gnu: automake: Restore shebangs on files that end up in user tarballs.

* gnu/packages/autotools.scm (automake): Add `unpatch-shebangs' phase.

utils: Add `fold2'.

* gnu/packages.scm (fold2): Remove.
* guix/utils.scm (fold2): New procedure.  Generalization of the above to
  one and two lists.
* tests/utils.scm ("fold2, 1 list", "fold2, 2 lists"): New tests.

tests: Remove temporary directory created by nar.scm.

* tests/nar.scm ("write-file + restore-file with symlinks"): Add (rm-rf
  output).

store: Remove unneeded and conflicting import.

* guix/store.scm: Remove unneeded (ice-9 rdelim) import.  In Guile 2.0.9
  that module exports `read-string', which conflicts with that of (guix
  serialization).

package: Being at the empty profile is not an error.

* guix/scripts/package.scm (roll-back): Use `format', not `leave' when
  indicating "already at the empty profile".  Fixes a regression
  introduced in a2011be5dfaf2b94a1d0e3dfbcf4b512389b4711.  Reported by
  Nikita Karetnikov <nikita@karetnikov.org>.

Update `TODO'.

guix package: Add `--no-substitutes'.

* guix/scripts/package.scm (%default-options): Add `substitutes?'.
  (show-help, %options): Add and document `--no-substitutes'.
  (guix-package): Call `set-build-options' to honor `substitutes?'.

substitute-binary: Implement `--substitute'.

This allows build outputs to be transparently downloaded from
http://hydra.gnu.org, for example.

* config-daemon.ac: Check for `gzip', `bzip2', and `xz'.
* guix/config.scm.in (%gzip, %bzip2, %xz): New variable.
* guix/scripts/substitute-binary.scm (fetch): Return SIZE as a second value.
  (<narinfo>): Change `url' to `uri'.
  (make-narinfo): Rename to...
  (narinfo-maker): ... this.  Handle relative URLs.
  (fetch-narinfo): Adjust accordingly.
  (filtered-port, decompressed-port): New procedures.
  (guix-substitute-binary): Implement the `--substitute' case.
* tests/store.scm ("substitute query"): Use (%store-prefix) instead
  of (getenv "NIX_STORE_DIR").
  ("substitute"): New test.

substitute-binary: Correctly handle missing narinfos in `--query' mode.

* guix/scripts/substitute-binary.scm (guix-substitute-binary)["--query"]("have",
  "info"): Filter SUBSTITUTABLE through `narinfo?'.

nar: Add support for symlinks.

* guix/nar.scm (write-file): Add case for type `symlink'.
  (restore-file): Likewise.
* tests/nar.scm (random-file-size, make-file-tree, delete-file-tree,
  with-file-tree, file-tree-equal?, make-random-bytevector,
  populate-file): New procedures.
  (%test-dir): New variable.
  ("write-file + restore-file"): Use `%test-dir' and `file-tree-equal?'.
  ("write-file + restore-file with symlinks"): New test.

ui: Add a `warning' macro.

* guix/ui.scm (program-name, guix-warning-port): New variables.
  (warning): New macro.
  (guix-main): Parametrize PROGRAM-NAME.
* guix/scripts/build.scm, guix/scripts/download.scm,
  guix/scripts/gc.scm, guix/scripts/package.scm: Adjust to use `leave'
  and `warning' consistently.

nar: Implement restoration from Nar.

* guix/nar.scm (&nar-error, &nar-read-error): New condition types.
  (dump): New procedure.
  (write-contents)[dump]: Remove.  Use the one above instead.
  (read-contents, write-file, restore-file): New procedures.
  (%archive-version-1): New variable.

build: Pass the appropriate flags when building `libstore.a'.

* daemon.am (libstore_a_CFLAGS): Rename to...
  (libstore_a_CXXFLAGS): ... this.

gnu: shishi: Update to 1.0.2.

* gnu/packages/shishi.scm (shishi): Update to 1.0.2.
* gnu/packages/patches/shishi-gets-undeclared.patch: Remove it.
* Makefile.am (dist_patch_DATA): Adjust accordingly.

gnu: Python: fix the compilation of some modules from the standard library.

This commit enables the bz2, dbm, readline, ssl and zlib modules.

* gnu/packages/gdbm.scm: Enable the compatibility mode.
* gnu/packages/python.scm: Enable a few modules from the standard library.
* gnu/packages/patches/python-fix-dbm.patch: New file.
* Makefile.am: Add it.

Add (guix nar) and (guix serialization).

* guix/store.scm (write-int, read-int, write-long-long, read-long-long,
  write-padding, write-string, read-string, read-latin1-string,
  write-string-list, read-string-list, write-store-path,
  read-store-path, write-store-path-list, read-store-path-list): Move to
  serialization.scm.
  (write-contents, write-file): Move to nar.scm.
* guix/nar.scm, guix/serialization.scm: New files.
* Makefile.am (MODULES): Add them.

substitute-binary: Fix communication of several store paths to the daemon.

* guix/scripts/substitute-binary.scm (guix-substitute-binary)["--query"]:
  Emit blank lines only after the complete list of store paths has been
  returned.

Add preliminary binary substituter.

* guix/scripts/substitute-binary.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.
* nix/scripts/substitute-binary.in: New file.
* config-daemon.ac: Produce nix/scripts/substitute-binary.
* daemon.am (nodist_pkglibexec_SCRIPTS): Add
  nix/scripts/substitute-binary.
* guix/store.scm (substitutable-path-info): Use the
  `query-substitutable-path-infos' RPC.
* nix/nix-daemon/guix-daemon.cc (main): Honor `NIX_SUBSTITUTERS'.
* pre-inst-env.in: Set `NIX_SUBSTITUTERS'.
* test-env.in: Leave `NIX_SUBSTITUTERS' unchanged.  Set
  `GUIX_BINARY_SUBSTITUTE_URL, and create
  $NIX_STATE_DIR/substituter-data.
  Run `guix-daemon' within `./pre-inst-env'.
* tests/store.scm ("substitute query"): New test.

gnu: bigloo: Add dependencies on Avahi and libphidget.

* gnu/packages/scheme.scm (bigloo): Add Avahi and libphidget as inputs,
  and pkg-config as a native input.

gnu: Add libphidget.

* gnu/packages/libphidget.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.

store: Add `store-path-hash-part'.

* guix/store.scm (store-path-hash-part): New procedure.
* tests/store.scm ("store-path-hash-part", "store-path-hash-part #f"):
  New tests.

gnu-maintenance: Adjust `http-fetch' to the various Guile versions.

* guix/gnu-maintenance.scm (http-fetch): Try #:streaming? #t, or
  'http-get*', or 'http-get' as a last resort.  Check whether DATA is
  #f, a string, or an input port.

pull: Switch to the cgit URL.

* guix/scripts/pull.scm (%snapshot-url): Switch to the cgit URL, given
  that the Hydra one is not currently available.

gnu: perl-xml-parser: Fix URL.

* gnu/packages/xml.scm (perl-xml-parser): Fix URL.

snix: Adjust import to current Nixpkgs input attribute names.

* guix/snix.scm (snix-derivation->guix-package): Use the new names
  `nativeBuildInputs' and `propagatedNativeBuildInputs'.

gnu-maintenance: Improve 'official-gnu-packages'; add related procedures.

* guix/gnu-maintenance.scm (http-fetch): Return an input port.
  (<gnu-package-descriptor>): Add it.
  (official-gnu-packages): Use <gnu-package-descriptor>.
  (find-packages): Add it.
  (gnu-package?): Adjust accordingly.

Add (guix build-system cmake).

* guix/build/cmake-build-system.scm, guix/build-system/cmake.scm: New files.
* Makefile.am (MODULES): Add them.

build: Set `%fresh-auto-compile' in `hydra.scm'.

* hydra.scm: Set `%fresh-auto-compile' to #t.

gnu: make-bootstrap: Import (gnu packages gcc).

* gnu/packages/make-bootstrap.scm: Import (gnu packages gcc).

download: Remove unreliable GNU mirror.

* guix/download.scm (%mirrors)[gnu]: Remove ftp.chg.ru.

gnu: Add libelf.

* gnu/packages/gcc.scm (libelf): New variable.

gnu: Add ISL and CLooG.

* gnu/packages/gcc.scm (%gcc-infrastructure, isl, cloog): New variables.

gnu: Move GCC to its own module.

* gnu/packages/base.scm (gcc-4.7): Move to...
* gnu/packages/gcc.scm: ... here.  New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.

glib: Patch around prlimit(2) failure.

* gnu/packages/glib.scm (glib)[source]: Switch to mirror://gnome.
  [inputs]: Add `patch/tests-prlimit'.
  [arguments]: Add it.
* gnu/packages/patches/glib-tests-prlimit.patch: New file.
* Makefile.am (dist_patch_DATA): Add it.

build: `hydra.scm' changes %load-path to refer to itself.

* hydra.scm: Add `eval-when' clause.

Update `TODO'.

gnu: Add GNU cflow.

* gnu/packages/cflow.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.

gnu: Add GNU cppi.

* gnu/packages/cppi.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.

store: Really disable file name canonicalization for derivation inputs.

* guix/store.scm (write-contents)[call-with-binary-input-file]: Set
  %FILE-PORT-NAME-CANONICALIZATION to #f.
* gnu/packages.scm (search-patch, search-bootstrap-binary): Leave
  %FILE-PORT-NAME-CANONICALIZATION unchanged.  This reverts 9776ebb.

store: Use `sendfile' when available.

* guix/store.scm (write-contents)[call-with-binary-input-file]: New
  procedure.
  Use `sendfile' instead of `dump' when available.  Add `size'
  parameter.
  (write-file): Update caller.

gnu: Add cmake.

* gnu/packages/cmake.scm: New file.
* gnu/packages/patches/cmake-fix-tests.patch: New file.
* Makefile.am: Add them.

gnu: Disable file name canonicalization in `search-*'.

* gnu/packages.scm (search-patch, search-bootstrap-binary): Make sure no
  canonicalization occurs.  This reduces the number of 'stat' system
  calls.

gnu: Add lua.

* gnu/packages/lua.scm: New file.
* Makefile.am: add it.

gnu: libgcrypt: Upgrade to 1.5.1.

* gnu/packages/gnupg.scm (libgcrypt): Upgrade to 1.5.1.

Work around <bugs.gnu.org/13095> in build-aux/download.scm.

* build-aux/download.scm: Annihilate `shutdown' in (web client).
  Reported by Aljosha Papsch.

release.nix: Hack to unchroot more stuff.

* release.nix (unchrootedNixpkgs): New function.
  (jobs)[tarball, build, build_disable_daemon, distro): Use it.
  Should fix <http://hydra.gnu.org:3000/build/7279>.

release.nix: Adjust to current Nixpkgs.

* release.nix: s/buildNativeInputs/nativeBuildInputs/.

guix package: Report packages to be removed/installed.

* guix/scripts/package.scm (guix-package)[process-actions](show-what-to-remove/install):
  New procedure.
  Call it before `show-what-to-build'.

gnu: Add openconnect.

* gnu/packages/vpn.scm (openconnect): New variable.

derivations: Optimize `build-expression->derivation'.

This reduces the execution time of
"guix build -e '(@ (gnu packages emacs) emacs)' -d" by 6%, from
1.15s to 1.08s.

* guix/derivations.scm (build-expression->derivation): Write the builder
  as UTF-8.

derivations: Optimize `write-derivation'.

This reduces the execution time of
"guix build -e '(@ (gnu packages emacs) emacs)' -d" by 25%, from
1.54 s. to 1.15s.

* guix/derivations.scm (write-sequence, write-list, write-tuple): New
  procedures.
  (write-derivation)[list->string, write-list]: Remove.
  [write-string-list, write-output, write-input, write-env-var]: New helpers.
  Rewrite in terms of these new helpers.

guix package: Gracefully handle `official-gnu-packages' failure.

* guix/gnu-maintenance.scm (http-fetch): Error out when DATA is #f.
* guix/scripts/package.scm (check-package-freshness): Wrap
  `gnu-package?' call in `false-if-exception'.
  Reported by Cyril Roelandt <tipecaml@gmail.com>.

gnu: emacs: Update to 24.3.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs): Update to 24.3.  Use the .xz tarball.
* gnu/packages/patches/emacs-configure-sh.patch: Adjust.

gnu: texinfo: Update to 5.1.

* gnu/packages/texinfo.scm (texinfo): Update to 5.1.

ui: Gracefully report failures to connect to the daemon.

* guix/store.scm (&nix-connection-error): New condition type.
  (open-connection): Translate `system-error' during the `connect' call
  into `&nix-connection-error'.
* guix/ui.scm (call-with-error-handling): Add case for `nix-connection-error?'.
* guix/scripts/package.scm (guix-package): Move `open-connection' call
  within `with-error-handling'.
* guix/scripts/pull.scm (guix-pull): Likewise.
* guix/scripts/download.scm (guix-download): Move body within
  `with-error-handling'.

packages: Remove the default value for `license'.

* guix/packages.scm (<package>): Remove the default value for `license'.
* gnu/packages/bootstrap.scm (package-from-tarball,
  %bootstrap-glibc, %bootstrap-gcc): Initialize `license'.
* tests/packages.scm (dummy-package): Likewise.

Revert "utils: Add 'wrap-program'."

This reverts commit 02065130de33e990969fe9b7cc19b9b1c24f3ff7.

utils: Add 'wrap-program'.

* guix/build/utils.scm (wrap-program): New procedure.

gnu: Add GNU Fdisk.

* gnu/packages/fdisk.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.

gnu: Add w3m.

* gnu/packages/w3m.scm,
  gnu/packages/patches/w3m-fix-compile.patch: New files.
* Makefile.am (MODULES): Add 'w3m.scm'.
  (dist_patch_DATA): Add 'w3m-fix-compile.patch'.

licenses: Add 'x11-style'.

* guix/licenses.scm (x11-style): New variable.

gnu-maintenance: Clarify `releases'.

* guix/gnu-maintenance.scm (releases): Change to use `match' and
  `match-lambda'.  Add `release-file' auxiliary function.

gnu-maintenance: Fix `gnu-package?' for packages lacking a `source'.

* guix/gnu-maintenance.scm (gnu-package?): Support PACKAGE when its
  source is #f.

guix package: Recover from freshness check transient errors.

* guix/scripts/package.scm (check-package-freshness): Ignore
  `getaddrinfo-error' and `ftp-error' exceptions.

guix package: Inform about new upstream versions of GNU packages.

* guix/gnu-maintenance.scm (gnu-package?): New procedure.
* guix/scripts/package.scm (waiting): New macro.
  (check-package-freshness): New procedure.
  (guix-package)[process-actions]: Use it.
* doc/guix.texi (Invoking guix package): Mention the feature.

gnu: Add Avahi.

* gnu/packages/avahi.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.

gnu: Update GnuTLS to 3.1.9.1.

* gnu/packages/gnutls.scm (gnutls): Update to 3.1.9.1.

gnu: Add intltool.

* guix/download.scm (%mirrors): Add `gnome' mirrors.
* gnu/packages/glib.scm (intltool): New variable.

gnu: Add lsof.

* gnu/packages/lsof.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.

gnu: Add Perl XML::Parser.

* gnu/packages/xml.scm (perl-xml-parser): New variable.

Add (guix build-system perl).

* guix/build-system/perl.scm, guix/build/perl-build-system.scm: New files.
* Makefile.am (MODULES): Add them.
* guix/build-system/gnu.scm (standard-inputs): Make public.

download: Add CPAN mirrors.

* guix/download.scm (%mirrors)[cpan]: New URLs.

gnu: Add vpnc.

* gnu/packages/vpn.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.
* gnu/packages/patches/vpnc-script.patch: New file.
* Makefile.am (dist_patch_DATA): Add it.

release.nix: Reduce the number of dependencies.

* release.nix (tarball): Use a minimal Git.

gnu: Add libdaemon.

* gnu/packages/libdaemon.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.

release.nix: Unchroot recursively.

* release.nix (unchroot): Operate recursively on build inputs.

release.nix: Build outside of a chroot.

* release.nix (unchroot): New function.
  (jobs)[tarball, build, build_disable_daemon]: Use it.

ui: Factorize `read/eval-package-expression'.

* guix/scripts/package.scm (read/eval-package-expression): Move to...
* guix/ui.scm (read/eval-package-expression): ... here.
* guix/scripts/build.scm (derivations-from-package-expressions): Use it.

guix package: Add `--install-from-expression'.

* guix/scripts/package.scm (read/eval-package-expression): New
  procedure.
  (show-help): Add `-e'.
  (%options): Likewise.
  (guix-package)[process-actions]: Handle ('install . p) pairs, where P
  is a package.
* tests/guix-package.sh: Add `boot_make_drv'.  Use `-i $boot_make_drv'
  once, and then use `-e $boot_make'.
* doc/guix.texi (Invoking guix package): Document `-e'.

gnu: global: Update to 6.2.8.

* gnu/packages/global.scm (global): Update to 6.2.8.

guix gc: Add `--references' and `--referrers'.

* guix/scripts/gc.scm (show-help): Update.
  (%options): Add `--references' and `--referrers'.
  (guix-gc)[symlink-target, store-directory]: New procedures.
  Handle the `list-references' and `list-referrers' actions.
* tests/guix-gc.sh: Add tests for `--references'.
* doc/guix.texi (Invoking guix gc): Document `--references' and
  `--referrers'.

store: Add queries for references & co.

* guix/store.scm (operation-id)[query-valid-derivers]: New value.
  (references, referrers, valid-derivers, query-derivation-outputs): New
  procedures.
* tests/store.scm ("references", "derivers"): New tests.

download: Add X.org mirrors.

* guix/download.scm (%mirrors): Add `xorg'.

gnu: screen: Use GNU mirror.

* gnu/packages/screen.scm (screen): Use GNU mirror.

gnu: Update libpng to 1.5.14.

* gnu/packages/libpng.scm (libpng): Switch to version 1.5.14.

pull: Distinguish "already up to date" from "updated".

* guix/ui.scm (show-what-to-build): Return (length req*).
* guix/scripts/pull.scm (guix-pull): Print an "already up to date"
  message when there's nothing to build.

pull: Build (guix build download) first, because of the (gnutls) autoload.

* guix/scripts/pull.scm (unpack): Build (guix build download) first, as
  done in 855a8ad71def2ebc594ed32c57bda0ca4e13d91c.
  Reported by Andreas Enge <andreas@enge.fr>.

guix: Make sure UPDATES-DIR is valid.

* scripts/guix.in: Make sure UPDATES-DIR is not #f.

Add "guix pull".

* guix/scripts/pull.scm: New file.
* Makefile.am (MODULES): Add it.
* doc/guix.texi (Invoking guix pull): New node.
  (Invoking guix package): Add cross-ref to it.
* guix/ui.scm (config-directory): New procedure.
* scripts/guix.in: When `GUIX_UNINSTALLED' is undefined, add
  $XDG_CONFIG_HOME/guix/latest to the search path.
* po/POTFILES.in: Add guix/scripts/pull.scm.

ui: Factorize `show-what-to-build'.

* guix/scripts/package.scm (guix-package)[show-what-to-build]: Move to..
* guix/ui.scm (show-what-to-build): ... here.  Add a `store'
  parameter'.  Adjust callers.
* guix/scripts/build.scm (guix-build): Use it.  Remove `req' and `req*'
  variables.

build: Adjust guix.texi to Texinfo 5.0.

* doc/guix.texi: Change @title and @subtitle syntax to please Texinfo 5.0.

ui: Add temporary file handling and atomic symlink switch.

* guix/scripts/download.scm (call-with-temporary-output-file): Move to
  ui.scm.
* guix/scripts/package.scm (switch-symlinks): Likewise.
* guix/ui.scm (call-with-temporary-output-file, switch-symlinks): New
  procedures.

download: Adjust to `http-get*' deprecation.

* guix/build/download.scm (http-fetch): Adjust to use #:streaming? when
  using Guile 2.0.8+.

derivations: Add a search path parameter for module derivations.

* guix/derivations.scm (imported-modules, compiled-modules): Add a
  `module-path' parameter.  Use it instead of %LOAD-PATH.

gnu: texinfo: Make Perl a propagated input.

* gnu/packages/texinfo.scm (texinfo): Make PERL a propagated input.

build: Add missing -I flag for the daemon.

* daemon.am (libstore_a_CPPFLAGS): Add missing -I, for schema.sql.hh.

daemon: Add `--listen'.

* nix/nix-daemon/guix-daemon.cc (GUIX_OPT_LISTEN): New macro.
  (options): Add `--listen'.
  (parse_opt): Handle it.
* doc/guix.texi (Invoking guix-daemon): Mention it.

Update from upstream Nix.

store: Add the `%daemon-socket-file' parameter.

* guix/store.scm (%daemon-socket-file): New variable.
  (open-connection): Use it as the default value for FILE.

Add Mark to `AUTHORS'.