Merge branch 'master' into core-updates

gnu: dnsmasq: Fix description typos.

* gnu/packages/dns.scm (dnsmasq)[description]: Fix some typos.

gnu: dnsmasq: Update to 2.79.

* gnu/packages/dns.scm (dnsmasq): Update to 2.79.

gnu: certbot: Update to 0.22.1.

* gnu/packages/tls.scm (python-acme, certbot): Update to 0.22.1.

gnu: python-cryptography: Update to 2.2.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-cryptography-vectors,
python-cryptography): Update to 2.2.

gnu: imlib2: Update to 1.5.1.

* gnu/packages/image.scm (imlib2): Update to 1.5.1.

gnu: imagemagick: Update to 6.9.9-39.

* gnu/packages/imagemagick.scm (imagemagick): Update to 6.9.9-39.

gnu: zziplib: Correct license.

* gnu/packages/compression.scm (zziplib)[license]: Add MPL1.1.

gnu: zziplib: Update to 0.13.69.

* gnu/packages/compression.scm (zziplib): Update to 0.13.69.
[home-page]: Use new GitHub home.
[source](uri): Adjust accordingly.
[arguments]: Remove.

gnu: rofi: Update to 1.5.1.

* gnu/packages/xdisorg.scm (rofi): Update to 1.5.1.

gnu: uwsgi: Update to 2.0.17 [fixes CVE-2018-7490].

* gnu/packages/web.scm (uwsgi): Update to 2.0.17.
[source]: Use HTTPS URL.

gnu: mcron: Update to 1.1 and deprecate "mcron2".

* gnu/packages/guile.scm (mcron): Update to 1.1.
[native-inputs]: Add TZDATA-FOR-TESTS.
[arguments]: New field.
(mcron2): Define using 'deprecated-package'.
* gnu/services/mcron.scm: Replace 'mcron2' with 'mcron'.
* doc/guix.texi (Scheduled Job Execution): Likewise.
* gnu/tests/base.scm (%mcron-os): Remove comment about mcron2.

gnu: linux-libre: Update to 4.15.11.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-version): Update to 4.15.11.
(%linux-libre-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.28.

* gnu/packages/linux.scm (%linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.28.
(%linux-libre-4.14-hash): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.88.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9): Update to 4.9.88.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.122.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4): Update to 4.4.122.

gnu: weechat: Update to 2.1.

* gnu/packages/irc.scm (weechat): Update to 2.1.

gnu: perl-xml-compile-soap: Update to 3.24.

* gnu/packages/xml.scm (perl-xml-compile-soap): Update to 3.24.

gnu: perl-xml-simple: Update to 2.25.

* gnu/packages/xml.scm (perl-xml-simple): Update to 2.25.

gnu: perl-math-random-secure: Fix typo.

* gnu/packages/crypto.scm (perl-math-random-secure)[description]: Fix
the spelling of ‘millennia’.

gnu: pigx-bsseq: Update to 0.0.7.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-bsseq): Update to 0.0.7.
[inputs]: Add coreutils, sed, and grep.

gnu: bismark: Fix references to gunzip.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (bismark)[arguments]: Keep reference to
gunzip executable.
[inputs]: Add gzip.

gnu: pigx-scrnaseq: Update to 0.0.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-scrnaseq): Update to 0.0.3.
[inputs]: Add coreutils and perl.

patchelf: Use 'https' for source uri.

* gnu/packages/elf.scm (patchelf)[source]: Use 'https' for source uri.

gnu: python-paramiko: Update to 2.1.5.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-paramiko, python2-paramiko):
Update to 2.1.5.

gnu: perl-net-ssleay: Update to 1.85.

* gnu/packages/tls.scm (perl-net-ssleay): Update to 1.85.

gnu: perl-http-message: Update to 6.15.

* gnu/packages/web.scm (perl-http-message): Update to 6.15.
[source]: Update URI.
[native-inputs]: Add perl-try-tiny.

gnu: r-minimal, r: Update to 3.4.4.

There seem to be no dependency updates as far as I could find.

* gnu/packages/statistics.scm (r-minimal): Update to 3.4.4.

gnu: python-pynacl: Update to 1.2.0.

* gnu/packages/python-crypto.scm (python-pynacl): Update to 1.2.0.
[native-inputs]: Add python-hypothesis.

gnu: pigx: Update to 0.0.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx): Update to 0.0.2.

gnu: r-rcas: Use ghc-pandoc-citeproc-with-pandoc-1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rcas)[inputs]: Replace
ghc-pandoc-citeproc with ghc-pandoc-citeproc-with-pandoc-1.

gnu: bash-completion: Update to 2.8.

* gnu/packages/bash.scm (bash-completion): Update to 2.8.
* gnu/packages/patches/bash-completion-directories.patch: Update context.

gnu: hdparm: Update to 9.55.

* gnu/packages/linux.scm (hdparm): Update to 9.55.

gnu: libtirpc: Update to 1.0.3.

* gnu/packages/onc-rpc.scm (libtirpc): Update to 1.0.3.
[source]: Remove patch.
* gnu/packages/patches/libtirpc-missing-headers.patch: Delete file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Remove it.

gnu: libtirpc: Always return #t from phases.

* gnu/packages/onc-rpc.scm (libtirpc)[arguments]: End phase with #t.

gnu: perl-file-basedir: Update to 0.08.

* gnu/packages/freedesktop.scm (perl-file-basedir): Update to 0.08.

gnu: enlightenment: Update to 0.22.2.

* gnu/packages/enlightenment.scm (enlightenment): Update to 0.22.2.

gnu: python-oslo.utils: Update to 3.36.0.

* gnu/packages/openstack.scm (python-oslo.utils): Update to 3.36.0.

gnu: python-oslo.i18n: Update to 3.20.0.

* gnu/packages/openstack.scm (python-oslo.i18n): Update to 3.20.0.

gnu: r-withr: Update to 2.1.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-withr): Update to 2.1.2.

gnu: tilda: Update to 1.4.1.

* gnu/packages/terminals.scm (tilda): Update to 1.4.1.
[arguments]: Rename 'autogen phase to 'bootstrap.  Clean up 'bootstrap
phase.

gnu: pigx-chipseq: Update to 0.0.8.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-chipseq): Update to 0.0.8.
[inputs]: Add python-magic, python-xlrd, and trim-galore.
[arguments]: Disable tests.

gnu: pigx-scrnaseq: Use pandoc-1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-scrnaseq)[inputs]: Replace ghc-pandoc
with ghc-pandoc-1, and ghc-pandoc-citeproc with
ghc-pandoc-citeproc-with-pandoc-1.

gnu: pigx-bsseq: Use pandoc-1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-bsseq)[inputs]: Replace ghc-pandoc
with ghc-pandoc-1, and ghc-pandoc-citeproc with
ghc-pandoc-citeproc-with-pandoc-1.

gnu: pigx-chipseq: Use pandoc-1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-chipseq)[inputs]: Replace ghc-pandoc
with ghc-pandoc-1, and ghc-pandoc-citeproc with
ghc-pandoc-citeproc-with-pandoc-1.

gnu: pigx-rnaseq: Use pandoc-1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (pigx-rnaseq)[inputs]: Replace ghc-pandoc
with ghc-pandoc-1, and ghc-pandoc-citeproc with
ghc-pandoc-citeproc-with-pandoc-1.

gnu: Add ghc-pandoc-citeproc-with-pandoc-1.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-pandoc-citeproc-with-pandoc-1): New variable.

gnu: font-dejavu: Return #t from all phases.

* gnu/packages/fonts.scm (font-dejavu)[arguments]: Return #t from
the 'install-conf' phase.

gnu: qpdf: Return #t from all phases.

* gnu/packages/pdf.scm (qpdf)[arguments]: Return #t from 'patch-paths' phase.

gnu: guile-gdbm-ffi: Add support for gdbm-1.14.

* gnu/packages/patches/guile-gdbm-ffi-support-gdbm-1.14.patch: New file.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add it.

* gnu/packages/guile.scm (guile-gdbm-ffi)[inputs]: Move above arguments.  Add
the patch, and the 'patch' program.
[propagated-inputs]: Move above arguments.
[arguments]: In the builder, add code to apply the patch.

gnu: guile-gdbm-ffi: Use 'invoke'.

* gnu/packages/guile.scm (guile-gdbm-ffi)[arguments]: Use 'invoke'
instead of 'system*'.

gnu: cups: Return #t from all phases.

* gnu/packages/cups.scm (cups, cups-minimal): Return #t from all phases.

git-download: Fix recursive checkouts.

* guix/git-download.scm (git-fetch)<build>: Fix match on INPUTS, which may
contain package outputs.

gnu: Add r-abbyyr.

* gnu/packages/cran.scm (r-abbyyr): New variable.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

glob: Add an extra glob pattern compilation stage.

* guix/glob.scm (compile-glob-pattern): Rename to...
(string->sglob): ... this.
(compile-sglob, string->compiled-sglob): New procedures.
(glob-match?): Replace '?, 'range, and 'set with a single clause.
* tests/glob.scm (test-compile-glob-pattern): Rename to...
(test-string->sglob): ... this.  Adjust accordingly.
(test-glob-match): Use 'string->compiled-sglob' instead of
'compile-glob-pattern'.
* gnu/build/linux-modules.scm (read-module-aliases): Use
'string->compiled-sglob' instead of 'compile-glob-pattern'.

glob: Support square brackets in patterns.

* guix/glob.scm (wildcard-indices): Remove.
(parse-bracket): New procedure.
(compile-glob-pattern): Rewrite.  Support square brackets for sets and
ranges.
(glob-match?): Support sets and ranges.
* tests/glob.scm (test-compile-glob-pattern)
(test-glob-match): New macros.
Use them to rewrite the existing tests, and add new tests.

linux-modules: 'load-linux-module*' honors BLACK-LIST in recursive calls.

* gnu/build/linux-modules.scm (load-linux-module*): Pass BLACK-LIST in
recursive call.

linux-modules: Add 'current-kernel-directory'.

* gnu/build/linux-modules.scm (current-kernel-directory): New procedure.
(current-alias-file): Use it.

vm: Display a backtrace upon error by default.

* gnu/system/vm.scm (expression->derivation-in-linux-vm): Pass
 #:on-error to 'base-initrd'.

tests: elpa: Don't actually download files.

* tests/elpa.scm (eval-test-with-elpa): Mock 'url-fetch'.

import: elpa: Return 'license:gpl3+ for ELPA only.

Fixes <https://bugs.gnu.org/30836>.
Reported by Konrad Hinsen <konrad.hinsen@fastmail.net>.

* guix/import/elpa.scm (elpa-package->sexp): Add LICENSE parameter and
honor it.
(elpa->guix-package): Pass 'license:gpl3+ only when REPO is 'gnu.

import: elpa: Adjust test for HTTPS URLs.

This is a followup to 44dd3d579db3aa467e41d0b431029e46cae8e12d.

* tests/elpa.scm (eval-test-with-elpa): Use https.

gnu: youtube-dl: Update to 2018.03.14.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2018.03.14.

Signed-off-by: Ricardo Wurmus <rekado@elephly.net>

gnu: wayland: Disable failing tests.

* gnu/packages/freedesktop.scm (wayland)[arguments]: Disable tests that fail
in the build environment.

gnu: shotwell: Update to 0.28.0.

* gnu/packages/gnome.scm (shotwell): Update to 0.28.0.

gnu: Add ruby-ruby-engine.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-ruby-engine): New variable.

gnu: Add ruby-rake.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-rake): New variable.

gnu: Add ruby-erubis.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-erubis): New variable.

gnu: Add ruby-sporkmonger-rack-mount.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-sporkmonger-rack-mount): New variable.

gnu: Add ruby-creole.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-creole): New variable.

gnu: Add ruby-contest.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-contest): New variable.

gnu: Add ruby-rack-protection.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-rack-protection): New variable.

gnu: Add ruby-rack-test.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-rack-test): New variable.

gnu: Add ruby-asciidoctor.

* gnu/packages/ruby.scm (ruby-asciidoctor): New variable.

gnu: Add ruby-asciimath.

* gnu/packages/maths.scm (ruby-asciimath): New variable.

build-system/python: Fix deletion of .egg-info dirs created by tests.

* guix/build/python-build-system.scm (check): Use 'string=?' to compare
strings, not 'eqv?'.

build-system/python: Return #t from all phases.

* guix/build/python-build-system.scm (build, install, wrap): Return #t.
(check): Return #t and remove vestigial plumbing.

gnu: gobject-introspection: Disable parallel build.

* gnu/packages/glib.scm (gobject-introspection)[arguments]: New field.

gnu: boost: Simplify phases.

* gnu/packages/boost.scm (boost)[arguments]: Remove unneeded '#t's from
'configure', 'build', and 'install' phases.

gnu: glib: Return #t from all phases.

* gnu/packages/glib.scm (glib)[arguments]: In the 'check' phase, use
'for-each' instead to avoid assuming that 'disable' will return a true value.
Return #t from the 'pre-build' and 'check' phases.

gnu: icecat: Fix CVE-2018-{5146,5147}, etc.

Includes fixes for CVE-2018-5146 and CVE-2018-5147.

* gnu/packages/gnuzilla.scm (icecat)[source]: Add selected fixes from
the upstream mozilla-esr52 repository.

gnu: tk: Return #t from all phases.

* gnu/packages/tcl.scm (tk)[arguments]: Return #t from 'pre-configure' phase.

gnu: giflib: Return #t from all phases.

* gnu/packages/image.scm (giflib)[arguments]: Return #t from custom phases.

gnu: dbus: Detect failures in the install phase.

* gnu/packages/glib.scm (dbus)[arguments]: Use 'invoke' instead of 'system*'.

gnu: python: Return #t from all phases.

* gnu/packages/python.scm (python-3.6)[arguments]: Return #t from
the 'rebuild-bytecode' phase.

gnu: Switch from xineramaproto to xorgproto.

* gnu/packages/xorg.scm (xineramaproto)[properties]: Mark as superseded by
XORGPROTO.
(libxinerama)[propagated-inputs]: Replace XINERAMAPROTO with XORGPROTO.
(xorg-server)[propagated-inputs]: Remove XINERAMAPROTO.

gnu: Switch from xf86vidmodeproto to xorgproto.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86vidmodeproto)[properties]: Mark as superseded by
XORGPROTO.
(libxxf86vm)[propagated-inputs]: Replace XF86VIDMODEPROTO with XORGPROTO.
(xorg-server)[inputs]: Remove XF86VIDMODEPROTO.

gnu: Switch from xf86bigfontproto to xorgproto.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86bigfontproto)[properties]: Mark as superseded by
XORGPROTO.
(xorg-server)[inputs]: Remove XF86BIGFONTPROTO.

gnu: Switch from xf86dgaproto to xorgproto.

* gnu/packages/xorg.scm (libxxf86dga, xf86-video-glint, xf86-video-neomagic,
xf86-video-tga, xf86-video-trident, xf86-video-voodoo)[inputs]: Replace
XF86DGAPROTO with XORGPROTO.
(xf86driproto)[properties]: Mark as superseded by XORGPROTO.
(xf86-video-qxl, xf86-video-sis, xorg-server)[inputs]: Remove XF86DGAPROTO.

gnu: Switch from xf86driproto to xorgproto.

* gnu/packages/xorg.scm (xf86-video-mach64, xf86-video-mga, xf86-video-ati,
xf86-video-openchrome, xf86-video-r128, xf86-video-savage, xf86-video-sis,
xf86-video-tdfx)[inputs]: Replace XF86DRIPROTO with XORGPROTO.
(xf86driproto)[properties]: Mark as superseded by XORGPROTO.
(xorg-server)[inputs]: Remove XF86DRIPROTO.

gnu: Switch from scrnsaverproto to xorgproto.

* gnu/packages/enlightenment.scm (efl)[inputs]: Remove SCRNSAVERPROTO.
* gnu/packages/mate.scm (mate-control-center,
mate-screensaver)[native-inputs]: Remove SCRNSAVERPROTO.
* gnu/packages/xorg.scm (libxscrnsaver)[propagated-inputs]: Change from
SCRNSAVERPROTO to XORGPROTO.
(scrnsaverproto)[properties]: Mark as superseded by XORGPROTO.
(xorg-server)[propagated-inputs]: Remove SCRNSAVERPROTO.

gnu: Switch from recordproto to xorgproto.

* gnu/packages/xnee.scm (xnee)[inputs]: Remove RECORDPROTO.
* gnu/packages/xorg.scm (recordproto)[properties]: Mark as superseded by
XORGPROTO.
(libxtst)[propagated-inputs]: Replace RECORDPROTO with XORGPROTO.
[inputs]: Remove XORGPROTO.
* gnu/packages/xorg.scm (xorg-server)[inputs]: Remove RECORDPROTO.

gnu: Switch from resourceproto to xorgproto.

* gnu/packages/xorg.scm (libxres)[inputs]: Remove RESOURCEPROTO.
(resourceproto)[properties]: Mark as superseded by XORGPROTO.
(xorg-server)[propagated-inputs]: Remove RESOURCEPROTO.

gnu: Switch from renderproto to xorgproto.

* gnu/packages/mate.scm (mate-control-center,
mate-screensaver)[native-inputs]: Remove RENDERPROTO.
* gnu/packages/xorg.scm (renderproto)[properties]: Mark as superseded by XORGPROTO.
(libxrender)[propagated-inputs]: Replace RENDERPROTO with XORGPROTO.
[inputs]: Remove XORGPROTO.
* gnu/packages/xorg.scm (xorg-server)[inputs]: Remove RENDERPROTO.

gnu: Switch from presentproto to xorgproto.

* gnu/packages/gl.scm (mesa)[inputs]: Remove PRESENTPROTO.
* gnu/packages/xorg.scm (xorg-server)[inputs]: Likewise.
(presentproto)[properties]: Mark as superseded by XORGPROTO.

gnu: Switch from xcmiscproto to xorgproto.

* gnu/packages/xorg.scm (xcmiscproto)[properties]: Mark as superseded by
XORGPROTO.
(xorg-server)[inputs]: Remove XCMISCPROTO.

gnu: Switch from windowswmproto to xorgproto.

* gnu/packages/xorg.scm (libwindowswm)[inputs]: Remove WINDOWSWMPROTO.
(windowswmproto)[properties]: Mark as superseded by XORGPROTO.

gnu: Switch from videoproto to xorgproto.

* gnu/packages/xorg.scm (videoproto)[properties]: Mark as superseded by XORGPROTO.
(libxv)[propagated-inputs]: Replace VIDEOPROTO with XORGPROTO.
[inputs]: Remove XORGPROTO.
(xorg-server)[propagated-inputs]: Likewise.

gnu: Switch from dri3proto to xorgproto.

* gnu/packages/gl.scm (mesa)[inputs]: Remove DRI3PROTO.
* gnu/packages/xorg.scm (xorg-server)[propagated-inputs]: Likewise.
(dri3proto)[properties]: Mark as superseded by XORGPROTO.

gnu: Switch from dri2proto to xorgproto.

* gnu/packages/gl.scm (mesa)[inputs]: Remove DRI2PROTO.
* gnu/packages/video.scm (libvdpau)[inputs]: Replace DRI2PROTO with XORGPROTO.
* gnu/packages/xorg.scm (dri2proto)[properties]: Mark as superseded by XORGPROTO.
(xorg-server)[inputs]: Remove DRI2PROTO.