gnu: Add rust-libnghttp2-sys.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-libnghttp2-sys): New variable.

gnu: Add rust-lock-api.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-lock-api): New variable.

gnu: Add rust-itoa-0.1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-itoa-0.1): New variable.

gnu: Add rust-dtoa-0.2.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-dtoa-0.2): New variable.

gnu: Add rust-num-traits-0.1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-num-traits-0.1): New variable.

gnu: Add rust-clang-sys-0.26.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-clang-sys-0.26): New variable.

gnu: Add rust-term.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-term): New variable.

gnu: Add rust-strsim-0.8.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-strsim-0.8): New variable.

gnu: Add rust-static-assertions.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-static-assertions): New variable.

gnu: Add rust-rustc-hash.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-rustc-hash): New variable.

gnu: Add rust-percent-encoding-1.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-percent-encoding-1): New variable.

gnu: Add festival.

* gnu/packages/speech.scm (festival): New variable.

gnu: unbound: Update to 1.9.3.

* gnu/packages/dns.scm (unbound): Update to 1.9.3.

gnu: ncmpc: Update to 0.35.

* gnu/packages/mpd.scm (ncmpc): Update to 0.35.

gnu: elixir: Don't use unstable tarball.

* gnu/packages/elixir.scm (elixir)[source]: Use GIT-FETCH & GIT-FILE-NAME.
[arguments]: Add ‘make-git-checkout-writable’ phase.

gnu: perl-clone: Update to 0.43.

* gnu/packages/perl.scm (perl-clone): Update to 0.43.

gnu: fuse: Update to 2.9.9.

* gnu/packages/linux.scm (fuse): Update to 2.9.9.

gnu: youtube-dl: Update source uri.

* gnu/packages/video.scm (youtube-dl)[source]: Update to new upstream uri.

gnu: guix: Update to 1h2qlbb.

Fixes <https://bugs.gnu.org/37426>.
Reported by Mikhail Kryshen <mikhail@kryshen.net>.

* gnu/packages/package-management.scm (guix): Update to 1h2qlbb.

gnu: Add tegaki-wagomu-traditional-chinese.

* gnu/packages/language.scm (tegaki-wagomu-traditional-chinese): New
variable.

gnu: Add tegaki-wagomu-simplified-chinese.

* gnu/packages/language.scm (tegaki-wagomu-simplified-chinese): New variable.

gnu: Add tegaki-wagomu-japanese-joyo.

* gnu/packages/language.scm (tegaki-wagomu-japanese-joyo): New variable.

gnu: Add tegaki-wagomu-japanese-kyoiku.

* gnu/packages/language.scm (tegaki-wagomu-japanese-kyoiku): New variable.

gnu: Add tegaki-wagomu-japanese.

* gnu/packages/language.scm (tegaki-wagomu-japanese): New variable.

gnu: Add tegaki-zinnia-traditional-chinese-light.

* gnu/packages/language.scm (tegaki-zinnia-traditional-chinese-light): New
variable.

gnu: Add tegaki-zinnia-traditional-chinese.

* gnu/packages/language.scm (tegaki-zinnia-traditional-chinese): New
variable.

gnu: Add tegaki-zinnia-simplified-chinese-light.

* gnu/packages/language.scm (tegaki-zinnia-simplified-chinese-light): New
variable.

gnu: Add tegaki-zinnia-simplified-chinese.

* gnu/packages/language.scm (tegaki-zinnia-simplified-chinese): New variable.

gnu: Add tegaki-zinnia-japanese-joyo.

* gnu/packages/language.scm (tegaki-zinnia-japanese-joyo): New variable.

gnu: Add tegaki-zinnia-japanese-kyoiku.

* gnu/packages/language.scm (tegaki-zinnia-japanese-kyoiku): New variable.

gnu: Add tegaki-zinnia-japanese-light.

* gnu/packages/language.scm (tegaki-zinnia-japanese-light): New variable.

gnu: Add tegaki-zinnia-japanese.

* gnu/packages/language.scm (tegaki-zinnia-japanese): New variable.

gnu: Add python2-tegaki-recognize.

* gnu/packages/language.scm (python2-tegaki-recognize): New variable.

gnu: Add python2-tegaki-tools.

* gnu/packages/language.scm (python2-tegaki-tools): New variable.

gnu: Add python2-tegaki-pygtk.

* gnu/packages/language.scm (python2-tegaki-pygtk): New variable.

gnu: Add python2-tegaki-python.

* gnu/packages/language.scm (python2-tegaki-python): New variable.

gnu: Add python2-tegaki-wagomu.

* gnu/packages/language.scm
(python2-tegaki-wagomu, remove-pre-compiled-files-modules): New variables.
(remove-pre-compiled-files, tegaki-release-uri): New procedures.

gnu: Add python2-zinnia.

* gnu/packages/ocr.scm (python2-zinnia): New variable.

gnu: Add zinnia.

* gnu/packages/ocr.scm (zinnia): New variable.

daemon: Include 'config.h' in 'nix-daemon.cc'.

* nix/nix-daemon/nix-daemon.cc: Include 'config.h'.

gnu: libgtop: Update to 2.40.0.

* gnu/packages/gnome.scm (libgtop): Update to 2.40.0.

gnu: libgtop: Don't use NAME in source URI.

* gnu/packages/gnome.scm (libgtop)[source]: Hard-code NAME.

gnu: rust-percent-encoding: Update to 2.1.0.

* gnu/packages/crates-io.scm (rust-percent-encoding): Update to 2.1.0.

gnu: education.scm: Import (gnu packages curl).

This is a follow-up to 3f19b268ea3dbd4ec266926d25f7172fbd5b9cee.

* gnu/packages/education.scm.scm: Import (gnu packages curl) module.

gnu: linux-libre: Update to 5.2.15.

* gnu/packages/linux.scm (linux-libre): Update to 5.2.15.

gnu: wireguard: Update to 0.0.20190913.

* gnu/packages/vpn.scm (wireguard): Update to 0.0.20190913.

gnu: Add ktouch.

* gnu/packages/education.scm (ktouch): New variable.

gnu: Add kqtquickcharts.

* gnu/packages/kde.scm (kqtquickcharts): New variable.

gnu: Add klavaro.

* gnu/packages/education.scm (klavaro): New variable.

Revert "build-system/r: Use %bioconductor-version."

This reverts commit 41ca406fa54e69f61c55b11ffe5cf465192a907c.

This commit breaks 'guix pull', as reported by Hao Chen.

gnu: neovim: Update to 0.4.2.

* gnu/packages/vim.scm (neovim): Update to 0.4.2.
[arguments]: Remove "patch-tic" phase; add "lua-luv" to "set-lua-paths" phase.
[inputs]: Add lua5.1-luv.

gnu: Add lua-luv.

* gnu/packages/lua.scm (lua-luv, lua5.1-luv, lua5.2-luv): New variables.
(make-lua-luv): New procedure.

gnu: libvterm: Update to 0.1.

* gnu/packages/terminals.scm (libvterm): Update to 0.1.

build-system/r: Use %bioconductor-version.

* guix/build-system/r.scm (bioconductor-uri): Use %bioconductor-version
instead of hard-coding the version string.

import/cran: Export %bioconductor-version.

* guix/import/cran.scm (%bioconductor-version): Export it.

gnu: evolution: Wrap with required path variables.

Fixes <https://debbugs.gnu.org/cgi/bugreport.cgi?bug=36896>.

* gnu/packages/gnome.scm (evolution)[arguments]: Add a ‘wrap-program’
phase.

Signed-off-by: Tobias Geerinckx-Rice <me@tobias.gr>

gnu: Add cl-prevalence.

* gnu/packages/lisp.scm (cl-prevalence, sbcl-cl-prevalence, ecl-cl-prevalence): New variables.

gnu: Add s-sysdeps.

* gnu/packages/lisp.scm (sbcl-s-sysdeps, cl-s-sysdeps, ecl-s-sysdeps): New variables.

gnu: Add herbstluftwm.

* gnu/packages/wm.scm (herbstluftwm): New variable.

Co-authored-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: emacs-dumb-jump: Update to 0.5.3.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-dumb-jump): Update to 0.5.3.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: git-annex: Update to 7.20190912.

* gnu/packages/haskell-apps.scm (git-annex): Update 7.20190912.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: git-annex: Build with MagicMime support.

git-annex has a mechanism for configuring whether a file is added to the annex
or stored in git.  Building with MagicMime support makes it possible to
condition the behavior on a file's MIME type.

* gnu/packages/haskell-apps.scm (git-annex)[inputs]: Add ghc-magic.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: Add ghc-magic.

* gnu/packages/haskell-xyz.scm (ghc-magic): New variable.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: git-annex: Update license.

* gnu/packages/haskell-apps.scm (git-annex)[license]: Update main license to
AGPLv3+ and include other licenses mentioned in the package's COPYRIGHT file.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

pack: Provide a meaningful "repository name" for Docker.

Previously, images produced by 'guix pack -f docker' would always show
up as "profile" in the output of 'docker images'.  With this change,
'docker images' shows a name constructed from the packages found in the
image--e.g., "bash-coreutils-grep-sed".

* guix/docker.scm (canonicalize-repository-name): New procedure.
(generate-tag): Remove.
(manifest): Add optional 'tag' parameter and honor it.
(repositories): Likewise.
(build-docker-image): Add #:repository parameter and pass it to
'manifest' and 'repositories'.
* guix/scripts/pack.scm (docker-image)[build]: Compute 'tag' and pass it
as #:repository to 'build-docker-image'.

pack: Add packages in the order in which they appear on the command line.

* guix/scripts/pack.scm (guix-pack)[manifest-from-args](packages):
Reverse order of packages taken from OPTS.

services: certbot: Add --manual-public-ip-logging-ok for manual challenges

* gnu/services/certbot.scm (certbot-command): Add
  --manual-public-ip-logging-ok flag to the certbot command when doing a
  manual challenge.

Signed-off-by: Ludovic Courtès <ludo@gnu.org>

gnu: retroarch: Update to 1.7.8.4.

* gnu/packages/emulators.scm (retroarch): Update to 1.7.8.4.

gnu: mgba: Update to 0.7.3.

* gnu/packages/emulators.scm (mgba): Update to 0.7.3.

gnu: Add r-variancepartition.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-variancepartition): New variable.

gnu: Add r-wavetiling.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-wavetiling): New variable.

gnu: Add r-genomegraphs.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-genomegraphs): New variable.

gnu: Add r-oligo.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-oligo): New variable.

gnu: Add r-affxparser.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-affxparser): New variable.

gnu: Add r-variantfiltering.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-variantfiltering): New variable.

gnu: Add r-shinythemes.

* gnu/packages/cran.scm (r-shinythemes): New variable.

gnu: Add r-shinytree.

* gnu/packages/cran.scm (r-shinytree): New variable.

gnu: Add js-requirejs.

* gnu/packages/javascript.scm (js-requirejs): New variable.

gnu: Add r-reqon.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-reqon): New variable.

gnu: Add r-seqbias.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-seqbias): New variable.

gnu: Add r-affycoretools.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-affycoretools): New variable.

gnu: Add r-oligoclasses.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-oligoclasses): New variable.

gnu: Add r-reportingtools.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-reportingtools): New variable.

gnu: Add r-pfam-db.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-pfam-db): New variable.

gnu: Add r-affycontam.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-affycontam): New variable.

gnu: Add r-affycompatible.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-affycompatible): New variable.

gnu: Add r-affycomp.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-affycomp): New variable.

gnu: Add r-affydata.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-affydata): New variable.

gnu: Add r-timeseriesexperiment.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-timeseriesexperiment): New variable.

gnu: Add r-wavcluster.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-wavcluster): New variable.

gnu: r-spam: Update to 2.3-0.

* gnu/packages/cran.scm (r-spam): Update to 2.3-0.

gnu: r-feather: Update to 0.3.5.

* gnu/packages/cran.scm (r-feather): Update to 0.3.5.

gnu: emacs-zerodark-theme: Update to 4.6.

* gnu/packages/emacs-xyz.scm (emacs-zerodark-theme): Update to 4.6.
[source]: Update to new source uri.

gnu: Add yubico-pam.

* gnu/packages/authentication.scm (yubico-pam): New variable.

gnu: r-delayedmatrixstats: Update to 1.6.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-delayedmatrixstats): Update to 1.6.1.

gnu: r-rhdf5lib: Update to 1.6.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rhdf5lib): Update to 1.6.1.

gnu: r-rtracklayer: Update to 1.44.4.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-rtracklayer): Update to 1.44.4.

gnu: r-genomicranges: Update to 1.36.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-genomicranges): Update to 1.36.1.

gnu: r-s4vectors: Update to 0.22.1.

* gnu/packages/bioinformatics.scm (r-s4vectors): Update to 0.22.1.

gnu: r-mixomics: Update to 6.8.4.

* gnu/packages/bioconductor.scm (r-mixomics): Update to 6.8.4.