu: r-flextable: Update to 0.5.11.

* gnu/packages/cran.scm (r-flextable): Update to 0.5.11.

gnu: r-insight: Update to 0.9.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-insight): Update to 0.9.5.

gnu: r-officer: Update to 0.3.14.

* gnu/packages/cran.scm (r-officer): Update to 0.3.14.

gnu: r-extradistr: Update to 1.9.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-extradistr): Update to 1.9.1.

gnu: r-tsa: Update to 1.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-tsa): Update to 1.3.
[propagated-inputs]: Add r-tseries.

gnu: r-xfun: Update to 0.17.

* gnu/packages/cran.scm (r-xfun): Update to 0.17.

gnu: r-processx: Update to 3.4.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-processx): Update to 3.4.4.

gnu: r-xts: Update to 0.12.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-xts): Update to 0.12.1.

gnu: r-psych: Update to 2.0.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-psych): Update to 2.0.8.

gnu: r-inline: Update to 0.3.16.

* gnu/packages/cran.scm (r-inline): Update to 0.3.16.

gnu: r-lmtest: Update to 0.9-38.

* gnu/packages/cran.scm (r-lmtest): Update to 0.9-38.

gnu: r-shape: Update to 1.4.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-shape): Update to 1.4.5.

gnu: r-jsonlite: Update to 1.7.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-jsonlite): Update to 1.7.1.

gnu: r-callr: Update to 3.4.4.

* gnu/packages/cran.scm (r-callr): Update to 3.4.4.

gnu: r-ggpmisc: Update to 0.3.6.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggpmisc): Update to 0.3.6.
[propagated-inputs]: Add r-glue.

gnu: r-activedriverwgs: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-activedriverwgs): Update to 1.1.0.
[propagated-inputs]: Remove r-plyr.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: emacs-esup: Fix build.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-esup): Update to 0.7.1-1.0de8af8.
[native-inputs]: Add "emacs-buttercup" and "emacs-undercover", remove
"emacs-el-mock".
[propagated-inputs]: Add "emacs-dash".
[arguments]: Fix testing.

gnu: Add lsp-dsp-lib.

* gnu/packages/audio.scm (lsp-dsp-lib): New variable.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

services: docker: Make docker command available.

* gnu/services/docker.scm (docker-service-type): Extend the
profile-service-type and add the docker-cli package.

doc: Fix docker configuration options.

* doc/guix.texi (Docker Service): Fix typo in enable-proxy? default.

gnu: Add quickjs.

* gnu/packages/javascript.scm (quickjs): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

ui: 'show-what-to-build' displays download estimate more prominently.

* guix/ui.scm (show-what-to-build): When VERBOSITY is 1, add a newline
before the "would/will be downloaded" line, and wrap that message in
'highlight'.

tests: Remove one 'delete-paths' call in 'tests/store.scm'.

This makes the test slightly less expensive.

* tests/store.scm ("add-text-to-store vs. delete-paths")
("add-to-store vs. delete-paths"): Delete and merge into...
("add-text-to-store/add-to-store vs. delete-paths"): ... this test.

authenticate: Cache the ACL and key pairs.

In practice we're always using the same key pair,
/etc/guix/signing-key.{pub,sec}.  Keeping them in cache allows us to
avoid redundant I/O and parsing when signing multiple store items in a
row.

* guix/scripts/authenticate.scm (load-key-pair): New procedure.
(sign-with-key): Remove 'key-file' parameter and add 'public-key' and
'secret-key'.  Adjust accordingly.
(validate-signature): Add 'acl' parameter and pass it to
'authorized-key?'.
(guix-authenticate)[call-with-reply]: New procedure.
[with-reply]: New macro.
Call 'current-acl' upfront and cache its result.  Add 'key-pairs' as an
argument to 'loop' and use it as a cache of key pairs.

daemon: Spawn 'guix authenticate' once for all.

Previously, we'd spawn 'guix authenticate' once for each item that has
to be signed (when exporting) or authenticated (when importing).  Now,
we spawn it once for all and then follow a request/reply protocol.  This
reduces the wall-clock time of:

  guix archive --export -r $(guix build coreutils -d)

from 30s to 2s.

* guix/scripts/authenticate.scm (sign-with-key): Return the signature
instead of displaying it.  Raise a &formatted-message instead of calling
'leave'.
(validate-signature): Likewise.
(read-command): New procedure.
(define-enumerate-type, reply-code): New macros.
(guix-authenticate)[send-reply]: New procedure.
Change to read commands from current-input-port.
* nix/libstore/local-store.cc (runAuthenticationProgram): Remove.
(authenticationAgent, readInteger, readAuthenticateReply): New
functions.
(signHash, verifySignature): Rewrite in terms of the agent.
* tests/store.scm ("import not signed"): Remove 'pk' call.
("import signed by unauthorized key"): Check the error message of C.
* tests/guix-authenticate.sh: Rewrite using the new protocol.

fixlet

daemon: Move 'Agent' to libutil.

* nix/libstore/build.cc (DerivationGoal::tryBuildHook): Add "offload" to
'args' and pass settings.guixProgram as the first argument to
Agent::Agent.
(pathNullDevice, commonChildInit, Agent, Agent::Agent)
(Agent::~Agent): Move to...
* nix/libutil/util.cc: ... here.
* nix/libutil/util.hh (struct Agent, commonChildInit): New
declarations.