gnu: jamvm@1.5.1: Fix building on armhf-linux.

* gnu/packages/java.scm (jamvm@1.5.1)[source]: Add patch.
* gnu/packages/patches/jamvm-arm.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

Merge branch 'master' into staging

gnu: youtube-dl: Update to 2018.06.19.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2018.06.19.

gnu: r-httpuv: Update to 1.4.4.1.

* gnu/packages/web.scm (r-httpuv): Update to 1.4.4.1.

gnu: r-mgcv: Update to 1.8-24.

* gnu/packages/statistics.scm (r-mgcv): Update to 1.8-24.

gnu: r-mice: Update to 3.1.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-mice): Update to 3.1.0.

gnu: r-progress: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-progress): Update to 1.2.0.
[propagated-inputs]: Add r-crayon and r-hms.

gnu: r-complexheatmap: Update to 1.18.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-complexheatmap): Update to 1.18.1.

gnu: r-delayedarray: Update to 0.6.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-delayedarray): Update to 0.6.1.

gnu: r-optparse: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-optparse): Update to 1.6.0.

gnu: r-biocviews: Update to 1.48.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biocviews): Update to 1.48.2.

gnu: emacs-evil: Update to 20180517.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-evil): Update to 20180517.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-evil-mu4e: Deprecate in favor of emacs-evil-collection.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-evil-mu4e): Deprecate.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-evil-ediff: Deprecate in favor of emacs-evil-collection.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-evil-ediff): Deprecate.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-evil-collection: Update to 20180617.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-evil-collection): Update to 20180617.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add emacs-mu4e-conversation.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-mu4e-conversation): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

Update NEWS.

guix system: 'list-generation' correctly displays file system labels.

* guix/scripts/system.scm (display-system-generation): Correctly display
file system labels.  Previously, starting from commit
a5acc17a3c10a3779b5b8b1a2565ef130be77e51, it'd print #<file-system-label "foo">.

services: boot: Take gexps instead of monadic gexps.

* gnu/services.scm (compute-boot-script): Rename 'mexps' to 'gexps' and
remove 'mlet' form.
(boot-service-type): Update comment.
(cleanup-gexp): Remove 'with-monad' and 'return'.
(activation-script): Rewrite in non-monadic style: use 'scheme-file'
instead of 'gexp->file'.
(gexps->activation-gexp): Remove 'mlet', return a gexp.
* gnu/services/shepherd.scm (shepherd-boot-gexp): Remove 'with-monad'
and 'return'.
* gnu/system.scm (operating-system-boot-script): Remove outdated comment.
* gnu/tests/base.scm (%cleanup-os): For 'dirty-service', remove
'with-monad' and 'return'.

services: Add description to core services.

* gnu/services.scm (system-service-type, boot-service-type)
(cleanup-service-type, activation-service-type)
(special-files-service-type, etc-service-type)
(setuid-program-service-type, profile-service-type)
(firmware-service-type, gc-root-service-type): Add 'description' field.

gnu: ocaml: Build reproducibly.

* gnu/packages/patches/ocaml-enable-ocamldoc-reproducibility.patch: New
file.
* gnu/packages/ocaml.scm (ocaml)[origin]: Use it.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

gnu: Add go-github-com-ayufan-golang-kardianos-service.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-ayufan-golang-kardianos-service): New
variable.

gnu: Move go-github-com-kardianos-osext to (gnu packages golang).

This package will not be used in later versions of Syncthing but may be needed
by other Go programs.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-kardianos-osext): Move to ...
* gnu/packages/golang.scm: ... here.

gnu: Add go-github-com-sirupsen-logrus.

* gnu/packages/golang.scm (go-github-com-sirupsen-logrus): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

services: Fix GPLv3 header in cuirass and pm modules.

* gnu/services/cuirass.scm, gnu/services/pm.scm: Adjust to canonical GPLv3
header used throughout Guix.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: openblas: Fix build on i686.

* gnu/packages/patches/openblas-fix-tests-i686.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.
* gnu/packages/maths.scm (openblas)[native-inputs]: Add it.
[arguments]: Add phase to apply it on i686 systems only.

gnu: Add go-github-com-prometheus-node-exporter.

* gnu/packages/monitoring.scm (go-github-com-prometheus-node-exporter):
New variable.

gnu: neofetch: Don't use auto-generated tarball.

* gnu/packages/admin.scm (neofetch)[source]: Use GIT-FETCH.

gnu: neofetch: Remove dead code.

Turns out that's most of it.

* gnu/packages/admin.scm (neofetch)[arguments]: Remove all custom
phases.

gnu: Add guile-chickadee.

* gnu/packages/game-development.scm (guile-chickadee): New variable.

gnu: guile-sdl2: Install compiled files to the expected place.

* gnu/packages/sdl.scm (guile-sdl2)[arguments]: Add build phase
"patch-makefile".

gnu: neofetch: Update to 5.0.0.

* gnu/packages/admin.scm (neofetch): Update to 5.0.0.

services: cleanup: Expect file names to be UTF-8-encoded.

Fixes <https://bugs.gnu.org/26353>.
Reported by Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>.

* gnu/services.scm (cleanup-gexp): Add 'setenv' and 'setlocale' calls
before 'delete-file-recursively'.
* gnu/tests/base.scm (%cleanup-os, %test-cleanup): New variables.
(run-cleanup-test): New procedure.

services: boot: Reverse the order of boot expressions.

* gnu/services.scm (compute-boot-script): Reverse MEXPS.
* gnu/system.scm (essential-services): Reverse order of
%SHEPHERD-ROOT-SERVICE, %ACTIVATION-SERVICE, and CLEANUP-SERVICE-TYPE.

gnu: perl-lwp-protocol-https: Update to 6.07.

* gnu/packages/web.scm (perl-lwp-protocol-https): Update to 6.07.
[native-inputs]: Add perl-test-requiresinternet.

gnu: meandmyshadow: Update to 0.4.1.

* gnu/packages/games.scm (meandmyshadow): Update to 0.4.1.

gnu: meandmyshadow: Return #t from phases.

* gnu/packages/games.scm (meandmyshadow)[arguments]: Return #t rather
than undefined from phases.

gnu: extremetuxracer: Fix typo in synopsis.

* gnu/packages/games.scm (extremetuxracer)[synopis]: Hyphenate.

gnu: extremetuxracer: Update to 0.7.5.

* gnu/packages/games.scm (extremetuxracer): Update to 0.7.5.

gnu: quakespasm: Update to 0.93.1.

* gnu/packages/games.scm (quakespasm): Update to 0.93.1.

gnu: fizmo: Update home page.

* gnu/packages/games.scm (fizmo)[source, home-page]: Update URIs.

gnu: fizmo: Update to 0.8.5.

* gnu/packages/games.scm (fizmo): Update to 0.8.5.
[arguments]: Adjust #:configure-flags to improved library detection.

gnu: pioneers: Update to 15.5.

* gnu/packages/games.scm (pioneers): Update to 15.5.
[native-inputs]: Add itstool and libxml2.

gnu: emacs-d-mode: Update to 2.0.9.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-d-mode): Update to 2.0.9.

gnu: emacs-htmlize: Update to 1.53.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-htmlize): Update to 1.53.

gnu: r-recipes: Update to 0.1.3.

* gnu/packages/cran.scm (r-recipes): Update to 0.1.3.
[propagated-inputs]: Add r-pls.

gnu: Add r-pls.

* gnu/packages/cran.scm (r-pls): New public variable.

gnu: r-prroc: Update to 1.3.1.

* gnu/packages/cran.scm (r-prroc): Update to 1.3.1.

gnu: memcached: Update to 1.5.8.

* gnu/packages/databases.scm (memcached): Update to 1.5.8.

gnu: emacs-m-buffer-el: Return #t from phases.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-m-buffer-el)[arguments]: Substitute
INVOKE for SYSTEM*.

gnu: emacs-xelb: Return #t from phases.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-xelb)[arguments]: Substitute INVOKE for
SYSTEM*.

gnu: emacs-ess: Return #t from phases.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-ess)[arguments]: Substitute INVOKE for
SYSTEM* and return #t where otherwise undefined.

gnu: emacs-ivy: Return #t from phases.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-ivy)[arguments]: Substitute INVOKE for
SYSTEM* and return #t where otherwise undefined.

gnu: emacs-slime: Use INVOKE.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-slime)[arguments]: Substitute INVOKE for
SYSTEM*.

gnu: emacs-pdf-tools: Return #t from phases.

As I read it, EMACS-SUBSTITUTE-VARIABLES always returns #t.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-pdf-tools)[arguments]: Substitute INVOKE
for SYSTEM*.

gnu: emacs-mmm-mode: Return #t from phases.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-mmm-mode)[arguments]: Substitute INVOKE
for SYSTEM*.

gnu: emacs-graphviz-dot-mode: Return #t from phases.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-graphviz-dot-mode)[arguments]:
Substitute INVOKE for SYSTEM*.

gnu: emacs-ag: Return #t from phases.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-ag)[arguments]: Substitute INVOKE for
SYSTEM*.

gnu: emacs-w3m: Return #t from phases.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-w3m)[arguments]: Substitute INVOKE for
SYSTEM* & risky plumbing.

gnu: haskell-mode: Use INVOKE.

* gnu/packages/emacs.scm (haskell-mode)[arguments]: Substitute INVOKE
for SYSTEM*.

gnu: emacs-ghub: Return #t from phases.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-ghub)[arguments]: Substitute INVOKE for
SYSTEM*.

gnu: emacs-magit-popup: Return #t from phases.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-magit-popup)[arguments]: Substitute
INVOKE for SYSTEM*.

gnu: guile-emacs: Return #t from phases.

* gnu/packages/emacs.scm (guile-emacs)[arguments]: Substitute INVOKE for
SYSTEM*.

gnu: emacs-ghub: Update to 2.0.1.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-ghub): Update to 2.0.1.

Fix some more lonely unquotes.

* gnu/packages/gnome.scm (workrave)[inputs]: Move unquote to its
operand.
* gnu/packages/java.scm (java-asm-bootstrap)[propagated-inputs]:
Likewise.
* gnu/packages/maven.scm (maven-compat)[native-inputs]: Likewise.
(maven)[inputs]: Likewise.
* gnu/packages/networking.scm (amule)[inputs]: Likewise.
* gnu/packages/wm.scm (nitrogen)[native-inputs]: Likewise.

gnu: emacs-with-editor: Update to 2.7.3.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-with-editor): Update to 2.7.3.

gnu: r-xfun: Update to 0.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-xfun): Update to 0.2.

gnu: inxi-minimal: Update to 3.0.12-1.

* gnu/packages/admin.scm (inxi-minimal): Update to 3.0.12-1.

gnu: bspwm: Update to 0.9.5.

* gnu/packages/wm.scm (bspwm): Update to 0.9.5.

gnu: mrrescue: Fix typo in description.

* gnu/packages/games.scm (mrrescue)[description]: Hyphenate.

gnu: git-annex: Update to 6.20180529.

* gnu/packages/version-control.scm (git-annex): Update to 6.20180529.
[inputs]: Add ghc-tagsoup.

gnu: libyaml: Update to 0.1.7.

* gnu/packages/web.scm (libyaml): Update to 0.1.7.
[source]: Remove patch.
* gnu/packages/patches/libyaml-CVE-2014-9130.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: mrrescue: Work on Löve 11.

* gnu/packages/games.scm (mrrescue)[arguments]: Extract & patch the game
data, and point ‘love’ to this modified copy.  Minor cosmetic tweaks.
[native-inputs]: Add unzip, patch, and the love-11.patch which is...
* gnu/packages/patches/mrrescue-support-love-11.patch: ...a new file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

Revert "gnu: Remove Mr. Rescue."

This reverts commit 33f61dc1b5e14f8a2e3dfb3fb48102bda0fd6b13.

The game can be patched to run on Löve 11 (done in a separate commit for
clarity).

gnu: arc-icon-theme: Fix build.

* gnu/packages/gnome.scm (arc-icon-theme)[arguments]: Do not run
configure during the bootstrap phase.

gnu: faba-icon-theme: Fix build.

* gnu/packages/gnome.scm (faba-icon-theme)[arguments]: Do not run
configure during the bootstrap phase.

gnu: x265: Fix building on armhf-linux and aarch64-linux.

* gnu/packages/video.scm (x265)[source]: Add patch.
[arguments]: Enable PIC on armhf-linux.
* gnu/packages/patches/x265-fix-ppc64le-build.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Register it.

Merge branch 'master' into staging

gnu: redis: Update to 4.0.10 [fixes CVE-2018-11218, CVE-2018-11219].

* gnu/packages/databases.scm (redis): Update to 4.0.10.

gnu: libinput: Update to 1.11.1.

* gnu/packages/freedesktop.scm (libinput): Update to 1.11.1.

gnu: nss, nss-certs: Update to 3.37.3.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (nss): Update to 3.37.
* gnu/packages/certs.scm (nss-certs): Likewise.

gnu: notmuch: Update to 0.27.

* gnu/packages/mail.scm (notmuch): Update to 0.27.

gnu: guix-daemon: Build in the absence of guile-sqlite3.

Fixes a regression introduced in
3f311279d35a00c40536ee37c7808f42ed5fae4b whereby guix-daemon's configure
would error out due to the lack of guile-sqlite3.

* gnu/packages/package-management.scm (guix-daemon)[inputs]: Remove
"boot-guile", "boot-guile/i686", and "util-linux".
[arguments]: Add #:configure-flags.

gnu: guix: Update to 7af5c2a.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 7af5c2a.

gnu: emacs-bash-completion: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-bash-completion): Update to 2.1.0.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: emacs-company: Update to 0.9.6.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-company): Update to 0.9.6.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: elfutils: Update to 0.172.

Fixes <https://debbugs.gnu.org/31890>

* gnu/packages/elf.scm (elfutils): Update to 0.172.

Signed-off-by: Marius Bakke <mbakke@fastmail.com>

gnu: xf86-input-mouse: Update to 1.9.3.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-input-mouse): Update to 1.9.3.

gnu: libxaw3d: Update to 1.6.3.

* gnu/packages/xorg.scm (libxaw3d): Update to 1.6.3.

gnu: guitarix: Update to 0.37.1.

* gnu/packages/audio.scm (guitarix): Update to 0.37.1.

build-system/waf: Use invoke.

* guix/build/waf-build-system.scm (call-waf): Use "invoke" and unconditionally
return #t.

gnu: QEMU: Fix CVE-2018-11806.

* gnu/packages/patches/qemu-CVE-2018-11806.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.
* gnu/packages/virtualization.scm (qemu)[source]: Use it.

self: Define derived '-directory' variables in config.scm.

This is a followup to d6b5aa0b031f0e7091f7424ac616d1c4d10fed5b.

* guix/self.scm (%config-variables): Remove %CONFIG-DIRECTORY,
%STATE-DIRECTORY, %STORE-DATABASE-DIRECTORY, and %STORE-DIRECTORY.
(make-config.scm): Define them here.
* build-aux/build-self.scm (%config-variables, make-config.scm):
Likewise.

build-self: Do not rely on '%store-database-directory'.

Guix'es older than one week don't have this variable so requiring it
would break things for them.

* build-aux/build-self.scm (%config-variables): Remove
'%store-database-directory'.

gnu: emacs-image+: Don't propagate inputs.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-image+)[propagated-inputs]: Remove imagemagick
[Inputs]: Add imagemagick
[arguments]: Substitute path to imagemagick commands

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-gif-screencast: Update URL.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-gif-screencast): Update URL.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

nls: Update 'da' translation.

system: Have /run/setuid-programs first in $PATH.

Fixes <https://bugs.gnu.org/31814>.
Reported by Clément Lassieur <clement@lassieur.org>.

* gnu/system.scm (operating-system-etc-service)["profile"]: Arrange so
that /run/setuid-programs comes first in $PATH.

build: Remove checks for 'nix-instantiate'.

* guix/import/snix.scm (open-nixpkgs): Use "nix-instantiate"
unconditionally.
* configure.ac: Remove check for 'nix-instantiate'.
* guix/config.scm.in (%nix-instantiate): Remove.
* guix/self.scm (%dependency-variables): Remove '%nix-instantiate'.
(make-config.scm): Remove it from the generated "config.scm".
* build-aux/build-self.scm (%dependency-variables, make-config.scm):
Likewise.

self: Make (guix config) generation really stateless.

Previously the %CONFIG-VARIABLES list would be generated based on what
the current (guix config) contains.  Thus, it would include
'%guix-register-program', which we recently removed, because
existing (guix config) most likely contained that variable.  Since its
value could differ from machine to machine, the build farm could be
building a different config.scm, thereby preventing people from getting
substitutes.

* guix/self.scm (%config-variables): Turn into a white list instead of
taking all the remaining variables from the current (guix config).
* build-aux/build-self.scm (%config-variables): Likewise.