gnu: r-fit-models: Update to 0.63.

* gnu/packages/statistics.scm (r-fit-models): Update to 0.63.

gnu: r-glmnet: Update to 4.0-2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-glmnet): Update to 4.0-2.
[propagated-inputs]: Add r-survival.

gnu: r-rmarkdown: Update to 2.3.

* gnu/packages/statistics.scm (r-rmarkdown): Update to 2.3.

gnu: r-backports: Update to 1.1.8.

* gnu/packages/statistics.scm (r-backports): Update to 1.1.8.

gnu: r-ggplot2: Update to 3.3.2.

* gnu/packages/statistics.scm (r-ggplot2): Update to 3.3.2.

gnu: r-isoband: Update to 0.2.2.

* gnu/packages/cran.scm (r-isoband): Update to 0.2.2.
[propagated-inputs]: Remove r-rcpp.

gnu: r-zvcv: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-zvcv): Update to 2.1.0.
[propagated-inputs]: Remove r-partitions; add r-bh, r-dplyr, r-magrittr, and r-rlinsolve.

gnu: r-umap: Update to 0.2.6.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-umap): Update to 0.2.6.0.

gnu: r-ldheatmap: Update to 0.99-8.

* gnu/packages/cran.scm (r-ldheatmap): Update to 0.99-8.

gnu: r-nonnest2: Update to 0.5-4.

* gnu/packages/cran.scm (r-nonnest2): Update to 0.5-4.

gnu: r-rcppgsl: Update to 0.3.8.

* gnu/packages/cran.scm (r-rcppgsl): Update to 0.3.8.
[native-inputs]: Remove r-knitr.

gnu: r-ggeffects: Update to 0.15.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-ggeffects): Update to 0.15.0.

gnu: r-bayestestr: Update to 0.7.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-bayestestr): Update to 0.7.0.

gnu: r-rstatix: Update to 0.6.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-rstatix): Update to 0.6.0.
[propagated-inputs]: Add r-generics.

gnu: r-radiant-data: Update to 1.3.9.

* gnu/packages/cran.scm (r-radiant-data): Update to 1.3.9.

gnu: r-tinytex: Update to 0.24.

* gnu/packages/cran.scm (r-tinytex): Update to 0.24.

gnu: r-xfun: Update to 0.15.

* gnu/packages/cran.scm (r-xfun): Update to 0.15.

gnu: r-calibrate: Update to 1.7.7.

* gnu/packages/cran.scm (r-calibrate): Update to 1.7.7.

gnu: r-htmltable: Update to 2.0.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-htmltable): Update to 2.0.0.
[native-inputs]: Add r-knitr.

gnu: r-htmltools: Update to 0.5.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-htmltools): Update to 0.5.0.
[propagated-inputs]: Remove r-rcpp; add r-base64enc.

gnu: r-v8: Update to 3.2.0.

* gnu/packages/cran.scm (r-v8): Update to 3.2.0.

gnu: r-hdf5array: Update to 1.16.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-hdf5array): Update to 1.16.1.

gnu: r-rhdf5: Update to 2.32.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rhdf5): Update to 2.32.1.

gnu: r-biomart: Update to 2.44.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-biomart): Update to 2.44.1.

gnu: r-genomeinfodb: Update to 1.24.2.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomeinfodb): Update to 1.24.2.

gnu: r-gdsfmt: Update to 1.24.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-gdsfmt): Update to 1.24.1.

gnu: r-cicero: Update to 1.6.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-cicero): Update to 1.6.1.
[propagated-inputs]: Add r-stringi.

gnu: r-cytoml: Update to 2.0.5.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-cytoml): Update to 2.0.5.
[propagated-inputs]: Add r-xml2.

gnu: r-wiggleplotr: Update to 1.12.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-wiggleplotr): Update to 1.12.1.

gnu: r-regioner: Update to 1.20.1.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-regioner): Update to 1.20.1.

gnu: Add r-rlinsolve.

* gnu/packages/cran.scm (r-rlinsolve): New variable.

gnu: cuirass: Update to 0.0.1-33-61cc56f6.

* gnu/packages/ci.scm (cuirass): Update to 0.0.1-33-61cc56f6.

gnu: xl2tpd: Fix typo.

* gnu/packages/vpn.scm (xl2tpd)[arguments]: Turn "-DPPD" into "-DPPPD".

gnu: express: Update to 1.5.3.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (express): Update to 1.5.3.
[source]: Fetch from Github.
[arguments]: Add phase "remove-update-check".

gnu: youtube-dl: Update to 2020.06.16.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl): Update to 2020.06.16.

gnu: vmpk: Update home page.

gnu/packages/music.scm (vmpk)[home-page]: Update TLD and use HTTPS.

gnu: bison-3.6: Don't change the name of the package.

This is a follow-up to commit 512d23c65d82bb874ca1fb3c12095b1cec8bbfca.

* gnu/packages/bison (bison-3.6)[name]: Remove the overridden value.

gnu: linux-libre@4.14: Update to 4.14.185.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.14-version): Update to 4.14.185.
(linux-libre-4.14-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.9: Update to 4.9.228.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.9-version): Update to 4.9.228.
(linux-libre-4.9-pristine-source): Update hash.

gnu: linux-libre@4.4: Update to 4.4.228.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-4.4-version): Update to 4.4.228.
(linux-libre-4.4-pristine-source): Update hash.

gnu: Add r-boruta.

* gnu/packages/statistics.scm (r-boruta): New variable.

Signed-off-by: Leo Famulari <leo@famulari.name>

gnu: xmoto: Update to 0.6.1.

* gnu/packages/games.scm (xmoto): Update to 0.6.1.
[arguments]: Remove phase installing man pages, now properly handled by the
installation script.

gnu: emacs-relint: Update to 1.18.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-relint): Update to 1.18.

gnu: guile: Add 3.0.3.

* gnu/packages/guile.scm (guile-3.0.3): New variable.

gnu: Add seahorse-adventures.

* gnu/packages/games.scm (seahorse-adventures): New variable.

gnu: Add font-mplus-testflight.

* gnu/packages/fonts.scm (font-mplus-testflight): New variable.

gnu: k3b: Update to 20.04.2.

* gnu/packages/kde-multimedia.scm (k3b): Update to 20.04.2.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: k3b: Note the runtime dependency on udisks-service.

* gnu/packages/kde-multimedia.scm (k3b)[description]: Note that udisks-service
should be enabled.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: k3b: Add inputs for libraries loaded at runtime.

Patch the source to load these from absolute paths. Actual loading is done by
the Qt library, so we cannot use k3b’s runpath.

* gnu/packages/kde-multimedia.scm (k3b)[inputs]: Add libcdio-paranoia and
libdvdcss.
[arguments]<#:phases>[set-absolute-library-paths]: New phase.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: k3b: Add inputs for external programs.

* gnu/packages/kde-multimedia.scm (k3b)[inputs]: Add cdrdao, dvd+rw-tools,
libburn and sox.
[arguments]<#:phases>[wrap-path]: New phase to wrap the binary with paths to
the above.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add cdrdao.

* gnu/packages/cdrom.scm (cdrdao): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

channels: 'authenticate-channel' doesn't check relation with intro commit.

Fixes <https://bugs.gnu.org/41908>.
Reported by Jan Nieuwenhuizen <janneke@gnu.org>.

The relation check imposed an extra restriction that was unnecessary:
it's enough to authenticate the set difference between the closure of
START-COMMIT and that of END-COMMIT.  Any attempt to jump to an
unrelated commit would lead to the authentication failure of one commit
on the way.

* guix/channels.scm (authenticate-channel): Remove extra
'commit-relation' check when (null? commits).

git-authenticate: Ignore authenticated commit cache when it's not #o600.

* guix/git-authenticate.scm (previously-authenticated-commits): Stat
PORT; return the empty list if it's no #o600 and change it to #o600.

gnu: add convmv.

* gnu/packages/convmv.scm: New file.
* gnu/local.mk: Add it to build.

Signed-off-by: Julien Lepiller <julien@lepiller.eu>

gnu: Add font-fontna-yasashisa-antique.

gnu/packages/fonts.scm (font-fontna-yasashisa-antique): New variable.

services: childhurd: Support more than one instance.

* gnu/services/virtualization.scm (<hurd-vm-configuration>)[options]: Remove
"--hda" option.
[id,net-options]: New fields.
(hurd-vm-net-options): New procedure.  Parameterize port forwarding with ID.
* gnu/services/virtualization.scm (hurd-vm-shepherd-service): Use them.
Parameterize provision with ID, if set.  Hardcode "--hda" option for image.
* doc/guix.texi (Virtualization Services): Document new fields.  Update for
hardcoding of "--hda".

gnu: Add poke.

* gnu/packages/engineering.scm (poke): New variable.
* gnu/packages/bison.scm (bison-3.6): New variable.

Signed-off-by: Mathieu Othacehe <othacehe@gnu.org>

gnu: git-annex: Update to 8.20200617.

* gnu/packages/haskell-apps.scm (git-annex): Update to 8.20200617.

Signed-off-by: Efraim Flashner <efraim@flashner.co.il>

gnu: emacs-hy-mode: Update to 1.0.4.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-hy-mode): Update to 1.0.4.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

system: Add 'sg' and 'newgrp' to %SETUID-PROGRAMS.

* gnu/system.scm (%setuid-programs): Add 'sg' and 'newgrp'.

Signed-off-by: 宋文武 <iyzsong@member.fsf.org>

gnu: xmoto: Unbundle ODE and libccd.

* gnu/packages/games.scm (xmoto): Unbundle ODE and libccd.
[inputs]: Add ode.

gnu: xmoto: Update to 0.6.0-0-f7ca787.

* gnu/packages/games.scm (xmoto): Update to 0.6.0-0-f7ca787.
[source]: Remove patches.
[arguments]: Remove make-flags keyword.
* gnu/packages/patches/xmoto-remove-glext.patch:
* gnu/packages/patches/xmoto-reproducible.patch:
* gnu/packages/patches/xmoto-utf8.patch: Delete files.
* gnu/local.mk: Register previous deletions.

gnu: emacs-hyperbole: Use inputs instead of propagated inputs.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-hyperbole)[arguments]: Replace domainname
with dnsdomainname, not hostname.
[propagated-inputs]: move to...
[inputs]: ...this.

gnu: emacs-magit: Update to 0746bf1b.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-magit): Update to 0746bf1b.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-hyperbole: Update to 7.0.6.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-hyperbole): Update to 7.0.6.
[source]: Use GNU ELPA URL.  Remove some patches.
[arguments]: Add phase.
* gnu/packages/patches/emacs-hyperbole-do-not-check-dir.patch: Delete file.
* gnu/packages/patches/emacs-hyperbole-domainname.patch: Delete file.
* gnu/local.mk: Register sole patch.

gnu: gnutls: Pass #:tests? unconditionally.

* gnu/packages/tls.scm (gnutls)[arguments]: Add #:tests? unconditionally.

gnu: gnutls: Leave #:disallowed-references empty for GNU/Hurd.

Partly fixes <https://bugs.gnu.org/41775>.

This is a followup to a9bcc6474667d6699500f03d69f9c8212a50d711.

* gnu/packages/tls.scm (gnutls)[arguments]: Let #:disallowed-references
empty when 'hurd-target?' returns true.

build-system/gnu: Cross builds properly handle #:allowed-references & co.

Fixes <https://bugs.gnu.org/41775>.

* guix/build-system/gnu.scm (gnu-cross-build)[canonicalize-reference]:
Pass TARGET and SYSTEM to 'package-cross-derivation'.

gnu: Mutt: Update to 1.14.4.

* gnu/packages/mail.scm (mutt): Update to 1.14.4.

gnu: Add emacs-hyperbole.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-hyperbole): Add at 7.0.3

Signed-off-by: Jakub Kądziołka <kuba@kadziolka.net>

gnu: Add hashcash.

* gnu/packages/networking.scm (hashcash): New variable.

news: Add 'fr' translation.

* etc/news.scm: Add French translation.

tests: Skip tests that requires gpg when gpg is unavailable.

Partly fixes <https://bugs.gnu.org/41932>.
Reported by Simen Endsjø <simendsjo@gmail.com>.

* tests/git-authenticate.scm ("signed commits, SHA1 signature"): Use
'gpg+git-available?' in skip guard.

tests: Actually run 'tests/guix-environment-container.sh'.

This test was skipped since the switch to Guile 3 because
'assert-container-features' would be inlined and thus accessing it with
@@ would fail with an unbound-variable error.

* guix/scripts/environment.scm (assert-container-features): Export.
* tests/guix-environment-container.sh: Use single '@'.

doc: Make issues.guix.gnu.org more visible.

* doc/contributing.texi (Tracking Bugs and Patches): Make
issues.guix.gnu.org more visible, update issue URL.

gnu: hydrogen: Update to 1.0.0-rc1.

* gnu/packages/music.scm (hydrogen): Update to 1.0.0-rc1.

gnu: guile-config: Update to 0.4.2.

* gnu/packages/guile-xyz.scm (guile-config): Update to 0.4.2.

gnu: diffoscope: Update to 148.

* gnu/packages/diffoscope (diffoscope): Update to 148.
  [arguments] Remove add-known-tools phase, fixed upstream.

gnu: sudo: Update to 1.9.1.

* gnu/packages/admin.scm (sudo): Update to 1.9.1.

hurd-boot: Use 'setxattr' instead of invoking settrans.

Note: Using `getxattr' on the Hurd instead of running showtrans does not
work (yet?).

* gnu/build/hurd-boot.scm (setup-translator): Use 'setxattr' instead of
invoking settrans.
* gnu/system.scm (hurd-multiboot-modules): Add --x-xattr-translator-records to
enable xattr-embedding of translators.

hurd-boot: Create individual translators instead of running MAKEDEV.

* gnu/build/hurd-boot.scm (make-hurd-device-nodes): Do not create
dev/{null,zero,full,random,urandom} mount points.
(passive-translator-xattr?, passive-translator-installed?, translated?,
set-translator, set-hurd-device-translators): New procedures.
(false-if-EEXIST): New macro.
(boot-hurd-system): Use them instead of running MAKEDEV.

news: Add ‘de’ translation.

* etc/news.scm: Add a ‘de’ translation.

uuid: Prevent a loop on invalid arguments.

* gnu/system/uuid.scm (uuid=?): Use type predicates in the fallback case to
prevent looping on invalid arguments.

machine: ssh: Fix guix deploy hang when using non-DCE UUIDs.

Fixes <https://issues.guix.gnu.org/issue/41237>.

The UUID type information was lost when passing to the lower gexp code strata,
which led to not being able to recreate the UUID in the generated script.
This occurred for non-DCE type UUIDs such as that of a FAT file system.

A following commit will prevent the find-partition-by-uuid procedure from
entering a loop when its UUID argument is invalid.

Reported-by: Brice Waegeneire <brice@waegenei.re>
* gnu/machine/ssh.scm (machine-check-file-system-availability): Replace the
STRING->UUID procedure by the UUID macro, and provide the UUID type as its
second argument.

gnu: oil: Update to 0.8.pre6.

* gnu/packages/shells.scm (oil): Update to 0.8.pre6.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Add Iosevka quasi-proportioal fonts.

* gnu/packages/fonts.scm (font-iosevka-aile, font-iosevka-etoile,
font-iosevka-sparkle): New variables.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: Update Iosevka fonts from 2.3.3 to 3.1.1.

* gnu/packages/fonts.scm (font-iosevka):
(font-iosevka-slab):
(font-iosevka-term):
(font-iosevka-term-slab): Update to 3.1.1.

Signed-off-by: Nicolas Goaziou <mail@nicolasgoaziou.fr>

gnu: emacs-leaf: Update to 4.2.5.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-leaf): Update to 4.2.5.
[source]: Switch to GNU ELPA URL.

gnu: linux-libre@5.7: Update to 5.7.4.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre-5.7-version): Update to 5.7.4.
(linux-libre-5.7-pristine-source): Update hash.

gnu: Add multimon-ng.

* gnu/packages/radio.scm (multimon-ng): New variable.

gnu: Add unicorn.

* gnu/packages/emulators.scm (unicorn): New variable.

gnu: Add cluffer.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-cluffer, sbcl-cluffer): New variables.

gnu: Add sbcl-cluffer-simple-buffer.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cluffer-simple-buffer): New variable.

gnu: Add sbcl-cluffer-simple-line.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cluffer-simple-line): New variable.

gnu: Add sbcl-cluffer-standard-buffer.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cluffer-standard-buffer): New variable.

gnu: Add sbcl-cluffer-standard-line.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cluffer-standard-line): New variable.

gnu: Add sbcl-cluffer-base.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-cluffer-base): New variable.

gnu: Add clump.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (cl-clump, sbcl-clump): New variables.

gnu: Add sbcl-clump-binary-tree.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-clump-binary-tree): New variable.

gnu: Add sbcl-clump-2-3-tree.

* gnu/packages/lisp-xyz.scm (sbcl-clump-2-3-tree): New variable.