gnu: blind: Update to 1.1.

* gnu/packages/suckless.scm (blind): Update to 1.1.

gnu: xbattmon: Update to 1.1.

* gnu/packages/suckless.scm (xbattmon): Update to 1.1.

gnu: ding: Update to 1.8.1.

* gnu/packages/dictionaries.scm (ding): Update to 1.8.1.

gnu: lsyncd: Update to 2.2.2.

* gnu/packages/sync.scm (lsyncd): Update to 2.2.2.

gnu: libzen: Update to 0.4.37.

* gnu/packages/cpp.scm (libzen): Update to 0.4.37.

gnu: iso-codes: Update to 3.77.

* gnu/packages/iso-codes.scm (iso-codes): Update to 3.77.
[license]: Use ‘license:’ #:prefix instead of #:select (gpl2+).

gnu: ghc-chell-quickcheck: Update to 0.2.5.1.

* gnu/packages/haskell.scm (ghc-chell-quickcheck)
(ghc-chell-quickcheck-bootstrap): Update to 0.2.5.1.

gnu: ghc-quickcheck-unicode: Update to 1.0.1.0.

* gnu/packages/haskell-check.scm (ghc-quickcheck-unicode): Update to
1.0.1.0.

gnu: python-ply, python2-ply: Update to 3.10.

* gnu/packages/python.scm (python-ply): Update to 3.10.

gnu: libsvm: Update to 3.22.

* gnu/packages/machine-learning.scm (libsvm): Update to 3.22.
[source]: Use upstream tarball instead of a git snapshot.

gnu: xterm: Download over HTTP by default.

* gnu/packages/xorg.scm (xterm)[source]: Add HTTP mirror URI.

gnu: utfcpp: Update to 2.3.5.

* gnu/packages/textutils.scm (utfcpp): Update to 2.3.5.
[source]: Download tarball from new location.
[build-system]: Switch to cmake-build-system.
[arguments]: Use it, with custom ‘install’ phase.
[native-inputs]: Remove unzip.

gnu: seqmagick: Use 'pypi-uri'.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (seqmagick)[source]: Use 'pypi-uri'.

gnu: mafft: Update to 7.313.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (mafft): Update to 7.313.
[source]: Use HTTPS URI.

gnu: syncthing: Update to 0.14.43.

* gnu/packages/syncthing.scm (syncthing): Update to v0.14.43.

gnu: Golang X text libraries: Update to 0.0.0-1.e19ae14.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-golang-org-x-text-transform,
go-golang-org-x-text-unicode-norm): Update to 0.0.0-1.e19ae14.

gnu: Golang X net libraries: Update to 0.0.0-1.d866cfc.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-golang-org-x-net-ipv4,
go-golang-org-x-net-bpf, go-golang-org-x-net-context,
go-golang-org-x-net-internal-iana, go-golang-org-x-net-ipv6,
go-golang-org-x-net-proxy): Update to 0.0.0-1.d866cfc.

gnu: Golang X crypto libraries: Update to 0.0.0-1.95a4943.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-golang-org-x-crypto-bcrypt,
go-golang-org-x-crypto-blowfish, go-golang-org-x-crypto-pbkdf2,
go-golang-org-x-crypto-tea, go-golang-org-x-crypto-salsa20,
go-golang-org-x-crypto-cast5, go-golang-org-x-crypto-twofish,
go-golang-org-x-crypto-xtea): Update to 0.0.0-1.95a4943.

gnu: go-github-com-xtaci-smux: Update to 1.0.6-0.c3e1824.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-xtaci-smux): Update to
1.0.6-0.c3e1824.

gnu: go-github-com-tjfoc-gmsm-sm4: Update to 0.0.0-1.98aa888.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-tjfoc-gmsm-sm4): Update to
0.0.0-1.98aa888.

gnu: go-github-com-thejerf-suture: Update to 2.0.1-0.87e298c.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-thejerf-suture): Update to
2.0.1-0.87e298c.

gnu: go-github-com-templexxx-xor: Update to 0.1.2.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-templexxx-xor): Update to 0.1.2.
[propagated-inputs]: Add go-github-com-templexxx-cpufeat.

gnu: go-github-com-templexxx-reedsolomon: Remove unused package.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-templexxx-reedsolomon):
Remove variable.

gnu: go-github-com-syndtr-goleveldb: Update to 0.0.0-2.34011bf.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-syndtr-goleveldb): Update to
0.0.0-2.34011bf.

gnu: go-github-com-sasha-s-go-deadlock: Update to 0.1.0-1.03d40e5.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-sasha-s-go-deadlock): Update
to 0.1.0-1.03d40e5.

gnu: go-github-com-rcrowley-go-metrics: Update to 0.0.0-1.e181e09.

* gnu/packages/syncthing.scm (define-public go-github-com-rcrowley-go-metrics):
Update to 0.0.0-1.e181e09.

gnu: go-github-com-pkg-errors: Update to 0.0.0-1.e881fd5.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-pkg-errors): Update to
0.0.0-1.e881fd5.

gnu: go-github-com-oschwald-maxminddb-golang: Update to 1.2.0-0.26fe5ac.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-oschwald-maxminddb-golang):
Update to 1.2.0-0.26fe5ac.

gnu: go-github-com-oschwald-geoip2-golang: Update to 1.1.0.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-oschwald-geoip2-golang):
Update to 1.1.0.

gnu: go-github-com-lib-pq: Update to 0.0.0-1.83612a5.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-lib-pq): Update to
0.0.0-1.83612a5.

gnu: go-github-com-kardianos-osext: Update to 0.0.0-1.ae77be6.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-kardianos-osext): Update to
0.0.0-1.ae77be6.

gnu: go-github-com-golang-groupcache-lru: Update to 0.0.0-1.84a468c.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-golang-groupcache-lru):
Update to 0.0.0-1.84a468c.

gnu: go-github-com-gogo-protobuf: Update to 0.5-1.35b81a0.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-gogo-protobuf): Update to
0.5-1.35b81a0.

gnu: go-github-com-chmduquesne-rollinghash-adler32: Update to 0.0.0-1.3dc7875.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-chmduquesne-rollinghash-adler32):
Update to 0.0.0-1.3dc7875.

gnu: go-golang-org-x-time-rate: Update to 0.0.0-1.6dc1736.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-golang-org-x-time-rate): Update to
0.0.0-1.6dc1736.

gnu: go-golang-org-x-sys-unix: Update to 0.0.0-1.8380141.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-golang-org-x-sys-unix): Update to
0.0.0-1.8380141.
[arguments]: Adjust the tests to the build environment.

gnu: kcp-go: Switch upstream source.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-audriusbutkevicius-kcp-go):
Replace with ...
(go-github-com-xtaci-kcp-go): ... new variable.

gnu: Add go-github-com-klauspost-reedsolomon.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-klauspost-reedsolomon): New
variable.

gnu: Add go-github-com-klauspost-cpuid.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-klauspost-cpuid): New variable.

gnu: go-github-com-minio-sha256-simd: Update to 0.0.0-1.ad98a36.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-minio-sha256-simd): Update
to 0.0.0-1.ad98a36.

gnu: go-github-com-zillode-notify: Update to  0.0.0-1.8fff849.

* gnu/packages/syncthing.scm (go-github-com-zillode-notify): Update to
0.0.0-1.8fff849.

gnu: xterm: Update to 331.

* gnu/packages/xorg.scm (xterm): Update to 331.
[arguments]: Remove now-default ‘--enable-256-color’ from #:configure-flags.
now enabled by default.

gnu: yoshimi: Update to 1.5.6.

* gnu/packages/music.scm (yoshimi): Update to 1.5.6.
[description]: Tweak slightly.

gnu: yoshimi: Find ncurses with pkg-config.

* gnu/packages/music.scm (yoshimi)[arguments]: Remove obsolete
‘find-ncurses’ phase.

gnu: yadifa: Update to 2.3.7.

* gnu/packages/dns.scm (yadifa): Update to 2.3.7.
[arguments]: Add ‘--disable-build-timestamp’ and ‘--enable-acl’ to, and
remove ‘--enable-messages’ from #:configure-flags.

gnu: perl-module-pluggable: Fix perms on patch.

* gnu/packages/patches/perl-module-pluggable-search.patch: Remove executable
bit.

publish: Remove "Guix-Nar-Compression" header from responses.

This was harmless but non-compliant and unnecessary.

* guix/scripts/publish.scm <top level>: Rename "Guix-Nar-Compression" to
"X-Nar-Compression" as should have always been.
(render-nar, nar-response-port): Adjust accordingly.
(strip-headers): New procedure.
(sans-content-length, with-content-length): Use it.

system: Extend .gdbinit to authorize extensions from /gnu/store/*/lib.

* gnu/system/shadow.scm (default-skeletons)["gdbinit"]: Add 'auto-load
safe-path' statement.

gnu: libb2: Only check for CPU optimisations on Intel architectures.

* gnu/packages/crypto.scm (libb2)[arguments]: Only pass the
configure-flag '--enable-fat' on i686 or x86_64.

gnu: iucode-tool: Limit to Intel compatible architectures.

* gnu/packages/linux.scm (iucode-tool)[supported-systems]: New field.

gnu: notmuch: Update to 0.26.

* gnu/packages/mail.scm (notmuch): Update to 0.26.

tests: marionette-operating-system: Add initrd parameter and kernel-arguments.

* gnu/tests.scm (marionette-operating-system): Use initrd parameter "on-error"
and kernel-arguments "panic".

system: Export operating-system-user-kernel-arguments.

* gnu/system.scm (operating-system-user-kernel-arguments): Export it.

gnu: behave: Enable tests.

* gnu/packages/check.scm (behave)[native-inputs]: Add python-mock, python-nose
and python-pyhamcrest.
[arguments]: Remove #:tests?.  Add #:test-target.

gnu: gnucash: Update to 2.6.19.

* gnu/packages/gnucash.scm (gnucash, gnucash-docs): Update to 2.6.19.

gnu: tor: Update to 3.2.9.

* gnu/packages/tor.scm (tor): Update to 0.3.2.9.

gnu: geierlein: Use HTTPS for home page.

* gnu/packages/finance.scm (geierlein)[home-page]: Use HTTPS.

gnu: geierlein: Update to 0.9.13.

* gnu/packages/finance.scm (geierlein): Update to 0.9.13.

gnu: libsrtp: Mark up description.

* gnu/packages/telephony.scm (libsrtp)[description]: Use @dfn.

gnu: libsrtp: Update to 1.6.0.

* gnu/packages/telephony.scm (libsrtp): Update to 1.6.0.  Re-indent.

gnu: seqmagick: Update to 0.7.0.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (seqmagick): Update to 0.7.0.  Use
python-3.
[arguments]: Remove replacement phase for check.
[inputs]: Add biopython.  Remove python2-biopython-1.66.
(python2-biopython-1.66): Remove variable.

gnu: ledger: Fix test failures.

* gnu/packages/patches/ledger-revert-boost-python-fix.patch,
gnu/packages/patches/ledger-fix-uninitialized.patch: New patches.
* gnu/local.mk (dist_patch_DATA): Add them.
* gnu/packages/finance.scm (ledger)[source]: Use them.

gnu: emacs-auctex: Update to 12.1.0.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-auctex): Update to 12.1.0.

gnu: Electrum: Update to 3.0.5 [security fixes].

This fixes a critical security issue:

<https://github.com/spesmilo/electrum/issues/3374>

* gnu/packages/finance.scm (electrum): Update to 3.0.5.

gnu: kurly: Install some documentation.

* gnu/packages/curl.scm (kurly)[arguments]: Install the README in an
'install-readme' phase and don't install the source code.

gnu: feh: Update to 2.23.

* gnu/packages/image-viewers.scm (feh): Update to 2.23.

gnu: xscreensaver: Update to 5.38.

* gnu/packages/xdisorg.scm (xscreensaver): Update to 5.38.

gnu: samba: Update to 4.7.4.

* gnu/packages/samba.scm (samba): Update to 4.7.4.

gnu: whois: Update to 5.2.20.

* gnu/packages/networking.scm (whois): Update to 5.2.20.

gnu: jsoncpp: Update to 1.8.4.

* gnu/packages/serialization.scm (jsoncpp): Update to 1.8.4.

linux-boot: Add #:on-error for initrd error handling.

Suggested by Danny Milosavljevic <dannym@scratchpost.org>
in <https://bugs.gnu.org/29922>.

* gnu/build/linux-boot.scm (boot-system): Add #:on-error parameter and
pass it to 'call-with-error-handling'.
* gnu/system/linux-initrd.scm (raw-initrd): Add #:on-error and pass it.
(base-initrd): Likewise.

gnu: Add vboot-utils.

* gnu/packages/bootloaders.scm (vboot-utils): New public variable.

gnu: Add iucode-tool.

* gnu/packages/linux.scm (iucode-tool): New public variable.

gnu: Add rename.

* gnu/packages/admin.scm (rename): New public variable.

gnu: lame: Remove obsolete workaround.

* gnu/packages/mp3.scm (lame)[native-inputs]: Remove.

gnu: openvswitch: Update to 2.8.1.

* gnu/packages/networking.scm (openvswitch): Update to 2.8.1.

gnu: guile-wiredtiger: Update to 0.6.3.

* gnu/package/databases.scm (guile-wiredtiger): Update to 0.6.3.
[arguments]: Enable tests; disable parallel tests; remove
'remove-bundled-dependencies' phase.
[synopsis, description]: Improve them.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kkebreau@posteo.net>

gnu: Add emacs-bongo.

* gnu/packages/emacs.scm (emacs-bongo): New variable.

gnu: snakemake: Update to 4.4.0.

* gnu/packages/python.scm (snakemake): Update to 4.4.0.

gnu: elixir: Update to 1.5.3.

* gnu/packages/elixir.scm (elixir): Update to 1.5.3.

gnu: services: Add darkstat service.

* gnu/services/monitoring.scm: New file.
* gnu/local.mk (GNU_SYSTEM_MODULES): Add it.
* doc/guix.texi (Monitoring Services): Document it.

gnu: Add darkstat.

* gnu/packages/monitoring.scm (darkstat): New variable.

import: crate: Gracefully deal with missing license info.

Reported by Fis Trivial <ybbs.daans@hotmail.com>.
Fixes <https://bugs.gnu.org/28987>.

* guix/import/crate.scm (crate-fetch): Check whether the "license" info
is present.

services: guix: Add 'log-compression' option.

* gnu/services/base.scm (<guix-configuration>)[log-compression]: New
field.
(guix-shepherd-service): Use 'match-record' instead of 'match'.  Honor
'log-compression'.
* doc/guix.texi (Base Services): Document 'log-compression'.

gnu: Add html-xml-utils.

* gnu/packages/xml.scm (html-xml-utils): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add rtags.

* gnu/packages/code.scm (rtags): New public variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: guix: Update snapshot to c04ffad.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to c04ffad.

gnu: youtube-dl: Update to 2018.01.07.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2018.01.07.

gnu: nano: Update to 2.9.2.

* gnu/packages/nano.scm (nano): Update to 2.9.2.

gnu: borg: Unbundle libb2.

* gnu/packages/backup.scm (borg)[source]: Remove bundled libb2 in snippet.
[inputs]: Add libb2.
[arguments]: Use it.

gnu: Add libb2.

* gnu/packages/crypto.scm (libb2): New public variable.

gnu: Add missing copyright line.

* gnu/packages/check.scm: Add copyright line for 18a4d6d.

gnu: Add python-pyhamcrest.

* gnu/packages/check.scm (python-pyhamcrest, python2-pyhamcrest): New
variables.

Signed-off-by: Kei Kebreau <kkebreau@posteo.net>

publish: Publish build logs.

* guix/scripts/publish.scm (render-log-file): New procedure.
(make-request-handler): Add "log" case.
* tests/publish.scm ("/log/NAME")
("/log/NAME not found"): New tests.
* doc/guix.texi (Invoking guix publish): Document /log URLs.

publish: Use 'x-raw-file' internal response header.

This adjusts the workaround for <http://bugs.gnu.org/21093> so that it's
not limited to a single content-type.

* guix/scripts/publish.scm (render-nar/cached): Add the 'x-raw-file'
header on the response.
(render-content-addressed-file): Likewise.
(with-content-length): Remove the 'x-raw-file' header.
(http-write): Instead of dispatching on 'application/octet-stream',
check whether 'x-raw-file' is set to determine whether to spawn a
thread.

doc: Mark zlib as mandatory, libbz2 as optional.

* doc/guix.texi (Requirements): Move zlib to mandatory and libbz2 to
optional.
* README: Ditto.

daemon: Make libbz2 an optional dependency.

* config-daemon.ac: Don't bail out when libbz2 is missing.  Define
'HAVE_LIBBZ2' Automake conditional.
* nix/libstore/build.cc: Wrap relevant bits in '#if HAVE_BZLIB_H'.
* nix/libstore/globals.cc (Settings::Settings): 'logCompression'
defaults to COMPRESSION_GZIP when HAVE_BZLIB_H is false.
* nix/libstore/globals.hh (CompressionType): Make 'COMPRESSION_BZIP2'
conditional on HAVE_BZLIB_H.
* nix/local.mk (guix_register_LDADD, guix_daemon_LDADD): Add -lbz2 only
when HAVE_LIBBZ2.
* nix/nix-daemon/guix-daemon.cc (parse_opt): Ignore "bzip2" when not
HAVE_BZLIB_H.

daemon: Add gzip log compression.

* nix/nix-daemon/guix-daemon.cc (GUIX_OPT_LOG_COMPRESSION): New macro.
(options): Mark "disable-log-compression" as hidden and add
"log-compression".
(parse_opt): Handle GUIX_OPT_LOG_COMPRESSION.
* nix/libstore/build.cc (DerivationGoal): Add 'gzLogFile'.
(openLogFile): Initialize it when 'logCompression' is COMPRESSION_GZIP.
(closeLogFile, handleChildOutput): Honor 'gzLogFile'.
* nix/libstore/globals.hh (Settings)[compressLog]: Remove.
[logCompression]: New field.
(CompressionType): New enum.
* nix/libstore/globals.cc (Settings::Settings): Initialize it.
(update): Remove '_get' call for 'compressLog'.
* nix/local.mk (guix_daemon_LDADD, guix_register_LDADD): Add -lz.
* guix/store.scm (log-file): Handle '.gz' log files.
* tests/guix-daemon.sh: Add test with '--log-compression=gzip'.
* doc/guix.texi (Invoking guix-daemon): Adjust accordingly.
* config-daemon.ac: Check for libz and zlib.h.

ssh: Improve error reporting when retrieving files.

'guix copy --from' now reports messages much more useful than "failed to
retrieve files".

* guix/ssh.scm (store-export-channel)[export]: Wrap 'use-modules' in
'catch' and 'with-store' in 'guard'.  Check for invalid items.  Write a
status sexp on stdout.
(raise-error): New macro.
(retrieve-files): Read the initial status sexp and report errors
accordingly.

ui: Display hints that come along with '&message' conditions.

* guix/ui.scm (call-with-error-handling): Add case for message and
fix-hint?.